Човешкият геном върху предметно стъкло -

възможности на микрочиповия анализ

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Микрочипове

Само предметно стъкло или?

Проби (олигонуклеотиди, cDNA, антитела)

Микрочип (предметно стъкло)

Повърхност, покрита с т.нар. “spots”

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Southern blot с микро-размери

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Малко история...

Макрочип – средата на 80-те години на 20 век

- найлонова мембрана- 2000 гена

1991г. – фотолитографско принтиране (Affymetrix)

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

1995г. – Количествено определяне на генната експресия с чипове1996г. - Започва продажбата на чипове (Affymetrix)1997г. – Анализ на генната експресия при дрожди (S. cerevisiae)2000г. – Анализ на тумори2003г. – Въвеждане в клиничната практика2004г. – Целият човешки геном на един микрочип

Малко история...

Публикации в PubMed

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Видове микрочипове

ДНК – олигонуклеотиди

РНК – cDNA

Белтък - антитела YYY

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Affymetrix Agilent NimbleGen Illumina

Платформи

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Affymetrix

Проби – 25 нд. (синтез in situ) По-голям брой проби за един ген Оцветяване – стрептавидин-фикоеритин 250 нг. ДНК 1М

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Agilent

Проби – 60 нд. (printed/spotted array) Оцветяване – Cy-3, Cy-5 500 нг. ДНК 1М

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

NimbleGen

Проби – 60 нд. Оцветяване – Cy-3, Cy-5500 нг. ДНК4.2М

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Illumina

Проби – 50 нд. (beads array)Оцветяване – streptavidin-Cy-3750 нг. ДНК1М

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Biotin labeled cDNA

aCGH (array Comparative Genomic Hybridization)

- определяне на геномни амплификации/ делеции

- сравнение с контролна ДНК

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

2. ДНК белязване – Cy3, Cy5

3. Хибридизация, промиване

array CGH - стъпки

проба контрола

1. Изолиране на ДНК от проба и контрола

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Agilent - белязване

цианини

550 nm

650 nm

озон

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Array spot

Labelled DNA

Hybridize

Wash, Scan

R G Colour display

Hybridize

Wash, Scan

Hybridize

Wash, Scan

Agilent - белязване

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Hybridize

Wash, Scan

4. Сканиране – Tiff файл

array CGH - стъпки

5. Анализ на резултатите - Feature Extraction software – Tiff - Txt

- Genomic Workbench

- GeneSpring

- CytoSure…

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Agilent

aCGH - сканиране

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Приложения

CNV (copy number variations)

SNP (single nucleotide polymorphisms)

Methylation

Protein-DNA interaction

Gene expression

miRNA expression

Център по Молекулна Медицина, МУ - София

Център по Молекулна Медицина, МУ - София