View
9
Download
0
Category
Preview:
Citation preview
Parc recercaBiomèdica Barcelona
connectem ciència i diversitat en un esPai creatiu únic desembre 2013 - Gener 2014 NÚM. 70 www.prbb.org GRATUÏT
Editorial
Resilience
In October last year I joined the PRBB as head of administration. These past months
have allowed me to get to know this young, dynamic, collaborative community that develops high level research in a cuttingedge infrastructure, from within. Is admirable how, despite the complicated economic situation, and thanks to a huge effort, the PRBB centres continue to carry out science of excellence. This is reflected in the 17 grants from the European Research Council that the centres accumulate, as well as the high number of ICREA researchers working here, 20 spread between the CRG, UPF and IMIM. The success in this year’s La Marató is also remarkable. These results demonstrate the amazing resilience of the scientific and management teams at the centres in the park, something that has allowed them to confront and overcome the budgetary restrictions. Even so, it is necessary to keep working in order to get a commitment from the government to allocate stable resources, to enable a return to the levels achieved in 2009 and help convert knowledge into a driving force in our economy.
Marga Sala
Resiliència
L’octubre del 2012 em vaig incorporar al PRBB com a administradora
general. Aquests mesos m’han permès conèixer des de dins una comunitat jove, dinàmica, col·laborativa i que desenvolupa recerca d’alt nivell en una infraestructura d’avantguarda. És d’admirar com, malgrat la difícil situació econòmica i gràcies a un gran esforç, els centres del PRBB continuen fent ciència d’excel·lència. Ho demostren el total de 17 beques del Consell Europeu de Recerca que acumulen, així com l’alt nombre d’investigadors ICREA que hi treballen, 20 entre el CRG, la UPF i l’IMIM. També és destacable l’èxit en La Marató d’enguany. Això demostra l’admirable resiliència dels equips científics i de gestió dels centres del parc, que els ha permès afrontar les restriccions pressupostàries. Tot i així, cal continuar treballant per aconseguir un compromís de les administracions perquè hi destinin recursos estables que permetin tornar als nivells assolits el 2009 i ajudin a convertir el coneixement en un motor de la nostra economia.
Marga Sala
«L’evolució no pot produir bons dissenys»sEgon simposi anual dEl cExs-upf/ sEcond annual symposium of thE cExs-upf
seus dubtes sobre les funcions reguladores de l’anomenat ADN escombraries. Els éssers humans porten una càrrega evolutiva o, com ho va expressar Randolph Nesse, «l’evolució no pot produir un bon disseny». Per exemple: els humans poden morir a causa de la deficiència de vitamina C. Això és un mal disseny, sobretot tenint en compte que la natura ha inventat la síntesi de vitamina C per a altres animals com gats i gossos. Nesse, de la Universitat de Michigan i representant de l’emergent camp de la medicina evolutiva, va emfatitzar que només podrem entendre les nostres malalties si entenem com els éssers humans s’han desenvolupat a través de l’evolució.
“Evolution cannot produce good design”
The 2nd CEXSUPF Symposium was held on November 26 at the PRBB under
the title “Perspectives in Evolutionary Biology”, with six leading experts in the field as guest speakers. Luc Steels from the IBE (CSICUPF) presented models on the evolution of language including videos of humanoid robots learning to speak by giving invented names to colours and gestures. Then it was the turn of Dan Graur from the University of Houston. Graur is a fierce opponent of the ENCODE project that was set up to identify all the functional elements in the genome. It was a controversial session, with the
speaker planting doubts about the regulatory functions of junk DNA. During the conference it became clear that humans carry an evolutionary burden or, as Randolph Nesse put it: “evolution cannot produce good design”. Take as an example the fact that humans can die from vitamin C deficiency. This is a bad design, particularly since nature has invented vitamin C synthesis for other animals like cats and dogs. Nesse, from the University of Michigan, represents the emerging field of evolutionary medicine. The researcher highlighted the importance of this field by making the point that we can only understand our diseases if we understand how humans developed through their evolution ■
Reimund fickert
El segon simposi del CEXSUPF es va celebrar el 26 de novembre al PRBB amb el
títol «Perspectives de la biologia evolutiva», amb sis experts líders en el camp com a convidats. Luc Steels, de l’IBE (CSICUPF), va presentar models sobre l’evolució del llenguatge, incloenthi uns vídeos de robots humanoides que aprenen a parlar tot inventant noms per als colors o els gestos. Després va ser el torn de Dan Graur, de la Universitat de Houston. Graur és un ferotge opositor del projecte ENCODE, que es va crear per identificar tots els elements funcionals en el genoma. Va ser una sessió controvertida, on va fer públics els
dEstacat / highlight
al pRBB persisteix la internacionalització
Encara que l’estabilitat és la tònica general en les dades demogràfiques del Parc, per primera vegada després de set anys de creisement continu es produeix un lleuger descens de població, amb 54 residents menys que l’any 2012. Els 1.379 residents censats a 1 d’octubre de 2013 segueixen donant un caire internacional al Parc, amb
un 25% d’estrangers, un 35% si tenim en compte només la franja de personal investigador. Pel que fa a la procedència, els estrangers provenen de 53 països diferents i el primer lloc el continuen ocupant els italians (83), seguits dels alemanys (37) i dels francesos (28). Aquest any han irromput amb força els residents de l’Índia, el nombre dels quals ha augmentat fins a 20 persones, i s’han situat en quart lloc en el rànquing de països.
internationalisation persists at the pRBB
Although stability is the pervading feature of the park’s demographics, for the first time after seven years of continous growth there has been a slight decrease in the population of the PRBB, there being 54 residents less than in 2012. The 1,379 members of staff registered on October 1, 2013, keep on giving the park its inter
national flavour, with 25% of the residents hailing from abroad. The figure rises to 35% if one looks only at the research staff. The nonnatives come from 53 different countries with the Italians taking first place (83), followed by the Germans (37) and then the French (28). This year the Indian residents have raced up the leader board, rising to 20 people. This gives India the fourth place in the ranking of foreign countries ■
Robots Qrio inventant el seu propi idioma / Qrio robots inventing their own language
©
Luc
Ste
els,
IBE
(CSIC
-UPF
), Son
y CS L
abor
ator
y Pa
ris
ciència www.prbb.org | desembre 2013 - gener 2014 2
notÍcia ciEntÍfica / sciEntific nEWs
Els científics utilitzen un mètode anomenat seqüenciació de l’ARN (RNAseq) per veure com els gens s’expressen al llarg de tot el genoma. Però, com poden analitzar aquesta informació? I, és prou bo i precís el software que fan servir? Això és el que ha avaluat el consorci RNAseq Genome Annotation Assessment Project (RGASP), una iniciativa associada a ENCODE. Els científics han trobat quins mètodes funcionen bé per a algunes tasques i quines àrees caldria millorar.
laia cendrós
Investigadors del CRG i de la UB han participat en la valoració sistemàtica i a gran escala del software per analitzar l’expres
sió dels gens. Els resultats, publicats a Nature Methods, contribuiran a obtenir millors mètodes i a facilitarne l’aplicació en camps diversos com la medicina i la biotecnologia, segons Roderic Guigó, un dels autors.
large-scale assessment of transcriptome analysis software
Scientists at the CRG and UB have taken part in a consortium that has carried out a systematic assessment of gene ex
pression analysis software. The results, which appear in two papers in Nature Methods, will help extract more information from nucleic acid sequencing methods and facilitate their application to fields as diverse as medicine and biotechnology, says author Roderic Guigó.
