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使用論文 10,000 突破! NEBNext ® ライブラリー 調製 キット 2 キャンペーン Contents 11 高分子ゲノムDNA 精製キット 12 ゲノム DNA 精製& トータル RNA 精製キット 04 メチルシーケンスライブラリー調製 05 NGS アダプターオリゴ インデックス プライマー06 RNA ライブラリー調製 02 DNA ライブラリー調製 09 シングルセルRNA/Small RNA ライブラリー調製 10 免疫レパトアシーケンスライブラリー調製 11 Nanopore ライブラリー調製 本誌掲載NEBNext 関連製品特別価格にてご提供! キャンペーン期間:2021 7 27 日(火)~ 8 27 日(金) キャンペーン1 大好評実施中! サンプル提供   フィードバックプレゼント 詳細はこちらをごください www.nebj.jp/RE/NEBNext10000-1

10,000• ChIP/FFPE DNA やPCR アンプリコンにも対応 • 日本語マニュアル完備 NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina 製品番号 容量 希望小売価格

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Page 1: 10,000• ChIP/FFPE DNA やPCR アンプリコンにも対応 • 日本語マニュアル完備 NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina 製品番号 容量 希望小売価格

使用論文 10,000報 突破!NEBNext®ライブラリー調製キット

第 2弾キャンペーン

Contents

11 高分子ゲノムDNA精製キット

12 ゲノム DNA精製&トータル RNA精製キット

04 メチル化シーケンス用ライブラリー調製

05 NGSアダプターオリゴ(インデックス・プライマー)

06 RNAライブラリー調製

02 DNAライブラリー調製

09 シングルセルRNA/Small RNAライブラリー調製

10 免疫レパトアシーケンス用ライブラリー調製

11 Nanopore用ライブラリー調製

本誌に掲載のNEBNext関連製品を特別価格にてご提供!キャンペーン期間:2021年 7月 27日(火)~ 8月 27日(金)

キャンペーン第 1弾も大好評実施中!• サンプル提供   • フィードバックプレゼント詳細はこちらをご覧ください www.nebj.jp/RE/NEBNext10000-1

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FFPE DNA修復酵素ミックス

• 15分のインキュベーションで DNAを修復

• エラーなしに損傷箇所を修復

• NGS以外のアプリケーションにも使用可能

マイクロバイオームDNA濃縮キット

• 1時間の簡単なプロトコール• 生細胞以外からも微生物由来 DNAを濃縮可能

• ホスト DNAの回収も可能

• NGS以外のアプリケーションにも使用可能

NEBNext FFPE DNA Repair Mix製品番号 容量 希望小売価格 特別価格M6630S 24 rxns ¥23,100 ¥18,480M6630L 96 rxns ¥81,000 ¥64,800

NEBNext Microbiome DNA Enrichment Kit製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E2612S 6 rxns ¥38,500 ¥30,240E2612L 24 rxns ¥131,300 ¥102,960

Libr

ary

Yie

ld M

olar

ity (

nM)

50 ng(11 yrs.)

Normal tissue Tumor tissue

25 ng(11 yrs.)

Liver

50 ng(1 yr.)

Spleen

50 ng(1 yr.)

50 ng(6 yrs.)

Pancreas

50 ng(4 yrs.)

Stomach

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

Lung

50 ng(2 yrs.)

25 ng(2 yrs.)

FFPE DNA RepairUntreated

修復によりNGSライブラリーの収量が最大 5.5倍に向上

様々な組織由来の FFPE DNA(25、50 ng)を FFPE DNA Repair Mixで修復してライブラリー調製、未修復と比較したところ、101~ 458%の収量向上が見られた。ライブラリー収量は Agilent® BioAnalyzer®で測定した。

FFPE DNA Repair Mixにより修復可能な DNA損傷

損傷の種類FFPE DNA Repair Mix による修復の可否

Deamination of cytosine to uracil Yes

Nicks and gaps Yes

Oxidized bases Yes

Blocked 3′ ends Yes

DNA fragmentation No

DNA-protein crosslinks No

0

20

40

60

80

30

10

50

70

90

100

Map

ped

Read

s (%

)

Oral microbes (HOMD)Human (hg19)

Saliva Replicate 1

Saliva Replicate 2

Saliva Replicate 1

Saliva Replicate 2

濃縮前 濃縮後

ヒト唾液よりマイクロバイオームDNAを濃縮

ヒト唾液 DNA中からMicrobiome DNA Enrichment Kitによりマイクロバイオームを濃縮、NGSで解析した。結果、マイクロバイオーム DNAが 5%から 95%に濃縮できた。

0

7

8

9

10

3

4

1

2

5

6

100 7 8 94 5 61 2 3Enriched Oral Microbes (%)

Inpu

t of O

ral M

icro

bes

(%)

*

0

0.05

0.10

0.15

0.20

0.20 0.05 0.10 0.15Enriched Oral Microbes (%)

Inpu

t of O

ral M

icro

bes

(%)

濃縮によるバイアス無しでマイクロバイオームDNAを解析

ヒト唾液 DNAからMicrobiome DNA Enrichment Kitでマイクロバイオーム DNAを濃縮してシーケンスした結果、非濃縮・濃縮間に高い相関性があったことから、もとの微生物 DNAの比率変えずに濃縮できていることが示された。

