LE BANCHE DATI ONLINE Gaetano Grillo Biblioteca Rosmini dei Corsi di Laurea Professioni Sanitarie...

LE BANCHE DATI ONLINE

Gaetano Grillo

Biblioteca “Rosmini” dei Corsi di Laurea Professioni Sanitarie <gaetano.grillo@unito.it>

Didattica Integrativa Canale A Torino, 7 ottobre 2008

• Breve introduzione

• Medline (OVID)

• Cinahl (OVID)

• Embase (OVID)

Il Programma di oggi

Le esigenze informative di partenza

- Tenermi aggiornato su un argomento?- Tesi di laurea o altro lavoro scientifico?- Relazione per un esame?- Descrizione o gestione di casi clinici?- Relazione sulla propria attività o su quella del reparto?- altro… ?

I tipi di documento:-libri monografici (trattati, manuali, raccolte di saggi)- periodici- linee guida- atti di congressi- immagini (fisse e in movimento)- documenti multimedialialtro...?

I formati possono essere:-Cartacei- elettronici con accesso locale (CD-ROM, Floppy disk, …)- elettronici con accesso remoto (CD-ROM in rete, siti Internet, fulltext online)

Strumenti di ricerca

- Database bibliografici- Cataloghi- Subject gateways- Motori di ricerca- Mailing list e rispettivi archivi- Forum di discussione- Siti di associazioni professionali

Le fonti per la ricerca bibliografica online in ambito biomedico:<http://www.lib.unito.it/web/tutorial/fonti.html>

I database: definizione

La gestione dell’informazione è lo scopo principale di un databaseEsso è un insieme di descrizioni standard, strutturate e organizzate, accessibile all'utenza attraverso interfacce che ne permettano l'interrogazione e il recupero di dati

Una tabella di database

Sono visibili i campi (colonne) in verticale e i record (righe) in orizzontale

Relazione tra tabelleEsempio di database relazionale, in cui le

tabelle sono collegate tra loro

Ricercare in un database bibliografico

Vanno distinti:- la struttura del database- il software di IR (= information retrieval, recupero dell’informazione)

Struttura del record o citazione bibliografica (che deriva dallo spoglio di articoli di riviste prese in considerazione dal database)

campi

Cosa sono i database bibliografici?

In un database bibliografico i dati sono divisi in campi e record.

Per ogni articolo viene prodotta una citazione bibliografica che comprende una serie di elementi (metadati). Questi riferimenti bibliografici sono relativi alla letteratura biomedica (prevalentemente periodici)

MEDLINE: La NLMMEDLINE: La NLM

• MEDLINE è la più importante banca dati è la più importante banca dati bibliografica mondiale di argomento biomedico e bibliografica mondiale di argomento biomedico e contiene citazioni e abstract di più di contiene citazioni e abstract di più di 5000 riviste 5000 riviste biomediche (in 37 lingue) pubblicate negli Stati Uniti e biomediche (in 37 lingue) pubblicate negli Stati Uniti e in altri 80 paesi in altri 80 paesi

Prodotto dalla Prodotto dalla National Library of Medicine in in lingua lingua inglese e contiene ainglese e contiene argomenti di medicina, infermieristica, rgomenti di medicina, infermieristica, odontoiatria, medicina veterinaria …odontoiatria, medicina veterinaria …

Contiene oltre 16.000.000 di riferimenti bibliografici Contiene oltre 16.000.000 di riferimenti bibliografici di di articoli pubblicati su riviste dal 1950 a oggi articoli pubblicati su riviste dal 1950 a oggi Aggiornamento quotidianoAggiornamento quotidiano E‘ gratuita tramite l‘interfaccia di Pubmed dal 1997E‘ gratuita tramite l‘interfaccia di Pubmed dal 1997

Caratteristiche di Caratteristiche di MEDLINE 1MEDLINE 1

• Lingua d’interrogazione è l’inglese, anche Lingua d’interrogazione è l’inglese, anche per reperire riferimenti ad articoli per reperire riferimenti ad articoli pubblicati in lingue diverse (il titolo pubblicati in lingue diverse (il titolo dell’articolo, in questi casi, è tradotto in dell’articolo, in questi casi, è tradotto in inglese)inglese)

• Presenza di abstract: tutti i riassunti Presenza di abstract: tutti i riassunti presenti sono in inglese, indipendentemente presenti sono in inglese, indipendentemente dalla lingua in cui è scritto l’articolodalla lingua in cui è scritto l’articolo

• Frequenza di aggiornamento? Quotidiana; Frequenza di aggiornamento? Quotidiana; ogni giorno vengono aggiunti 2000 – 4000 ogni giorno vengono aggiunti 2000 – 4000 nuovi record. Nel 2007, ne sono stati nuovi record. Nel 2007, ne sono stati aggiunti 670.000.aggiunti 670.000.

