BIOLOGY GENOME 1

 

  GENOME ISSU

E 5 • FALL 2016 

BIOLOGY GENOME 2

 

Welcome to the 2016‐17 academic year ‐‐ I hope 

you  had  a  relaxing  and  memorable  summer, 

and  that your Fall  term  is off  to a great start! 

The Biology department had a busy summer, 

with some important changes and new peo‐

ple to welcome. As you may already know, 

Jason  Podrabsky,  our  chair  of  several 

years, has taken up the posi on of Asso‐

ciate Vice President of Research for PSU. 

Way  to  go  Jason,  and  don’t  forget  to write!  I will  serve  as  interim 

chair  in  Jason’s  absence  (which he  claims will  last  for 1  year).  I’m 

happy  to do  so, and  look  forward  to working with all of our  stu‐

dents, faculty, staff and alumni for the coming year. 

The department welcomes a new faculty member to the fold  ‐‐ 

Dr.  Anne  Thompson  is  a  research  assistant  professor  whose 

research  program  focuses  on  marine  microbes,  specifically 

photosynthe c  cyanobacteria  from  the  ge‐

nus Prochlorococcus. I also want to men on Dr. Annie Lind‐

gren’s  recent  change of  tle  to  research assistant profes‐

sor. Many  of  you  already  know  Annie  from  her marine 

biology  courses,  and  her  research  and  management 

work  in  the  Center  for  Life  in  Extreme  Environments. 

Annie will con nue  in these roles, while also develop‐

ing new informal STEM public outreach ini a ves for 

the  department.  We  have  also  recently  begun  a 

search for a new biology tenure‐track faculty mem‐

ber, who will be part of a College of  Liberal Arts 

and  Sciences  ‘cluster  hire’  (see  h ps://

www.pdx.edu/clas/faculty‐job‐openings  for  de‐

tails). We are seeking a biologist who will focus 

on cellular extremes,  to complement our ex‐

is ng research exper se in the area of life in 

extreme  environments.  This  new  hire  will 

also  increase our  teaching capacity  in  the 

area  of  cell  and molecular  biology.  Last 

but not  least, we welcome our 10 new 

graduate  students,  evenly  divided  be‐

tween  the  PhD  and Masters  track.  I 

am  looking  forward  to  the  year 

ahead, and wish everyone a  s mu‐

la ng and produc ve fall term! 

From the Chair

BIOLOGY GENOME 3

 

D r.  Natalie  Wil‐son started her academic  ca‐

reer  at  Portland  State University  a er  re r‐ing  as  a  professional dancer  for  the Oregon Ballet  Theater.    For  as long  as  she  could  re‐member  she  wanted to be a doctor so a er re ring  from  dance she  enrolled  full  me in the PSU Biology pro‐gram.  Dr. Wilson grad‐uated  summa  cum laude with a Bachelors of  Science  degree  in Biology. Her  outstand‐ing  achievements while  a ending  PSU included  recogni on on  the  CLAS  Dean’s and President’s  lists as well  as  being  named  as  the  Outstanding Chemistry Student of the year. 

When  asked  what  Dr.  Wilson  found  most rewarding  about Portland  State  she explained  that  the PSU  Biology  pro‐gram  gave  her  a strong  founda on  in science while providing her prac cal real world learning experiences. Dr.  Wilson  par cipated  in  several  Portland State  organized  volunteer  opportuni es  in‐

cluding  a  student‐coordinated  trip  to provide medical  care for rural communi es in Honduras.     During her  senior  year  at PSU,  she worked as a research  assistant  in Dr. Jason Podrabsky’s lab  studying  hypoxia tolerance  in  killifish embryos  that  was published  this  sum‐mer  in  the  Journal of 

Integra ve and Compara ve Biology. 

When asked “why medicine?” Dr. Wilson said there were so many reasons.  Her mother is a 

prac cing  pediatri‐cian  and  from  an early  age  Dr.  Wil‐son  witnessed  the reward  gained 

from working with and helping pa ents.   Dr. Wilson  explained  she has  always had  an  in‐nate curiosity about peo‐ple, 

the  human  body,  and  how  it  works; “medicine chose me, and  I couldn’t  imagine any other pursuit.”   With  the a strong  foun‐da on  in  science  from  her  undergraduate educa on  from Portland  State,  and  the  col‐labora ve  connec ons  between  the  PSU undergraduate  programs  and OHSU’s medi‐cal  programs,  Dr.  Wilson  applied  and  was accepted  into  medical  school  at  Oregon Health  and  Sciences  University  where  she was awarded her M.D. in 2015.   Dr. Wilson is currently in the second year of her three year residency at University of Vermont Children’s Hospital.   She hasn’t decided which  subspe‐cialty fellowship to pursue but  is most  inter‐ested  in Pediatric Cri cal Care, Pediatric En‐docrinology,  or  Pediatric  Nephrology.    She states,  “while  the  educa on  and  training  in medicine  is a  long  journey,  I  feel very  fortu‐nate that I’m able to do what I love.” 

PSU Biology Graduate finishes Medical school at OHSU - In Residency

FROM DANCE TO DOCTOR

ALUMNI NIGHT 2016

“medicine chose me, and I couldn’t imagine any other pursuit.”

What: Biology  Alumni  Lecture,  Poster  Session  and Celebra on.  Keynote speaker: Dr. Paul Paquet 

When: Friday, October 21, 2016 ‐ Seminar from 4:30‐6:00 p.m., Poster Session and Celebra on from 6:00‐8:30 p.m. 

Where: Seminar ‐ Science Building 1 (SB1), room 107, 1025  SW Mill  St.,  Poster  Session  and  Celebra on  ‐ Science,  Research  and  Teaching  Center  (SRTC),  2nd floor lobby, 1719 SW 10th Ave. 

Cost: Free and open to the public 

Contact: Ken Stedman, kstedman@pdx.edu,  

503‐725‐3253 

Raincoast  Senior  Scien st,  Paul  C. 

Paquet,  is  best  known  for  his  ecological 

and  behavioral  research  on  large  carni‐

vores,  especially  regarding  wolves  and 

bears. He  is  an  interna onally  recognized 

authority  on  mammalian  carnivores;  in‐

cluding  their  ecology, behaviour, manage‐

ment, and welfare. He  is  currently an Ad‐

junct Professor at the University of Victoria 

and  holds  academic  appointments  at  nu‐

merous  Canadian  and  U.S.  universi es. 

Paul  conducts  ecological  and  behavioral 

research on  large mammalian predators  in 

North  America  and  Europe  including 

wolves, grizzly bears, black bears, cougars, 

lynx, and killer whales. His research focuses on the  interface between ecologi‐

cal theory and conserva on. He has spent more than 40 years covering subjects 

ranging  from  the worldwide  decline  of  large  carnivores  to  the  philosophical 

rela onship  of  animal  welfare  and  conserva on,  publishing  more  than  200 

scholarly ar cles and several books addressing issues of ecology, conserva on, 

and environmental ethics. 

BIOLOGY GENOME 4

 

 

T he few years around the turn of the century were, on  the whole, pre y good.    I spent millennium New Year in  Bhutan,  and managed  to  under‐

take  a  small  collec on  of mammals  there.  Not  too  many  specimens:  fourteen.    But those  represented  nine  different  species, and five new records for the country.  And it was  just  an  effort  undertaken  during  a Christmas family holiday.  I was, at the  me, in a temporary posi on at the University of Wisconsin,  then  returned  to  a  longer  term post‐doctoral  posi on  at  the  University  of New Mexico  that  I  had  previously  le ,  be‐fore eventually taking a posi on at the Cen‐ters  of  Disease  Control  and  Preven on.  However,  while  in  New  Mexico,  I  did  re‐spond  to  an  interes ng  job  adver sement: Portland State University was adver sing for a Field Biologist posi on. 

