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検索式作成WS2016/12/25
尼崎総合医療センター Hospital Care Research Unit
片岡裕貴 辻本啓 京都大学大学院 辻本康
自己紹介
2
世界初病院職員を対象とした連続ワークショップ
3
4
What
is
known
ベストのエビデンス
・最適な臨床決断には入手可能な最適なエビデンス、理想的には系統的レビューのエビデンスを必要とする・ EBMは、エビデンスが信頼できるものかどうか、すなわち、診断検査、患者の予後、治療選択肢についてどれほど確信をおけるものかを提供する。・エビデンスだけでは臨床決断をするのに決して十分ではない
5
G Guyatt 2015
6
What is not
known
ステップ２ 先人に学ぶ
7
8
SRの計画書作成WSをいろんな病院でやっています
9
SR＆MAの全体像
構造化された疑問 探して選ぶ漠然とした疑問
評価する発表 まとめる
第一回 第二 ,三回
第四回第五－七回第八回
10
SR＆MAの全体像：
構造化された疑問
系統的な検索・データベースの選択・検索式の作成・文献の選択基準・事前登録
漠然とした疑問
選択文献を対象とした批判的吟味
・事前に規定した評価基準 (Risk of bias)
発表 結果の統合とまとめ(=meta-analysis)
第一回 第二 ,三回
第四回第五－七回第八回
11
探して選ぶために
CQに基いて・データベースを選ぶ・検索式を作る（MEDLINE→他のもの）・選択基準に基いて選ぶ
12
今回はガイドラインの方針として
・データベースを選ぶ（MEDLINEと医中誌）・検索式を作る（MEDLINE→他のもの）・選択基準に基いて選ぶ
13
今日やること
・データベースを選ぶ（MEDLINEと医中誌）・検索式を作る（MEDLINE→他のもの）・選択基準に基いて選ぶ
別の絵として示すと
データベースから出てきた論文PubMed から CENTRAL から
Science Citation Index から医中誌から重複を除く
タイトルとアブストラクトで抽出本文も込みで抽出
該当論文
除外理由
＝ PRISMA フローチャートと呼びます
そのために
以下のやり方について説明、実施できる・目標検索数を決める・MeSHの確認・先行レビューの検索式を参照・フリーワードを探す、選ぶ・ pearl growing・検索結果の調整・ RayyanとMEDLINEとMendeleyの連携
15
環境の確認
PCの動作電源WiFi
16
復習：統制語とは？
検索可能な各論文に人力で付与されているキーワード階層性があるので、その上位、下位のどこまで検索するかを規定することができる
17
18
レクチャー系統的検索と発見的検索
19
QUIZ：以下のうち正しい記載はどれでしょうか？
・系統的検索の目指すのは網羅的な検索・ PubMedとMEDLINEは同じものである・統制語を用いた検索では、文字列が一致したもののみを検索する・系統的検索に用いる検索式にアウトカムは入れない
検索についてどの程度知っていますか？
20
？？？
普段の検索
明日の東京の天気は？
21
発見的検索と系統的検索
発見的検索 系統的検索
日常の検索 向く 不向き
目的 適当な情報を一本釣りする 全体像を把握する
問に対する答え １つあれば十分他に何があるか、は問題ではない
該当するものすべてが必要
やり方 より答えの出る確率の高い検索ワードを選ぶ該当するものの一部だけを見て選ぶ
？
記録 残らない 必ず残す(検索日、データベース 検索ワード )
22
諏訪 , 2013
系統的検索のもっともよい方法？
23
系統的検索のもっともよい方法
24
諏訪 , 2013
全部読む
流石にそれは無理なので
検索システムにお願い！
25
諏訪 , 山下 , 2015
だけ抽出
検索システムごとの差
命令そのまま• Cochrane Library• PubMed(Advanced)• Ovid Medline• 医中誌
裏でいろいろと気を回してくれる• PubMed• Google Scholar
26
検索システムごとの差
命令そのまま• Cochrane Library• PubMed(Advanced)• Ovid Medline• 医中誌
裏でいろいろと気を回してくれる• PubMed• Google Scholar
27
データベース
医学分野では
28
http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelibrary/search?searchRow.searchOptions.searchProducts=clinicalTrialsDoi
http://login.jamas.or.jp/
http://www.embase.com/login