Valoració del programari d’anàlisi d’expressió gènica Scientists use a method called RNA sequencing (RNAseq) to see how genes are expressed across an entire genome. But how can they analyse this information, and how good is the software they use to do so? The RNAseq Genome Annotation Assessment Project (RGASP), an ENCODEaffiliated initiative, evaluated the performance of a wide range of RNAseq computer programmes and found out which approaches work well for certain tasks and which areas can be improved ■
«La meva feina és 80% passió»SALVADOR CARRANZA - GRUP DE FILOGÈNIA I SISTEMÀTICA ANIMAL DE L’IBE (CSIC-UPF)
maruxa martínez-campos
Als 14 anys Salvador Carranza ja feia expedicions per recollir serps i altres bèsties. Avui el cap del grup de Filo
gènia i Sistemàtica Animal de l’IBE (CSICUPF) ha fet de la seva afició la seva professió i recull rèptils per estudiar els processos que generen i mantenen la diversitat animal. El grup és molt dinàmic, sempre amb visitants estrangers; no en va és un referent europeu en el seu camp: la filogènia de rèptils.
illes i rèptils
«Com que són de sang freda, són molt sensibles als factors ambientals, i a causa de la seva baixa mobilitat estan molt afectats per les barreres físiques», diu Carranza dels seus objectes d’estudi. Això els fa bons indicadors d’esdeveniments biogeogràfics i climàtics. El biòleg ha treballat amb la majoria de rèptils: serps, escíncids, dragons (geckos)... «Els dragons posen ous calcaris resistents a l’aigua salada, així que han colonitzat la majoria d’illes del món», explica el barceloní. Les illes són, precisament, l’altra pota del seu model: «Són ideals per estudiar la generació de diversitat, perquè constitueixen un ecosistema simplificat i contingut». El seu projecte principal és a l’illa de Socotra, a 100 quilòmetres de Somàlia. «La flora és espectacular: hi ha boscos de dragos, arbres de carbassons... Això fa que els animals que hi arriben es reinventin, s’adaptin i apareguin noves espècies: l’evolució en acció», afirma. També ha treballat al Marroc, a les Canàries, al Cap Verd, al Iemen i a l’Aràbia Saudita, a més d’arreu d’Europa i a Oman, on el grup hi és present des de 2004. Quan arriben a un lloc nou, el primer que fan és esbrinar quines espècies hi ha i on es troben. «Podem trigar dos anys a trobar aquesta informació. Fem col·leccions científiques de referència si hi ha espècies noves —n’hem descobert vuit de dragons a Oman— i descripcions morfològiques. Després analitzem marcadors genètics per construir arbres filogenètics», explica Carranza. És aleshores quan poden ferse preguntes: com ha actuat la selecció natural? Són els canvis morfològics a les illes més ràpids que al continent? Mitjançant algoritmes que integren tota la informació genètica i geogràfica, també fan propostes per identificar les àrees ecològicament prioritàries d’un país.
tecnologia de paper i llapis
El grup sol fer dues expedicions l’any, a la primavera i a la tardor. En cada expedició poden recollir fins a unes mil mostres, i necessiten permisos de recol·lecció i exportació. El cost d’una expedició a Oman d’un mes, tot inclòs, s’acosta als 1.500 euros per persona. «Com que és un país de beduïns, pots acampar on vulguis; és la seva tradició», diu l’investigador. Tot i que porten tablets amb connexió a internet i les tecnologies més capdavanteres, els investigadors utilitzen paper i llapis per anotar les dades del que recullen. «En un lloc amb tant de sol, no veus la pantalla de l’ordinador, i amb la sorra i el vent pot espatllarse. El llapis, en canvi, és infal·lible. Ni tan sols va bé el bolígraf, perquè se’t pot córrer la tinta: llapis», somriu el cap del grup. Les tecnologies d’informació geogràfica són, però, essencials per preparar l’expedició i també durant els viatges. Viatges en els quals acumulen milers d’anècdotes, algunes divertides i d’altres perilloses, com picades de serps verinoses. «Mai he treballat en zones tropicals, que són molt interessants, perquè per arribar al fons de la qüestió necessites un sistema ric, però que puguis dominar. Has de poderlo convertir en un model per avançar un cop has definit les espècies. Oman és perfecte perquè té només 86 espècies de rèptils: Mèxic en té més de 700», comenta. Carranza defineix el laboratori com a empíric i productor de noves dades. «Cada cop costa menys seqüenciar, i es poden analitzar bases de dades més ràpid... Però sempre continuarem necessitant les mostres inicials, que és el que nosaltres recol·lectem», conclou.
“my job is 80% passion”
Aged 14, Salvador Carranza was already going on expeditions to collect snakes and other creatures. Today the head of
the Animal Phylogeny and Systematics group at the IBE (CSICUPF) has made his hobby his profession, and he collects reptiles in order to study the processes that generate and maintain animal diversity. The group is very dynamic, and always has foreign visitors; afterall, it is a European reference lab in the field of reptile phylogeny.
islands and reptiles
“Being coldblooded, reptiles are very sensitive to environmental factors, and due to their low mobility physical barriers affect them a lot”, says Carranza of his study subjects. This makes them good climate and biogeography indicators. The biologist has worked with the majority of reptiles: snakes, skinks, geckos and so on. “Geckos lay salt waterresistant calcareous eggs, so they have colonised the majority of the world’s islands”, explains the Barcelonanative. In fact, islands are the flip side of his model. “They are ideal for studying the generation of diversity, as they represent simplified and contained ecosystems”. His main project is on the island of Socotra, 100 km from Somalia. “The flora is spectacular: there are forests of dragon blood trees, and cucumber trees among other things. This means the animals that arrive there have to reinvent themselves; they adapt and new species appear: it’s evolution in action”. He has also worked in Morocco, the Canary Islands, Cape Verde, Yemen and Saudi Arabia, as well as throughout Europe and Oman, where the
lab has been present since 2004. When the group gets to a new site the first thing they do is find out which species are present, and where they are found. “It can take us two years to gather this information. We make reference collections of any new species —we have discovered eight new geckos in Oman— and write morphological descriptions of them. Later we analyse their genetic markers to construct phylogenetic trees”, explains Carranza. It is at this point they can ask questions: how has natural selection taken place? Are morphological changes on islands faster than on the continent? Using algorithms that integrate all the genetic and geographical information, they also identify prospective areas of ecological priority in a country.
pen and paper technology
The group usually goes on two expeditions a year, in spring and autumn. On each expedition they can gather up to 1,000 samples, and they need collection and export permits. The cost of a month’s expedition to Oman, all inclusive, is around 1,500 Euros per person. “As it’s a Bedouin country, you can camp where you want, it’s traditional”, says the researcher. Although they carry tablets with internet connection and cuttingedge technology, the researchers use pen and paper to record the data they collect. “In a place with so much sun, you can’t see the computer screens, and sand and wind can cause them to break down. The pencil, on the other hand, never fails. Not even pens, that can run out of ink: just pencils”, smiles the head of the group. Geographic information technology is, however, crucial both when preparing an expedition and during the trip. Trips from which they have accumulated thousands of anecdotes, some funny and some dangerous, including poisonous snake bites. “I’ve never worked in tropical areas, which are really interesting, because to get to the heart of the matter you need a rich system, but one that you are on top of. You have to be able to convert it into a model to move forward once you have defined the species. Oman is perfect because there are only 86 species of reptiles: Mexico has more than 700”. Carranza thinks about the lab as empirical and a producer of new data. “Sequencing is less and less expensive, and databases can be analysed faster, but we will always need the initial samples, which is what we collect”, he concludes ■
pERfil dE gRup / gRoup pRofilE
El grup de biòlegs dirigit per Salvador Carranza, amb els rèptils objecte del seu estudi The group of biologists led by Salvador Carranza with the reptiles they study
Foto
de
Mar
uxa
Mar
tÍnez
(PR
BB)
7 febrer de 2011 | www.prbb.org 3 desembre 2013 - gener 2014 | www.prbb.org ciència
notÍciEs ciEntÍfiQuEs / sciEntific nEWs
laia cendrós
La senescència és un estat en què les cèl·lules limiten la seva proliferació en resposta a l’estrès i sempre s’ha
associat a l’envelliment i a la patologia. Ara, investigadors del CRG i del CNIO han descrit independentment en dos articles a Cell que aquest estat no està relacionat només amb l’estrès o la proliferació de tumors, sinó que és quelcom necessari durant el desenvolupament embrionari. «El nostre estudi mostra que l’eliminació de cèl·lules senescents realitzada de manera coordinada pels macròfags dirigeix la remodelació dels teixits durant el desenvolupament. Això és vital per a la formació normal d’un embrió», explica Bill Keyes, que ha dirigit un dels estudis. Els autors han descrit la senescència com un procés essencial en dos dels principals centres de
La senescència cel·lular és un procés normal en l’embrió
senyalització en l’embrió de ratolí que ajuden a controlar el desenvolupament de les extremitats i el sistema nerviós. Aquests dos teixits són precisament uns dels més afectats quan hi ha defectes congènits de naixement, la qual cosa suggereix que entendre els mecanismes que regulen la senescència en l’embrió podria ajudar a explicar les causes d’alguns d’aquests problemes. «Aquesta troballa canvia definitivament la manera com enteníem la senescència i ens aporta nova informació per abordar el càncer i l’envelliment», comenta Mekayla Storer, primera autora del treball del CRG.