Field Biologist.  No… make that FIELD BIOLO‐GIST?!  Are you kidding!?  By then, I had had years of experience  in  the field,  star ng as an undergraduate, then running off to Mexi‐co’s Yucatán Peninsula for two months dur‐ing  the  summer  between  my  senior  year and the start of my master’s degree.  Anoth‐er s nt  in Mexico and Bolivia the first sum‐mer of my master’s, another  three months in Bolivia between my master’s and start of doctoral  degree, more  trips  to Mexico  and South America during my doctoral program.  Then,  an  actual  real  job—albeit  short term—at the Cincinna  Museum of Natural 

History,  where  I had  the good  fortune  to be  the  leader of a crew undertaking a vertebrate survey of the Philippines.    Three  the  people  on  that  trip now have museum posi ons: at the Univer‐sity  of  Kansas,  at  the  Denver  Museum  of Natural History,  and  at  Portland  State Uni‐versity.   And  then more  trips:  to  Indonesia, to Africa, to Europe, to Central America… 

Field  Biolo‐gist…  yum.    I applied  alt‐hough  I  had already  tak‐en a posi on at  the  CDC: this  was  too good  to  pass up.  But I had one  more field  trip  al‐ready planned,  in the  Central Highlands  of Sulawesi, homeland  of the  Toraja people,  to  try  to find  and  catch some  rare endemic  rodents  in order  to fig‐ure out what the rela onships and biogeog‐raphy  of  the  basal  radia on  of  Old World rodents may have looked like.  It was while I was  there  that, during a brief  resupply  trip to town, I found a cryp c email in my inbox, from Stan Hillman, then chair of the depart‐ment.    Something  along  the  lines of,  “Hey, are  you  s ll  interested  in  the  field  biology 

posi on?  We’d like to talk about it with you…” 

Field Biologist.  You bet I was s ll interested.  And so  in August of 2001, I rolled  into Port‐land from Atlanta and began a posi on as a Field Biologist at Portland State, along with Michael Murphy, who  also  had  been  hired for  that posi on, both of us  trying  to fill  in the posi on vacated by Richard Forbes’  re‐rement,  and  working  along  with  the  in‐

comparable Debbie Duffield. 

Half  of  the posi on  was Curator  of Mammals  of PSU’s  Muse‐um of Verte‐brate  Biolo‐gy.    When  I arrived,  the mammal collec on stood  at around  2500 specimens.  Largely  as  a 

result of the research of my students, and to some  extent  my  own,  that  collec on  has now  grown  to  over  5000  specimens  (not coun ng  the  large  collec on  of  marine mammals accumulated by Dr. Duffield dur‐ing the same period).  For example, Dr. Lau‐rie Dizney, now a faculty member at Univer‐sity  of  Portland,  carried  out  three  years’ worth of field research locally that led to the recogni on of a strong posi ve link between  

BIOLOGY GENOME 5

 

 

biodiversity,  ecosystem  health,  and  human health.   Much of  that work was  specimens based.    Similarly,  Dr.  Zac  Harlow,  who  re‐cently  received a Ph.D.  from UCLA, worked out  the  strange  gene cs  of  deer  mice  in Southern Oregon.  More recently, Ph.D. stu‐dent James Dunn spent a year  in the Bolivi‐an  highlands  examining  pa erns  of  specia‐on and distribu on among the small mam‐

mal  fauna  there,  and  new  Ph.D.  student Malorri  Hughes plans  to  also  exam‐ine  highland  faunas in  the  Páramos (high  eleva on  al‐pine  grasslands)  of Costa Rica. 

The  underlying themes,  or  frame‐work,  of  all  the  re‐search  described above  is  taxonomy, evolu on,  and  bio‐geography.    We don’t  try  to  find new  species:  that’s easy!    Anyone  can do  that.    What  we do  is  look for  incon‐gruous  pa erns  of distribu on  and a empt  to  explain them.   Many  mes, those  incongruous  pa erns  are  due  to  in‐correct  iden fica ons,  and when we  care‐fully  look  at  the  per nent  specimens,  we find that years of research have been based on  superficial  examina on  of  these  speci‐

mens,  leading  to  those  incorrect  taxonomic iden fica ons.  We can and do rec fy those errors.  Other  mes,  the  incongruous pa erns are based on geographic peculiari‐es: was  that animal  caught  somewhere  in 

the  periphery  of  it’s  known  range,  hence perhaps  suspicious?   Was  the  animal  per‐haps  an  unusually  high  or  low  representa‐

ve  of  the  natural eleva onal  range for  the  species?  Was it in one isolat‐ed  valley  system, instead of  a  system of  interconnected valleys?    All  these situa ons can cause breaks in gene flow, thereby  gene cally isola ng  individuals from  their  nearby rela ves,  and  even‐tually leading to the forma on  of  new species.    And  then we move on  to  the puzzles:  how  did this happen?   What are  the  poten al causes  for  this break?    Is  it climate change?    Is  it  river 

forma ons?    Is  it earthquakes causing  land‐slides or other orogenic phenomena?    Is  it the same or a different species?  

My own research  into  incongruous pa erns 

of  distribu on  currently  is  centered  on South American co ontails.   The tradi onal wisdom there is that there is a single species distributed  from  the  US  –  Mexico  border south to Argen na, and from the Atlan c to the  Pacific,  ranging  in  eleva on  from  0  to 5000 meters.    That’s  quite  a  spread!   We calculated  that  such  a  distribu on  would encompass  some  1.09  107  Km2,  an  abso‐lutely enormous geographic range, and eco‐logically  as  unrealis c  as  unjus fiable (deserts to tropical rainforests, coastal man‐grove  swamps  to  high  eleva on  alpine grasslands…  really?).    Using  morphological and molecular  data,  that  geographic  range was restricted to about 600 Km2 by figuring out  the  taxonomic  boundaries  of  some  of the actual species that we found cons tuted the South American co ontail.  Where there was  one,  we  divided  it  into  four,  and  are describing  new  species  of  co ontails  from Brazil, Suriname, and Costa Rica. 

BIOLOGY GENOME 6

 

L ike many  scien sts  before me,  I  first had  that  Aha!  moment  in  the  class‐room.  It was  there  that  I  truly began 

to appreciate the scien fic method and made the  connec on between  the  known  and  the unknown.  Since  that  me,  I  have  become fascinated with con nuing  in  the path of sci‐en fic discovery and teach‐ing.  

As a first genera on  scien‐st, I recall the emo ons of 

my  early  research  explora‐on.  I  was,  like  so  many 

others,  sincerely  impres‐sionable  by  my  mentors and  their guidance  to  con‐nect me with  the  scien fic world.  My  professors  re‐sponded  posi vely  to  my eagerness  to  learn  and provided me with research experience.  I truly value  the  mentor‐  student  rela onship  and the  impact  it  has  on  the  pursuit  of  a  young scien st.  

My fascina on for embryology began the mo‐ment I first observed heart contrac ons in an embryo  at  my  biology  laboratory  bench.  I changed majors to Zoology and began reach‐ing  for  anything  I  could  to  learn  about  the subject  as  well  as  the  career  paths  I  could follow.  I remember the feelings of doubt and fear when  I realized my studies could con n‐ue well beyond an undergraduate degree. My family brought me reassurance and convinced me  to  follow  my  interests.  I  accepted  that scien fic  research  was  where  my  passion would  lie  and  began  my  Master’s  degree where I returned to what first appealed to me in  science,  the  physiological development of the heart. Always planning ahead,  I  soon ex‐plored  op ons  of  a  doctorate  program  that would  con nue  my  explora on  of  develop‐mental  physiology. My  doctorate  so  far  has been  undoubtedly  influen al  and  has  posi‐vely shaped my goals  for scien fic  research 

and outreach. 

