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R in life science~heatmap作成~YOSHIKI TOMITA
自己紹介
Yoshiki Tomita 所属:神戸大学農学部在学中、専門は作物学
趣味:語学と海外(主にアジア)をふらふらすること、最近自転車を始めた
一言:河原さんと知り合ったことがきっかけでRの勉強を始めた(初心者)。
Rでヒートマップをつくろうヒートマップ(英: Heat map)は個々の値のデータ行列を色として表現した可視化グラフの一種である。
様々な種類が存在する。
(wikipediaより)
こんなやつ→
何に使うの?行列型データの可視化
→Webページ解析(マウストラッキングetc)
→マイクロアレイ解析
heatmap関数(データセットmtcarsを例に)
mtcars : 1974年のアメリカで車種ごとに性能を比較したデータ
mpg Miles/(US) gallon
cyl Number of cylinders
disp Displacement (cu.in.)
hp Gross horsepower
drat Rear axle ratio
wt Weight (lb/1000)
qsec 1/4 mile time
vs V/S
amTransmission (0 = automatic, 1 = manual)
gear Number of forward gears
carb Number of carburetors
このデータを視覚化しわかりやすくする
データフレーム型→行列に変換
heatmap関数に入れる
scale : データを読む向き, Rowv : 行の樹形図, Colv : 列の樹形図,main : 題名, col : 色の指定
いろんな色で書いてみた
heatmap.2gplotsパッケージ中に含まれる。密度、スケールバーなどの付加情報を表示できる。
今回参考にさせていただいたブログなどバイオスタティスティクス
http://stat.biopapyrus.net/graph/heatmap.html
Panda Analysis
http://panda-nikki.hatenablog.jp/entry/20131209/1386600203
R Financial & Marketing Library
http://itbc-world.com/home/rfm/