senescence is a normal process in the embryo
Senescence is a state by which cells limit their proliferation in response to stress and has been described in
ageing and cancer. Now, researchers at the CRG and CNIO reveal independently in two Cell papers that this state is not exclusively related to stress and tumour proliferation, but that it is also needed during normal embryonic development. “Our study shows how the coordinated removal of senescent cells by macrophages plays a key role in the remodelling of the developing tissues, a process that is required for normal patterning”, explains Bill Keyes, head of the lab at the CRG. The authors describe senescence as essential in two major signalling centres in the embryo that help control normal limb and nervous system development. Interestingly, these two tissues are amongst those most frequently affected by congenital birth defects, suggesting that an understanding of senescence regulating mechanisms in the embryo might help to explain the causes
of some developmental abnormalities. “These findings change the way we understand senescence, and give us important information for tackling cancer and ageing”, says Mekayla Storer, PhD student and first author on the study done at the CRG ■
L’estudi s’ha realitzat en embrions de ratolíThe study was done in mouse embryos
© M
ekay
la S
tore
r
L’article publicat a la revista Nature Cell Biology suposa una revolució en el camp de la biomedicina. L’obtenció d’aquests primordis cel·lulars genera esperances perquè un dia puguem utilitzar les nos
Zoila Babot
Un equip d’investigadors del CMRB, del Salk Institute de Califòrnia i de l’Hospital Clínic ha aconseguit
crear estructures renals tridimensionals en cultiu utilitzant cèl·lules mare humanes. Aquest avenç facilitarà l’estudi de les malalties renals i el descobriment de nous fàrmacs, i és un pas més cap a l’aplicació de teràpies basades en cèl·lules mare. L’equip dirigit per Juan Carlos Izpisúa Belmonte va utilitzar cèl·lules mare embrionàries i cèl·lules iPS obtingudes a partir de cèl·lules de la pell. Després de convertirles en cèl·lules progenitores del sistema renal en tan sols quatre dies en cultiu, els investigadors les van cultivar conjuntament amb cèl·lules del ronyó embrionari de ratolí. Els dos tipus de cèllules es van acoblar formant estructures tridimensionals similars al ronyó embrionari que amb el temps van recapitular, en cultiu, els processos de desenvolupament del ronyó humà.
«Mini-ronyons» creats a partir de cèl·lules maretres pròpies cèl·lules per regenerar els nostres òrgans malalts, de manera que se solucionarà l’escassetat d’òrgans per a trasplantaments. A més, el treball fa possible reproduir al laboratori malalties renals humanes i valorar diferents estratègies terapèutiques. De fet, els investigadors van generar «minironyons» de dos pacients diagnosticats amb malaltia poliquística renal.
“mini-kidneys” from human stem cells
A team of researchers from the CMRB, the Salk Institute in California and the Hospital Clinic has cre
ated threedimensional kidney structures in culture using human stem cells. This will facilitate the study of kidney diseases, the discovery of new drugs and is a step forward towards the implementation of stem cellbased therapies. The researchers led by Juan Carlos Izpisúa Belmonte used embryonic stem
cells and induced pluripotent stem (iPS) cells obtained from human skin cells. After just four days in culture they became renal filtration and collection system progenitor cells which were then cultured with embryonic mouse kidney cells. The two types of cells combined forming threedimensional structures similar to the embryonic kidney. These threedimensional structures, with time, recapitulated the development processes of the human kidney. The paper, published in Nature Cell Biology, represents a revolution in the field of biomedicine. The generation of these wellorganised 3D renal structures allows us to hope that one day we could use our own cells to regenerate our diseased organs, thus solving the problem of transplant organ shortages. The work also enables human renal diseases to be reproduced in the lab for testing different therapeutic strategies. In fact, the scientists already created “minikidneys” from two patients diagnosed with polycystic kidney disease ■
© C
MR
B
Primordi de ronyó format per cèl·lules humanes (groc) i de ratolí (blaves) / Renal primordium
with human (yellow) and mice (blue) cells
Rosa manaut / maribel pérez
Un equip de metges de l’Hospital del Mar i d’investigadors de l’IMIM, dirigits per Esther Bar
reiro, ha trobat dos prometedors biomarcadors per predir l’evolució del càncer de pulmó en pacients amb malaltia pulmonar obstructiva crònica (MPOC). L’estrès oxidatiu —el desequilibri entre la producció d’oxidants i d’antioxidants a les cèl·lules— i la inflamació són dos paràmetres relacionats amb la progressió del càncer de pulmó que es troben elevats a la sang i al teixit tumoral. L’estudi ha demostrat per primera vegada que
Nous avenços en el diagnòstic del càncer de pulmó
també es troben elevats a la part superior de l’aparell respiratori no afectada per la lesió tumoral en pacients amb càncer de pulmó i que a la vegada tenen MPOC. Els investigadors han publicat a la revista Free Radical Biology and Medicine la comparació de 52 pacients amb càncer de pulmó i 21 persones sense càncer. «Els dos paràmetres que hem trobat elevats, l’ADN danyat per oxidació i el factor de necrosi tumoral alfa —una proteïna inflamatòria—, es poden detectar fàcilment en sang, i això facilitaria el seu ús com a marcadors en la pràctica clínica. Però caldran més estudis per confirmar el seu valor predictiu», explica Barreiro.
new advances in lung cancer diagnosis
A team of doctors from the Hospital del Mar and researchers from the IMIM, led by Esther Barreiro, has found two
promising biomarkers for predicting the evolution of lung cancer in patients with chronic obstructive pulmonary disease (COPD). Oxidative stress —the imbalance between the production of oxidants and antioxidants in cells— and inflammation are both parameters related to the progression of lung cancer that are found raised in the blood and tumour tissue. The study has shown for the first time that they are also
elevated in the airways, the upper part of the respiratory system not affected by the tumour lesion, in patients with lung cancer who are also suffering COPD. In the journal Free Radical Biology and Medicine the researchers have published a comparison of 52 patients with lung cancer and 21 people without cancer. “The two parameters that we found raised, the DNA damaged by oxidation and the tumour necrosis factor alpha, an inflammatory protein, can easily be detected in blood, and this fact would greatly facilitate their use as markers in clinical practice. But further studies will be needed to confirm their predictive value”, explains Barreiro ■
ciència www.prbb.org | abril de 2011 4ciència www.prbb.org | desembre 2013 - gener 2014 4
caRRERa ciEntÍfica / sciEntific caREER
pERfil / pRofilEpare de tres fills, Baldo oliva fa tretze anys que dirigeix el grup de Bioinfor-màtica Estructural al gRiB (upf-imim). aquest químic de 50 anys, nascut a gràcia i resident a terrassa, combina aquesta tasca amb fer classes als estudiants de biologia i del màster de bioinformàtica de la upf.
father of three, Baldo oliva has been directing the structural bioinformatics group at gRiB (upf-imim) for the last 13 years. this 50 year old chemist, born in gràcia and currently living in terrassa, combines this with lecturing to biology students and on the Bioinformatics msc. at the upf.