My family and I are both proud of the work I am doing and the happiness it brings me. As I write the next chapter of my life, I plan to use 

the exper se I gain in biology and return that scien fic  knowledge  to  the  community  and inspire budding scien sts like I once was. 

My  current  research  explores  the  epigene c regula on  of  alterna ve  developmental  tra‐jectories  in  embryos  of  an  annual  killifish, 

Austrofundulus limnaeus.  An‐nual  killifish  embryos  are  ca‐pable  of  entering  a  pro‐grammed  state  metabolic dormancy  termed  diapause.  Diapause  is  an  adap ve  phe‐notype  that  allows  embryos to  survive  the  unpredictable dry and rainy seasons  in their temporary  pond  habitat  of Venezuela.  During  the  dry season,  their ponds desiccate and  popula ons  persist  as diapausing  embryos  encased 

in  the  pond  sediment. When water  returns, development can con nue. Most  interes ng‐ly, entry into diapause is one of two trajecto‐ries  during  the  embryonic  development  of annual  killifish. While  a  large  propor on  of embryos  enter  diapause  as  their  normal mode  of  develop‐ment,  others  are capable  of “escaping”  and instead  develop con nuously  un l the  pre‐hatching  stage.  Inhabi ng  an  unpre‐dictable environment, survival of the individu‐al as well as the popula on in a given pond is dependent on which phenotype an  individual expresses.  Recent  studies  suggest  possible maternal  provisioning  during  oogenesis  or another  form of epigene c programming are cri cal  for  regula on  of developmental phe‐notype.  

The expression of maternally packaged gene products such as messenger RNAs  (mRNAs)  ‐ rather than embryonic genes from the newly fused genome  ‐  is known  in many vertebrate species  to  direct  the  cellular  func on  in  an early embryo.  The regula on of gene expres‐sion  is  an  especially  important  mechanism and depends largely on mRNA stability. More 

recently,  the  importance of  small  noncoding  RNAs  (microRNAs)  has been  implicated  in  the  regula on  of mRNAs during  embryonic  development.  Using  high‐throughput RNA‐sequencing,  I have  generat‐ed  gene  expression  profiles  of  mRNAs  and microRNAs during embryonic development in A. limnaeus. My research so far demonstrates that maternally packaged mRNAs  coordinate the  cellular  events  that  determine  develop‐mental  trajectory  in embryos of A. limnaeus. In addi on, we have  found the expression of specific  environmentally‐responsive  mi‐croRNAs  during  development  can  override maternal provisioning.  

This  hypothesis  is  novel  and  if  supported would be the first example of epigene c regu‐la on of alterna ve phenotype in this species. This  comprehensive  dataset  requires  experi‐mental  support  to  exhibit  the  effect  these genes have on phenotype  in vivo.  I am pres‐ently  execu ng  these  experiments  now  and plan to complete them by the end of this aca‐demic year.  I aim to spend my final year pre‐paring my disserta on and publishing manu‐scripts.  I will  strive  to document my findings so  to  best  demonstrate  my  hard  efforts throughout my project  and  enhance  the  im‐pact of my research.  

As I approach the comple on of my doctorate degree,  I  am  constantly  surveying what  op‐portuni es lay ahead of me. I aim to con nue 

my  path  in  academia where  I  can  teach and  conduct  re‐search.  In addi on  to that,  I  hope  to  com‐

pliment my  scien fic  efforts with  a  commit‐ment to outreach and communica on. I have already gained a great deal of experience dur‐ing my  me at Portland State. I have taught a variety  of  labs  ranging  from  first  year  intro‐ductory biology  courses  as well  as  third  and fourth  year  upper  division  classes.  I  have wri en lectures and designed curriculum with every class I have been a part of. Research in the field of molecular biology  can be  trialing in and of itself; even more difficult can be the ability to convey  ideas and teach students.  It is  this  par cularly  difficult  task  that  I  truly enjoy and take pride in performing. Ul mate‐ly, I want to share that Aha! moment with the rest of my community and inspire curiosity in those around me. 

“Ul mately, I want to share that Aha! moment with the rest of my community and inspire curiosity in those around me.”

AMIE LYNN T. ROMNEY, PhD CANDIDATE PODRABSKY LAB

BIOLOGY GENOME 7

 

Bartos Smith, S.  , J. E. Mckay, M. T. Murphy, and D. A. Duffield.  In press.   Spa al pa erns of  extra‐pair  paternity  for  spo ed  towhees (Pipilo maculatus)  in  urban  parks.  Journal  of Avian Biology  

Bryant,  J.,  Wielebnowski,  N.,  Gierhahn  D., Bellem, A., Daniels, J., and T. Nieman.  (2016). “Using Non‐invasive  Fecal Hormone Monitor‐ing to Detect Reproduc ve Pa erns, Seasonal‐ity,  and  Pregnancy  in  Red  River  Hogs (Potamochoerus porcus).”  Journal of Zoo and Aquarium Research, JZAR 4(1): 1‐8.   

Casanova‐Katny, M. A. Torres‐Mellado, G. A., Eppley,  S.  M.  2016.  Reproduc ve  output  of mosses under experimental warming on Fildes Peninsula,  King George  Island, mari me Ant‐arc ca.  Revista Chilena de Historia Natural (online 13 September 2016)   

Cruzan, M.B., B.G. Weinstein, M.R. Grasty, B.F. Kohrn,  E.C. Hendrickson, T.M. Arredondo, P.G. Thompson.  2016.  Small  unmanned  aerial  vehi‐cles  (micro‐UAVs,  drones)  in  plant  ecology. Ap‐plica ons in Plant Sciences (in press).   

DeCaluwe,  H.B.,  Wielebnowski,  N.,  Howard, J.G., Pelican, K. M., and M.A. O nger (In Press). “Characteriza on  of  Mul ple  Path‐ways Modula ng Aggression  in  the Male Cloud‐ed Leopard (Neofelis nebulosa).”  Zoo Biology.  

F. Sargunaraj , B. P. Kotler, J. R. St. Juliana, N. Wielebnowski, I. S. Khokhlova , K. E. Wynne‐Edwards  ,  L.  Koren.  (In Press). “Stress as an adapta on:  Does  experimental  cor sol  sup‐plementa on affect preda on risk assessment in  foraging gerbils?” Evolu onary Ecology Re‐search EER.   

Gerhart  JG,  Moses  AS,  Raghavan  R.  2016.  A Francisella‐like  endosymbiont  in  the Gulf  Coast ck  evolved  from  a  mammalian  pathogen.  Sci 

Rep.   

G.S.  Diemer  and  K.M.  Stedman. Modeling Mi‐crovirus Capsid Protein Evolu on U lizing Meta‐genomic  Sequence Data.  (2016)  Journal  of Mo‐lecular Evolu on, 83(1), 38‐49 published online, 6 July, 2016. DOI 10.1007/s00239‐016‐9751‐y 

 

Greco, Brian  J., et al. "Elephant Management in  North  American  Zoos:  Environmental  En‐richment,  Feeding,  Exercise,  and  Training." PLoS One 11.7 (2016): e0152490. Print.   

Hand, S. C., Denlinger, D. L., Podrabsky, J. E., &  Roy,  R.  "Mechanisms  of  animal  diapause: recent developments from nematodes, crusta‐ceans,  insects, and fish." American  Journal of Physiology‐Regulatory,  Integra ve  and  Com‐para ve  Physiology310.11  (2016):  R1193‐R1211.   

