Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ...

ΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟΣχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών ΥπολογιστώνΤομέας Τεχνολογίας Πληροφορικής και Υπολογιστών

Διπλωματική Εργασία

DIANA 2.0: Προηγμένη Εφαρμογή Ιστού Διαχείρισης Δεδομένων Βιοεπιστημών

Φωτοπούλου Χ. Γεωργία

Επίβλεψη: Τιμολέων Σελλής

12 Ιουλίου 2010

Φωτοπούλου Γεωργία 1

Υπόβαρθο

πρωτεϊνη

Υπόβαρθο

πρωτεϊνη

γονίδιο ↔ mRNA

Υπόβαρθο

microRNA

στόχοι

πειραματικές και υπολογιστές τεχνικές

Ε.Κ. Βιοϊατρικών Επιστημών “Αλέξανδρος Φλέμινγκ”

Αρχιτεκτονική

Αποφάσεις

Ανάλυση απαιτήσεων → Περιπτώσεις χρήσης

Σχεδιασμός → Model-View-Controller (MVC)

Yλοποίηση → Apache+MySQL+PHP+Yii

Αξιολόγηση/Έλεγχος → Σενάρια εκτέλεσης

Χαρακτηριστικά DIANA 2.0

Αναζήτηση βιολογικών στόχων

Παροχή προτάσεων σε λανθασμένους όρους

Προβολή στόχων με βάση άλλους αλγορίθμους

Περιβάλλον διαχείρισης χρηστών

Αναζήτηση βιολογικών στόχων Υποστήριξη όρων διαφόρων τύπων

- όνομα microRNAπχ “hsa-let-7e”

- κωδικός ΜΙΜΑ microRNAπχ “ΜΙΜΑΤ0000062” ή “MI0000401”

- όνομα γονιδίου πχ “FIGN”

- κωδικός ENSEMBL γονιδίουπχ ENSG00000000005 ή ENSMUSG00000070000

- κωδικός TRANSCRIPT γονιδίουπχ ENST00000400000 ή ENSMUST00000020000

- κωδικός Refseq γονιδίουπχ XM_905004 ή XR_002000 ή NM_012001 ή NR_000003

Απλοποίηση

Παροχή προτάσεων Εξοικονομεί μνήμη και χρόνο

Μαντεύει

Εκμεταλλεύεται τη δομή των όρων

Χρησιμοποιεί συντακτική απόσταση LevenshteinL(seq1,seq2) = #delete + #insert + #substitution

πχ L (foo, fo) = 1 → 1 deleteL (hat, cat) = 1 → 1 substitution L (beta, res) = 3 → 1 insert, 2 substitutions

tokenizationπχ hsa-let-100g → 4 tokens

db-tokens

hsa → Ναι let → Ναι 100 → Ναι g → Όχι

Παροχή προτάσεων – microRNA ονόματα

tokenizationπχ hsa-let-100g → 4 tokens

db-tokens

hsa → Ναι let → Ναι 100 → Ναι g → Όχι

ranking

Λίστα “Ναι”: σκορ εμφάνισης

[(hsa-let-7i → 2), (hsa-mir-95 → 1), (mmu-mir-100 → 1)]

Λίστα “Όχι”: απόσταση levenshtein

[(hsa-let-7i → 1)]

normalization

Λίστα “Ναι” : (item / #tokens)*0.5

[(hsa-let-7i → 0.25), (hsa-mir-95 → 0.125), (mmu-mir-100 → 0.125)]

Λίστα “Όχι”: (item / min_levenshtein) * 0.5]