DNA前処理

DNAライブラリー調製(前処理)

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3

FFPE DNA修復酵素ミックス

• 15分のインキュベーションで DNAを修復

• エラーなしに損傷箇所を修復

• NGS以外のアプリケーションにも使用可能

マイクロバイオームDNA濃縮キット

• 1時間の簡単なプロトコール• 生細胞以外からも微生物由来 DNAを濃縮可能

• ホスト DNAの回収も可能

• NGS以外のアプリケーションにも使用可能

FSキット:断片化含む

• 100 pg DNAよりライブラリー調製

• ゲノム DNAなど非断片化 DNAがインプット• GC含量、サンプルの塩濃度に依存せず、 低バイアスで DNAを断片化

• 酵素による DNA断片化からライブラリー調製終了まで < 2.5時間のプロトコール

• 日本語マニュアル完備

スタンダードキット: 断片化含まない

• 500 pg DNAよりライブラリーを調製

• 断片化済 DNAおよび断片化不要 DNAがインプット(コバリスとの併用など)

• ChIP/FFPE DNAや PCRアンプリコンにも対応

• 日本語マニュアル完備

NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E7645S 24 rxns ¥97,300 ¥72,970E7645L 96 rxns ¥311,500 ¥233,620

DNA精製 ビーズ付 E7103S* 24 rxns ¥120,000 ¥90,000DNA精製 ビーズ付 E7103L* 96 rxns ¥425,000 ¥318,750

※製品にはアダプターオリゴ(別途販売、5ページ参照)は含まれていません。* DNA精製ビーズが付属しています。

NEBNext Ultra II FS DNA Library Prep Kit for Illumina®

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E7805S 24 rxns ¥118,000 ¥88,500E7805L 96 rxns ¥398,000 ¥298,500

DNA精製 ビーズ付 E6177S* 24 rxns ¥132,000 ¥99,000DNA精製 ビーズ付 E6177L* 96 rxns ¥459,000 ¥344,250

※製品にはアダプターオリゴ(別途販売、5ページ参照)は含まれていません。* DNA精製ビーズが付属しています。

① FSキット vs スタンダートキット● FSキット:インタクトなゲノム DNAなど、断片化の必要がある DNAからライブラリー調製をします。 断片化の必要がない DNA(ChIP-DNAや短い PCRアンプリコンなど)には使用できません。

● スタンダード:あらかじめ断片化されたゲノムや ChIP-DNA、断片化の必要のない PCRアンプリコンなどからライブラリー調製をします。断片化酵素は含まれていません。

② 物理的断片化(コバリスやソニケーションなど)vs酵素的断片化(FSキット)● 物理的断片化:断片化サイズの調整が容易なこと、サンプルの配列や量によらず一定のプロトコールで断片化できる点がメリットです。反面、機器や専用の消耗品が必要で、1サンプルずつ処理しなければならず、酸化ダメージによるシーケンスエラーが導入されることがあります。

● FSキット:特別な機器は不要、複数サンプルを一括同時処理可能、DNA損傷(酸化ダメージ)が少ない点がメリットです。反面、DNAサンプルに夾雑物があった場合に断片化効率が低下する場合があり、サンプルによっては断片化サイズ調整に最適化が必要となります。

1 ng

OxidativeDamage

SignatureVariation

OxidativeDamage

SignatureVariation

断片化の違いによるエラー導入 Other Variation

100 ng

A>C

A>G

A>T

C>G C>T

G>A

G>C T>

A

T>C

T>G

C>A

G>T

A>C

A>G

A>T

C>G C>T

G>A

G>C T>

A

T>C

T>G

C>A

G>T

0

100

200

300

400

500

0

100

200

300

400

Num

ber

of V

aria

nts

Det

ecte

d

酵素的断片化(NEBNext Ultra II FS)

物理的断片化(超音波破砕)

DNAライブラリー調製

Point

DNAライブラリー調製

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4

バイサルファイト法に代わる 新規メチル化シーケンス

• 酵素でマイルドに変換、DNAダメージを低減(塩基置換パターンは BSと同じ)

• 10 ng DNAから高収量でライブラリー調製

• WGBSと同じ解析プログラムが使用可能

• WGBSより高感度、均一な GCカバレッジ

メチル化シーケンス用ライブラリー調製

NEBNext Enzymatic Methyl-seq Kit (EM-seq)製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E7120S 24 rxns ¥160,000 ¥120,000E7120L 96 rxns ¥600,000 ¥450,000

※必要なものがすべて含まれています。• ライブラリー調製試薬 • 変換試薬 • アダプターオリゴ(24/96プレックス用ユニークペア) • DNA精製ビーズ • コントロール DNA

