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蒋争凡实验室关于天然免疫分子机制研究进展在 Cell 发表

Nature Chemical Biology 封面文章介绍昌增益实验室合作研究进展

　　病毒与宿主在进化过程中长期的“斗争”，导致机体中出现了高度复杂和精细的免疫机制，其中天然免疫是生物抵抗病毒感染的第一道屏障。 　　蛋白质与植物基因研究国家重点实验室的蒋争凡实验室在国家杰出青年科学基金及 973 项目等资助下，对细胞抗病毒天然免疫的信号传导机制开展了一系列研究。他们发现一个定位于内质网的分子 ERIS 在细胞抗病毒过程中起重要作用 ( 孙文香等，PNAS, 2009)。最近又发现一条通过 ERIS-TBK1 活化转录因子 STAT6，从而连接天然免疫与适应性免疫的信号传导通路。　　以往对 STAT6 的研究多集中于自身免疫性疾病和过敏性反应疾病中。他们的研究发现在机体抗病毒天然免疫过程中，存在一条依赖于 STAT6 的信号途径。病毒或胞浆内的病毒核酸分子通

过其受体激活接头蛋白 ERIS（也称为STING 或 MITA），继而招募 STAT6和在天然免疫中起关键作用的激酶TBK1，并引起 STAT6 蛋白的磷酸化，活化的 STAT6 分子形成二聚体进入细胞核中行使转录因子的功能，上调一类特异性的细胞因子（趋化因子）的表达，继而招募多种免疫细胞达到病毒感染部位，引发机体的抗病毒免疫反应。该实验室从分子、细胞到动物整体多个层次系统研究，阐释了病毒感染引发 STAT6激活，从而诱导机体免疫反应的重要信号通路，为人们进一步认识免疫系统如何抗御病原微生物感染的机制提出了新思路。　　此项成果于 2011 年 10 月 14 日以Article 形式发表于 Cell。　　蒋争凡实验室的博士研究生陈慧慧、孙辉和游富平为共同第一作者，分

别完成本研究中的分子生物学、遗传学及细胞生物学的实验内容。本研究的合作者生命科学学院顾军教授、中科院生物物理所秦志海研究员、美国迈阿密大学医学院的 Glen Barber 教授分别提供了实验所需的基因敲除小鼠。

　　胃所含的强酸性胃液（pH 值为 1-3）是人和动物抵御绝大多数微生物病菌的一道天然屏障。然而，肠道病原菌能够在胃液存活，并造成肠道感染。生命学院昌增益课题组与化学院陈鹏课题组通过合作研究，系统地捕获了一种酸性分子伴侣蛋白在酸胁迫下的“客户蛋白”，并依此阐释了大肠杆菌抵御胃酸的机理。这一结果于 2011 年 9 月 4日以 Article 的形式在 Nature Chemical Biology 发表。　　大肠杆菌等肠道病原体微生物顺利通过人体胃液，是它们对肠道进行感染的先决条件。深刻理解大肠杆菌的抗酸性机理将极大加深我们对这类病原菌的认识，为今后发展新型抗生素奠定基础。通过开发一种全新的蛋白质光交联探针，在处于极端酸性胁迫条件下的活细胞内，成功捕捉了大肠杆菌体内的一个关键酸性分子伴侣 HdeA 的作用底物。对其中的两个本身也是分子伴侣的关键“客户蛋白”DegP 和 SurA 的进一步研究，发现了一种不依赖于ATP 的“分子伴侣 - 保护分子伴侣”的独特机制，并证明细菌利用这一作用来增加其逃逸胃酸防线的成功率。该文章所描述的不以 ATP 作为能量货币的分子伴侣间相互作用，以及细菌通过这一相互作用来抵抗胃酸的全新发现在国际上属首次报道。Nature Asia-Pacific在其网站上作为亮点介绍了该工作，美国化学会官方杂志 Chemical & Engineering News 以 News Coverage 的形式做了报道。 该研究得到了科技部、自然科学基金委、北京大学 985工程和蛋白质与植物基因研究国家重点实验室的资助。