[(hsa-let-7i → 0.5)]

merged_list = [(hsa-let-7i → 0.75),(hsa-mir-95 → 0.125),(mmu-mir-100 → 0.125)]

suggest top-k terms

για k=2:- hsa-let-7i- hsa-mir-95

βασική μορφή- Κωδικός ΜΙΜΑ: ΜΙΜΑΤ ή ΜΙ + 7 ψηφία - Κωδικός ENSEMBL: ΕNSG ή ENSMUSG + 11 ψηφία - Κωδικός TRANSCRIPT: ENST ή ENSMUST + 11 ψηφία- Κωδικός Refseq: XM_ ή XR_ ή ΝΜ_ ή NR_ + ψηφία

tokenization - πχ ΜΙΜΑΤ0087 → MIMAT και 0087

σταθεροποίηση αριθμού ψηφίων- πχ 0087 → 0000087- πχ 00000000087 → 0000087

levenshtein -πχ 0000087 → 0000097, 0000017, 0000117 κοκ

concatenation0087 → ΜΙΜΑΤ0000097, ΜΙΜΑΤ0000017, ΜΙΜΑΤ0000117

Παροχή προτάσεων – κωδικοί

τελική περίπτωση

levenshtein

Παροχή προτάσεων – όνομα γονιδίου

Εμφάνιση κατάλληλου συνδέσμου στη λίστα αποτελεσμάτων

Δεν υποστηριζόταν στην προηγούμενη έκδοση

Προβολή στόχων άλλων αλγορίθμων

Προβολή λίστας χρηστών Τροποποίηση στοιχείων χρήστη

Διαγραφή χρήστη

Πρόσθεση νέου χρήστη

Ανέβασμα αρχείων στόχων

Περιβάλλον διαχείρισης

Εύχρηστο περιβάλλον διαχείρισης

Απλοποιημένος μηχανισμός αναζητήσεων

Βελτιωμένος μηχανισμός παροχής προτάσεων

Συγκριτική παρουσίαση προβλέψεων με βάση άλλους αλγορίθμους

Διευκόλυνση μελλοντικών επεκτάσεων λόγω τεκμηρίωσης

Συνεισφορά

Ακολουθεί επίδειξη της εφαρμογής DIANA 2.0 ...

Ερωτήσεις;

Ευχαριστώ!

Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ...

Documents

Μ Ν Η Μ Ο Ν Ι Ο Σ Υ Ν Ε Ρ Γ Α Σ ... - OK!Thess · Το Οικοσύστημα Καινοτομίας και Πολιτισμού Θεσσαλονίκης μπορεί

ΥΔΡΕΥΣΗ ΒΕΡΟΙΑΣGENIKI... · 2018-10-23 · ΒΗΜΑ ΑΠΟΣΤΟΛΟΥ Α a 184 Π26 Υ a b n Δ Σ Υ Σ Σ Σ Α Υ Σ Σ Σ Σ Υ Χ. ΠΡΑΣΙΝΟΥ Υ Υ Υ Σ

Ι σ τ ο ρ ί α Κ α ι ν ο τ ο μ ί ε ς Σ ...€¦ · τ ο υ M y Υδ ρ α έ κ λ ε ι σ ε μ ε τ ο υ ς χ α ρ α κ τ η ρ ι σ τ ι κ ο ύ ς

· Σ Α Β Β Α Τ Ο 1 5 . 9 . 2 0 1 2 Α Ρ Ι Θ Μ Ο Σ Φ Υ Λ Λ Ο Υ : 13824 Τ Ι Μ Η : 1 , 5 0 Ε Υ Ρ Ω Μ Α Ζ Ι Μ Ε Τ Η S P O R T D A Υ

ΠΟΛΙΤΙΚΗΣ 2019-2020 ΣΕΜΙΝΑΡΙΑ ΔΙΕΘΝΟΥΣ...μ ε τ η ν ε π ι σ τ η μ ο ν ι κ ή υ π ο σ τ ή ρ ι ξ η τ ο υ Κέ ν τ ρ ο υ Δ

· Δ Ε Υ Τ Ε Ρ Α 1 7 . 9 . 2 0 1 2 Α Ρ Ι Θ Μ Ο Σ Φ Υ Λ Λ Ο Υ : 1 3 8 2 6 Τ Ι Μ Η : 1 , 5 0 Ε Υ Ρ Ω Μ Α Ζ Ι Μ Ε Τ Η S P O R T D A Υ

· Κ Υ Ρ Ι Α Κ Η 1 7 . 6 . 2 0 1 2 Α Ρ Ι Θ Μ Ο Σ Φ Υ Λ Λ Ο Υ : 1 3 7 3 6 Τ Ι Μ Η : 1 , 5 0 Ε Υ Ρ Ω Μ Α Ζ Ι Μ Ε Τ Η S P O R T D A Υ Η καρδ

