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2013Rapport d’activité

Laboratoire de Niort

Situé en région Poitou-Charentes, au cœur d’un important bassin d’élevage bovin, ovin et caprin, le laboratoire de Niort dispose de 700 m2 de laboratoire, ainsi que d’une station d’expérimenta-tion animale. Il bénéficie d’un soutien financier du Conseil régional de Poitou-Charentes pour la réalisation de ses principales recherches qui portent sur plusieurs maladies infectieuses et parasitaires des ruminants (herpesviroses, pestiviroses, paratuberculose, cryptosporidiose) ainsi que sur la résistance aux anthelminthiques des strongles intestinaux des caprins. Tous ces travaux sont menés en étroite collaboration avec les acteurs des filières, notamment au sein du Réseau d’excellence caprine (Rexcap). Le laboratoire de Niort est laboratoire national de référence (LNR) pour la rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) et pour la leucose bovine enzootique, laboratoire expert en charge de la référence pour la diarrhée virale bovine (BVD) et laboratoire auprès de l’organisation mondiale de la santé animale (OIE) pour les rétroviroses des petits ruminants et la paratuberculose des ruminants. Il est accrédité par le Cofrac selon la norme 17025 (immunosérologie).

LES TRAVAUX RÉALISÉS

Sur le plan scientifique, le laboratoire a poursuivi durant l’année 2013 ses études sur les rétrovirus des petits ruminants ainsi que sur la cryptosporidiose et la paratuberculose des bovins et des caprins. Le transfert de l’activité de référence IBR de Sophia- Antipolis vers Niort, a nécessité le transport des collections de référence constituées de plusieurs milliers d’échantillons de sérums et de laits positifs et négatifs en IBR. Grâce à l’expé-rience acquise par l’Anses de Niort à travers ses missions de LNR Visna Maedi/CAEV et leucose bovine enzootique et grâce à l’aide apportée par les collègues de l’Anses Sophia-Antipolis (LNR IBR depuis 2005), la continuité des activités de référence IBR a pu être assurée auprès des producteurs de réactifs et des labora-toires de diagnostic de terrain. Fortement engagé sur le plan de l’assurance qualité, le laboratoire a organisé en 2013 quatre EILA, un pour l’IBR et trois pour la leucose bovine enzootique. Ces EILA ont concerné 185 laboratoires et ont été organisés selon la norme 17043, le laboratoire visant l’obtention d’une accréditation COFRAC pour l’organisation des essais interlaboratoires en 2014. Ils ont été également l’occasion de parfaire des outils informa-tiques d’enquêtes en ligne, développés par Niort afin de faciliter la gestion des inscriptions et des enquêtes de satisfaction.

LES GRANDES ÉVOLUTIONS2013 a été une année marquée par des modifications importantes du périmètre d’activités du site de l’Anses à Niort, cette évolution étant en lien direct avec la réorganisation de la gouvernance en santé animale. En effet, l’État concentrant désormais ses efforts sur les maladies animales à très fort impact économique et/ou à caractère zoonotique, la gestion des autres maladies est confiée aux professionnels des filières. Dans ce contexte, le laboratoire de Niort est désormais en charge de maladies des caprins, bovins et ovins. Les activités de recherche et de référence sur les herpèsvi-roses et les pestiviroses des ruminants, jusqu’à présent conduites à l’Anses de Sophia-Antipolis, ont été transférées à Niort dans le courant de l’année 2013. Le laboratoire a été nommé en mai LNR IBR par le ministère de l’agriculture et en juillet laboratoire expert BVD par l’Association de certification en santé animale (ACERSA). Le regroupement de la référence des trois principales maladies des ruminants faisant l’objet de prophylaxie collective volontaire en France (IBR, BVD et Paratuberculose) a été réalisé dans un but d’optimisation opérationnelle et s’est accompagné de la signature d’une convention de partenariat entre l’Anses et les organismes professionnels (GDS France) en novembre 2013. Parallèlement, le désengagement de l’État dans la prophylaxie des rétroviroses des petits ruminants s’est traduit en juillet 2013 par la fermeture du LNR Visna Maedi/CAEV. Le laboratoire assure toutefois la réalisation des tests de confirmation et la fourniture de matériaux de référence, en attendant que les profession-nels des filières ovine et caprine se prononcent sur l’avenir de la prophylaxie vis à vis de ces deux affections.

