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10/07/2016
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MODULO 2
TALLER DE MICROBIOLOGIA CLINICA Servicio de Microbiología Clínica
Dr. Juan J Camarena MiñanaServicio de Microbiología
Hospital Universitario Dr. Peset
Taller de Microbiología clínica Modulo 2
Infecciones de tracto respiratorioInfecciones sistémicas- hemocultivos
Infecciones del sistema nervioso centralInfecciones de heridas y líquidos estériles
Infecciones por micobacterias
1.- Infecciones de tractorespiratorio inferior
Planteamientos diagnósticos en neumonías
Abordaje microbiológico y su papel en elcorrecto manejo del paciente
NAC: Infección aguda con hallazgos consistentes con neumonía en pacientes no hospitalizados
NN: Neumonía producida a partir de las 48h del ingreso hospitalario
NACS: Healthcare associated pneumonia (Neumonía asociada a los cuidados sanitarios)
NAVM: Neumonía producida a partir de las 48 a 72 horas desde la intubación endotraqueal
NeumoníaClasificación y conceptos
NN NAC
NACSNAVM
CA-MRSA
NAC: neumonía comunitaria NN: neumonía nosocomialNAVM: neumonía asociada a la ventilación mecánicaNACS: neumonía asociada a cuidados sanitariosCA-MRSA: SARM comunitario.
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NeumoníaEtiología según origen
0
10
20
30
40
50
1986 1991 1994 1996 2002 2006 2010
Nosocomial Asociada a cuidados sanitarios Comunitario
% SARM
Cercenado E, et al. 21th ECCMID Congress, Milan, 2011
Giannella M, Bouza E, et al. Clin Microbiol Infect. 2011
Estudio ENEMI
ESKAPE
Comunitaria ACSanitario Hospitalaria
Diagnóstico de neumoníaMuestras para Microbiología
Esputo
Hemocultivos Sueros seriados
Orina
¿Qué papel tiene la microbiología en el diagnóstico de la neumonía?
Esputo/ Esputo Inducido
1. Toma de muestra: instruir al paciente!!!
2. Observación macroscópica (orientativa!!)
3. Valoración microscópica:- células epiteliales/ LPN/ flora Gram:
G1- G2- G3- G4- G5- G6 : validez e interpretación
4. Cultivo: en medios habituales – BCYE - LJ - Hongos
(Hemocultivos) (Detección Ag Lp1 en orina)(Estudios de seroconversión)
Clasificación de calidad de muestras de esputo en observación macro‐microscópica
(Modificado de Murray y Washington)
Grado de N° de células escamosas
N° de neutrofilos
ClasificaciónG1 a G6
(por campo de 100 aumentos)
(por campo de 100 aumentos)
1 >25 <102 >25 10-253 >25 >254 10-25 >255 <10 >256 <25 <25
Grado de N° de células escamosas
N° de neutrofilos
ClasificaciónG1 a G6
(por campo de 100 aumentos)
(por campo de 100 aumentos)
G1 >25 <10
G2 >25 10-25
G3 >25 >25
G4 10-25 >25
G5 <10 >25
G6 <25 <25
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- La tinción de Gram es una técnica rápida, sencilla y barata que puede ayudarnos a un “diagnóstico preliminar de
sospecha” a partir de la flora presente
- Si el resultado del cultivo coincide con ese “informe preliminar” aumentará la probabilidad de ser el agente implicado en el caso y permitirá realizar los necesarios
“estudios de sensibilidad”
- La tinción de Gram es una técnica rápida, sencilla y barata que puede ayudarnos a un “diagnóstico preliminar de
sospecha” a partir de la flora presente
- Si el resultado del cultivo coincide con ese “informe preliminar” aumentará la probabilidad de ser el agente implicado en el caso y permitirá realizar los necesarios
“estudios de sensibilidad”
Tinción de Gram de esputoUtilidad en diagnóstico de sospecha
G5-DCG+ capsulados
Agar sangreS. pneumoniae
Paciente con NAC tratado ambulatoriamenteDiagnóstico clínico-Rx. Muestra para microbiología ante fracasoterapéutico y/o sospecha de patógenos no habituales (basarse endatos previos epidemiológicos)
Paciente con NAC que acude/ ingresa en el hospital
- Detección de Ag de Lp/Sp en muestra de orina- Esputo para Gram y cultivo (valorar calidad de la muestra G1-G6)- Hemocultivos (2/3 series ae/ana- toma en condiciones de asepsia)- (suero 1 para posterior estudio de seroconversión)
- L. pleural (Gram, cultivo ae/ana, valorar detección de Ag y/o BM)- Aspirado nasofaringeo en sospecha de gripe con indicación de tto.