参考 ) http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_1_3_medline_and_embase.htm
検索システム
29
http://onlinelibrary.wiley.com/cochranelibrary/search?searchRow.searchOptions.searchProducts=clinicalTrialsDoi
http://login.jamas.or.jp/
http://www.embase.com/login
参考 ) http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_1_3_medline_and_embase.htm
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/advancedhttp://ovidsp.tx.ovid.com
臨床試験登録データベースとは？
出版バイアス＝ポジティブな結果が報告されやすい
試験開始前から試験を登録し結果を公開する義務を与える
例） UMIN-CTR ClinicalTrials.gov ICTRP
30
http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_2_3_unpublished_and_ongoing_studies.htm
http://www.umin.ac.jp/ctr/index-j.htm
https://clinicaltrials.gov/
http://www.who.int/ictrp/en/
介入のレビューを行う場合、最低限以下を含むこと
・原著の検索MEDLINEEMBASECENTRAL
・臨床試験登録の検索ClinicalTrials.gov ICTRP
31
※他のデータベースを組み合わせるかどうかは、 RQの種類による
網羅的な検索式をつくる
32
問題提示
糖尿病の医療費は１兆２０８８億円
33
インドア派：トジルDr. 自宅で文献検索
漠然とした疑問
トジル Dr.の漠然とした疑問
34
糖尿病の患者さんに対して、胃の病気ではないのに胃を切除する手術（減量手術）を行っているときいた。そんな蛮行ゆるされるのか・・・かえって死をはやめるのでは？現存するエビデンスを調べたい。
先輩の意見
都合の良い文献だけをpick upして紹介して、エビデンスが有ると主張してもダメです。
やっていることはセールスマンとかわらないですね。
フェアーな臨床的判断をするためには、現存するすべての関連する研究をまとめたのちに、判断する必要が有ります。
また、その判断に至ったまでの過程を見える化する必要があります。
35
構造化された疑問
P: 糖尿病患者I: 減量手術C: 手術しないO: 死亡
36
→この PICOについて簡単な 検索式を用いて調べたい
PICOをそのまま PubMed検索式に
＃ 1 diabetes＃ 2 gastrectomy＃ 3 death OR mortality#1 AND #2 AND #3
→ 0 件
2016/4/3 実施
検索のポイント
A AND B
A OR B
A NOT B
38
A
A
A
B
B
B
検索のポイント
各種検索ツールで検索しているのはいわゆる 抄録 だけ！（基本的に本文は検索していない )
39
タイトル
著者情報
雑誌情報
アブストラクト
統制語
検索のポイント
検索の”網羅性と適合率”
網羅性 : 関連のある研究をできるだけ拾う適合率 : 関連のない研究をできるだけ拾わない
40
検索のポイント 構造化からの検索式
※治療・介入に関する reviewの場合Patients #1 健康状態を示す用語
Intervention #2 介入を表す用語
http://handbook.cochrane.org/chapter_6/6_4_2_structure_of_a_search_strategy.htm
※ アウトカムに関連する用語は入れない！
検索のポイント
統制語 (controlled indexing terms)を使う
データベース毎に固有のものがある例 :MeSH (MEDLINE), EMTREE (EMBASE)
“gastric resection”や” partial gastrectomy”のMeSHは” gastrectomy”
注意点：そのMeSH wordがいつ作られたかもチェック
42
MeSHを知ろう！
Medical Subject Headings
MEDLINEで検索可能な各論文に人力で付与されているキーワード階層性があるので、その上位、下位のどこまで検索するかを規定することができる
※Cochrane LibraryではMEDLINEのMeSHがそのまま統制語として流用されている（ややこしい）
43
PubMedのアブストからだと（新しいものにはついていない）
44
こんな感じで
45
46
47
48
類似語
上位概念 下位概念
