Unidad de Investigación en Telemedicina y e-Salud (UITES)

Aproximación a la terminología médica

Taller de Snomed CT

Jesús Cáceres TelloMadrid, 22/06/2011

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Índice

01 Las preguntas que nos debemos hacer…02 Líneas generales03 comprendiendo Snomed CT

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El contenido de Snomed ha sido desarrollado por clínicos durante más de 3 décadas

El contenido de Snomed CT posibilita la transferencia de conocimiento entre diferentes profesionales de la salud.

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La interoperabilidad I

01. Introducción

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Interoperabilidad II

01. Introducción

Demasiados modelos, sistemas, estructuras, etc…

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“La interoperabilidad semántica

posibilita la normalización de los

datos intercambiados y su

contexto para que puedan ser comprensibles e interpretados de igual manera por todos los participantes en el proceso”

00. Definición

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Es un conjunto de términos clínicos muy amplia

Facilitar el uso de datos clínicos:– Almacenamiento– Recuperación– Intercambio– Entendimiento

Creado por Clínicos Compuesto por tres grandes tablas

– Conceptos– Descripciones– Relaciones

Pero qué es SNOMED CT?

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¿Qué es Snomed CT?

Terminología clínica de referencia completa cuyo contenido y expresividad facilitan el diseño de documentación clínica y el proceso de información en el ámbito de la salud.

Permite que médicos, investigadores y pacientes compartan datos comparables.

Es esencial para la recolección, recuperación, agregación y reutilización de datos médicos así como favorecer el intercambio de información.

Compuesta por conceptos, términos y relaciones.

01.0 Introducción

SNOMED RTSnomed Reference Terminology

College of American Pathologists (CAP)Ámbito: Ciencias básicas, bioquímica y especialidades

médicas

CTV3Clicinical Terms Version 3

National Health Service (NHS)Ámbito: Atención primaria (Códigos Read)

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Ejemplos de implementación con Snomed CT

Sistema de registros médicos preparado para SNOMED CT,:– Ingreso de datos médicos– Soporte para la toma de decisiones– Vínculos con bases de conocimientos– Interfaces de mensajes de órdenes-informes médicos– Soporte para comunicar o compartir registros, etc.

Almacén de datos (warehouse). Sistema de diagnóstico departamental Sistema de soporte para la toma de decisiones Sistema para la creación de consultas Un sistema de codificación que vincula conceptos codificados

con SNOMED CT a agrupaciones o clasificaciones administrativas, DRG o CIE10.

Sistema de soporte para el diseño o implementación de mensajes

01.1 Introducción

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Componentes de Snomed CT. Visión general

1.2 Estructura de Datos

Extensiones

Tablas Principales

Mecanismo de Historial

Mecanismo de Referencias

Cruzadas

Mecanismo de Subconjuntos

Herramientas de desarrollador y

otros

Posibilitan la actualización de las publicaciones de Snomed, guardan información sobre cambios en los datos

Relacionan conceptos Snomed con otras clasificaciones o esquemas CIE-9 o CIE-10

Archivos de índices, palabras equivalentes, términos duplicados, …Tablas de formas canónicas

Son grupos menores de conceptos, descripciones o relaciones de Snomed CT

• Conceptos• Descripciones• Relaciones

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Enfoques: Integrado y basado en componentes

1.3 Aplicaciones con Snomed CT

Enfoque de integración

Independencia de desarrollos realizados por terceros

Acceso personalizado a Snomed CT adatado a las necesidades de los usuarios

Enfoque basado en componentes

Desarrollo rápido de la funcionalidad relacionada con Snomed

Identificación de forma separada los módulos reutilizables y los reemplazables

Permite la compartición de un único servidor de terminología

Reducción del mantenimiento y el coste asociado de cada instalación

Alineación garantizada de las publicaciones de Snomed CT

Coherencia entre interfaz de usuario y las diferentes aplicaciones en lo relativo a su acceso a Snomed CT

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Documentación

Guía de Usuario:• Describe el contenido, la estructura y la terminología de Snomed CT.

Visión general y ejemplos de uso• Explica el contenido y los principios utilizados para modelar la

terminología• Dirigido a personal de área médicas, directores, comerciales,

gerentes de productos de software y líderes de proyectos de adquisición, implementación y uso

Guía Técnica de Implementación: • Guía para la implementación técnica de aplicaciones habilitadas para

Snomed CT• Dirigido a desarrolladores de software, especialistas en informática

médica, compradores e integradores de sistemas

Guía de Referencia Técnica:• Describe la estructura de archivos de Snomed CT según IHTSDO• Dirigido a cualquier particular u organización que desee desarrollar o

utilizar Snomed CT

2.0 Contenido SNOMED CT

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Ficheros de datos: Basic tables

sct1_Concepts_Core_INT_20100131.txt • 390.023 Conceptos• Cada fila representa a un concepto médico• Cada concepto tiene un identificador único y una descripción

completas que especifica la naturaleza del concepto

sct1_Descriptions_es_INT_20100430.txt: • 1.053.939 Descripciones• Cada fila asocia a un término con un concepto médico, este término

puede utilizarse para representar al concepto• Cada descripción tiene su identificador único y además, el texto de un

término y el identificador del concepto que puede representar• Debe utilizarse conjuntamente con la tabla de subconjunto de idioma.