Sodium bisulfitemethod

Converted

Sequenced

EM-seqmethod

TET2/OxidationEnhancer

APOBEC

CCGTCGGACCGC

hm m

CCGTCGGACCGC

CCGTCGGACCGC

hm

UUGTCGGAUUGC

hm m

T T GTCGGAT T GC T T GTCGGAT T GC

UUGTCGGAUUGC

ca/g ca/g

ca/g ca/g

m

酵素で非メチル化シトシンをウラシルに変換

メチル化シーケンス

EM-seq法では 2段階で変換を行う。1)TET2酵素が 5mCと 5hmCを酸化して 5caCまたは 5ghmCに変換する(図中、ca/g)。

2)APOBEC酵素が非メチル化シトシンをウラシルに変換する。この時、5caCと 5ghmCは変換されず、非メチル化シトシンだけがウラシルに変換される。変換した DNAを用いて、ウラシルが増幅できる Q5U DNA Polymeraseで増幅すると、ウラシルがチミンに置き換わるため、シーケンスリードは非メチル化シトシン(ウラシル)がチミン、 メチル化シトシン(5mC、5hmC)がシトシンとして検出される。この変換パターンはバイサル ファイト法と同じであるため、EM-SeqとWGBSは同じプログラムを使用して解析できる。

EM-SeqとWGBSのメチル化検出数を比較した結果、各DNA量において EM-Seqの方が多くの CpGを検出できることが示された。さらにその差は低い coverage depthで顕著だった。上段)各 coverage depthにおける CpG検出数。

下段)各minimum coverageにおけるEM-SeqとWGBSのCpG検出数と検出種。実験条件は以下のとおり:• インプット:ヒト NA12878ゲノム DNA(10、50、

200 ng)• 前処理:Covaris® S2で 300 bpに断片化• WGBS:Zymo Research EZ DNA Methylation-Gold Kitと

NEBNext Ultra II DNA kit• シーケンス:イルミナ NovaSeq® 6000(2 x 100 bp)• 解析:bwa-meth 0.2.2で hg38にアライメント

EM-seqは低い coverage depthでWGBSよりも多くのCpGを検出

8X minimumcoverage

0.7M10.3M 0.9M

1X minimumcoverage

10 ng 50 ng 200 ng

4.1M12.5M 2.5M 4.3 M 2.8 M11 M

35.8M17.9M 44.4M9.8M 0.2M 44.6M9.5M 0.2M0.2M

Unique EM-seq

Unique WGBS

Common

0

0.5

1

1.5

2

2.5

3

3.5

0 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100

Nor

mal

ized

Cov

erag

e

GC Content (%)

EM-seq 10 ng WGBS 10 ng

EM-seq 50 ng WGBS 50 ng

EM-seq 200 ng WGBS 200 ng

A. B.EM-seq 10 ng WGBS 10 ng

EM-seq 50 ng WGBS 50 ng

EM-seq 200 ng WGBS 200 ng

0

10

20

30

40

50

60

1 6 11 16 21 26

CpG

s C

over

ed (

Mill

ions

)

Observed Coverage Depth

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キット内容

• qPCRマスターミックス• Illuminaライブラリー定量用プライマーミックス• 4種類の濃度のスタンダード DNA• ROX付属(2種類の濃度)で様々な qPCR機器に対応• 希釈バッファー

ライブラリー定量

NEBNext Library Quant Kit for Illuminaライブラリー定量キット(qPCR)

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E7630S 100 rxns ¥17,800 ¥16,020E7630L 500 rxns ¥75,500 ¥67,950

5

NGSアダプターオリゴ(DNA/RNA共通*) * EM-Seq、Small RNA Seqは除く

NEBNext Multiplex Oligos最大 384プレックス解析が可能

製品名 製品番号 容量 希望小売価格 特別価格 最大プレックス プレミックスシングル・インデックスNEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primers Set 1)

E7335S 24 rxns ¥16,800 ¥15,12012* –

E7335L 96 rxns ¥61,600 ¥55,440NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primers Set 2)

E7500S 24 rxns ¥16,800 ¥15,12012* –

E7500L 96 rxns ¥61,600 ¥55,440NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primers Set 3)

E7710S 24 rxns ¥16,800 ¥15,12012* –

E7710L 96 rxns ¥61,600 ¥55,440NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primers Set 4)

E7730S 24 rxns ¥16,800 ¥15,12012* –

E7730L 96 rxns ¥61,600 ¥55,440NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Index Primers)

E6609S 96 rxns ¥104,000 ¥93,60096 –

96穴プレートE6609L 384 rxns ¥390,000 ¥351,000デュアル・インデックスNEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Dual Index Primers Set 1) E7600S 96 rxns  ¥73,600 ¥66,240 96

(8 x 12)** –

NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Dual Index Primers Set 2) E7780S 96 rxns ¥73,600 ¥66,240 96

(8 x 12)** –

ユニーク デュアル・インデックスNEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs)

E6440S 96 rxns ¥77,500 ¥69,75096 unique pairs*** 〇

96穴プレートE6440L 384 rxns ¥278,000 ¥250,200NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 2)

E6442S 96 rxns ¥77,500 ¥69,75096 unique pairs*** 〇

96穴プレートE6442L 384 rxns ¥278,000 ¥250,200NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 3)

E6444S 96 rxns ¥77,500 ¥69,75096 unique pairs*** 〇

96穴プレートE6444L 384 rxns ¥278,000 ¥250,200NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (96 Unique Dual Index Primer Pairs Set 4)

E6446S 96 rxns ¥77,500 ¥69,75096 unique pairs*** 〇

96穴プレートE6446L 384 rxns ¥278,000 ¥250,200

NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors DNA Set 1)