Meshの検索画面へ
49
まずは Pに関する言葉を入れる
50
結果からぴったりなものを探して選択
51
上位？下位？
52
MeSHの解説を読む
Diabetes Mellitus, Type 2
Year introduced: 2005 (1984)
Previous Indexing:Diabetes Mellitus (1966-1983)
53
54
クリック１
クリック２
55
[Mesh]がMeSHを検索しろ、という命令です
クリック２
56
57
一方で Ovidだと
2016/11/22 実施
58
クリック
59
数まで分かる！
60
クリックで
式まですぐ行けます！
検索のポイント 3
キーワードも加える
MeSHをつけているのは必ずしもその分野の専門ではない司書さんですまた、つけるまでに一定のタイムラグ（半年くらい）がありますなので、追加で関連しそうなキーワードもorで検索しておきましょう
61
再出： PICOを検索式に
#1 AND #2 AND #3 → 0 件
2016/4/3 実施
P: 糖尿病患者 ＃ 1 diabetesI: 減量手術 ＃ 2 gastrectomyC: 手術しないO: 死亡 ＃ 3 death AND mortality
どこがマズイか分かりますか？
PICOを検索式に
#1 AND #2 AND #3 → 0 件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 ＃ 1 diabetesI: 減量手術 ＃ 2 gastrectomyC: 手術しないO: 死亡 ＃ 3 death OR
mortality
ポイント 構造化からの検索式アウトカムは検索ワードに入れない！
再出： PICOを検索式に
#1 AND #2 AND #3 → 0 件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 ＃ 1 diabetesI: 減量手術 ＃ 2 gastrectomyC: 手術しないO: 死亡 ＃ 3 death OR
mortality
ポイント 統制語統制語を使っていない！
再出： PICOを検索式に
#1 AND #2 AND #3 → 0 件
2015/4/3 実施
P: 糖尿病患者 ＃ 1 diabetesI: 減量手術 ＃ 2 gastrectomyC: 手術しないO: 死亡 ＃ 3 death OR
mortality
ポイント 網羅性ポイント キーワードを ORで加える
目標とする数（数字はエキスパートオピニオンです）
検索結果をどこまで広げるか、どこまで狭めるか、については自分達がレビューできる数から決める。
• 実際の臨床ですぐ使う： 100以下• 医師が研究のために調べる： 1000 くらい
• 系統的レビュー・ガイドラインとして
： 2－ 3000あるいはそれ以上 10000 くらいまで？
66
67
QUIZ：以下のうち正しい記載はどれでしょうか？
・系統的検索の目指すのは網羅的な検索・ PubMedとMEDLINEは同じものである・統制語を用いた検索では、文字列が一致したもののみを検索する・系統的検索に用いる検索式にアウトカムは入れない
68
QUIZ：以下のうち正しい記載はどれでしょうか？
○系統的検索の目指すのは網羅的な検索X PubMedとMEDLINEは同じものであるX 統制語を用いた検索では、文字列が一致したもののみを検索する○系統的検索に用いる検索式にアウトカムは入れない
以下のやり方について説明、実施できる・目標検索数を決める・MeSHの確認・先行レビューの検索式を参照・フリーワードを探す、選ぶ・ pearl growing・検索結果の調整
69
70
私がより遠くまで見渡せたとすれば、それは巨人の肩の上に乗ることによってです。
71
参照すべきもの
・
・原著の確認に 国内外の（診療）ガイドライン・先行 SR（玉石混交）
Pと Iに関連するガイドラインの探し方 ( 優先順 )1. 疾患名＋ guidelineでググる2. UpToDateや DynaMed参照3. Pと Iに関連するメジャーな学会 Web pageを探す4. 上司に聞く5. Mindsの医療提供者向け診療ガイドライン・カテゴリー別を参照し、日本語診療ガイドラインをみつけ、”はじめに”や引用文献一覧を探す https://minds.jcqhc.or.jp/n/medical_user_main.php
72
コクランレビューを探す時
73
Advanced searchで74
調べたい P
良さそうな統制語を選ぶ
クリック
75
先人に学ぶ
76
Ctrl+FCommand+FでMEDLINEと入れて検索
知らない記号がたくさん ＄？
77
PubMedと Ovid Medlineの違い
PubMedは使える機能がすこし減る
＞ Ovidが使える人は断然 Ovid 使えない場合は、 PubMed advanced
78
[参考 ] PubMedとOvid Medline、EBSCO Medlineについて