Caratteristiche di Caratteristiche di MEDLINE 2MEDLINE 2

• Tipo di documenti indicizzati: articoli Tipo di documenti indicizzati: articoli di rivista (gli atti di congresso di rivista (gli atti di congresso compaiono solo se pubblicati su compaiono solo se pubblicati su riviste).riviste).

• Copertura geografica: circa il 50% Copertura geografica: circa il 50% degli articoli appartiene a riviste degli articoli appartiene a riviste pubblicate negli Stati Uniti, il restante pubblicate negli Stati Uniti, il restante 50% a riviste pubblicate in 80 altri 50% a riviste pubblicate in 80 altri PaesiPaesi

• Copertura linguistica: il 78% degli articoli Copertura linguistica: il 78% degli articoli indicizzati in MEDLINE è scritto in lingua indicizzati in MEDLINE è scritto in lingua inglese, ma questa percentuale sale all’89% inglese, ma questa percentuale sale all’89% per gli articoli inseriti tra 2000 e 2003per gli articoli inseriti tra 2000 e 2003

Caratteristiche di Caratteristiche di MEDLINE 3MEDLINE 3• Quali tipi di studio si trovano?

• Tendenzialmente tutti quelli pubblicati sulle rivisteTendenzialmente tutti quelli pubblicati sulle riviste:

• lettere che esprimono opinioni• report di casi singoli o di più casi• studi qualitativi• sperimentazioni non controllate• studi di eziologia, studi prospettici

• sperimentazioni precliniche e cliniche controllate:studi caso-controllo, sperimentazioni randomizzate controllate, ecc.

• Revisioni narrative e sistematiche• Linee guida

Esistono diverse piattaforme per interrogare il database MEDLINE:Gratuite : Entrez PUBMED

A pagamento: OVID In OVID e in PUBMED sono interrogabili anche altre banche dati.

OVID è accessibile da tutti i PC aziendali e universitari

Da casa: tramite il proxy (Nome utente e password sono gli stessi

usati per l'accesso al servizo di posta elettronica dell'Ateneo)

accesso alle banche dati dal sito accesso alle banche dati dal sito della della biblioteca „Rosmini“

accesso alle banche dati dal sito accesso alle banche dati dal sito della della facoltà di Medicina e chirurgia

accesso alle banche dati da accesso alle banche dati da casa tramite casa tramite proxy università

Varie sezioni di Medline

Ricerca di base

Finestra di ricerca di base

Come ritrovare un articolo, un autore…

Entro nel tesauro

Ricerco tra i vari campi del record

Avvio la ricerca

Vado in ricerca avanzata

autore (fino a 25 cognomi);

titolo dell'articolo

fonte bibliografica (titolo della rivista, volume, fascicolo, pagine, anno, mese)

descrittori di soggetto (MeSH)

Struttura di una citazione: alcuni elementi

Riassunto del documento

Struttura di una citazione: alcuni elementi

tipo di pubblicazione (ad es. lettera, editoriale, rassegna).

lingua originale in cui l'articolo è stato pubblicato

I descrittori di soggetto:

I MeSH, ("Medical Subject Headings") MESH è l'acronimo di Medical Subject Headings, ovvero intestazioni di soggetto per la medicina e servono ad identificare i termini più appropriati per la ricerca.

Ne esistono circa 24,767 (ott. 2007) e sono scelti da specialisti di ogni area della biomedicina.

L’albero MeSH

Si tratta di un tesauro … (Thesaurus = vocabolario controllato). I suoi descrittori fanno parte di una struttura gerarchica che permette di ricercare a vari livelli di specificità.

