РЕФЕРАТ · 2018. 1. 15. · 7 ВВЕДЕНИЕ Биоресурсные коллекции в настоящее время рассматриваются, как важный

3

РЕФЕРАТ

Отчет 63 с., 1 ч., 1 рис., 2 табл., 13 прил.

КОЛЛЕКЦИЯ МИКРООРГАНИЗМОВ, ГЕНЕТИЧЕСКИЕ РЕСУРСЫ, ШТАММЫ

СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННОГО НАЗНАЧЕНИЯ, ГЕНОМНЫЙ ФИНГЕРПРИНТИНГ,

МУЛЬТИСУБСТРАТНОЕ ТЕСТИРОВАНИЕ

Объект исследования – биоресурсная коллекция «Коллекция полезных микроорганизмов

сельскохозяйственного назначения»

Цель работы – поддержание биоресурсной коллекции «Коллекция полезных

микроорганизмов сельскохозяйственного назначения».

Результаты. В рамках выполнения государственного задания были проведены следующие

работы:

1. Создан технологический паспорт ВКСМ ВНИИСХМ, содержащий:

1.1. полный набор ключевых стандартных операционных процедур (СОП ВКСМ),

обеспечивающих развитие и поддержание коллекционного фонда ВКСМ,

1.2. Научно-техническое обоснование смет стандартных операционных процедур ВКСМ

ВНИИСХМ.

2. Технологический паспорт ВКСМ размещен на интернет- сайте ВКСМ ВНИИСХМ.

3. Экспериментально верифицированы СОПы (и на их основе проведена характеризация

штаммов из коллекции ВКСМ ВНИИСХМ):

3.1. СОП ВКСМ для поддержания единиц хранения, верифицированный на 30 штаммах.

3.2. СОП ВКСМ для контроля качества единиц хранения, верифицированный на 30 штаммах.

3.3. СОП ВКСМ для коррекции нарушения качества единиц хранения, верифицированный

на 30 штаммах.

4. СОП ВКСМ для мультисубстратного тестирование с помощью системы MicroPlate GENIII

BioLog новых изолятов почвенных микроорганизмов (10 штаммов).

5. СОП ВКСМ для проведения генетической паспортизации штаммов с помощью метода

геномного AFLP- фингерпринтинга (10 штаммов).

6. Результаты верификации СОПов записаны в электронную базу ВКСМ

ВНИИСХМ.

7. Электронный каталог коллекции ВКСМ ВНИИСХМ пополнен информацией о 30

штаммах, охарактеризованных согласно СОП ВКСМ.

8. Коллекция ВКСМ ВНИИСХМ зарегистрирована на электронном ресурсе Сетевого центра

Коллекций микроорганизмов ФАНО России.

9. Две публикации, подготовленные на основе материалов коллекции направлены в

рецензируемые журналы (Scopus, WoS), одна из которых принята в печать.

4

СОДЕРЖАНИЕ

Обозначения и сокращения 6

Введение 7

Основная часть 9

1 Общая информация о коллекции 9

2 Краткая информация о проделанной работе в рамках дополнительного госзадания 10

3 Регистрация в государственных информационных системах и финансирование 10

4 Результаты, полученные в рамках дополнительного госзадания 10

Заключение 24

Приложение А Библиографический список публикаций, полученных

в результате выполнения научно-исследовательской работы 25

Приложение Б Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Криоконсервация

штаммов при –150 оС»

27

Приложение В Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Хранение штаммов

при -80оС на Станции низкотемпературного автоматизированного хранения биологических

образцов» 29

Приложение Г Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Стандартные

микробиологические рассевы» 31

Приложение Д Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Световая микроскопия

с использованием микроскопа Axiolab» 33

Приложение Е Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Секвенирование генов

рибосомных РНК на генетическом анализаторе ABI PRISM 3500xl» 34

Приложение Ж Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Поиск гомологичных

последовательностей в базе данных GenBank» 36

Приложение И Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Последовательное

клонирование при загрязнении штаммов» 37

Приложение К Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Секвенирование

генов рибосомных РНК на генетическом анализаторе ABI PRISM 3500xl» 39

Приложение Л Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Повторная

криоконсервация при снижении жизнеспособности штаммов ниже установленного

порога» 41

Приложение М Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Мультисубстратное

тестирование с помощью системы MicroPlate GENIII BioLog» 43

5

Приложение Н Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Проведение

генетической паспортизации штаммов с помощью метода геномного AFLP-

фингерпринтинга» 45

Приложение П Идентификация штаммов с помощью метода секвенирования

16S rDNA 47

6

ОБОЗНАЧЕНИЯ И СОКРАЩЕНИЯ

ПЦР – полимеразная цепная реакция

AFLP – amplified fragment length polymorphism

BLAST - Basic logical alignment search tool

7

ВВЕДЕНИЕ

Биоресурсные коллекции в настоящее время рассматриваются, как важный компонент

научной инфраструктуры, поддерживаемой ФАНО России с целью повышения

эффективности научных исследований и разработок. В связи с этим расширение фонда

ВКСМ за счет новых штаммов сельскохозяйственных микроорганизмов и получение новой

информации о них является актуальной задачей, решение которой будет способствовать

повышению эффективности использования генетических ресурсов микроорганизмов в

сельскохозяйственных биотехнологиях.

Цель работы – поддержание биоресурсной коллекции «Коллекция полезных

микроорганизмов сельскохозяйственного назначения».

Задачи:

1. Создать технологический паспорт ВКСМ ВНИИСХМ, содержащий:

1.1. полный набор ключевых стандартных операционных процедур (СОП ВКСМ),


1.2. Научно-техническое обоснование смет стандартных операционных процедур ВКСМ

ВНИИСХМ.

2. Разместить технологический паспорт ВКСМ на интернет- сайте ВКСМ ВНИИСХМ.

3. Экспериментально верифицировать СОПы (и на их основе провести характеризацию


3.1. СОП ВКСМ для поддержания единиц хранения, верифицированный на 30 штаммах.

3.2. СОП ВКСМ для контроля качества единиц хранения, верифицированный на 30 штаммах.

3.3. СОП ВКСМ для коррекции нарушения качества единиц хранения, верифицированный

на 30 штаммах.

4. Разработать СОП ВКСМ для мультисубстратного тестирование с помощью системы

MicroPlate GENIII BioLog новых изолятов почвенных микроорганизмов (10 штаммов).

5. Разработать СОП ВКСМ для проведения генетической паспортизации штаммов с

помощью метода геномного AFLP- фингерпринтинга (10 штаммов).

6. Записать результаты верификации СОПов в электронную базу ВКСМ

ВНИИСХМ.

7. Пополнить электронный каталог коллекции ВКСМ ВНИИСХМ информацией о 30


8. Зарегистрировать коллекцию ВКСМ ВНИИСХМ на электронном ресурсе Сетевого центра


8

9. Подготовить на основе материалов коллекции две публикации, направленные в

рецензируемые журналы (Scopus, WoS), одна из которых должна быть принята в печать.

10. Подготовить календарный план работ по выполнению дополнительного

государственного задания.

11. Разместить отчет о проделанной работе в рамках дополнительного государственного

задания на интернет-сайте коллекции ВКСМ ВНИИСХМ с указанием ссылки на номер

заключенного с ФАНО России соглашения на выполнение дополнительного


В целом, поставленные цели и задачи дают необходимую базу для функционирования

биоресурсной коллекции «Коллекция полезных микроорганизмов сельскохозяйственного

назначения».

Настоящий отчет является заключительным по теме «Расширение и инвентаризация фонда

Ведомственной коллекции полезных микроорганизмов сельскохозяйственного назначения»

за 2017 год.

9

ОСНОВНАЯ ЧАСТЬ

1 Общая информация о коллекции

1.1 Название коллекции: «Коллекция полезных микроорганизмов

сельскохозяйственного назначения».

1.2 Наименование организации ФАНО России – держателя коллекции (если организация

прошла реорганизацию в 2017г, то указать старое и новое название): Федеральное

государственное бюджетное научное учреждение «Всероссийский научно-

исследовательский институт сельскохозяйственной микробиологии» (ФГБНУ ВНИИСХМ).

1.3 Регистрационный номер биоресурсной коллекции в информационной системе

«Парус» ФАНО России: 664.00.Х6800

1.4 Направление ФНИ: Земледелие. 144. Молекулярно-генетические основы интеграции

микроорганизмов и растений с целью создания эффективных растительно-микробных систем

и новых биопрепаратов с полифункциональными свойствами, обеспечивающих оптимальное

питание растений, высокую продуктивность и качество продукции.

1.5 Руководитель коллекции, поддерживающий коллекцию: Сафронова Вера Игоревна,

заведующая ВКСМ, к.б.н., [email protected], тел. раб. (812)4705100, тел. моб.

8(911)9721387

1.6 Назначение коллекции: Аккумуляция и долгосрочное хранение генетических

ресурсов сельскохозяйственных микроорганизмов, изучение их биоразнообразия. Разработка

методов генетической паспортизации штаммов, а также способов контроля за качеством

производимых микробных препаратов.

1.7 Регистрация коллекции в перечне ЦКП/УНУ «Современная исследовательская

инфраструктура Российской Федерации»: Есть

1.8 Наименование, реестровый номер и адрес ЦКП/УНУ: http://ckp-rf.ru/usu/77731/

1.9 Дата образования коллекции: 2010

1.10 Отражение коллекционной деятельности в Уставе организации: Есть; 21.1 Поиск,

выделение и конструирование новых микроорганизмов сельскохозяйственного назначения,

их депонирование, систематизация и долгосрочное хранение национальных

микробиологических ресурсов.

1.11 Положение о коллекции, утвержденное на Ученом совете организации: Выписка из

Протокола №9 заседания Ученого Совета ГНУ ВНИИСХМ от 2 сентября 2010 г.

1.12 Адрес WEB-сайта организации, на котором представлена информация о коллекции

http://arriam.ru/kollekciya-kul-tur1/

http://ckp-rf.ru/usu/77731/


10

2 Краткая информация о проделанной работе в рамках дополнительного госзадания

2.1 Текст Отчета представлен на:

а) WEB-сайте организации: http://arriam.ru/kollekciya-kul-tur1/

б) Информационном портале БРК

http://www.biores.cytogen.ru/brc_cells/collections/ICGSBRAS_CELLS

2.2 Содержание основных результатов работы по дополнительному госзаданию в

соответствии с ПФНИ ГАН: новые штаммы микроорганизмов и их консорциумы для

создания биопрепаратов, методология и технологии хранения и использования

микроорганизмов, методы и технологии производства и способы применения биопрепаратов.

3 Регистрация в государственных информационных системах и финансирование

3.1 Регистрационный номер дополнительного госзадания по БРК в информационной

системе «Парус» ФАНО России: 0664-2017-0001

3.2 Регистрационный номер дополнительного госзадания по БРК в информационной

системе ЦИТИС: АААА-А17-117121140082-4

3.3 Отчет по дополнительному госзаданию 0664-2017-0001 подготовлен и загружен в

систему Парус.

3.4 Отчет по дополнительному госзаданию АААА-А17-117072000117-1 подготовлен и

загружен в систему ЦИТИС.

4 Результаты, полученные в рамках дополнительного госзадания

4.1 Создан технологический паспорт ВКСМ ВНИИСХМ, содержащий:

4.1.1 полный набор ключевых стандартных операционных процедур (СОП ВКСМ),


4.1.2 научно-техническое обоснование смет стандартных операционных процедур ВКСМ

ВНИИСХМ.

4.2 Технологический паспорт ВКСМ размещен на интернет-сайте ВКСМ ВНИИСХМ

http://arriam.ru/kollekciya-kul-tur1/. СОПы находятся в Приложениях Б–М, ниже приведены

их названия:



11

Приложение Б Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Криоконсервация

штаммов при –150 оС»

Приложение В Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Хранение штаммов

при -80оС на Станции низкотемпературного автоматизированного хранения биологических

образцов»

Приложение Г Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Стандартные

микробиологические рассевы»

Приложение Д Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Световая микроскопия

с использованием микроскопа Axiolab»

Приложение Е Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Секвенирование генов

рибосомных РНК на генетическом анализаторе ABI PRISM 3500xl»

Приложение Ж Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Поиск гомологичных

последовательностей в базе данных GenBank»

Приложение И Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Последовательное

клонирование при загрязнении штаммов»

Приложение К Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Секвенирование

генов рибосомных РНК на генетическом анализаторе ABI PRISM 3500xl»

Приложение Л Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Повторная

криоконсервация при снижении жизнеспособности штаммов ниже установленного порога»

Приложение М Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Мультисубстратное

тестирование с помощью системы MicroPlate GENIII BioLog»

Приложение Н Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ «Проведение

генетической паспортизации штаммов с помощью метода геномного AFLP-

фингерпринтинга»

Для обоснования смет стандартных операционных процедур и расчета общей стоимости

работ, обеспечивающих развитие и поддержание коллекции ВКСМ, были собраны данные об

оплате труда, приобретении материалов, расходах на содержание оборудования,

коммунальных и иных затратах, необходимых для выполнения работ по перечисленным

ниже направлениям деятельности коллекции:

1) Выполнение стандартных операционных процедур (СОП).

2) Общее содержание коллекции.

