Pomen mikrobiološke diagnostike: katere kužnine, kdaj, razlaga antibiograma

Manica Müller Premru

Osnovni namen mikrobiološke diagnostike okužb

• najti povzročitelja okužbe

• omogočiti izbiro ustreznega protimikrobnega zdravila

• preveriti imunski status za določenega povzročitelja

• epidemiološko opredeljevati okužbe, tudi bolnišnične

Potek diagnostike

Zdravnik sprejme pacienta

z znaki infekcijske bolezni

Kli ič i pregled ,delovna

diagnoza (bakterija?, virus?,

parazit?)

Odvzem i oz ačeva je primernih kuž i za dokaz

povzročitelja

spremni list – napotnica za

ikrobiološke preiskave

Transport vzorcev

Sprejem v laboratorij

Pregled kuž i

Vnos podatkov v raču al iški sistem

Neposreden pregled vzorcev:

mikroskopski preparat, barvanje po

Gramu

Mož a izdaja prvega izvida

Obdelava vzorcev

Izbira ustreznih gojišč

Nacepljanje – inokulacija, inkubacija 24 ur

Pregled plošč po inkubaciji

Izdelava čiste kulture

Identifikacija

Pregled subkultiviranih plošč

Pregled rezultatov identifikacijskih

testov

Priprava izvida o osamitvi in

a tibiotič i rezistenci- interpretacija

Pošilja je izvida

Zdravnik intrepretira izvid in uvede

(zamenja) ustrezno zdravljenje

• odvzamemo ustrezne kužnine

-reprezentativen vzorec za določeno okužbo

• kužnino pravilno odvzamemo in označimo

-ustrezna količina-čimveč

-ne kontaminirati (aseptično)

-ustrezna embalaža/transportno gojišče

-pred začetkom antibiotične terapije

• izberemo ustrezne preiskave

• navedemo posebnosti (potovanje, poklic, imunska oslabelost..)

• takoj transportiramo v laboratorij v ustreznih pogojih

• zaščitimo se pred okužbo

• KOMUNICIRAMO z mikrobiologom!

Odvzem kužnin (vzorcev)-pravila

Načini odvzema kužnine s predelov, kjer je prisotna normalna bakterijska flora

• obrisanje (rana, žrelo,..)

• postrganje epitelija (uretra..)

• izkašljanje (sputum)

• uriniranje (urin za urinokulturo)

• defekacija (feces za koprokulturo)

s primarno sterilnih mest

• punkcija (kri-hemokultura, likvor, gnoj, eksudat, ne bris!)

• biopsija (tkivo)

• kirurški poseg (tkivo, tekočine, ne brisi drenov!)

TKIVO, TEKOČINE

BRISI

• omejen volumen kužnine

• onemogočen neposredni gramski razmaz

• velika možnost kontaminacije

• lahko zavirajo rast mikroorganizmov oz.

potek postopkov

Transport kužnin- načini,temperatura,trajanje

• Način prenosa

-sterilna posodica (punktat, gnoj, urin,..)

-transportna gojišča

-Stuartovo pri brisih za bakterije

-tekoče transportno gojišče pri brisih klamidije,viruse

• Temperatura

-za bakteriološke preiskave večinoma sobna T izjema urin 40C

posebno občutljive N. meningitidis, N. gonorrhoeae, H. influenzae

-za virološke preiskave 40C

• Trajanje optimalno do 2 uri

Diagnostika bakterijskih okužb

NEPOSREDNA-v kužnini

• dokaz povzročitelja z mikroskopiranjem

• osamitev povzročitelja

• dokaz bakterijskih antigenov

• dokaz bakterijskih nukleinskih kislin

POSREDNA-serologija

• dokaz specifičnih protiteles v serumu

Svetlobno mikroskopiranje-barvanje kužnine po Gramu

• ≥105 CFU/ml-vidne

• ≤105 CFU/ml-niso vidne

• Včasih bakterije vidne v razmazu, a ne zrastejo-zakaj?

Omejitve

Hitri antigenski testi

dokaz antigenov v kužnini s specifičnimi protitelesi

(lateksna aglutinacija, encimskoimunski test,

imunofluorescenčni test)

Gojišča

• Tekoča,trdna

•Osnovna, obogatena, bogatitvena

•Diferencialna, selektivna

Zasejevanje gojišč – kultivacija

Pogoji gojitve-aerobno, anaerobno,..

Osamitev bakterij iz kužnine-klinične, nadzorne

105 bakterijskih celic / ml kužnine

vidne v mikroskopskem preparatu iz kužnine

102 - 103 bakterijskih celic / ml kužnine

rast na trdnem gojišču

10 bakterijskih celic / ml kužnine

rast v tekočem gojišču

Občutljivost posameznih metod

Identifikacija bakterijske vrste (izolata)

•ugotavljanje masnega spektra (MALDI-TOF),idr

•

Diagnostika bakterijskih okužb

• Katera/e patogene bakterije so v kužnini? preiskava na patogene bakterije-kultivacija

• Ali je bakterija X v kužnini ciljane preiskave na določenega povzročitelja-za bakterije, ki sploh

ne rastejo/rastejo na posebnih gojiščih/slaba obč. kulture posebna gojišča,dokaz antigenov, nukleinskih kislin, serologija -klamidije -mikoplazme -legionele -mikobakterije -Bordetella pertussis -borelije -rikecije, erlihije, anaplazme -bolniki na antibiotični terapiji-npr. gnojni meningitis • -