Termine del MeSH (descrittore di soggetto)

Breve descrizione del termine MeSH

i termini sono disposti in una gerarchia “ad albero”, in cui i “broader terms” (termini più generali) contengono i “narrower terms”, termini più ristretti)

broader terms

narrower terms

I MeSH, ("Medical Subject Headings")Breve descrizione del MeSH che permette di valutare la scelta

Gli articoli sono indicizzati utilizzando questo tesauro e quindi:i termini sono in forma normalizzata (tutti i sinonimi sono ricondotti ad un unico termine accettato. Es: ulcer, pressure – bed sore – decubitus ulcer – sore pressure – sore, pressure … “Pressure ulcer”)

i termini sono collegati con una rete di rinvii. In particolare:

“vedi”: rinvio da voce non accettata a voce accettata: es.: “ diseases, skin” vedi Skin Diseases oppure“Vedi anche”: per i termini, entrambi accettati, che hanno una relazione importante. es.: Skin Diseases vedi anche Dermatologic Agents / Skin Manifestations

Conoscere la struttura dei MeSH può essere molto utile per elaborare una ricerca efficace

Le 16 categorie principali del MeSH :1. Anatomy [A]2. Organisms [B]3. Diseases [C]4. Chemicals and Drugs [D]5. Analytical, Diagnostic and Therapeutic Techniques and Equipment [E]6. Psychiatry and Psychology [F]7. Biological Sciences [G]8. Natural Sciences [H]9. Anthropology, Education, Sociology and Social Phenomena [I]10. Technology, Industry, Agriculture [J]11. Humanities [K]12. Information Science [L]13. Named Group [M]14. Health Care [N]15. Publication Characteristics [V]16. Geographicals [Z]

Categoria principale

MeSH relativo

I MeSH non sono disponibili su: • premedline• “record as supplied by publisher”

I MeSH non vengono creati per argomenti che ricorrono raramenteI MeSH non esistono ancora per i termini “nuovi”N.B. In tutti questi casi usare la ricerca libera con operatori logici.

I MeSH : accorgimenti

RIASSUMENDO:Ogni articolo indicizzato riceve un certo numero di descrittori MeSH che definiscono il suo intero contenuto semantico.

Alcune voci di soggetto hanno una particolare rilevanza (indicate, nei record bibliografici, con l'asterisco (*)). Queste voci si ricercano specificando come qualificatore [MAJR] (Focus).

PRIMA DI INIZIARE LA RICERCA FORMULARE IL QUESITO USANDO IL PICO

Patient group(s) (paziente)Il quesito riguarda chi o che cosa (problema)?

Intervention (intervento)Che cosa è stato fatto o succede ai pazienti?

Comparison(s) (comparazione)Che cosa potrebbe essere fatto in alternativa?

Outcome(s) (esito) Come influisce l’intervento sulla popolazione/pazienti?

ricerca di base

ricerca di base

Inserisco una o più parole libere per la ricerca

Storia e risultati della ricerca

Posso utilizzare i risultati per trovare una citazione vicina al mio argomento di ricerca e poi andare in ricerca avanzata per cercare i termini (descrittori di soggetto) che trovo nel campo dei Mesh

Oppure ….. inserisco sempre la stessa parola libera e il DB mi suggerirà un termine del tesauro dei Mesh

Ricerca avanzata

il DB suggerisce a quali termini MeSH si lega,e seleziono il termine che mi interessa

Parola libera inserita

L’albero MeSH

I SUBHEADINGS Le "sotto-intestazioni" rappresentano un aspetto particolare del singolo descrittore MeSH a cui si applicano. Sono utili per rendere efficace una strategia di ricerca.

Se cerchiamo, ad esempio, una sostanza farmacologica, potremmo essere interessati a circoscrivere i risultati della ricerca all'aspetto tossicologico, oppure agli effetti collaterali, al suo uso diagnostico o terapeutico, al suo assorbimento e metabolizzazione da parte dell'organismo, agli avvelenamenti, alla posologia, e via dicendo.Non tutti i subheadings sono applicabili a tutti i MESH

Possiamo restringere i risultati della nostra ricerca utilizzando il bottone dei limiti

i “Limits”: come limitare una ricerca

Normalmente conviene sempre partire da una ricerca più ampia e poi restringerla con l’aiuto dei limiti, ad es. :