2011 年 12 月 第 3 期（总第 7 期）主编：刘德英 美编：蔺浛璐 唐平 信箱：dyliu@pku.edu.cn

　　近年来，人们在玉米、水稻等植物中发现多种与表面疏水物质合成、衍生与分泌相关的基因，但仅少数得到克隆和鉴定。 顾红雅实验室发表在 Plant Cell 上的工作就找到了一个参与这一调控的新基因。他们通过分析一株具有卷叶表型的水稻突变体，找到了导致卷叶的新基因 CFL1。该基因编码一个具有 WW 结构域的未知功能蛋白，同时在拟南芥中找到它的同源基因 At CFL1。在拟南芥中过量表达 At CFL1 基因后会出现器官融合的表型，并且表皮细胞的形态发生了畸变。研究表明这些异常现象是由角质层发育缺陷造成的，CFL1 会通过与一个重要的植物转录因子HDG1发生相互作用来调节其功能。 这项研究不仅找到了一条新的角质层发育的调控途径，而且为植物角质层发育的基因调控研究提供了新的思路。

PLoS Pathogens发表李毅实验室研究成果　　李毅实验室在 PLoS Pathogens 上发表最新研究成果。该文利用小 RNA 深度测序技术 -Solexa/Illumina 分析了水稻矮缩病毒（RDV）和水稻条纹病毒（RSV）侵染的水稻内源小RNA 的表达谱，发现 RSV 侵染会诱导很多水稻 miRNA* 的积累，而对应 miRNA 的表达却没有明显变化。　　研究证明以前被认为是降解产物的 miRNA* 具有调控基因表达的功能。RSV侵染诱导 phase形式的 siRNA积累的同时，还能诱导源自保守miRNA前体上的phase形式的miRNA表达。这些受病毒诱导的 phase 形式的 miRNA 和 siRNA 同样具有调控功能，而 RDV 侵染并不诱导这些小 RNA 的产生。该研究揭示了病毒宿主相互作用的新机制和复杂的相互作用关系。

Plant Cell 发表顾红雅实验室研究进展

天然免疫反应激活 STAT6 示意图

祝贺我院朱玉贤教授当选中国科学院院士

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11 月 13 日和 20 日晚，在新生物楼 517 会议室举办两场“院长面对面”活动。本次“院长面对面”活动由生命科学学院研究生会主办，以研究生教育、毕业相关政策为主题，分别组织了一年级研究生和毕业年级研究生与主管研究生工作的副院长张传茂教授座谈。院党委副书记刘德英出席了此次活动。

研究生新生与院长交流会分为PTN 学生和老体制学生两个分场。张传茂教授介绍了硕博连读和直博生的基本学制以及学位授予制度。他特别提出，我院正在实行不以论文发表为标准的毕业政策，目前的博士毕业要求为修满课程所需学分，并拥有创新性研究成果和一定质量的学术论文。此外，张老师还对研究生培养模式、待遇、博转硕、换实验室、提前和延期毕业等一系列大家关心的问题做出了详细解释。在 PTN分场，他详细介绍了轮转和选定导师的有关规定和具体操作。最后，在场的同学向张院长提出了关于出国交换、就业去向和博士后申请等问题，并对我院的课程改革提出了一些建议。

毕业年级研究生见面会上，张老师首先详细介绍了大家重点关注的毕业政策、毕业答辩和论文评审相关的问题。

结合往届研究生毕业过程中出现的各种情况，具体阐述了答辩时间安排、论文评审制度、毕业政策的变化、博士延期待遇及硕士毕业要求等内容，并重点强调了博士学位获取过程中论文写作、论文送审及毕业答辩各个阶段应该注意的问题。在回答高年级研究生关于就业情况、毕业工作选择等相关问题时，张老师结合自身的所见所闻，对博士生职业生涯、工作前景、行业待遇比较等相关方面进行了详细而精彩的分析，鼓励大家根据自己的情况尽早准备，做出最有利的选择。

