10 Ir Quels Examens de Biologie Moleculaire Prescrire en 2011

7/30/2019 10 Ir Quels Examens de Biologie Moleculaire Prescrire en 2011

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Quels examens de biologiemolculaire prescrire et obtenir en

2011?

I Rouquette


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Elles ont pour vocation de raliser les tests molculaires innovants pour lensemble des patients de la

rgion, quel que soit ltablissement o ils sont pris en charge, CHU, CLCC, CH ou tablissement priv.

Plateformes hospitalires de gntique molculaire des cancers


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Plateforme de gntiquemolculaire des cancers

Directeur de plateforme: E Delabesse

Trois sites:

Rangueil I Rouquette: poumonEGFR/ALK/BRAF/HER2

ICR G Favre PI3K poumon

Purpan J Selves Lamant: colon mlanome

E Delabesse: BCR ABL/KIT


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A Rangueil

2005 projet ligue: squenage de 100 patients acquisitiondune expertise formation technicien Tenon

2007 demande dactivit nouvelle: acquisition dquipementset budget fonctionnement sur 2 ans pour commande ractifs

2009 : intgration plateforme biologie molculaire descancers du CHU (E Delabesse)

2009 ORPAMIP: Structuration de la biologie molculaire.(Kras,EGFR, MSI, 1p19q).

2010: Subvention EGFR INCa: pas de facturation clinicienpatient, remboursement dstockage

2011: subvention INCa biomarqueurs mergents
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AUJOURDHUI

Une AMM premire ligne: gefitinib

Une ATU: Crizotinib

Des essais cliniques plus ou moins avancs

Un seul examen aujourdhui indispensable pour guider

la conduite thrapeutique: recherche des mutationsactivatrices dEGFR


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GEFITINIB (IRESSA) is indicated for the treatment of adult patients with locally

advanced or metastatic non small cell lung cancer (NSCLC) with activating mutations of

EGFR.


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48%

3% 5% 3%


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2142 adnocarcinomes exon 19 et L858R

Incidence of EGFR Exon 19 Deletions and L858R in

Tumor Specimens From Men and Cigarette SmokersWith Lung Adenocarcinomas

Sandra P. DAngelo et al J Clin Oncol 2011


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Indications

Financement INCa: Tous les patients atteints dun adnocarcinome du poumondevraient pouvoir avoir accs au test EGFR pour dterminer le statut mutationnel deleur tumeur.

Non accepts par la plateforme: pidermodes du fumeur, NEGC

Accepts aprs discussion: pidermodes du non fumeur, adno-squameux, CNPC.


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Pathologiste dela plateforme

Pathologistedtenteur dumatrielCHG, CHU,Secteur Priv

Circuit des examens de biologie molculaire


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Contrle morphologique

Extraction dADN

PCR

Criblage

Squenage des variants


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BILAN EGFR 2010

Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4

Nb patients 464 88 115 115 147

Nb examens522 89 149 127 157

% mutations 17,05 12,17 9,57 11,56

Dlai de rendu 15 jours 15 jours 11 jours 9 jours

% Prescriptionssecteur priv

37,5 26,96 45,22 51,02

% Noninterprtables

2,27 13,91 6,96 4,08


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2009 2010 2011

PATIENTS TESTES 55 422 600 Trois premierstrimestres

% MUTES 23% 9,5 17% 7 11%


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lt ti l l i t t id tifi h i 40 % d ti t tt i t d


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16

20-30%12-14%

5%

une altration molculaire peut tre identifie chez environ 40 % des patients atteints dun

cancer du poumon non petites cellules.


