Сергей Мастицкий БГУ, Минск, май 2014

Ewan Birney, глава отдела «Nucleotide Data» в European

Bioinformatics Institute, EMBL

Из сообщения в его блоге “Five statistical things I wished I had been

taught 20 years ago”

Методы непараметрической статистики

R

Проблема множественных сравнений

Связь между Р-значением, размером

эффекта и объемом выборки

Линейные модели и PCA

Author: Sergey Mastitsky

Абсолютно бесплатно – особенно важно для

академических учреждений

Язык, специально созданный для стат. анализа

Огромные возможности для визуализации

данных

Более 5000 пакетов-расширений

Развивается быстрее любого коммерческого ПО

Сотни книг, “The R Journal”, “Journal of Statistical

Software”

Огромное число пользователей (>2 млн., 2012 г.)

= поддержка, быстрое исправление ошибок

Author: Sergey Mastitsky

Работа из командной строки – не то, что

ожидают пользователи, привыкшие

«нажимать на кнопки»

R – это язык (требует времени для изучения)

Справочная информация зачастую написана

сухим техническим [английским] языком –

новички часто теряются и расстраиваются

Author: Sergey Mastitsky

Книги – в основном издаются Springer,

Cambridge University Press и

Chapman & Hall

Блоги – чрезвычайно ценный источник:

r-bloggers.com

r-analytics.blogspot.com

Специальные курсы, в т.ч. онлайн:

coursera.com (бесплатно/платно)

statistics.com (платно)

Author: Sergey Mastitsky

Основные принципы работы с R и RStudio

Описательная статистика, основы R-графики,

классические статистические методы (t-тест,

ANOVA, корреляционный анализ)

Простая и множественная регрессия

В конце: вы получите все материалы курса,

включая примеры кода, пригодные для

повторного использования

Author: Sergey Mastitsky

Я объясняю новые понятия и привожу

примеры – вы повторяете

Я даю небольшие задания – вы

выполняете

Author: Sergey Mastitsky

Тема 1

Инсталляция R и RStudio

Author: Sergey Mastitsky

Author: Sergey Mastitsky

Author: Sergey Mastitsky

… потом следуйте инструкциям Author: Sergey Mastitsky

Что выбрать:

- Если у вас есть права

Администратора: C:\Program Files

- Если нет: любая директория,

которая вам нравится.

Author: Sergey Mastitsky

• Если система R установлена в C:\Program Files,

пропустите этот шаг

• Иначе:

- Заходим в папку, где находится R, например:

C:\Users\MastitSE\R-2.15.0

- Идем в C:\Users\MastitSE\R-2.15.0\etc и

открываем файл Rprofile.site в текстовом

редакторе (лучше всего Notepad)

Author: Sergey Mastitsky

Измените путь к папке (ее нужно сначала создать!), куда

вы хотели бы устанавливать все дополнительные пакеты,

например:

# set a site library

.Library.site <- "c:\\Users\\MastitSE\\MyRlibs"

Командная строка: здесь мы общаемся с R

Author: Sergey Mastitsky

• Интегрированная

среда разработки

(IDE) для R

• Сочетает

интуитивный

интерфейс с

мощными

средствами для

разработки кода R

Author: Sergey Mastitsky

Author: Sergey Mastitsky

Author: Sergey Mastitsky

Author: Sergey Mastitsky

Поступаем так же, как и при установке R …

Консоль R: здесь мы общаемся с R, вводя

команды

Редактор кода

Служебное окно 1

Author: Sergey Mastitsky

Служебное окно 2

Зайдите на сайт R Project и ознакомьтесь с его

основными разделами

Из раздела “Documentation/Manuals” загрузите

PDF-файлы “An Introduction to R” и “R Data

Import/Export” – настоятельно рекомендую к

изучению!

Обратите внимание на раздел “Documentation”

Author: Sergey Mastitsky

Зайдите на сайт r-analytics.blogspot.com

Зайдите на страницу “Работа с RStudio” –

здесь вы можете подробнее узнать о работе с

этим инструментом и найти PDF-файл

руководства на русском языке

Обратите внимание на разделы “Инсталляция

R” и “Библиотека”

Author: Sergey Mastitsky