之后，主管学生工作的刘德英老师回答了大家比较关心的就业指导等问题，并介绍了毕业证和学位证的获得要求及在以后工作中的重要性。

喜 报•“细胞凋亡与抗病毒反应的信号

转导研究”获 2010 年国家自然科学二等奖（主要完成人：舒红兵、翟中和、陈丹英、吴旻、卢智刚）。

• 邓宏魁、邓兴旺被聘为 2011 年国家重大科学研究计划项目首席科学家。

• 许智宏获北京大学 2011 年国华杰出学者奖。

• 于龙川、顾红雅获北京大学2010-2011 年度教学优秀奖。

• 毕群、文津、袁洪生等获北京大学第六届实验技术成果二等奖。

• 潘文石获北京大学 2011 年优秀博士生论文指导教师三等奖，蒋争凡、昌增益、顾军、张传茂、龙漫远等获指导教师优秀奖。

• 生命科学学院被评为北京大学对口支援工作先进集体。

• 郭红卫当选为新一届海淀区人大代表。生命科学学院被燕园街道选举分会评为人大换届选举工作先进单位。

• 张传茂获北京大学 2010-2011 年度优秀德育奖，张立获优秀班主任一等奖，高音获优秀班主任二等奖，祁燃、白效耘获优秀班主任三等奖。

•2009 级研究生班被评为北京大学2010-2011 年度优秀班集体，2008 级本科生 2 班、2010 级本科生 1 班、2010级本科生 3 班被评为先进学风班。

• 李芳敏获北京大学第 24 期党的知识培训班优秀领队辅导员称号，席中海、朱军豪获校级优秀学员称号，古欣获院级优秀学员称号。

我院成功举办“本科生科研基金”答辩会10 月 28 日，生命科学学院“本科

生科研基金”答辩会在新生物楼 208会议室成功举办。方敏、田明、张晨、张博、罗述金、姚蒙等 6 位教授作为评委嘉宾出席，会议由院长助理、团委书记唐平主持，团委副书记陶文琪参加了会议。

首先，唐老师对 2008 级本科生科研基金项目整体情况进行了介绍。今年的答辩进行了一定创新，每名同学须提交一份介绍科研工作的海报，并作为最终成绩的一部分。

随后，24 名同学分别对自己的科

研工作进行了展示和答辩。与往年相比，今年的课题更加多样化，涵盖遗传学，生物化学，生理学，生物物理学，生态学等多个领域，所选课题独特新颖，内容丰富。同学们与评委进行了深入的交流，评委老师也针对同学们存在的一些问题提出了很多很好的建议。

最后，唐老师对此次答辩会进行了总结。他肯定了同学们在科研中的成果，同时也指出在科研及答辩环节中存在的问题，提醒同学们注意海报制作的规范等。

简 讯

我院举办“院长面对面”系列活动

北大 iGEM 代表队在国际基因工程机器大赛中获一金一银　　美国东部时间 11 月 7 日，第七届国际基因工程机器大赛（iGEM）在美国麻省理工学院举办。本次比赛共有来自世界各地 164 支队伍参赛，北京大学共派出两支代表队，其中 Peking_R 队进入最终的 sweet sixteen（前十六名），并获得金牌，Peking_S 队获得银牌。本次两支代表队由来自生命科学学院、物理学院、化学学院、环境学院和元培学院等 5 个院系的 24 名同学组成。　　Peking_R 队的项目为解决目前构建复杂基因回路时工作量大、费时费力

的问题，利用 RNA 调控元件对基因回路进行测试，并利用数学物理模型计算合适参数，指导实验中基因回路的构建，较原来的构建方法大大提高了效率。 　　Peking_S 队的项目着眼于突破细菌个体的改造限制，根据细菌群体感应的相关研究，利用信号分子协调细菌群体行为，执行更加复杂的行为，拓展了合成生物学的工程平台。　　国际基因工程机器大赛（iGEM）是国际上合成生物学领域的顶级大学生科技赛事。北京大学 iGEM 代表队从

2007 年开始参赛，曾获得过 the Only Grand Prize（总成绩第一名）和 the First Runner Up（总成绩第二名）。 北大 iGEM 代表队由北大基因机器研究会会员组成，北大理论生物学中心与生命科学学院教授共同指导。理论生物学中心提供活动平台，生命科学学院和生物基础教学实验中心（国家实验教学示范中心）提供实验室，研究和参赛经费得到了国家自然科学基金委人才培养基金，以及北京大学教务部和北京大学实验室与设备管理部的大力支持。