«Per ser científic cal ser pacient i tossut»maruxa martínez-campos
d’on va sorgir el teu interès per la ciència?
Com molts nens, de petit m’interessava la natura, col·leccionar insectes, etc. Volia entendre els
mecanismes de funcionament dels éssers vius i vaig estudiar bioquímica. Durant la carrera em van agradar molt la física i les matemàtiques, així que els darrers anys vaig començar també la carrera de matemàtiques.
En què vas fer el doctorat?Havia de fer una mutació dirigida d’un enzim per millorarlo, però vaig veure que no serveixo per a la part experimental. Per la meva manca de paciència —vaig exercir massa pressió en un aparell—, vam tenir una explosió al laboratori que va afectar la visió d’un company! A partir d’aleshores vaig dedicarme a la teoria, al reconeixement del comportament d’estructures de proteïnes. Els dos darrers anys els vaig fer a Suècia, on vaig aprendre dinàmica molecular. Els coneixements de física i programació que vaig adquirir estudiant matemàtiques em van ajudar, tot i que vaig haver de deixar la carrera.
millor teoria que pràctica, doncs?Em frustra el poc control que tenim sobre l’experimentació. Després d’una setmana d’experiments, en intentar fer una tinció amb plata d’una proteïna a les nou de la nit d’un diumenge, no va funcionar. Això em va passar diverses vegades seguides. Frustrat, vaig revisar tot el procediment fil per randa. Al final va resultar que el bicarbonat s’hidratava al cap d’uns dies i la concentració que estava utilitzant no era la que creia... Amb els ordinadors, en canvi, ho controles tot tu; si alguna cosa surt malament, és perquè no l’has programat bé.
Què va venir després del doctorat?El 1992 em van fer un contracte a la UAB per gestionar una base de dades genètica. Hi vaig estar set anys, durant els quals vaig codirigir algunes tesis doctorals i vaig fer diverses estades de tres o quatre mesos al laboratori de Michael Sternberg, a Londres. El 2000 vaig formar el meu propi grup a la UPF.
BALDOMERO OLIVA – CAP DEL GRUP DE BIOINFORMÀTICA ESTRUCTURAL (GRIB:UPF-IMIM)
Quin ha estat el canvi més gran que has viscut en la recerca?La seqüenciació era una novetat durant el meu doctorat, i ho va revolucionar tot. Avui dia ja no parlem d’entendre una molècula, sinó el conjunt de molècules d’un sistema. Hem passat dels gens a la genòmica, de les proteïnes a la proteòmica... Hem fet un salt gegant pel que fa a l’escala.
El millor i el pitjor de la recerca?Sempre t’estàs preguntant coses, sempre hi ha alguna cosa nova... No et pots avorrir. Però la burocràcia és molt pesada. Més del 50% del meu temps l’esmerço a buscar finançament o a administrarlo.
portes feina a casa?La recerca és molt flexible pel que fa a horaris, i això m’ha facilitat la conciliació amb la vida familiar. Però als ordinadors, és molt fàcil enganxars’hi! Un cop els meus fills dormen, si em poso amb programació, m’hi puc estar fins a les tres de la matinada.
Què cal per dedicar-se a la recerca?Prou curiositat per ferte preguntes i prou tossuderia per arribar a contestarles. Per això els nens són científics per excellència!
“to be a scientist you have to be patient and stubborn”
Where did your interest in science come from?
Aas a child I was interested in collecting insects. Later I wanted to understand how human beings work
so I studied biochemistry. During my studies I liked physics and maths, so in the last years I started doing a mathematics degree.
What did you do your phd on?I was supposed to do a targeted mutation of an enzyme to improve it, but I realised I was no good at the experimental part. Due to my lack of patience —I exerted a bit too much pressure on a device— we had an explosion in the lab that affected a colleague’s vision! From then on, I’ve dedicated myself to theory, examining the behaviour of protein structures. I spent the last two years of my PhD in Sweden, where I learned about molecular dynamics. The knowledge of physics and programming that I acquired studying maths helped me a lot, even though I didn’t finish the degree.
Better theory than practice then?It frustrates me how little control we have
over experiments. After a week of trying to make a silver staining of a protein, at nine pm on a Sunday it still wouldn’t work. That happened to me several times in a row. Frustrated, I reviewed the whole procedure piece by piece. In the end it turned out that after a few days the bicarbonate had hydrated and the concentration that I was using was not what I had thought... With computers, on the other hand, you control everything, if something goes wrong, it is because you have not done the programming well.
What came after your phd?In 1992, I got a contract at the UAB to manage a genetic database. I was there for seven years, during which time I codirected some doctoral theses and did several three or four month stays in Michael Sternberg’s lab, in London. In 2000 I started up my own group at UPF.
What is the biggest change you’ve seen in research?Sequencing was new during my doctorate, and it revolutionised everything. Today, we no longer talk about understanding a molecule, rather the set of molecules in a system. We have gone from genes to genomics, from proteins to proteomics. We’ve made a giant leap in terms of scale.
What are the best and worst things about research?You’re always questioning things, there’s always something new; you can’t get bored. But the bureaucracy is really annoying. More than 50% of my time is spent looking for or administering funding.
do you take your work home with you?Research is pretty flexible in terms of timetable, and this enables me to balance it with family life. But with computers, it is very easy to get hooked! Once my children are asleep, if I start programming, I can be up til three o’clock in the morning.
What do you need to devote yourself to research?To be curious enough to ask yourself questions and stubborn enough to answer them. That’s why children are scientists par excellence! ■
confERÈnciEs pRBB-cRg / confEREncEs pRBB-cRg conference programme financed by the cRg and the pRBB
JoEl schWaRtZ, monday december 9. Schwar tz, from Harvard School of Public Health in Boston, US, has played a leading and crucial role in the
discovery of the health effects of lead on neurodevelopment and the urban air pollution effects on respiratory and cardiovascular diseases, with special attention to the underlying mechanisms. He is also interested in methodological questions regarding the modell ing of non-linear functions. Finally, he wants to understand the effects of antioxidants on respiratory health. He has been invited by Jordi Sunyer (CREAL).
pER ahlBERg, monday december 16. Ahlberg, from the Evolutionary Biology Centre at the Uppsala University, Sweden, has two principal fields of research: Palaeozoic
vertebrate evolution with focus on the origin of tetrapods —the morphological transition from fish to tetrapod— and the relationship of molecular and developmental patterning to morphological evolution. Specifically he is looking into the evolution of muscles and bones in vertebrate heads, necks and limbs, bringing together molecular techniques such as transgenic cell lineage labeling with palaeontological data in a single analysis. He has been invited by James Sharpe (CRG).
michaEla fRyE, friday January 10. Frye, from the Cambridge Stem Cell Institute, Wellcome Trust-MRC, in Cambridge, UK, is using a comprehensive approach
combining system-wide approaches, mouse models and in vitro differentiation assays to study epithelial stem cell homeostasis and cancer and identify key factors regulating stem cell differentiation in adult tissues. In particular she wants to answer how post-transcriptional modifications control stem cell fate in normal tissues and how aberrant cytosine-5 methylation pathways can cause human diseases. She has been invited by Kiana Toufighi (CRG).
fRanÇoisE pflumio, monday January 27. Pflumio, from Insti-tut de Radiobiologie Cellulaire et Moléculaire (IRCM), in France, studies the mechanisms that
maintain stem cell quiescence and those that allow them to enter the cell cycle and diffe-rentiate into different hematopoietic lineages. She is also working on the characterization of the leukemic stem cells and trying to un-derstand their resistance to drugs. Her group combines genetic, molecular and cellular approaches with imaging to monitor the deve lopment of leukemia or the initiation of normal hematopoiesis in xenograft models. She has been invited by Anna Bigas (IMIM).
