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Kashiwa.R#7で発表に用いたスライドです. 「そもそもRってなに?」というあたりをまとめています. 参考URL https://sites.google.com/site/kashiwar7wetrabozhiyuanhui/home http://www14.atwiki.jp/kashiwar/pages/19.html http://d.hatena.ne.jp/tsutatsutatsuta/20130318/1363577733
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Kashiwa.Rについて~#7へのイントロダクション~
Kashiwa.R#7
東京大学大学院新領域創成科学研究科
蔦谷匠2013-03-19
1第7回 Kashiwa.R バイオ実験系ラボ支援回http://www14.atwiki.jp/kashiwar/pages/19.html
自己紹介 2
蔦谷 匠 (つたや たくみ)東京大学・新領域・先端生命・D1生物学 → 会社員 → 人類学同位体分析, 子供, 古人骨
連絡先:– @tsutatsuta– tsutayatakumi[at]gmail.com
http://tsutatsuta.net/
内容 3
◯ Rとはなにか– 統計解析・図示に優れたプログラミング言語– 近年, 利用例が急増している
◯ Rを使うと良いことがある– Excelと比較してみる– リソースも潤沢
◯ Kashiwa.Rについて– 有志によるRの勉強会のうちのひとつ
そもそも R ってなに?なぜ R を使うとハッピーになれるのか
R言語とは統計解析・図示に優れたフリーのプログラミング言語
比較的簡単な操作で, 実に多様な統計解析機能オープンソースのフリーソフトウェア多彩で美しい図の作成が可能Bioconductor: ゲノムデータの解析に特化した環境
4
http://www.r-project.org/
近年, Rの利用例は増加年度ごとの言及論文数の推移 (Google Scholarを利用して調査, 概算値)
5
年
Log言
及論
文数
(×10
n)
検索キーワード R: “R Development Core Team”, Bioconductor: “Bioconductor”, SPSS: “SPSS”, Excel: “Excel”
企業や行政での利用もGoogleMicrosoftIBMAmazon
6
姫路市http://www.atmarkit.co.jp/fcoding/articles/stat/01/stat01a.html
http://www.city.himeji.lg.jp/lib/_23238.html
Excelなどとの違い学習が必要だが, 慣れると生産性向上コマンドライン (プログラムを書く必要がある)
– “コピペ” ができる (図の作成などでも)– どんな処理をしたか記録が残る
7
さまざまな統計処理の手法をサポート– パッケージによりさらに拡充可能– 自分で関数を作成できる
フリーウェア, OSを選ばない– RStudioという統合開発環境も
http://www.rstudio.com/
学習に役立つさまざまなリソース日本語のものも増えてきた
RjpWikiやブログなどWeb上のドキュメント各地で開催されている勉強会書籍
8
Tokyo.RTsukuba.RNagoya.ROsaka.RShiga.RHirosima.ROkinawa.R ...
http://www.okada.jp.org/RWiki/
http://www.japanr.org/
Kashiwa.RRの勉強会のひとつ
2011年11月より千葉県柏市周辺で活動 (今回で7回目)情報生命・生命科学系のユーザが多い
参加者・発表者募集中です!!開催情報はML (メーリングリスト) にて配信しています
9
http://www14.atwiki.jp/kashiwar/
謝辞・諸連絡
謝辞東京理科大学総合教育研究機構情報教育センターバイオインフォマティクス教育部門のみなさま, 宮崎先生
貴重な機会を提供してくださいましてありがとうございます.
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諸連絡ハッシュタグ: #KashiwaR発表中でもハッシュタグを付けて質問すると, たぶん誰かが答えてくれます.
発表スライド, 利用されたプログラムは以下からダウンロードできます.https://sites.google.com/site/kashiwar7wetrabozhiyuanhui/home
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