E7395S 96 rxns ¥100,000 ¥90,000 96 unique pairs、 分子バーコード付き、

PCRフリー対応〇

96穴プレートE7395L 384 rxns ¥380,000 ¥342,000

NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors RNA Set 1)

E7416S 96 rxns ¥97,000 ¥87,300 96 unique pairs、 分子バーコード付き

〇 96穴プレートE7416L 384 rxns ¥370,000 ¥333,000

* それぞれ 1種類の Universal Primerと 12種類のインデックスプライマーが付属。組み合わせて最大 48プレックスが可能。** それぞれ 8種類の i5インデックス・プライマーと 12種類の i7インデックス・プライマーが付属。組み合わせて最大 384プレックス解析が可能(16 x 24)。*** それぞれ 96種類のインデックス・プライマーペアが付属。組み合わせて最大 192プレックス解析が可能(96 + 96)。

アダプターオリゴオリゴ選択方法の詳細www.nebj.jp/re/oligochart

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6

mRNA精製キット

• NGS解析用のポリ A-mRNA精製に最適

• Oligo d(T) 25磁気ビーズにより簡単に精製

NEBNext Poly(A) mRNA Magnetic Isolation Module

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E7490S 24 rxns ¥9,700 ¥7,990E7490L 96 rxns ¥34,700 ¥28,900

グロビンRNA & rRNA除去キット (ヒト/マウス/ラット用)

• グロビンmRNA、細胞質 rRNAおよびミトコンドリア rRNAを除去

• 血液サンプルの NGS解析の前処理に最適

• 5 ng~ 1 µgの広範囲のトータル RNA量に対応

• FFPE由来など劣化が進行した RNAサンプルのグロビンmRNAと rRNAも高効率で除去

NEBNext Globin & rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat)

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E7750S 6 rxns ¥50,000 ¥40,000E7750L 24 rxns ¥180,000 ¥144,000E7750X 96 rxns ¥650,000 ¥520,000

RNA精製 ビーズ付 E7755S* 6 rxns ¥51,000 ¥40,800RNA精製 ビーズ付 E7755L* 24 rxns ¥190,000 ¥152,000RNA精製 ビーズ付 E7755X* 96 rxns ¥680,000 ¥544,000

* RNA精製ビーズが付属しています。

rRNA除去キット(バクテリア用)

• バクテリアの 5S、16S、23S rRNAを高効率で除去

• グラム陰性菌および陽性菌に対応

• モノおよびメタトランスクリプトーム解析に最適

• 10 ng~ 1 µgのトータル RNAから rRNAを除去

NEBNext rRNA Depletion Kit (Bacteria)製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E7850S 6 rxns ¥41,000 ¥32,800E7850L 24 rxns ¥151,000 ¥120,800E7850X 96 rxns ¥544,000 ¥435,200

RNA精製 ビーズ付 E7860S* 6 rxns ¥42,000 ¥33,600RNA精製 ビーズ付 E7860L* 24 rxns ¥155,000 ¥124,000RNA精製 ビーズ付 E7860X* 96 rxns ¥560,000 ¥448,000

* RNA精製ビーズが付属しています。

rRNA除去キット (ヒト/マウス/ラット用)

• ヒト、マウス、ラットの細胞質 rRNAとミトコンドリア rRNAを除去 *

• プローブ再設計と酵素最適化により、 前バージョン(E6310、E6350)よりも高効率で除去

• 10 ng~ 1 µgの広範囲のトータル RNA量に対応

• FFPE由来など劣化が進行した RNAサンプルのrRNAも高効率で除去

* 細胞質 rRNA:5S、5.8S、18S、28S、human ITS、ETSミトコンドリア rRNA:12S、16S

NEBNext rRNA Depletion Kit v2 (Human/Mouse/Rat)

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E7400S 6 rxns ¥41,500 ¥33,200E7400L 24 rxns ¥151,200 ¥120,960E7400X 96 rxns ¥544,400 ¥435,520

RNA精製 ビーズ付 E7405S* 6 rxns ¥45,000 ¥36,000RNA精製 ビーズ付 E7405L* 24 rxns ¥165,000 ¥132,000RNA精製 ビーズ付 E7405X* 96 rxns ¥595,000 ¥476,000

* RNA精製ビーズが付属しています。

RNA前処理

RNAライブラリー調製 (前処理)

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7

mRNA精製キット

• NGS解析用のポリ A-mRNA精製に最適

• Oligo d(T)25磁気ビーズにより簡単に精製

カスタム RNA除去キット

• 生物種を問わず rRNAを除去

• rRNA以外の RNAも除去可能

• 除去プローブのデザインツールを公開 *

• 10 ng~ 1 µgのトータル RNAから対象 RNA除去してライブラリー調製 **

• インタクトな RNA(RIN > 7)だけではなく、 分解が進んだ RNA(RIN < 7)からも除去可能

* ウェブサイトをご参照ください(www.nebj.jp)。** プローブはキットに含まれていません。オリゴ合成会社に ご依頼ください。ライブラリー調製キットとアダプターオリゴも 別売です。

NEBNext RNA Depletion Core Reagent Set製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E7865S 6 rxns ¥37,000 ¥29,600E7865L 24 rxns ¥135,000 ¥108,000E7865X 96 rxns ¥486,000 ¥388,800

