Upload
liona
View
104
Download
0
Embed Size (px)
DESCRIPTION
Обзор функциональных возможностей Vector NTI. Подготовил: Кликич Евгений Николаевич, студент 4 курса. Введение. Vector NTI Suite – это удобный набор программных инструментов, предназначенных главным образом для анализа последовательностей. Введение. - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
Обзор функциональных возможностей Vector NTI
Подготовил: Кликич Евгений Николаевич, студент 4 курса.
Введение
Vector NTI Suite – это удобный набор программных инструментов, предназначенных главным образом для анализа последовательностей.
Введение
Vector NTI разработан для специалистов в области молекулярной биологии и позволяют изучать, визуализировать, манипулировать, конструировать биологические молекулы, а также хранить и предоставлять доступ к информации об этих молекулах.
С помощью Vector NTI можно:
Осуществлять поиск в базе данных молекул и энзимов;
Разрабатывать стратегию рекомбинации и соответствующие протоколы;
Симулировать гель-электрофорез, анализировать результаты эксперимента;
Анализировать и манипулировать ДНК, РНК и белковыми молекулами;
Создавать или импортировать молекулы, энзимы, олигонуклеотиды, добавлять описание и дополнительную информацию;
Некоторые функциональные возможности Vector NTI
Подбор праймеров и ПЦР Симулятор гель-электрофореза Конструирование молекул
Интерфейс Vector NTIОбласть специфического инструментария
Область текста(эта область содержит текстовую информацию проделанной работе)
Графическаяобласть
Строка меню
Панель последовательностей
Инструменты Vector NTI и Интернет
Средства Vector NTI помогают сформировать информационный запрос и адресовать его некоторым публичным WWW-серверам, также можно организовывать поиск информации с помощью системы BLAST, анализировать и выравнивать последовательности.
Инструменты Vector NTI и Интернет
Vector NTI откроет в Web-браузере форму запроса, сформированную для BLAST Search сервера. Эта форма – шлюз между Vector NTI и BLAST Search сервером, она содержит опции, позволяющие нам настроить различные параметры поиска в BLAST.
Инструменты Vector NTI и Интернет
Сервер уведомит нас о постановке нашего запроса в очередь и предложит некоторое время подождать.
Инструменты Vector NTI и Интернет
По истечении времени, указанного в ответе сервера необходимо нажать на клавишу Format.
Откроется новая страница с описанием молекулы в формате GenBank.
Инструменты Vector NTI и Интернет
Далее загружаем результаты поиска в программу Vector NTI
В результате в Vector NTI откроется уже знакомое нам Display window с информацией о новой молекуле.
Конструирование молекулы DNA выполняется по следующей схеме:Выбор и описание фрагментов молекулы;Создание списка фрагментов,
описывающего целевую молекулу (Goal Molecule Definition List);
Вызов соответствующего инструмента и собственно конструирование молекулы.
Конструирование молекул
Описание молекулы может быть импортировано из GenBank, EMBL, FASTA;
Для описания молекулы может быть использована последовательность из какого-либо текстового файла;
Молекула может быть разработана по правилам встроенной в Vector NTI базы биологических знаний.
Конструирование молекул
Сформулируем задачу
Конструирование молекул
Конкретный пример:
Наша задача – создать новую молекулу на базе клонирования гена устойчивости к тетрациклину из pBR322 в pUC19, используя сайты рестрикции EcoRI и AvaI в pBR322, EcoRI и SmaI в pUC19.