79
同じデータベース（MEDLINEを検索している）→ほとんど同じと考えてください
PubMedの欠点：1. 検索に使える演算子が少ない複雑な free word検索が必要な場合は検索の難易度が上がる or ノイズが増える2. 検索結果のダウンロードが面倒（件数上限があり、前半 /後半など、分けてダウンロードをしないといけない）
MEDLINE PubMedでの注意
1. 近接演算子はつかえない2. ワイルドカードは使えない3. 前方一致は *のみ (400 パターンまで許
容 )4. サーチタグが無いと Automatic Term
Mappingが作動5. “and”や” or”などは必ず大文字で使用
80
Automatic Term Mappingとは
free word(=統制語でない言葉 )をそのままPubMedで入れると生じる便利な機能（系統的レビューの本番の検索では邪魔）
語尾に［ tiab ］や [mh]などのサーチタグをつけることで offできる※また、フレーズ検索は””で囲わないとこの機能でバラバラにされて検索される
81
Automatic Term Mappingとは82
裏でいろいろ”おせっかい”されている！
83
PubMedで使えるゆらぎの演算子
前方一致 語尾に“ *”をつける例： disease*=disease, diseases などが検索対象
84
参考： (PubMedで使えない ) ゆらぎの演算子
前方一致 $, $n (=n文字目までの制限でゆらぎを許容 )
ワイルドカード #, ? （#は何かwordが必ず入るが、 ?はなくてもOK）
例： disease$=disease, diseases など dog$2= dog, dogs (≠doghouse) wom#n= woman, women colo?r= color, colour
85
参考： (PubMedで使えない )MEDLINE Ovidの位置演算子
近接演算子：ADJ もしくは スペース＝その語順で近接している語をhit
近接演算子：ADJn=語順不同でn語以内に近接しているものをhit
例：blood pressure = blood adj pressure
例： continuous adj2 dialysis =continuous peritoneal dialysis, continuous venoveous dialysis etc.
86
ストップワード
出現頻度の高い一般的な語 ( 例 :the, or, of など )は、ノイズを低減するため、検索対象から除外されることがあります。
それらの語をストップワードと呼ひます。
※ 仕様が結構変わるらしいので、ストップワードであることが分からなかったら試しに検索してみましょう
(参考 ) PubMedストップワード一覧https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK3827/table/pubmedhelp.T.stopwords/
87
MEDLINE® 2016 Database Guide
Ovidの検索式の“ .tw.”って？
フリーワードでタイトルを検索してくれるサーチタグのこと先行研究の検索語がこれならPubMed用には [tiab]に変更
例diabetes.tw.>diabetes[tiab] へ変更
88
“/” スラッシュや” exp ~~/”など
スラッシュで統制語を示しますPubMedなら [mh]に変更
例exp diabetes/>diabetes [mh] へ変更注意 ! exp ~~/はMeSH treeの下位概念もまとめて検索しているが PubMedでも [mh]のみでautomatic explosionによって同じように検索されている
89
用語の説明 1：フィルターとは？
検索で研究デザインを指定する式のこと
→Cochrane reviewなどの系統的レビューで使われるものには、 RCT用があります他は系統的レビューでは普通は使いません！
90
用語の説明 1：フィルター
最終的な検索式のイメージ
＃１ Pを検索するブロック＃２ Iを検索するブロック＃３ RCTフィルター＃４ ＃１ AND ＃２ AND ＃３
91
用語の説明 2： variant spellingsとは？
“tumour”と” tumor”“hematoma”と” Haematoma”など
PubMedではワイルドカードが使えないため、想定されるものがあれば free wordとして [tiab]をつけて OR で加える
92
93
質問？
94
14： 40まで休み時間
95
それでは、みなさんもやってみましょう
・グループで一つの PICOに・ワークシートに基づき、 グループ PICOに対する検索式を作成・ P、 Iを検索するブロック統制語 [mh] OR フリーワード [tiab]Exp 統制語 / or フリーワード .tw.