RNA精製 ビーズ付 E7870S* 6 rxns ¥38,500 ¥30,800RNA精製 ビーズ付 E7870L* 24 rxns ¥142,000 ¥113,600RNA精製 ビーズ付 E7870X* 96 rxns ¥505,000 ¥404,000

* RNA精製ビーズが付属しています。

対象RNAを特異的に除去、非対象RNAの発現レベルへの影響なく発現定量解析が可能

RNA除去プローブ設計ツールを用いて、Aedes aegypti(ネッタイシマカ、28S、18S、5.8S、5S、mt16S、および mt12S)、Thermococcus kodakarensis(アーキア、23S、16S、5SrRNA1、5SrRNA2)および Pyrococcus furiosus(アーキア、23S、16S、5SrRNA1、5SrRNA2)に対するプローブを設計、トータル RNA(1 µg、100 ng、または 10 ng)から RNA除去を行った。NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit(#E7760)でライブラリー調製、ペアエンドシーケンス(2 x 75 bp)を行った結果、いずれの種とインプット RNA量においても高効率で対象 RNAが除去されていることが示された。

RNA除去プローブ設計ツールを用いて、Aedes aegypti(ネッタイシマカ)に対するプローブを設計した。ネッタイシマカ成虫(Benzon Research)からMonarch Total RNA Miniprep Kit(NEB #T2010S)でトータル RNAを抽出し、インプット RNAとした。合成プローブを NEBNext RNA Depletion Core Reagent Setを使用して、インプット RNA(100 ngおよび 10 ng)から対象 rRNA(28S、18S、5.8S、5S、mt16S、およびmt12S)を除去、イルミナ用の NEBNext Ultra II Directional RNA Library Prep Kit(#E7760)でライブラリー調製、ペアエンドシーケンス(2 x 75 bp)を行った。結果、リードカウントと R2値が直線性であったことから、対象 RNAだけが特異的に除去されたことが示された。A)非除去/除去ライブラリーにおける転写産物のプロット。非特異的除去がなく、発現定量解析に影響がないことが示唆された。B)Replicateとインプット RNA量で相関を維持している。

100

100

10

101

1

R2 = 0.93

1,000,000

1,000,000

100,000

100,000

10,000

10,000

1,000

1,000

10 n

g U

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lete

d(R

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Cou

nts,

log

10)

10 ng Depleted (Read Counts, log 10)

A

B

100

100

10

101

1

1,000,000

100,000

100,000

10,000

10,000

1,000

1,000 100101 100,00010,0001,000

100

ng D

eple

ted

(Rea

d C

ount

s, lo

g 10

)

Depleted (Read Counts, log 10)

100 ng 10 ng

R2 = 0.98 R2 = 0.97

100

100

10

101

1

R2 = 0.93

1,000,000

1,000,000

100,000

100,000

10,000

10,000

1,000

1,000

10 n

g U

ndep

lete

d(R

ead

Cou

nts,

log

10)

10 ng Depleted (Read Counts, log 10)

A

B

100

100

10

101

1

1,000,000

100,000

100,000

10,000

10,000

1,000

1,000 100101 100,00010,0001,000

100

ng D

eple

ted

(Rea

d C

ount

s, lo

g 10

)

Depleted (Read Counts, log 10)

100 ng 10 ng

R2 = 0.98 R2 = 0.97

RNA前処理

NEBNextカスタムRNA除去キットは、様々な生物の rRNAを除去可能

0

10

20

30

40

50

60

70

80

90

100

83.0

17.0

Undepleted

0.1

99.9

100 ng

0.2

99.8

10 ngDepleted

91.0

9.0

Undepleted

0.5

99.5

1 µg

0.3

99.7

10 ngDepleted

91.0

9.0

Undepleted

1.7

98.3

1 µg

1.4

98.6

10 ngDepleted

Aedesaegypti

Thermococcuskodakarensis

Pyrococcusfuriosus

Rea

ds (

%)

Targeted RNA

RNA of interest

Targeted RNA RNA of interest

RNAライブラリー調製 (前処理)

Page 8: 10,000• ChIP/FFPE DNA やPCR アンプリコンにも対応 • 日本語マニュアル完備 NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina 製品番号 容量 希望小売価格

8

RNAライブラリー調製

RNAライブラリー調製キット

• 5 ng~ 1 µgトータル RNAより調製

• 最少限の PCR増幅により低バイアスの ライブラリーを調製

• Directional:ストランド特異的な ライブラリー調製が可能

• 日本語マニュアル完備

NEBNext Ultra II (Directional) RNA Library Prep Kit for Illumina

調製タイプ 製品番号 容量 希望小売価格 特別価格

Directional(Stranded)

E7760S 24 rxns ¥161,700 ¥121,270E7760L 96 rxns ¥524,300 ¥393,220

DNA精製 ビーズ付 E7765S* 24 rxns ¥177,900 ¥133,420DNA精製 ビーズ付 E7765L* 96 rxns ¥575,900 ¥431,920

Non-Directional

E7770S 24 rxns ¥147,700 ¥110,770

E7770L 96 rxns ¥472,500 ¥354,370DNA精製 ビーズ付 E7775S* 24 rxns ¥164,000 ¥123,000DNA精製 ビーズ付 E7775L* 96 rxns ¥525,000 ¥393,750