Собранные данные были использованы для расчета стоимости выполнения 10 СОП,

величины накладных расходов на содержание коллекции и необходимого годового объема

финансирования. Обобщенный пример расчета стоимости СОП приведен в таблице 1.

12

Таблица 1 – Расчет стоимости СОП «Криоконсервация штаммов при –150 оС»

№,

п/п

Статья расходов Сумма, руб.

1 Оплата труда 592,33

2 Приобретение материалов 1128,20

3 Иные затраты –

4 Содержание оборудования 476,81

Итого: 2197,34

Расчеты проводились в соответствии моделью и методикой оценки, разработанными ИЦиГ

СО РАН в рамках выполнения дополнительного государственного задания по теме:

«Разработка модели финансового управления сохранением и рациональным использованием

биоресурсов в рамках функционирования биоресурсных научных коллекций». Полный набор

данных представлен на портале «Биоресурсные коллекции ФАНО России».

4.3 Экспериментально верифицированы СОПы (и на их основе проведена характеризация


4.3.1 СОП ВКСМ для поддержания единиц хранения, верифицированный на 30 штаммах и

включающий:

4.3.1.1 Криоконсервацию штаммов при –150 оС.

Криоконсервацию штаммов проводили по следующей методике:

Приготовить по 200 мл питательных сред (г/л) – 3 вымытых и высушенных культуральных

флакона: Мясо-пептонный агар (МПА): ГМФ агар - 20 или ГМФ бульона – 20, агар-агар -

20. Стерилизация 30 минут при 120 оС. Мясо-пептонный бульон: ГМФ бульон – 20.

Стерилизация 30 минут при 120 оС. Среда R2A: R2A agar – 15. Стерилизация 30 минут при

120оС.

Разлить 10 чашек Петри с МПА или R2A (в зависимости от вида штамма) - по 20 мл в

чашку.

Разлить 5 пробирок Falcon 15 мл с ГМФ бульоном – по 10 мл в пробирку.

Культивировать штамм микроорганизма при 28 оС в течение 3 суток (до стационарной фазы

роста) – 1 чашка, 1 микробиологическая петля.

13

Суспензировать полученную биомассу в ГМФ бульоне (титр суспензии 108-10

9 кл/мл) – 1

пробирка Falcon 15 мл, 4 микробиологические петли.

Добавить к суспензии стерильный глицерин Ultra Pure Grade – 2 мл глицерина, 1 наконечник.

Выдержать суспензию 40 мин при комнатной температуре.

Приготовить последовательные 10-кратные разведения суспензии – 4 пробирки Falcon 15 мл,

4 наконечника.

Высеять из каждого разведения по 100 мкл на 2 чашки Петри – 8 чашек, 1 наконечник.

Культивировать чашки Петри при 28 оС в течение 2-10 суток до появления отдельных

колоний.

Расфасовать суспензию в стерильные криопробирки на 1,5 мл (в криокоробках) - 4

криопробирки, 1 наконечник.

Разместить пробирки в морозильную камеру на –150 оС.

По прошествии 1 суток переместить 2 криопробирки на 1,5 мл в морозильную камеру на

–80оС.

В результате верификации 30 штаммов из коллекции ВКСМ (таблица 2)

криоконсервированы при –150 оС.

Таблица 2 - Штаммы, использованные в работе для верификации СОП ВКСМ

Оригиналь

ный номер

штамма

Номер

штамма в

коллекции

ВКСМ

Использование штамма в СОП

1 2 3 4 5

T1Ks14 RCAM 04487 + + - + -

T1Ks19 RCAM 04488 + + - + -

T1Kr02 RCAM 04486 + + - + -

K2Kn02 RCAM 04485 + + - + -

CУГ-3 RCAM 04696 + + - + -

HP4 RCAM 04651 + + - + -

EG1QL3 RCAM 04635 + + - + -

EG2QL8 RCAM 04650 + + - + -

EG3QL57 RCAM 04649 + + - + -

RU5S2 RCAM 04636 + + - + -

495 RCAM 04611 + + - - -

496 RCAM 04612 + + - - -

14

Продолжение таблицы 2

498 RCAM 04614 + + - - -

500 RCAM 04616 + + - - -

503 RCAM 04619 + + - - -

504 RCAM 04620 + + - - -

505 RCAM 04670 + + - - -

506 RCAM 04671 + + - - -

508 RCAM 04673 + + - - -

510 RCAM 04675 + + - - -

512 RCAM 04677 + + - - -

514 RCAM 04679 + + - - -

515 RCAM 04680 + + - - -

Изолят 1 RCAM 04637 + + - - -

Изолят 2 RCAM 04638 + + - - -

Изолят 3 RCAM 04639 + + - - -

Изолят 4 RCAM 04640 + + - - -

Изолят 5 RCAM 04641 + + - - -

SH RCAM 04652 + + - - -

DPRK-17 RCAM 04578 + + - - -

0203 RCAM 0203 - - + - -

0206 RCAM 0206 - - + - -

0418 RCAM 0418 - - + - -

0419 RCAM 0419 - - + - -

0610 RCAM 0610 - - + - -

0616 RCAM 0616 - - + - -

0626 RCAM 0626 - - + - -

0702 RCAM 0702 - - + - -

0706 RCAM 0706 - - + - -

0716 RCAM 0716 - - + - -

1026 RCAM 1026 - - + - -

1076 RCAM 1076 - - + - -

1326 RCAM 1326 - - + - -

1361 RCAM 1361 - - + - -

1365 RCAM 1365 - - + - -

15

Продолжение таблицы 2

1610 RCAM 1610 - - + - -

1614 RCAM 1614 - - + - -

1723 RCAM 1723 - - + - -

1750 RCAM 1750 - - + - -

1761 RCAM 1761 - - + - -

1801 RCAM 1801 - - + - -

1802 RCAM 1802 - - + - -

2102 RCAM 2102 - - + - -

2110 RCAM 2110 - - + - -

2490 RCAM 2490 - - + - -

24100 RCAM 24100 - - + - -

2707 RCAM 2707 - - + - -

2720 RCAM 2720 - - + - -

2802 RCAM 2802 - - + - -

2908 RCAM 2908 - - + - -

LB_1 - - - - - +

LB_2 - - - - - +

LB_3 - - - - - +

LB_4 - - - - - +

LB_7 - - - - - +

LB_8 - - - - - +

LB_9 - - - - - +

LB_10 - - - - - +

LB_11 - - - - - +

LB_12 - - - - - +

Примечание – Использованы следующие обозначения:

1 - СОП ВКСМ для поддержания единиц хранения (30 штаммов).

2 - СОП ВКСМ для контроля качества единиц хранения (30 штаммов).

3 -СОП ВКСМ для коррекции нарушения качества единиц хранения (30 штаммов).

4 -СОП ВКСМ для мультисубстратного тестирование с помощью системы MicroPlate GENIII BioLog новых

изолятов почвенных микроорганизмов (10 штаммов).

5 -СОП ВКСМ для проведения генетической паспортизации штаммов с помощью метода геномного AFLP-

фингерпринтинга (10 штаммов).

+ штамм использован для верификации СОП, - штамм не использован для верификации СОП

16

4.3.1.2 Хранение штаммов при -80 оС на Станции низкотемпературного автоматизированного

хранения биологических образцов.

Хранение штаммов осуществляли по следующей методике:


флакона: Мясо-пептонный агар (МПА): ГМФ агар - 20 или ГМФ бульона – 20, агар-агар - 20.

Стерилизация 30 мин, 120 оС. Среда R2A: R2A agar – 15. Стерилизация 30 мин, 120

оС.

Разлить 1 чашку Петри с МПА или R2A (в зависимости от вида штамма) – 20 мл.

Разлить 3 пробирки Falcon 15 мл с МПА или R2A (в зависимости от вида штамма) - по 6 мл

в пробирку.

Выгрузить микропробирку с 2D баркодом из Станции низкотемпературного

автоматизированного хранения биологических образцов.

Разморозить ее при 37 оС в течение 3 мин.

Высеять суспензию на 1 чашку Петри и культивировать при 28 оС в течение 3 суток.

Зафиксировать наличие роста и пересеять биомассу на пробирки Falcon 15 мл – 3 пробирки,

1 микробиологическая петля.

Культивировать 3 пробирки Falcon 15 мл при 28 оС в течение 3 суток.

Хранить пробирки Falcon 15 мл при +4 оС.

В результате верификации 30 штаммов из коллекции ВКСМ (таблица 2) размещены на

долгосрочное хранение при –80 оС на Станции низкотемпературного автоматизированного

хранения биологических образцов.

4.3.2 СОП ВКСМ для контроля качества единиц хранения, верифицированный на 30

штаммах и включающий:

4.3.2.1 Стандартные микробиологические рассевы.

Стандартные микробиологические рассевы проводили по следующей методике:

Приготовить 200 мл питательной среды (г/л), в зависимости от вида штамма – 1 вымытый и

высушенный культуральный флакон: Мясо-пептонный агар (МПА): ГМФ агар - 20 или ГМФ

бульона – 20, агар-агар - 20. Стерилизация 30 мин, 120 оС. Среда R2A: R2A agar – 15.

Стерилизация 30 минут при 120 оС.

Приготовить 50 мл мясо-пептонного бульона (г/л): ГМФ бульон – 20. Стерилизация 30 мин,

120 оС.

Разлить 10 чашек Петри с МПА или R2A - по 20 мл в чашку.

Разлить 4 пробирки Falcon 15 мл с ГМФ бульоном – по 10 мл в пробирку.

17

Выгрузить микропробирку с 2D баркодом из Станции низкотемпературного

автоматизированного хранения биологических образцов (или достать криопробирку из

морозильной камеры).

Разморозить микропробирку (или криопробирку) при 37 оС в течение 3 мин.

Отобрать 100 мкл суспензии в пробирку Falcon 15 мл – 1 пробирка Falcon 15 мл, 1

наконечник.





колоний.

После появления отдельных колоний на чашках Петри подсчитать титр замороженных

суспензий в процессе хранения (Тхр).

Расчитать процент выживаемости для криоконсервированной культуры как Тхр /Тисх х 100%.

Пул из 10 – 20 колоний штамма пересеять на чашки Петри – 2 чашки, 1 микробиологическая

петля.

Культивировать штамм микроорганизма при 28 оС в течение 2 суток.

Хранить штамм микроорганизма при +4оС.

В результате верификации 30 штаммов из коллекции ВКСМ (таблица 2) проведены через

процедуру стандартных микробиологических рассевов.

4.3.2.2 Световая микроскопия с использованием микроскопа Axiolab.

Микроскопию проводили по следующей методике:

Нанести на предметное стекло каплю воды и внести биомассу клеток.

Тщательно перемешать.

Накрыть препарат покровным стеклом, избегая образования воздушных пузырей.

Для микроскопии использовать увеличение, соответствующее размеру объекта и целям

исследования.

Зафиксировать следующие характеристики образца: однородность, размер и форму клеток

(кокки, удлиненные или укороченные палочки), наличие форму и расположение спор

(центральное, апикальное), подвижность клеток (хаотичное или направленное движение).

В результате верификации 30 штаммов из коллекции ВКСМ (таблица 2) проверены с

помощью световой микроскопии с использованием микроскопа Axiolab.

18

4.3.2.3 Секвенирование генов рибосомных РНК на генетическом анализаторе ABI PRISM

3500xl.

Секвенирование проводили по следующей методике:

Приготовить 10 мл жидкой питательной среды R2A (г/л) – 1 культуральный флакон: R2A

бульон – 15. Стерилизация 30 мин, 120 оС.

Разлить 1 пробирку Falcon 15 мл с R2A бульоном – 10 мл в пробирку.

Засеять пробирку штаммом и культивировать на качалке при 28 оС в течение 1-3 суток – 1

микробиологическая петля.

Отобрать 5 мл суспензии и использовать для выделения ДНК набор для выделения геномной

ДНК (Fermentas) из различных источников в соответствии с рекомендациями производителя

– 1 реакция, 5 наконечников.

Для амплификации использовать 50 нг выделенной ДНК, смесь для проведения ПЦР,

включающую специфические праймеры и Taq-полимеразу – 1 реакция, 2 ед Taq-полимеразы,

5 наконечников.

ПЦР проводить в планшетах для проведения полимеразной цепной реакции – 1 планшет на

96 реакций, 1 наконечник.

Оценку результата проводить в агарозном 1,5% геле с участием маркера длины ДНК

GeneRuler™ 1 kb Plus (75-20 000 п.н.) – 1 г агарозы; 2,5 мкг маркера; 2 наконечника.

Для выделения из геля и очистки ДНК использовать набор для выделения ДНК из агарозного

геля и очистки продуктов ПЦР PureLink Combo – 1 реакция, 3 наконечника.

Секвенирование проводить на генетическом анализаторе ABI 3500xl с использованием

набора для очистки продуктов секвенирования BigDye Xterminator и универсального

полимера POP-7 – 1 набор BigDye Xterminator на 2500 реакций, 1 уп. полимера на 960

реакций, 4 наконечника.

В результате верификации для 30 штаммов из коллекции ВКСМ (таблица 2) получены

нуклеотидные последовательности генов рибосомных РНК, которые приведены в

Приложении П.

4.3.2.4 Поиск гомологичных последовательностей в базе данных GenBank.

