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Articles The Thymine-DNA Glycosylase Regulatory Domain: Residual Structure and DNA Binding Caroline Smet-Nocca, Jean-Michel Wieruszeski, § Vicky Chaar, Arnaud Leroy, § and Arndt Benecke* ,‡,| Institut de Recherche Interdisciplinaire, USR CNRS 3078, UniVersite ´ de Lille 1, 1 rue du Professeur Calmette, 59021 Lille Cedex, France, Unite ´ de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle, UMR CNRS 8576, UniVersite ´ de Lille 1, VilleneuVe d’Ascq, France, and Institut des Hautes Etudes Scientifiques, 35 route de Chartres, 91440 Bures-sur-YVette, France ReceiVed NoVember 8, 2007; ReVised Manuscript ReceiVed April 6, 2008 ABSTRACT: Thymine-DNA glycosylases (TDGs) initiate base excision repair by debasification of the erroneous thymine or uracil nucleotide in G · T and G · U mispairs which arise at high frequency through spontaneous or enzymatic deamination of methylcytosine and cytosine, respectively. Human TDG has furthermore been shown to have a functional role in transcription and epigenetic regulation through the interaction with transcription factors from the nuclear receptor superfamily, transcriptional coregulators, and a DNA methyltransferase. The TDG N-terminus encodes regulatory functions, as it assures both G · T versus G · U specificity and contains the sites for interaction and posttranslational modification by transcription-related activities. While the molecular function of the evolutionarily conserved central catalytic domain of TDG in base excision repair has been elucidated by determination of its three-dimensional structure, the mechanisms by which the N-terminus exerts its regulatory roles, as well as the function of TDG in transcription regulation, remain to be understood. We describe here the residual structure of the TDG N-terminus in both contexts of the isolated domain and the entire protein. These studies lead to the characterization of a small structural domain in the TDG N-terminal region preceding the catalytic core and coinciding with the region of functional regulation of TDG’s activities. This regulatory domain exhibits a small degree of organization and is implicated in dynamic molecular interactions with the catalytic domain and nonselective interactions with double-stranded DNA, providing a molecular explanation for the evolutionarily acquired G · T mismatch processing activity of TDG. Base excision repair (BER) 1 pathways are crucial to maintain genomic integrity in face of constant physical and chemical DNA damage with mutagenic potential. Several enzymes with high substrate specificity are required for this type of DNA repair. Among them, uracil-DNA glycosylases (UDGs), which are highly conserved during evolution, This work has been funded by the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), the Re ´gion Nord-Pas de Calais, the Institut de Recherche Interdisciplinaire, the Institut des Hautes E ´ tudes Scienti- fiques, the European Hematology Association-Jose ´ Carreras Founda- tion, and the Agence Nationale de la Recherche. The 600 and 800 MHz facility used in this study was funded by the Re ´gion Nord-Pas de Calais (France), the CNRS, the University of Lille 1 and the Institut Pasteur de Lille. * To whom correspondence should be addressed: tel, +33 (0)1 60 92 66 65; fax, +33 (0)1 60 92 66 09; e-mail, [email protected]. Institut de Recherche Interdisciplinaire. § Unite ´ de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle. | Institut des Hautes Etudes Scientifiques. 1 Abbreviations: AP, apurinic/apyrimidic; APE1, A/P-endonuclease 1; BER, base excision repair; CAT, TDG catalytic domain; CBP, Creb (cAMP- responsive element binding protein) binding protein; Dnmt3a, DNA methyltransferase 3a; dsDNA, double-stranded DNA; DQF-COSY, double- quantum-filtered correlated spectroscopy; HSQC, heteronuclear single- quantum coherence spectroscopy; MALDI-TOF, matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight; MBD4/MIG, methyl-binding domain/ mismatch glycosylase; MUG, mismatch-specific uracil-DNA glycosylase; NOESY, nuclear Overhauser exchange spectroscopy; RD, TDG N-terminal regulatory domain; SRC-1, steroid receptor coactivator 1; RP-HPLC, reverse-phase high-pressure liquid chromatography; SSP, secondary structure propensity; SUMO, small ubiquitin-like modifier; TDG, thymine-DNA glycosylase; TOCSY, total correlation spectroscopy; TROSY, transverse relaxation-optimized spectroscopy; UDG, uracil-DNA glycosylase. Copyright 2008 by the American Chemical Society Volume 47, Number 25 June 24, 2008 10.1021/bi7022283 CCC: $40.75 2008 American Chemical Society Published on Web 05/31/2008