Técnicas microbiológicas en el paciente con NAC
Búsqueda de microorganismosMuestras invasivas en neumonía
Estudios cuantitativos ufc/mL
8%
25% 32%18%
33%
16%2%
18%4% 3%
Uso de la Microbiología Estudio ENEMI NAC/NACS
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Bacteriemia Sepsis
Endocarditis
http://es.scribd.com/doc/94532390/Infecciones-sistemicas-PPT
2.- Infecciones sistémicas
• Transitorias (asintomáticos o fiebre moderada)
• Bacteriemias intermitentes (sintomáticas) (focos)
• Bacteriemias continuas (sintomáticas) (endocarditis)
• Significativa vs contaminación
Tipos de bacteriemias
Síndrome de Respuesta Inflamatoria Sistémica Shock séptico
La bacteriemia como “parte” deun proceso infeccioso sistémico
American College of Chest Physicians, 1992
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Bateriemia‐ Sepsis
‐ Primaria
‐ Primaria asociada a catéter
‐ Secundaria (FOCOS)
(Aumento de morbi-mortalidad/ abordaje precoz)
• Lugar de adquisición:o Comunitariao Asociada a
cuidados sanitarioso Nosocomial
S. pneumoniae
Enterobacterias E coli ,
Enterococcus sp, Bacteroides sp,
Clostridium sp….
Pseudomonas
Candida
E. coli , Enterococcus
S. viridans
S.aureus, SCN
BACTERIEMIA
SECUNDARIA
Hemocultivos
Técnica: Venopunción (antisepsia) y toma de muestra. Sangre en frascos con caldo: anaerobios y aerobios. Ante positividad tras incubación en sistema de lectura contínua: Gram, subcultivos y estudios de sensibilidad
Maximizar rentabilidad: Extracción antes de aplicar tratamiento antimicrobiano. Cuando?: tomas x2 x3 en picos febriles / cada 20-30 min.? A mayor cantidad de frascos: mayor rentabilidad ?
Importancia de número de extracciones y cantidad de sangre a inocular
Frascos de hemocultivos“maximizar rentabilidad”
Edad Volumen/tomaNeonatos 1-2 ml
1 mes a 2 años 2-3 ml>2 años 3-5 ml
Adolescente 10-20 mlAdulto 20-30 ml
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Toma de hemocultivos
¡Uso de clorhexidina al 2%!
Toma de hemocultivosCausas de “contaminación”
Falta de adiestramiento del personal. Desinfección NO adecuada
Dificultad de extracción.
Vena inapropiada para extracción.
Extracción a través de catéteres ya colocados.
Utilización de sangre extraída para otros fines…
Puntos críticos- Manos personal- Piel paciente- Tapón frasco
Sistema de detección colorimetría
Lectura 15 min
Sistema AUTOMATIZADO de lectura continua de hemocultivos
Al menos 2-3
parejas
Día 4Día 3Día 2Día 1
Diagnostico de las infecciones sanguíneasMétodos moleculares - ¿Todo sige igual?
Gram EspecieHemocultivo Resistencia
Especie
6 h
SeptiFast
Cultivo
PCR
Nota: La PCR no trata de remplazar al cultivo
opcional: mecA Resistancia (+2.5h)
Técnicas rápidas
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HEMOCULTIVOS ANTE SOSPECHA DE BACTERIEMIA‐ SEPSIS
- Inoculación “aséptica” de “sets”: frascos de hemocultivos (ae/ana FA/FN - FP)
- Incubación en sistema automatizado de lectura contínua
- Tinción de Gram ante positividad del sistema: “Informe preliminar” x horas
- Subcultivos en medios según resultado del Gram para etiología y resistencias
Pauta“clásica”
Microbiología24 horas
HEMOCULTIVOS Tiempo de positividad de pacientes con bacteriemia- sepsis
Solo el 10% de los hemocultivos que cantan no han positivizado a las 20 h tras introducción en el sistema automatizado (remisión rápida a Micro)
“Informe preliminar” de morfotipo bacteriano tras tinción de Gram desde hemocultivo - Interés en “modificar” en su caso el TE iniciado
Interés de manejo adecuado y resultados precoces de los hemocultivos
3.- Infecciones del SNCMeningitis
Clasificación en función de la duración de los síntomas:aguda (de horas a días)crónica (de semanas a meses)
Clasificación en función del aspecto del LCR:meningitis de LCR claro (aséptica): viralmeningitis de LCR purulento: bacteriana
Clasificación en función de la etiología:bacteriana aguda (Sp, Nm, Hi…)parasitaria - fúngica (criptococo,histoplasma, meningoencefalitisamebiana…), micobacterias, …viral aguda (enterovirus, VHS…)
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Principales agentes causalesmeningitis
Infección de SNCMuestras e indicaciones
¿Qué muestras? LCR , sangre,..
¿Cómo se obtienen?Punción lumbar, hemocultivos
¿Dónde y transporte?Tubos estériles (tapón verde)Muestra valiosa: priorizar
¿A quién?Sospecha de meningitis/ Encefalitis.Sospecha de infeccion vírica: Serologia
Diagnóstico microbiológicomeningitis aguda
No si signosde hipertensiónIntracraneal-papiledema
- Hemocultivo- Cultivo foco parameníngeo- Suero
3 tubos LCR (1ª bioquímica; 2ª Microbiología; 3ª Citología)
¡¡ Análisis macroscópico !!Aspecto y cantidad de LCR
PETICIONES
Punción lumbar(LCR)
Meningitis aguda: diagnóstico sobre LCR
Pauta microbiológica
...EMD (Tinción de Gram, Azul, Ex fresco, Ziehl, Tinta china...)