Поиск гомологичных последовательностей проводили по следующей методике:

Выверенные последовательности ДНК анализировать с помощью базы данных NCBI

GenBank и программы BLAST, http:// www.ncbi.nlm.nih.gov.

Для конструирования филогенетического дерева применять программу MEGA5 и метод

Neighbor-Joining (модель Maximum Composite Likelihood).

19

Для оценки уровней поддержки кластеров проводить бутстреп-анализ на основе 1000

повторов.

В результате верификации 30 штаммов из коллекции ВКСМ (таблица 2)

идентифицированы с помощью поиска гомологичных последовательностей в базе

данных GenBank (Приложение П).

4.3.3 СОП ВКСМ для коррекции нарушения качества единиц хранения, верифицированный

на 30 штаммах и включающий:

4.3.3.1 Последовательное клонирование при загрязнении штаммов.

Клонирование проводили по следующей методике:



Стерилизация 30 минут при 120 оС. Мясо-пептонный бульон: ГМФ бульон – 20.

Стерилизация 30 минут при 120 оС. Среда R2A: R2A agar – 15. Стерилизация 30 минут при

120оС.

Разлить 20 чашек Петри с МПА и R2A - по 20 мл в чашку.


Культивировать штамм микроорганизма при 28 оС в течение 2 суток – 1 чашка, 1



8 кл/мл) – 1

пробирка Falcon 15 мл, 1 микробиологическая петля.



Высеять из каждого разведения по 100 мкл на 4 чашки Петри – 16 чашек, 2 наконечника.

Культивировать 8 чашек Петри с R2A при 28 оС в течение 2-10 суток до появления

отдельных колоний.

Культивировать 8 чашек Петри с МПА при 37 оС в течение 3 суток до появления отдельных

колоний.

Колонию очищенного штамма последовательно клонировать истощающим посевом на

чашках Петри – 2 чашки, 6 микробиологических петель.

Пул из 10 – 20 колоний очищенного штамма пересеять на чашку Петри – 1 чашка, 2

микробиологические петли.

Культивировать штамм микроорганизма при 28 оС в течение 2 суток.

Хранить штамм микроорганизма при +4оС.

20

В результате верификации 30 штаммов из коллекции ВКСМ (таблица 2) проведены

через процедуру последовательного клонирования для контроля загрязнения штаммов.

4.3.3.2 Секвенирование генов рибосомных РНК на генетическом анализаторе ABI PRISM

3500xl (Life Technologies, США).

Методика описана в п. 3.2.3. В результате верификации для 30 штаммов из коллекции ВКСМ

(таблица 2) получено подтверждение их таксономического статуса.

4.3.3.3 Повторная криоконсервация при снижении жизнеспособности штаммов ниже

установленного порога.

Повторная криоконсервация проводилась по следующей методике:



Стерилизация 30 мин, 120оС. Мясо-пептонный бульон: ГМФ бульон – 20. Стерилизация 30

мин, 120оС. Среда R2A: R2A agar – 15. Стерилизация 30 мин, 120

оС.

Разлить 10 чашек Петри с МПА или R2A - по 20 мл в чашку.


Культивировать штамм микроорганизма при 28 оС в течение 3 суток (до стационарной фазы

роста) – 1 чашка, 1 микробиологическая петля.


9 кл/мл) – 1


Добавить к суспензии стерильный глицерин Ultra Pure Grade – 2 мл глицерина, 1 наконечник.

Выдержать суспензию 40 мин при комнатной температуре.





колоний.

Расфасовать суспензию в стерильные криопробирки на 1,5 мл (в криокоробках) и

микропробирки с 2D баркодом на 300 мкл (в планшетах) - 2 криопробирки, 12

микропробирок, 2 наконечника.

Разместить 2 криопробирки в морозильную камеру на –80 оС, 12 микропробирок – в

Станцию низкотемпературного автоматизированного хранения биологических образцов.

В результате верификации 30 штаммов из коллекции ВКСМ (таблица 2) проведена их

повторная криоконсервация после снижения жизнеспособности.

21

4.4 СОП ВКСМ для мультисубстратного тестирование с помощью системы MicroPlate

GENIII BioLog новых изолятов почвенных микроорганизмов (10 штаммов).

Тестирование проводилось по следующей методике:


флакона:

Мясо-пептонный агар (МПА): ГМФ агар - 20 или ГМФ бульона – 20, агар-агар - 20.

Стерилизация 30 мин, 120 оС.

Среда R2A: R2A agar – 15. Стерилизация 30 мин, 120 оС.

Разлить 1 чашку Петри с МПА или R2A (в зависимости от вида штамма) – 20 мл.

Высеять штамм на чашку Петри и культивировать при 28 оС в течение 2 суток.

Биомассу использовать для приготовления суспензий в инокулирующих жидкостях IF-AB с

использованием турбидиметра – 1 пробирка.

Приготовленные суспензии по 100 мкл разнести в лунки 96-луночных микропланшетов ID

Microplate (BioLog) – 1 микропланшет, 1 наконечник к дозатору Ovation.

Микропланшет инкубировать при 33 оС в течение 1 - 7 суток.

Результат инкубирования в виде наличия (+) или отсутствия (-) окрашивания каждой лунки

проанализировать с помощью компьютерной программы MicroLogMSystem.

В результате верификации 10 штаммов из коллекции ВКСМ (таблица 2) изучены с

помощью системы MicroPlate GENIII BioLog.

4.5 СОП ВКСМ для проведения генетической паспортизации штаммов с помощью метода


Паспортизация проводилась по следующей методике:

Приготовить 10 мл жидкой питательной среды R2A (г/л) – 1 культуральный флакон: R2A

бульон – 15. Стерилизация 30 мин, 120 оС.

Разлить 1 пробирку Falcon 15 мл с R2A бульоном – 10 мл в пробирку.

Засеять пробирку штаммом и культивировать на качалке при 28 оС в течение 1-3 суток – 1


Отобрать 5 мл суспензии и использовать для выделения ДНК набор для выделения геномной

ДНК (Fermentas) из различных источников в соответствии с рекомендациями производителя

– 1 реакция, 5 наконечников.

Выделенную геномную ДНК (50 нг) использовать для реакции рестрикции с помощью

рестриктаз MseI и EcoRI - по 2,5 ед, 4 наконечника.

Реакцию проводить при 37 оС в течение 16 часов.

22

Для амплификации использовать 4 мкл реакционной смеси, смесь для проведения ПЦР,

включающую специфические праймеры и Taq-полимеразу – 1 реакция, 2 ед Taq-полимеразы,

5 наконечников.

ПЦР проводить в планшетах для проведения полимеразной цепной реакции – 1 планшет на

96 реакций, 1 наконечник.

Первичную оценку результата проводить в агарозном 1,5% геле с участием маркера длины

ДНК GeneRuler™ 1 kb Plus (75-20 000 п.н.) – 1 г агарозы; 2,5 мкг маркера; 2 наконечника.

Финальную амплификацию проводить в условиях автоматического капиллярного

электрофореза на генетическом анализаторе ABI 3500xl с использованием интернального

стандарта молекулярного веса GeneScan TM 600 LIZ и универсального полимера POP-7 – 1

уп. стандарта на 800 реакций, 1 уп. полимера на 960 реакций, 2 наконечника.

Файлы, полученные после электрофоретического разделения фрагментов и содержащие

«кривые», соответствующие фрагментам AFLP (FAM) и стандарту молекулярного веса (LIZ)

анализировать с помощью программы Bionumerics для определения точного размера AFLP-

фрагментов.

В результате верификации 10 штаммов из коллекции ВКСМ (таблица 2) изучены с помощью

метода геномного AFLP- фингерпринтинга. На рисунке 1 представлены профили фрагментов

ДНК.

Рисунок 1 - Профили штаммов, использованных при верификации СОП ВКСМ для

проведения генетической паспортизации штаммов с помощью метода геномного AFLP-

фингерпринтинга

Pearson correlation (Opt:1.00%) [0.0%-100.0%] ABI

100 8

0 60

40

ABI

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

LB_1

LB_8

LB_4

LB_13

LB_7

LB_11

LB_3

LB_9

LB_10

LB_12

23

4.6 Результаты верификации СОПов записаны в электронную базу ВКСМ

ВНИИСХМ.

4.7 Электронный каталог коллекции ВКСМ ВНИИСХМ пополнен информацией о 30


4.8 Коллекция ВКСМ ВНИИСХМ зарегистрирована на электронном ресурсе Сетевого центра


4.9 Две публикации, подготовленные на основе материалов коллекции направлены в


4.10 Составлен календарный план работ по выполнению дополнительного


4.11 Отчета о проделанной работе в рамках дополнительного государственного задания

размещен на интернет- сайте коллекции с указанием ссылки на номер заключенного с

ФАНО России соглашения на выполнение дополнительного государственного задания.

24

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

В результате работы:

1. Получен Технологический паспорт ВКСМ ВНИИСХМ, содержащий: 1.1. полный набор

ключевых стандартных операционных процедур (СОП ВКСМ), обеспечивающих развитие и

поддержание коллекционного фонда ВКСМ, 1.2. Научно-техническое обоснование смет

стандартных операционных процедур ВКСМ ВНИИСХМ.

2. Технологический паспорт ВКСМ размещен на интернет- сайте ВКСМ ВНИИСХМ.

3. Экспериментально верифицированы СОПы (и на их основе проведена характеризация

штаммов из коллекции ВКСМ ВНИИСХМ): 3.1. СОП ВКСМ для поддержания единиц

хранения, верифицированный на 30 штаммах, 3.2. СОП ВКСМ для контроля качества

единиц хранения, верифицированный на 30 штаммах, 3.3. СОП ВКСМ для коррекции

нарушения качества единиц хранения, верифицированный на 30 штаммах.

4. СОП ВКСМ для мультисубстратного тестирование с помощью системы MicroPlate GENIII

BioLog новых изолятов почвенных микроорганизмов (10 штаммов).

5. СОП ВКСМ для проведения генетической паспортизации штаммов с помощью метода


6. Результаты верификации СОПов записаны в электронную базу ВКСМ

ВНИИСХМ.

7. Электронный каталог коллекции ВКСМ ВНИИСХМ пополнен информацией о 30


8. Коллекция ВКСМ ВНИИСХМ зарегистрирована на электронном ресурсе Сетевого центра


9. Две публикации, подготовленные на основе материалов коллекции направлены в


10. Подготовлен календарный план работ по выполнению дополнительного


11. Отчет о проделанной работе в рамках дополнительного государственного задания

размещен на интернет-сайте коллекции с указанием ссылки на номер заключенного с

ФАНО России соглашения на выполнение дополнительного государственного задания.

Поставленные задачи выполнены в полном объеме.

25

ПРИЛОЖЕНИЕ А

Библиографический список публикаций, полученных

в результате выполнения научно-исследовательской работы

1. Кимеклис А.К., Кузнецова И.Г., Сазанова А.Л., Сафронова В.И., Белимов А.А.,

Онищук О.П., Курчак О.Н., Аксёнова Т.С., Пинаев А.Г., Андронов Е.Е., Проворов Н.А.

Дивергентная эволюция симбиотических бактерий: ризобии реликтового бобового Vavilovia

formosa формируют обособленную группу в пределах вида Rhizobium leguminosarum bv.

viciae // Генетика. В печати.

2. Safronova V.I., Belimov A.A., Sazanova A.L., Chirak E.R., Verkhozina A.V., Kuznetsova

I.G., Andronov E.E., Puhalsky J.V., Tikhonovich I.A. Taxonomically different co-microsymbionts

of a relic legume Oxytropis popoviana have complementary sets of symbiotic genes and together

increase the efficiency of plant nodulation // MPMI. Under review.

26

27

ПРИЛОЖЕНИЕ Б

Стандартная операционная процедура (СОП) ВКСМ

«Криоконсервация штаммов при –150 оС»

Составлено: к.б.н. зав. лаб., В.И. Сафронова, к.б.н., ст.н.с., Ж.П. Попова

Содержание и назначение: определяет протокол криоконсервации штаммов при –150 оС

Местонахождение: ФГБНУ ВНИИСХМ

Пересмотр через: 1 год

Оборудование и материалы

Перечень необходимого оборудования и расходных материалов:

Лабораторное оборудование (приведены возможные варианты производителей и марок

оборудования)

- Морозильник низкотемпер. MDF-1156ATN

- Весы лабораторные ВК-300

- Стерилизатор паровой Touchclave-Lab 200л

- Термостат суховоздушный BD240, Binder

- Машина для мойки лабораторной посуды в к-те FlaskScrubber

- Шкаф сушильный ШСС-250

- Бокс биологической безопасности LA-4A1 ESCO

- Дозатор автоклавируемый одноканальный HTL переменного объема

- Низкотемпературное устройство для хранения биоматериала с мониторингом

температурного режима MDF-U73V Sanyо

- ГМФ-агар. Питательный агар на основе гидролизата мяса

- Агар-агар микробиологический импортный

- Наконечники полимерные одноразовые Finntip для медицинских пипеток: 2000-10000 мкл

- ГМФ-бульон. Питательный бульон на основе гидролизата мяса

- Петли микробиологические, 5 шт/уп

- R2A агар

- Глицерин Ultra Pure Grade

- Чашки Петри

- Пробирки типа Falcon 15 мл

- Криопробирки объемом 1,5 мл

- Флаконы культуральные

28

Подготовка материалов

1. Приготовить по 200 мл питательных сред (г/л) – 3 вымытых и высушенных

культуральных флакона:

1.1 Мясо-пептонный агар (МПА): ГМФ агар - 20 или ГМФ бульона – 20, агар-агар - 20.