※製品にはアダプターオリゴ(別途販売、5ページ参照)は含まれていません。* DNA精製ビーズが付属しています。

Directional vs Non-Directional● Directional(Stranded):RNAから合成された cDNA(2本鎖)の第 1鎖だけからライブラリーが調製されるため、シーケンスリードは元の RNAの方向性を保っています。センス鎖、アンチセンス鎖のどちらから転写されたかを区別して解析する場合や、アッセンブルする場合に効果的です。最近の RNAシーケンスの主流です。

● Non-Directional:RNAから合成された cDNA(2本鎖)のそれぞれからライブラリーが調製されるため、シーケンスリードは順向き/逆向きの両方が得られます。センス鎖、アンチセンス鎖の区別はできません。

RNA前処理の選択方法(解析対象 RNAの濃縮)● 生物種、解析対象 RNA、分解度などから前処理方法を選択します。● 以下ガイドをご利用ください。分からない場合はテックサポートへ!

生物種 解析対象 RNA RNAの分解度 推奨の前処理キット

ヒト・マウス・ラット

mRNA 分解なし(RIN > 7) mRNA精製キット(#E7490)mRNA* 分解あり(RIN < 7) rRNA除去キット(HMR)(#E7400)mRNA(グロビンmRNA以外) 分解度は問わない rRNA & グロビンmRNA除去キット(#E7750)mRNA + ncRNA(small RNA以外 **) 分解度は問わない rRNA除去キット(HMR)(#E7400)

真核生物 mRNA(ポリ A型) 分解なし(RIN > 7) mRNA精製キット(#E7490)バクテリア mRNA(非ポリ A型) 分解度は問わない rRNA除去キット(#E7850)

RNAウイルス ゲノム RNA 分解度は問わない 必要なし ***

全生物 **** mRNA + ncRNA 分解度は問わない カスタム RNA除去キット(#E7865)

* mRNAの他、ncRNAも検出される。** Small RNAライブラリー調製には #E7300を推奨。*** ホスト RNAが混入している場合は rRNA除去キットなどの前処理が効果的。**** ヒト/マウス/ラット以外の哺乳類、特定のバクテリアやアーキア、植物、酵母、昆虫など、除去対象の rRNA配列が分かっている生物。

RNAライブラリー調製

Point

Point

アダプターオリゴ 5ページをご参照ください。

Page 9: 10,000• ChIP/FFPE DNA やPCR アンプリコンにも対応 • 日本語マニュアル完備 NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina 製品番号 容量 希望小売価格

NEBNext Magnetic Separation Rackライブラリー調製に便利なマグネットラック

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格S1515S 1ラック(24 tube) ¥68,000 ¥54,400

マグネットラック

9

NEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit for Illumina

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E6420S 24 rxns ¥209,800 ¥157,350 E6420L 96 rxns ¥693,800 ¥520,350

※製品にはアダプターオリゴ(別途販売、5ページ参照)は含まれていません。

シングルセル/微量 RNAライブラリー調製キット

• わずか 26分間のハンズオンタイム、 7時間以内にライブラリー調製

• ライブラリーは完全長のmRNA遺伝子情報を保持

• 転写量が少ない RNAからも効率的に ライブラリー調製

• 様々な哺乳細胞からライブラリー調製

シングルセルRNA/Small RNA ライブラリー調製

Jurkatシングルセルからライブラリー調製を行ったところ、NEBNext Single Cell/Low Input RNAキットでより多くの転写産物が検出された。特に低い TPM区分において検出される転写産物量の差が大きかった。ライブラリー調製にはNEBNext Single Cell/Low Input RNA Library Prep Kit(#E6420)または、T社 cDNA合成キットと I社ライブラリー調製キットを併用して使用した(N = 6)。シーケンスは Illumina NextSeq® 500のペアエンド(2 x 76 bp)で実施した。異なる実験間での発現量の比較に有効とされる TPM(Transcripts per Kilobase Million)を 1~ 5、5~ 10、10~ 50、> 50の 4つの区分に分けて比較した。図中のプロットは転写産物の数、緑色/オレンジ色のボックス中の境界は中央値、ボックス上部/下部は第 1/第 3四方位値を示す。リードマッピングには Salmon 0.6、発現量解析には GENCODE v25を使用した。

転写量が少ないRNAも確実に検出

1: NEBNext Kit 2: T社 cDNA合成キット/ I社ライブラリー調製キット

Num

ber

of T

rans

crip

ts

0

500

1000

1500

2000

2500

3000

3500

4000

4500

1 2

1–5 TPM

0

500

1000

1500

2000

2500

3000

1 2

5–10 TPM

0

1000

2000

3000

4000

5000

6000

7000

1 2

10–50 TPM

0

500

1000

1500

2000

2500

3000

3500

1 2

>50 TPM

Small RNAライブラリー調製

Small RNA ライブラリー調製キット

• 100 ng~ 1 µgのトータル RNAから ライブラリー調製(数 ngの精製済み Small RNA からも調製可能、ただし最適化が必要)

• 独自のプロトコールにより アダプター・ダイマーの形成を最小限に抑制し、 収量を向上

NEBNext Multiplex Small RNA Library Prep Kit for Illumina製品番号 容量 プレックス数 希望小売価格 特別価格E7300S 24 rxns