• 2012 年推荐免试研究生工作已顺利结束，我院共招收免试研究生 61人，其中硕士生 29 人、直博生 32 人。

张传茂副院长、刘德英副书记与学生交流

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我院第二届“校友杯”暑期社会实践总结报告会召开　　10 月 21 日下午 15:00，生命科学学院第二届“校友杯”暑期社会实践总结报告答辩会在生科楼 411 室成功举办。校学工部副部长严敏杰，校团委副书记袁锐，生科院党委书记柴真，生科院副院长昌增益，党委副书记刘德英，院长助理、团委书记唐平，团委常务副书记陈延哲出席了答辩会。进入终评的6 个社会实践团分别进行了成果展示。会议由院团委副书记刘天舒主持。　　首先，刘德英老师对第二届“校友杯”暑期社会实践的具体情况进行了介绍。随后，实践团同学分别进行了展示和答辩。6 个社会实践团的调研内容包括中国游戏产业发展前景调研、中科院昆明植物所最近五年药物研究成果的研究、支教交流活动、凉山州近十年来彝汉文化的研究、深圳华大基因调研、吐鲁番地区葡萄干产业调研、从青海清华博众生物技术有限公司看生物技术产业

的发展现况等。调研内容丰富多样，地点也贯穿中国南北，横跨东西地域。各个实践团代表进行了充分的展示，并与评委进行了充分的交流。同学们的精彩表现赢得了阵阵掌声。　　最后，评委们对同学们的展示进行了点评。严敏杰老师高度评价了本次活动对促进学生综合素质发展的重要意义，并希望同学们继续在实践中不断改进不足、锻炼自我。袁锐老师不仅肯定了同学们的精彩展示，也从校课外活动指导中心的角度对本次活动进行了点评。柴真老师在肯定了同学们在社会实践中的优秀表现后又介绍了“校友杯”活动的起源和举办宗旨，并对今后的社会实践活动提出了指导性的意见。刘德英老师则指出，希望同学们能够从本次成果展示中总结一些经验，认识到本次实践和答辩的成功与不足，并在以后的活动中改善提高。

根据现场打分的情况，评选出了一、二、三等奖，并举行了颁奖仪式。　　本届“校友杯”暑期社会实践活动，共有 120 名本科生组成了 16 支团队，分赴全国 13 个省、自治区、直辖市，开展了内容丰富的实践调研活动，实现了走出校园、接触社会、联系实际、体验生活的目的。 “校友杯”暑期社会实践活动得到了生命科学学院1979基金的大力支持。

北京大学第一届“生物交叉学科学术论坛”取得圆满成功　　11 月 26 日，北京大学第一届“生物交叉学科学术论坛”在金光生命科学大楼邓祐才报告厅隆重举行。　　本次论坛由北京大学生命科学学院研究生会主办，化学学院研究生会、工学院研究生会和生命科学产业协会协办。论坛得到了北京大学研究生院、生命科学学院、生命科学联合中心、化学学院、北大学生科协、北大团委的大力支持，碧迪医疗器械（上海）有限公司提供独家赞助。　　北京大学研究生院常务副院长王仰麟教授首先致开幕词。他提出，21 世纪是生命科学的时代，生物交叉学科的发展是生命科学发展的大气候，为生命科学的研究开辟了全新的思路。本次论

坛为生物交叉学科的思想交流搭建了良好的平台，对推动生物科学的发展具有重大意义。 　　论坛邀请到了多位从事生物交叉学科研究，并在相关领域做出开创性贡献的知名学者，他们的精彩报告集中展示了近年来生物交叉领域所取得的瞩目成就。参加此次论坛的主要嘉宾有：北大定量生物学中心主任汤超教授，台湾中研院院士、中科院北京基因组研究所所长吴仲义院士，北大分子医学所所长肖瑞平教授，中科院国家纳米科学中心主任王琛教授，中科院上海计算生物学所所长韩敬东教授，北大生科院副院长昌增益教授，北大工学院生物医学工程系主任任秋实教授，北大化学学院化学生

物学系主任赵新生教授，清华医学院“千人计划”、计算神经生物学家李兆平教授，北大化学学院陈鹏特聘研究员，以及北京生命科学研究所黄牛研究员。他们在报告中介绍了计算生物学、定量生物学等前沿交叉领域，阐述了将物理学、数学、计算机、工程等方法应用于生命科学研究的新思路。 本次论坛构筑了一个高起点、大范围、多领域的学术交流平台，吸引了来自北大、清华、北生所、中科院等各大高校和研究机构师生的广泛参与。会场座无虚席，晚到听众只能席地而坐，气氛热烈。与会嘉宾纷纷表示对论坛的高度赞赏，并建议下一届论坛扩大规模，越做越好。

