PROJEKT: SUPERRAČUNALNIK ZA VSE KAKO DO...

• PO KREATIVNI POTI

• PROJEKT: SUPERRAČUNALNIK ZA VSE

• KAKO DO SUPERRAČUNALNIKA

• PRIPRAVIL: DEJAN PENKO

• MENTORICA: doc. dr. BILJANA MILEVA BOSHKOSKA,

doc. dr. LEON KOS

KAKO DO SUPERRAČUNALNIKA

• Pridobitev certifikata in članstva v virtualni organizaciji VOMS za dostop to Rudolf superračunalnika

• Namestitev Linux Operacijskega sistema• Prikazana bo uporaba orodja Oracle VM VirtualBox za delo z

navideznim računalnikom z Linux Operacijskim Sistemom (XUbuntu) znotraj Windows 10 OS

• Namestitev programske opreme potrebne za dostop do superračunalnika

• Povezava na superračunalnik

KORAKI

PRIDOBITEV CERTIFIKATA IN ČLANSTVA V VOMS

1. Izpolnitev vloge za izdajo osebnega elektronskega potrdila SiGNET

• Obrazec ter dodatne informacije: http://signet-ca.ijs.si/

2. Dostava izpolnjene vloge ter kopije osebnega dokumenta s sliko informatiku na FIŠ

3. Vnos osebnih podatkov v spletni obrazec na http://signet-ca.ijs.si/pub/

! SKOZI CELOTEN POSTOPEK PRIDOBITVE JE !

! OBVEZNA UPORABA ISTEGA MOZILLA FIREFOX !

! BRSKALNIKA NA ISTEM RAČUNALNIKU !

! (digitalno potrdilo bo shranjeno znotraj !

! brskalnika) !

• User -> Request a certificate -> Request a certificate with automatic browser detection

• Čez nekaj dni

na vnešeni

e-naslov

prispe e –mail

z navodili za

prevzem

potrdila

4. Po potrjenem digitalnem potrdilu:

https://voms.sling.si:8443/voms/hpc.fis.unm.si

• Brez potrjenega digitalnega potrdila je ta spletna stran nedosegljiva

5. Izvoz digitalnega potrdila iz brskalnika Firefox

• Options -> Advanced -> Certificates -> View Certificates

• -> Your Certificates -> Backup

• Shrani kot .p12 datoteko

• Navodila za izvoz digitalnega potrdila so na voljo tudi na:

https://www.sslsupportdesk.com/export-certificate-firefox/

NAMESTITEV NAVIDEZNEGA RAČUNALNIKA Z LINUX (XUbuntu) OPERACIJSKEGIM

SISTEMOM NA WIN10

• Oracle VM VirtualBox• https://www.virtualbox.org/

• Xubuntu 16.04.2 LTS• https://xubuntu.org/getxubuntu/

1. Ustvarimo nov navidezni računalnik s poljubnim imenom ter določeno vrsto in različico

2. Določimo poljubno velikost pomnilnika ter tip in velikost navideznega trdega diska

3. Uredimo nastavitve navideznega računalnika• Ukaz

4. Zaženemo ustvarjeni navidezni računalnik ter namestimo Xubuntu• Ukaz -> izberemo datoteko navideznega optičnega diska ( )

• Nadaljujemo s postopkom namestitve kot je prikazano na naslednjih slikah

• S tem je namestitev XUbuntu OS na navidezni računalnik zaključena

5. Prvi zagon XUbuntu OS in namestitev paketov za boljšo kompatibilnost z VirtualBox orodjem (večja resolucija, možnost kopiranja besedila med „host“ WIN10 in „guest“ XUbuntu OS…)

• Zaženemo terminalski emulator

in zapišemo ukaz

$ sudo apt-get install virtualbox-guest-dkms virtualbox-guest-

utils virtualbox-guest-x11

• Vpišemo geslo (geslo uporabnika/administratorja)

• Ko nas terminal vpraša, ali želimo res namestiti ta paket,

vpišemo „y“

• Sporočilo ob uspešni namestitvi paketa

• Znotraj VirtualBox-a izklopimo navidezni računalnik: Datoteka -> Zapri

ter ga ponovno zaženemo

• Sedaj je naš navidezni računalnik pripravljen za nadaljnje delo

NAMESTITEV PROGRAMSKE OPREME POTREBNE ZA DOSTOP DO

SUPERRAČUNALNIKA (Xubuntu)

• Navodila za namestitev programske opreme na druge operacijske sisteme so na voljo na http://www.sling.si/sling/uporabniki/uporabniski-vmesniki/

• Razlaga nekaterih Linux ukazov, uporabljenih v nadaljevanju navodil, lahko najdemo na spletu:• http://www.dummies.com/computers/operating-

systems/linux/common-linux-commands/

• http://searchenterpriselinux.techtarget.com/tutorial/77-useful-Linux-commands-and-utilities