15:10まで
シェア
15:20まで
96
そのために
以下のやり方について説明、実施できる・目標検索数を決める・MeSHの確認・先行レビューの検索式を参照・フリーワードを探す、選ぶ・ pearl growing・検索結果の調整・ RayyanとMEDLINEとMendeleyの連携
97
関連するフリーワードも調べてみたい
http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi
98
あとは
先行研究を眺めて考える
99
100
より良い検索式のために： Pearl growing
既知の文献が検索式にひっかかるか確認
＃ 1 既にある検索式AND#2 XXX[PMID]これで検索結果が 1となれば OKならなければ、式の網羅性を上げるブラッシュアップ
そのために
引用検索
101
引用検索といっても 3 種類あります！
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連する記述に関する参考文献を見つける ( ＝二次文献のリファレンスチェック )
2. 見つかった参考文献を”引用している文献”を Google scholarを用いて行います（＝被引用検索）
3. 最終スクリーニングで組み入れになった文献の参考文献を見つける ( ＝組み入れ文献のリファレンスチェック )
102
今回取り扱うのは上の 2 種類！
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連する記述に関する参考文献を見つける ( ＝二次文献のリファレンスチェック )
2. 見つかった参考文献を”引用している文献”を Google scholarを用いて行います（＝被引用検索）
3. 最終スクリーニングで組み入れになった文献の参考文献を見つける ( ＝組み入れ文献のリファレンスチェック )
103
こちらはさっきやりました！
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連する記述に関する参考文献を見つける ( ＝二次文献のリファレンスチェック )
104
今からは被引用検索を説明します
1. 診療ガイドラインが見つかったら、関連する記述に関する参考文献を見つける ( ＝二次文献のリファレンスチェック )
2. 見つかった参考文献を”引用している文献”を Google scholarを用いて行います（＝被引用検索 /逆引き）
3. 最終スクリーニングで組み入れになった文献の参考文献を見つける ( ＝組み入れ文献のリファレンスチェック )
105
Google Scholarを用いた被引用検索の方法
106
注意！ Web of Scienceの方がこの機能は優れていますが、今回は freeで使えることから Google Scholarを使用しています。使える人はWeb of Scienceでも良いです。
Google Scholarを用いた被引用検索の方法
107
219の文献から引用されていました (数は毎回変わることあり )
108
文献リストをざっと見て、今回の PICOにばっちり当てはまる臨床研究を簡単にリスト化
109
文献リストをざっと見て、今回の PICOにばっちり当てはまる臨床研究を簡単にリスト化
110
見つかった文献リストの文献が、みなさんが作った検索式の結果から抜けて無いか確認 (抜けてたら改良する )
111
検索式から抜けていた！
112
抜けていた時はその文献をみてみる
113
抜けていた時はその文献をみてみる
114
検索したMeSHが付与されてなかった！
115
Free wordを追加したらヒットしました！
116
そのために
以下のやり方について説明、実施できる・目標検索数を決める・MeSHの確認・先行レビューの検索式を参照・フリーワードを探す、選ぶ・ pearl growing・ RayyanとMEDLINEとMendeleyの連携
117
118
質問？
119
それでは、みなさんもやってみましょう
・該当文献に対する引用検索・それが作った式に当てはまるか確認・微調整
16:00まで
シェア
16:10まで
120
121
16： 20まで休み時間
そのために
以下のやり方について説明、実施できる・目標検索数を決める・MeSHの確認・先行レビューの検索式を参照・フリーワードを探す、選ぶ・ pearl growing・ RayyanとMEDLINEとMendeleyの連携
122
123
PubMed検索結果から
Send toをクリック→ File→Fromat XMLでダウンロード（直接 Rayyan へのインポート可能）
他のデータベース検索の検索結果と合わせる場合
124
ここをクリックしてTest フォルダを作る名前はデータベース名＋日付！
さっきの xmlは直接インポートできないので
一度、 Rayyanにインポートして、risでエクスポートすれば OK ！（やり方は後述）
125
xml ris
Ovidの場合
126
ここを機関の max に クリック
127
RIS
フルレコード
クリック
あとは
128
次の数字
移動クリック
エクスポートクリック
129
ファイルをドラッグするとこんな風に書誌情報が並ぶ
右クリックから Select All130
全部選択した状態で
131
.risにして保存する
132
Rayyanにもどります133
Titleは適当に
Select fileからさっきの risをアップロード
134
インポート後に別の citationを加えたかったら ↓左にあるここから
135
注意：サーバーでの処理に少し時間がかかるのでアップロードしてもすぐにリストが出てこないことがあります
136
仲間を増やそう
137
クリック
メンバーのメアドを入れてInvite
つづいて
138
クリック
選択基準は？
Minds3-4 クリニカルクエスチョンの設定ただし、これには研究デザインが含まれていない !？
139
通常は介入のレビューなら