RAPPORT D’ACTIVITÉ 2013

LABORATOIRE DE NIORT

CHIFFRES CLÉS

4 EILA

185PARTICIPANTS

1THÈSE D’UNIVERSITÉ SOUTENUE

19 000 ANALYSES

6 PUBLICATIONS EN REVUE INTERNATIONALE À COMITÉ DE LECTURE

6 PUBLICATIONS EN REVUES PROFESSIONNELLES

2 COMMUNICATIONS EN CONGRÈS INTERNATIONAL

200 STAGIAIRES ACCUEILLISEN FORMATIONS CONTINUE OU INITIALE

6 COMMUNICATIONS EN CONGRÈS NATIONAUX

LES GRANDS CHANTIERS MENÉS À TERMEEn 2013, les travaux de recherche en cours sur le CAEV et le Visna Maedi ont été finalisés : les tests sérologiques de confirmation ont été optimisés en collaboration avec le National Veterinary Research Institute de Pulawy en Pologne, une analyse de routine sur mélange de sérums a été validée, et la diversité génétique des souches virales circulant au Brésil a fait l’objet d’une étude dans le cadre d’une thèse de doctorat en cotutelle avec l’Université de Minas Gerais. D’autre part, trois enquêtes épidémiologiques d’envergure ont été menées dans les élevages caprins de la région Poitou-Charentes. Elles ont porté sur les infections à CAEV, à virus Schmallenberg et à alphaherpèsvirus. En parasitologie, les travaux sur la cryptosporidiose menés depuis trois ans dans le cadre d’une thèse de doctorat d’université ont permis de produire les premières données d’épidémiologie moléculaire concernant cette maladie en France et de démontrer que les chèvres adultes ne constituent pas la source majoritaire de contamination des jeunes. En paratuberculose, trois plasmides (ADN recombinants) ont été construits afin de permettre une quantification de l’ADN présent dans les prélèvements. Une méthode de dénombrement bactérien a également été développée et un sérum positif bovin destiné à l’élaboration d’un sérum de référence a été produit.

LES GRANDS CHANTIERS ENGAGÉSDans le domaine de la virologie, les travaux de recherche sur la thématique des alphaherpèsvirus ont été initiés avec la produc-tion de matériaux de référence recueillis sur des caprins infectés expérimentalement par des herpès caprin et bovin (collabora-tion avec le lycée agricole de Melle et le laboratoire de l’Anses de Sophia-Antipolis). Ce travail a été complété par le développement et la validation d’outils diagnostiques permettant de différencier l’herpèsvirus caprin de son homologue bovin (IBR). Les opérations de constitution d’une échantillothèque de référence pour l’IBR et la BVD ont également été engagées. Le matériel biologique collecté (sérum, lait individuel et de tank, biopsie auriculaire) servira notamment à l’évaluation des performances des réactifs utilisés en France. En parasitologie, les travaux de recherche ont démarré avec pour objectif la mise au point d’une méthode de quantification des oocystes dans l’environnement immédiat des jeunes afin de disposer d’un marqueur fiable de prévalence de la cryptosporidiose en élevage. D’autre part, les premiers travaux exploratoires de la résistance aux anti-parasitaires chez les petits ruminants ont commencé. En paratuberculose, deux études sont engagées : l’une concerne l’évaluation de l’efficacité d’une vacci-nation des caprins pratiquée à l’âge de trois à cinq mois et l’autre porte sur la faisabilité d’analyses de mélange ou sur prélèvements environnementaux pour la détermination du statut sanitaire des cheptels.

Mai Nomination comme laboratoire national de référence pour la rhinotrachéite infectieuse bovine.

Juillet Désignation par l’Association pour la certification en santé animale (Acersa) comme laboratoire expert en charge de la référence analytique BVD. Fermeture officielle du laboratoire national de référence pour l’arthrite encéphalite caprine (CAEV) et pour le Visna Maedi.

Novembre Signature d’une convention de partenariat entre l’Anses et les organisations professionnelles d’éleveurs (GDS France).

Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travailLaboratoire de Niort60, rue de Pied de Fond – CS 2844079024 Niort Cedexwww.anses.fr ©

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L’émergence du virus Schmallenberg (SBV) en France a nécessité la mise en place à l’échelle nationale d’une surveillance événemen-tielle chez les ruminants. Le bilan de cette surveillance a révélé une très faible incidence du SBV congénital chez les caprins, comparée aux autres ruminants (ovins et bovins), suscitant un bon nombre d’hypothèses. Afin de fournir des éléments de réponse, l’Anses Niort a réalisé une enquête de séroprévalence dans les élevages caprins de Poitou-Charentes durant la deuxième vague de l’épidé-mie. Sur la base de 1 500 animaux issus de 50 élevages, les préva-lences inter- et intra-cheptel ont été estimées respectivement à 62 % et 13 %. En outre, cette enquête a révélé que la gestion des troupeaux (intensif ou pâturant) avait un impact sur le niveau de prévalence et qu’une fraction importante des caprins en France demeurait sensible à l’infection à SBV.