Foto
de
Mar
uxa
Mar
tÍnez
(PR
BB)
7 febrer de 2011 | www.prbb.org 5 desembre 2013 - gener 2014 | www.prbb.org ciència
notÍciEs ciEntÍfiQuEs / sciEntific nEWs
gisela sanmartín
La plena lactància, o lactància exclusiva, entre els 6 i els 12 mesos millora el desenvolupament de
les funcions cognitives dels infants als quatre anys, segons confirma un estudi liderat per l’investigador Jordi Júlvez, del CREAL, centre de recerca de l’aliança ISGlobal. Altres factors com els indicadors d’intel·ligència de les mares, els símptomes psicopatològics, la classe social o els àcids grassos del calostre (llet dels primers dies després del part) eren independents d’aquesta associació, tot i que alguns d’ells també influeixen en el neurodesenvolupament. El treball publicat a Developmental Medicine and Child Neurology ha analitzat 434 mares i fills de la cohort de naixement del projecte INMA a Sabadell. Només 51 mares van fer plena lactància durant més de sis mesos, i la durada mitjana va ser de poc més de quatre mesos. Una durada que «no és suficient perquè resulti beneficiosa per al desenvolupament neurològic del nadó», diu Júlvez. Segons l’estudi, només la lactància materna exclusiva a llarg termini millora les capaci
laia cendrós
En un treball publicat a la revista PLOS Computational Biology, els grups liderats per Johannes Jae
ger al CRG i Julio R. Banga a l’IIMCSIC han presentat un model matemàtic que prediu amb gran detall la regulació dels gens. Els científics han desenvolupat algoritmes per crear un model mitjançant el qual es repeteix diverses vegades el procés de simulació per anar ajustant el model a les dades obtingudes al laboratori fins que les prediccions es corresponen amb la realitat. En aquest cas, els investigadors han estudiat el desenvolupament dels segments corporals en la mosca de la frui
Rosa manaut
Investigadors de l’IMIM liderats per Sandra Peiró han descrit una nova funció de dues molècules clau en la progressió
dels tumors: el factor de transcripció Snail1 i l’enzim LOXL2. L’estudi, que s’ha publicat a la revista Molecular Cell, col·loca l’enzim LOXL2 com a possible diana terapèutica per al tractament de càncers com ara els de mama, de laringe, de pulmó o de pell. Durant la transició epitelimesènquima (EMT) les cèl·lules epitelials es converteixen en cèl·lules mesènquimes, capaces de
Beneficis de la lactància materna a llarg termini
Models computacionals per desxifrar problemes biològics
Descrita la funció de dues molècules implicades en la metàstasi
tats cognitives dels nens. De fet, aquesta és un dels factors del neurodesenvolupament més estudiats en els darrers anys. El cervell és molt sensible a les exposicions ambientals durant els primers anys de vida i qualsevol factor que l’afecti podria tenir com a conseqüència efectes permanents en la funció cerebral.
long-term breastfeeding benefits
Full breastfeeding (exclusive or almost exclusive) of babies aged 6 to 12 months improves the cognitive
development of these children at four years of age, according to a study led by researcher Jordi Júlvez from the CREAL, research centre of the ISGlobal Alliance. Other factors such as the intelligence indicators of the mothers, the psychopathological symptoms, the social class and the fatty acids in the colostrum —the milk in the first few days after birth—, some of which also influence neurodevelopment, were independent of this association. The work published in the journal Developmental Medicine and Child Neurology analysed 434 mums and babies from the birth cohort of the INMA project in
ta, però el mateix tipus de model podria utilitzarse per produir fàrmacs o altres productes biotecnològics. «El més important en el nostre estudi és que hem demostrat que existeix una única forma coherent per abordar el problema, cosa que no s’havia aconseguit mai abans amb un model complex de regulació gènica», afirma Jaeger. «Aquest és un gran pas cap a l’aplicació d’aquests models en tot tipus de contexts biològics», afegeix el científic. El treball forma part del projecte europeu BioPreDyn, coordinat per Jaeger, on onze socis de vuit països, incloenthi tres empreses (Evolva, InSilico Biotechnology, i CoSMo Company), comparteixen un únic objectiu: desenvolupar models computacionals per analitzar xarxes biològiques a escala múltiple.
Sabadell. Only 51 mothers fully breastfed for more than six months: the average length was little more than four months. A length of time which “is not sufficient to be beneficial for the baby’s neurological development”, explains Júlvez. According to the study only full longterm breastfeeding led to an improve
computational models to decipher biological problems
In a paper published in the Open Access journal PLOS Computational Biology, groups led by Johannes Jaeger
at the CRG and Julio R. Banga at IIMCSIC demonstrate a mathematical model that closely predicts posttranscriptional gene regulation. The researchers developed algorithms to use in a “systems biology modelling cycle”, in which they repeatedly adjusted a model to gene expression data obtained from laboratory experiments until a good fit was obtained between the predicted and measured outcomes. They studied the development of body segments in the fruit fly, but these models could be also applied to optimise the pro
ment of the children’s cognitive skills. In fact, breastfeeding is one of the most studied neurodevelopmental factors of the past few years. The brain is very sensitive to environmental exposures during the first years of life and any factor that affects it could permanently impact brain function ■
duction of drugs and other biotechnological products. “What is important in our study is that we proved there was a unique and consistent solution to the problem, something that has never before been achieved for a realistic complex model of gene regulation”, declares Jaeger. “This is a big step towards applying the systems biology cycle routinely, in all kinds of biological contexts”, adds the researcher. The work is part of the EU project BioPreDyn, coordinated by Jaeger, in which eleven partners from eight countries, including three industrial partners (Evolva, InSilico Biotechnology, and the CoSMo Company), are developing computational models to analyse multiscale biological networks ■
migrar i resistents a la mort cel·lular programada, entre d’altres coses. És així com les cèl·lules tumorals poden moure’s i arribar a altres teixits. L’estudi demostra que durant la conversió en cèl·lules mesènquimes, l’ADN, plegat dins de la cèl·lula en forma de cromatina, s’ha de reorganitzar per tal d’adaptarse a les noves funcions cel·lulars. El factor de transcripció Snail1, a través de LOXL2, és l’arquitecte d’aquesta reestructuració. D’aquesta manera, qualsevol mecanisme capaç de bloquejarho impediria la transició epitelimesènquima i, per tant, la metàstasi.
Roles of two molecules involved in metastasis are described
Researchers from the IMIM, led by Sandra Peiró, have described a new function of two key molecules in tu
mour progression, the transcription factor Snail1 and the enzyme LOXL2. The study, published in the journal Molecular Cell, suggests enzyme LOXL2 as a possible therapeutic target for the treatment of cancers such as breast, larynx, lung and skin cancer. During the epithelialmesenchymal transition (EMT) epithelial cells turn into
mesenchymal cells which are able to migrate and are resistant to programmed cell death, amongst other things. This is how tumour cells can move and reach other tissues. The study shows that during the conversion into mesenchymal cells, the DNA, folded inside the cell in the form of chromatin, must reorganise in order to adapt to the new cell functions. The transcription factor Snail1, through LOXL2, is the architect of this restructuring. So any mechanism that was able to block it would prevent the epithelialmesenchymal transition and thus metastasis ■
ciència www.prbb.org | abril de 2011 4ciència www.prbb.org | desembre 2013 - gener 2014 6
ciÈncia al dEscoBERt / sciEncE uncoVEREd
maurizio gentile
Els patògens generalment envaeixen el nostre cos a través de la pell o les mucoses. Quan es produeix la inva
sió, les cèl·lules del nostre sistema immune detecten la presència dels microbis intrusos i els eliminen mitjançant unes respostes protectores caracteritzades per una especificitat creixent. El sistema immunitari es divideix en dues categories: innata i adaptativa. La immunitat innata es refereix als mecanismes de defensa, no específica, que entren en joc immediatament després de l’aparició d’un agent patogen al cos. Aquests mecanismes inclouen barreres físiques com la pell, productes químics a la sang i cèl·lules que ataquen els elements estranys al cos. La immunitat adaptativa es refereix a una resposta immune específica a un antigen i és més complexa i lenta. L’antigen primer ha de ser processat i reconegut. Un cop reconegut, es crea un exèrcit de cèl·lules immunes específicament dissenyades per atacarlo. Uns dels principals protagonistes són els limfòcits B, especi
El poder dels anticossosalitzats en la producció d’anticossos que potencialment poden lluitar contra milions de microbis. Cada anticòs té una diana única, un antigen present en l’organisme invasor. Aquest antigen és una mena de clau que ajuda l’anticòs a identificar l’organisme. Quan s’insereix la clau al pany, l’anticòs s’activa i neutralitza al patogen. La intel·ligència del sistema no s’atura aquí. Algunes cèl·lules B diferenciades migren a la medul·la òssia i hi viuen durant anys, on continuen produint anticossos fins i tot quan l’antigen ha estat eliminat. Això explica la memòria de la immunitat adaptativa: la seva capacitat de «recordar» un organisme invasor i reaccionarhi amb més rapidesa quan hi torna a estar exposat.