9月18日、19日两天，生命科学学院举办了以迎新生为主题的系列体育比赛，项目包括1+1羽毛球赛、3+3排球赛、篮球赛等。本次赛事由生命科学学院团委主办，生命科学学院学生会、排球队、羽毛球队、篮球队承办。生命科学学院2011级本科新生作为参赛主体参与了整个比赛，一些高年级本科生、研究生也参加了部分场次的比赛。

本次迎新生系列体育比赛是生命科学学院学生工作办公室、团委为丰富同学们课余体育生活，号召同学积极锻炼身体，通过体育活动促进交流与成长所主办的系列活动之一，得到了广大同学的好评。

我院举办迎新生系列体育比赛

我院和化学学院联合举办“邀爱生花”光棍节联谊晚会

评委们在给答辩团队打分

　　11 月 12 日晚，生命科学学院和化学与分子工程学院在新生物楼邓祐才报告厅联合举办了“邀爱生花”光棍节联谊晚会。本次晚会由生科院团委主办，生科院和化学院研究生会承办，还邀请了地空、工学、外院、光华研究生会及校研究生会同学参加。“邀爱生花”取自“1.2. 生 . 化”，意为渴望爱情和幸福，体现了本次联谊晚会的主题。晚会在同学们的欢声笑语中结束。

我院和环境学院联合举办行走绿地图—校园植物名牌悬挂活动　　11 月 5 日，生命科学学院青年志愿者协会和环境科学与工程学院青年志愿者协会联合举办了“行走绿地图——校园植物名牌悬挂活动”。生科院院长助理、团委书记唐平，环境学院团委书记刘卉，生科院学工办副主任陶文琪出席了活动。　　北大绿地图活动是环境学院与学生资助中心联合开展的在北大地图上标示出对人类健康、对地球友善景点的活动，校园树牌悬挂活动是生科院的品牌活动。此次将两项活动结合开展，更有助于加强两院学生交流，培养学生环保意识。 活动举行了简短的启动仪式。随后，与会同学在生科专业老师的带领下，对校内植物名牌进行补充和更新悬挂。

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2011年，我院人才引进取得丰硕成果，共引进研究员 6 人，副研究员 3 人，工程师 1 人，研究实习员 1 人。

研究员（6 人）

唐世明，1998 年博士毕业于北京航空航天大学机电工程系，后到中科院生物物理所工作，2005 年晋升为研究员，并获国家杰出青年科学基金，2006 年入选新世纪“百千万人才工程”，2008 年到北京师范大学工作。主要开展清醒猴视觉认知的神经机制研究。

方敏，1997 年毕业于北京师范大学生物系细胞生物学专业并获博士学位。同年到美国 M.D. Anderson 癌症中心做博士后，1998 年 12 月到达拉斯西南医学中心工作。主要从事细胞凋亡的生化机理研究。

徐冬一，1999 年从北京大学生命科学学院毕业并保送在本院读研，2005 年 7月博士毕业，同年到美国 NIH 做博士后。主要从事 DNA 修复的研究。

李晴，2001 年从北京大学生命科学学院生物化学与分子生物学专业毕业，并保送本院读研，2006 年获博士学位。同年到美国 Mayo Clinic 医学院做博士后。主要从事真核生物中染色质所携带的表面遗传信息的稳定遗传调空机理研究。

李瑞强，2002 年毕业于东南大学应用物理学专业，随后加入华大基因研究院，先后担任程序员、项目组长、生物信息部主任、科技合作事业部总裁、华大基因研究院副总裁，2010 年 11 月获丹麦哥本哈

根大学生物学博士学位。主要从事基因组与生物信息学研究。

伊成器，2005 年毕业于中国科技大学化学系，同年 9 月进入美国芝加哥大学化学系学习，2010 年 8 月获博士学位。随后在美国芝加哥大学做博士后。主要从事核酸修饰的化学生物学研究。

