249

acidos nucleicos

Embed Size (px)

DESCRIPTION

resumen de las características de acidos nucleicos

Citation preview

Page 1: acidos nucleicos

�������������� ������������

����� ����������������������

������������������������

���������������

�������������������� !�"#�� !���#���# !$�

����!%��� �������"&�#��& ��#�����������������

�'(����)�����*��

Page 2: acidos nucleicos

������������������������

Page 3: acidos nucleicos

+��'��������������������� �����%�,�����)�#�� ��������

�������������� ������������

�����������������������

������-..-/-..0��

������������������

�����������1������������2����������������������'(����)�����*���

3�4������������,�����������5�&������� ��2����,��2�)��5�6������� 7 ��8����'�9�

)�������� ���������6 ��65������9������������������� ��������������������

�����������������������

Page 4: acidos nucleicos

���������������������

��

Page 5: acidos nucleicos

��

:���#���

���

;5 ��%� ��##�<��5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;�

-5 &=% � !�%�<��# !�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��>�

-5;����� ���?�����������'�����������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;.�

� -5;5;��������*����,�������/ ���1����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;.�

-5;5-������ ���,����!�1�@��'���������,���5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;;�

� -5;5-5;����������A������/���B5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;;�

� -5;5-5-����������&C����/+������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��5�5�5�5�;-�

-5;5D������������? ��2�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;D�

� -5;5D5;�%��������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;D�

� -5;5D5-�%����������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;E�

-5;50������������2���,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;F�

� -5;505;�%��������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;F�

� -5;505-�%����������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;F�

� �����-5-�&�����������*�������,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;G�

� � -5-5;������H�������� ���5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;G��

� � � -5-5;5;����������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;G�

� � � -5-5;5-��� ������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;I�

� � -5-5-������H�������� ���5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��5�5�5�5�5�5�5�5��;I�

� � � -5-5-5;������� �������)��������������'����,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��-.�

� � � -5-5-5-������������H���������������

�� ��������������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�-;�

� � � -5-5-5D�������������,�����������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��-E�

� � � -5-5-50������������)������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�-F�

� � -5-5D�#H�� ����������'�����3���������������'������

� � �����������������������?����������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�->�

� � � -5-5D5;�����������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��-G�

� � � -5-5D5-�JA�&5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� -I�

� � � -5-5D5D��������������� �����������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�D.�

Page 6: acidos nucleicos

���

� � -5-50�&����������&����#����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��D;�

-5D��H������������ ������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� DD�

� -5D5;�+�������)������'����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�DD�

� � -5D5;5;����1��,��������',����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�DD�

� � -5D5;5-�#����'����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�DD�

� � -5D5;5D�����&!�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�D0�

� � -5D5;50�+�������������������,����� ���5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��D0�

� -5D5-��H�����������H�����������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�DE�

� � -5D5-5;��H����������������������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�DE�

� � -5D5-5-�:��������������� �5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� DF�

� � -5D5-5D�������������&�1����3��5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��DF�

� -5D5D��H��������������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��DG�

� � -5D5D5;��������*����,�� ���/1��,���5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�DG�

� � -5D5D5-�������������������������������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��DG�

� � -5D5D5D�:��������������� �����������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�DI�

� � -5D5D50�����H������ ��������������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�0.�

� -5D50��������������?�' �������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� 0;�

� � -5D505;�������������!�1������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�0;�

� � -5D505-������������������������)�K���� �5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��0-�

� � -5D505D��*���������,����������?����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��0-�

D5 � !�"#�� !���#���# !5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� 0E�

D5;����� �� ����������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�0G�

� D5;5;�#������������ �� �����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�0G�

� D5;5-�#�?�����,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�0I�

� � � D5;5-5;5����������? ��,�����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� E.�

� � D5;5-5-����������'� ���������LMN�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�E-�

� � �� D5;5-5D�����������*���������#0O/#EO�LPN5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�ED�

� � D5;5-50������������#/ �LQ9RN�)�+/ �LS9TN�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�ED�

� D5;5D�+�����������?�����7 �����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�E0�

� � � D5;5D5;����2���,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�E0�

� � � D5;5D5-���������������'�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� E0�

� � � D5;5D5D�%� ������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�EE�

Page 7: acidos nucleicos

����

D5-����� �� ������ �����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��E>�

� D5-5;������������������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� E>�

� � � D5-5;5;�+ ��������1���,'��5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�E>�

� � � D5-5;5-�����������������������������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� F.�

D5-5;5D�����?����������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�� F;

� D5-5-�+��H������1�����������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� F-�

� � � D5-5-5;�+��H��������������������3����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��F-�

� � � D5-5-5-�+��H�����������3�����������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�F0�

� � � D5-5-5D�+��H������'��3����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�FF�

� � � D5-5-50������������������������LJ�#N�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��F>�

� D5-5D�#�?�����������,����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�F>�

� � � D5-5D5;���������*��,'����5����?������)��5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�F>�

D5-5D5-���������,'���5����?����U. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .�>.�

� D5-50�#�?�������������,����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� >;�

D5D����� �� �������������)�? ��,�3���,'���5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�>E�

� D5D5;������'��������3����'������� ���5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�>E�

� � D5D5;5;�������������,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� >F�

� � D5D5;5-��������������,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��>>�

� � D5D5;5D�������� ���,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�>>�

� � D5D5;50������������� �5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�>I�

� D5D5-���������������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�>I�

� � D5D5-5;����������A5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��G;�

� � D5D5-5-� ��'� ���,�������������������;V�'������,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� G-�

� � D5D5-5D� ��'� ���,�������������������-V�'������,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� G-�

� � D5D5-50���������������?������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��G0�

� � D5D5-5E�������3�2���5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�GE�

� D5D5D�# ���� ���)�?��*�3��������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5GE�

� � D5D5D5;������������������ �� ���)�?��*�3��������

��������� ����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�G>�

D5D5D5-�����������,��W�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� GI�

� D5D50�%��������*����������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�I;�

� � D5D505;�&������������?�����,������)����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�I-�

Page 8: acidos nucleicos

���

� � D5D505-��������������'������ ������L�&�N5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��I0�

� � D5D505D�&����������3�4������� ��,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�IE�

05� ��!��%�� !5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�I>�

05;������� ��!��"���������#��$%�����$%&��

������� �������������� ��5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�II�

05-���� �� ��'�����������(���������'��

���!��"���������#������$%X�$%�)�����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�� ;;D�

05D�������������%��������#�%�������� ���"��&��

������������#������$����)�� ������������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;->�

050��������������� ����#�*������#�����������������������$%&��

����+,%��#��������������������������-�����YZ����5�5�5�5�5�5�5�5�;FE�

E5���!#�!�<�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;>I�

E5;���� ����#�������������������*�3��������������

&���� �����������)����5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;G;�

E5;5;�&�������,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;G;�

E5;5-�+���������3�4�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;G-�

E5;5D����� ��,���������������������� ������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;GD�

E5;50�#��� ��,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;GI�

E5-����� �� ��9�+��������������������������)��

���*�3�����������A�3��������X���5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;I.�

E5-5;�&�������,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;I.�

E5-5-�+���������3�4�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;I.�

E5-5D����� ��,���������������������� ������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;I;�

E5-50�#��� ��,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;IF�

E5D��H������%�,���������[���*������������$��

�����������������! ������3�������1��������������A5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;IG�

E5D5;�&�������,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��;IG�

E5D5-�+���������3�4�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�;IG�

E5D5D����� ��,���������������������� ������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��-.;�

E5D50�#��� ��,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� -.F�

E50���� ����%�,��������8������%����������#�?������������

��������$����#�3����W�����' ��)������.�' �5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� -.>�

Page 9: acidos nucleicos

��

E505;�&�������,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5� -.>�

E505-�+���������3�4�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��-.G�

E505D����� ��,���������������������� ������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��-.G�

E5050�#��� ��,5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��-;D�

F5�# �#��!� ��!5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�-;E�

>5������ 8���:�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�-;I�

G5��+=���#�!5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�-D;�

�5��3������ ���5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�-DD�

�5� ������ 3���������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��-D>�

#5��'�����������5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5�5��-DI�

���������������������������������

Page 10: acidos nucleicos

���

��

Page 11: acidos nucleicos

;5������ ���,�

����������������������������������������������������������������������������/�;�/�

;5���%� ��##�<���

���

Page 12: acidos nucleicos

;5������ ���,�

�/�-�/�

Page 13: acidos nucleicos

;5������ ���,�

����������������������������������������������������������������������������/�D�/�

*��/ 0�������1����������������������/ 0�����

��� 7 ����� ��,����� ��� ���2,� �� ������������ 1����H�� ��� � ��'��9� ����� ����� ������ ��� ���

���������������,�?������������������,���H����������'�������������������?��������������

������9� ��� 1�� ������ 7 �� �������� ��� ����������9� �1�� H�� ������9� ��� ��� ������'���

��� �������5� ��� ����� ����9� ��� �����'����� � ���� ��� ��� �������� ��� �H�� ��� ��� ����

�����������������[�������\���1���������������7 �������� ���������� ���������������

������������������������'���,�7 �����)�3���,'���5��

����34������������������������ �������������������������3��7 �������������������� ��

�������,� ��� ���� ��������� 7 �� ����� � '��� �� ���� ������ ������ ��' ����� ���� ����������

3H������ ��� ��� 7 ����� )� ��� ��� ?�����5� ��� ��������,� ��� ������ ? ������� �� ���� ��������

�������� ������7 �� ���������2�� ��� ��� ����������� ����?�� ����� �\������������������ � �

��������\�5�+��������)���������������������������������������������������9�������������

�����?����� ��� ?�������� ��,����5����9� ���� ��� ��� ��� ������� � H����� ������� ��� ���� ��������

7 ��������������9�������������'���������H������������7 �����1�����������������?��������

� ����� ��� ? ��2�9� ����� ����� ��� ��������� �*����������� ���� ������� ��������

����� �����������?������������,�������?��������������5�

�� ������ ��� ���� ����������� ��������� ��� ���� �������� ��H������ ����� ������3��� ��� ������

7 ����9� ��� � ���� �3����� �?�����,� )� ��������� �� ����� ��?��������� )�

������H���� ��� ���� '������ ���� ���� 3���,'����5� ���9� ��� � ���� ���� ���� '���������

���� ������)�� �����'�������������9�3������������������9����'���������������,9�?��� ������

��3���������9������������?�����,9� ������������������������������9����� ������?����

���� �� ���� �3������� ������� ��)��/�� )� �&�� L���������&�'������ � �����N� ���555� ���

�3������ � � �?�������� ��� �������9� �*����� � � �� �������,� ��������� �� ���� ��������

��H��������� ����������\�������������� �����L;N5�!��3������1��� 3��������� ��������

����������H����� ����,����H�����L-N9��������H����������������� �����������H�����

;.E�H����9� ���7 �����?��������� ����H������ ��������������������� �������'������������

������� )� ��4������ ?��'�������� ������� ���� ����������� ����� �'�5�%�3��9� ���

��'�� �� ��� ���� �� �������� �� ��� ����� ��� ��� ��H���� ���� ���� L�&N� LDN� ���H� ��������

�)������������ �� ���� ;./;..� ����' ���� L�N9� ������� ��� ������ ������ ��������� ���

Page 14: acidos nucleicos

;5������ ���,�

�/�0�/�

�1��������������������������������������������3���,'���9�� 7 ����' ����� ��������

�����'�� ��� �������1�������� 3��������L0N5��

�������������� ��� ���� ��,���� ��������������� ����������� �� ��� �����������������������

�����5����������������\��9������'�� ������������)�������������3���������������;.��9��������

7 ����� ?������� ������9� ��� ��'�� ����������1��� ��������;..��5�%��������� ����

����� �������9����������������7 �� ������ ������������� ��'������������' ������� ���

1�3�� ����� ����2�� )������5����9�� 7 ���������� ����������������������������1�������

��� ����� ���� ���� ��� ������� 3���,'���9� 1���� � ������ ������ ���������� ��� ��������

�?�����,� ��������� ��� ����� �����'����� )� ��' ����� ��� ���� �������9� ��� � ����

���������� ����� )�������������� �? � ��� )�������5�

*��/ 0��������� ��������������2������ ��������

��� '������9� ��� 3��7 ����� )� ��� 3����'������� ���� ���� )� ���� ���� �������� 1 3�����

����������3������������������������������ �� ����������H������ ��������)��������������

��������3���1��������������7 ��������� �����*�,�����������������7 �����)����3����'������

�*�����������������,��������?�����,�'������������������������������������7 ������LEN5�

������?�����������������������������������*�����������3�����������)�����)��&��1��

���������7 �������������������������?�����,���������� ��������������� ���� ����9�����

���H�� �� � � ���� �� ��� ������������ LFN5� !�� 1�� ������ 7 �� ����� ��� ��?�' ����,� ��� ����

� ����� ���� ��� ?��������� ��� ��?������� ������� ��� ��� ��� ����� )� ��� �������3���� ���

�� ���� ���� ������������ ��� ���� ���� 7 �� ��' ��� ��� ? ���������� ���� ���9�

�������������������������L>9GN5����9��������������7 �������������� ��,��'�����������

����� ���� ��������� �����7 �����������������,��'��'�������)� ����� ����������������

� ��� ��� ��' ��� ��� ? ���������� ��� ���� '���� )� 7 �� ��� ��'���� �� �������� ��������� ���

���� ���3��������� ����� �� ��������������5��

�����������������������������������������H������ ����������������� ��5�!������������

�������������������?�����,9��������������H����� ��������������3������� ��������?�����,�

����?��H��������,��'���������������� ����������������������������*�����,��������'���5���

��?������� ���� ���9� ��� ���� �������� �� ���� �� ��� �1�� H�� �����4�9� � 7 ��

Page 15: acidos nucleicos

;5������ ���,�

����������������������������������������������������������������������������/�E�/�

1�3�� ������ ����� ���� �� ������� ��� ��� ��3��� 1�����5� ��� ���� ��� ��������� 3H��������

�����������4���� L�,��'�����N9�������� ����?������� )� ��3������ L����'�������� ���

�������� ��� ��������N9� )� ���� �� ����?������ ��� ������� ��� �*�����,� LIN5� �� ������ ��� ����

1����������9� ��� ������2�� ��3��� ��� �[���*����X���� �� 1�3����� �� ��� ���'�� ��� ��� �����

��� ��������������������������������,�)�����������,���������LIN5��

*��������� �����������������

���� ����,������ �����1������1����������������� ��������' ������������ ����7 ����

�1����������������������?���������3���1�����5��\���������� �� �����*�������������

1����� ������������'��7 �����3�3��������7 ����� ��H��������H�������� ������������1�)�

�������� ��� ����3��� �� ��� ����� ��,�����5� +���������9� ��� �&� ��?����� ��� ����3������� ���

�*����������?�����,��*�������������� ���4 ��������?�' �������������������������

������� ��� �3����� )� ���9� ������ ��� ����� ��� �?�����,� �������� �� ��� ���� �� ���

������������)������?��*�3��������������H������ ��������L;.N5��

����������������1�� �������������������H�������������&�������?��������'��3��������� �����

���� ������������ ���� �� ������ )� ��H����� ��� ���� H������ �������� �� ?������� ��3��� 1������

����������������������� ������ ����� ������� ���������������� �������������������� ? ��������

�����������5������������������34���������$�

;5���� ���������������������?��*�3����������������� �����������)����5�

�*��������� ����� ��� 3�4�� ����� ��,� ���� ��� �&�� )� ��)��� �� 1�� ����� ��� ����� �� ���

�� ����������?����7 ��������� �������������H��?��*�3���7 ������������L;;9;-N9������

������ ��� ����������� )� ��7 �2�� ��?��������� ��� ���� ����� ����� ������� � ������3��5�

� �������34������1���������� ��������?��*�3������������3������� �� ����)����������1�����7 ��

� ��� ��� ��� ��� � ���� ���� ����� ��?������� ����������� ���� ��������� ? ������ ��� ������ ����

H������ �������5�

-5����� �� ��9����������������������������)�?��*�3�����������1�3�����������X�����

���������������� ����� ������� ���1�3�����������X������� ��� ?�����������������3���

� ��������������?�������)�������7 ��'�������������������������������1������������������

Page 16: acidos nucleicos

;5������ ���,�

�/�F�/�

�����������������������������������������?�������������������A9��2���7 ����������

���1�3�����������X����L�����-������-N�������������������������L;DN�)�7 �����������

����������������������5�

D5��H��������,�������������[���*������������$������������������ ������3��������������

������A�

A������� ������ ������������������� ���4 ��������������������1�3������L���X���N�

�������������� ������������������� ��� �����������������5����������9�1��������2������

�������� 7 �� 1���� 7 �9� ��� �� ���� �� ��� �������� ������9� ��� ���� ����������� )�

��'���������������������A��)������������5�

05���� ���� ��,��������'������ �������������?�������������������$������3������ ���

��?�����,��W�����' ��)������.�' �5�

����������3�4������*�������������3���������� ����2�����'�����������&����'�������������'���

������)����������'[� ���������������������,�7 ��������������� �����'�����������������

��?����������5� #���������9� ��� ��� ��� ��� ���� ������� ������������ �������� L�!N�

L;0N� )����������)���������%��������������� LJA�&N� L;EN� ���������� ���� ������� ��2� ��

������������������������� ������������L%&�N�L;FN��������������� ���������?����������

���'�����3��9��������������' ���� ������������'�����������3����������������5����������9�

1���� ����2���� ��� �������,� ��� ���� ��?�����,� �W�� L�� �' �� )� �����N� ��3���� �� � �

���������� 3���,'���� L;F9;>N� )� �� ��� 3��� ���������2����� 7 �� ���H� �*�����������5� ���

?��������� ���H������3������' �9��������7 �� �������������� ��������������H� ������

��' ����������������������������������������L;>N�)����3���������������L;GN5�

Page 17: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�>�/�

-5�&=% � !�%�<��# !��

Page 18: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�G�/��

Page 19: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�I�/�

���'������������������������� ���7 ����� ��,�������������3������ �� ������'������

�������� 3��7 �����5� 8��������9� �� ������ 7 �� � ���� ��� ����� ��,����9� � ���� ���

������������������ ������9���������� ���������� �������9����� ������ ���2�������������\��

���� ������� � ������3��� ��� ��� ���5� ���9� ��� ������,� ���� ������ ��,����� ������� ��� ����

������������ 7 �� ��� �34���� ��� ������� )� ���� ��� ����� ���� ����� ��� �������� 7 �� ��� 7 �����

����2��9� ���� ������ ���� ���� �������� ����� �� ���� ��� ������9� )� ?������� ���� ������

��� �������5�

����)�������������������������7 �������,��������� ���������������*����,�������/

���1����� L� N� L;IN9� 7 �� ������� �������� ��� ��� ���� ��� ��� ���� �� ��� ���� ���� �� ����

������5������������������������ �����������3��H�����������,�����������?�������'���������

��������?�4���)9�4 ����������� ���,� �����9���?�������� ���?�����������'������������L!�+N5�

��� ��' ��� ������ ��� �*������� ����� � ���?����� ����� �������� � ���� ��������� )� ���������

���H������������,����������������'�����3��9���������������������� ���������7 ����5�

��������� �������*����,�� 9���������������������������'������������������ ������'���

�������������'[��N� �������������,�� H�����)���N���3������ ������*����,���H����5���

��� ������ ����� ��� ������� ��� �� ���,� ��� !�1�@��'��� ������,���� ����� ����� ��?�' ����,�

�����9� )� ��� ������ ������������� ����������� � H����� ��� �����5� �� ��� ��' ��� ����9� ���

�������� ������ ��� �����?����������� ��� �������� ? ��2�9� �������� �?����� ������,����

7 ���� ����'���� ������������ ������� ���H������ �4 ������� �� ������ �*����������� ��

����/� H�����5�

Page 20: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�;.�/��

345���������������� ���������� �����

����������������������� �!���"��� �# �� ���

!�' ����� ���� ���� ������ ��� ��� ��H���� � H����9� ���� �������� ������������� ��� ��

���� ��� ( )Ψ �������?��������������� ���,����!�1�@��'��$�

� L 9 N L 9 N$ " % - " %Ψ = Ψ �� � � � � � ];^� �

�����"���������4 ����������������� �������9�%� ����������,����9�-� ������ ���������������

���'������������?��������������9�)� �$ ����������������������'�����1���������7 ������� ��

���� �����������?���$�

� � � � � �&� �'� &� �'� &� �'�$ � � _ _ _ −= + + + + �� � � � ]-^�

����� �� � ���������� ��� ���'��� �������� ��� [������ (&�)� )� ���������� (�'�)9� )� �_ � ��� ���'���

����������� ��3���������� ���,����[�����9�����������)��������,�[����/������,� (&��

�'�)5�

��3���� �� ��� '��� ��?������� ������� ����� [������ )� ���������9� ��� � ���� �� ��� 7 �� ���

����4���,� ������,���� ��������� �� ���� ��������� �������� ��� �����H��5� ����� �������

������������������� ������)�������,���9������� '��������?�� ����,���������� �������

���!�1�@��'���������,����]D90^�)� ������]E9F^$�

� L N L N�'� �'� �'� �'�$ % - %Ψ = Ψ � � � � � � ]D^�

����� �'�Ψ �������? ��,��������������,���9�-�'������'��������'���������,���9�)� � �'�$ �������

1���������������,���9�7 ����� )������������������������������� �������$�

� � � ��'� �'� �'� &� �'�$ � _ _ −= + + � � � � � � ]0^�

� L N L N&� &� &� &�$ " - "Ψ = Ψ � � � � � � ]E^�

����� &�Ψ � ��� ��� ? ��,� ��� ���� �����9�-&�� ��� ��� ���'��9� )� � &�$ � ��� ��� 1���������

�����9�������(")����������'�������������?�������]>^5�

� � L N&� &�$ � � "= + � � � � � � � ]F^�

�9L N &� �'� "� " _ -= + � � � � � � � ]>^�

Page 21: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�;;�/�

����� 9�'� "- ����������'���������,��������� ������������������������� �������5��

��������� ������������� �����������������

��� ����� ��,� �*����� ��� ��� �� ���,� ��� !�1�@��'��� ������,���� �� ��� ����3��� ����� ����

�������� ���� �����9� ���� ��� 7 �� � ������ � � ����� ��,� ��� �����2�� ��� �� ������ ���

�����?��������5�������������7 ����' ����������H�� �����9����3������� ������������ ��

���������,�H������������)��*�������������? �����L-./--N5�

�����������������������������

+��� � � ����������� ��� �� ��� ���� ������� H�� �� ��� ����� ��������� ��� �����

����*���������� ���,����!�1�@��'��5�%�����������4��������������������������������H��

��?��������������������������������������&C����/+�������L&+N5�! ��������������*����,�

�������� ���� ���������� �*����������� ��� ���������,� ������,���9� )��7 �� ����� ������,� ���

�� ������ 4������������ ���,��?���������������������������������������5����H�9�������3�����

? ��,� ��� ���� ���� � [���� ���������� ��� !�����9� ��� 3��� ����������� �� ����

�����H������������������������ ��,�H���������������������? �������'����������������

�����������L-.N5�

+���� ������ ��9����1���������������,�������� �����*������$�

� �;

; ;

;

�� � � � ��

$ ��

= = >= +� �� � � � � � � � ]G^�

����� �� ��� ��� [���� ��� ���������9� ��� ��� ��������� ����� �����9� )� ��� � ��� 1���������

��������,���$�

� � �� &� ��� � _ −= + � � � � � � � ]I^�

����� � �� � )� � &� �_ − � ��� ���� ������� ��� ���'��� �������� )� �������,� [����/������,9�

�������������5������� ���,�����������,����1����7 �����1���������������������3�����

���������������,����5�����3�����9�������������������?������������������������B$�

� � �9� �� ��� � υ= + � � � � � � � � ];.^�

Page 22: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�;-�/��

������9�� �υ ���� ������������������,����7 ������������������ ���,��?������������������

�����������,������ �������,�)����������������������5��

���? ��,������������������,����7 ������?��������$�

; - ; ; - -L 9 95559 N L N9 L N95559 L N � � � � � �φ φ φΨ = � � � � ];;^�

����� �� ��� ���� ����������� ������,����9� �φ � ���������� ? ������ ��������,����� �

��3����������� ������)�����3����������������������������!�����5�������3����������� ������

��� �*������ ���� ��3����,� ������ ��� ��3������� ��,����� L����*����,� �#� `� �����

!��"��*������#*�����$�"�*�'%�L-DNN$�

9;

L N&

� � � ��

� �φ χ=

=� � � � � � � � ];-^�

������ �χ � ��� ��� ��4 ��� ��� ? ������ ��� 3���� )� 9� �� � ��� ���� ���?�������5� ��� 3 ���

����*����,� ��� ����2��� ? ������ ���������� �� ���� ��3������� 1����'������� �� ���������

? ������ ���!������ L!% N� L-0N5� !�� �3��'�9� ���� ��2���� ��� �?�������� ��� �������9� ����

? ���������3������������ )��������3�������������������? ������'� �������L8% N�

L-EN5�

������������������'(����)�++��

��� ������ &+� �4���� ��� ���������,� A������/���B� LA�N� ����� ������ ��� ���������,�

������,���5� ����� ������ ��� 3���� �� ��� ������� ��� ���� �3������� L-FN9� ��'[� ��� � ��� ���

1������������������������������������������5�����������������1������������ ��������

�����?������9��������7 �������' ������������������������������ �3���,9����� ����������

����� ���� ���� �?������ ��� ��� ���������,� ������,���� L->N� �*�������� ��� 1��������� ����

����������$�

� � �.a$ $ $λ λ= + � � � � � � � ];D^� �

����� �$ λ �������1���������'��3���7 ������������ λ 9�7 ����� ����H���������������

7 �������������.�)�;9� �.