Diagnostika virusnih okužb

• Ali je virus X v kužnini

• Koliko virusa je v kužnini

• Ali so prisotna specifična protitelesa proti virusu X

Neposredno dokazovanje virusnih okužb

• Dokaz virusnih antigenov v kužnini -direktna imunofluorescenca

bris NF- influenca, parainfluenca, RSV, adeno, vsebina vezikule HSV, VZV idr

-direktni ELISA test

feces- rota

• Dokazovanje nukleinskih kislin

kri- CMV pri transplantacijah, HBV, HCV, hemoragične mrzlice, HIV likvor- herpes encefalitis)

Univerza v Ljubljani,

Medicinska fakulteta

I štitut za ikrobiologijo i imunologijo

Posredno dokazovanje virusnih okužb (serologija) Dokaz specifičnih protiteles v serumu bolnika

ELISA, IIF, idr.

Klopni meningoencefalitis

Hepatitis A, B, D

Okužba s HIV

Infekcijska mononukleoza

Ošpice

Rdečke

Mumps

• Zanesljiva potrditev akutne okužbe:

• Prisotnost specifičnih IgM

• Serokonverzija ali pomemben porast koncentracije IgG

(testiranju parnih vzorcev)

Sindromska diagnostika

• Kateri povzročitelj je v kužnini (bakterije, virusi, glive, paraziti-za okužbe dihal, prebavil, STD, CŽS)

Viruses Bacteria

Adenovirus

Coronavirus 229E

Coronavirus HKU1

Coronavirus OC43

Coronavirus NL63

Human

Metapneumovirus

Human

Rhinovirus/Enterovirus

Influenza A

Influenza A/H1

Influenza A/H1-2009

Influenza A/H3

Influenza B

Parainfluenza 1

Parainfluenza 2

Parainfluenza 3

Parainfluenza 4

RSV

Bordetella pertussis

Chlamydophila

pneumoniae

Mycoplasma pneumoniae

The FilmArray® Respiratory Panel is incredibly comprehensive, with simultaneous testing for 20 of the most common pathogens involved in UTRI.

Določanje občutljivosti bakterij za antibiotike-

antibiogram-metode

• difuzijski antibiogram-rezultat kvalitativen

S=dobra občutljivost I=vmesna občutljivost R=odpornost

• Metodo predpisuje standard- v Evropi EUCAST

• Določitev MIK-rezultat kvantitativen (minimalna inhibitorna koncentracija)

najnižja koncentracija antibiotika, ki prepreči rast in razmnoževanje bakterij

• Metoda antibiotičnega gradienta (Etest)

• Dilucijska metoda

Bakterije, za katere obstajajo EUCAST klinične mejne vrednosti za interpretacijo antibiograma

• EUCAST smernice temeljijo na ugotovitvah PK/PD za antibiotik, na distribuciji MIK bakterij, na mehanizmih odpornosti in na ugotovitvah glede klinične uspešnosti zdravljenja okužb. Usklajene so z evropskimi odmerki antibiotikov.

• Enterobacteriaceae

• Pseudomonas spp.

• Stenotrophomonas maltophilia

• Burkholderia cepacia

• Acinetobacter spp.

• Staphylococcus spp.

• Enterococcus spp.

• Streptococcus skupine A, B, C and G

• Streptococcus pneumoniae

• Viridans streptococci

• Haemophilus influenzae

• Moraxella catarrhalis

• Neisseria gonorrhoeae

• Neisseria meningitidis

• Gram-pozitivni anaerobi

• Clostridium difficile

• Gram-negativni anaerobi

• Helicobacter pylori

• Listeria monocytogenes

• Pasteurella multocida

• Campylobacter jejuni in coli

• Corynebacterium spp.

• Aerococcus spp.

• Kingella kingae

• Za ostale interpretiramo po PK/PD (Non-species related) mejnih vrednostih

Teksti za z ačil osti

MRSA Izolirani sev S. aureus je odporen proti vsem betalaktamskim antibiotikom, izjema je ceftarolin,

če je izolat za j občutljiv.

GISA Izolirani sev S. aureus je odporen proti vsem betalaktamskim antibiotikom (izjema je ceftarolin,

če je izolat za j občutljiv) i i a z a jša o občutljivost za glikopeptidne antibiotike.

iMLSb staf Pri sevu smo ugotovili inducibilno odpornost proti klindamicinu. Klindamicin lahko

uporabi o za kratkotraj o zdravlje je ezaplete ih okužb kože i ehkih tkiv.

VRE Izolirani sev enterokoka je odporen proti vankomicinu.

Enterobakterije, idr.

ESBL Izolirani sev izloča eta lakta azo razširje ega spektra ESBL . Interpretacija rezultatov za

parenteralne cefalosporine (glej spodaj) in za kombinacije penicilinov z inhibitorji beta laktamaz je

sklad a z "i vitro" rezultato . Priporoča o previd ost pri zdravlje ju.

CRE, CRAB, CRPS Izolirani sev je odporen proti karbapenemom. Posvetujte se z infektologom ali

kli ič i ikro iologo . Potre a je dosled a izola ija ol ika.

CRE-CPE, CRAB-CP, CRPs-CP Izolirani sev je odporen proti kar ape e o i izloča kar ape e azo. Posvetujte se z i fektologo ali kli ič i ikro iologo . Potre a je dosled a izola ija bolnika.

Antibiogram- pomembni mehanizmi odpornosti