Стерилизация 30 минут при 120оС.

1.2 Мясо-пептонный бульон: ГМФ бульон – 20. Стерилизация 30 минут при 120оС.

1.3 Среда R2A: R2A agar – 15. Стерилизация 30 минут при 120оС.

2. Разлить 10 чашек Петри с МПА или R2A (в зависимости от вида штамма) - по 20 мл

в чашку.

3. Разлить 5 пробирок Falcon 15 мл с ГМФ бульоном – по 10 мл в пробирку.

4. Культивировать штамм микроорганизма при 28оС в течение 3 суток (до стационарной

фазы роста) – 1 чашка, 1 микробиологическая петля.

5. Суспензировать полученную биомассу в ГМФ бульоне (титр суспензии 108-10

9 кл/мл) – 1


6. Добавить к суспензии стерильный глицерин Ultra Pure Grade – 2 мл глицерина, 1


7. Выдержать суспензию 40 мин при комнатной температуре.

8. Приготовить последовательные 10-кратные разведения суспензии – 4 пробирки Falcon 15

мл, 4 наконечника.

9. Высеять из каждого разведения по 100 мкл на 2 чашки Петри – 8 чашек, 1 наконечник.

10. Культивировать чашки Петри при 28оС в течение 2-10 суток до появления отдельных

колоний.

11. Расфасовать суспензию в стерильные криопробирки на 1,5 мл (в криокоробках) - 4

криопробирки, 1 наконечник.

12. Разместить пробирки в морозильную камеру на –150 оС.

13. По прошествии 1 суток переместить 2 криопробирки на 1,5 мл в морозильную камеру на

–80оС.

14. После появления отдельных колоний на чашках Петри подсчитать исходный титр

замороженных суспензий (Тисх).

29

ПРИЛОЖЕНИЕ В


«Хранение штаммов при –80оС на Станции низкотемпературного автоматизированного

хранения биологических образцов»


Содержание и назначение: определяет протокол закладки штаммов на хранение при –80оС на

Станции низкотемпературного автоматизированного хранения биологических образцов







- Станция низкотемп. автомат. хранения биолог. образцов STC 3k-UL Ликоник АГ







- Модуль для загрузки и выгрузки образцов совм.с низкотемп. станцией хранения

биообразцов

- Генератор жидкого азота для поддержания низкотемп. режима

- Холодильник Daewoo FRA-320 WA



- R2A агар





30


1. Приготовить по 40 мл питательных сред (г/л) – 2 вымытых и высушенных культуральных

флакона:


Стерилизация 30 мин, 120оС.

1.2 Среда R2A: R2A agar – 15. Стерилизация 30 мин, 120оС.

2. Разлить 1 чашку Петри с МПА или R2A (в зависимости от вида штамма) – 20 мл.

3. Разлить 3 пробирки Falcon 15 мл с МПА или R2A (в зависимости от вида штамма) - по 6

мл в пробирку.

4. Выгрузить микропробирку с 2D баркодом из Станции низкотемпературного

автоматизированного хранения биологических образцов.

5. Разморозить ее при 37оС в течение 3 мин.

6. Высеять суспензию на 1 чашку Петри и культивировать при 28оС в течение 3 суток.

7. Зафиксировать наличие роста и пересеять биомассу на пробирки Falcon 15 мл – 3

пробирки, 1 микробиологическая петля.

8. Культивировать 3 пробирки Falcon 15 мл при 28оС в течение 3 суток.

9. Хранить пробирки Falcon 15 мл при +4оС.

31

ПРИЛОЖЕНИЕ Г


«Стандартные микробиологические рассевы»

Составлено: к.б.н. ст.н.с., Ж.П. Попова, н.с. Н.Ю. Тихомирова

Содержание и назначение: определяет протокол проведения стандартных

микробиологических рассевов







- Стерилизатор паровой Touchclave R 120л





- Шкаф ламинарный АНС-4А1, "Esco"


- Холодильник Daewoo FRA-320 WA



- R2A агар







32


1. Приготовить 200 мл питательной среды (г/л), в зависимости от вида штамма – 1 вымытый

и высушенный культуральный флакон:



1.2 Среда R2A: R2A agar – 15. Стерилизация 30 минут при 120о

С.

2. Приготовить 50 мл мясо-пептонного бульона (г/л): ГМФ бульон – 20. Стерилизация 30

мин, 120оС.

3. Разлить 10 чашек Петри с МПА или R2A - по 20 мл в чашку.

4. Разлить 4 пробирки Falcon 15 мл с ГМФ бульоном – по 10 мл в пробирку.

5. Выгрузить микропробирку с 2D баркодом из Станции низкотемпературного

автоматизированного хранения биологических образцов (или достать криопробирку из

морозильной камеры).

6. Разморозить микропробирку (или криопробирку) при 37оС в течение 3 мин.

7. Отобрать 100 мкл суспензии в пробирку Falcon 15 мл – 1 пробирка Falcon 15 мл, 1






колоний.

11. После появления отдельных колоний на чашках Петри подсчитать титр замороженных

суспензий в процессе хранения (Тхр).

12. Расчитать процент выживаемости для криоконсервированной культуры как Тхр /Тисх х

100%.

13. Пул из 10 – 20 колоний штамма пересеять на чашки Петри – 2 чашки, 1


14. Культивировать штамм микроорганизма при 28оС в течение 2 суток.

15. Хранить штамм микроорганизма при +4оС.

33

ПРИЛОЖЕНИЕ Д


«Световая микроскопия с использованием микроскопа Axiolab»

Составлено: к.б.н. в.н.с., Ю.С. Оследкин

Содержание и назначение: определяет протокол проведения световой микроскопии с

использованием микроскопа Axiolab







- Микроскоп "Аксиостар плюс"


- Набор для микроскопии


1. Нанести на предметное стекло каплю воды и внести биомассу клеток.

2. Тщательно перемешать.

3. Накрыть препарат покровным стеклом, избегая образования воздушных пузырей.

4. Для микроскопии использовать увеличение, соответствующее размеру объекта и

целям исследования.

5. Зафиксировать следующие характеристики образца: однородность, размер и форму

клеток (кокки, удлиненные или укороченные палочки), наличие форму и расположение спор

(центральное, апикальное), подвижность клеток (хаотичное или направленное движение).

34

ПРИЛОЖЕНИЕ Е


«Секвенирование генов рибосомных РНК на генетическом анализаторе ABI PRISM 3500xl»

Составлено: к.б.н. ст.н.с., А.Л. Сазанова, инженер-исследователь И.Г. Кузнецова

Содержание и назначение: определяет протокол проведения секвенирования генов

рибосомных РНК на генетическом анализаторе ABI PRISM 3500xl







- Термоциклер для амплификации нуклеиновых кислот Т100 Thermal Cycler

- Гельдокументирующая система UVP DigDOC-ltn(TFM 30V)

- Шейкер термостатируемый ES-20 без платформы

- Генетический анализатор ABI PRISM 3500xl


- Агароза LE

- Набор для выделения геномной ДНК из различных источников Fermentas (селективное

осаждение ДНК из лизата при помощи детергентов)

- Маркеры длины ДНК GeneRuler™ 1 kb Plus (75-20 000 п.н.) (0,5 мкг/мкл), 50 мкг

- Набор для выделения ДНК из агарозного геля и очистки продуктов ПЦР PureLink Combo,

50 реакций (RT)

- Универсальный полимер POP-7 серия 3500 POP-7 TM Polymer

- Набор для очистки продуктов секвенирования BigDye Xterminator


- Taq-полимераза

- R2A агар




- Смесь для проведения ПЦР

35


1. Приготовить 10 мл жидкой питательной среды R2A (г/л) – 1 культуральный флакон:

R2A бульон – 15. Стерилизация 30 мин, 120оС.

2. Разлить 1 пробирку Falcon 15 мл с R2A бульоном – 10 мл в пробирку.

3. Засеять пробирку штаммом и культивировать на качалке при 28оС в течение 1-3

суток – 1 микробиологическая петля.

4. Отобрать 5 мл суспензии и использовать для выделения ДНК набор для выделения

геномной ДНК (Fermentas) из различных источников в соответствии с рекомендациями

производителя – 1 реакция, 5 наконечников.

5. Для амплификации использовать 50 нг выделенной ДНК, смесь для проведения

ПЦР, включающую специфические праймеры и Taq-полимеразу – 1 реакция, 2 ед Taq-

полимеразы, 5 наконечников.

6. ПЦР проводить в планшетах для проведения полимеразной цепной реакции – 1

планшет на 96 реакций, 1 наконечник.

7. Оценку результата проводить в агарозном 1,5% геле с участием маркера длины ДНК


8. Для выделения из геля и очистки ДНК использовать набор для выделения ДНК из

агарозного геля и очистки продуктов ПЦР PureLink Combo – 1 реакция, 3 наконечника.

9. Секвенирование проводить на генетическом анализаторе ABI 3500xl с

использованием набора для очистки продуктов секвенирования BigDye Xterminator и

универсального полимера POP-7 – 1 набор BigDye Xterminator на 2500 реакций, 1 уп.

полимера на 960 реакций, 4 наконечника.

36

ПРИЛОЖЕНИЕ Ж


«Поиск гомологичных последовательностей в базе данных GenBank»


Содержание и назначение: определяет протокол поиска гомологичных последовательностей

в базе данных GenBank







- Системный блок Pentium (комп. с монит)

- Монитор NEC MultiSync 1704M 17"

- Центр многофункциональный Xerox Phaser 3100MF/S


1. Выверенные последовательности ДНК анализировать с помощью базы данных NCBI

GenBank и программы BLAST (Basic logical alignment search tool), http://

www.ncbi.nlm.nih.gov.

2. Для конструирования филогенетического дерева применять программу MEGA5 и

метод Neighbor-Joining (модель Maximum Composite Likelihood).

3. Для оценки уровней поддержки кластеров проводить бутстреп-анализ на основе 1000

повторов.

37

ПРИЛОЖЕНИЕ И


«Последовательное клонирование при загрязнении штаммов»

Составлено: к.б.н. ст.н.с., Ж.П. Попова, н.с. Н.Ю. Тихомирова

Содержание и назначение: определяет протокол проведения последовательного

клонирования при загрязнении штаммов







- Морозильник MDF-U500VX-PE Panasonic




- Генератор жидкого азота для поддержания низкотемп. Режима













- R2A агар



38




- Микропробирки с 2D баркодом





Стерилизация 30 минут при 120оС.

1.2 Мясо-пептонный бульон: ГМФ бульон – 20. Стерилизация 30 минут при 120оС.

1.3 Среда R2A: R2A agar – 15. Стерилизация 30 минут при 120оС.

2. Разлить 20 чашек Петри с МПА и R2A - по 20 мл в чашку.


4. Культивировать штамм микроорганизма при 28оС в течение 2 суток – 1 чашка, 1



8 кл/мл) – 1

пробирка Falcon 15 мл, 1 микробиологическая петля.



7. Высеять из каждого разведения по 100 мкл на 4 чашки Петри – 16 чашек, 2 наконечника.

8. Культивировать 8 чашек Петри с R2A при 28оС в течение 2-10 суток до появления


9. Культивировать 8 чашек Петри с МПА при 37оС в течение 3 суток до появления


10. Колонию очищенного штамма последовательно клонировать истощающим посевом на

чашках Петри – 2 чашки, 6 микробиологических петель.

11. Пул из 10 – 20 колоний очищенного штамма пересеять на чашку Петри – 1 чашка, 2

микробиологические петли.

12. Культивировать штамм микроорганизма при 28оС в течение 2 суток.

13. Хранить штамм микроорганизма при +4оС.

39

ПРИЛОЖЕНИЕ К


«Секвенирование генов рибосомных РНК на генетическом анализаторе ABI PRISM 3500xl»


Содержание и назначение: определяет протокол проведения секвенирования генов

рибосомных РНК на генетическом анализаторе ABI PRISM 3500xl












- Агароза LE




- Набор для выделения ДНК из агарозного геля и очистки продуктов ПЦР PureLink Combo,

50 реакций (RT)


- Набор для очистки продуктов секвенирования BigDye Xterminator



- R2A агар





40










5. Для амплификации использовать 50 нг выделенной ДНК, смесь для проведения





7. Оценку результата проводить в агарозном 1,5% геле с участием маркера длины ДНК


8. Для выделения из геля и очистки ДНК использовать набор для выделения ДНК из

агарозного геля и очистки продуктов ПЦР PureLink Combo – 1 реакция, 3 наконечника.

9. Секвенирование проводить на генетическом анализаторе ABI 3500xl с

использованием набора для очистки продуктов секвенирования BigDye Xterminator и

универсального полимера POP-7 – 1 набор BigDye Xterminator на 2500 реакций, 1 уп.

полимера на 960 реакций, 4 наконечника.