the power of antibodies
Pathogens usually invade our body through the skin or mucosal surfaces. When invasion occurs, so
me of our immune system cells sense the presence of the intruding microbes and remove them by mounting protective responses characterised by progressively increased specificity.
as the skin, chemicals in the blood, and cells that attack foreign elements in the body. Adaptive immunity refers to an antigenspecific immune response and is more complex. The antigen must first be processed and recognised. Once it has been identified, an army of immune cells specifically designed to attack that antigen is created. One of the main players are B cells, lymphocytes specialised in antibody production that can potentially fight millions of microbes. Each antibody has a unique target, an antigen present in the invading organism. The antigen is like a key that helps the antibody identify the organism. When the key is inserted into the lock, so to speak, the antibody is activated, neutralising the target. The cleverness of the system does not stop there. Some of the differentiated B cells migrate to the bone marrow where they live for several years, continuing to produce antibodies even when the antigen has been eliminated. This explains the “memory” of adaptive immunity: its capacity to “remember” an invader and react more rapidly to subsequent exposure to the same organism ■
The immune system is divided into two categories: innate and adaptive. Innate immunity refers to nonspecific defence mechanisms that come into play immediately or within hours of a pathogen appearing in the body. This includes physical barriers such
Representació d’anticossos monoclonals units a antigens a la superfície cel·lular
A representation of monoclonal antibodies binding to antigens on a cell surface
foto ciEntÍfica / sciEntific photogEnt dEl pRBB / pRBB pEoplE
Un arbre comença amb una llavor, les cèl·lules de la qual es divideixen per produir les arrels, el tronc,
les fulles i, finalment, una immensa entitat viva que no solament és vital per a la nostra existència, sinó que també embelleix el nostre món. El conjunt de cèl·lules mare que hi ha a la imatge s’ajusta perfectament a aquest pensament. La fotografia, feta per Julia Burnier al Laboratori de Disseny de Sistemes Biològics del CRG, forma part de l’exposició «Tree of Life. La complexitat de la vida: de la cèl·lula a l’organisme viu». L’exhibició recull imatges fetes per investigadors del CRG i ha estat presentada a Can Manyé Espai d’Art i Creació d’Alella durant el mes de novembre. L’objectiu de la mostra és compartir no només la recerca que es fa al centre, sinó també la bellesa i la singularitat d’aquestes imatges, així com els paral·lelismes i sinèrgies que s’estableixen entre l’art i la ciència.
“there are trees that shout green”
A tree starts with a seed, the cells divide to produce roots, a trunk, leaves and, finally, it becomes a vast
living entity that is not only vital to our existence, but which beautifies our world. The group of stem cells in the image perfectly square with this thought. The photo, taken by Julia Burnier who worked at the Design of Biological Systems lab at the CRG, forms part of the exhibition “Tree of Life. The complexity
«Hi ha arbres que llancen crits verds»
Mara Dierssen
Pablo Cironi
of life: from the cell to the living organism”. The display includes images taken by CRG researchers, and was open to the general public at the Can Manyé Art and Creation Space in Alella during the whole of November. The aim of the exhibition was to share not only the research that takes place at the centre, but also the beauty and uniqueness of the images, and the parallels and synergies between art and science ■
laia cendrós
Mara Dierssen, la cap del grup de Biologia Cel·lular i de Sistemes del CRG ha estat nomena
da presidenta de la Societat Espanyola de Neurociències (SENC) per al període 20132015. Dierssen va ser elegida presidenta fa dos anys, però el seu mandat, aprovat el passat 27 de setembre per l’assemblea de la SENC durant el seu 15è Congrés Nacional, acaba de començar a l’octubre. L’assemblea també va aprovar el nomenament dels altres set membres de la nova junta directiva.
mara dierssen, new president of sEnc, the spanish society of neuroscience
Mara Dierssen, head of the Cellular and Systems Biology group at the CRG has been
named president of the Spanish Society of Neuroscience (SENC) for 20132015. Dierssen was elected two years ago but her term of office, approved by the SENC assembly during its 15th National Congress, took up the role in October. The assembly also approved the appointment of seven members to the new board of directors ■
laia cendrós
El químic argentí Pablo Cironi serà el nou responsable de transferència tecnològica del CRG. Cironi té
més de 14 anys d’experiència en recerca i desenvolupament de fàrmacs, biologia molecular i biologia sintètica, i altres sis anys en transferència de tecnologia i processos de comercialització. Després de gaudir d’una beca postdoctoral Fulbright a la Universitat de Harvard, Cironi es va incorporar a la Fundació Marcelino Botín com a Senior Innovation & Technology Transfer Manager. Al CRG ara la seva tasca serà facilitar l’explotació dels resultats de recerca dels investigadors del centre.
new department head for cRg’s technology transfer
The Argentine chemist Pablo Cironi will be the centre’s new head of technology transfer. He has over 14
years of research and development experience in drug discovery, molecular biology and synthetic biology, and six years managing technology transfer and commercialization processes. After enjoying a Fulbright postdoctoral fellowship at Harvard University, Cironi joined the Marcelino Botín Foundation as Senior Innovation & Technology Transfer Manager. At the CRG his task will now be to facilitate the exploitation of the research results coming out of the centre■
© A
nna
Tanc
zos,
Wel
lcom
e Im
ages
7 febrer de 2011 | www.prbb.org 7 desembre 2013 - gener 2014 | www.prbb.org diversitat
REtRat / poRtRait
antonio martíBarcelona, 1948
Cap d’Auxiliars de Seguretat (Trablisa)
Quina és la teva rutina diària?He treballat al PRBB més de set anys, llevantme cada dia a les quatre del matí. i treballant primer de les cinc del matí a les 8 del vespre, i ara només de sis a dues. Obro els llums i les portes del moll de càrrega, estic a recepció i vaig a fer rondes de vigilància, incloenthi l’estabulari, on comprovo la temperatura dels peixos.
alguna anècdota de la feina?A la nit he vist investigadors dormint als sofàs de les recepcions, vaig trobar una piragua en una de les terrasses, i he vist un investigadorsurfista entrant al Parc amb la seva planxa... i en banyador eslip!
Que faràs quan et jubilis al desembre?He treballat des de l’any 1964, i el que no vull és quedarme al sofà. M’apuntaré a un gimnàs, i també aniré a caminar. I, és clar, per fi sortiré més amb la meva dona, ja que els horaris que he tingut aquests anys, amb només un cap de setmana lliure al mes, no ens han permès fer gaire coses junts!
Què trobaràs a faltar del pRBB?Els meus companys i, en general, la gent del Parc. Hi ha moltíssima gent que conec de vista, hi ha un noi de l’IMIM que em trobo cada dia a les cinc del matí! És clar que hi ha hagut moments de molts nervis però el 95% del temps ho he passat molt bé aquí.
What is your daily routine? I’ve been working at the PRBB for over seven years, getting up every day at four am. At first I was working from five in the morning to 8pm, and now six am to two pm. When I arrive, I turn on the lights and open the loading bay doors. Then I go reception and do surveillance rounds, including the animal facility, where I check the temperature of the fish there.
have you got a job-related anecdote?Doing the rounds in the evening I have found researchers sleeping on the sofas in the reception areas! Also, once I found a canoe on one of the terraces, and I’ve spotted one surf dude researcher coming in with his board ...in only his speedos!