副研究员（3 人）

何航，2004 年从北京大学数学科学学院毕业，并保送到中科院生物物理所攻读研究生，2009 年博士毕业。随后在北京大学生命科学学院做博士后。

段海峰，1998 年本科毕业于兰州大学化学系，2006 年博士毕业于南开大学。2007 年起先后在美国西维吉尼亚大学和哈佛大学化学系谢晓亮课题组做博士后。

白凡，2003 年毕业于北京大学物理系。2008 年毕业于英国牛津大学并获博士学位。2008 年 10 月起先后在牛津大学和大阪大学做博士后。

工程师（1 人）

李桂澜，2003 年本科毕业于江南大学食品学院动物科学专业，2009 年博士毕业于北京大学生命科学学院，随后在北京大学生命科学学院做博士后。

研究实习员（1 人）

冯治国，2007 年毕业于北京科技大学，2010 年毕业于北京大学法学院并获硕士学位，随后在北京大学审计室工作，2011 年 9 月调入生命科学学院。

2011 年我院新引进教工 11 人　　2011 年 10 月，在生命科学学院校友会副会长、生物系 83 级校友、北京帝恒集团董事长曾钫先生的积极倡议和慷慨资助下，经学院校友会及北大教育基金会的共同努力，北京大学生命科学学院校友发展基金正式成立。校友发展基金主要用于学院校友工作的开展，支持学院校友会会刊、年报等印刷品的编撰、出版，校庆、院庆期间举办校友庆典组织以及校友联络工作等。校友发展基金的成立对校友工作的进一步开展，增进校友与学院之间、校友与校友之间的联系，充分利用和发挥学院的人才、技术和资源优势有着重要的意义。 校友发展基金采用公开募集的方式筹资，广大校友可以通过书信、互联网等渠道继续捐赠。

我院喜获第五批北京大学配比基金　　2011 年 9 月，经北京大学教育基金会第四届理事会第七次会议审议，生命科学学院申请的第五批北京大学配比基金项目获得通过，6 个项目共获得 497579.4 元北京大学配比基金的支持。由于此次申请配比基金的总额较大，超过了单次审批总额上限，因此每个项目按照原申请金额的 60% 予以配比。详见下表（单位：元）：

校友发展基金成立

　　9 月 28 日下午，我院邀请北医三院中医科主任李东大夫，为离退休教师举办养生讲座。约 50名离退休老师参加了本次讲座。　　李东大夫结合病例，为大家详细讲解了秋冬季老年人心脑血管疾病预防的注意事项。为了方便记忆，李大夫还简明扼要地总结了几句话，例如“三个半分钟”、“三个半小时”；同时从中医基础理论出发，浅显易懂地给大家传授养生知识。　　讲座由院党委副书记、工会主席苏都莫日根教授主持。

离退休教师养生讲座举办

消防安全知识开讲　　为提高学院师生的消防安全意识，普及消防应知应会知识，生命科学学院在 11 月 9 日邀请北京市防火宣教中心胡宏老师为师生进行防火知识讲座。实验室负责人、实验室安全管理员以及实验室研究生共约 80 人参加了本次讲座。　　胡宏老师以北京市消防安全“四个能力”建设标准为主线，结合近年典型火灾案例，给大家详细讲解了如何检查和消除火灾隐患，如何扑救初起火灾，怎样在火灾中及时疏散逃生以及切实提高全民消防安全意识；特别是结合学院的特点，讲解了实验室防火安全的注意事项；还现场演示了干粉灭火器的使用方法。

名称 本金 配比数额 用途

校友尊师基金 267604 160562.4 用于帮扶因突发事件或常年有病等情况造成经济困难或者生活不能自理的学院离退休教职工

学生大病救助金

127107.6 76264.2 用于生命科学学院在校学生的大病救助，降低贫困学生患病的经济风险和经济负担

吕义长奖学金 300000 180000 奖励生命科学学院取得优异科研成果的研究生

徕卡奖学金 50000 15000 奖励生命科学学院品学兼优的本科生、研究生

ROTEINTECH奖学金

65576 19672.8 奖励生命科学学院本年度学业成绩优秀的在校硕士、博士研究生

GSK 讲座基金 153600 46080 支持生命科学学院系列讲座和学生培养

合计 　 497579.4 　

注：“北京大学配比基金”是北大校友和社会各界朋友向北京大学捐赠项目的配比经费，总金额为 6000 万元人民币，分 3 年执行；校友捐赠的配比基准比例为 1：1，非校友捐赠的配比基准比例为 1：0.5；每年的申请时间为 2 月底和 8 月底两次。