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18/48


19/48

-100

-80

-60

-40

-20

0

20

40

60

-30 %

Progression

Stabilit

Rponse partielle confirme

Rponse complte confirme

Vari

ationmaximaledelatailletumorale(%)

Activit de linhibiteur oral de ALK, le PF-02341066, dans une population

de CBNPC positifs pour ALK (n = 82)

81

Translocation EML4-ALK

Taux de rponse = 57%

Contrle 8 semaines : 87 %

SSP 6 mois : 72 %

Kwak, NEJM 2010


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20

Protine de fusion EML4-ALK:

partie N-term. EML4

(echinoderm michrotubule associated protein

like 4)+

portion intracellulaire du rcepteur tyrosine-

kinase ALK (anaplastic lymphoma kinase)

inversion du bras court du chromosome 2

[Inv(2)(p21p23)] qui fait joindre exons 113 deEML4 aux exons 2029 de ALK.


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Split signal en FISH

FISH: examen de biologiemolculaire:Problmes:

FixateurEchantillonnageEosineEquipement spcifiqueAide la lectureOn nidentifie que la cassure dALK


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Clin Cancer Res 2010 D5F3 or

D9E4 antibodies

Journal of Thoracic Oncology 2011 ALK1+ systme de rvlation

J Clin Pathol 2010 ALK 5A4


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Bilan ALK 2011Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4

(Octobre)

Nb patients 180 30 64 58 27

Nb examens 30 62 56 24%Translocations

20% 6,4% 1,8% 4,2%



20% 20,3% 24,1% 14,8%

% Noninterprtables

0% 16,1% 1,8% 4,2%


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Mutations de K-Ras

Mutations activatrices en position 12,13 or 61

Mutuellement exclusives avec celles dEGFR

Associes au tabac (transv. G en T ou C)

22% des ADC ( trs rares ds malpighiens)

Mais chez 15% des non fumeurs (transition G en A)

GGT GGC GCA CCAExon 1

Codon 12Glycin Codon 13 Codon 59 Codon 61

TGT Cystin CGT ArginineGTT Valine AGT SerineGAT Aspartate GCT Alanine


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Marchetti et al J Clin

Oncol 2011

1,046 NSCLCs

BRAF mutations were

present in 36 ADCs

(4.9%) and one SCC

(0.3%).

Twenty-one of the

mutations (56.8%) were

V600E, and 16 (43.2%)

were non-V600E.

Paik et al J Clin Oncol 2011

BRAF mutations occur in 3%

of patients with lung

adenocarcinoma and occur

more commonly in current

and former smokers

BRAF


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BRAFmutations occur in approximately

5% of pulmonary adenocarcinomas, often

with a papillary architecture, but in the

micropapillary subgroup, the incidencerises to approximately 20%, similar to that

seen in thyroid and ovarian papillary

adenocarcinoma.

Yousem et alThe histopathology of BRAF-V600E-mutated lung adenocarcinoma. Am J Surg Pathol .

2008

Rosane De Oliveira et al Micropapillary Lung

AdenocarcinomaEGFR, K-ras, and BRAFMutational

ProfileAm J Cl in Pathol2009


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Shigematsu Cancer Res 2005;

HER2 mutations were present in 1.6% (11 of 671) of NSCLC

Pao Lancet Oncol 2011HER2 mutations are present in 2% of NSCLC


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PIK3CAPIK3CA Mutations and Copy Number Gains in Human Lung Cancer

Cancer Res 2008;68(17):691321]1,6% de mutations. PIK3CA copy number gains

occur at much higher frequencies in lung cancers than do activating mutationsand the gains target squamous cell carcinomas.

IGR Essai prcoce: GDC-0941, inhibiteur de la protine PI3 kinase


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Autres biomarqueurs

TECHNIQUE NB TOTAL + %MUT 2010

NB TOTAL + %MUT 2011

KRAS HRM/SEQ 201

20%

558

22,9%BRAF PCR-ASO -

-

316

1,7%

HER2 HRM/SEQ --

681,5%

PI3K (ICR) SEQ -

-

9

0%


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Amliorations Techniques

EGFR:

Passage techniques plus rapides et sensibles,redesign des amorces, sensibilisation fixateur:

moins de prlvements non interprtables, dlaisraccourcis

FISH ALK:criblage IHC systmatique

corrections osine acidit, contrle externalis des

cas litigieux


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EXON 19 EXON 21 EXON 18 EXON 20