$ �������1������������A�9�)� � a$ ����������������������� �3���,�7 ��

��������?������������������3��������1����������*����$�

Page 23: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�;D�/�

� �;

9; ;

;a

�� �� � � ���

$�

υ−

= > =

= −�� � � � � � � � ];0^�

������9�� �υ ���������������������� ���,��?���������?������������������A�5�

��� ? ��,�������� L λΨ N� )� ��� ���'��� L -λ N� '��3������� �������� �����*��������� ����

���*����,�����������'[$�L.N L;N - L-N 5555λ λ λΨ = Ψ + Ψ + Ψ + � � � � � ];E^�

L.N L;N - L-N 5555- - - -λ λ λ= + + + � � � � � ];F^�

�����������?������� ������� L NΨ �)� L N- �������������� �����������������������/�������

? ��,��������)����'��5�������'���A��������� ����������������.�)�;9���������7 ������

����������������� ��� ���������,�������,���� ����2������������-9������ � '��� ���H�� ����

&+-9�&+D9�&+0b��

����*�������+����,��6���

�� ���� ������� ��H������ ��� 1��������� ��� �*������ ������� �� ������� ������� 7 ��

������� ��� ���� ���������� �������� ?������ ��� ����� ��� ? ��2�5� ����� ��� ������� ��?����

����������������������������������'��������������������������'���������������[�����9�

����� ��� �?����� ��� ���� ���������� ��� ����� ��� ������������ ������� � ��4 ��� ���

���H�����5� ������ ����������� �?�������� ������� ��� ����� �������� ��� '��� ���\�� �������

7 �� �� 1�)�� ��������,� ��� ������� ���������� �� ��3���� ��H������� �� ��� ������3 ��,�

������,���5� �� ��� ����� ��� ���� H������ �������9� ���� ������ ��� ? ��2�� H�� ����2����� ���

�&���� L-GN� )� #A��&&� L-IN9� 7 �� 1�� ����� �������� ��� ������ ���� ���� �� ���� )�

������������������,����������)����� ���������������������������3�����������L;.9D./

D-N5� �� ������ �*��������9� ���� �4����� ��� ������� ����� ��� ��� ���� ��� ?����� ��,����� ��

� � ������������H������ ������������3�������������������? ��2������&����LDD/DEN9�7 ��

1���������� ����2����������������5����9�� ��9�����������������*��������������������? ��2�5�

����*����������+��������

��'�� �������������

Page 24: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�;0�/��

���� ����������'������������7 ��������3�� ����������������������?����������?�' ���;5�

����3�����9�����������������������������������*����,�1��,���$��-

.L N#,- . ' '= − �� � � � � � � ];>^� � �

����� .' ����������������7 ���3����������������������������H�������)��9�) #,. ���������������

��� ? ��2����� %*��*���-5�#��� ���� �������� �� ��� ?�' ���;9� ��� �*�����,� 1��,���� �,������

3 ����� ����������������������������7 ���3���5�

���' ���;5�/������,���������'��������������? ��,���������������,�������,����L��������� �N5�

����*����,��3��������� ���*�����,�1��,����L������������ �N�

"' �������������

���������������� ��� ���'��� ��� ����������,����� H' ������ ������ ���������3�� ��3���

��������������*����,�1��,���$�-

.L N#,!- . θ θ= − � � � � � � � ];G^� � �

����� .θ � ��� ��� H' ������ �7 ���3���� ����� ���� H������9��� )�#9� )� #,!. � ��� ��� �����������

? ��2�����"���-5�

"' �����������������������

�������'�����������������������,������������ �������7 ��������������3����������������

����� ����$�

( );

0 - ; ���&

- _ ω=

� �= + − ∂� �� � � � � � ];I^�

����� _ ���� ���3������� ��������9�� ��� ���������������9� ω � ������ H' ������ �����,�)� ∂ � ������

H' ������?���5��

Page 25: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�;E�/�

%�����������������

����� ������ ��� ����'�� ��� ������3��� ��� ������,� '��������� ����� � ����� H����� ��

���2����9� �������� ����� ��������� �� � ���� ����� L���� ��� ��� ����� ��� ����

�����������H�����N������������������,���������������H����������������L���������������

�������3���#S������H�����N5����1�������������������������H' ������������� 7 ����

��������2����9� �H����������������� ����5�

����*����������+�����������

������'������������H������

����� 7 �� ��� ������3 ��,� ��� ���'�� ���� ���� ��� ������3�� ������� ���'��� ��,�����

���������9������������,����������H����������� ����� ��� ������������������� �,3����$�

# ,

#,

1 1-2ε

= �� � � � � � � � ]-.^�

����� #1 � )� ,1 � ��� ���� ���'��� ���������� ��3��� ���� H������� )��� �������������9� ε � ��� ���

��������������������)� #,2 ��������������������������5�

������'�������������J������

����? ��2��������������,/��� ���,����������3��������� ������������������/6���9�

7 ������������' �����?��������������������,����������H����$�;- F

0#, #,

-2 2σ σε

� �� � � � = −� � � � � �� �

� � � � � � ]-;^�

�����ε ����������? ������������2�9�)�σ ������H��������������,������� �����7 ��������'���

��������L?�' ���-N5�

Page 26: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�;F�/��

��' ���-5������������,����'���������������������������/6���5�

�������������? ��2������&���9������ ���,�-;�����*��������? ��,��������H����� �� �

7 �������������������������������������'���L?�' ���-N5�;- F

� �

#, #,

� �-2 2

ε� �� � � � = −� � � � � �� �

�� � � � � � ]--^�

������ ;0F-�� σ= 5�

�������

����3�����+�������6�������

�������H������7 ������������������ ������������������������������3��������������

�*����������� ��3��������������������H�� ��������/� H�����5�+��������9������ ���������

����?������� ��� ���� ���H������ �3������� �� ������� ��� ������� ���� ������ ��7 �\��� ��

���� ����H�� '�����5�������� ������ ���1�� ����� �������H���������II� LDF9D>N� )����/

3��.� LDGN� ���� ����� ��� ? ��2�� ��� �&���9� ���� � ����� ���H� ���������2����� �� ��������� )�

H������ �������5� ���H�9� ����� �3����� ���� ���H������ ���������� �� �����������

���?��������9����1�� ����2���������������? ��2��8����L4����'�#�"���!�����!��'�N�LDIN�

7 ���������� ����H�����H��'��3����3�����������)������������ ������'H����5�

����3����������+��������

!������� 3����� ����2�����������������������������9����9��&�9���)���������?�����,�

���� �����5����������������������,����1�3�� ��� ���� ����������2���,�� H�������3����

������ ������������������*����������5��

����3����������+�����������

������'������������H������

���� ���'��� ���������� ��� �3����� ��� �� ��������2���,� � H����5� �� ���� ��������

���������������������? ��2���&����L0.N���� �,�����������!+9�7 ����������������4 ����

����������������������H���������������� H���������� ���4 ������� �����������������

������� ��5�����3�����9���� ����������������H�� ���� H�������������������LA�0!% /D8N9�

Page 27: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�;>�/�

7 ����3����� ������������������3����������H������ �������5������������������������LDFN9�

��� ����� �H�� ����A�0F/D;8L�N� ���� ��?������9� 7 �� ������ �� ��3�������� ����������

����������)������������ ��3����� �?�����������2���������' �5�+����������9���� ����� 4�� ���

�������'�����!+� L0;N� ����� ��� ������ ����������������������������� �� ���'������ H�����

���������5��� ������������2�������H�� ��� ���������&����L-..-N9� ��� ���������� )�

������ ��� �H�� ��� L�D�c+0��/�/%UN9� ��� ��������������� ������������ ��� ���'�� L0-N�

����������� ��� �?����� ��� ������2���,� �������9� ���H�� ��� ����� ���� ��� ������2���,�

�� �����L0DN5����������������? ��2����[���1�������������������������������� �������

H������ ��������L00N5�

������'�������������J�����

�������H������� �����3������� ������������������/� H�����������*����������5�

%�,�������� ��� ������� 7 �� �3����� ���� ��������� ����� ����� ���� �������� ��� H����5� ���

�3�����9����������������������3�����������������2/����1�����L0EN9�����������H��������

������, ( )#,σ � ����� ��� ��� ����� ���������� )� ��� ���? ������ ���� ��2�� ( )#,ε ��� ��� �����

'������������������H������������������$�

( );-#, ## ,,σ σ σ= + � � � � � � � ]-D^�

#, ## ,,ε ε ε= � � � � � � � ]-0^�

������������

�������� �������������2�����������������9�����' �����1�����������������?�����*��������

��������������%�+D+� L0FN�7 �� ��9� 4 ��� ���!+#� L0>N9� ���H�� ������� ��� ��� ������5���

�3���������� �������' �������'���9������������������'������?������������)�������������

� ����� � ��� ��� ��������,� ��� ��� ���� J����� L��JN5� �� ������ ��� ���� ������� ������9�

������3��������������������,����������������������' ������ ����������H�����5�

Page 28: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�;G�/��

����'5��6��6���7)�����89 ���

�������������������������������������������7 �� ���������)�����������H������H�����

����� ��������������������� ����[�����5����!�+������3������ ������� �������� �����4��

��3�������'���[�������'��������� ��3������7 �� �����)���� ���7 �2�� �����,'���9����'���

�������� �������� )� 3�������9� ������ � ����� ������������ ��?����� ����� ����������� ���

�*�������,5�

�����������:���������������

��� ��� �H�� ��� ��� �����2���,� 7 �� ������� �������� ��������� � ���� ������������� �� ���

!�+5� �� 3������ ���� �����4��� ��� ���� ���������3��� �3����� )� ���������2��� ������ ������

� ���9� � 7 �� ��� ��� ��������� �3����� �� ���� �� ��� ����3��� ������� ��� ����� ������

����� ���2��� �� ���)�������� ��� �&5� +���� ����� 1���� ��������� ��'������� ����������� ���

�H�� ���������������������5�

�������������������������

��

#�����������' ����������������H*���'���������������?�������'���������������' �����

�������,5�

; ; ; � � %λ− − −= + � � � � � � � ]-E^�

����� � ��������������7 �����������������?�' ����,�������������,�9� ;λ − ���� ���������7 ��

����������'�� �����������)� ;% − �������������� ����������3[�7 ���$�

;;

;

L NL N

� �%� �

−−

= − � � � � � � � ]-F^�

����� ;L N� � − �������'���������������?�����,��������������,� �5��

��� ������� ��3 �������������������������9�� 7 ��� ����� ���'��� �� ��������'����5�

+�������9�� ���� ��������������������������������2���,9���3��������� ��������'������

���������*��������*�

Page 29: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�;I�/�

�������������������� ��

�������������������������3[�7 ����������������������������������*�����������������

��������������������$�

;; ; -

;

L NL N

�� � �

� �� � �� �

−− − −

= − + � � � � � � ]->^�

����� �� � ��� ��� ������� 7 �� ���������� ��� ��?�' ����,� �� ��� �������,� �9� ;�� − � ��� ��� �������

����������3[�7 ���9� ;L N�� � − �������'���������������?�����,��������������,�����)� ;�� − ����

����������������$�-

;; -

-

��

��

�−

−−

= � � � � � � � � ]-G^�

����� ���������������?�������7 ���*�����*������*�� ���� ���'�������� ���������������

�������9������H����3 ����������[������������������2���,5�

����������������������������

A����������������'�����������2,������������&���� �����������?�������������L-N9������

��? ��1��������������������>.�7 ����������2,������������� ����,���3��� ��3������ ���

L0GN� )� ��� ������� �������� L0IN9� )� )�� �� ���� ��1���� ��� ������ H����� ������� LE.N5� ������

������ )���� ���������� ����������� ��������������������,���� ����&������� ������� ��������

3���,'����5�#���������9� ������ ���� �\��������9� ��� ������ ����&������ ��� ��� ������� ����

H������ �����������1���������������3�����9������������� �������������?�' ���D5�

��

Page 30: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�-.�/��

��' ���D5����� ��,������[������������������������� ������'[��!��

L1���$��������5���B�����'�5���������5�'�N������������3����������dL���������������������������*������

������������* ����*����!����"����������������#$%����&$%��������������������'�������*����������*�*������Ne5�

����������+��������+����(����+�����������)��

����&��*���������� ���?�������?������������ ���'�����������������7 ������������

��' ��� ��� ���� ��,� �� ��� ���'�� ��� �� ���)�������� �������� ����� ���� �� ������� ��� ���

��H������H�������������$�-

-

�* � ���� �*

− = ��� � � � � � � ]-I^����

������������������������� ��������)�*�������'�������������5��

������ �� ������� �� ��� � ���� ��������� ������������ ��3���� �� 7 �� ��� ? ��2�� �4�������

��3��� � H���� ������� ��� ��� ������,� ��� ���� �����9� ����� � �������� ��������� ���

������ ���5� +��� ����9� ��� ��� ��������� ��� ��?�������� ?�����9� ����� �� 3���� �� ��� ? ��2�� 7 ��

���[�� �� ����� H���� )� 4 ��� �� ���� ����������� )� ������������ ��� ���� ��� ���� ? � ����

����������9� �� ����� 7 �� ������ ����� ��������� �������� ��� ? ��2�� ���H� �������5� A�)�

��������� ��'������� ����� ���'���� ���� �� ������� ��H����� ������ ���� ������ ��� ����

��?�������� ?�����5� ��� ����2���� �� ��� ����� ��� �&���� )� 7 �� ���H�� ��� )� ��[� ��� ���

��'��������������+����LE;N9�7 ����� �����?�����,�������'���������,������LE-N5�

�����'���������,������

!�����������2���������� �������)�������������3������������'��������������������,5�#��������

���� �*�������� ��� %�)���� ���������� ��� ���� ��?�' �������� ���� ����� ���������� "*fg*!� )� ���

��������"*�g*!$�-

--

;L N L N 555-

�� � �� * * � * * *�* �*

+ Δ = + Δ + Δ + � � � � ]D.^�

--

-

;L N L N 555-

�� � �� * * � * * *�* �*

− Δ = − Δ + Δ + � � � � ]D;^�

��������7 ���� ������������' ��������������$�-L N - L N L N L N� * * � * � * * � * *+ Δ = − − Δ + Δ �� � � � ]D-^�

�������)����������������������������,�)����������,��������������5��

Page 31: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�-;�/�

!�� � ���� ���� 7 �� ��� ������� ��� ���������� �� ��� �������� ����������9� ��?�� ������ ����

�� ����������������� ����������5�%�3��9������������������,���� �������3��H����9�)��

7 ��������������������������?�����������������2�������������,5��

�����'��������������+����

!������ �������������������������������������������9�4 �������������������������� �������

����������������'����,$�

;L N L N L N-

� * * � * - * * *+ Δ = + + Δ Δ � � � � � ]DD^�

; ;L N L N L N- -

- * * - * * � * *+ Δ = − Δ + Δ � � � � � ]D0^�

�����-����������������������������5��

�����'���������� ?������������3 ���9����3��������������)������������������� ������

?������������2���� L��������9��� ���� �������� ���� ��� �?� �������� ������'��� �����������

����������7 �������������N9����7 ��� ����'��������' ������3�������������3���������

������)�������5��������������������,9�����������������������'���������2���������'�����7 ��

'��3����������4 ������ ��������3 ��,��������2������� ��������� ������������5�

��������������'����,�

��������������'����,������7 ����������7 �������������H���H���������������5���

��� ����� ��� �������� ���9� ����� � ���� �� ���������,� )� ������� ��3���� �� ���� �H������

��3���������������'�� ���������������5�����3�����9������������,�����������!A�K��LEDN9�

7 �� ��� �������������������'��'���������'�����������'�����������3�����9���������������

������������;���-�?�����' ����L?�N5�

���������++���+�+�������+�����+�+���������+�+������������

�������������������� �����

����������'�����H���������������������� �[��������' ���������������'����������

��������� ��� ������5��[����9� �� ��� � ?�������� ����� ����' ��� � �������� �?����� )�������

�������� ������������ ������,�����5� +��� ����9� ��� ��������� ��� ������ ��� ���3���� ��� ����

������� ���� ������5� ���� ���������� ����,������ ��� ������� L+�#9� .�������� /�������

����*���N�������������7 ���4����������' ����3������������ ��������������������������

Page 32: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�--�/��

���� ����� ��������� ���� �������9� ��� ?���� 7 �� �� ���� ��� � ���� ������� ��� �����

�?���������������4�����'���������������)�� ����������5��

d%� �������������������e�)����d#�����,������'�����e��

����H�� ���������������������������2����������� �������������������������������

����� ����,5����1���������������� �������?����� ���H�����������[�������H�������

��?����������������9�7 �����1�������?���������5���������� �����������������d#�����,����

��'�����e9�7 ������������7 �������H�������������������H*�����������������

H�� ������� ��� ������ ���� H����� ���� ������`� )� ��� �� ��������� ��� ��*�++� �� ���

d%� ������� ��� ��������e9� �� ������� ��� ��� � ��� ���� ������������ ��� � ��5� �����

����*����,����� ���������2���������������������������J9�)��7 ���������H�����������

��� ��������9� ����� � ���� ���� ������'���� ��� ��� ������ �� �,3���9� 7 �� ������ �1��H��

�������5�

.��*�����0�� �1Z����

������������ ����2������������� ����������'������������H�����)���� �����������������3�����

�������������������������'���������������������������������������H������ ��������LE0N5�

�� ��2� ��� ���� � ��*�++9� ����� H���� ����������� ��� ���� ��H�� )� ������ � �� ���������

���������� ���� �������� �?����5���������9����'����������� ��������������� LEEN9�

� ���� )������ ������������������������������������������������,��������� ��� ���������

�������7 �������'��H���H�������$�

.��� ��� ���* *� *� *= + + � � � � � � ]DE^�

����� ��� ������ )� ��' ��� ������ ��� ��?����9� �������������9� ��� �������� �������� )�

���������9�)���������� .* ���� ���������5��

��������������������������������������)����������������������������������������������'���

� � ����� ������������ ���� ? ������ '� ������� L?�' ��� 0N5� +��� ��� ����� ����9� ��� ��������

���������� ��� ��� ���'�� ������9� ������ �� ����?������ ��� �� ����9� )� ����'�� ��� ��������,�

������������ ���� ? ������'� ��������� �������� �������������� �����5���������� �����

���������������� ��� ����� �� � ���� ���� ������������ �� ��� ��4�����'���9��������7 �� �� ���

������������������������ )����������������������������������������5�

Page 33: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�-D�/�

��

��' ���05����������������� ���������������������4 ���������'���������������������������� ��

������3 ��,�'� ������L���� �������������������������N9���������� �����������7 ���\����� ��������3 ��,�������'��

�� �����L���� ���������������������������N�

���������������� ����������������������� ���,�����������������������������������9��

�������7 ������������������������������1����� ���H�������5�+����������������2������������

��� �������� ��� ����� [����9� ��� ���������,� ��� ������ .��*�����0�� � 1Z���� L+&�N� LEFN9�

����� ��� ����2�� ��� ������������ ��%� L2��*� 2������� 3���+���N9� 7 �� ����' �� �������� ��

�$ $ 5� ��� ���������,� ��� ����������� 1�� ��'�?������ ���4���� ��������3��� �� ����

�� ������������&���������������������3���,'����9�������� � ����� ����������������������

H������ �������� ��3���� �� � � ����� �������� ��� ���'�5� ��� �3�����9� ����� �����9� 7 �� ���

���������,����'������������������������������9���������������������������������������������

����������������������������������9�7 ���� ����� ��,�� �����������,����LE>N5�

%������ ���)������,���������

��3���� ��7 �� ����)��������������� �*����������� ��� �����2�� �� ������� ��� )������,�

�������9� ����4��� �����2��� ��� �� ����,� �� ��� ���������� ���������/���3H����5� +��� ����9� ���

��������� ������������'���9�������������������H������������ �3�\���������7 �����[��

���� ����������� � 3��������� �� �������� ���'��� ������9� ��� ?���� 7 �� ��� �������

������� �������� ����������5��������H�����9�������������' ��������������'���������

�������� LEGN9� ����� ��� ��3������ ������� ��� ��������������� �� ���� ��?�������� ����� ����

������� ����������������)�����3�\�$�

( ).L N ; L N

3

�3 * 3 3 *�* τ

= − �� � � � � ]DF^�

Page 34: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�-0�/��

����� 3τ ���������H�������������������)� .3 � ���������� �������3�\�5��������������������

����H�����������������'[$�

- .; ;L N3

3*3 *

λτ

� �Δ= + −� � �

�� � � � � ]D>^�

+���� ��� �����,� ��� ���[����� ?���� �H��'�9� ��������� ��� ��������� �3�\����������,� )�

�������������������������������3���������� �$�

( ).L N ; L N

.

�. * . . *�* τ

= − � � � � � ]DG^�

����� .τ ���������H�������������������)� .. � ��������,�����3�\�5�����������������������

H�����������������'[$�

( ).; L N.

* . * .λ κτΔ= − − � � � � � ]DI^�

�����κ ��������������3����������������$�

;

3

__ .

δκδ� �= − � � �

� � � � � � ]0.^�

������������������7 ����������&����

� ������� ��������?�' ���E$�

��

Page 35: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�-E�/�

������������������������������������������������������������������������������' ���E5���'������3H�����������������������&5�

������4����+�+�����)�����+�+����

���� �� �������������

!�� ������ ��� ��� ��� ��� �� ��4�� ��� �' ��� ����7 ���3������ �������� ���� 7 �� ���H�

��������������5������������������������4��������������' ���������������������������

���������H��������+�����/����2�5��

&���2���,��

���������������2�������&���� ������ �� ������������?���������������?������������

���3�������������3���������������)�������5�+�������9���� ������� �� ���������)��������&�9�

�1������������2����5����������������������������2���,��������� 3����� �������

��'������ ��� �*�����*� �����*� ��3���� �� � � �?������� ����� ���������� ��� ���9� ��' ���� ���

������*��5�����*9�7 �����H���H��������3�������������'����5�

�7 ���3�����)�������2���,�

!�������7 �����'��� �������������������2���������H����9�7 �����������������������

7 ������������� �������������3 ��,����&�*����/����2�$�

�=

=$

���

/

-�$�

3;

-

D; � � � � � � ]0;^�

�����3�������������� ������������������H���9�$����[������������� ���9� /� � �����������

�������2��)� �� �)� �- ��������)�������������������������� �������

����������������������������������� ������� ��� ���)������������ ���7 �������������������

?�����9�1�����������������������������������7 ���3����5������[�'������������������������

��������� ���H��3�4���������������������3����������'�����������������5�+�����������9�

��� � ���� ��� ������� ���������� ��7 �\��� ��������� 1����� ����2��� ��� ������ ��������

L������2���,N9����7 ����� ����� �����)�������� �1��H������3��5��

+��� ���,��

Page 36: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�-F�/��

�������������,����������'����� ������5�! �� ����,���� ����������������������������

���������9�������� �������� ����������)��������������������5���'�����9�������������7 �����

���)�������������7 ������;.�������H�����'��7 ������������������������������������� ����5�

���������������� ����������� ��

#��� ����������� ? ��������9� ������� ��������� 7 �� ��� �)����� ��� ���� ������ ���

? ��2����� ��������������������?�����������������2���,����������*�����������������������

����?������� ��� ���'�5� %�3��� � ���� ��������� �������� ���������� ��� �� ��������2���,�

���������� ������������ 3�4�� � ������� ��3������� ��������� ��� �������� )���?������� �� ����

��� ������5�������9���3������7 ���������������� ����,�����������9�����&���������2����

�*������� ��������� ��� �������� ��?��������5� �[� ���9� 1�� ��������� ��� ����� )�

�������������������H�� �������'������������� �����9������������������������������9�

�������������������������������9�����555�

�������������? ��2��������?�������&�����������H����� ����������������� �����������

H������ �������5� ���9� A�32�� )� ����3��������� LEIN� ���� ����� ���� ���'���� ��� ��������,�

����3���/ ����3���� L�*������ )� � ����� ��� 1���,'��N9� ���� )���� 7 �� ����� ����� ���

? ��2������� �������������������������������� ���������4������������ H�����5����������

� ������ 1�� �����2���� ���� �� ��� ��� ����� ��������� ���� ��� ������� �3������� ��� ������

�*����������9����������3 ��������������LE09F./FEN9���� ���������H������������������

��������������� ��?������������������������� ��� ����� LF.N5���� �������������� ������

���������? ��2������'�����������&�1�������������������������,���������������3H������

����� ��?��������� ��� ���� H������ �������9� ���� ��� �������,� ��� ���� ?����� �� )� �� ��

�[���*�� �� �� ������*�� ��� ���� LD09F0N5� %�3��� ��� 1�� ���������� � � ���������� �����

������ �����������������������&�����3 ����������,9���������������[�������� �!c�

)�����H' ������������LFFN5��

������������ ���� �������9������������? ��2���&����L���I09����IIN�����������������

���3����� ����3��� �� �� �������� )� ���'��� Lh;.� �N9� ���� ���� � ��� ��� �������� ����

�� �������� �����2����� ���� ��� d������ ������ �����*���e� �� -..09� �������� ���

����������� ���������3���� �� ���� H' ���� �������� ���1��'��� 7 �� ���� ���� ��

Page 37: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�->�/�

��?�����,����������������LF>N5�������H' ������������? ��������������2������� ������

'� ���LDGN����3���������[����������,�������������? ��2��L���/3��.N�����2���������� ����

������� �� ��������[���*��������1�����;�������' ���LDN5�� � �����4������������������� ���

��� ������ ��� ? ��2�� ������2�3��� L00N9� � 7 �� ����� ��� � ���� � � �� )� �� ��� �� ���

����5�

������ �������� � � � �� � ��!� � ������� � ���� �� �������� ��

��"������� ���

��� ������������ ��������&�����3������ ����� 3��� ���'�����;./;..��9����7 ��

������� �3������� ��������� 7 �� �� ���� �� ��� ������� ���� � 3/������' ��5� ��� �3�����9�

�1�������������������� �����������������H��'����9���������������������2����H�� ����

H���*�������� ��� ����� ������������ ���'����� ���� �������9� ���� ����7 �� �����������

���� ���,�����'���������H�� ������������'�����3��5�

��� ���'��� ��3��� ��� ��� ? ��,� ������H���� H�� ? ������9� � ��� ����3����� ����

����3������������������������?���������������)����������3������������ ���������������������5�

! ��H�� �������*������������������9�)��7 ������2������������������?�����������������

���'������ )���������3�3������� ��������L�������75�0-N��� �����)������������&5�

L NL N �*��

# $% $� &

� �−� � �

� � � � � � � � ]0-^�

����� #'$(� ��� ��� ���'��� ���� ������9� $� ���� ����������� �������� )� �� � ��� �������� ���

����2�5��

+��� ����9� '��������� ���� ��� ����� ��� ������ �� ��� ���� ���,� ��� ��?�������� ��� ���'���

��3���������������5�+��������9�� ������� ����������������������? ��2�������L+&�9�%�*�������+�

)��� *����N9� 7 �� ����������� ��� ���?��� ��� ���'��� ��3��� �� ��� ���'�� ��� �� ����������

�������'����� ( )L N$ξ ������?���������������3�������������������������������$��

L NL N L iN �

L i�� &ρ ξ

ω ξ ω ξρ ξ

� �= −

� �� � � � � ]0D^�

Page 38: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�-G�/��

����� L iNω ξ � )� L iNρ ξ � ��� �������� ��3��������� ��� ��?������9� )� L Nρ ξ � ��� ��� ? ��,� ���

������3 ��,���������L��+N$�

[ ] ( )

( )

L N�

L N�

L a NL N

# $ � &

# $ � &

�$ $ �

�$�

δ ξ ξρ ξ

−= �

�� � � � � ]00^�

����� [ ]( )a $δ ξ ξ− ��� ��� ? ��,� ������ ��� ������ ����� ��� ���������� ξ 5� 8������� ��� +&�� ���

���3�������� ������������� ������������ ��?�����,���������������?��������$������+���

��� ���'�� ��� �� ���������� �����3��9� ?��2���� ����� ����� ��� ������� �� ��� ���'�� ��� ���1��

���������5�����3�����9������� ����������?���������*�����3����������������9�)���������1����

�������������������'������#��������+�������L�!N�L;0N�)�JA�&�L;E9FG9FIN5�

��

�� ����� ������ ��� 1�� ��������� ��� �H�� ��� ���� +&�� ����� ��� ����� '������ �����������

��?����������5� �� ��?������� ��� ���������� 7 ������ �����������9� ���1��� �����������

�� ��� � ���� ���������2���������� ��?��������� ������ ����� �� ��� !�+� ��3���� ��� '���

[�������'��������� ��3������ )����������� ���� � ����� ���� �������� ���� ��� �������,5�+���

����9� ��� ���3���� ��������� ��� ������� ��� ���������� ��� ������,9� � 7 �� ��� 1�� ��������

�����������������������&����*���)�����������������L%&�N�L;F9>.N5�

������,�����������������

���������������������������� ����������������������� ����'������?������ ( )( ) � ξ �����

!�+$�

( ) ( ) ( )a � � � � � ξ= + � � � � � � ]0E^�

7 ������� 3����������?����1��,���$�

( ) ( )-.;-

� �ξ ξ ξ= − �� � � � � � ]0F^�

�����������������2����?��������� ��������L������N������������������������'�����

������ �� ��?������� �������� ��� .ξ � ����� �3����� � ������� �?������� �� ��� ���'�� ��� ����� ���

��'�����������5�������������9�����3����� ����+����'���������������������$�

Page 39: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�-I�/�

[ ] ( )

( )

L N a�

L N a�

L a NL N

� � � �

� � � ��

�� � �

���

δ ξ ξρ ξ

−= �

��� � � � ]0>^�

���� ��9� ���� ��+�� ���������� �� ����� ������ ����� 7 �� ��3������ ����� �3����� ���

�������,�?���������'��������+&�� ( )L Nω ξ 5����9����������������������������������������

��?������$�

( )L NL N L iN �

L i

� � ��� � � �

ρ ξω ξ ω ξ ξ

ρ ξ

� � = − − + � �

� � � ]0G^�

���������� �����������)� �������������)� � ������������������9�)� �� ���� ����������

7 ������������������'�����3���������������������� ���,��������������������'�$�

� L N � � � � �� � � � � �� � ξ− −= � � � � � � � ]0I^�

��������������� ( )�� � ����3������4 ���������+&����������������' ��� ( )L N�ω ξ 9� �������

��������� 7 �� �*����� � ����������� ��'�?�������� ����� ������9� ��� 7 �� ������ )�� ���

�����������?�� ��������������5��

�������������

����� ������ ��� �� ���� ��,� ���� �������� )� ��� ����� ��' ��� ��� � �� ���3����5� ��

�������9� ������� �� ����� �����H����� ��� �3����� ���� ��������� �� � ��� ���������� ����

��'����� ��� ����������9� )� ���H�� ��� ?H������� �*����3��� ��� �H�� ��� ��� +&��

��������������LFIN5�

��� ��+� ������ ( )L N ρ ξ � ��� �3����� �� ������� ��� ���� ��+� ���'����� ����� ����� ������

( )L N

�ρ ξ $�

( ) ( );

L N �

; ;

L N � � �

� � � � � �� ��

� �

� ξρ ξ ρ ξ−

− −

= =

� �= ×

� �� � � � � ]E.^�

�������������[��������������)� � ����[�������������L����������&N����������5�����

��������� �� �������� �������������?,� ���]0I^�)��������) �����������+������� ( )L N ρ ξ �

������3����$�

Page 40: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�D.�/��

( )� L N � � � � �

� � � � � �� � � ξξ ρ ξ− −= � � � � � � ]E;^�

��3������7 �������+������������������������������ �� 9������� �������]E.9E;^���������7 ��

��������� ������������� 1����� ���'��� �� ��� ����������5��� ������������ ��[� ��� ���2���

��� �� ������� ����*����,� ����� ���� ��������� )� ������ � ���� ��� ��3��� ��� ������ ����

������ ����������� 3���5��

����������� ����� !"���#$���!��

������������������'��? ����������������������34�������������������������������������

�������������?����������������������L;FN5�#��������� ����2��������������,�� ���H�����

��������&!��L�������������-5D5;5DN����������)��������L � N�����������������?�����,��������

*����*� L �� N� ���� ���������� ��� ������,9� ����� ���� ��4��� ��� ������ ��� ��������� ��3���� ���

�����������������4�����������������2�������34�����5�

��

#�������������������������������,���� �����������,�1���,������������������

�����$�- -

�� � � η= − − � � � � � � � ]E-^�

����� -η ������������������������7 �����������������$�

--% �� �η = − �� � � � � � � ]ED^�

����� %� � ��� ��� ��?�����,� ������� )� ������ ��� ������ �� ������������� ���'����,� ��� �

��?�������� ���H�� ��7 �\�� ����3��� 1����� ���� ����5������������ ����� ��� ���3����7 �� �,���

� ���������������������������,��������������� ���������,���������������������

�����?�' ����,�����9�� �������3�������������������������������������������3��������)�

��������������������������3���������������3�������L>.N5�

������� ���������1�� ����2���� ������?�����,������ ��� ���������,� �� ��������1��,���9�

��4��������H����3���������������,�L>.N$�

( )( )-; 9-

�� � &)+� � � η= − �� � � � � ]E0^�

�����������������η �����������������&!����������7 �����������������$�

Page 41: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�D;�/�

( )D -

9 9;

; �

% � � ��

&)+� � �� =

= −� � � � � � ]EE^�

�������������[�������H����5����9���������� ������������� ����������������'������

)���������������������!��� 7 ���������7 ������H��?��*�3���7 ������������9���������

7 ������� ��������������3����������������������5�

��3�������'���[�����������������������3������ ���9��������������������]E-9E0^���

�?�����H������������� �����������������������7 ��η ��������� ?����������'����5���

������ 7 �� ����� ��� ���� )���9� ��� [���� ��� ��?��������� ����3���� ����� ����

���������� ������ ��� ����������� ��3��9� )� ���� ?� �� ������� ��H����� ��� ��� ���H�

��������3������ � ���� η � ������� � ������ ������� ��� ���������� ���� ���� ?� �� �������

��������L?�' ���FN5�

��

��' ���F5�+��)����,�3������������������������?���������

����'��( ������ ���� �)�����

����� ����� ��� �������� �����' �9� ��� �' ��� 7 �� ����&9� �3����� �� ����,� ���������� ����

������5���������������?������������ ����&�)�������������&����#����� L&#N����7 �������

[����� �� ��� )�� ��� ������ ���� �����3��5� ��� ����������� [���� ����� ����2��� ��������

��7 �\���)���� ��'���2�����������?��������������9��������7 �� ���������������� ������

H��'������������ ����������?���3�����������&5��

���?�����?��������������������&#����H���'����������?�����������������H���������������5�

��� �� ����� ��� �����9� � ������� ��3�� � ����� ��� ��)� ��� ����2�9� ���� ��� � ��� ����

Page 42: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�D-�/��

��?�' ��������H������3���������H��� ���������� ��)���[����������� ���� L>;N5����

������ ���&#�H�� ��[� ��� ��� ��'���������&���,������ L>-N9� �� ��� 7 �� ��� ������ ��� ��

��?�' ����,������������������������ ������'��������������2���� )�����'���������� ������� �

����� ��� ? ��2�� L?�' ��� >N5� !�� ����� ��� ���� 7 �� ��� ���'��� ��� ��� ��?�' ����,� ���'���9�

������� ��� ��������9� ����� �� ����� ��������� � � ����H� �� ���3�3������� ��� ���� ��������9�

���������� �����)������� �����?���������� ����������� �����?�' ����,�������5����� ���

��� �������������� ��� ��?�' �������� '�������� ��� ���������9� ��� ����' �� � �������

�����������3�����������&����������������',�����5�

��

��' ���>5���'������3H����������������������&����#�����

Page 43: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�DD�/�

������*+--�#,�+���.�-,)�..-���

����������,����������,����������������,���������� �� ���)�? ��,����3������ ����

����������,���������������� �����������������9�������3��������2��� ��H��������' �����

�����������5������������'������������������1���H��������� )����������)���3�����

? ��,������������������� ���5����������� ��������H����������7 ������7 ��1������� ����2�����

��������'���������������������5�

����/�0��� ����$�!��1 �� �!���

����/�/�+�2��3 ���� ��3��!�

�����������������&������������ �����)����������������'������������������ �������� ��

�������,������?���������7 ���*�������������������?��������� ���!�+5����9� ����� �� ���

1��,������ ��',����9� 7 �� ���� ��� 7 �� ��� �������� ��� � ���H����� �*�������� �� ? ��,� ����

����������' �����������������������������?����9���������9������ ��7 ������3�������,���� �

�������� �� ��� ���'����� ��� ���)����������� �������7 ��1����� �����2������� ����������������

���� �������5� �� ������� ��� ����� ��� 1�� ������������ ��?��������� ���������� ���� ;�

������' ���L��N9����� �����'�?����E..�������������'����,����-�?�5�

����/���)��1 �� �!��

���� ����,�������������3������������)��������������� ?�������������'���������� ���������

�������������������������?��3������9���������9�����������������H������'����5�������������9�

���� ��������� ���H� ��������������� � ���� ��� ������ ��� �7 ���3����� ���� �)��� )� ��� ���

���� ���,� �1���)���7 ������������������4���,���������������������� ����5�# ������

��� �����?�'�� ������ ���� ���������9� ��� ���� ���H� � ��3��� ���'������� ���� �������� �� ���

���'������������L������������������������N���3��� ���3������H�����L���������H��������

3�4�����3�3������N�LD-9>DN5�

A�)��������������������� �����������������������������4���,���� ��������9��*������ �

���� ��,� �������� ����� ��������� � � ������ �������� )� ��������,� ���H���� �� ���2��� ��

Page 44: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�D0�/��

����������������������������)������ �����������2�����������������5�# �������1�����'����

���������3���2���,������������������������������9���������7 �����1������2������������'�����

���2������������������������'�������������LD-9>DN5��

����/���,��.���

��� �&!�� �� ��� ��������,� � ���H����� ����� ��������� �� �� ���� �� ��� ��� ��?�������

L�*��������9�������9��������bN���� ����������������� ����2����������?������������

����3�������)������'�����'��������� �����)�������$�

( )D -

9;

; �

� & ��

&)+� � �� =

= −� � � � � � � ]EF^�

������� ��� ��� [���� ��� H����9� �� � ���� ��?�' �������� ��� ������ ���)�������� )� 9& �� � ���

��?�����,� ��� ��?������5���� ������������ ��� 1����� �� � ���������,� ��'���� ��� ���� ����

���� �� ������������2�������������9�7 ����� �?������� ������������������������� ����

H�������������������5��

����/�'�0� �!���� ��� �!!�3����� !"���

��� ���������������?��������������,���� ������ ��5������������� ������������������

��������,���H���������� �H��������� �3��)�������� �� ������������������� ����,5�!��1��

�����2���� ����� ��� ���'���� #&�+� L>0N9� ������������� �� ������ '� ��9� ��� � ��� ��?��� ���

��������� ���� ��� �����,� ��� � ������ ���������H����� ( )���� � )� ����� ��������� �� ��� ��J�

( )/�Z� $�

��� /�Z� � �= + � � � � � � � ]E>^�

��� �����3 ��,� ��������� ��� ���� ��� ������� � ������ ��� �����/6���� ����2���� ����

��������H������7 ���&����L�������������-5;505-N9��������7 ��������������������H��������

�3����������������� �������������� ���,����+�����/����2��������L>EN$�

( ) ( ) ( ) ( )- 0� � � �ε κ πρ� �∇ ∇Φ − Φ = −� � � � � � ]EG^�

�����?�����,��������� ���,��������$�

( ) ( ) ( )( ) ( )- ��1 0� � � �ε κ πρ� �∇ ∇Φ − Φ = −� � � � � ]EI^�

Page 45: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�DE�/�

����� � � ��� ���� ����������� ������9� ε � ��� ��� �������� �����������9� Φ � ��� ���������

���������H����9� ρ ������������������'����������������� ���)� κ ����������������������'�� ��

�����3)�/Aj�B���L�� ����������8� ��N$�

-

D

G;.

� � %� �

πκε

= � � � � � � � ]F.^�

����� �� � ��� ��� [���� ��� ���'����9� � � ��� ���'�� ���� ������,9� % � ��� ? ��2�� �,���9� ε � ���

�������������������������������9� �� �������������������2��)�� ����������� ��5��

8�������������������3�4�����1��� � �����7 �����? ��2���,�������.5;0E�&9������������

��������������������H����� ����������-5.�)����������' ��G.5.9�)����1������ ���������������� ���

��� ���������������������.5E�k5��

��������4������� ����4��!� � �!����

#��� ��� ����,� �� ��� ����� ���,9� ����&���������� ��� �?�����,� �*��������9�

3H�����������H����9�� �������?� �� ���������������������������������? �����������������

3������ ���5��*�������������������������������� ����H���������4���������������)�

��7 ��������� ��������������1����������������������9���������������H������������������

����������5�

������/���4������� �!����� � ������!��� ��

��� �H������ ��� ��������� ����������� L�#+N� ��� �� ������� ������������ 7 �� �������

������������� �������������������)�������� ������������������������������5�#���������

�� ����?�����,� ������ ����'���� ��� ��3��� ��� 3���5� +��� ����� ��2,9� ��� ���'����2�� ���

����2� ��� �������2��� ( )� � �3������ �� ��� �&� 3 ������ ��� �������,� 7 �� �*���7 �� H��

�����3�������)�7 ����������?��������'��H���?�����,5����Λ = ϒ ϒ � � � � � � � � ]F;^�

�����Λ �)�ϒ ���������������������������)�������������������������������5��

Page 46: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�DF�/��

���������������������3������� ( )�λ ���������H�����������2����������� ����������������

�*�������������������?����������������������������������������������$�

�ν = ϒ � � � � � � � � ]F-^�

�����ν � ��� ��� ���������� ���� ����� ����������� )��� ��� ���������� ���� ����������� ��,�����

���������5��

��������������������� �������1��������7 ��'��������������������3�����������*���������

������������������'�����������3�����9�7 ���������������)��������H����9���?������������

��� � 3�������� �������� L>F/>IN9� 7 �� ������� ��� �?�����,� ��������� ��3��� ��� ?��*�3�������

��?����������������H������ �������5�

��������5���! ��� ������� "��

#������� ��� ������ �� ��� ���� ���� �� ���� ��� �������9� ����� �� ��� ��� ����� �������� ����

�� ������� ?��*�3������� L;.9D09G.N5���������� ��� ��� ��������� ������ �� �3��� ��� L�!�N9� 7 ��

���� ������������������������� 3������������������������������������������LG;N$�

-

; ;

; L N

� ��� � �

� �γ ν ν

= == •� � � � � � � � ]FD^�

����� � ��� ��� [���� ��� ��������� �������� ����������� �� ��� �H�����9� )� ��ν � )� �

�ν � ��� ����

��������� �������� ��� ���� ���� ���)��������� ���������5������ ������ � ���� ����� � ������ ��� ;�

� �����������������������������)����.�� ������������������������5��

��3������7 ������#+����������������'�� ���������� ����,9����1������������������������

��� ������ �� ��������� L�!�N9� 7 �� �����' �� �����2��� ��� �!�� ���� ���� � �������� ���� ��� ����

���)������������� ������$�

-L N

����

�� ��

γκγ γ

=+

� � � � � � � ]F0^�

����� ��γ � )� ��γ � ��� �3����� ��� �?������ ���� ����������� ��� ������ ���)�������5� �����

��������3��������������.�)�;9�����������4��7 �������������3���������� ����,5�

��������#�� �!��� ��2���!���

Page 47: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�D>�/�

��� �� ������ ��� ��������� ������������ ����� ����� ��������� ��� ������ �� ����� ����

��������� ��� �����3���� 7 �9� �� ��?������� ��� ��� ��������� � ������� L 0� N9� ����� �� � ���� ���

�����2����������'����������3������)�������������,������������L )� N�LG-N$��

( ) ( );�-�

0� � �� �= Δ Δ� � � � � � � � � ]FE^�

( ) ( );�-

;�)� � � �−� �= Δ Δ� � � � � � � � ]FF^�

����� �Δ � ��� ��� ������� ��� ������2������ )��� ��� ����2� ��� �������2��5� �� ������ �����

1����������������?,� ���������������������������9�7 �������������'�����9������� ����$�;�--

;�-;

)� �

��λ=

� �� �Δ = � � �� �� � � � � � � � ]F>^�

����� ��� ��� 7 �� ��� ��������� ��� &�1����3��� ����������� �� �� ��������� � �������

�����2���5��

���������� �������1�� ��������������������&�1����3������*����� ��������������������

���������������������� ���� ����,����������*�������� ������ �� ������������5���������

����9����1������������ ���'���������3[�7 �����������������2�����������������������

������������������9������ ������������������ ����H������&!��L?�' ���GN��

� � �

��

Page 48: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�DG�/��

��' ���G5���'��������������������H�� ���������������������&�1����3���

��������4������� � �� �!�����

��������������������*������H����� ���� ��� �?�����,��*�����������&���������� ���� ����

������������ ��H������� ��� ���� H������ �������9� )� ���� ���'��� �� ������ ���'������ �� ����

��?�������'�����������3�����5�

������/�+����;��!�3��!"��62��3��!�

����� 1��,������ � ���� �� �����?�����,� ��� ��� !�+9� ��� � ��� ����� �� ����� ��������� ���

?������� ����������� ���H������?�������LGDN$�

;-

��77� � 8�= �� � � � � � � ]FG^�

����������������������������3����)�8�����������2�1������5��

���9� ���� ?� �� ������� ��� ���� ��������� ��' �� �� ������3 ��,� ��� ���3�3�������

�����������'� �����$�;L NL N

�� � �% � �−−∝ �� � � � � � � ]FI^��

������ �����������2�����������2���)�8�������� ������$�;

�8 � ��−= � � � � � � � � ]>.^��

������ �� � ��� �������� ��� ����2�5� ���� �������� ���'������ ��� ��� ����2� ( )��� �

�������������������������H������9�)��������? ����������'���� ( )��� ��������������� 2����$�

( ) ( )( )-.9 .9 .9- -

�����77 � � � � � �

� � �

��� � � � � � �≠

= − + − −� � � � � ]>;^�

����� .9�� �����������������������������3���5��

� �

��������+� �� �!����� ����������� � �!�� ��

�� �������� ��������� ���� �H������ �������� �������� �� ���������� ��� ��4 ��� ��� �����3����

����������7 ��������3������������5���������������������3�����������������������������

Page 49: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�DI�/�

�����#+�������� ������� ��� ��� �����9� )� ���� ��� � ���� ������3��� ��� ��H���� ��� ������

���� ��� ��� � [���� ��� ����� ��� ��������� ��H������� L N�� 5� �������1���� ���

����'�������������������������������9��������������?���������$�

�� � �� � � λ= � � � � � � � � ]>-^�

������ �� �������������������2��)� �λ ������������������������������������������������ �ν 5��

���� ������������� ����� ��� ������ �������H�� '����� )� ���� ����� ������� �������9�

�������������������H��?H�����5�+�������9����!�+��?����������� �����*����������$�

( )-.9-�

�77 � �� �

� �� � �λ

= −� � � � � � � ]>D^�

����� .9�� ����������������������������������������5��

�� ��� ����� ��� 7 ����� �3����� ��� ���'��� ��� ������������ ��������� �� ��� ��������� ���

&�1����3���L )� 9����������-5D5-5DN9����?,� ������ �����������������]F>^���]>D^���$�

-

-�

�77 )� �� �= �� � � � � � � ]>0^�

��������5���! ��� ������� "������ �����

#������� �����3�������������?,� ����]FD9F0^9��������������������� ����������3������

��� ���������� ��������� 7 �� ����� ���� ��?������� ����� ���������9� ���� ���� �� ����

��� �������� ��� ���� ����� L��������� -5D5-5-N5� +��� ����� ��2,9� �� ������ '� ��� ��� 1��

������������� ������������������� ������������LG0N����������������1���������*����,�

� ���/1��,���� L����������-5D5D5;� )�-5D5D5-N�������������� ������������ ������� L N�ν � ���� � �

? ��,�������3�3��������������2�$�( )

( )

L N�

L N�

;