Hayes,  Marc  P.,  Kyle  S.  Tidwell,  David.  J. Shepherdson,  and  Paul  R.  Yarnold. "Ontogene c  change  in  flight  ini a on  dis‐tance  for  a  crypsis‐dependant  aqua c frog." Behavioral Ecology. (in review).   

Holdgate, Ma hew R., et al. "Walking Behav‐ior  of  Zoo  Elephants:  Associa ons  between Gps‐Measured  Daily  Walking  Distances  and Environmental  Factors,  Social  Factors,  and Welfare  Indicators."  PLoS  One  11.7  (2016): e0150331. Print.   

Holdgate,  Ma hew  R.,  et  al.  "Recumbence Behavior  in  Zoo  Elephants:  Determina on  of Pa erns  and  Frequency  of  Recumbent  Rest and Associated Environmental and Social Fac‐tors." PLoS One 11.7 (2016): e0153301. Print.   

Jessica Hebert, Terry Morgan. Male Fetal Sex and  Genotype  Affect Metrial  Triangle  Angio‐genic  and  An angiogenic  Factor  Expression (2016). Placenta 45:92.   

J  Faber‐Hammond,  KH  Brown,  “Anchored pseudo‐de novo assembly of human genomes iden fies  extensive  sequence  varia on  from unmapped sequence reads“,  Human gene cs 135 (7), 727‐740  

Kreth J, Giacaman RA, Raghavan R, Merri  J. 2016. The Road Less Traveled – Defining mo‐lecular  commensalism  with  Streptococcus sanguinis. Mol  Oral Microbiol.  doi:  10.1111/omi.12170.  

 

 

Lindgren, Annie R., Bradley A. Buck‐ley,  Sarah  M.  Eppley,  Anna‐Louise  Reysen‐bach,  Kenneth  M.  Stedman,  and  Josiah  T. Wagner.  "Life on the Edge‐‐the Biology of Or‐ganisms Inhabi ng Extreme Environments: An Introduc on  to  the  Symposium."  Integra ve and Compara ve Biology (2016): 1‐7. Web.   

Mayu Morita,  Jessica Hebert, Terry Morgan. Developmental  Programming  of  Sex  Differ‐ences  in  Nephrogenesis  Involves  Proximal Tubule  Oxida ve  Stress  in  Murine  Fetal Growth  Restric on  Model  (2016).  Placenta 45:103.   

Podrabsky,  Jason  E.,  and  Natalie  E. Wilson. "Hypoxia and Anoxia Tolerance  in  the Annual Killifish Austrofundulus  limnaeus."  Integra ve and Compara ve Biology (2016): icw092.   

Roeder, D. V., M.  S. Husak,  and M.  T. Mur‐phy  In press. “Frequency of extra‐pair paterni‐ty in Scissor‐tailed Flycatchers (Tyrannus forfi‐catus)  and other  suboscines:  are oscines  and suboscines different?” Wilson Journal of Orni‐thology  

Ross,  Joseph  A.,  Howe,  Dana  K.,  Coleman‐Hulbert,  Anna,  Denver,  Dee  R.,  Estes,  Su‐zanne.  “Paternal mitochondrial  transmission in  intra‐species  Caenorhabdi s briggsae hy‐brids”, Molecular Biology and Evolu on.  

Wagner,  Josiah  Tad,  Florisela  Herrejon Chavez,  and  Jason  E.  Podrabsky. "Mitochondrial  DNA  sequence  and  lack  of response to anoxia  in the annual killifish Aus‐trofundulus  limnaeus."  Fron ers  in  Physiolo‐gy 7 (2016): 379.   

Warrier  I,  Walter  MC,  Frangoulidis  D, Raghavan R, Hicks LD, Minnick MF. 2016. The intervening  sequence  of  Coxiella  burne i: characteriza on  and  evolu on.  Front  Cell  In‐fect  Microbiol.  doi:  10.3389/fcimb.2016.00083.  

BIOLOGY GENOME 8

 

 

Keith  Garlid  has  moved  to  Los Angeles  to  take up a posi on as Consultant  to  the NIH  HeartBD2K  Center  of  Excellence,  directed  by Prof  Peipei  Ping.    BD2K  stands  for  Big  Data  to Knowledge.   He will  also work with  Prof  Ping  and her PhD student, Anders Garlid  (M.A., PSU) on the research he  started at Portland State:   The  signal‐osome mechanism of signaling in the heart.   

Lindsay Holden, PhD candidate in Dr. Kim Brown's lab,  returned  from  a  10‐week  s nt  as  a  Science, Mathema cs,  and  Research  for  Transforma on intern with the Health Effects Research Program  in the US Army Public Health Center's  Toxicology Di‐rectorate  at  Aberdeen  Proving  Ground,  MD.  She was  awarded  a  Student  Travel  Award  from  the American College of Toxicology  (ACT) and will pre‐sent her work on cyp1a varia on within zebrafish at the ACT  conference  in Bal more, MD  this Novem‐ber. Lindsay also had an abstract accepted  for  the American Society of Human Gene cs where she will present her work on novel genomic content  in do‐mes c dog breeds in Vancouver, BC this October.   

Biology Professor Ken Stedman and Ph.D. graduate Jim  Laidler were awarded $225,000  from  the NIH to  transfer  technology  from  the  Stedman  lab  to StoneStable, Inc., a spin‐off company.  They will use the funds to show that silica‐coa ng stabilizes influ‐enza vaccine.    

Members of the Cruzan Lab a ended the Evolu on 2016 mee ng  in  Aus n,  TX  in mid  June,  and  pre‐sented their work: M.S student Brendan Kohrn gave a poster en tled "CallHap: A Pipeline for Popula on‐Level Chloroplast DNA Analysis", Dr. Mitch  Cruzan gave a  talk en tled:  "Plas d landscape genomics ‐ using whole‐genome chloroplast sequencing to es mate seed dispersal".   

PSU Biology had  great  representa on  at  the  2016 Botanical Society of America Conference this year in Savannah  Georgia.    Graduate  students  from  the Ballhorn  Lab,  Cruzan  Lab,  and  Eppley  Lab  all a ended!    Master’s  student  Monica  Grasty  talk (which create a  lot of twi er buzz) was  tled: "The effect of landscape features on fine‐scale seed dis‐persal in upland prairie plants”. PhD  student  ...        

…  Bre   Younginger  gave  a  talk  tled  “Temporal turnover of endophy c fungi in the temperate fern host Polys chum munitum.”M.S.  Student  Tina Schroyer  presented a poster  tled "How do inva‐sive plants move? The case of Brachypodium sylva ‐cum", and PhD  student Ma hew Chmielewski gave a talk  tled “Bryophytes on the Wing: First Evidence of Widespread Bryophyte Spore Vectoring on Bird Surfaces”

Dr. Luis Ruedas  lead a field expedi on course into the the jungles of Borneo to introduce students to a broader  understanding  on  issues  of  conserva on and  climate  change.  The  students  in  this  course spent two weeks studying at the Danau Girang Field Centre on the Island of Borneo in Malaysia.   

The Duffield lab was recipient of the Presco  Award for "Response to marine mammal strandings by the Northern  Oregon/Southern  Washington  Stranding Program  (NOSWSP)". The Marine Mammal  strand‐ing  network  responds  to marine mammal  strand‐ings from Tillamook, OR North through Long Beach, Washington. This program is part of a Na onal net‐work  inves ga ng  the  causes  of  death  of Marine Mammals along out coastlines.   

Catherine  Dayger,  PhD  Student  in  the  Lu er‐schmidt  Lab, has been selected as the Oregon Sea Grant  Natural  Resource  Policy  Fellow!  During  the next  academic  year,  Cat  will  be  working  directly with  the  Natural  Resource  Policy  Advisor  at  the Office of Governor Kate Brown. Cat will begin her fellowship in September.   