sct1_Relationships_Core_INT_20100131.txt:• 1.420.532 Relaciones• Cada fila representa una relación entre dos conceptos• El tipo de relación se identifica por la referencia a otro concepto

2.0 Contenido SNOMED CT

<Tipo de Archivo>_<Tipo de Contenido>_<Subtipo de contenido>_<País|Espacio de Nombres>_<fecha de versión>.<Extensión>

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Ficheros de datos: Language subset table

der1_Subsets_es_INT_20100430.txt• Cada fila de la tabla describe una publicación de un subconjunto• Incluye los subconjuntos de Snomed CT que se agrupan en la tabla

de miembros

der1_SubsetMembers_es_INT_20100430.txt: • Cada fila representa un miembro de un subconjunto• El miembro puede ser un concepto o una descripción. • Se pueden agrupar uno o más subconjuntos.

2.0 Contenido SNOMED CT

“Conjunto de conceptos, descripciones o relaciones apropiadas para un idioma, dialecto, país, especialidad, organización, usuario o contexto en particular” Lista de identificadores de Snomed (SCTID) miembro del subconjunto Tipos de subconjuntos:

Idiomas: ISO 639 Conceptos de un dominio (especialidad médica, organización, etc.) Descriptores de un dominio, términos duplicados, conceptos de un

contexto, …..

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Tabla de Conceptos

2.1 Tablas en SNOMED CT

conceptID: Identificador único del concepto conceptStatus: Estado del concepto:

• 0: Activo• 1: Retirado • 2: Duplicado• 3: Desactualizado• 4: Ambiguo• 5: Erróneo• 6: Limitado• 10: Trasladado a otra parte (extensión o al núcleo) • 11: Traslado pendiente

fullyspecifiedName: frase única que describe al concepto. Relacionado con Term en la tabla de descripciones

CTV3ID: Código asignado en Clinical Terms Version 3 (Códigos Read) snomedID: identificador Snomed RT isPrimitive: Indica si un concepto es primitivo (son relaciones “is a”) o completamente

definido

conceptID conceptStatus fullySpecifiedName CTV3ID snomedID isPrimitive

139784008 0 Entire tuberculum sellae (body structure) XS10s T-D1463 1

100419000 10 DUOVAC -M (product) XU07K C-D2631 1

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Tablas de Descripciones

2.1 Tablas en SNOMED CT

descriptionID: Identificador único de la descripción descriptionStatus: Estado del concepto:

• 0: Activo• 1: No Activo• 2: Duplicado• 3: Desactualizado• 4: Ambiguo• 5: Erróneo• 6: Limitado• 10: Trasladado a otra parte (extensión o al núcleo) • 11: Traslado pendiente

conceptId: Identificador único del concepto Term: Indica el texto que describe el concepto InitialCapitalStatus: (0: Falso; 1: Verdadero) descriptionType: Indica el tipo de descripción definida:

• 0: No especificado• 1: Preferido• 2: Sinónimo• 3: FullSpecifiedName

Languagecode: indica el lenguaje y/o dialecto del término (ISO 639)

descriptionID

descriptionStatus ConceptID Term InitialCapit

alStatusDescription

TypeLanguageCo

de

1361819017 0 283815003 mordedura de animal en la espalda (trastorno) 0 3 es

1297546016 0 283816002 mordedura de animal en el

tórax 0 1 es

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Tablas de Relaciones

2.1 Tablas en SNOMED CT

relationShipID: Identificador único de la relación conceptID1: Indentificador del primer concepto (rol hijo) relationShiptype: Identificador único del concepto que representa el

tipo de relación entre los conceptos relacionados characteristicType: señala si una relación especifica una

característica definitoria del concepto origen o una posible característica calificativa de ese concepto:

• 0: relación definitoria

CTV3ID: Código asignado en Clinical Terms Version 3 (Códigos Read) snomedID: identificador Snomed RT isPrimitive: Indica si un concepto es primitivo (son relaciones “is a”) o

completamente definido

relationShipID

conceptID1 relationShipType conceptID

2 characteristicType Refinability relationShipGroup

3565950025 101763002 116680003 370126003 0 0 0

3572296020 101764008 116680003 370126003 0 0 0

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Aplicación

Esquema general

2.4 Servicios de Terminología basados en Snomed CT

Edición Internacional de Snomed

CT

Instalación

Actualización

ConceptosDescripcionesRelaciones

SubconjuntosReferencias CruzadasPalabras claves…

Búsqueda de Frases

Aplicación de Subconjuntos

Obtención de conceptos

Obtención referencias cruz.