[BLT] 고벤처포럼(2016.06.28)_Startup&IP_정태균변리사

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BLT 특허법률사무소

고벤처포럼 5분 정보발표 - STARTUP & IP -

START-UP이 놓치는 지식재산권 POINT

Patent Attorney of BLT Patent & Law firm

정태균 변리사

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Start-up이 놓치는 지식재산권 Point

공개하기 전에 특허출원을 해야 하나?

특허출원 안 해도 노하우로 잘 보호하면

되겠지?

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BLT Business, Law & Technology

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공개하기 전에 특허출원을 해야 하나?

제품출시

박람회 참가 특허출원 vs

발명 A 발명 A

출원일 이전에 공개된 것은 심사관의 심사 시

본인 공개한 것이라도 거절시킬 수 있는 이유가 된다!!

출원일 공개일

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• 일본의 마루나 社는 마루나연사기에 관한 실용신안을 일본/한국 등록

• 한국의 나성준이 동제품을 생산하여 판매하자, 특허침해소송을 제기

• 마루나社가 특허출원 전에 이 제품 팜플렛을 한국에 다량 배포하여

공지상태가 인정되어 패소 (86도2670)

외부공개 전에 출원하여야 한다!

어쩔 수 없이 먼저 공개하였다면, 공지예외주장 필요

다만, 공개 후 1년(디자인의 경우, 6개월) 내 출원할 때만 가능

본인 공개 후의 타인 공개에 대해서는 예외 인정되지 않음

공지예외주장을 하더라도 매 공지행위마다 모두 입증해야 하여,

상대방에게 반격의 빌미를 줄 수 있음.

마루나(JP) vs 나성준 사례

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• 특허법 및 디자인보호법이 개정되어,

출원 후 특허청의 심사과정에서 공지예외주장 가능!

• 그러나, 한국출원 전에 공개하여 공지예외주장을 하면,

‘중국 및 유럽’에서 특허 확보가 어려워 진다!

– 중국과 유럽은 공지예외가 되는 요건이 제한적!!

– 국가에서 인정하는 박람회에 참가하여 공개한 경우나

타인이 출원인의 의사에 반하여 공개한 경우

• 중국/유럽 진출을 생각하는 아이템이면,

반드시 공개 전 출원!

이제 출원 이후에도 공지예외주장은 가능하지만...

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제품출시(ex. 앱 런칭) 일정을 연기하기 어렵다면?

‘가출원’ 전략으로 공개 전 출원일 확보!!

출시가 임박한 경우에는 어떻게 하지?

가출원 정식출원

1년 이내

공개될 아이디어 출원일확보용 권리범위 확보용

우선권주장

가출원일자 기준으로 심사

박람회 참가 예정

현시점

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• 많은 대표님들의 걱정!

특허문헌이 공개되면 누구든지 쉽게 Copy할까봐 걱정이에요…

그래서 출원 안하고 보호하는 게 좋지 않을까요…?

• 그렇다면,

공개하지 않았는데 경쟁사가 스스로 유사제품을 만들어낸다면?

사업아이템 보호수단이 전혀 없다!!!

Copy가 용이한 아이디어일수록

특허의 힘이 필요하다!!

노하우로 보호하면 되겠지?

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• 특허출원 후 특허청에 의해 공개될 때까지 1년6개월 소요!!

노하우로 보호하면 되겠지?

특허출원

출원공개 시기

1년 6개월

타인은 특허출원의 내용을 확인할 수 없는 비공개 기간

- 출원공개 전에 특허청의 심사결과를 받아볼 수 있다! - 급행료를 내고 우선심사 청구 가능!

따라서, 빠른 심사를 진행하면,

특허등록이 된 후에 외부에 공개될 수 있다!

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