Mutationrecherche

DELETIONS MUTATIONSPONCTUELLES

MUTATIONSPONCTUELLES

T790MINSERTIONS

Techniquesutilises

HRM/ ANALYSEDE FRAGMENT

PCR-ASO HRM/SEQUENCAGE

PCRASO/SEQUENCAGE


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Amliorations gestion

Interface cliniciens/plateforme: MlanieBoussard

Fiche modifie tlchargeableDveloppements informatiques pour recueil

de donnes et rendu rsultats (fiches

complmentaires)


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PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE EGFR exons 19 21

Service d'Anatomie Pathologique et Histologie-Cytologie du Pr M.B. DelisleCHU Rangueil, Bt L2 - 1 avenue Jean Poulhs - TSA 50032 - 31059 Toulouse Cedex 9

Responsables : Dr Isabelle Rouquette, Camille Allera Moreau. Tl Accueil 05 61 32 28 42 --- Fax 05 61 32 21 27

Date de la demande de gnotypage EGFR : / / 20..

Matriel tumoral analyser : Tabagisme :

Biopsie bronchique Fumeur

Biopsie pulmonaire sous scanner Non fumeur

Pice opratoire (lobectomie, pneumonectomie)

Site mtastatique, prciser : Indication :

Date du prlvement : / / 20.. Stade de la maladie : .

Remarques :

FICHE complter par le mdecin prescripteur de lexamen et envoyer au

mdecin pathologiste en possession du prlvement tumoral du patient.

Cette fiche sera secondairement envoye au laboratoire de gnotypage par le pathologiste avec le

Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR

(Nom et coordonnes dont tel et fax)

Identification A. PATHOLOGISTEREFERENT dtenteur du matriel tumoral

(Nom et coordonnes dont tel et fax)

Identification PATIENTNom : . Nom de jeune fille :

Prnom : .. Date de naissance : ././.

Adresse : .

Le rsult at du gnot ypage sera r envoyau mdecin pr escri pteur et au mdecin anat omo- path olo giste. Version 23/11/2011

A COMPLETER PAR LE MEDECIN PRESCRIPTEURDE LEXAMEN ET A ENVOYER AU PATHOLOGISTE

Identification du Patient Date de demande du test :

NOM : Type de test :

NOM DE JEUNE F ILLE : EGFR KRAS BRAF ALK HER2 PI3KPRENOM :DATE DE NAISSANCE : Matriel Tumoral analyser

Homme Femme Type de prlvement

Biopsie Rsection chirurgicale Autre :

Identification MEDECIN PRESCRIPTEURSite de prlvement :

NOM : Bronche Poumon Autre :ADRESSE :

Date de prlvement :

Statut tabagique :Fumeur Non fumeur Ancien fumeur (stop en .....)

Tel : Nombre paquets/anne :Fax :E-mail : Stade TNM : IIIB IV Autre :...

Indications (si autre) :

CADRE, A COMPLETER PAR LE PATHOLOGISTE, ACCOMPAGNEE :

1. Du prlvement tumoral (1 fragment de tumeur fixe et incluse en paraffine ou congele/ choisir un bloc riche en cellulestumorales).2. Du compte-rendu anapath.

ET A ENVOYER AU LABORATOIRE REALISANT LES GENOTYPAGES,A lADRESSE SUIVANTE :Service dAnatomie Pathologique et Histologie Cytologiedu Pr DelisleCHU Rangueil 1 avenue Jean-Pou lhs TSA 50032 31059 TOUL OUSE Cedex 9

Responsables : D r I sabelle Rouquette, Mlanie B oussard tel Secrtariat 05 61 32 28 61 f ax 05 61 32 21 27

PAS DE FIXATION BOUIN, ni fixateur base dacide picrique. Eviter AFA.

