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Le Portail Terminologique de SantéLe Portail Terminologique de Santé
18 ans CISMeF, 5 février 2013
« The MeSH is not enough… »
Muscle supinateur => FMA (Foundational Model of Anatomy)
Dopamine receptor activity => GO (Gene Ontology)
Ataxie épisodique type 3 => Orphanet
Associations d'alcaloïdes du rauwolfia => ATC
• 1ère approche : terminologie CISMeF (métatermes, types de ressources, stratégies de recherche)
• 2005 : nouveaux besoins (maladies rares, dispositifs médicaux, anatomie, médicaments, …)=> Univers multi-terminologique
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Comment ?
• Projet InterSTIS avec : ⇒LERTIM (M. Joubert)⇒VIDAL⇒MONDECA⇒MEMODATA (D. Dutoit)⇒LIMSI⇒LIMSI⇒DSPIM⇒LabSTIC⇒HON
• Nouveaux outils (terminologiques et ontologiques)• Nouvelles méthodes : méta-modélisation, alignements, etc.
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Méthodes
- Méta-modélisation
- Pour chaque terminologie ou ontologie (T/O) : étude du modèle original et création d’un parseur dédié
Database (implémentation du méta-modèle)
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Quelques chiffres
Terminologies Concepts Synonymes Définitions Relations & hiérarchies
25 ≈ 580 000 ≈ 840 000 ≈ 200 000 ≈ 1 200 000
Mai 2010
Février 2011
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Terminologies Concepts Synonymes Définitions Relations & hiérarchies
32 ≈ 980 000 ≈ 2 300 000 ≈ 210 000 ≈ 4 000 000
Terminologies Concepts Synonymes Définitions Relations & hiérarchies
45 ≈ 1 620 000 ≈ 3 700 000 ≈ 220 000 ≈ 5 400 000
Janvier 2013
Applications (1)
• Indexation (codage / annotation)
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Applications (2)
• Enseignement
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Applications (3)
• Accès aux ressources
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Applications (4)
• Audit de terminologies
18 ans CISMeF, 5 février 2013
De PTS à EHTOP
• Multi-linguisme (UMLS)⇒Nouveau modèle de base de données
⇒ Multi-terminologique, multi-discipline, multi-lingue
18 ans CISMeF, 5 février 2013
EHTOP
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Et ensuite ?
• Aujourd’hui, PTS compte plus de 1100 utilisateurs enregistrés• Environ 500 utilisateurs/jour (4500 visiteurs différents/mois)• Principalement en France mais aussi en Belgique, Canada, Tunisie, Algérie, USA, Maroc, Suisse, …
• Mise en production de EHTOP au printemps
18 ans CISMeF, 5 février 2013
• Mise en production de EHTOP au printemps• Nouveaux outils : QueryBuilder, parcours du réseau sémantique, …• Nouvelles versions multilingues (interface et métadonnées dans d’autres langues)
• Collaborations avec des organismes internationaux (Bioportal, …)• Utilisations/améliorations via des projets de recherche
SIFR : Indexation sémantique de ressources
biomédicales francophones
Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de Microélectronique de Montpellier (LIRMM)
Université Montpellier 2 & CNRS
Catalogue et Index des Sites Médicaux de langue Française (CISMeF)langue Française (CISMeF)
CHU de Rouen
Stanford Center for Biomedical Informatics Research (BMIR)
Stanford University
Projet 4 ans
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Des portails de T/O existants mais pas interopérables
Financé par Financé par
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Exploiter la sémantique des ontologies biomédicales dans les applications orientées
Les professionnels de santé utiliseront l’outil d’annotation pour traiter sémantiquement leurs données:données:
� Fouille� Recherche
d’information� Décisionnel� Intégration
18 ans CISMeF, 5 février 2013
Une valorisation de chaque acteur pour aller vers le haut
NCBO & BioPortal featuresand services for the
French organization withontologies/terminologiesFrench biomedical data provider
Ontology translationSemantic Indexing of French dataCustom use cases
HMTP features and services for the community- French portal- HMTP editing- multilingual search- search of French data resources
and services for the community- versioning- URIs- views & slices- annotation workflow- search of English data resources- REST services- SPARQL endpoint- visualization- widgets- community
18 ans CISMeF, 5 février 2013
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