16
Обзор функциональных возможностей Vector NTI Подготовил: Кликич Евгений Николаевич, студент 4 курса.

Обзор функциональных возможностей Vector NTI

  • Upload
    liona

  • View
    104

  • Download
    0

Embed Size (px)

DESCRIPTION

Обзор функциональных возможностей Vector NTI. Подготовил: Кликич Евгений Николаевич, студент 4 курса. Введение. Vector NTI Suite – это удобный набор программных инструментов, предназначенных главным образом для анализа последовательностей. Введение. - PowerPoint PPT Presentation

Citation preview

Page 1: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Обзор функциональных возможностей Vector NTI

Подготовил: Кликич Евгений Николаевич, студент 4 курса.

Page 2: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI
Page 3: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Введение

Vector NTI Suite – это удобный набор программных инструментов, предназначенных главным образом для анализа последовательностей.

Page 4: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Введение

Vector NTI разработан для специалистов в области молекулярной биологии и позволяют изучать, визуализировать, манипулировать, конструировать биологические молекулы, а также хранить и предоставлять доступ к информации об этих молекулах.

Page 5: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

С помощью Vector NTI можно:

Осуществлять поиск в базе данных молекул и энзимов;

Разрабатывать стратегию рекомбинации и соответствующие протоколы;

Симулировать гель-электрофорез, анализировать результаты эксперимента;

Анализировать и манипулировать ДНК, РНК и белковыми молекулами;

Создавать или импортировать молекулы, энзимы, олигонуклеотиды, добавлять описание и дополнительную информацию;

Page 6: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Некоторые функциональные возможности Vector NTI

Подбор праймеров и ПЦР Симулятор гель-электрофореза Конструирование молекул

Page 7: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Интерфейс Vector NTIОбласть специфического инструментария

Область текста(эта область содержит текстовую информацию проделанной работе)

Графическаяобласть

Строка меню

Панель последовательностей

Page 8: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Инструменты Vector NTI и Интернет

Средства Vector NTI помогают сформировать информационный запрос и адресовать его некоторым публичным WWW-серверам, также можно организовывать поиск информации с помощью системы BLAST, анализировать и выравнивать последовательности.

Page 9: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Инструменты Vector NTI и Интернет

Vector NTI откроет в Web-браузере форму запроса, сформированную для BLAST Search сервера. Эта форма – шлюз между Vector NTI и BLAST Search сервером, она содержит опции, позволяющие нам настроить различные параметры поиска в BLAST.

Page 10: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Инструменты Vector NTI и Интернет

Сервер уведомит нас о постановке нашего запроса в очередь и предложит некоторое время подождать.

Page 11: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Инструменты Vector NTI и Интернет

По истечении времени, указанного в ответе сервера необходимо нажать на клавишу Format.

Откроется новая страница с описанием молекулы в формате GenBank.

Page 12: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Инструменты Vector NTI и Интернет

Далее загружаем результаты поиска в программу Vector NTI

В результате в Vector NTI откроется уже знакомое нам Display window с информацией о новой молекуле.

Page 13: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Конструирование молекулы DNA выполняется по следующей схеме:Выбор и описание фрагментов молекулы;Создание списка фрагментов,

описывающего целевую молекулу (Goal Molecule Definition List);

Вызов соответствующего инструмента и собственно конструирование молекулы.

Конструирование молекул

Page 14: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Описание молекулы может быть импортировано из GenBank, EMBL, FASTA;

Для описания молекулы может быть использована последовательность из какого-либо текстового файла;

Молекула может быть разработана по правилам встроенной в Vector NTI базы биологических знаний.

Конструирование молекул

Page 15: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI

Сформулируем задачу

Конструирование молекул

Конкретный пример:

Наша задача – создать новую молекулу на базе клонирования гена устойчивости к тетрациклину из pBR322 в pUC19, используя сайты рестрикции EcoRI и AvaI в pBR322, EcoRI и SmaI в pUC19.

Page 16: Обзор функциональных возможностей  Vector NTI