Dans le cadre d’un stage de master 2, trois plasmides ont été mis au point, un plasmide avec la séquence IS900, un plasmide avec la séquence F57 et un plasmide double (IS900 et F57). Les plasmides ont été testés avec les kits de PCR du marché. La répétabilité de ce matériel sur les trois kits est bonne. Une gamme de dilution du plasmide double a permis de déterminer que la sensibilité analy-tique de ce matériel est comprise entre 1 et 10 copies. Le plasmide double ainsi mis au point pourrait être utilisé comme standard pour la quantification de Map par PCR en temps réel.

En collaboration avec le bureau régional de l’interprofession laitière caprine (Brilac) dans le cadre de l’Observatoire des mala-dies caprines (Omacap), une étude a été réalisée afin d’évaluer la faisabilité de la mise en place d’un suivi de la mortalité caprine. Ce travail, mené dans une soixantaine d’élevages de la région Poitou-Charentes, a permis d’évaluer les variations de mortalité à travers l’analyse des bilans des collectes d’équarissage et des données enregistrées au niveau des élevages. Les résultats obtenus sont très comparables et indiquent, pour l’échantillon considéré, un taux annuel de mortalité moyen de 10 % avec des fluctuations saisonnières en relation avec les périodes de mise bas. Les travaux vont être poursuivis en 2014, afin d’évaluer la fiabilité des données d’équarissage.

La cryptosporidiose, due à un protozoaire du genre Cryptospo-ridium, est à l’origine de diarrhées néonatales chez les jeunes ruminants et revêt également une importance en santé publique. L’excrétion de Cryptosporidium par les ruminants (caprins ou bovins, jeunes ou adultes, animaux malades ou porteurs sains) a pu être caractérisée sur les plans quantitatif et qualitatif (Thèse de doctorat d’A. Rieux). Ce travail a confirmé la forte prévalence et les forts niveaux d’excrétion en oocystes de Cryptosporidium chez les jeunes. L’espèce C. parvum a été identifiée aussi bien chez les veaux que chez les chevreaux. À l’inverse, des espèces présentant une spécificité d’hôte ont été caractérisées : C. xiaoi et C. ubiquitum chez les caprins et C. bovis et C. ryanae chez les bovins. Deux espèces zoonotiques ont été identifiées, C. ubiqui-tum et C. parvum. Cette observation confirme le rôle potentiel de réservoir des jeunes ruminants dans la transmission d’isolats de C. parvum à l’homme.

Rieux A., Chartier C., Pors I., Praud C. Dynamics of excretion and molecular charac-terizarion isolates in preweaned french beef calves. Veterinary Parasitology, 3013, 195, 169 - 172

Rachid A., B. Croisé, P. Russo, M. Vignoni, D. Lacerenza, S. Rosati, J. Kuzmak, S. Valas. 2013. Diverse host-virus interactions following caprine arthritis-encephalitis 1 virus infection in sheep and goats. Journal of General Virology 94: 634-642. doi :10.1099/vir.0.044768-0

Valas S., C. Baudry, N. Ehrhardt, A. LeVen, M. Thirion, C. Aubert, J. Vialard. 2013. Serosur-vey of Schmallenberg virus infection in the highest goat-specialized region of France. Transboundary and Emerging Diseases. 2014 Jan 27. doi:10.1111/tbed.12205.

Corbier F., Chauvineau-Perrin C., Lacroux C., Lugan S., Costes P., Thomas M., Bremaud I., Chartier C., Barillet F., Schelcher F., Andreoletti O. 2013. The limits of test-based scrapie eradication programs in goats. PlosOne Vol 8. doi:10.1371/journal.pone.0054911

ENQUÊTE SUR L’INFECTION PAR LE VIRUS SCHMALLENBERG CHEZ LES CAPRINS EN RÉGION POITOU-CHARENTES

MISE AU POINT DE PLASMIDES POUR LA QUANTIFICATION DE MYCOBACTERIUM AVIUM SUBSP. PARATUBERCULOSIS (MAP) PAR PCR EN TEMPS RÉEL

ÉPIDÉMIOSURVEILLANCE DE LA MORTALITÉ CAPRINE EN POITOU-CHARENTES

ÉPIDÉMIOLOGIE DE LA CRYPTOSPORIDIOSE DES RUMINANTS

Principales publications