• per gruppi d’età (attenzione alle definizioni!)• per data di pubblicazione dell’articolo• per data d’inserimento del record nel database (Entrez date, per le novità)

Scelta limiti veloce, es: solo Full Text

Scelta limiti metodologici

I limiti metodologiciPossono indicare il tipo di pubblicazione, ad es.:

Clinical Trial Editorial Randomized Controlled Trial

Servono a individuare il livello di evidenza presentato in uno studio

Ottenuto il risultato della ricerca posso salvare le citazioni attraverso il “Results Manager”

Posso salvare i records selezionati o tutti

Posso scegliere quali campi del record salvare

Includere la storia della ricerca e salvare tutte le citazioni bibliografiche in formato testo

L’uso degli operatori boleani: AND, OR, NOT

• Per una buona strategia di ricerca utilizzando i MeSH è necessario l’uso metodico degli operatori logici boleani.• La combinazione di AND, OR e NOT per associare più termini nella stessa ricerca, permette di risolvere il problema dei risultati con troppi record (è sbagliata l’idea che tanti articoli recuperati equivalgano ad una buona ricerca)

Per comprendere l'"algebra" booleana (AND, OR e NOT) si tengano presenti le seguenti relazioni grafiche: L'AND "restringe" l'insieme ai risultati comuni ad un secondo insieme a AND b

l'OR lo "allarga" sommandovi il secondo insieme

a OR b

il NOT elimina dal primo quanto appartiene anche al secondo

a NOT bIn pratica:• l’AND equivale ad un'intersezione;• l'OR ad una sommatoria;• il NOT ad una sottrazione.

CINAHL : che cosa contiene?

CINAHL

Il Cumulative Index to Nursing & Allied Health è un database comprendente riferimenti bibliografici da pubblicazioni appartenenti alle discipline infermieristiche e alle scienze alleate

Le varie specialità dell’infermieristica:

ChirurgiaChirurgia plasticaFisioterapia e riabilitazioneGastroenterologiaGinecologiaNutrizione e dieteticaOncologia

Discipline collaterali:

Assistenza medicaOptometriaPediatria Pronto soccorsoServizio socialenella cura della saluteTecnica radiologicaTerapia occupazionaleTecnica chirurgica

Ricorda: Ogni DB presente in OVID ha la stessa interfaccia di interrogazione

CINAHL: : un po’ di storia

E’ tra i più vecchi e completi repertoribibliografici delle scienze infermieristiche

Prodotto dall’American Nurses Association e dalla National League for nursing

Nato nel 1961 (indicizzando 35 periodici) con il nome di CINL vede la sua veste definitiva nel 1977, integrato con la letteratura di discipline collaterali

CINAHL: contenuti

Copertura temporale: dal 1982 in poi

Copertura geografica: Africa, Asia, Australia, Canada, Europa, Sud America, Regno Unito e Irlanda, Stati Uniti

Indicizza 2,593 riviste, di cui 1,798 includono il riassunto dell’autore;

cita inoltre: tesi, linee guida (a volte in testo completo), atti di congressi, materiali audiovisivi, software e libri

Sono presenti 1,328,745 record (dato dic. 2006)

Il database è indicizzato con un tesauro. Il 70% del CINAHL subject headings (12,414 ) corrisponde ai MeSH del MEDLINE; gli altri termini sono specifici per l’infermieristica e le scienze alleate

Inserisco sempre la parola libera e il DB mi suggerirà un termine del tesauro di CINAHL

•Dal 1/1/2009 CINAHL, la banca dati per le scienze infermieristiche attualmente consultabile attraverso OVID, migrerà su una nuova piattaforma gestita da EBSCO

•In previsione di tale cambiamento è stato attivato, fino al 31/12/2008, un trial sulla versione "base" e su quella "Plus" della banca dati. L’accesso è disponibile collegandosi, da tutti gli IP di Ateneo, all'indirizzo: http://search.ebscohost.com

Embase: che cosa contiene?

