生物信息学数据库

序列数据库 结构数据库生物信息学数据库的种类 图谱数据库 突变数据库 文献数据库

专业杂志生物信息学数据库的查找方法 专门数据库目录的网站

著名的生物信息学中心

参见教材 p227--p242

NCBI 数据库组织

一、 NCBI 中的生物信息数据库1 ）、 PubMed ： 生物医学文献数据库2）、 Nucleotide ：核酸序列数据库3）、 Protein sequence database ： 蛋白质序列数据库4）、 Senome ： 大分子三维结构数据库5）、 Genome ： 完整的基因组数据6）、 PopSet ： 人口研究数据集7）、 OMIM ： 人类孟德尔遗传数据库

8 ）、 Taxonomy ：

Genbank 中的物种分类学数据库

9）、 Structure ：分子结构数据库

10 ）、 SNP ：单核苷酸多肽性数据库

11 ）、 Books ： 在线生物医学图书

所有数据库

例：

在 Nucleotide 核酸数据库中检索牛冠

状病毒的序列信息。

牛冠状病毒 bovine coronavirus

Nucleotide核苷酸数据库

bovine coronavirus

本库利用

本库工具

其它资源

核苷酸数据库序列来源于 GenBank 中的 RefSeq ， TPA 和PDB 。基因组，基因和转录本序列数据为生物医学研究和发现的基础。

牛冠状病毒全基因组

结果分类

按数量多少列出的生物类别

序列存储号

存储号、定义、入口、版本、来源等详细描述

不同库的显示格式

FASTA格式显示全序列

Graphics 格式

Display Setting 显示格式

Send to 保存格式

二、序列相似性搜索工具 是用来查找序列之间的同源序列的工具，可

以明确序列之间相似性的大小。

BLAST ：美国 NCBI （国家生物技术信息中心）支持。

FASTA ：是英国 EBI （生物信息研究所）负责维护。

BLAST ：碱基局部对准检索工具 Basic Locul Alignment Search Tool

可进行核苷酸序列、蛋白质序列方面的同

源性分析，能在 8 秒内在整个 DNA 数据库中

进行序列比较。

入口

不同项目的检索

最近检索结果

检索策略保存帮助

检索物种分类

在核苷酸数据库中检索核苷序列

在蛋白质数据库中检索蛋白质序列

用翻译的核苷酸序列在蛋白质数据库中检索

用蛋白质序列在翻译的核苷酸数据库中检索

用翻译过来的核苷在核苷翻译库中检索

用法学习

检索方法例：对“人胰岛素 cDNA 序列”进行相似性分析

步骤： 先检索出 cDNA 核苷酸序列 用 FASTA 格式显示 将 FASTA 格式全选后粘贴于 BLAST 检索框中 选择分析用的数据库 点击 BLAST 进行比较

序列存贮号 描述说明

序列

检索框：用来粘贴 FASTA格式可限定对比起始位置，长度

人类基因库 老鼠基因库 其他数据库

粘贴 FASTA格式

比较结果页面

彩色积分图

序列相似描述

存贮号检索范围积分描述

E 值统计

链接

序列对准描述

相似率为 100%

三、基因组数据库 1 、 Genome ：可获得 800 多种生物体的

基因组数据，部分已完成测序。 2 、人类基因组资源： human genome

resources 整合了多种相关的分子生物学数据库和

公共分析软件，为科研人员提供了自动化的实验数据获得、加工和整理途径，为基因区域的预测和基因功能预测提供了一系列便捷的方法。

入口 1入口 2

检索框空白

使用帮助

扩展资源本库工具

其他资源常用资源

注释和分析

四、 OMIM 孟德尔人类遗传学数据库

OMIM ： Online Mendelian Inheritance in

Man

此库是关于人类基因和遗传性疾病的数据库，适合关注遗传疾病的医生和科研人员

检索框空白，不填入任何内容

diabetes

顺序号中第 1位数字表示所涉及基因的遗传类型：1：常染色体显性（ 1994.5.15 前创建）2：常染色体隐性（ 1994.5.15 前创建）3： X连锁基因座或表现型4： Y连锁基因座或表现型5：线粒体基因座或表现型6：常染色体基因座或表现型（ 1994.5.15 后创建的条目）

题名 顺序号 等位基因的变化原文 参考文献 临床症状

基因图异常 投稿者

顺序号前缀的含义

结果记录只包含

条目创建时间

条目最后修正时间

此页为早期页面，但较好地解释了各种前缀的含义等

结果原文

基因图位置

五、 Taxonomy--- 分类学

即生物学门类数据库，可以按生

物学门类进行检索或浏览其核苷酸序

列、蛋白质序列、结构等。

Taxonomy入库二

Taxonomy入口一

本库工具 其他资源使用帮助

检索方法

1 、分类浏览

Taxonomy browser 最高级类目名称

Browser 浏览

常用分子生物研究

检索区

分类

古生物细菌

真核生物

类病毒

病毒

未分类物种

其他

系统默认3 级分类级别

系统默认3 级分类级别

点击进入

显示该物种在这些数据库中的文献

量

存储序号

类别基因码

同义词

类别

在 Taxonomy数据库中的文献

作者链接，点击进入 pubmed

检索方法

2 、关键词查询

输入生物体名称或生物门类，如

hepatitis b virus或 proifera

完整名称通配符

模糊检索 口语中的名称

分类序号

检索方法

3 、直接用生物体名称列表查询

点击下列名称，直接检索具体生物体的树状结构

六、 Structure

也称大分子三维数据库 (MMDB) ，包含来自 X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB 的数据从蛋白质数据库 PDB(Protein Data Bank) 获得。对结构的阐述较 PDB 详细，更多的是比较结构的相似性及亲缘关系。

Structure

本库工具 其他资源使用帮助等

Cn3d阅读器

Install安装方法一

Windows安装方法二

Tutorial学习指南

Download Cn3d方法三

下半页

点击下载、安装

检索方法1 、关键词检索 直接输入检索的蛋白质名称，然后 GO

2 、登记号检索 前提是已经知道 PDB 或 MMDB 的登记号

例 :检索 PTEN 的结构图

名称

3D 结构图，点击直接下载

在 MMDB 、 PDB 中的登记号

PDB:Protein Data Bank蛋白质数据库

MMDB:Molecular Modelling Database大分子三维结构数据库

PTEN

名称

浏览或保存 3D结构图

分子图

来源

在图上双击，下边显示对应的内容

NCBI 数据库组织，是世界上著名的生物医

学数据库组织，希望同学们以后多利用多挖

掘它的资源。