R E T I N A R I S K Η Ε Φ Α Ρ Μ Ο Γ Ή R E V O L U T I O N ... · ν α σ υ μ μ ε τ έ χ ο υ ν π ε ρ ι σ σ ό τ ε ρ ο σ τ η λ ή ψ η α π ο φ

· TOY ΣΑΒΒΑΤΟΥ Λ ΣΗΜΕΡΑ ΑΥΡΙΟ Σ Α Β Β Α Τ Ο 2 3 . 6 . 2 0 1 2 Α Ρ Ι Θ Μ Ο Σ Φ Υ Λ Λ Ο Υ : 1 3 7 4 2 Τ Ι Μ

Ô w;Æ != ' b...[taputwo-si]の音便変化の過程を以下に示す。（4） σ σ σ σ σ σ σ σ σ σ ∧ ∧ μ μ μ μ μ μ μ μ μ μ μ μ ∧ ∧ ∧ ∧ ∧ ∧

μ ήν α - Adeti · 2021. 1. 26. · € μ ή να Ε Τ Η Σ Ι Α Σ Υ Ν Δ Ρ Ο Μ Η € Ε Τ Η Σ Ι Α Σ Υ Ν Δ Ρ Ο Μ Η € Ό λ ε ς τ ι ς πα ρ ο χ

ΑΛΛΑΖΕΙ ΜΕ ΝΤΕ ΒΙΝΣΕΝΤΙ · Π Α Ρ Α Σ Κ Ε Υ Η 2 4 . 1 . 2 0 1 4 Α Ρ Ι Θ Μ Ο Σ Φ Υ Λ Λ Ο Υ : 1 4 2 9 3 2 Τ Ι Μ Η : 1 , 5 0 Ε Υ Ρ Ω

Ελκυστικότητα Βιομηχανίας -MAMALH...Οικονομίες Κλίμακας Χ Χ-Μ Μ-Υ Μ-Υ Μ-Υ Προσήλωσ η στη μάρκα Συνήθως Χ

Π Α Ρ Α Σ Κ Ε Υ Η 1 . 6 . 2 0 1 2 Α Ρ Ι Θ Μ Ο Σ Φ Υ Λ Λ Ο Υ ...2012/06/01 · στο τρίγωνο των βερμούδων (ΑΚΕΛ, Προεδρικό,

Ρ Ο Κ Α - Chania · 2014-03-21 · Ο.Σ.Α.Π.Υ Δ Η Μ Ο Υ Κ Ι Σ Α Μ Ο Υ - Α Ν Α Π Λ Α Σ Η Ο Ι Κ Ι Σ Μ Ο Υ Ρ Ο Κ Α Σ 2 ΕΛΛΗΝΙΚΗ ΔΗΜΟΚΡΑΤΙΑ

ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗ - i-bec.org€¦Διαβαλκανικό Κέντρο Περιβάλλοντος 1 Τ Ε Υ Χ ΟΣ Δ Ι Α Γ Ω Ν Ι Σ Μ Ο Υ

ΠΑΡΑΣΚΕΥΗ 7 ΙΟΥΝΙΟΥ 2013 • Αριθμός Φύλλου 3652• Έτος …...Σ Υ Ν Δ Ρ Ο Μ Η Τ Η Σ δεν επιτρέπεται η πώληση ΠΑΡΑΣΚΕΥΗ

Γεωργιος Σουρης // Λ Υ Σ Ι Σ

Σ Υ Μ Π Ο Σ Ι Α - pi.ac.cy · Καθημερινά, εκατομμύρια παίκτες παγκοσμίως συνδέονται με μαζικά διαδικτυακά

· Σ Α Β Β Α Τ Ο 8 . 9 . 2 0 1 2 Α Ρ Ι Θ Μ Ο Σ Φ Υ Λ Λ Ο Υ : 1 3 8 1 7 Τ Ι Μ Η : 1 , 5 0 Ε Υ Ρ Ω Μ Α Ζ Ι Μ Ε Τ Η S P O R T D A Υ Η