Ma hew  Holdgate,  a  PhD  graduate  from  the Duffield  lab  did  a major  part  of  his  graduate  re‐search on the study of elephant welfare at the Ore‐gon  Zoo.  The Oregon  Zoo  has  published  his work along with many other researchers working on the study in PLoS One.  

Dr.  Mike  Murphy  was  science  adviser  and  field coordinator for a segment of an episode of Nature that aired on PBS  last night! The series  focused on life  in  the  sky  and was  produced  by  PBS  and  the BBC.  (The  whole  episode  is  great!  but  King  Birds start at  me 19:45)h p://www.pbs.org/video/2365791097/  

PSU Biology grad students Catherine Dayger  (PhD, Lu erschmidt  Lab),  Jessica Hebert  (PhD, Morgan Lab),  and  Jess  Millar  (MS,  Raghavan  Lab)  were awarded  scholarships  to  a end  the  Pacific North‐west Women‐in‐Science Retreat at Camp McGruder in Rockaway Beach.   

Dr.  Masta  was  interviewed  for  a  story  on  KATU about  a  na ve  scorpion  sigh ng  in  the  gorge  this weekend!  h p://katu.com/news/local/watch‐where‐you‐step‐scorpions‐found‐in‐the‐gorge  

The summer class of Herpetology had an excellent trip to Nevada and Southern Oregon last week. The course instructor was Herp vetran Dr. Ed DeGrauw and had TA support from PhD student Kyle Tidwell. The class finished their lab prac cal and final exams and  packed  to  leave  the  next  day  to  apply  their newly  learned  knowledge  and  techniques  in  the field. A combina on of day  me hikes and evening road  running  trips  yielded  great  returns  for  the students wherein they  iden fied among the desert plants, mammals,  and  birds;  seven  lizard  species, four  species  of  snakes,  and  the  local  toad.  Focus was  given  to  the  herpetofauna,  but  students  also discussed  the  natural  history  and  geology  of  the region, successfully digging  for  fossils and  the Ore‐gon state rock, the thunderegg.  

Amie  Romney,  PhD  candidate  in  the  Podrabsky Lab  presented  her  poster  at  Sigma  Xi  NW/SW  + AAAS Pacific Division Annual Mee ng at the Univer‐sity  of  San  Diego  tled:  Epigene c  regula on  of alterna ve developmental trajectories in an annual killifish.  She  was  awarded  first  place  in  Cell  and Molecular Biology, plus the President's Award.    

Adrienne Godschalx PhD candidate in the Ballhorn Lab was featured in Provost Andrew’s recent blog.  Check  out  her  3  minute  thesis  talk!  h ps://www.youtube.com/watch?v=gsJby9RfDFQ  

Dr. Ken Stedman was featured  in the August issue of  the  Portland  Business  Journal  tled  “PSU spinnoff  looks  to  stop  flu  vaccine  spoilage”.  The ar cle discusses his  spinoff  company  to develop  a flu vaccine that is stable at room temperature!   

 

BIOLOGY GENOME 9

 

 

LESTER NEWMAN BIOLOGY DEPARTMENT SEMINAR SERIES

 

PSU/OHSU KNIGHT CARDIOVASCULAR SEMINAR SERIES

SEP

29 TBA Presented by Dr. Anne Royer Willame e University 

OCT

06 “Finding The Parasites Before They Find Us.  Implementa on of the DAMA protocol.” Presented by Dr. Sco  Gardner University of Nebraska ‐ Lincoln 

OCT

13 “Evolu onary developmental biology: How the turtle forms its shell (an intro to evolu onary biology, using the turtle shell as an example)” Presented by Dr. Sco  Gilbert Swathmore College 

OCT

20 “How do we access animal welfare?” Presented by Dr. Jill Mellen,  Disney Animal Kingdom‐Re red 

OCT

27 “Explaining disparity: Diversifica on, Evolu‐onary mode and ecological limits” 

Presented by Dr. Miriam Zelditch,  University of Michigan 

NOV

03 “Bacterial genome degenera on in the early stages of symbiosis” Presented by Dr. Colin Dale The University of Utah 

NOV

10 “Harbor Porpoise Repopula on of Puget Sound” Presented by Dr. Sarah Courbis Smultea Sciences 

NOV

17 TBA Presented by Dr. Daniel Voth,  University of Arkansas for Medical Sciences 

DEC

01 “High throughput biology with droplet based  microfluidics” Presented by Dr. Adam Abate,  University of California ‐ San Francisco 

Join the PSU Biology Department for the 20th year of the Lester Newman Biology Department Seminar Series. PSU Biology faculty have invited expert scien sts from around the  country  to  guest  lecture  on  their  latest works.  This series is free and open to the public 

12:00-1:00PM | SRTC 247

SEP

30 Blood, cells, and cardiovascular disease 

Presented by Hagai Tavori & Joe Aslan 

OCT

07 Hypertension 

Presented by Elizabeth Le & Jim McCormick 

OCT

14 Structure and func on of the heart & aorta 

Presented by Jaishankar Raman & North Noelck 

OCT

21 Congenital heart disease 

Presented by Lauri Armsby & Luke Burchill 

OCT

28 Cardiac development 

Natasha Cha ergoon & Chris Ronai 

NOV

04 Preven on of cardiovascular disease 

Presented by Sergio Fazio & Michael Shapiro 

NOV

11 Cardiac electrophysiology 

Presented by Eric Stecker & Larisa Tereshchenko 

NOV

18 Vascular biology 

Presented Brian Davidson & Jonathan Nelson 

DEC

02 Acute myocardial infarc on 

Presented by Sanjiv Kaul 

2:15-3:15PM | CLSB 1A001

PSU and OHSU are proud to introduce a new seminar se‐ries focusing on introductory talks about the basic physio‐logical principles of cardiovascular medicine and cu ng edge research at OHSU.  This series is free and open to the public and may be taken for credit (BI 407, CRN 16356) 

BIOLOGY GENOME 10

 

HOUSE

What's all the Buzz about?

22 October 2016, 1‐4 pm Science Research and Teaching Center 1719 SW 10th Ave Portland, OR 97201 

 

You are  invited  to  the Museum of Natural History Open House! Last  fall’s Department of Biology Museum of Natural History Open House was a huge success, and par cipants clamored for more events. Therefore, we are mak‐ing this a regular periodic event. Come explore new interac ve exhibits de‐veloped by PSU students, featuring a diversity of organisms from our scien‐fic collec ons, plus glimpses into the research of our faculty. Open to eve‐

ryone, this free, family‐friendly special event is educa onal fun for all ages! The Department of Biology’s Museum of Natural History Open House Event will be held on the 2nd floor of SRTC in the lobby and in rooms 219 and 257. 