・ Pの定義・ Iの定義・研究デザイン・言語、出版の状態
の 4つの条件で選択します
140
あとはキーボードで
組み入れ “ I” を 1回除外 “ E” を 2回“↑↓”で、文献を移動
141
Abstractと titleだけを見て、どんどん excludeしていく
注意：Full textを取り寄せる文献を減らすことが目的迷ったら組み入れる
142
よりやりやすく
143
加えると青字でハイライト
加えると赤字でハイライト
最後に
144
クリック
こんな感じでタイトル＆アブストラクトのレビュー終了です
145
※重要 最初は 50本程度でレビューをしてみて、ある程度合致する基準になっているかを確認すること！合致しないようなら、 CQ班に基準がおかしい、とフィードバックし修正
Exportのやり方146
クリック
件数があっていることを確認
147
クリック
148
クリック
クリック
Mendeleyを使う場合は、BibTexを選ぶ
149
クリック
Excelで二次抽出をやるためにこちらもエクスポートしておく
Exportのやり方150
クリック： Conflictはfull textレビューをやるので、
こちらもエクスポート
あとは
メールのリンク先からダウンロードすればCitation managerにインポートできます。
151
これ
フルテキストレビューのとき
Minds 4-3_二次スクリーニング後の一覧表
さっきエクスポートしたcsvのデータと合わせて使いましょうそれぞれの項目をフルテキストから抜書き→ 除外かどうかの判断後で二人の結果を照合
152
153
質問？
srws.hcru@gmail.com
参考資料
1. Lefebvre C, Manheimer E, Glanville J. Chapter 6: Searching for studies. Box 6.4 d. Cochrane Handbook for Systematic Reviews of Interventions Version 5.1.0 (updated March 2011). 2010. 1-46 p. available from http://community.cochrane.org/handbook
2. 『看護研究者・医療研究者のための系統的文献検索概説』諏訪敏幸 近畿病院図書室協議会 2013
3. 京都大学医学図書館 基礎から学ぶPubMedの使い方http://www.lib.med.kyoto-u.ac.jp/pdf/pubmed_howto.pdf
4. PubMed Tutorialhttps://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/cover.html 5. Ovid Online Training http://www.ovid.com/site/support/training.jsp#tabs1
“MEDLINE” https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zGizVDdlez34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineIntro“Special techniques in MEDLINE”https://www.brainshark.com/wkovid/vu?pi=zFvzXHuX2z34XJz0&cmpid=Brainshark:MedlineSpecialTechniques
154
さらに Pubmedを知りたい方は
日本医学図書館協会 図解 PubMedの使い方http://iss.ndl.go.jp/books/R100000002-I025001084-00
東大図書館 PubMedの使い方http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/manual/pubmedmanual.pdf
山梨大学付属図書館PubMedとOvid MEDLINEの比較一覧http://www.lib.yamanashi.ac.jp/db/ovid_ma/ovid%20medline%20vs%20pubmed%20for%20Yamanashi%20Univ_200712.pdf
155
補足
・医中誌・文献の重複削除・その他の TIPS
156
補足：医中誌シソーラス (統制語 )の調べ方
157
12
3
フリーワードと演算子
158
フリーワード /TA
And, or
※TA はタイトルとアブストラクトを検索するサーチタグ
まず関連した統制語を調べる
159
統制語の位置付けをみる
160
統制語の詳細
161
統制語の詳細
162
これだと少しずれる
163
検索式にすると
164
文献の重複削除
精治寮病院 阪野正大尼崎総合医療センター Hospital Care Research Unit
片岡裕貴 辻本啓京都大学大学院 辻本康
166
今日の目標
• 重複文献の削除と、分割作業ができる
1. Mendeleyや Endnoteに入っている各文献を BibTexでエクスポート
文献リスト（Medlineや Embaseなどのデータベースごとに作成）を BibTex形式でエクスポート
167
Mendeleyの例
168
File→Export→ ファイルの種類 :BibTeX を選択→保存
文献を１つ選択→Ctrl + A(Macintosh では
command+A)ですべての文献を選択
Endnoteの例
169
File→Export→ ファイルの種類 :Text File 、 Output style: BibTex Export Copy(BibTex Export の設定を変更し、 abstract が出力されるようにし、 BibTex Export Copy という新しい Output style を作成する : 詳細は後述 ) を選択、 Export Selected References にチェックを入れる→保存