...Determinación de antígenos capsulares...PCR multiplex bacterias
...PCR Enterovirus...Cultivo en medios bacteriológicos
...Diagnóstico indirecto (según sospecha…)
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Tinciones ¿Qué informamos?
Gram: presencia de leucocitos o linfocitos, presencia/ ausencia de flora
Azul de metileno: presencia de células inflamatorias y flora
Antígenos capsulares en LCR y orina : detecta Haemophilus influenzae tipo b, Neisseria meningitidis A, B, C, Y, W135, S. pneumoniae, Streptococcus grupo B/ E coli K1
No sustituyen al Gram ni al cultivoS 50-75 E >90%
MeningitisMicrobiología
Tinción de Gram en SNCUtilidad en diagnóstico preliminar
Positividad en<25% si <1,000 UFC/mL
>95% si >100,000 UFC/mL
Diplococos grampositivosDiplococos gramnegativos
Siembra en medios de cultivo - M. enriquecidos Ach- AS
- caldo enriquecimiento- CLI frasco pediátrico
Incubados en CO2 5%S. agalactiae
N. meningitidis
EnterobacteriaceaeS. pneumoniaeH. influenzae
L.monocytogenes
Meningitis aguda Diagnóstico de confirmación
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4.- Infecciones de heridasy líquidos estériles
- Infección de piel y pares blandas IPPB
- Artritis infecciosas
- Líquido peritoneal – Ascitis
- Líquido pleural …
ImpétigoFoliculitisForúnculoHidrosadenitisErisipelaCelulitis
Fascitis necrosanteTipo I polimicrobianaTipo II gangrena estreptocócica
Mionecrosis clostridianaMionecrosis no clostridianaCelulitis sinérgica necrosante(I)Miositis estreptocócica (II)Gangrena vascular infectada
MordeduraH. quirúrgicaÚlcera presiónPie diabético
Piodermas Necrosantes
IPPB. Clasificación
2ª Lesionesprevias
Heridas – infeciones purulentasToma de muestras
¿Cómo? Biopsia tisular Aspiración percutánea Frotis ?? con torunda con medio
de transporte específico (medio universal)
Limpieza y desbridamiento previos, lavado con suero fisiológico a chorro
Microorganismos anaerobiosDiagnóstico microbiológico
Toma de muestras- Aguja y jeringa (ana)
Transporte- Tubo de transporte anaerobios (CO2 y N2)
Tinciones (T. Gram…)
Procesamiento en anaerobiosis- Jarra de anaerobios- Camara de anaerobios
Medios de cultivo específicos - identificación
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Otros “líquidos estériles”Pautas en microbiología
Toma aséptica- transporte Cultivo con Gram
- Leucocitos/ Flora
Posibilidad de usar los frascos de hemocultivos (Cultivo Larga Incubación - CLI) 10d.
“Esquema del manejo desde el Servicio de Microbiologia”
Artritis séptica
“Diagnóstico microbiológico”
Infecciones por micobacterias
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TuberculosisPlanteamientos diagnósticos microbiológicos
Tinción de Ziehl-Neelsen/ Cultivo/ Identificación/ Atb
¿Qué informamos? Calidad del esputo Presencia o no de BAAR Identificación y estudio de sensibilidad PCR
Baciloscopia. Informe
Medios de cultivo para micobacterias
Medios sólidos: M. Löwenstein-Jensen Middlebrook 7H10 base agar
Medios líquidos “en la actualidad se recomienda el cultivo primario de todas las muestras en cultivo líquido” (Picazo, SEIMC- Procedimientos Microbiología Clínica)
- de lectura manual: MGIT (BD)
- de lectura automátizada: MGIT 960 (BD)
BAAR con “corf factor” positivo
Identificación de MTBC y asociación con demora diagnostica
MGIT- Accuprobe TBC MGIT- InmunocromatografíaGenXpert MTB/ RIF
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Diagnóstico de TBC¿Cuándo utilizar PCR- tiempo real?
Confirmación de M. tuberculosis y resistencia a Rifa (3h) desde muestra directa respiratoria en baciloscopias positivas
‐ correlación BAAR/ PCR
Confirmación de baciloscopias dudosas?
Confirmación de casos BAAR negativos con elevada sospecha clínica de TBC(petición PCR)
Detección de resistencias a Rifa (+Inh)
“ Los tiempos de diagnóstico en TB” Diagnóstico de confirmación de TB
Taller de Microbiología Clínica
DISCUSION
Infecciones de tracto respiratorioInfecciones sistémicas- hemocultivos
Infecciones del sistema nervioso centralInfecciones de heridas y líquidos estériles
Infecciones por micobacterias