L N� �

� �

� � �

� � :� � �

�%�

ν

νν

=−

=

=�

� � � � � � ]>E^�

#�������*�������������� �����������]>-9>D^9����?,� ���]>E^����7 ���$�

Page 50: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�0.�/��

( )

( )

-

-

L N �

L N �

;

L N�

� � :�

�%�

λ

λν

− Δ

=− Δ

=

=�

� � � � � � � ]>F^�

����� �Δ ������������2��������3��������������������)� �λ ������������������������������5�

���9����?,� ��������!��]FD^�7 �������?�����$�

( )( ) ( )

( ) ( )

( )

( )

-- -

- -; ;

; ;

--

--

;

�*�

-

�*� �*�

�*� - �

�*�

� �� :� : � �� �� �

� :� :� �

� �� �� �

��

��

� :

�� �

� �

� �

λ λν ν

λ λξ

λ

λ

==

=== =

= =

=

=

� �� �Δ Δ� � − −� � � �� �•

� � � �Δ Δ � � � �− −� � � � � � � � � � � �� �=

� �� �Δ� �� �−� �� �� �� �� � +

� �� �� �Δ� �� �� �−� �� �� �� �� � � �

��� �

( )

( )

--

--; ;

;

*� -

�*�

�� :� : �

� :� �

�� �

λ

λ

==

== =

=

� �� �Δ� �� �−� �� �� �� �� �

� �� �� �Δ� �� �� �−� �� �� �� �� � � �

� ��

� ]>>^�

����� ��ν � )� �

�ν � ��� ���� ��?������� ��������� �������� ��� ���� ���� ���)��������� ���������5� ���

������� �������� �� ���� ���� ����� ��� � �� ������������ ������ ��� ����2�9� )� ���

�������������������2���,5�����������?����7 ����������������-5D5-5-9���3������

� ������?����������������������!�9����� ��������������3����������'�� ���������� ����,$�

-L N

����

�� ��

ξδξ ξ

=+

� � � � � � � ]>G^�

������ ��ξ �)� ��ξ �����3���������?������������������������ ���������)�������5�

������'�+���4!������"!� �!���!�������;� ����

���������� ����2������ �� �����������H������ �������9���3���������3������������3���� ����

���������������������2�������H���������?��*�3������� ����� ����������������������������9�

� )�� �����������,� '��������� ��� ���� �1�� H�� �� �����5� �� �������9� 1���� �����

�����������1������������L�������������D5-5-N�7 ��������3������������� ��?�3��5����9�����

�����������H����������������������������H�������?�����������������?��*�3����������������

� ��������������� ��1��������?���������������������D�����������)�D�������������L>N$�;

1 � 18 � �� −= � � � � � � � � ]>I^�

Page 51: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�0;�/�

����� 1� �����������2�����������2���������������������H������1�����������9�)� 18 ��������2�

1������� 7 �� ������H� �� ��� ���'���� ���� ��������� ��H������� )� ? ���� ��� ��� ���'���� ����

��������� 2����5��

����'�+� � ���;�!��"��"�!������

�������������?�' ����������?��4��������������������������������� ������ ��9�7 ����

�����������3������ ���������� �����������������3������� �'������\��)�����������4��������

� �����������?��������5��7 ���������������������7 �������������� �������������������

�������� �� 3���� �� ��� ����*����,� � ���/1��,���9� ����2���� ���� ���� ������������ ��� ���

������3 ��,� ����������� ' ������� 7 �� ������� ��� ����2� ��� �������2��5� ����� � ���� ����

���� �����?H�������������� �����)������������&�����������������'�����������������,�)�

������,5��

����'�/�,���( ����� �!2�� ��

��� ?,� ��� ��� 1��� ]G.^� ����� ����� ���� !�1������� LGEN� ��� ����� ��� ���3���� ��� ���

��' �������� ��� ��� ����2� ��� �������2��� ���� ����� ���� ��� ��� ������� ���� �����3���� ���

��������,�)�������,$�

--;a � ;

-�

1 � �

� ��+ + � �� �� �

< = + � � �� ��

� � � � ]G.^�

����� �� ����������������������2��)������[�������� ���9������� ������*����,����

������� ������������������������ �����������1��,��������/� H�����L 1+ N$�

��

� �L; N;

� ��1 � � �

� �+ � ��

ωωω −= − −

−�

�� � � � � � ]G;^�

����� � ������������������+���B�������������� π- �)�ω ����?��� ����9�7 �����H�����������

������������2����H����� -

�� �'�����������������������7 ��������,$�

- -��

� � � �ω = � � � � � � � ]G-^�

Page 52: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�0-�/��

����� ����*����,� ���[�� ������������ �� ��� ������ � H����9� )��7 �� ��� ����*����� �����

� ���� ��� ������� ���3�4��1���������9� )� ��3�������� ��������H����9����7 �� ��������������

�������������������������?����5��

���������������[��������� ���'������2���,��� �1�����������9�� ���������� ����2���

������������������2�����������2����*���������� ���� ����,�����&$�

-;a � ��� ;-

�1 �

� ��+ + � )�� �� �

< = + � � �� ��

� � � � ]GD^�

�����;9�&�)������������������ �������9��������)�����������2���������������5�

����'���,���( ����� ������!�� ��$�2���"��

����� ������ LGFN� ��� ����� ��� ���3���� ��� ��� ��' �������� ��� ��� ����2� ��� �������2���

�������1���� � � ���������� ��� ���� ���'����2�3��9� ����� ���9� � �������� ��� �����

���������������������������������������������������������������������������������� �λ 5�

������[���������� ���������������������?��� ������� ���/1��,����$�

��

� �ωλ

= �� � � � � � � � ]G0^�

�� ����� ����9� ��� ?,� ��� ��� ��� �������� ���� ���������� 1��,���� � H����� ��� �������

�����������������7 ��������������������������������������������������������������$�

�−

−−−−

=FD

�� N;�L

;�

����

���

��

���

���

�+ ωω

ω ��

�� � � � ]GE^�

����'���,; ����!�3��� � ������"��� ��

�������3�����������3������������������������������ ������������&�������������������

������������� )����������5�����3�����9������� ���� �'����� ��������*���������� ����9�

�����������������1��,�������������3�������5�������9��������������?��4������*����,�

���� �������� ��?�' �������� ������3��� ����� �� �������� ��9� )� ���� ����� ������� ��� ���

��'�� ����� ��� �� ����,5������ ���� ���������� ��� ?�' ���I9��������� ���������� �����������

��'[�������������!�1���������� ������H��������������� �����������������;���F������

�� ���� ���)�������5� �?��� ������9� ��� ������,� ����� ���� �������� ��� �������� )� ���

Page 53: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�0D�/�

��'�� �� ��� ��� ���)�������� ��� � ���� �4 ����� �� ��� �)����� ��� ���� ������ �� �� ������,�

�*��������]GF^�7 �������������3���������������������������� ���� ����,��?�����LG>N5��

�*�+*+ −= ∞NL ��� � � � � � � ]GF^�

������ ∞+ 9���)�������������H�������3������������4 ���5�

��������������������������' ���I5��������,����������?���������������������� ������H�������������������������������3�������

���������������!�1�������������������������������������'�� ����������'����� �����)����������[�L;.N5�

���������������

Page 54: acidos nucleicos

-5�&�������%�,������

� /�00�/��

Page 55: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�0E�/�

D5�� !�"#�� !���#���# !��

Page 56: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�0F�/�

Page 57: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�0>�/�

�*����� ���� ������ ? ��������� ��� H������ �������$� ��� H����� ��3� ������� L���N� )� ���

H���������*����3� �������L���N5��3���������\�� ��������� ����������������4�9� ���

�������,� )� ��� ���������� ��� ��� �?�����,� '������9� ������ ���� ����� ��� '��� ����������

3���,'���5������������� ������������3��3����������' ����������������������������������

����������,����� ����� �� ���)����� ��������������LI9GG/I;N5��

Page 58: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�0G�/�

��/�,�.�)��.��0.-��.-���

��/�/�)����� � �� � �"! "�� ���

���� ���,������ ��� ��� �����3H�������� ��� ���� �� ������� ������� ���� H������ �������5�

���1��� ������� ��������� � �2[���� �������� ? ��,����� L�/�/��3���� �� ����������/�/-O/

����*����3���� �� ��� ���N� ?��?�������� �� ������,� EO� )� � ���� ���� �� #;O� ���� �� 3����

����'����� ���� ������������ ���� � ������ ��'� ��������5� �� �������� ������ ���

�� ���������������? ������������3���������'�����$������[������)����������������5����

�����9� ����� �������� ���� 3����� ����?������� ����������� ��� �?�����,� '������$� ������

L�N9�' ����L8N9���������L#N9������L%N������H������������������9�)� �������L�N��������

��������L?�' ���;.N5�

������������������������������������

�I

�> �;

�F

A

AA

�D�I

�> �;

F

A A

A�D �-

A

G G-

�L�N� � �������������L�N�� �����������8 ����L8N�

�����������������������������

�; -

0A

�D

A

#AD

�; -

0A

�D

A

�; -

�0A A

�D

A

E

F

E

F F

�L3N� �������#�������L#N� � ������%����L%N� � �����������L�N�

��' ���;.5����� �� ���7 �����)������� ����������3���������'������L�N��[������)�L3N������������5��

���� H������ �������� ��� ��������� ��� ���,�����9� ����� �� ������� ��� �������

?��?��������9�7 ������ �����������2�����������,�#DO����������������� � ���,�����)�����

����� ���#EO� ��� ��� ������� ��� ����� ���,����5� ���� ��������� ?���� ���'��� ������� ��� �

�����������������������������L?��?���/������/?��?���N�)�����������3���L����3����� �����������

�������N� L?�' ��� ;;N5� ���� ������� ��� �3��� �� ����� ��� ���� �� ��� �������� ���� ���

Page 59: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�0I�/�

��������,� ��� ���� 3����� ���� �*����� EO� ��� DO9� ����� EO� ��� ��� �*����� 7 �� ����� ��� '� ���

?��?������3��� ����������3���#EO5��

� �

� �

AA

+ L/N

+

L/N

� �

� �

+

L/N �A-

A

+ L/N

A#AD

%

8�

Ea

Da ���' ���;;5����'�������������������� ����������9������)�' ���� ���������������DO9�EO/?��?��������5�

����������,���������������������������������?���1�5�

��/���)��"���!�3���

��� ���� �� ��� ������������ ��� ���� H������ �������� ����� �� ����� ���� ���������� ���

'� ���� ��� H����� ��3��� ������� ��������� L?�' ��� ;-N9� ������ ���� H�� ���������� ���� 7 ��

����� ��� ������,� ��������� ��� ������ '� ��������9� ��� ������ �*��������� #0O/#EO9� ���

���7 ����������������3����)����������?��?��������5��

Page 60: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�E.�/�

��

��' ���;-5�� �����,���,����)������� ������������������������ � ���,�����LGGN5�

��/���/��,��������""��3��!���

���������? ��,������������������� ������ �� �����������7 ��� �������������������3���

L�/�����N9�?����������� �����H�������������� ����������)� �7 ����������*���������

∼.5E� k9� �� ��� ����� '������ L*Z� *N9� ����� ���� H����� ��)������� ��� ������2����� �� ������

�� ��������� ������?��������������������5�����H�����������2�����? ����������������������

�������������H����#EO�������������9��������7 ������7 ������� ���������������

�� ������������������L?�' ���;DN5�

�� ��� ?���� '������ � ���� �� ����� 7 �� �� ��� ���� H����� ��� ����� ? ���� ���� ����� ���

�� �����H�����4����7 ���������9�����3������������������ ������*Z� *����������9������

���������2����������H����H�����4��������3������3����������������)���)��������H����

H������������������������5������7 �����������������������������������?�������

��?�����,� ���� �2[���� ��� � ����������9� ��� � ���� ��� ����� �� ���� ���H������ ��� �� ����2��

���������LI-N$����H' ��������� ���������,���H' ������?���� ( )% 9�)��������� ��������������

( )�ν 9�7 ���������?���������$�

Page 61: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�E;�/�

( ) ( )( )0 ; D .