•Banca Dati bibliografica che copre i settori della medicina, con particolare riguardo alla farmacologia e alla tossicologia

•Piú di 11.000.000 records a partire dal 1974 (nella versione OVID dal 1988)

Indicizza 5000 riviste, di prevalenza europea

aggiornamenti giornalieri •Europa

Thesauro: EMTREE (52,500 termini) •A pagamento

Paragone tra EMTREE e MeSH

LA COCHRANE LIBRARY E GLI STRUMENTI PER IL

RECUPERO DELL’INFORMAZIONE

Gaetano Grillo

Biblioteca “Rosmini” dei Corsi di Laurea Professioni Sanitarie <gaetano.grillo@unito.it>

Didattica Integrativa Canale A Torino, 14 ottobre 2008

• The Cochrane Library (OVID)

• Le linee guida

• E-BOOKS

• I Cataloghi

• I Periodici elettronici

• Le risorse in Internet

Il Programma di oggi

The Cochrane Library

La Cochrane Library é una pubblicazione elettronica finalizzata a rendere disponibile la migliore evidenza per le domande terapeutiche.

E’ il principale prodotto della Cochrane Collaboration e raccoglie tutte le sue revisioni sistematiche (RS) prodotte ed i protocolli delle revisioni in corso.

“Si tratta di un'efficiente e valida fonte di informazione per professionisti impegnati in scelte di governo clinico, utili nell'orientare le attività mediche ed infermieristiche, nell'educazione continua e nell'organizzazione dei servizi”

Cochrane Database of Systematic Reviews (Cochrane Reviews)

Le revisioni Cochrane sono esclusivamente revisioni di studi clinici randomizzati, identificati su tutte le più importanti riviste mediche pubblicate nelle diverse lingue. L’inclusione o l’esclusione degli studi è basata su espliciti criteri di qualità in modo da ridurre gli errori sistematici. Total Records 5171

Spesso i dati vengono combinati statisticamente (con le meta-analisi) per raggiungere risultati più affidabili ( a volte i singoli studi includono casistiche troppo piccole).

Nuove revisioni sono rese disponibili ad ogni edizione della Cochrane Library con l'obiettivo finale di coprire tutte le aree della assistenza sanitaria.

Database of Abstracts of Reviews of Effectiveness (DARE)

Il DARE contiene 5758 abstract strutturati di revisioni sistematiche pubblicate sulle maggiori riviste mediche e analizzate qualitativamente da esperti del NHS Centre for Reviews and Dissemination della University of York, Inghilterra. Total Records 7048

E’ una bibliografia di 479.462 trial clinici identificati dai membri della Cochrane Collaboration tramite la ricerca manuale delle riviste biomediche internazionali. Lo scopo finale è creare una banca dati esaustiva degli studi clinici controllati. CENTRAL si basa sull'esame sistematico di atti dei congressi e su molte altre fonti non incluse in MEDLINE o in altre banche bibliografiche. Total Records 527,885

The Cochrane Centre Register of Controlled Trials (CENTRAL)

Health Technology Assessment Database (HTA)Questa banca dati, prodotta dal NHS Centre for Reviews and Dissemination della University of York, raccoglie informazioni in merito a studi internazionali di health technology assessment. Contiene record riferibili a studi già completati o in corso. I riassunti provengono dall’International Network of Agencies for Health Technology Assessment (INAHTA) ed hanno un carattere più descrittivo che analitico. Non riportano valutazioni critiche del contenuto. Total Records 7177

L’ NHS Centre for Reviews and Dissemination della University of York produce questa banca dati di 19.722 riassunti sulla valutazione economica degli interventi sanitari.. Total Records 22,978

NHS Economic Evaluation Database (NHS EDD)

Un po‘ di storia1972 Archie Cochrane (Epidemiologo) sosteneva l‘importanza di creare un registro centrale internazionale di studi clinici in particolare quelli Randomizzati, i soli che erano il più possibile esenti da “bias”. Egli scriveva:“E' davvero una critica giusta quella che viene fatta alla nostra professione, di non aver organizzato un sommario critico, specialità per specialità, aggiornato periodicamente, di tutti gli Studi Randomizzati Controllati rilevanti”.