12* ¥205,800 ¥154,350

E7300L 96 rxns ¥699,700 ¥524,770 E7580S 24 rxns

12* ¥205,800 ¥154,350

E7580L 96 rxns ¥699,700 ¥524,770 E7560S 96 rxns 48 ¥699,700 ¥524,770

※ライブラリー精製用のゲルまたはビーズが別途必要です(マニュアル参照)。※ キットにはSmall RNA専用のアダプターオリゴが付属しています。5ページのオリゴは使用できません。

* 併用すると24プレックスが可能。

シングルセル RNA/微量 RNAライブラリー調製

アダプターオリゴ 5ページをご参照ください。

Page 10: 10,000• ChIP/FFPE DNA やPCR アンプリコンにも対応 • 日本語マニュアル完備 NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina 製品番号 容量 希望小売価格

10

新製品:免疫レパトアシーケンス用ライブラリー調製

BCR/TCRレパトア解析

免疫シーケンスキット

• B/T細胞受容体(BCR/TCR)の可変領域の完全長を濃縮、同時にシーケンス

• 生体内の免疫状態や疾患・感染による免疫多様性(レパトア)の変化の解析、 残存病変の検出などに利用

• 末梢血単核球(PBMC)や組織由来のトータル RNAからライブラリーを調製

• 分子バーコード(UMI)により正確な発現解析が可能

• 解析フロー(pRESTO, Galaxy)を公開

NEBNext Immune Sequencing Kit (Human or Mouse)

対象 製品番号 容量 希望小売価格 特別価格

ヒトE6320S 24 rxns ¥298,000 ¥223,500E6320L 96 rxns ¥1,020,000 ¥765,000

マウスE6330S 24 rxns ¥298,000 ¥223,500

E6330L 96 rxns ¥1,020,000 ¥765,000

Heavy chain/TCRβ chain

Light chain/TCRα chain

V D J C

CDR3

Heavy chain TCRα chainTCRβ chain

Light chain

CDR3

V J C

V DJ C

V J C

BCR TCR

BCR/TCRの多様性とライブラリー構造

A)BCRとTCRの多様性はV(variable)遺伝子、D(diversity)遺伝子、J(joining)遺伝子の組み換えにより生じる。 ゲノム上の複数の遺伝子から、各細胞が 1遺伝子ずつを選択する。これらの遺伝領域が相補性決定領域(CDR3)であり、各 BCRと TCRに特有の CDR3配列をクロノタイプと呼ぶ。B)本キットで調製したライブラリーは CDR3に加えてV領域全長と C領域全長を含む。

10 ngおよび 100 ngの T細胞トータルRNAからライブラリーを調製してシーケンスを行い、分子バーコード(UMI)の有無によるクロノタイプ頻度を比較した。10 ngのトータル RNAを用いた時にも UMIによってクロノタイプの定量が可能となることが示された(図 A、With UMIs)。

UMIによる正確なクロノタイプの定量

Clo

noty

pe F

requ

ency

Freq

uenc

y of

Rep

licat

e 2

Frequency of Replicate 1

Frequency of Replicate 1

Rank

Freq

uenc

y of

Rep

licat

e 2

Clo

noty

pe F

requ

ency

.007

.0025

.0020

.0015

.0010

.0005

0

.006

.005

.004

.003

.002

.001

0

A. 10 ng T cell RNA

B. 100 ng T cell RNA

Without UMIsWith UMIs

R2=0.62 R2=0.12

R2=0.87 R2=0.82

0.01 0.01

.005

.002

.001

.001

.0005

.0002

.0001

.0001

.00005

.00002

.005

.002

.001

.0005

.0002

.0001

.00005

.00002

.00001

0.0050.005

0.005

0.002

0.002

0.002

0.001

0.001

0.001 0.0001 0.001

0.00010.00001 0.001

0.01

0.0005

0.0005

0.0005

0.0002

0.0002

0.0001

0.00005

0.0002

Rank

CJDV

Reverse transcription& non-templated addition

Template switching

PCR1 (BCR/TCR-speci�c)

PCR2

Cleanup

Cleanup (optional qPCR)

Cleanup (with streptavidin beads)

Final library

RNA

cDNA

Biotin-labeledRT primer

BCR/TCR-speci�c primer

P5 indexprimer

P7 indexprimer

BC1

BC2

3´ 5´

3´5´3´

CJDV

CJDV

CJDV

CJDV

CJDV

CJDV

CJDVCJDV

UMI Template switchingoligo (TSO)5´

5´3´

3´5´

5´3´

3´5´

5´3´

3´5´

5´ 3´CJDV

CJDV3´5´ 3´CJDV

AAAAA

TTTTT

AAAAA

TTTTT

AAAAATTTTT

5´TTTTTA)

B)

参考文献:Turner, J.S., O' Halloran, J.A., Kalaidina, E. et al. SARS-CoV-2 mRNA vaccines induce persistent human germinal centre responses. Nature (2021).