MUSEUM OF NATURAL HISTORY

BIOLOGY GENOME 11

 

D r.  Lindgren  came  to 

Portland five  years  ago 

as  the manager  for  the 

Center  for  Life  in  Ex‐

treme  Environments.    When  not 

overseeing  the  day‐to‐day  ac vi‐

es  of  the  Center,  Dr.  Lindgren 

trains  and  and  mentors  students, 

coordinates  outreach  ac vi es 

related  to extremophiles,  teaches  Introduc‐

on to Marine Biology and Deep Sea Biology 

and  conducts  independent  research.    Her 

research focuses on systema cs and taxono‐

my  of  the molluscan  class 

Cephalopoda  (squids, octo‐

puses  and  cu lefish).    She 

did not mean to be a ceph‐

alopod  taxonomist  when 

she  started her undergrad‐

uate degree; she was more 

interested  in  Virology  and 

Immunology.    However,  a 

mely Invertebrate Zoology 

course  and  the  promise  of 

fieldwork  in the Mediterra‐

nean  lured  her  into  the 

world  of  molluscs.    As  a  master’s  student 

(New Mexico  State)  she  published  the  first 

combined  morphology/mul ‐gene  phyloge‐

ny of cephalopods, which only fueled a pas‐

sion  and  determina on  to  further  under‐

stand  these  enigma c  creatures.    Subse‐

quent graduate (Ohio State) and postdoctor‐

al (UC Santa Barbara) projects  included new 

species  descrip ons,  collec on  trips  at  sea 

to preserve enigma c specimens, and using 

phylogene cs  in con‐

cert with morpholog‐

ical and environmen‐

tal  data  to  under‐

stand  how  squids  living  in  the  open  ocean 

are  related and  iden fy poten al drivers of 

evolu on.   

Dr. Lindgren’s current research con nues to 

build  upon  her  previous  work  at  several 

different levels.  With the help of undergrad‐

uate researchers, Dr. Lindgren uses molecu‐

lar and morphological approaches to iden fy 

new species of squid, traces 

biogeographic  pa erns  of 

distribu on  and  works  to 

iden fy barriers to dispersal 

in the open ocean. Dr. Lind‐

gren  also  uses  phylotran‐

scriptomics  and  bioinfor‐

ma c  tools  to  con nue  to 

improve  our  understanding 

of how the major groups of 

cephalopods  are  related.  

Recently,  she  has  become 

more  involved  in  under‐

standing  how  cephalopods  will  respond  to 

climate  change,  par cularly  in  areas where 

oxygen  minimum  zones  are  expanding.  

Cephalopods are one of the rare groups with 

members  that  can  live  in  oxygen‐limited/

absent  waters  for  a  prolonged  period  of 

me; understanding the mechanisms behind 

this process may shed light on how or if oth‐

er large predators will adjust.  

Dr.  Lindgren  also works  to  increasing  infor‐

mal  STEM  opportuni es  for  the  public 

through bringing  visitors  into CLEE  and  col‐

labora ng with the PSU Museum of Natural 

History and OMSI.  As an OMSI Communica‐

on  Fellow,  she  regularly  par cipates  in 

“Meet a Scien st” events and works  to en‐

gage school aged children in STEM ac vi es.  

In 2015, she helped  to create a new course 

for  graduate  and  undergraduate  students, 

Museum Cura on and Outreach, which cul‐

minated  in  a  group  of  new  student‐led  ex‐

hibits  that  were  debuted  at  the  first  ever 

Museum Open House (don’t miss the second 

one on October 22nd, 2017!!).   

In  her  expanded  role  as 

Assistant  Research  Facul‐

ty, Dr. Lindgren  is excited 

to  con nue  to  grow  her 

research program and the 

visibility  of  CLEE, mentor 

students and build collab‐

ora ons  with  faculty  to 

create new outreach ini ‐

a ves  related  to  informal 

STEM educa on.  

 

Five Fun Facts about Cephalopods 

Different species of cephalopod have been found in marine habitats from the Arc c, to hydrothermal vents, to the Antarc c and everywhere in between, even in waters with very low oxygen. 

Cephalopods have 3 hearts, two to pump blood to the gills (where it becomes oxy‐genated) and one large central heart to pump the oxygenated blood from the gills to the body.  

‘Octopuses’ is the plural form of octopus.  

Cephalopods have blue blood because they use the copper‐containing protein hemocyanin to bind oxygen. Hemocyanin is much more efficient at transpor ng oxygen in cold water than our hemoglo‐bin, but only if the water is not too acidic. 

Achieving a large size has happened sev‐eral  mes in evolu onary history for cephalopods.  The giant squid Archi‐teuthis dux and the colossal squid Mesonychoteuthis hamiltonii are not closely related.  In fact, in both cases, their respec ve closest rela ves are un‐der a foot in total length. There are also several species of very large octopus, including the Giant Pacific Octopus Enter‐octopus dofleini) which can o en be seen by divers in waters off of Oregon, Wash‐ington and in the Puget Sound. 

 

MEET DR. ANNIE LINDGREN

BIOLOGY GENOME 12

  

L auren  Muñoz‐Tremblay,  a  first‐genera on university  student  and  former  foster youth, will graduate  from PSU with degrees 

in Biology and Psychology and pursue a career  in medical  prac ce  and  research.  Lauren  became involved with  LSAMP  shortly  a er  her  arrival  at PSU and has benefited from consistent support in the  form  of  academic  and  career  mentorship, leadership  opportuni es,  research  placements and  s pend  support.  Lauren’s  leadership  posi‐ons within LSAMP have included serving as coor‐

dinator for our STEM Public Outreach Community (SPOC),  a  group  devoted  to  improving  our  com‐munity  through  STEM  educa on  and  outreach. LSAMP  connected  Lauren  with  three  different research  posi ons  in  laboratories  at  Portland 

State University  and OHSU,  experiences  that  al‐lowed her to build important technical skills while deepening  her  understanding  of  biological  re‐search prac ce. Specifically,  she  inves gated  the metabolic  processes  underpinning  the  resilience of invasive species, worked with children affected by ADHD and au sm spectrum disorders in a neu‐roimaging  lab devoted  to  improving clinical diag‐noses, and studied the effects of nuclear genome muta ons  on  metabolism  as  a  PSU  Ronald  E. McNair  Scholar.  Her  career  ambi ons  have  also been nurtured during an  interac ve observership with a Legacy Emanuel Hospital internal medicine specialist and infec ous disease physician. Lauren contributes to crea ng a cycle of success for oth‐er  underrepresented  students  in many ways  in‐

cluding serving as a NIH BUILD EXITO peer mentor  to  non‐tradi onal  students  inter‐ested  in  scien fic  and  medical  research careers.  

Photo: Hillman (le ), Crawshaw (right) taken in 1995, prior to extensive aging. 

The Biology Department would like to thank Emeritus Pro‐

fessors Stan  Hillman and Larry  Crawshaw for their generous support of the department through the 

crea on  and  funding  ($8000.00!!!)  of  the  Hillman‐

Crawshaw Award in Vertebrate Physiology.    The           

purpose of this award is to recognize the highest level of  academic  achievement  by  an  undergraduate  Biology 

major or Biology graduate student. The student’s field of 

interest  should  be  in  the  area  of Vertebrate  Physiology.  

The  criteria  for  this  award  is  outstanding  academic 

performance  in biology courses whose major focus  is the 

physiology  of  vertebrates  (for  undergraduates)  or  being 

first  author  on  a  publica on  resul ng  from  original  re‐

search  in the area of vertebrate physiology  (for graduate 

students).  The  selec on  of  the  recipients  of  this award  with  begin  with  nomina ons  from  instructors 

teaching  courses  in  Vertebrate  Physiology  or  graduate 

advisors direc ng  research  in Vertebrate  Physiology.  Se‐

lec on made by a commi ee composed of the Vertebrate 

Physiology Faculty.  The award will be given in the form 

of a $1000.00 cash dona on presented at   either the an‐

nual Biology Alumni Night event or at the Spring Gradua‐

on Ceremony.  The selected awardee will be expected to 

be present at the ceremony.  

BIOLOGY GENOME 13

 

Background  ‐  The Louis Stokes Alliance for 

Minority  Par cipa on  (LSAMP)  is  dedicated  to enhancing  the  undergraduate  experience  for underrepresented students in Science, Technolo‐gy,  Engineering,  and Mathema cs  (STEM).  The program was named a er Louis Stokes, the first African  American  elected  to  the  U.S.  Congress.  With  par al  funding  through  the  Na onal  Sci‐ence Founda on, 97 LSAMP alliances across  the U.S. facilitate efforts by universi es and colleges to  significantly  increase  the  number  of  un‐derrepresented  students  gradua ng  in  STEM  to diversity the workforce. 

