Potensi Analisis In Silico dalam Eksplorasi Biodiversitas dan...

Agus Muji SantosoUniversitas Nusantara PGRI Kediri

agusmujisantoso@unpkediri.ac.id+62 82333 851 444

Potensi Analisis In Silico dalam Eksplorasi Biodiversitas dan Pengajarannya di Kelas

(Dipresentasikan di Webinar HPPBI Wilayah Maluku Utara)Sabtu, 30 Mei 2020

优品PPT

Agus Muji SANTOSO (33 tahun)

S1 (2009) : S.Pd. Pend Biologi UNP KediriS2 (2012) : M.Si. Biologi Universitas AirlanggaS3 (2017) : Dr. Pend. Biologi Universitas Negeri Malang

ITTEP-STOLS Japan (2017) & Summer Course IPB-Jerman (IGN TRRC) (2012), Beswan PPA (2007-2009), Beswan BCF (2010-2012), Beswan BPPDN RI (2013-2016), nara sumber LSLC Kemendikbud (2018-2019).

Karya Monumental Paten/pun Hak Cipta (7 judul): Formulasi Konsorsium Mikroba Non Simbiotik untuk Peningkatan Produktivitas Ginseng Jawa, MetodeEkstraksi Ginsenoside Umbi Ginseng Jawa, Optimasi Kondisi Kultur Agregat Sel Ginseng Jawa pada MediumKultur Cair, Bahan Ajar Bioinformatika Berbasis Web Offline, Strategi Pembelajaran Inovatif ASICC,Pengembangan Teknik Poliploidi Mawar Tinggi Rendemen Atsiri, ARPE: Model Integrasi Hasil Riset dalamPembelajaran Sains.

78 senyawa, 6 senyawa berpotensi antibakteri mastitis (pa. > 0.9), 2

memiliki aksi multitargeting di dalam sel (Santoso et al., 2018)

ada 103 senyawa, 13 jenis Ginsenoside (antidiabetik, antioksidan, antiviral,

antibakteri, antitrombotik) (Santoso et al.2016, 2017, 2019)

ada 88 senyawa, 5 senyawa penting dalam anticancer (apoptosis) (Izzatur et al., 2020)

ada 116 senyawa, 12 jenis physalin, 4 physalin

sebagai antineoplastis (breast) (Santoso et al.,

2019)

setelah tereksplorasi potensi Biodiversitas tadi,

bagaimana informasi tadi dapat digunakan

untuk menambah pengetahuan menambah

wawasan menambah kesadaran masyarakat

(mahasiswa calon pendidik Biologi)?

tahu

menggunakan

melestarikan

yakin

kuat konsep

CP/kompetensi tercapai

Fossion et al. (2019)

pengetahuan (tahu) diperoleh dari pengamatan objek

yang sebenarnya kompleks (karakteristik sains)

reduksi

modeling

berdimensi

(besaran) &

berskala

rasional

&

inderawi

metodik &

dapat

diulang

Santoso et al. (2017)

bagaimana pembelajaran bagi calon pendidik Biologi

berwawasan masa depan?

karena kompleks yang dikaji, bagaimana sebuah molekul

“berperilaku” cerdas? bagaimana molekul tadi

bekerja dengan sasamanya? Jika masuk dalam sebuah sel

,bagaimana mekanisme aksinya?

analisis in silico (Bioinformatika) membantu kita memfasilitasi sebuah

pemodelan dan analisis data base berbasis komputasi

ARPE

Analyze

Re-

organize

Piloting

Evaluate

1. Analyzeuji kelayakan hasil riset Biodiversitas dan uji

kesesuaikan substansi riset terhadap kurikulum (PL,

CP, kedalaman dan keluasan materi), oleh expert dan

praktisi

2. Re-organizeMengorganiasikan kembali varibel pembelajaran

sesuai rekomendasai tahap analyze (dalam

bentuk lesson plan)

3. PilotingMengujicobakan hasil re-organisasi pembelajaran

pada kelas target

4. EvaluateMenyempurnakan kembali lesson plan

Analyze (1)

Analyze (lanjutan-1)

Analyze (lanjutan-2)

Re-organize

Awal:

TPS

ppt

Video dari Youtube

Hasil Organisasi Ulang

TPS termodifikasi (analisis in silico)

ppt

Hasil pemayaran dengan PyMOL

Lesson Plan

Re-organize

Awal:

TPS

ppt

Video dari Youtube

RPP

Hasil Organisasi Ulang

TPS termodifikasi (analisis in silico)

ppt

Hasil pemayaran dengan PyMOL

Lesson Plan

Piloting

dilaksanakan secara open class

Evaluate

Juga dilakukan perbaikan lesson plan

integrasi analisis in

silico ke beberapa MK

secara embeded

dengan memilih

salah satu atau lebih

alternatif berikut:

untuk menyajikan fakta, konsep, dan

prinsip (visualisasi struktur molekul

kompleks, pathways, molecules

interaction, etc) (Santoso, 2017)

digunakan sebagai tools untuk

mendukung praktikum/uji in vivo-in vitro

(Santoso, 2017)

untuk membantu merumuskan sebuah

hipotesis (Sumitro, 2015)

dampak integrasi

analisis in silico ke

beberapa MK secara

embeded dalam

pembelajaran bagi

calon pendidik

Biologi

meningkatkan pemahaman (CRI rubric)

meningkatkan motivasi belajar dan

motivasi karir

meningkatkan kolaborasi

“ dengan integrasi analisis in silico dalam

pembelajaran, calon pendidik Biologi akan

lebih literat plus (literasi teknologi, data, dan

human sekaligus “

Terima kasih

integrasi analisis in

silico ke beberapa MK

secara embeded

telah dikembangkan

Bahan Ajar

Bioinformatika

Berbasis Web yang

dapat digunakan pada

beberapa MK

Ungsik et al. (2013)

In Silico/Bioinformatika? Ruang kajian tidak hanya penambatan molekul (docking)?

Saponin Biosynthesis was constructed by using KEGGPathways Data Base (Santoso, 2017)

promotor sequence of β-AS gene isolated from T.paniculatum (Santoso et al., 2017)

Ninteraction score =0,96

kontruksi pohon kekerabatan bambu berbasis gen rbcl (Hanifa et al., 2017)

menentukan multitargeting senyawa di dalam sel dan potensi aktivitasnya (Santoso et al., 2018)