1. Zaženemo terminalski emulator

2. Namestitev preprostega orodja KWrite za urejanje tekstovnih datotek

$ sudo apt-get update

$ sudo apt-get install kwrite

3. Namestitev vmesno programske opremeoziroma odjemalec NorduGrid ARC

$ wget

http://download.nordugrid.org/repos/latest/ubuntu/dists/trusty/mai

n/binary-amd64/nordugrid-release_13.11~trusty1_all.deb

$ sudo dpkg -i nordugrid-release_13.11~trusty1_all.deb

$ wget -q -O - http://download.nordugrid.org/DEB-GPG-KEY-

nordugrid.asc | sudo apt-key add -

$ sudo apt-get install nordugrid-arc-client nordugrid-arc-plugins-

globus

4. Namestitev Certificate Authority metapaketa

$ sudo kwrite /etc/apt/sources.list

# Na koncu datoteke sources.list zapišemo naslednji dve vrstici:

#### EGI Trust Anchor Distribution ####

deb http://repository.egi.eu/sw/production/cas/1/current egi-igtf core

$ wget -q -O -

https://dist.eugridpma.info/distribution/igtf/current/GPG-KEY-

EUGridPMA-RPM-3 | sudo apt-key add -

$ sudo apt-get update

$ sudo apt-get install ca-policy-egi-core

UREDITEV CERTIFIKATA IN DATOTEK Z INFORMACIJAMI O UPORABNIKU TER

SUPERRAČUNALNIKU

1. Kreiranje direktorija, v katerem bodo shranjene vse datoteke potrebne za povezavo na superračunalnik

$ mkdir ~/.arc

2. Pretvorba certifikata (imen. usercert.p12) v zahtevan format• Potreben je vnos gesla, katerega smo določili v koraku pridobivanja

certifikata

• Naslednje ukaze je potrebno zagnati znotraj direktorija, kjer se nahaja usercert.p12 datoteka

$ openssl pkcs12 -in usercert.p12 -nocerts -nodes -out userkey.pem

$ openssl pkcs12 -in usercert.p12 -clcerts -nokeys -out usercert.pem

3. Dodelitev potrebnih pravic ustvarjenim datotekam

$ chmod 400 userkey.pem

$ chmod 644 usercert.pem

4. Premeščanje ustvarjenih datotek v direktorij .arc

$ mv userkey.pem ~/.arc/

$ mv usercert.pem ~/.arc/

• Datoteki userkey.pem ter usercert.pempredstavljata digitalno potrdilo ter tako vsebujeta overjene potrebne podatke o uporabniku, potrebne za dostop do superračunalnika.

5. Zapis datotek z informacijami o lokaciji digitalnih potrdil, uporabniku ter superračunalniku

$ kwrite .arc/client.conf

• zapišemo (namesto „<username>“ uporabimo svoje uporabniško ime!)

[common]

keypath=/home/<username>/.arc/userkey.pem

certificatepath=/home/<username>/.arc/usercert.pem

[computing/jost]

url=ldap://jost.arnes.si:2135

infointerface=org.nordugrid.ldapng

jobinterface=org.nordugrid.gridftpjob

$ mkdir -p ~/.arc/vomses/

$ cat <<end > ~/.arc/vomses/hpc.fis.unm.si

"hpc.fis.unm.si" "voms.sling.si" "15005"

"/C=SI/O=SiGNET/O=SLING/CN=voms.sling.si"\

"hpc.fis.unm.si"

end

$ mkdir -p ~/.arc/vomsdir

$ cat <<end > ~/.arc/vomsdir/hpc.fis.unm.si

/C=SI/O=SiGNET/O=SLING/CN=voms.sling.si

/C=SI/O=SiGNET/CN=SiGNET CA

end

• Končna vsebina direktorija .arc, vomsdir ter vomses

• Sedaj je sistem pripravljen za delo s superračunalnikom

UPORABA SUPERRAČUNALNIKA RUDOLFPRIPRAVA SISTEMA NA UPORABO SUPERRAČUNALNIKA

1. Pridobitev zastopniškega oz. proxy certifikata

• V primeru da zgornji ukaz ne deluje obstaja še drugi ukaz

$ arcproxy -S hpc.fis.unm.si

$ arcproxy -C .arc/usercert.pem -K .arc/userkey.pem -s

.arc/vomsdir -V .arc/vomses

• Prikaz informacij o proxy certifikatu

$ arcproxy -I

• Prikaz informacij o razpoložljivosti superračunalnika

$ arcinfo -c jost.arnes.si

UPORABA SUPERRAČUNALNIKA RUDOLFPRIMER TESTNE NALOGE

1. Ustvarimo .xrsl datoteko

• in zapišemo

$ kwrite test.xrsl

&

(executable = /usr/bin/env)

(jobname = "test")

(stdout=test.log)

(join=yes)

(walltime=5)

(gmlog=log)

2. Nalogo pošljemo v sistem

$ arcsub -c jost.arnes.si -o joblist.xml test.xrsl

• Preveritev statusa naloge

$ arcstat gsiftp://jost.arnes.si:2811/jobs/<vpišite-ID-tukaj>

• Preveritev statusa vseh nalog

$ arcstat -a

• Preveritev poslane naloge na Grid Monitorju• http://www.sling.si/gridmonitor/loadmon.php -> Arnes -> all

3. Prevzem rezultatov (po statusu FINISHED)

• Rezultati se prenesejo v direktorij z enakim imenom kot je ID naloge

$ arcget gsiftp://jost.arnes.si:2811/jobs/<vpišite-ID-tukaj>

• Več različnih primerov je na voljo na

http://www.sling.si/sling/vec/dogodki/delavnica-arc-fis-18-04-2016/

Hvala za pozornost