Περίληψη

Ο σκοπός της διπλωματικής εργασίας ήταν η διερεύνηση της ύπαρξης σχέσης μεταξύ τριών συστατικών των βακτηρίων, των παθογόνων παραγόντων ραμνολιπιδίων, με τη φλαζελλίνη, το δομικό συστατικό των μαστιγίων των βακτηρίων, και των DING πρωτεϊνών που χαρακτηρίζονται από μια συντηρημένη αλληλουχία στο Ν-τελικό άκρο (DINGGG) στο βακτήριο Bacillus cereus. Στην Ψευδομονάδα η DING πρωτεḯνη εντοπίστηκε στους μίσχους των βακτηρίων.

Το παρόν σύγγραμμα χωρίζεται σε τρείς κύριες θεματικές ενότητες:

Στο πρώτο κεφάλαιο, το οποίο χωρίζεται σε τέσσερις υποενότητες, δίνονται πληροφορίες σχετικά με το βακτήριο, τα ραμνολιπίδια, τη φλαζελλίνη και τις DING πρωτεΐνες. Για το βακτήριο δίνονται γενικές πληροφορίες (γένος, οικογένεια, σχήμα), καθώς και πληροφορίες για την τοξικότητά του, την παθογένεια, τις λοιμώξεις που μπορεί να προκαλεί αλλά και τη θεραπεία αυτών. Για τα ραμνολιπίδια δίνονται πληροφορίες σχετικά με τη δομή και τις ιδιότητές τους και στη συνέχεια αναλύεται η βιοσύνθεση των ραμνολιπιδίων και η ρύθμιση αυτής στα διάφορα στάδια, καθώς και η εξειδικευμένη ρύθμιση από παράγοντες όπως η συγκέντρωση των φωσφορικών, και τέλος γίνεται αναφορά για την λοιμογόνο δράση τους. Αντίστοιχα με τα ραμνολιπίδια και για τους μίσχους γίνεται περιγραφή της δομής τους, της βιοσύνθεσής τους καθώς και της ρύθμισής της, αλλά και των πιθανών λειτουργιών τους στο κύτταρο. Στη συνέχεια γίνεται λεπτομερής περιγραφή των μαστιγίων, στα οποία οφείλεται η κίνηση των βακτηρίων, των οποίων δομικό συστατικό είναι η φλαζελλίνη. Συγκεκριμένα αναλύονται η δομή των μαστιγίων και η πορεία συναρμολόγησής τους, η ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης και η ρύθμιση της περιστροφής των μαστιγίων. Το τελευταίο κομμάτι αυτού του κεφαλαίου ανήκει στις DING πρωτεΐνες, όπου μπορούμε να βρούμε πληροφορίες σχετικά με τη δομή τους, την κατηγοριοποίησή τους σε υπο-οικογένειες, για τον τρόπο με τον οποίο δεσμεύουν τα φωσφορικά, αλλά και για το ρόλο τους σε διάφορες ασθένειες ή/και θεραπείες.

Το δεύτερο κεφάλαιο περιλαμβάνει τη λεπτομερή περιγραφή των μεθόδων και των υλικών που χρησιμοποιήθηκαν κατά τη διεξαγωγή των πειραμάτων.

Το τρίτο κεφάλαιο περιλαμβάνει τόσο την αναλυτική παρουσίαση των αποτελεσμάτων που προέκυψαν κατά την διεξαγωγή των πειραμάτων, όσο και τα συμπεράσματα στα οποία καταλήξαμε ερμηνεύοντας αυτά τα αποτελέσματα. Συγκεκριμένα στο κεφάλαιο αυτό παρουσιάζεται καταρχήν η ύπαρξη ραμνολιπιδίων, φλαζελλίνης και DING πρωτεϊνών στο εξωκυττάριο υγρό αλλά και στους μίσχους (stalks), κάτι που αποδεικνύεται μέσω της μεθόδου Dot-Blot. Στη συνέχεια τα δείγματα των μίσχων υποβάλλονται σε ηλεκτροφόρηση SDS κάτω από μετουσιωτικές συνθήκες και ακολουθεί western blotting, ώστε να ανιχνεύσουμε τα συστατικά του δείγματος με τη χρήση των τριών αντισωμάτων, anti-DING, anti-FliC

και anti-RLs, και να δείξουμε την πιθανή σχέση μεταξύ των τριών συστατικών. Επιπλέον έγινε καθαρισμός ραμνολιπιδίων από το εξωκυττάριο υγρό και ανίχνευση των συστατικών στο δείγμα που απομονώθηκε με τη μέθοδο western blotting, όπως αναφέραμε και παραπάνω. Τελευταία μέθοδος που χρησιμοποιήθηκε είναι η ανοσοκατακρήμνιση των δειγμάτων, τόσο των μίσχων όσο και των απομονωμένων ραμνολιπιδίων, και τα δείγματα στη συνέχεια υποβλήθηκαν σε western blotting με τα αντισώματα anti-RLs και anti-DING.

Αποτέλεσμα των παραπάνω πειραμάτων ήταν τελικά να καταλήξουμε στο συμπέρασμα πως υπάρχει σχέση μεταξύ των ραμνολιπιδίων και των πρωτεϊνών DING και φλαζελλίνης. Η σχέση αυτή μπορεί να οφείλεται στην δημιουργία κάποια ισχυρού συμπλόκου μεταξύ των τριών.