NEW

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11

Monarch HMW DNA Extraction Kit for Cells & Bloods

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格T3050S 5 preps ¥12,600 ¥10,080 T3050L 50 preps ¥72,000 ¥57,600

細胞、血液用

Monarch HMW DNA Extraction Kit for Tissues

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格T3060S 5 preps ¥13,500 ¥10,800 T3060L 50 preps ¥81,000 ¥64,800

細胞、血液用

高分子ゲノム DNA精製キット

ロングリード用ゲノム精製キット

• ゲノム DNAを精製 ● T3050:培養細胞、血液 ● T3060:組織、酵母、バクテリア等

• メガベース(Mb)の DNAを単離可能

• 溶解中の攪拌速度を調整するだけで DNAサイズを調整

• 簡単・迅速(細胞:30分、血液:60分)

• 高純度でインタクトな DNAを高収量で精製

• RNAも高効率で除去

• RNase Aと Proteinase Kが付属

• ロングリード・シーケンスの インプット DNA調製に最適

NEBNext Companion Module for Oxford Nanopore® Technologies Ligation Sequencing

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格E7180S 24 rxns ¥133,400 ¥100,050

構成品:

ライブラリー調製モジュール

• SQK-LSK109および SQK-LSK110ワークフロー用 *

• MinION、GridON、PromethION、Flongleに対応* Oxford Nanopore Technologies社プロトコールをご参照ください。* 本モジュールはライブラリー調製に必要な試薬の一部セットです。

Nanopore用 ライブラリー調製

Nanoporeロングリードシーケンス

免疫シーケンスキット

• B/T細胞受容体(BCR/TCR)の可変領域の 完全長を濃縮、同時にシーケンス

• 生体内の免疫状態や疾患・感染による 免疫多様性(レパトア)の変化の解析、 残存病変の検出などに利用

• 末梢血単核球(PBMC)や組織由来の トータル RNAからライブラリーを調製

• 分子バーコード(UMI)により正確な 発現解析が可能

• 解析フロー(pRESTO, Galaxy)を公開

• NEBNext FFPE DNA Repair Mix (0.048 ml)• NEBNext FFPE DNA Repair Buffer (0.084 ml)• NEBNext Ultra II End Prep Enzyme Mix (0.072 ml)• NEBNext Ultra II End Prep Reaction Buffer (0.084 ml)• Quick T4 DNA Ligase (0.240 ml)

Page 12: 10,000• ChIP/FFPE DNA やPCR アンプリコンにも対応 • 日本語マニュアル完備 NEBNext Ultra II DNA Library Prep Kit for Illumina 製品番号 容量 希望小売価格

ニュー・イングランド・バイオラボ・ジャパン株式会社〒130-0022 東京都墨田区江東橋2-2-3 倉持ビル第2カスタマーサービス TEL:03-5669-6193 FAX:03-5669-6194テクニカルサポート  :0120-963-650 TEL:03-5669-6195Email:[email protected]  ウェブサイト:www.nebj.jp

202107-NEBNext-campaign2-FL-V1.1_00/00

ゲノム DNA&トータル RNA 精製キット

Monarch Genomic DNA Purification Kit幅広いサンプルから高収量でゲノム DNAを精製

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格T3010S 50 preps ¥20,500 ¥16,000T3010L 150 preps ¥53,000 ¥41,600

検証済みサンプル:

*サンプル情報www.nebj.jp/re/DNA_guide

Monarch Total RNA Miniprep Kit様々なサンプルから高品質なトータル RNAを精製

製品番号 容量 希望小売価格 特別価格T2010S 50 preps ¥32,000 ¥24,800

検証済みサンプル:

*サンプル情報www.nebj.jp/re/RNA_guide

• マウス各組織 • 血液 • 培養細胞(HeLaなど)• ラット各組織 ● ヒト、マウス、ラットなど • バクテリア(E. coli など)• シカ筋肉 ● ウシ、ウマなど • アーキア(T. kodakarensis)• 唾液 ● ニワトリ • 酵母(S. cerevisiae)• スワブ

• マウス各組織 • 培養細胞(HeLaなど) • 血液• ラット各組織 • バクテリア(E. coliなど) ● ヒト、マウス、ラット• ゼブラフィッシュ幼生 • 植物(トマトなど) ● PBMC• キイロショウジョウバエ • 唾液、口腔スワブ ● 血漿、血清• 酵母(S. cerevisiae) • 呼吸器系サンプル ● 有核

NEB®、NEBNext®は、New England Biolabs, Inc.の商標または登録商標です。 ILLUMINA®、NOVASEQ® and NEXTSEQ® are registered trademarks of Illumina, Inc. AGILENT® and BIOANALYZER® are registered trademarks of Agilent. COVARIS® is a registered trademark of Covaris, Inc. Oxford Nanopore® is a registered trademark of Oxford Nanopore Technologies Limited.

© Copyright 2021, New England Biolabs, Inc.; all rights reserved.

トータル RNA精製キット

• 細胞、組織、血液、植物、微生物など、 様々なサンプルから RNAを精製 *

• サンプル保存用RNAプロテクション試薬が付属

• NGSや RT-qPCR用 RNA調製に最適

ゲノム精製キット

• 幅広いサンプルに対応 *

• 残存 RNAが最小限(< 1%)

• 精製 DNAのピークサイズは > 50 kb

• 抽出済みの DNAのクリーンアップも可能

• 難しいサンプルでも高収量

ご質問は弊社テクニカルサポート(Tel: 0120-963-650、E-mail: [email protected])までお問い合わせください。