Navegación por la jerarquía

Obtención de historial

Distribución de la Extensión

Servicios de Terminología Ampliados

Crear/Editar Subconjuntos

Crear/Editar una Extensión

Instalación

Actualización

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Es un significado clínico identificado por un identificador numérico (ConceptID)

Se representan con un nombre completo único legible al ser humano (Descripción completa)

Su definición formal se basa en las relaciones con otros conceptos

Representan diferentes niveles de detalle clínico

La granularidad favorece la posibilidad de codificación de datos médicos con el nivel apropiado de detalle.

Ejemplo:• 55679008 Neumonía peribronquial (trastorno)

Conceptos

03.01 Componentes

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• Hallazgo clínico

• Procedimiento

• Entidad observable

• Estructura corporal

• Organismo

• Sustancia

• Prod. Farmacéutico/biológico

• Espécimen

• Conceptos especiales

• Objeto físico

• Fuerza física

• Evento

• Ambiente o localiz. geográfica

• Contexto social

• Situación con contex. Explícito

• Estadificaciones y escalas

• Conceptos de enlace

• Calificadores

• Elementos de registro

Jerarquías en Snomed CT

03.01 Componentes

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Descripción I

Términos o nombre asignados a un concepto de Snomed CT. Un identificador de descripción identifica una descripción Cada concepto tiene una descripción completa Ejemplo: ConceptID 22298006

• Descripción completa (Fully Specified Name): Infarto de miocardio (trastorno) DescriptionID 898593010

• Término preferido: Infarto de miocardio DescriptionID 898589016 • Sinónimo: Infarto cardíaco DescriptionID 898591012 • Sinónimo: Ataque al corazón DescriptionID 898592017 • Sinónimo: Infarto de corazón DescriptionID 37441018

03.01 Componentes

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Introducción

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Principios básicos

Grupos multidisciplinares de desarrollo (médicos, informáticos)

Los desarrollos centrados en la calidad respetando estrictamente las políticas editoriales

Usuarios y proveedores deben participar en los controles de calidad

Las barreras para la adopción y uso de la terminología deben ser mínimas.

Definición

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Creada para la representación de expresiones de Snomed CT. Utilizada para propósitos de demostración

• Legibilidad para humanos y procesable por las máquinas

Ejemplos:• 31978002 | fracture of tibia • 417662000 | past history of clinical finding| :246090004 | associated

finding| =(31978002 | fracture of tibia| : 272741003 | laterality| =7771000 | left| )

<concepto>:<relación>=<concepto>

<concepto>:{<relacion>=<concepto>,<relacion>=<concepto>}

<concepto>:<relacion>=(<concepto>:<relacion>=<concepto)

La gramática de Snomed CT

http://www.ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/Docs_01/Technical_Docs/abstract_models_and_representational_forms.pdf

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IntroducciónBrowser URL Free Registration

requiredWeb-based

Local installat

ionNotes

CliniClue http://www.cliniclue.com x x x Federation Health Browser http://www.federationhealth.com/browser x x Data is Australian national release (with

medicines terminology) and is restricted to Australian IP addresses.

HealthTerm http://www.carecom.dk/Joomla/index.php?option=com_content&task=view&id=12&Itemid=27

x x HealthTerm also contains modules for request submission, concept modelling, qualification, distribution, subset extraction, translation and mapping.

HLi LExPlorer http://www.snomed.cfh.nhs.uk/lexplorer

x Athens account required

MedTalk http://www.pyebrook.com/2010/11/medtalk%E2%84%A2-snomed-ct%C2%AE-browser/

x Available for download in Android Market and runs on Android 2.2 Platform

Minnow http://www.ict.csiro.au/downloads.php?swid=17&title=Snapper+-++Minnow+Edition

x x x Java based, available for multiple platforms

Mycroft http://apelon.com/Products/Mycroft/tabid/99/Default.aspx

x x x

NCI Terminology Browser http://nciterms.nci.nih.gov/ x x OpenKnoME 5.4d and ClaW Workbench

http://www.opengalen.org/sources/software.html

x x

Protégé http://protege.stanford.edu x x x Java-based, extensible, plug and play environment

SNOB http://snob.eggbird.eu x x Multi-lingual interface, users can edit and add descriptions

SnoFlake http://snomed.dataline.co.uk

x x x Users must work in a healthcare organization that has a SNOMED CT license.

Virginia Tech Browser http://terminology.vetmed.vt.edu/SCT/menu.cfm

x x Browses current SNOMED CT release (typically updates data within a few days of the release)

Visual Read http://www.visualread.com x

05.01 Snomed CT Browsers

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Snomobile

05.01 Snomed CT en dispositivos móviles

Características Creado para el iPhone Búsqueda de conceptos Histórico de búsquedas

Unidad de Investigación en Telemedicina y e-SaludAvda. Monforte de Lemos, 528029 - Madrid. España

www.isciii.es

Gracias por su atención

Jesús Cáceres Tellojesus.caceres@isciii.es