Comprehensive, Innova ve, Evidence‐based,  Sustained  Strategies  ‐   LSAMP 

has  created  a  unique  community  that  values excellence, persistence, and diversity.  It empow‐ers  LSAMP  scholars  to  u lize  cri cal  resources, such as one‐on‐one tutoring and study groups, to improve learning in rigorous coursework.  It mo‐vates  and  encourages  LSAMP  scholars  and  in‐

volves them  in  leadership  ini a ves, community outreach,  and  professional  networking.    It  pre‐pares and places select students  in on– and off‐campus  research  opportuni es  and  internships where they can experience the variety and reali‐ty of STEM careers. Since  its  incep on at PSU  in 2009,  the  LSAMP  Program  has placed over  100  LSAMP  scholars  in research  labs at PSU, OHSU, Pacific Northwest  Na onal  Labs,  Harvard, and MIT, and  in  internships such as Skanska Portland, Genentech, USGS, Bonneville  Power  Administra on, Port  of  Portland,  Intel  and  Hewle   Packard. These  comprehensive,  innova ve,  evidence‐based, and sustained strategies have resulted  in the gradua on of well‐prepared, highly qualified underrepresented  students  who  are  pursuing graduate educa on or STEM careers. 

Collabora ve  Rela onships  ‐  LSAMP led 

to  the  crea on  of  the  Scholars  for  Success  in STEM  (S3)  Bridge  program,  now  housed within the Maseeh College of Engineering; LSAMP Pro‐gram success has been  leveraged  for  two major ins tu onal  awards:  a Howard Hughes Medical Ins tute  grant  and  a  $24 million Na onal  Ins ‐tutes of Health training grant – BUILD EXITO – to support  diverse  undergraduates  pursing  biobe‐havioral  and  biomedical  research  fields.  PSU LSAMP has also strengthened  its connec ons  to neighboring Oregon Health and Sciences Univer‐sity,  individual  PSU  STEM  departments,  PSU’s Offices of Advising and Career Services and Glob‐al  Diversity  and  Inclusion,  and with  local  STEM partners.  LSAMP’s  programming  and  ac vi es also provided a conceptual model for PSU’s new STEM Ins tute.   

Partnership with Portland Community College  ‐  LSAMP maintains a formal partner‐

ship with  Portland  Community  College  (PCC)  to recruit and  retain underrepresented students  in 

STEM  prior  to  their  transfer  to  PSU.    Through visits  to  each  of  PCC’s  4  main  campuses,  the LSAMP  Community  College  Liaison  maintains contact  with  a  district‐wide  cohort  of  24  stu‐dents.   LSAMP PCC STEM  students benefit  from tutoring,  networking,  advocacy,  and  transfer support.   They a end quarterly workshops, net‐working  events,  and  STEM  conferences;  they par cipate in social events with their PSU LSAMP peers  and many  successful  LSAMP  alumni,  and can  become  involved with  leadership  ini a ves and community outreach.   LSAMP STEM Ambas‐sadors,  successful  transfers  to  PSU,  work  with the PCC  cohort, act as mentors, and assist with program  planning.    Up  to  seven  LSAMP  PCC STEM students are selected annually  for a Sum‐mer  Undergrad‐uate  Research Experience (SURE); the most recent  SURE Scholars  were placed  in  Bio‐chemistry,  Phys‐ics,  Physical Chemistry,  or Biology labs. 

 

 

 

 

 

Support for Diverse Students in STEM  Numerous  na onal  reports  chronicle  the  im‐portance of a diverse U.S. STEM workforce to our na onal health and economy.  However, despite measureable  gains,  the  number  of  underrepre‐sented minority  (URM) graduates earning STEM degrees  remains  low.  Cri cal  factors  impac ng URM success  in STEM challenge even successful programs such as LSAMP. The President’s Coun‐cil  of  Advisors  on  Science  and  Technology (PCAST)  notes  that  “retaining more  students  in STEM  majors  is  the  lowest‐cost,  fastest  policy op on  to providing  the STEM professionals  that the na on needs for economic and societal well‐being”.  

URM STEM students face both financial and oth‐er barriers to higher educa on; without advoca‐cy,  many  are  not  able  to  succeed.  Earning  a STEM  degree  is  demanding  and  challenging;  it requires  me, persistence, and dedica on. How‐ever, due  to  increasing  costs  for  tui on, books, fees, and  transporta on, most URM  (and other) 

STEM majors must work,  and many  have  addi‐onal  family  responsibili es.    The  rigorous  de‐

mands  of  coursework  combined  with  employ‐ment  pose  formidable  challenges.  Further,  stu‐dents  are  o en  unable  to  afford  local  housing; instead,  they  live  at  home,  enduring  long  com‐mutes  that  limit  their  ability  to  access  campus resources.    Without  support,  many  talented URM students find these challenges insurmount‐able.  

PSU Biology  faculty and graduate students  (e.g., the  Biology  Inves ga ons  and  Outreach,  BIO, student  group) have been  among  the  strongest advocates and supporters of the program and its scholars,  helping  us  to  transform  the  lives  of those we serve. THANK YOU!  

 

 

 

 

 

SERVING UNDERREPRESENTED STUDENTS                 African American/Black; Hispanic American; Na ve American/Alaska Na ve; Hawai‐

ian/Pacific Islander                                                           SCIENCE, TECHNOLOGY, ENGINEERING & MATHEMATICS 

PORTLAND STATE UNIVERSITY & PORTLAND COMMUNITY COLLEGE 

LOUIS STOKES MINORITY PARTICIPATION

Figure 1. URM STEM student enrollment at PSU has increased steadily during recent years, primarily as a result of greater numbers of La na(o) students declar‐ing STEM majors; however, recruitment (and reten on) of all URM groups into these programs remains low.

For More Informa on About LSAMP: 

Portland State University LSAMP Cramer Hall, 345 Portland State University Phone: 503 725 2422 www.pdx.edu/lsamp   

BIOLOGY GENOME 14

 Originally  from Ashland Oregon, Sarah Florig moved  to Portland her freshman year of high school, shortly a er being diagnosed with leu‐kemia. She graduated top of her class and was one of 120 gradua ng Oregon  seniors  to be awarded  the Ford Family Founda on Scholar‐ship. She was excepted into the Honors College at Portland State Uni‐versity and hasn’t looked back. 

Now, in her third year at PSU, Sarah is studying Biology with a Chemis‐try minor. Her experiences as a cancer pa ent have been very informa‐ve in her academic and career choices. Currently a research assistant 

for  the Courcelle  Lab here  at  PSU,  she  “couldn’t  imagine her  career without a combina on of working in the lab and seeing pa ents.” The research she currently  is working on  involves a drug used as a  thera‐peu c agent for the same cancer she had. 

A er  her  undergraduate  studies,  she  intends  to  pursue  an MD/PhD with a focus in immunology/oncology. Sarah is also ac vely involved in the university and community through organiza on such as the Jewish Student Union, Women in Science, OHSU, and Phi Delta Epsilon. In her free  me, she loves to learn how to cook new foods, spend  me with her cat, and play her guitar. She is currently learning how to speak Twi, a  na ve Ghanaian  language,  in  prepara on  for  her  travel  abroad  to Accra, Ghana.  Sarah was  recently  accepted  into  a  program  that will allow  her  to  study  there  for  the  2017‐2018  school  year. During  her me there she will be working  in a  lab that focuses on AIDS research 

and traveling to Tanzania to climb Mount Kilimanjaro.  