Matriel tumoral transmis:

Identification MEDECIN PRESCRIPTEUR Nombre de blo cs: N bloc:

NOM : Tumeur primit ive Mtastase s CrbralesADRESSE : Ganglionnaires

Autres :

Histologie : Adnocarcinome Epidermode/mal pighienAutre :

Tissu congel : oui nonTel : Tumorothque ONCOMIP Rangueil PurpanFax : EmplacementE-mail :

Fixateur (indispensabl e): Formol Glyoxal RCL2 Autre

Date de rception au service dAnatomie Pathologique de Rangueil : .../.../.. Heure : Visa :..

PRESCRIPTION DE GENOTYPAGE

Numro INSC : Numro ONCOMIP :

Tumeurs pulmonaires


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BILAN EGFR 2011


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BILAN EGFR 2011

Trimestre 1 Trimestre 2 Trimestre 3 Trimestre 4

(Octobre)

Nb patients 609 168 200 173 68

Nb examens578

168 186 162 62

% mutations 5,9% 9,7% 13,6% 6,45%



44% 37,5% 35,3% 44,1%

% Noninterprtables

4,2% 1,6% 2,5% 0%

TRIM 1 TRIM 2 TRIM 3 TRIM 4


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TOTAL 102 113 154 174

FUMEUR 14 58 54 64

NON FUMEUR 14 36 37 45

ANCIEN FUMEUR 9 17 20 18NON RENSEIGNE 65 2 43 47

HOMME 53 96 83 102

FEMME 50 76 63 75

NON RENSEIGNE 3 5 10 0


TOTAL 162 157 174

FUMEUR 90 95 99

NON FUMEUR 38 32 34

ANCIEN FUMEUR 26 23 33

NON RENSEIGNE 8 7 8

HOMME 93 102 111

FEMME 68 55 58

NON RENSEIGNE 0 0 0

ANNEE 2010

ANNEE 2011


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Evolution du tabagisme et du nombre de femme/homme (en %)


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Aujourdhui

Un dossier enregistr le vendredi

Rsultats exon 19/21/20 IHC ALK le mercredi

Rsultats KRAS BRAF HER2 le vendredi Si demande PI3K transfert ICR si matriel restant


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Dlais

Dlai de rendu des rsultats (en jours)


2010 15 15 11 9

2011 8 5 5 5

Dlai dacheminement de la demande entre le prescripteur et le laboratoire de

biologie molculaire (en jours)


2010 - 11 11 6

2011 5 6 7 6

Augmentation du nombre de dossiers pour les diffrentes analyses


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Augmentation du nombre de dossiers pour les diffrentes analysesdepuis le dbut de lactivit


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Les non conformits les plus retrouves

Fiches de prescription directement envoye au laboratoire de biologie

molculaire sans prlvement Le stade TNM de la maladie nest pas indiqu ou ne correspond pas aux

indications prcises pour la prescription de lanalyse Le statut tabagique nest pas renseign La date de prlvement nest pas renseigne Le fixateur nest pas renseign Le numro du prlvement inscrit sur la fiche de prescription est absent

ou ne correspond pas au numro du bloc La conglation du prlvement nest pas indique

1 dossier de prescription sur 3 nest pas conforme

Ce qui entraine:-Un retard de traitement et donc un retard de rendu des rsultats-Une perte de temps pour lingnieur qui doit rappeler lesprescripteurs/anatomopathologiste-Un dfaut dans les statistiques rendus lINCA


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Reste amliorer

Dlai d acheminement

Dlai de rponse (protinase K, DCC)

volution continue des techniques

Renseignements cliniques

Projet IFCT de recueil des donnes


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Le futur sur la plateforme

Prescrire via le DCC ONCOMIP (Suivi, rendu desrsultats)

Amliorer la dtection des anomalies les plus utiles(plateforme aide lecture FISH, MAD pyrosquenceur)

Participer aux tudes nationales et aux STIC

Dvelopper lIHC

Dvelopper la dtection de nouveaux biomarqueurs

(amplification c-met, FGFR) Exploitation des donnes recueillies projet IFCT


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Le futur

ALK: algorithme IHC/FISH

EGFR: place des anticorps?

Marqueurs prdictifs de rponse (TS..): IHC

Etudes multicentriques de validation,STIC

Documents

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