What are you going to do when you retire in december? I’ve worked nonstop since 1964, and what I don’t want to do is sit on the sofa all day. I’ll sign up to a gym, and I’ll also walk. And, of course, finally I’ll be able to go out with my wife, since the timetable I’ve had all these years, with only one weekend off every month, hasn’t allowed us to do many things together!
What you will miss at the pRBB? My colleagues and the people in the park in general. There are loads of people I know by sight; there’s a guy at the IMIM I bump into every day at five in the morning! Of course there have been fraught periods and heated moments, but 95% of my time here has been great ■
dEBat actual / cuRREnt-affaiRs dEBatE
En un article recent de The Economist s’afirma que hi ha «problemes al laboratori», ja que una quantitat cada vegada més gran de la recerca publicada no és fiable. L’any passat, investigadors de l’empresa de biotecnologia Amgen van trobar que només podien reproduir sis dels 53 estudis més «emblemàtics» de recerca en càn-cer. I prèviament John Ioannidis, epidemiòleg a la Universitat de Stanford, va afir-mar que «la majoria dels resultats de recerca publicats probablement són falsos», sobretot a causa de la manca de rellevància estadística. Què està passant amb el sistema de revisió per parells que suposadament evita la publicació d’errors en articles científics? Els codis de bones pràctiques científiques, com el del PRBB, són eficaços a l’hora d’evitar la publicació de recerca de mala qualitat?
is science going wrong?
In a recent article The Economist claimed that there is “trouble at the lab”, be-cause an increasing amount of unreliable research is getting published. Last year researchers at the biotech firm Amgen found they could reproduce just six of 53 “landmark” studies in cancer research. And previously John Ioannidis, an epide-miologist from Stanford University, argued that “most published research findings are probably false”, mainly due to a lack of statistical significance. What is hap-pening in the peer review system which supposedly avoids the publication of mistakes in scientific articles? Are Codes of Good Scientific Practice, like that of the PRBB, effective in preventing the publication of shoddy research?
arcadi navarro (CEXS-UPF)
«El fet que la ciència hagi esdevingut un esforç mundial massiu, no només garanteix un progrés
més ràpid i sorpreses impressionants. També té dues conseqüències negatives: en primer lloc, que la recerca s’ha convertit en un terreny fèrtil en què prosperen delinqüents que es dediquen, per exemple, a la creació de revistes d’accés obert falses o de conferències inexistents per estafar els ingenus. I en segon lloc, que els investigadors honestos irremeiablement publiquen un creixent nombre de resultats que no resistiran la prova del temps, entre altres raons perquè el sistema de revisió per parells no està dissenyat per detectar errors de tipus I o de tipus II (falsos positius o negatius). El primer problema es pot deixar a la Interpol, però el darrer cau de ple sobre les nostres espatlles, les dels científics. És la comunitat científica en conjunt la que, amb el temps, se suposa que ha de detectar i corregir aquests falsos resultats. Ara, més que mai, la replicació independent de resultats és la pedra angular sobre la qual descansa el gran edifici de la ciència.»
‘‘The fact that science has become a massive, worldwide endeavour does not only guarantee faster progress and breathtaking surprises. It also has two negative outcomes: first, that research has become fertile ground for crooks to flourish in by, for instance, creating fake opensource journals or bogus scientific conferences to rip off the gullible; and, second, that honest researchers will necessarily publish an increasing number of results that will not stand the test of time, amongst other things, because the peer review system is not designed to spot type I or type II errors (false positives or negatives). The former problem may be an issue for Interpol, but the latter falls squarely on the shoulders of us scientists. Now, more than ever, successful and independent replication is the cornerstone on which the edifice of science rests.”
Va malament la ciència?
miquel porta (IMIM)
«The Economist és tan amable… Quina mena de capitalisme és aquest? Àdhuc abans de 2008,
els inversors en la indústria biotecnològica van perdre més de 90.000.000.000 dòlars (molts eren diners públics). Aquí al PRBB, n’hem analitzat les causes i les conseqüències? El màxim directiu de Genentech digué, ‘‘És la indústria que més diners ha perdut mai. És una hemorràgia”. Hi ha hagut una “bombolla genòmica” gegant, científicament lamentable: milers de promeses incomplertes. Les promeses no tenien una base científica sòlida. No eren bona “recerca bàsica”. Als promotors de promeses els amoïnaven poc els malalts i les poblacions. Has de saber poca fisiopatologia humana, ser terriblement “ingenu” —i un pensador pobre— per fer certes prediccions clíniques. No gaire diferent de “Inside job”. Nosaltres? Crisi, quina crisi? En diferents mesures, al PRBB també hem d’analitzar les nostres responsabilitats en aquesta crisi terrible.»
‘‘The Economist is so kind.. . What capitalism is this? Even before 2008, investors in the biotech industry lost over $90,000,000,000 (much of which was public money). Here at PRBB, did we analyse the reasons and the cons equences? The top executive of Genentech said, ‘It’s the biggest moneylosing industr y of all t ime. It is hemorrhaging’. There has been a gigantic, scientifically regrettable ‘g e n o m i c b u b b l e ’ : t h o u s a n d s o f unfulfilled promises. Promises lacked a solid scientific rationale. They were not good ‘basic science’. Promoters of the promises barely cared about patients and populations. You’ve got to know little human pathophysiology, be terribly ‘naive’ —and a poor thinker— to make certain clinical predictions. Not that different from ‘Inside job’. We, us? Crisis, what crisis? In different ways and degrees, at PRBB we also have to analyze our responsibilities in this terrible crisis.”
Juan Ramón gonzález (CREAL)
« Al meu entendre, no és un problema del sistema de revisió per parells, sinó una qüestió
ètica. La responsabilitat de proporcionar uns resultats fiables és tan sols de l’autor. L’existència de codis de bones pràctiques científiques, com el que tenim al PRBB, pot resultar eficaç, tot i que al cap i a la fi són només recomanacions. Caldrien estratègies més intervencionistes, com ara sol·licitar als autors que publiquin les dades en les quals es basen els seus resultats en els formats originals, abans que siguin processades. Des d’un punt de vista estadístic, això tindria un benefici immediat. L’anàlisi d’aquestes dades «brutes» pot proporcionar la confirmació de les sospites inicials de frau mitjançant la identificació de signes de creació de dades falses.»
‘‘In my opinion, this is not a peer review problem. It is an ethics issue. It is the author’s responsibility to provide reliable research. The existence of Codes of Good Scientific Practice, such as the one we have at the PRBB, can be effective although, at the end of the day, they are only recommendations. More interventionist strategies are necessary. For instance, requiring authors to post the raw data that supports their results. From a statistical point of view, there is an immediate benefit. An analysis of the raw data could provide confirmation of any suspicions of fraud by identifying signs of data fabrication.”
Juan Valcárcel (CRG)
«D’una banda, les avaluacions científiques són cada vegada més superficials, la qual cosa pot con
duir a una mala dinàmica de publicacions. Hem d’insistir als nostres joves científics que no es tracta d’aconseguir un article a Nature; es tracta de fer les coses bé. D’altra banda, sembla que hi ha una intenció, al meu parer totalment equivocada, de soscavar el valor de les inversions públiques en ciència bàsica. Amb tanta feina feta i tantes tecnologies disponibles, les dades o conclusions errònies tindran, de ben segur, una vida útil molt limitada. En realitat, molt poques activitats humanes estan sotmeses a un control tan estricte.»
‘‘The evaluation of science is increasingly superficial, which may lead to vicious publication dynamics. We need to insist to our young scientists that it is not about a paper in Nature, it is about accuracy.