Photo by Aus n Fitzpatrick 

   The Portland State Biology Department is proud to announce that Dr. Daniel Ballhorn is the recipient of this year Junior Faculty Research Excellence Award. 

The PSU Research Excellence Awards were established to recognize the  importance to the mission of the University of crea ng and com‐munica ng knowledge. The purpose of the awards  is to acknowledge faculty contribu ons to their field, originality of thought, and career produc vity.  The Junior Faculty Research Excellence Award is for a ten‐ure‐track faculty member at the rank of assistant or associate professor and includes a $1500 honorarium.  Each Spring nomina ons are solicited from the Dean of each college and selec on criteria is based on the im‐portance of the  individual’s contribu on to their field, the originality of their work, the pa erns of the nominee’s research produc vity, involve‐ment with students in their research and the academic reputa on of the journals, publishing houses, exhibi ons and professional presenta ons in which the candidate’s work has appeared. 

Dr. Ballhorn began his research program at PSU in the Fall of 2011 as a Chemical Ecologist and his  research  focuses  inves ga ng  the chemical and molecular  interplay  among organisms  and  their  func onal  role  in trophic networks. Within this framework, Dr. Ballhorn focuses on plant‐herbivore  and  plant‐microbe  interac ons.  Herbivores  in  his  studies range from insects and mollusks to mammals, whereas microbial plant‐associated  organisms  include  both  bacteria  (rhizobia  and  pathogenic bacteria) and fungi (mycorrhizal fungi, pathogens and par cularly endo‐phytes). By  including both ecological and applied scien fic approaches, Dr. Ballhorn’s  research aims  to  iden fy  the mechanis c basis  for phe‐nomena observed in nature and also apply this knowledge for the bene‐fit of society. 

Over  the  last  5  years  at  PSU  Dr  .  Ballhorn  has  provided  mentoring through direct  research experience  to 45 undergraduate students.   He currently has three graduate students working in his lab and has over 24 publica ons.  Dr. Ballhorn has had 7 grants funded totaling $569,600.00. When asked what  it’s  like to work  in the Ballhorn  lab his graduate stu‐dent Adrienne Godschalx said “Dan knows how to mo vate. He empow‐ered me  to make  research decisions  in  the field a er certain methods were not working. As  I  listed various experiments  I could try, Dan gave me the freedom to test out my own cri cal thinking and problem solving as he said in one of my favorite emails I have ever received from him: “I recommend you try to not come home with nothing.” 

 

BIOLOGY GENOME 15

 

I'm from Lubbock, Texas and a ended Angelo State Univer‐sity  in San Angelo, Texas where  I earned a B.S.  in Ecology and Evolu onary Biology and an M.S.  in Biology. My mas‐ter's  thesis was  on  parasi c  sinus  roundworms  found  in skunks.  My  research  interests  include  small  mammals, ecology, conserva on and mammalian parasites. 

My  background  is  in  biochemistry  and  human  gene cs,  B.S.  from California State University, Stanislaus.  I had  the amazing opportunity to spend part of my undergraduate studies in Australia, studying stem cell  ssue engineering. I also spent leisure  me in Sweden soaking up the  history  of  Linnaeus  taxonomy  and  the  applicable  connec on  to current evolu on models. Traveling is a love of mine and as such, I've witnessed  an  array  of  science‐teaching models  across  several  disci‐plines in different con nents, which piqued my interest in best prac c‐es of pedagogy in biological educa on at PSU in Dr. Shortlidge's lab.  

I am a transplant to the PNW from New Jersey, and recent‐ly  graduated  from  The  Evergreen  State  College.  My  re‐search interests include plant‐microbe interac ons and the resul ng  ecosystem  effects,  especially with  regard  to  in‐stream  li er  decomposi on  and  microbial  community dynamics. 

A born‐and‐bred Portland na ve,  I have been at PSU as a student or employee  for the past seven years and the  last three of those were spent in Suzanne's lab. My interests are too varied to  list, but  I am especially par ial to  me spent quietly  in the forest and mountains. My research / profes‐sional interests include a whole lot of biology stuff and then some.  

I graduated with a B.S. from UCLA in 2013 where I studied micro‐biology and molecular parasitology with the  inten on of going to med school.  I was diverted from that path when  I discovered my passion  for  educa on while  spending  a  few  years working  as  a teaching  assistant  for  upper‐division  undergraduate  research immersion courses. My goal is to be a biology educa on research‐er and teach undergraduate‐level biology as well as to be involved in  a  community  to  promote  effec ve,  evidence‐based  teaching prac ces in undergraduate biology educa on. 

I was born  in Portland, OR, and received my undergradu‐ate  degree  in  Biology  from  the  University  of  Portland. Ul mately,  I'd  like  to  blend  molecular,  organismal,  and ecological  biology  with  social  sciences  and  theories  on intersec onality. 

I was born  in Medford,  raised  in Madras, went to Oregon State  University  for my  B.S.  in Microbiology  at  Corvallis, and have lived in Portland for the last five years; essen ally Born and raised in all over Oregon minus 2.5 years of ran‐domness  in  California. My  research  interests  are  in  DNA damage  repair mechanisms  and  their  broad  rela onship with cancer.   

I'm  a  Portland  girl,  born  and  raised,  and  I  just  finished  a micro/molecular biology degree at PSU.  My research inter‐ests center around the microbial ecology of extremophiles ‐ specifically, how these microbes grow,  interact, and thrive in environments so alien to our own.   Outside of school,  I love  to hike with my husband,  read way  too many books, and play with our crazy ki en  

I  am  from  Portland  Oregon, where  I  a ended  Portland  Community College  before  transferring  to  Portland  State  University  to  earn  BS degrees  in  Biology,  Psychology,  and  University  Honors. My  current research focus is on neuroendocrine pathways that use environmental cues  to determine  life‐stage  transi ons,  ie. between hiberna on and emergence, ma ng and  feeding, or  feeding and migra on,  and  I am primarily interested in how non‐chemical environmental factors affect development, par cularly brain development during gesta on.  

I spent 6 years overseas (Japan and Italy) in the USAF serv‐ing as a muni ons inspector.  I’m an Avid fisherman, salm‐on enthusiast, and a diehard LA Dodgers fan.  I'm interest‐ed  in neuroendocrinal mechanisms of  stress and hiberna‐on in the red sided garter snake.  

I currently reside in my hometown, McMinnville, Oregon. I earned my bachelors degree  in plant biology here at Port‐land State University. My research  interests  include evolu‐onary ecology and plant physiology. My current research 

pursuit  involves  inves ga ng clonal adapta on  in Mimulus gu atus (Common Monkey Flower).   

BIOLOGY GENOME 16

 

 

MAKE A DIFFERENCE ‐ WAYS TO GIVE 

 

Department of Biology College of Liberal Arts & Sciences PO BOX 751 Portland, OR. 97207  RETURN SERVICE REQUESTED 

If you would like to support the important ac‐vi es  of  the Department  of  Biology,  please 

donate  to  the PSU  Founda on  specifying  the name  of  the  account  you  wish  to  sup‐port.    Alumni  and  friend  dona ons    have made  a  tremendous  impact on our  ability  to serve our  students,  and we  are  very  grateful for your generosity.  Thank you!  

h p://www.pdx.edu/biology/give‐biology 

CONTACT US: Portland State University Department of Biology 1719 SW 10th Avenue Science Research & Teaching Center 246 Portland, OR. 97201  503‐725‐8757 biology@pdx.edu www.pdx.edu/biology facebook.com/BiologyPDX1 Editor: Ian Garre