41

ПРИЛОЖЕНИЕ Л


«Повторная криоконсервация при снижении жизнеспособности штаммов ниже

установленного порога»


Содержание и назначение: определяет протокол повторной криоконсервации штаммов при

снижении жизнеспособности штаммов ниже установленного порога







- Морозильник MDF-U500VX-PE Panasonic




- Генератор жидкого азота для поддержания низкотемп. Режима













- R2A агар



42

Пробирки типа Falcon 15 мл



- Микропробирки с 2D баркодом






1.2 Мясо-пептонный бульон: ГМФ бульон – 20. Стерилизация 30 мин, 120оС.


2. Разлить 10 чашек Петри с МПА или R2A - по 20 мл в чашку.


4. Культивировать штамм микроорганизма при 28оС в течение 3 суток (до стационарной

фазы роста) – 1 чашка, 1 микробиологическая петля.


9 кл/мл) – 1


6. Добавить к суспензии стерильный глицерин Ultra Pure Grade – 2 мл глицерина, 1


7. Выдержать суспензию 40 мин при комнатной температуре.





колоний.

11. Расфасовать суспензию в стерильные криопробирки на 1,5 мл (в криокоробках) и

микропробирки с 2D баркодом на 300 мкл (в планшетах) - 2 криопробирки, 12

микропробирок, 2 наконечника.

12. Разместить 2 криопробирки в морозильную камеру на –80оС, 12 микропробирок – в

Станцию низкотемпературного автоматизированного хранения биологических образцов.

13. После появления отдельных колоний на чашках Петри подсчитать исходный титр

замороженных суспензий (Тисх).

43

ПРИЛОЖЕНИЕ М


«Мультисубстратное тестирование с помощью системы MicroPlate GENIII BioLog»

Составлено: к.б.н. зав. лаб. В.И. Сафронова, инженер-исследователь И.Г. Кузнецова

Содержание и назначение: определяет протокол проведения мультисубстратного

тестирования с помощью системы MicroPlate GENIII BioLog







- Пипетка электронная Ovation

- Стерилизатор паровой Touchclave R 120л





- Шкаф ламинарный АНС-4А1, "Esco"




- Турбидиметр с программным обеспечением MicroLogMSystem





- R2A агар

- Микропланшеты GEN III для исследования Г+ и Г- - бактерий

- Микропланшеты для идентификации GN2


- Наконечники дозаторов Ovation

44

- Резервуары стерильные

- Жидкость для иннокуляции IF-АB







2. Разлить 1 чашку Петри с МПА или R2A (в зависимости от вида штамма) – 20 мл.

3. Высеять штамм на чашку Петри и культивировать при 28оС в течение 2 суток.

4. Биомассу использовать для приготовления суспензий в инокулирующих жидкостях IF-AB

с использованием турбидиметра – 1 пробирка.

5. Приготовленные суспензии по 100 мкл разнести в лунки 96-луночных микропланшетов ID

Microplate (BioLog) – 1 микропланшет, 1 наконечник к дозатору Ovation.

6. Микропланшет инкубировать при 33оС в течение 1 - 7 суток.

7. Результат инкубирования в виде наличия (+) или отсутствия (-) окрашивания каждой

лунки проанализировать с помощью компьютерной программы MicroLogMSystem.

45

ПРИЛОЖЕНИЕ Н


«Проведение генетической паспортизации штаммов с помощью метода геномного AFLP-

фингерпринтинга»

Составлено: к.б.н. зав. лаб. В.И. Сафронова, к.б.н. ст.н.с., А.Л. Сазанова

Содержание и назначение: определяет протокол проведения генетической паспортизации

штаммов с помощью метода геномного AFLP-фингерпринтинга
















- Агароза LE




- Рестриктазы EcoRI, Msp I



- Размерный стандарт GeneScan TM 600 LIZ v 2.0

- Планшеты для проведения полимеразной цепной реакции (ПЦР-диагностики)


- R2A агар

46














5. Выделенную геномную ДНК (50 нг) использовать для реакции рестрикции с

помощью рестриктаз MseI и EcoRI - по 2,5 ед, 4 наконечника.

6. Реакцию проводить при 37оС в течение 16 часов.

7. Для амплификации использовать 4 мкл реакционной смеси, смесь для проведения





9. Первичную оценку результата проводить в агарозном 1,5% геле с участием маркера

длины ДНК GeneRuler™ 1 kb Plus (75-20 000 п.н.) – 1 г агарозы; 2,5 мкг маркера; 2

наконечника.

10. Финальную амплификацию проводить в условиях автоматического капиллярного

электрофореза на генетическом анализаторе ABI 3500xl с использованием интернального

стандарта молекулярного веса GeneScan TM 600 LIZ и универсального полимера POP-7 – 1

уп. стандарта на 800 реакций, 1 уп. полимера на 960 реакций, 2 наконечника.

11. Файлы, полученные после электрофоретического разделения фрагментов и

содержащие «кривые», соответствующие фрагментам AFLP (FAM) и стандарту

молекулярного веса (LIZ) анализировать с помощью программы Bionumerics для

определения точного размера AFLP-фрагментов.

47

ПРИЛОЖЕНИЕ П

Идентификация штаммов с помощью метода секвенирования 16S rDNA

1. Штамм T1Ks14

Ensifer adhaerens strain S4-6

Query cover – 100%

Identity – 99.89%

Ensifer adhaerens strain WJB133

Query cover -100%

Identity – 99.89%

Ensifer adhaerens strain WJB36


Identity – 99.89%

GGTTAGCTGCCTCCTTGCGGTTAGCGCACTACCTTCGGGTAGAACCAACTCCCATGGTG

TGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGAACGTATTCACCGCAGCATGCTGATCTGCGA

TTACTAGCGATTCCAACTTCATGCACTCGAGTTGCAGAGTGCAATCCGAACTGAGATG

GCTTTTGGAGATTAGCTCGACCTCGCGGTCTCGCTGCCCACTGTCACCACCATTGTAGC

ACGTGTGTAGCCCAGCCCGTAAGGGCCATGAGGACTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCT

CGGCTTATCACCGGCAGTCCCCTTAGAGTGCCCAACTAAATGCTGGCAACTAAGGGCG

AGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGC

CATGCAGCACCTGTCTCCGATCCAGCCGAACTGAAGGAAAACGTCTCCGTAATCCGCG

ATCGGGATGTCAAGGGCTGGTAAGGTTCTGCGCGTTGCTTCGAATTAAACCACATGCTC

CACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCCTTTGAGTTTTAATCTTGCGACCGTACTCCCC

AGGCGGAATGTTTAATGCGTTAGCTGCGCCACCGAACAGTAAACTGCCCGACGGCTAA

CATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCCACGCT

TTCGCACCTCAGCGTCAGTAATGGACCAGTGAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCG

AATATCTACGAATTTCACCTCTACACTCGGAATTCCACTCACCTCTTCCATACTCTAGA

CACCCAGTATCAAAGGCAGTTCCGGGGTTGAGCCCCGGGATTTCACCCCTGACTTAAA

TGTCCGCCTACGTGCGCTTTACGCCCAGTAA

2. Штамм T1Ks19

Kocuria sp. ZS2-6

Query cover – 99%

Identity – 100%

Kocuria rosea

Query cover 99%

Identity – 100%

K.erythromyxa

Query cover 99%

Identity – 100%

TTACACATGCAAGTCGAACGATGATGCCCAGCTTGCTGGGCGGATTAGTGGCGAACGG

GTGAGTAATACGTGAGTAACCTGCCCTTGACTCTGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTC

TAATACTGGATACTACCTCTTACCGCATGGTGGGTGGTGGAAAGGGTTTTACTGGTTTT

GGATGGGCTCACGGCCTATCAGCTTGTTGGTGGGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGAC

48

GGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACT

CCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGGAAGCCTGATGCAGCGA

CGCCGCGTGAGGGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTCAGTAGGGAAGAAGCG

AGAGTGACGGTACCTGCAGAAGAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTA

ATACGTAGGGCGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGCGGTT

TGTCGCGTCTGCTGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGTCTGCAGTGGGTACGGGCA

GACTAGAGTGCAGTAGGGGAGACTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATA

TCAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCTGTTACTGACGCTGAGGAGC

GAAAGCATGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGTTGG

GCACTAGGTGTGGGGGACATTCCACGTTTTCCGCGCCGTAGCTAACGCATTAAGTGCCC

CGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCAC

AAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGA

CATTCACCGGACCGCCCCAGAGATGGGGTTTCCCTTCGGGGCTGGTGGACAGGTGGTG

CATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAA

CCCTCGTTCTATGTTGCCAGCACGTGATGGTGGGGACTCATAGGAGACTGCCGGGGTC

AACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTTC

ACGCATGCTACAATGGCCGGTACAAAGGGTTGCGATACTGTGAGGTGGAGCTAATCCC

AAAAAGCCGGTCTCAGTTCGGATTGAGGTCTGCAACTCGACCTCATGAAGTCGGAGTC

GCTAGTAATCGCAGATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACAC

CGCCCGTCAAGTCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCCCTTGTGG

GAGGGAGCCGTCGAAGGTGGGACTGGCGATTGGGACTAAGTCGTAAC

3. Штамм T1Kr02

Ochrobactrum sp. LMG 20564

Query cover 100%

Identity 100%

Ochrobactrum thiophenivorans strain FL93

Query cover 99%

Identity 100%

Ochrobactrum thiophenivorans strain KUSB1

Query cover 99%

Identity 99.85%

AGTCGAGCGCCCCGCAAGGGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACC

TTTTGCTACGGAATAACTCAGGGAAACTTGTGCTAATACCGTATGTGCCCTTCGGGGGA

AAGATTTATCGGCAAAGGATGAGCCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAAAGGC

TCACCAAGGCGACGATCCATAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGA

GACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCA

AGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTAGGATTGTAAAGCTCTTTCA

CCGGTGAAGATAATGACGGTAACCGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCA

GCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGTTCGGATTTACTGGGCGTAAAGCGCACG

TAGGCGGACTTTTAAGTCAGGGGTGAAATCCCGGGGCTCAACCCCGGAACTGCCTTTG

ATACTGGAAGTCTTGAGTATGGTAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAAT

TCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGACCATTACTGACG

CTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGT

AAACGATGAATGTTAGCCGTCGGGGAGTTTACTCTTCGGTGGCGCAGCTAACGCATTA

AACATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGC

49

CCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAGC

CCTTGACATACCGGTCGCGGACACAGAGATGTGTCTTTCAGTTCGGCTGGACCGGATA

CAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAAC

GAGCGCAACCCTCGCCTTTAGTTGCCATCATTTAGTTGGGCACTCTAAAGGGACTGCCA

GTGATAAGCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTGG

GCTACACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGCAGCAAGCACGCGAGTGTGAGCTA

ATCTCCAAAAGCCATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGAGTGCATGAAGTTGGA

ATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACAC

ACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTTCTGCCCGAAGGCACTGTGCTAACCGTAAGG

AGGCAGGTGACCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAA

4. Штамм K2Kn02

Acinetobacter sp. AA42

Query cover 100%

Identity 99.93%

Acinetobacter sp. WJ07

Query cover 100%

Identity 99.93%

Acinetobacter guillouiae, strain: MSP4-18

Query cover 100%

Identity 99.65%

TCGAGCGGGGGAAGTTGCTTCGGTAACTGACCTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATACTT

AGGAATCTGCCTATTAATGGGGGACAACATCTCGAAAGGGATGCTAATACCGCATACG

CCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCACTTGTGACCTTGCGTTAATAGATGAGCCTAAGT

CGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTG

AGAGGATGATCCGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAG

CAGTGGGGAATATTGGACAATGGGGGGAACCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAA

GAAGGCCTTATGGTTGTAAAGCACTTTAAGCGAGGAGGAGGCTCTTCTAGTTAATACC

TAGGATGAGTGGACGTTACTCGCAGAATAAGCACCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCG

CGGTAATACAGAGGGTGCGAGCGTTAATCGGATTTACTGGGCGTAAAGCGTGCGTAGG

CGGCTTTTTAAGTCGGATGTGAAATCCCCGAGCTTAACTTGGGAATTGCATTCGATACT

GGGAAGCTAGAGTATGGGAGAGGATGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGT

AGAGATCTGGAGGAATACCGATGGCGAAGGCAGCCATCTGGCCTAATACTGACGCTGA

GGTACGAAAGCATGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAAC

GATGTCTACTAGCCGTTGGGGCCTTTGAGGCTTTAGTGGCGCAGCTAACGCGATAAGT

AGACCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCC

GCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTC

TTGACATAGTAAGAACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAACTTACATACAGG

TGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGC

GCAACCCTTTTCCTTATTTGCCAGCACTTCGGGTGGGAACTTTAAGGATACTGCCAGTG

ACAAACTGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGACCAGGGC

TACACACGTGCTACAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCTACCTAGCGATAGGATGCTAAT

CTCAAAAAGCCGATCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGA

ATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACAC

ACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTTGTTGCACCAGAAGTAGGTAGTCTAACCGTAAGG

AGGACGCTTACCACGGTGTGGCCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAG

50

5. Штамм CУГ-3

Paraburkholderia sp. SOS3

Identity-100%

Query cover-100%

Burkholderia solisilvae strain Y-47 (T)

Identity-98.84%

Query cover-100%

Burkholderia humisilvae strain Y-12 (T)

