Upload
cs-center
View
500
Download
3
Embed Size (px)
Citation preview
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)
1. Интересны только «редкие» слова.
2. Интересны только пары с весом, больше определенного порога.
3. Продолжаем пары до выравнивания, пока вес не начнет уменьшатся.
e-value
E = Kmne−λS
Ожидаемое количество выравниваний с весом равным или большим S при условии поиска строки длины m в базе длины n.
BLAST4 ноября
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
Проведите поиск с помощью BLAST (nucleotide blast) поиск случайной последовательности(длиной 100, 10 00, 100 000) в базе данных последовательностей нуклеотидов (nucleotide collection).
Rabin-Karp
• Придадим символам числовые значения
• Для строки-запроса посчитаем функцию (hash):
ℎ𝑎𝑠ℎ 𝑄 = (𝑞0𝑝𝑛 + 𝑞0𝑝
𝑛−1 +⋯+ 𝑞𝑛𝑝0)
• Для каждой подстроки целевой строки также посчитаем эту функцию, причем:
ℎ𝑎𝑠ℎ 𝑆𝑖 = ℎ𝑎𝑠ℎ 𝑆𝑖−1 − 𝑠𝑖−1𝑝𝑛 ∗ 𝑝 + 𝑠𝑖+𝑛