小 RNA 确 定 基 因 表 达 的 阈 值王耿燕10808046

一、定义细菌 sRNA ( small RNA) 是一类长度在 40 ～ 500 个核苷酸之间 , 通过多种方式调控靶基因的表达，在细菌与环境的相互作用中发挥重要作用的非编码 RNA 分子。

二、功能现有研究表明 , 细菌 sRNA 功能多样 , 在细菌的转录调节、 RNA 加工与修饰、 mRNA 稳定性与翻译、以及蛋白质降解、质粒复制和细菌感染等方面发挥重要功能。其中一种主要作用方式是通过不完全碱基互补配对形式与靶标 mRNA 的 5′ 端结合来调控靶基因的表达 , 进而在细菌与环境的相互作用中发挥重要功能。

三、 sRNA 的筛选

四、 sRNS 的鉴定 1 、 Northern 印迹 (Northern blotting) 利用 D N A 可以与 R N A 进行分子杂交来检测特异性 RNA 的技 术。它是获得小 RNA 表达证据的通用关键技术，也是在无扩增 时定量测量 sRNA 的标准方法。 2 、荧光定量 PCR 目前，大多数研究者将荧光定量用于鉴定 sRNA 分子。与 Northern 印迹方法相比，荧光定量 PCR 方法可以高度灵敏 地检测出低丰度表达的 sRNA 分子。

五、靶标预测 识别 sRNA 的靶标对研究 sRNA 的功能具有重要的意义，主要的策略有下列两种：

1 、基于序列比较的预测方法2 、基于 RNA 二级结构的预测方法

六、文献主要内容- sRNA确定基因表达阈值- sRNA抑制波动- sRNA在过滤瞬态信号时能提供快速反应- sRNA靶标的协调反应

αm ＜ αs ，大部分靶标快速与 sRNAs 配对而不表达。

αm≈αs 时的阈值是超敏感反应，也就是说通过靶标转录的一个小改变突然启动了靶标的表达。这类反应已经通过一个合成的报告基因在大肠杆菌中得到了证实。

αm ＞ αs ，则大部分 sRNAs 与靶标配对，而未配对的 mRNA 将用于蛋白翻译。这种情况下，蛋白的表达水平将反映两种转录率的不同。

阈值：反映细胞对特定压力的耐受水平。如 sRNA RyhB在限制铁的条件下产生 , 与靶 mRNA上至少5 个编码铁结合蛋白的操纵子配对 , 包括 bfr( 编码细菌铁蛋白 ) 、 sdh( 编码琥珀酸盐脱氢酶 ) 、 sodB( 编码超氧化物歧化酶 ) 等。 Hfq结合可使 sodB信息改建 , 从而推动 mRNA 和 RyhB的配对。靶 mRNA 和 RyhB 本身的降解都依赖于 RNase E, 其酶切位点和 Hfq 结合位点类似。破坏 mRNA 进而终止这些铁结合蛋白合成的结果是 , 细胞对铁的需求减少 , 以使更多离子可用于必需蛋白。

很多已知的 sRNAs 有多个 mRNA 靶标。因为碱基配对区域长度不同和二级结构不同，这些靶标对 sRNAs 的亲和力不同。当靶标单独表达时， sRNA 和靶标之间不同的相互作用力对阈值的影响很小。但是，当几个靶标同时表达时，不同的 mRNA 将竞争结合同一类 sRNAs 分子。而竞争的结果依赖于亲和力以及参与的 mRNA 的量。通常，一个强结合靶标的表达可能对弱结合靶标的表达有很强的影响，相反的，弱结合靶的表达对前者的影响要小得多。

七、展望1 、对于某些细菌，基因敲除是一种耗时的过程，利用 sRNA抑制 mRNA 翻译的原理，将使基因沉默技术成为有效的工具。随着研究的深入，它将为人类疑难疾病治理等方面起更为深远的作用。总之，对小 RNA 基因的研究将是生命科学领域研究的热点，也将是揭示生命奥秘的又一大里程碑。

2 、 sRNA还有许多问题需要我们去研究：它们的作用机理究竟是什么，它们通过什么途径识别靶标基因，它们的特异性和时序性是如何调控的等等。