Alcuni anni dopo la sua morte questa riflessione portò alla creazione della Cochrane Collaboration

La Cochrane Collaboration é una rete internazionale di scienziati e medici. Il fine di questa istituzione é di produrre revisioni sistematiche per poter valutare terapie, tenerle aggiornate e diffonderle

La Cochrane Collaboration è un organizzazione senza scopo di lucro

Le revisioni vengono prodotte da diversi gruppi di revisione

Esempi di gruppi di revisione• Anaesthesia Group• Back Group• Bone, Joint and Muscle Trauma Group• Breast Cancer Group• Childhood Cancer Group• Colorectal Cancer Group• Consumers and Communication Group

• Cystic Fibrosis and Genetic Disorders Group• Dementia and Cognitive Improvement Group• Depression, Anxiety and Neurosis Group• Developmental, Psychosocial and Learning Problems Group• Drugs and Alcohol Group

Medline

(in OVID)

CINAHL

(in OVID)

EMBASE

(in OVID)

CHOCHRANE

LIBRARY

(in OVID)16.000.000

dal 1950

1.328.000

dal 1982

11.000.000

dal 1988

594.559

5.000 riviste 2.600 riviste 5.000 riviste Fonti diverse

angloamericana internazionale europea internazionale

MeSH CINAHL headings EMTREE keywords

Parola libera

Articoli di riviste Articoli di riviste, libri, tesi,

audiovisivi

Articoli di riviste

Revisioni sistematiche, studi

clinici

Biomedicina, infermieristica,

odontoiatria, medicina

veterinaria

Infermieristica e scienze affini

Biomedicina, farmaci e

farmacologia

Terapie

Linee Guida per la pratica clinica:

E’ un database di linee guida americane

Tutte hanno un abstract strutturato

Di alcune esiste anche il full text

Una certa quantità *non* si trova in PubMed (non sono pubblicate su riviste)

Navigabili per:Disease/ConditionTreatment/InterventionOrganization Usare la “detailed search”

Altre risorse: NELH's Guidelinesfinder (FT gratuito)Programma Nazionale Linee Guida

NGC - National Guideline Clearinghhouse

OVID: manuali online

•In OVID ho la possibilità di accedere a 41 libri in versione elettronica, di cui 22 hanno pertinenza infermieristiche

OVID: manuali online

In OVID ho la possibilità di accedere a 41 libri in versione elettronica, di cui 22 hanno pertinenza infermieristiche

I cataloghi delle biblioteche

Come recuperare la documentazione scientifica selezionata?Nei cataloghi cartacei e in linea delle biblioteche biomediche trovo principalmente i riferimenti bibliografici a libri, periodici cartacei ed elettronici.

Attraverso il sito della Biblioteca del Rosmini accesso a: • Catalogo periodici della Biblioteca del Rosmini• Catalogo periodici Biblioteche biomediche Università di Torino (OCAP in dismissione)• TROVA@unito (per le riviste disponibili in formato elettronico dell‘Ateneo di Torino)• Catalogo periodici e dei libri delle Biblioteche d’Ateneo di Torino

I cataloghi delle biblioteche

Ulteriori strumenti di recupero dell’informazione:

CATALOGO ITALIANO DEI PERIODICI (ACNP)

LibrinLinea (SBN - Catalogo collettivo delle biblioteche della Regione Piemonte)

SBN-ONLINE Catalogo collettivo delle biblioteche nazionale

I Periodici elettronici

Il periodico elettronico, in alternativa al formato cartaceo, fornisce il testo completo di un documento (solitamente per leggere a video un articolo è preferibile usare il formato HTML e per la stampa il formato PDF)

Strumento utile per reperire i loro siti è la lista alfabetica del PEB (Periodici Elettronici Biomedici) creata da bibliotecari biomedici

I Periodici elettroniciPossibilità d’accesso al full-text (testo integrale):

Gratuita es.: BMJ (Vedi lista dei periodici elettronici biomedici ad accesso gratuito Free Medical Journal )

A pagamento con licenza o abbonamento:

Nella nostra realtà istituzionale, le riviste elettroniche biomediche (e non) dell’Ateneo di Torino (le licenze con gli editori)* sono disponibili in TROVA@unito e solo per le riviste biomediche (fino a giugno 2008) in OCAP

*Per accedere ai FT dei periodici elettronici occorre andare in biblioteca, oppure consultarli dai computer dell’Università e delle Molinette (solo accesso al testo integrale di OVID FULL TEXT) oppure da casa tramite l’ uso del servizio “Off Campus Library”

RISORSE INTERNET SELEZIONATE

Le risorse di PREFERITOcoprono anche i siti infermieristici selezionati dalla biblioteca del Rosmini.