Identity-98.61%

Query cover-100%

CCCTGGCGGCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATACATCGGAACGTGTCCTGGAGTGGGG

GATAGCCCGGCGAAAGCCGGATTAATACCGCATACGATCTGAGGATGAAAGCGGGGG

ACCGCAAGGCCTCGCGCTCAAGGAGCGGCCGATGGCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTA

AAGGCCCACCAAGGCGACGATCCGTAGCTGGTCTGAGAGGACGACCAGCCACACTGG

GACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATG

GGGGCAACCCTGATCCAGCAATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGC

ACTTTTGTCCGGAAAGAAAACTTCGTCCCTAATATGGATGGAGGATGACGGTACCGGA

AGAATAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGC

GTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGCGGTGATGTAAGACCGATGTGA

AATCCCCGGGCTTAACCTGGGAACTGCATTGGTGACTGCATTGCTGGAGTATGGCAGA

GGGGGGTGGAATTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCGA

TGGCGAAGGCAGCCCCCTGGGCCAATACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGAGC

AAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGTCAACTGGTTGTCGGG

CCTTCATTGGCTTGGTAACGTAGCTAACGCGTGAAGTTGACCGCCTGGGGAGTACGGT

CGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGATGATGTG

GATTAATTCGATGCAACGCGAAAAACCTTACCTACCCTTGACATGGACGGAACCTCGA

TGAGAGTTGAGGGTGCCCGAAAGGGAGCCGTCACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCA

GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCCCTGGTT

GCTACGCAAGAGCACTCCAGGGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGAT

GACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATGGGTAGGGCTTCACACGTCATACAATGGTCGGA

ACAGAGGGTTGCCAAGCCGCGAGGTGGAGCCAATCCCAGAAAACCGATCGTAGTCCG

GATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGC

ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGT

GGGTTTTACCAGAAGTGGCTAGTCTAACCGCAAGGAGGACGGTCACC

6. Штамм HP4

Halobacillus trueperi type strain DSM 10404

Query cover-100%

Identity-99.36%

Halobacillus karajiensis type strain DSM 14948

Query cover-100%

Identity-99.36%

Halobacillus aidingensis type strain AD-6

Query cover-100%

Identity-97.92%

TAGGTGTTAGGGGGCTTCCACCCCTTAGTGCTGAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCT

GGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG

GTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCC

TTGGACCTCCCTAGAGATAGGGATTTCCCTTCGGGGACCAAGTGACAGGTGGTGCATG

GTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCT

51

GATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGG

AGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTG

CTACAATGGATGGTACAAAGGGCAGCGAAGCCGCGAGGTGTAGCAAATCCCATAAAA

CCATTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCCGGAATCGCTAGTA

ATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTC

ACACCACGAGAGTTGGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTT

7. Штамм EG1QL3

Chromohalobacter salexigens type strain DSM 3043


Identity –100%

GCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGAC

TAGCCGTTGGGTCCCTTGAGGACTTAGTGGCGCAGTTAACGCGATAAGTCGACCGCCT

GGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCG

GTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACCCTTGACATCCT

GCGAACCCGGAAGAGATTCCGGGGTGCCTTCGGGAGCGCAGAGACAGGTGCTGCATG

GCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCTT

GTCCCTATTTGCCAGCGATTCGGTCGGGAACTCTAGGGAGACTGCCGGTGACAAACCG

GAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGGGTAGGGCTACACACGT

GCTACAATGGCCGGTACAAAGGGTTGCGAAGCCGCGAGGTGAAGCCAATCCCAGAAA

GCCGGCCTCAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAG

TAATCGTGCATCAGAATGGCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCG

TCACACCATGGGAGTGGACTGCACCAGAAGTGGTTAGCCTAACTTCGGAGGGCGATCA

CCACGGTGTGGTTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAG


Salinibacillus aidingensis type strain 25-7

Query cover-97%

Identity-99.46%

Salinibacillus kushneri type strain 8-2

Query cover-97%

Identity-99.04%

Salinibacillus xinjiangensis type strain J4

Query cover-99%

Identity-98.26%

CCTGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTG

GTAGTCCACGCCGTAAACGTTGAGTGCTAGGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCT

GAAGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAA

GGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCG

AAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGCTACCTCTAGAGATAGAGGGTTCCCTTCG

GGGACAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGT

TAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGACCTTAGTTGCCAGCATTTAGTTGGGCACTCT

AGGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGC

CCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACCAATGGATGGTACAAAGGGCAGCGAAGC

CGTGAGGTGAAGCTAATCCCATAAAACCATTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTC

GCCTGTATGAAGCCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGT

52

TCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGCAACACCCGAAGTCG

GTGGGGTAACCTTTTGGAGCCAGCCGCCTAAGGTGGGCCAATGATGGGTGAAGT


Haloterrigena saccharevitans type strain AB14

Query cover-100%

Identity-98.90%

Haloterrigena thermotolerans type strain PR5

Query cover-100%

Identity-98.28%

AGTTGAGACTCGTAGCAGATAGCTCAGTAACACGTGGCCAAACTACCCTATGGATCCG

AATAACCTCGGGAAACTGAGGCTAATTCGGAATACGATTCATCACCTGGAGTGGTGTG

AATCCGAAACGCTCCGGCGCCATAGGATGTGGCTGCGGCCGATTAGGTAGACGGTGGG

GTAACGGCCCACCGTGCCCATAATCGGTACGGGTTGTGAGAGCAAGAGCCCGGAGACG

GTATCTGAGACAAGATACCGGGCCCTACGGGGCGCAGCAGGCGCGAAACCTTTACACT

GCACGCGAGTGCGATAGGGGGACTCCAAGTGCGAGGGCATATAGTCCTCGCTTTTTGC

GACCGTAAGGAGGTCGCGGAATAAGTGCTGGGCAAGACCGGTGCCAGCCGCCGCGGT

AATACCGGCAGCACGAGTGATGACCGCTATTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCTGGC

CGTGCAAGTCCATCGGGAAATCCGCGCGCTTAACGCGCGGGCGTCCGGTGGAAACTGC

ACGGCTTGGGACCGGAAGACCAGAGGGGTACGTCCGGGGTAGGAGTGAAATCCCGTA

ATCCTGGACGGACCACCGGTGGCGAAAGCGCCTCTGGAAGACGGATCCGACGGTGAG

GGA

10. Штамм RU5S2

Halomonas ventosae type strain Al12

Query cover – 99%

Identity –98.72%

GCTAACACATGCAAGTCGAGCGGAAACGATGGAGCTTGCTCCAGGCGTCGAGCGGCG

GACGGGTGAGTAATGCATAGGAATCTGCCCGGTAGTGGGGGATAACCTGGGGAAACC

CAGGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCT

ATCGGATGAGCCTATGTCGGATTAGCTTGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGAC

GATCCGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACATCGGGACTGAGACACGGCCCGAA

CTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCC

ATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTGAGGAAGAACG

CCTCGGGGCCAATACCCCCGAGGAAGGACATCACTCACAGAAGAAGCACCGGCTAACT

CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCG

TAAAGCGCGCGTAGGTGGCTTGATAAGCCGGTTGTGAAAGCCCCGGGCTCAACCTGGG

AACGGCATCCGGAACTGTCAGGCTAGAGTGCAGGAGAGGAAGGTAGAATTCCCGGTG

TAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCGGGAGGAATACCAGTGGCGAANGCGGCCTTCTGG

ACTGACACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGNGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGG

TAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTAGCCGTTGGGGTCCTAGAGACCTTTGTGGCG

CAGTTAACGCGATAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAAACTCAAAT

GAATTGACGGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGGTTTAATTCGATGCAACGC

GAAGAACCTTACCTACCC

53

11. Штамм 495

Bradyrhizobium elkanii strain USDA 4348

Query cover - 100%

Identity - 100%


Query cover - 100%

Identity - 100%

Bradyrhizobium elkanii, strain: HBO 14

Query cover - 100%

Identity - 100%

GCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGGCATAGCAATATGTCAGCGGCAGACGGGTGAGTA

ACGCGTGGGAACGTACCTTTTGGTTCGGAACAACTGAGGGAAACTTCAGCTAATACCG

GATAAGCCCTTACGGGGAAAGATTTATCGCCGAAAGATCGGCCCGCGTCTGATTAGCT

AGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGAT

CAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAA

TATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCCTA

GGGTTGTAAAGCTCTTTTGTGCGGGAAGATAATGACGGTACCGCAAGAATAAGCCCCG

GCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGCTCGGAATCA

CTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGGTCTTTAAGTCAGGGGTGAAATCCTGGAGCTCA

ACTCCAGAACTGCCTTTGATACTGAAGATCTTGAGTTCGGGAGAGGTGAGTGGAACTG

CGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTC

ACTGGCCCGATACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATA

CCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCCAGCCGTTAGTGGGTTTACTCACTAGT

GGCGCAGCTAACGCTTTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTC

AAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAAC

GCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATCCCGGTCGCGGACTCCAGAGACGGAGTTCTT

CAGTTCGGCTGGACCGGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA

TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGTCCTTAGTTGCTACCATTTAGTTG

AGCACTCTAAGGAGACTGCCGGTGATAAGCCGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAG

TCCTCATGGCCCTTACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGGTGACAATGGGA

TGCTAAGGGGCGACCCTTCGCAAATCTCAAAAAGCCGTCTCAGTTCGGATTGGGCTCT

GCAACTCGAGCCCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCACGCCACGGTG

AATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTTTTACCTG

AAGACGGTGCGCTAACCGAAAGGGGGCAGCCGGCCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGG

TGAAGTCGTAACAAG

12. Штамм 496

Bradyrhizobium japonicum strain PZS_S03

Query cover - 99%

Identity - 100%

Bradyrhizobium embrapense strain SEMIA 6208

Query cover - 99%

Identity - 100%

Bradyrhizobium viridifuturi strain SEMIA 690

Query cover - 99%

Identity - 100%

Bradyrhizobium elkanii isolate CI-40F

Query cover - 99%

Identity - 100%

CTTGTTACGACTTCACCCCAGTCGCTGACCCTACCGTGGCCGGCTGCCCCCTTTCGGTT

AGCGCACCGTCTTCAGGTAAAACCAACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGG

CCCGGGAACGTATTCACCGTGGCGTGCTGATCCACGATTACTAGCGATTCCAACTTCAT

54

GGGCTCGAGTTGCAGAGCCCAATCCGAACTGAGACGGCTTTTTGAGATTTGCGAAGGG

TCGCCCCTTAGCATCCCATTGTCACCGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGCCCGTAA

GGGCCATGAGGACTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCGCGGCTTATCACCGGCAGTCTCC

TTAGAGTGCTCAACTAAATGGTAGCAACTAAGGACGGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGAC

TTAACCCAACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTGTCTCCGGTC

CAGCCGAACTGAAGAACTCCGTCTCTGGAGTCCGCGACCGGGATGTCAAGGGCTGGTA

AGGTTCTGCGCGTTGCGTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGT

CAATTCCTTTGAGTTTTAATCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAATGCTTAAAGCGTT

AGCTGCGCCACTAGTGAGTAAACCCACTAACGGCTGGCATTCATCGTTTACGGCGTGG

ACTACCAGGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAGCGTCAGTATC

GGGCCAGTGAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCTTGCGAATATCTACCGA

13. Штамм 498

Bradyrhizobium elkanii strain: PCM 5

Identity-100%

Query cover-100%

Bradyrhizobium elkanii strain SEMIA 662

Identity-90.90%

Query cover-100%

Bradyrhizobium elkanii gene strain: PHM 4

Identity-90.90%

Query cover-100%

ACACATGCAAGTCGAGCGGGCATAGCAATATGTCAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGC

GTGGGAACGTACCTTTTGGTTCGGAACAACTGAGGGAAACTTCAGCTAATACCGGATA

AGCCCTTACGGGGAAAGATTTATCGCCGAAAGATCGGCCCGCGTCTGATTAGCTAGTT

GGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGC

CACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTG

GACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCCTAGGGTT

GTAAAGCTCTTTTGTGCGGGAAGATAATGACGGTACCGCAAGAATAAGCCCCGGCTAA

CTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGCTCGGAATCACTGGG

CGTAAAGGGTGCGTAGGCGGGTCTTTAAGTCAGGGGTGAAATCCTGGAGCTCAACTCC

AGAACTGCCTTTGATACTGAAGATCTTGAGTTCGGGAGAGGTGAGTGGAACTGCGAGT

GTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGG

CCCGATACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTG

GTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCCAGCCGTTAGTGGGTTTACTCACTAGTGGCG

CAGCTAACGCTTTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAG

GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGC

AGAACCTTACCAGCCCTTGACATCCCGGTCGCGGACTCCAGAGACGGAGTTCTTCAGTT

CGGCTGGACCGGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG

GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCCCGTCCTTAGTTGCTACCATTTAGTTGA