Edit→Output Styles→Open Style Manger として BibTex Exportにチェックを入れ、マウスで選択→ Edit→Bibliography 直下の Templates において、各 reference type のテンプレートに” | `abstract = `{Abstract},q” を追加→ File→Save as→Style Name:BibTex Export Copy と入力→ Save※ コメントに補足あり
文献を１つ選択→ Ctrl + A(Macintosh ではcommand+A) ですべての文献を選択
2. JabRefを用いて csvファイルに変換
・ http://www.jabref.org/からJabRef (free software)をダウンロード
170
JabRefの例
171
↑文献を１つ選択し、 Ctrl+A(Macintoshでは
command+A)ですべての文献を選択→ File→Export→File name: 任意のファイル名、 Files of type:Open Office/LibreOffice CSVを選択
→ Save
File→Open database→BibTex ファイルを選択し Openで文献リストをインポート
3.CSVファイルを Excelで開いて、全部統合
・各CSVファイル（MedlineやEmbaseなどのデータベースごとの書誌情報のファイル）をExcelで開く・１つのセルに含まれる内容 (journal 名、 abstract)が、横方向に複数のセルに分割されて表示される場合→ contaminate 関数を用いて内容を１つのセルに表示→分割された表示の箇所を消去する
Contaminate 関数の例AbstractがAA2から CD2まで分割されて表示されていた場合=CONCATENATE(AA2,AB2,AC2,AD2,AE2,AF2,AG2,AH2,AI2,AJ2,AK2,AL2,AM2,AN2,AO2,AP2,AQ2,AR2,AS2,AT2,AU2,AV2,AW2,AX2,AY2,AZ2,BA2,BB2,BC2,BD2,BE2,BF2,BG2,BH2,BI2,BJ2,BK2,BL2,BM2,BN2,BO2,BP2,BQ2,BR2,BS2,BT2,BU2,BV2,BW2,BX2,BY2,BZ2,CA2,CB2,CC2,CD2)
172
3.CSVファイルを Excelで開いて、全部統合
あとは、コピーアンドペーストで1つの Excelファイル (excel ブック :xlsx)に統合する
173
4.タイトルを並ひ替えて確認し、 [等の不要な記号を削除
・ 1つのセルを選択し、 Ctrl+A(Macintoshではcommand+A)ですべてのセルを選択
174
「データ」リボンの「並べ替え」ボタン
先頭行をデータの見出しとして使用するにチェック
最優先されるキー :Title→OK
Excelの例
175
Ctrl+H(Macintoshでは command+H)で置換の入力フォームを表示
→検索する文字列に” [“を入力→次を検索→” [“の記載を一つ一つ確認し、不要であると判断できる箇所について置換を選択→次を検索と置換を繰り返す→” ]”についても同様
に置換によって削除
5. 雑誌名かつ論文タイトルが同じものを自動削除
・https://www.microsoft.com/ja-jp/atlife/tips/archive/office/tips/002.aspx を参照し、雑誌名かつ論文タイトルが同じものを自動削除・データ→重複の削除→先頭行をデータの見出しとして使用するにチェック→ Titleと Journalにチェック→ OK
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重複の自動削除の例 1177
重複の自動削除の例 2178
6.手動での削除
・タイトル・ジャーナル名の大文字、小文字の表記の違い、同じジャーナル名の異なった表記などから同一の文献と推定でき、authorとページ数が一致したものを削除・バックアップを取りながら、データを 1つ 1つ確認して削除
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7. 再度 CSVにして、 Rayyanにアップロード
・ xlsxファイルからコピーアンドペーストで、100 件 (スクリーニング基準確認作業用 )のcsvファイルを 1つ作成・残りの文献については 500 件ごとに 1つのcsvファイルを作成・Rayyanに、ファイル名と同じ名前のフォルダをファイル数分、作成・作成した各 CSVファイルをRayyanのフォルダにアップロード（ 1つのフォルダに1つの csvファイルをアップロード）
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Rayyanに csvファイルがアップロードできない場合
・エクセルにて、 CSVファイルの改行を削除した後、再度アップロードする・ 該当する CSVファイルを開く→ Ctrl+H(Macintoshでは command+H)で置換の入力フォームを表示させる→検索する文字列のテキスト入力欄を選択し、 Ctrl+J(Macintoshではcommand+J)→ 何も入力されない→すべて置換を選択→ CSVファイルを上書き保存し、一旦 CSVファイルを閉じる→エクセルで再度 CSVファイルを開くと改行が削除されている
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診断精度の場合の検索とたくさんの TIPS
http://www.slideshare.net/srws/3-66366580
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