On the other hand, there seems to be, what is in my view, a terribly mistaken agenda to undermine the value of public investment in basic science. With such a vast quantity of work on any given topic and so many enabling technologies available, any erroneous data and conclusions are bound to have a very limited life span. There are, in fact, very few human activities that are subject to such stringent control.” ■
Edifici www.prbb.org | desembre 2013 - gener 2014 8
Si voleu enviar una «carta al director» per a la seva publicació a l’El·lipse, si us plau envieu el vostre text a comunicacio@prbb.orgIf you would like to send a “letter to the editor” for its publication in El·lipse, please send it to comunicacio@prbb.org
direcció:Jordi Camí, Reimund Fickert i Elvira López
assessor: Manuel Lamas
Editora:Maruxa Martínez-Campos
comitè editorial:Rosa Manaut (IMIM/Hospital del Mar)
Maribel Pérez (Hospital del Mar) Gisela Sanmartín (CREAL)
Marc Permanyer (UPF)Núria Pérez (UPF)
Glòria Lligadas (CRG)Zoila Babot (CMRB)
Mònica Rodríguez (PRBB)María Escrivá (FPM)
centres: Institut Hospital del Mar d'Investigacions
Mèdiques (IMIM)Departament de Ciències Experimentals
i de la Salut de la Universitat Pompeu Fabra (CEXS-UPF)
Centre de Regulació Genòmica (CRG)Centre de Medicina Regenerativa
de Barcelona (CMRB)Centre de Recerca en Epidemiologia
Ambiental (CREAL)Institut de Biologia Evolutiva (CSIC-UPF)
Fundació Pasqual Maragall (FPM)
adreça:Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB)
c/ Dr. Aiguader, 88 • E-08003 Barcelona E-mail: comunicacio@prbb.org
Web: www.prbb.org
maquetació i impressió:Taller Editorial CEGE (www.tallereditorial.com)
Imprès en paper reciclatDipòsit legal: B. 23.796-2009
Si voleu rebre una versió digital d’aquest diari, registreu-vos a www.prbb.org/divulgacio
agEnda
Fotografia d’Albert Català (PRBB) Photo by Albert Català (PRBB)
Envieu les vostres fotos relacionades amb el PRBB a / Send your pictures related to the PRBB to: comunicacio@prbb.org
la foto dEl mEs / photo of thE month
pREmis / aWaRds
Nous premis i distincions
maruxa martínez-campos
L’Organització Europea de Biologia Molecular va seleccionar al novembre 23 Joves Investigadors EMBO de
tot Europa. L’investigador ICREA del CEXS i cap de grup a l’IBE Tomàs MàrquesBonet i el científic del CRG Pedro Carvalho són dos dels únics tres premiats que treballen en centres espanyols. Els investigadors rebran 15.000 euros anuals durant tres anys com a suport a la recerca que duen a terme. D’altra banda, Toni Gabaldón, cap del Laboratori de Genòmica Comparativa del CRG, i Marc MartíRenom, científic del Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG) i del CRG, han estat nomenats recentment professors d’investigació ICREA per la Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats. Al CREAL, l’epidemiòleg de contaminació de l’aire Payam Dadvand ha aconseguit un contracte Ramón y Cajal per als propers cinc anys.
new awards and distinctions
In November, the European Molecular B i o l o g y O r g a n i s a t i o n ( E M B O ) announced the selection of 23 young
researchers from across Europe as EMBO Young Investigators. ICREA and IBE researcher Tomàs MàrquesBonet and CRG scientist Pedro Carvalho are two of only three awarded scientists working in Spanish centres. The researchers will receive 15,000 euros per year for three years to support their research. Toni Gabaldón, head of the Comparative Genomics laboratory at the CRG and Marc MartíRenom, a joint researcher at the National Centre for Genomic Analysis (CNAG) and the CRG, have also recently been appointed ICREA Research Professors by the Catalan Institution for Research and Advanced Studies. At the CREAL, epidemiologist Payam Dadvand, who works on air pollution, has won a prestigious Ramón y Cajal contract for the next five years ■
Pedro Carvalho, Tomàs Màrques-Bonet, Marc Martí-Renom, Payam Dadvand i Toni Gabaldón
notÍcia gEnERal / gEnERal nEWs
maruxa martínez-campos
Dels 42 projectes de recerca en càncer finançats per La Marató de TV3 en l’edició de 2012, 12 estan vincu
lats als centres del PRBB: sis a l’IMIM i un a l’Hospital del Mar (1,8 milions d’euros), dos al CEXSUPF (500.000 euros), dos al CRG (300.000 euros) i un al CMRB (200.000 euros). Així doncs, han anat a parar al Parc quasi tres dels més d’11 milions d’euros repartits —la inversió més important que ha fet la Fundació en les 21 edicions del programa, gràcies al rècord de recaptació que va obtenir La Marató 2012—. Tres investigadors de l’IMIM lideraran projectes propis: Lluís Espinosa estudiarà una possible diana terapèutica per al càncer colorectal, Sandra Peiró investigarà la histona H3 i Miquel Porta els compostos organoclorats i el risc de càncer de pàncrees. Els quatre investigadors que han aconseguit fons en cooperació amb altres institucions han estat Francesc Alameda, Beatriz Bellosillo, Ramon Gimeno i José Yélamos López, el qual coliderarà un projecte en què també participa Juan Martín Caballero, director de l’estabulari del PRBB. Al CRG rebran subvenció Luciano di Croce i Fátima Gebauer, i al CEXSUPF Núria López Bigas estudiarà la genètica dels tumors i Rubén Vicente García l’efecte antitumoral dels cannabinoides. El CMRB coordinarà un estudi sobre el càncer de pàncrees.
Ajuts de La Marató per a investigadors del PRBB
la marató awards
Of the 42 cancer research projects funded by the 2012 edition of La Marató de TV3, 12 are linked to PRBB cen
tres: six to the IMIM and one to the Hospital del Mar (1.8 million €), two to the CEXSUPF (500,000 €), two to the CRG (300,000 €), and one to the CMRB (200,000 €). This means that three of the more than 11 million euros raised by the programme have gone to the park. This was the most important investment the Foundation has made in 21 editions of the programme, thanks to recordbreaking fundraising by the Marató 2012. Three researchers at the IMIM are heading up their own projects: Luis Espinosa will look at a possible therapeutic target for colorectal cancer; Sandra Peiró will investigate the histone H3, and Miquel Porta will study organochlorine compounds and the risk of pancreatic cancer. The four researchers who have been granted funding in cooperation with other institutions are Francesc Alameda, Beatriz Bellosillo, Ramon Gimeno and José Yélamos López, who will colead a project which also involves Juan Martín Caballero, the director of the PRBB animal facility. The CRG has received grants for Luciano di Croce and Fátima Gebauer. At the CEXSUPF, Núria López Bigas will study the genetics of tumours and Vicente García the antitumoural effect of cannabinoids. The CMRB will coordinate a study on pancreatic cancer ■
16 de desembre a 3 de gener. Recollida de joguines al PRBB. Les joguines, no-ves i sense embolicar, es poden diposi-tar a la recepció de la planta 0.
10 i 24 de gener. Deadline for the abs-tracts (10) and the registration (24) for the Integrative and Computational Bio-logy Symposium, that will take place at the PRBB Auditorium on March 27-28, 2014. http://www.imppc.org.
14 i 21 de gener. «Mindfluness para me-jorar la maestría personal y la gestión del tiempo», amb Andrés Martín Asuero. Info: intervals.prbb.org.
17 de gener. «Roedores axénicos. Im-portancia de la microbiota en los mode-los animales», xerrada a càrrec de Juan Martín-Caballero dins les jornades de formació continua per a professionals de l’animal de laboratori coorganitzades per Charles River i el PRBB. De 13 a 15 h a l’Auditori del PRBB. Inscripció gratuï-ta per mail: teresa.delacueva@crl.com.
24 de gener: «Redactar y publicar tra-bajos en revistas de impacto: cómo ser eficiente y evitar rechazos», amb Marta Pulido. Info: intervals.prbb.org.
31 de gener. «Técnicas actorales para la comunicación científica», amb Fernando Gallego. Info: intervals.prbb.org.
Per a més informació, aneu a www.prbb.orgFor more information please go to www.prbb.org
Foto
de
Mar
uxa
Mar
tÍnez
(PR
BB)
Recommended