14. Штамм 500

Bradyrhizobium elkanii strain PV3.24

Identity-100%

Query cover-100%

Bradyrhizobium ferriligni strain CCBAU 51502

Identity-100%

Query cover-100%

Bradyrhizobium elkanii strain UFLA05-11

Identity-100%

Query cover-100%

55

GTAACGCGTGGGAACGTACCTTTTGGTTCGGAACAACTGAGGGAAACTTCAGCTAATA

CCGGATAAGCCCTTACGGGGAAAGATTTATCGCCGAAAGATCGGCCCGCGTCTGATTA

GCTAGTTGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGAT

GATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGG

GAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGATGAAGGCC

CTAGGGTTGTAAAGCTCTTTTGTGCGGGAAGATAATGACGGTACCGCAAGAATAAGCC

CCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGCTCGGAA

TCACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGGTCTTTAAGTCAGGGGTGAAATCCTGGAGC

TCAACTCCAGAACTGCCTTTGATACTGAAGATCTTGAGTTCGGGAGAGGTGAGTGGAA

CTGCGAGT

15. Штамм 503

Bradyrhizobium sp. strain SEMIA 5087

Identity-100%

Query cover-100%

Bradyrhizobium japonicum strain PZS_S03

Identity-100%

Query cover-100%

Bradyrhizobium embrapense strain SEMIA 6208

Identity-100%

Query cover-100%

Bradyrhizobium viridifuturi strain SEMIA 690

Identity-100%

Query cover-100%

CGACTTCACCCCAGTCGCTGACCCTACCGTGGCCGGCTGCCCCCTTTCGGTTAGCGCAC

CGTCTTCAGGTAAAACCAACTCCCATGGTGTGACGGGCGGTGTGTACAAGGCCCGGGA

ACGTATTCACCGTGGCGTGCTGATCCACGATTACTAGCGATTCCAACTTCATGGGCTCG

AGTTGCAGAGCCCAATCCGAACTGAGACGGCTTTTTGAGATTTGCGAAGGGTCGCCCC

TTAGCATCCCATTGTCACCGCCATTGTAGCACGTGTGTAGCCCAGCCCGTAAGGGCCAT

GAGGACTTGACGTCATCCCCACCTTCCTCGCGGCTTATCACCGGCAGTCTCCTTAGAGT

GCTCAACTAAATGGTAGCAACTAAGGACGGGGGTTGCGCTCGTTGCGGGACTTAACCC

AACATCTCACGACACGAGCTGACGACAGCCATGCAGCACCTGTCTCCGGTCCAGCCGA

ACTGAAGAACTCCGTCTCTGGAGTCCGCGACCGGGATGTCAAGGGCTGGTAAGGTTCT

GCGCGTTGCGTCGAATTAAACCACATGCTCCACCGCTTGTGCGGGCCCCCGTCAATTCC

TTTGAGTTTTAATCTTGCGACCGTACTCCCCAGGCGGAATGCTTAAAGCGTTAGCTGCG

CCACTAGTGAGTAAACCCACTAACGGCTGGCATTCATCGTTTACGGCGTGGACTACCA

GGGTATCTAATCCTGTTTGCTCCCCACGCTTTCGTGCCTCAGCGTCAGTATCGGGCCAG

TGAGCCGCC

16. Штамм 504

Bradyrhizobium sp. strain SEMIA 5087

Identity-100%

Query cover-99%

Bradyrhizobium elkanii strain: PHM 4

Identity-100%

Query cover-99%

Bradyrhizobium elkanii strain: HBO 14

Identity-100%

Query cover-99%


Identity-100%

Query cover-99%

56

TAACATGCAAGTCGAGCGGGCATAGCAATATGTCAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGC

GTGGGAACGTACCTTTTGGTTCGGAACAACTGAGGGAAACTTCAGCTAATACCGGATA

AGCCCTTACGGGGAAAGATTTATCGCCGAAAGATCGGCCCGCGTCTGATTAGCTAGTT

GGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGC

CACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTG

GACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCCTAGGGTT

GTAAAGCTCTTTTGTGCGGGAAGATAATGACGGTACCGCAAGAATAAGCCCCGGCTAA

CTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGCTCGGAATCACTGGG

CGTAAAGGGTGCGTAGGCGGGTCTTTAAGTCAGGGGTGAAATCCTGGAGCTCAACTCC

AGAACTGCCTTTGATACTGAAGATCTTGAGTTCGGGAGAGGTGAGTGGAACTGCGAGT

GTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGG

CCCGATACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTG

GTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCCAGCCGTTAGTGGGTTTACTCACTAGTGGCG

CAGCTAACGCTTTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAG

GAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGC

AGAACCTTACCAGCCCTTGACATCCCGGTCGCGGACTCCAGAGACGGAGTTCTTCAGTT

CGGCTGGACCGGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG

GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCCGTCCTTAGTTGCTACCATTTAGTTGAGCAC

TCTAAGGAGACTGCCGGTGATAAGCCGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCA

TGGCCCTTACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGGTGACAATGGGATGCTAA

GGGGCGACCCTTCGCAAATCTCAAAAAGCCGTCTCAGTTCGGATTGGGCTCTGCAACT

CGAGCCCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCACGCCACGGTGAATACG

TTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTTTTACC

17. Штамм 505

Phyllobacterium trifolii strain 10

Identity-99.60%

Query cover-100%

Phyllobacterium trifolii strain GAB14

Identity-99.60%

Query cover-100%

Phyllobacterium trifolii strain G019

Identity-99.60%

Query cover-100%

AGTCGAACGCCCCGCAAGGGGAGTGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACC

CAATTCTTCGGAACAACTGAGGGAAACTTCAGCTAATACCGGATGTGCCCTTCGGGGG

AAAGATTTATCGGAATTGGATGAGCCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGG

CCTACCAAGGCGACGATCCATAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTG

AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGC

AAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGATGAAGGTCTTAGGATTGTAAAGCACTTTC

ACCGGAGAAGATAATGACGGTATCCGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGC

AGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGTTCGGATTTACTGGGCGTAAAGCGCAC

GTAGGCGGACTATTAAGTCAGGGGTGAAATCCCGGGGCTCAACCCCGGAACTGCCTTT

GATACTGGTAGTCTTGAGTTCGAGAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAA

TTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCTCGATACTGAC

GCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCC

GTAAACTATGAGAGCTAGCCGTCGGGCAGTATACTGTTCGGTGGCGCAGCTAACGCAT

TAAGCTCTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGG

GCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCA

GCCCTTGACATCCCGATCGCGGTTACCAGAGATGGTATCCTTCAGTTAGGCTGGATCGG

TGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGC

AACGAGCG

57

18. Штамм 506

Phyllobacterium trifolii strain PETP02(Т)

Identity-99.64%

Query cover-100%

Phyllobacterium trifolii strain BIHB 4156

Identity-99.35%

Query cover-100%


Identity-99.28%

Query cover-100%

CATGCAAGTCGAACGCCCCGCAAGGGGAGTGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAA

TCTACCCAATTCTTCGGAACAACTGAGGGAAACTTCAGCTAATACCGGATGTGCCCTTC

GGGGGAAAGATTTATCGGAATTGGATGAGCCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTGGGGT

AAAGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGG

GACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATG

GGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGATGAAGGTCTTAGGATTGTAAAGC

ACTTTCACCGGAGAAGATAATGACGGTATCCGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTG

CCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGTTCGGATTTACTGGGCGTAAAG

CGCACGTAGGCGGACTATTAAGTCAGGGGTGAAATCCCGGGGCTCAACCCCGGAACTG

CCTTTGATACTGGTAGTCTTGAGTTCGAGAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGG

TGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCTCGATA

CTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCA

CGCCGTAAACTATGAGAGCTAGCCGTCGGGCAGTATACTGTTCGGTGGCGCAGCTAAC

GCATTAAGCTCTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGAC

GGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTT

ACCAGCCCTTGACATCCCGATCGCGGTTACCAGAGATGGTATCCTTCAGTTAGGCTGGA

TCGGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTC

CCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCTTAGTTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGG

GACTGCCGGTGATAAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTT

ACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGCAGCGAGACCGCGA

GGTCGAGCTAATCTCCAAAAGCCATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGAGTGCA

TGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGG

CCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTTTTACCCGAAGGTGCTGTGCTA

ACCGCAAGGAGGCAGGCAACCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTC

19. Штамм 508

Rhizobium leguminosarum bv. viciae strain BIHB 1217

Identity-99.80%

Query cover-100%

Rhizobium leguminosarum bv. viciae strain BIHB 1148

Identity-99.80%

Query cover-100%

Rhizobium leguminosarum strain Vaf-26

Identity-99.80%

Query cover-100%

ACACATGCAAGTCGAGCGCCCCGCAAGGGGAGCGGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGG

GAATCTACCCTTGACTACGGAATAACGCAGGGAAACTTGTGCTAATACCGTATGTGTC

CTTCGGGAGAAAGATTTATCGGTCAAGGATGAGCCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTG

GGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACA

TTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGAC

AATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCCTAGGGTTGTA

58

AAGCTCTTTCACCGGAGAAGATAATGACGGTATCCGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTT

CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGTTCGGAATTACTGGGCGT

AAAGCGCACGTAGGCGGATCGATCAGTCAGGGGTGAAATCCCAGGGCTCAACCCTGG

AACTGCCTTTGATACTGTCGATCTGGAGTATGGAAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGT

AGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGTC

CATTACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTA

GTCCACGCCGTAAACGATGAATGTTAGCCGTCGGGCAGTATACTGTTCGGTGGCGCAG

CTAACGCATTAAACATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAA

TTGACGGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAG

AACCTTACCAGCCCTTGACATGCCCGGCTACTTGCAGAGATGCAAGGTTCCCTTCGGGG

ACCGGGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGGTTA

A

20. Штамм 510

Phyllobacterium loti strain S658 (Т)

Identity-99.71%

Query cover-100%


Identity-99.63%

Query cover-100%

Phyllobacterium trifolii strain PETP02 (Т)

Identity-99.63%

Query cover-100%

GGCAGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAATCTACCCAATTCTTCGGAACAACTGAGGGAA

ACTTCAGCTAATACCGGATGTGCCCTTCGGGGGAAAGATTTATCGGAATTGGATGAGC

CCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCT

GGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGA

GGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGT

GTGATGAAGGTCTTAGGATTGTAAAGCACTTTCACCGGAGAAGATAATGACGGTATCC

GGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTA

GCGTTGTTCGGATTTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCGGACTATTAAGTCAGGGGT

GAAATCCCGGGGCTCAACCCCGGAACTGCCTTTGATACTGGTAGTCTTGAGTTCGAGA

GAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCA

GTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCTCGATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAG

CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACTATGAGAGCTAGCCGTCGG

GCAGTATACTGTTCGGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGCTCTCCGCCTGGGGAGTACGG

TCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGT

GGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATCCCGATCGCGGTT

ACCAGAGATGGTATCCTTCAGTTAGGCTGGATCGGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCG

TCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCTTA

GTTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGGGACTGCCGGTGATAAGCCGAGAGGAAG

GTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAA

TGGTGGTGACAGTGGGCAGCGAGACCGCGAGGTCGAGCTAATCTCCAAAAGCCATCTC

AGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGAGTGCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGG

ATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCAT

GGGAGTTGGTTTTACCCGAAGGTGCTGTGCTAACCGCAAGGAGGCAGGCAACCACGGT

AGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTC

21. Штамм 512

Afipia sp. BAC307

Identity-100%

Query cover-100%

59

Bosea sp. R-38307

Identity-99.86%

Query cover-100%

Bosea lathyri strain 7

Identity-99.93%

Query cover-98%

CATGCAAGTCGAACGGGTATCTTCGGATACTAGTGGCAGACGGGTGAGTAACACGTGG

GAACGTACCTTTCGGTTCGGAATAATACAGGGAAACTTGTACTAATACCGGATAAGCC

CTTCGGGGGAAAGATTTATCGCCGATAGATCGGCCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTG

AGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACA

CTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGAC

AATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGATGAAGGCCTTAGGGTTGTA

AAGCACTTTTGTCCGGGAAGATAATGACTGTACCGGAAGAATAAGCCCCGGCTAACTT

CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGCTCGGAATCACTGGGCGT

AAAGGGCGCGTAGGCGGACTCTTAAGTCGGGGGTGAAAGCCCAGGGCTCAACCCTGG

AATTGCCTTCGATACTGAGAGTCTTGAGTTCGGAAGAGGTTGGTGGAACTGCGAGTGT

AGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCAACTGGTC

CGATACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGT

AGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCCAGCCGTTGGGGTGCATGCACCTCAGTGGCGCA

GCTAACGCTTTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGA

ATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAG

AACCTTACCAGCTTTTGACATGTCCGGTTTGATCGACAGAGATGTCTTTCTTCAGTTCG

GCTGGCCGGAACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGG

TTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCCTAGTTGCCATCATTCAGTTGGGAACTC

TAGGGGGACTGCCGGTGATAAGCCGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCAT

GGCCCTTACAGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGGTGACAATGGGCAGCGAAG

GAGCGATCCGGTGCTAATCCCAAAAAGCCGTCTCAGTTCAGATTGCACTCTGCAACTC

GAGTGCATGAAGGTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTGAATACGT

TCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGGTTTACCCGAAGGCG

TCGCGCTAACCGCAAGGAGGCAGGCGACCACGGTAGGCTCAGCGACTGGGGTGAAGT

CG

22. Штамм 514

Phyllobacterium trifolii strain GAB14

Identity-100%

Query cover-100%

Phyllobacterium trifolii strain 10

Identity-99.84%

Query cover-100%

Phyllobacterium trifolii strain G019

Identity-99.69%

Query cover-100%

TCGGAACAACTGAGGGAAACTTCAGCTAATACCGGATGTGCCCTTCGGGGGAAAGATT

TATCGGAATTGGATGAGCCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCA

AGGCGACGATCCATAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAGCCACACTGGGACTGAGACACG

GCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGCAAGCCTG

ATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGATGAAGGTCTTAGGATTGTAAAGCACTTTCACCGGA

GAAGATAATGACGGTATCCGGAGAAGAAGCCCCGGCTAACTTCGTGCCAGCAGCCGCG

GTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGTTCGGATTTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCG

GACTATTAAGTCAGGGGTGAAATCCCGGGGCTCAACCCCGGAACTGCCTTTGATACTG

GTAGTCTTGAGTTCGAGAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAG

ATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCTCGATACTGACGCTGAGG

60

TGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACTA

TGAGAGCTAGCCGTCGGGCAGTATACTGTTCGGTGGCGCAGCTAACGCATTAAGCTCT

CCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCA

CAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTG

ACATCCCGATCGCGGTTACCAGAGATGGTATCCTTCAGTTAGGCTGGATCGGTGACAG

GTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAG

CGCAACCCTCGCCCTTAGTTGCCATCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGGGACTGCCGGTG

ATAAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTGGGC

TACACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGCAGCGAGACCGCGAGGTCGAGCTAAT

CTCCAAAAGCCATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTCGAGTGCATGAAGTTGGAAT

CGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACAC

CGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTTTTACCCGAAGGTGCTGTGCTAACCGC

23. Штамм 515

Bosea vestrisii strain PYEM-1

Identity-99.07%

Query cover-100%

Bosea vestrisii strain R-51039

Identity-99.07%

Query cover-100%

Bosea eneae

Identity-99.07%

Query cover-100%

CTTAACACATGCAAGTCGAACGGGCACTTCGGTGCTAGTGGCAGACGGGTGAGTAACA

CGTGGGAACGTACCTTTCGGTTCGGAATAATTCAGGGAAACTTGGACTAATACCGGAT

AAGCCCTTCGGGGGAAAGATTCATCGCCGATAGATCGGCCCGCGTCTGATTAGCTAGT

TGGTGAGGTAATGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCTGGTCTGAGAGGATGATCAG

CCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATT

GGACAATGGGCGCAAGCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGATGAAGGCCTTAGGGT

TGTAAAGCACTTTTGTCCGGGAAGATAATGACTGTACCGGAAGAATAAGCCCCGGCTA

ACTTCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCGTTGCTCGGAATCACTGG

GCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGACTCTTAAGTCGGGGGTGAAAGCCCAGGGCTCAACC

CTGGAATTGCCTTCGATACTGAGAGTCTTGAGTTCGGAAGAGGTTGGTGGAACTGCGA

GTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCAACT

GGTCCGATACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCC

TGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCCAGCCGTTGGGGTGCATGCACCTCAGTGG

CGCAGCTAACGCTTTAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAA

AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGC

GCAGAACCTTACCAGCTTTTGACATGTCCGGTTTGATCGACAGAGATGTCTTTCTTCAG

TTCGGCTGGCCGGAACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTT

GGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCCTAGTTGCCATCATTCAGTTGGGA

ACTCTAGGGGGACTGCCGGTGATAAGCCGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCT

CATGGCCCTTACAGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGGTGACAATGGGCAGCG

AAGGAGCGATCTGGAGCTAATCCCAAAAAGCCGTCTCAGTTCAGATTGCACTCTGCAA

CTCGAGTGCATGAAGGTGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGCATGCCACGGTGAATA

CGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGGTTTACCCGAAG

GCGTCGCGCTAACCGCAAGGAGGCAGGCGACCACGGTAGGCTCAGCGACTGGGGTGA

AGTCGTAAC

61

Идентификация штаммов с помощью метода секвенирования ITS региона

1. Изолят 1

Aspergillus sp. strain AQGWD

Query cover -100%

Identity -98.6%

Aspergillus flavus strain RG01

Query cover -100%

Identity -97.7%

Aspergillus nomius strain SGE19

Query cover -100%

Identity -97.6%

ATATGGTTAAGTTCAGCGGGTATCCCTACCTGATCCGAGGTCAACCTGGAAAAAGATT

GATTTGCGTTCGGCAAGCGCCGGCCGGGCCTACAGAGCGGGTGACAAAGCCCCATACG

CTCGAGGATCGGACGCGGTGCCGCCGCTGCCTTTGGGGCCCGTCCCCCCCGGAGAGGG

GACGACGACCCAACACACAAGCCGTGCTTGATGGGCAGCAATGACGCTCGGACAGGC

ATGCCCCCCGGAATACCAGGGGGCGCAATGTGCGTTCAAAGACTCGATGATTCACGGA

ATTCTGCAATTCACACTAGTTATCGCATTTCGCTGCGTTCTTCATCGATGCCGGAACCA

AGAGATCCATTGTTGAAAGTTTTAACTGATTGCGATACAATCAACTCAGACTTCACTAG

ATCAGACAGAGTTCGTGGTGTCTCCGGCGGGCGCGGGCCCGGGGCTGAGAGCCCCCGG

CGGCCATGAATGGCGGGCCCGCCGAAGCAACTAAGGTACAGTAAACACGGGTGGGAG

GTTGGGCTCGCTAGGAACCCTACACTCGGTAATGATCCTTCCGCAGGTTCACCCTACGG

AAGGATCATTACCGAGTGTAGGGTTCCTAGCGAGCCCAACCTCCACCGTGTTTACTGTA

CCTTAGTTGCTTCGGCGGGC

2. Изолят 2

Talaromyces sp. isolate XI39

Query cover -100%

Identity -99.15%

Talaromyces cellulolyticus isolate KNU14-25

Query cover -97%

Identity -97.18%

Talaromyces funiculosus voucher MHE 27 MC

Query cover -98%

Identity -95.97%

GAGGTTGGCCGCGAGGCCCGCACTCGGTAATGATTCCTGTAGGGTGAACCTGCGGAAG

GATCATTACCGAGTGCGGGCCCTCGCGGCCCAACCTCCCACCCTTGTCTCTATACACCT

GTTGCTTTGGCGGGCCCACCGGGGCCACCTGGTCGCCGGGGGACGCACGTCCCCGGGC

CCGCGCCCGCCGAAGCGCTCTGTGAACCCTGATGAAGATGGGCTGTCTGAGTACTATG

AAAATTGTCAAAACTTTCAACAATGGATCTCTTGGTTCCGGCATCGATGAAGAACGCA

GCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCCGTGAATCATCGAATCTTTGAAC

GCACATTGCGCCCCCTGGCATTCCGGGGGGCATGCCTGTCCGAGCGTCATTTCTGCCCT

CAAGCACGGCTTGTGTGTTGGGTGTGGTCCCCCCGGGGACCTGCCCGAAAGGCAGCGG

CGACGTCCGTCTGGTCCTCGAGCGTATGGGGCTCTGTCACTCGCTCGGGAGGGACCTGC

GGGGGTTGGTCACCACCATGTTTTTTACCACGGTTGACCTCGGATCAGGTAGGAGTTAC

62

CCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGCGGGAAGATCATTACCGAGTGCGGGCCCTCGC

GGCCAACCTCCACTTGTCTCTATACACTGTTGCTTTGGCGGGC

3. Изолят 3

Alternaria alternata isolate TAS 2-1

Query cover -100%

Identity -100%

Alternaria alternata isolate SDM 2-1

Query cover -100%

Identity -100%

Alternaria alternata strain TD4

Query cover -100%

Identity -100%

ATCCTACCTGATCCGAGGTCAAAGTTGAAAAAAAGGCTTAATGGATGCTAGACCTTTG

CTGATAGAGAGTGCGACTTGTGCTGCGCTCCGAAACCAGTAGGCCGGCTGCCAATTAC

TTTAAGGCGAGTCTCCAGCAAAGCTAGAGACAAGACGCCCAACACCAAGCAAAGCTTG

AGGGTACAAATGACGCTCGAACAGGCATGCCCTTTGGAATACCAAAGGGCGCAATGTG

CGTTCAAAGATTCGATGATTCACTGAATTCTGCAATTCACACTACTTATCGCATTTCGC

TGCGTTCTTCATCGATGCCAGAACCAAGAGATCCGTTGTTGAAAGTTGTAATTATTAAT

TTGTTACTGACGCTGATTGCAATTACAAAAGGTTTATGTTTGTCCTAGTGGTGGGCGAA

CCCACCAAGGAAACAAGAAGTACGCAAAAGACAAGGGTGAATAATTCAGCAAGGCTG

TAACCCCGAGAGGTTCCAGCCCGCCTTCATATTTGTGTAATGATCCCTCCGCAGGTTC

4. Изолят 4

Bacillus velezensis strain 157

Query cover – 99%

Identity –99.65%

Bacillus amyloliquefaciens strain LM2303

Query cover – 99%

Identity -99.65%

Bacillus polyfermenticus KJS-2

Query cover – 99%

Identity –99.65%

AGACCTYGGGTCTTATAAACAGAACGTTCCCTGTCTTGTTTAGTTTTGAAGGATCATTC

GATTCTTCGAGATGTTGTTCTTTGAAAACTAGATAACAGAAGTAATTCACATTCAATTA

GTAATGCAAGATATCACGTAGTGATTCTTTTTAACGGTTAAGTTAGAAAGGGCGCACG

GTGGATGCCTTGGCACTAGGAGCCGATGAAGGACGGGACGAACACCGATATGCTTCGG

GGAGCTGTAAGCAAGCTTTGATCCGGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCGG

5. Изолят 5

Bacillus velezensis strain NJAU-Z9

Query cover -97%

Identity -99.8%

Bacillus amyloliquefaciens strain WS-8

Query cover -97%

Identity -99.8%

63

Bacillus vallismortis strain NBIF-001

Query cover -97%

Identity -99.8%

CCCCCATTTCCGGGTTTCCCCATTCGGAAATCTCCGGATCAAAGCTTGCTTACAGCTCC

CCGAAGCATATCGGTGTTCGTCCCGTCCTTCATCGGCTCCTAGTGCCAAGGCATCCACC

GTGCGCCCTTTCTAACTTAACCGTTAAAAAGAATCACTACGTGATATCTTGCATTACTA

ATTGAATGTGAATTACTTCTGTTATCTAGTTTTCAAAGAACACGTTGGTGGAGCCTAGC

GGGATCGAACCGCTGACCTCCTGCGTGCAAAGCAGGCGCTCTCCCAGCTGAGCTAAGG

CCCCGTATTGGGTAAAGATGGTGGGCCTGAGTGGACTCGAACCACCGACCTCACGCTT

ATCAGGCGTGCGCTCTAACCAGCTGAGCTACAGGCCCATCTACCATATGAAAGAATCA

AAGTTCCTTCAAAACTAAACAAGACAGGGAACGTTCTGTTTATAAGACCCAAGGTCTT

ATATTCCGTTAAAATCCTTAGAAAGGAGGGGATCCAGCCGCAA

6. Штамм SH

Streptococcus pyogenes strain GURSA1

Ouery cover-100%

Identity-100%

TTTATCGTCTTATTTAGTTTTGAGAGGTCTTGTGGGGCCTTAGCTCAGCTGGGAGAGCG

CCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCAGCGGTTCGATCCCGCTAGGCTCCATCAGGATACAA

TCCTACTAAACTTAATACAAGTGAAGTTGAACACGCAACTCACTTCCTAGGAAAATAG

ACAATCTTCGCTTGTGTGCAAGGCACACATGGTCAGATTCCTAATTTTCTACAGAAGTT

TCGCTAAAGCGAGCGTTGCTTAGTATCCTATATAATAGTCCATTGAAAATTGAATATCT

ATATCAAATTCCACGATCTAGAAATAGATTGTAGAAAAGTAACAAGAAAATAAACCGA

AAACGCTGTGATTATTTAATAAGTTTTCTAGTTTTAAAAAACTAGGTTAATAAGGTTAA

GTTAATAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGGCACTAGAAGCCGAAGAAGGACGTGACA

AACGACGAAATGCTT

7. Штамм DPRK-17

B. thuringiensis type strain ATCC 10792T

Query cover – 98%

Identity – 99.7%

B. cereus type strain ATCC 14579T

Query cover – 98%

Identity – 99.3%

TTTTGCGGCTGGATCCCCTCCTTTCTATGGAGAATTGATGAACGCTGTTCATCAATATA

AGTTTCCGTGTTTCGTTTTGTTCAGTTTTGAGAGAACTATCTCTCATATATAAATGTATG

TTCTTTGAAAACTAGATAACAGTGTAGCTCATATTTTTTAATTTTTAGTTTGGTTAAGTT

AGAAAGGGCGCACGGTGGATGCCTTGACACTAGGAGTCGATGAAGGACGGGACTAAC

GCCGATATGCTTCGGGGAGCTGTAAGTAAGCTTTGATCCGAAGATTTCCGAATGGGGA

AACCCGGA

Documents

РЕФЕРАТ · 2018. 1. 15. · 7 ВВЕДЕНИЕ Биоресурсные коллекции в настоящее время рассматриваются, как важный