-

��- �� DFl �� >-l

%ν ν ν ν

ν+ − +

=+

� � � � � ]G>^�

-

���� %νν = � � � � � � � � ]GG^�

����������4 ��� �ν ��������H' ������������7 ��������3������2[����L?�' ���;-N5��

��� H' ��� ��� ?���� '����� �?�����,� ��3��� ������ ���� ����3���� ������ ������������ ��� ���

��3���9�� �������������� �����.� )�DF.�'�����5��� ? ��,�����������3�������' ���� �����

2���� ����������� )� � �� ��3�������� L?�' ��� ;0N$� ������ L .l% ≈ N9� ! �� L ;G.l% ≈ N9� �����

L I.l% ≈ N� )� ����� L ->.l% ≈ N5� !�� ������ �*������������ 7 �� �*����� ���� ?�������

���?���������������� ���,�����$����#-O/���3���� �H' ������?�����������'�����;00/;I.l���

! �9�)� ���#DO/���3���� ���'�����.���DF�'�������������� L?�' ���;DN5�+���� ���,��������

��� ��,� �3��� �������� ���H� �� �7 ���3���9� ����� �� ���� ���,������ � ���� ������ ���������

������2������ ����'�,5��������3����������������������������3�����������[���������

�������������2����������������������������� 0O/���5����3����������'������������*������9�

���������������0�B�������LIDN5�

������� ������������� ���������L�N�DO/���`�0/�����<�%m;Gl� ���������������� �������������L3N�-O/���`�0/�����<�%m;F-l�

��������L�N�DO/���9�-O/���`��Z� *`�.ln%nDFl� � ���������L3N�-O/���9�DO/���`��Z� *`�;00ln%n;I.l�

��' ���;D5�#�?��������������2[�������������������� ���,�����5�L�N�#�?,������������7 ������� �����

�������3���1������������?�����9�)�L3N���?,������! ��7 ������� ������������3���1������������?������LGIN5�

���������������������������������

Page 62: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�E-�/�

�������������������������������������

������������������������������� ��

��' ���;05�#����������� ���������,�LI;N5�

��/�����,�� ��! ���"!��;��!��=>?�

���3����� ���� �������� ��������������������������� �������������� �2[���� �� ? ��,�����

������'� ���������#;O/�$����?���� ��)�����*�����������,��������������9������?����������

���� H����� 0O/#;O/�I/#0� �� ��� ����� ��� 3����� �[�����9� )� ���� 0O/#;O/�;/#-� ����� ����

�����������5� �� ��� ��?�����,� �� ��� ��3���� �������� ��� 3���9�������� 7 �� �� ��� �*�� ���

�2[�������H���������,��� �����L?�' ���;EN5��������������������������������������������

1��1� ��)�1��1��*�5���?������ ���������?�����,����?������������� ���,������� �����������

�*�� ?����� �� ��� �� ��3���� �� ������� ��� ���,� ��������� ����� ��� 3���� )� ��� ��3���� LI0N5� ���

���?������� ���� �*�� � ���� ����������9� ���� �4����9� �\������� � '� ��� ��� ����� ��

������,�G5� �����?��������7 ��� �����?� ���������7 ���3������?����������������� �����

��� 1���,'��9� ���� ���� �4����� ���� ?������� ����� ��� '� ��� EO� )� ���� ���,'���� ��� ����

3���������[�����*�����,�������3�����������?��������*��������� ���,������������' �����9�

����������������,�����'� ����*�������� EO�����3���2�������?�����,� �5�����������

������� ���,������������ ���,����������� ������)���������������?�����*���

J� � � � ��������������������������

���������!�

Page 63: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�ED�/�

��������������������������� �������������������������������������������������������� �/' ������ � �*�/���*���������

��' ���;E5�#�?��������� ��)��*��������� ���,�����5�

��/�����,�� ��! � ;�!;!��!��)'@6)A@�=B?�

��� ������ �*��������� #0O/#EO� ��� �� ������)������������ �� ���� ����� ��?���������

����������5��� �����)����,������C��L����������������,���� EO������������ 0ON�������

EO� ���H� ����� 0O� )� #DO� ��� ����1������1�9� ��� ���H� �� *�� � ��� #DO� )� ��� ����� ���� 0O� ���

����1��*�� 9�)�������H���*�� ���� 0O�)������������#DO����*�� �����1��L?�' ���;FN5�����������

���������,��������������������������������������������������?��?������� ���,�����5����

?���� ����1������1�� ��� ��� H�� �3 ����� ����� �� � ����� ���� �� ���������� LIEN5�

8�������������� ���������3���2��������� ��������1���,'�����������3��������'�����)�

��� EO5�

��' ���;F5���?����,����������'�������H' ��������������������#0O/#EOLGGN5�

��/���'�+��� ��! ��)6.�=D9E?�$�06.�=F9G?�

���?��*�3���������?����������������H������ ����������3����������������������������

����3���� ���� ��7 ������ �2[���/?��?���5� �� ��� ����� ��� ���� H����� ��� ����� �� EO� ���� �2[���9� S�

�������� � � ��?�����,� ��,���� ���������� ��� ->.l� L������,� ��������� +/ EO`� ?�' ��� ;-N�

Page 64: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�E0�/�

� 7 �����;o�����������������������'�,����;..l�����������������������������H' ���P9�

7 ����3������F.l���-..l�L#0O/#EO`�������� ����������N�LIFN5����H' ���Q�L#EO/ EON����� ����

����������������;G.l5�+������������9�����H�������� �������DO9�����H' ����R�T�L#DO/ DO�+/

DON������������������������������'�������������?��������$����)����5�������������

����H' ����R�T��������������������;G.l�->.l���������������LGEoN9����������->.l�;G.l���

�����' ���L;EoN�LI>N5�

��/���0���� �� ��"���!�H";��!���

���� ������������ ��� ���� 3����� ����'������ ����� ��� )� ��� ������������ ��� ��� ?�3��� ����

?���������*�����9�?�,������ ������������? ��,�3���,'�����������H������ �������9����H�

�������� �?� �������� ���� � �� ���������������� ?�����7 ������ ������ ����5� +�����������

�����������������K9� �����������������'�9������ ������� �� ����������� ����3����9���3������

������������������� ���4����������,��������������������������3������ ���5�

��/���/�-���4!�3��

��� ������������ H����/3���� ��� �� ��� ���� ���������������� H�� ���������9� � ���

��������� ����'�9�� ����������������� ������������������������� �������1���,'���)�� �

�� ������5��������'��?�����,'��������A�LEn�AnIN9� ����3���������'���������� ����5����

���� �� ���� ��� ���� �������9� 7 �� �,��� � ���� ������� ��� ����,� ���� '� ��� 1����*���� ��

�������*����������3H������L�Ah;-N5�# �������'� ���?��?������� �������� ���,�����9�

����� �,��� ����� � [���� 1����*���� ���2�3��� ��� � �K�p;9� )� �,��� � ���� ��� ������ ��� �

��������� ����������� ���' �������,����A�F/>5����9�� ��9����A�?�����,'���9�����H������

��������������������5�

��/�����# ������� �!���

���� 3����� ����'������ ��� ���� �� ���� �������� 7 �� �������� �� ������3 ��,� ��� ���'��

)�������2�����������������H�����LIGN9������������������������������������LIIN5�

����� ������3 ��,� ��� ���'�� 4 ���?���� ���� ������������ �� ���������� ����� 3����9� ���

���������� �� ��� ������������ ���� ���9� ���� ��� ���� � ����� ��� 1���,'��5�

Page 65: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�EE�/�

#���������9� ���� '� ���� q�A� ��� ���� 3����� ����'������� L����� ��� �������� ��� ���'��

��������N� ��� 3 ���� �������� ��� � ����� ��� 1���,'��9� ������� 7 �� ���� ������ ��3���� ����

�*�'����������'� ����q#m �)�����������,'������������������L����������������������'��

�'�����N����3 ��������������L?�' ���;>N5�+������������9�����������������?������ ��������

1���,'�����3������H�����������������*�'������������3����)�����?��?���5��

N N

N N

NHH

RN N

N N

O

N

H

H

H

RN

N

O

O

CH3

R

H

N

N

O

N

R

HH

��������L�N��������������������������8 ����L8N��������������������������%����L%N��������������#�������L#N�������

��' ���;>5�+���,��������������������������������� ��������1���,'���������3���������'�����5��

���������������������� ��������� ��?���1���� �����1�����? ���`�������������������������

��������� ��?��1���� �����1����������5��

��/������" �� �;�

��� �� ������� ��� �� ���������� ������ ����� ������� ��� ? ���������� ��� ���� H������

�������5���� �7 ���3���� �� �������� ������������ L;..N� ������� ���� �� ���� ������������� 7 ��

�,��� ��?����� �� ��� ������2���,� ��� ���� H����� ��� 1���,'��5� ���� 3����� ����'������ ��� ����

H������ ������������������ ��7 ���3��������/����)���� �����/����L?�' ���;GN5�����

3����� H�� �� ��� �*����� �)������������ �� ��� ?���� �� �������� ����/���5� !�� 1��

����3������9��������������������������,�����9�7 �����1����� �,��������H������3����7 ��

���� ���/���� L;.;N� �� ��� ��,� �� ���5� ��� �3�����9� ���?��������� �� ��� 1����������� ��

��3������������������ ����������������������,��� �������5�

A

A

� A

Page 66: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�EF�/�

� �

AA

� �

A

A� �

A

A ���' ���;G5�&�������������� �����������/���������-/��������)��������� ����������/���������

-/����������5��

#�3�� ��������� 7 �� �1��� �������� �����H���� L;.-N� ����� � � ���'�� �� ��3����

�������������������?�����������/���9�)��7 �������������������������,����������������

�?�������������������?�������������3�����)���� ������������5�

Page 67: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�E>�/�

����,� �"! "��� !"������

%���������������,����������3���1���������� ���������J�����)�#���B������������� �� �������

���� LEN9� ��� ����� ��� 7 �� ����� 3������ ��� � ���� �*������� ������������� ��������������

������������� 1�� ���� �������H����5� ��� 1��1�9� ��� ���9� ���� ���� ��� ������ ��� H������

�������9� � ���� �������� �� '��� ����������� ��� ?����� �� ? ��,� ��� ���� ����������

�*����������9���������� ������������3�������������������3���,'������7 ����������� �����5�

%����� ������ �������� �� ����)����� ��� ���� ������ �� ���� �� ��� 1���������9� ������ ����3����

1�����������/��������������������-9�D�)�1�����0�������5���������?�����,�������3������������

���� �� ���� ������� ���� �7 ����� 7 �� ��������� ���� � ����� ���� ��?��������� ��,�����

L?������� ���� ��� �,� ��� ���� ������� ������������� ��'[� ���� ������������ ���J����� )�

#���BN9�)���������������������?�������������,�����L������7 �������� �����������������

��'��N5��

����/�-� �!!��� �����!�1� � ����

���� ��7 ��������� ���� �� ������ ��� ���� H������ �������� ��� ��� ?� ��� ��� ��� ��������� ���

����3���2��� 2���� �������� ��� �� �������� �������� ��� ���'�� �'������ L'� ���� ?��?���N9�

���������� ������3���������H���� ���� ?���������� ������7 ���������� ��� ?��*�3�������

�����������������������������������������������,�������������,�L���������������D5D5;N5����

���� �� ��� )� ��� ?��*�3������� ��� ����� ������� ��� ��� ����� ��������� '������� ��� ��� ���� ���

�������? ��2��5�+����������9�������������' ������������������������������������3�������

����3���2��������?�����,��������H������ �������$�

����/�/�0" � ��� �2���3� ���

��� �������1���,'�������7 �������������,������ ����2�����������H���������� �'� ���

7 �����������L�/AN�)� ���������L�N�7 ��� ����������7 ������$�

/� �����������'��������������1����������������9����?����7 ��� ��������������������������

��������������������,��������H�������1���,'��9�)�

/� ��1������������������������,�������3����������������r�������2�3���5�

Page 68: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�EG�/�

������������������H������/AXXX��� �������������9���� ����������,���� �������������-.l9�)�

�����������������1�����H��������H�����3������������-5F�)�D5E�k�L;..N5�

��������������������3�������������������������� ��������1���,'��5�����������*�����

�1�������������� ?�����,9� ����� �� �������3���,'���� ���������� ������������H��

��[����������� ���������J�����)�#���B�LJ#N�LEN�L?�' ���;IN9�� )���������������������$��

/� ������?���������������������������������3�����

/� ���?�����,���������� ��������1���,'����������������������#X8�)����������%L�NX���

/� ������\�������������3�����8X#�)��X%������H����������������)����H' �������������,�

��������������������3����� )��������L'�������������?�N9����7 ������������?�����,����

����3���1��������' ����L?�' ���-.N5��

��������

��

#AD

�A

A

��

� AA

A

��

AA

A

A�

��

A

A

A

A

! �����)��

! �������

! �����)��

! �������

��

��' ���;I5�+��������3�����J#�������������������3����1��������������)�������5��27 �������X%�

)������1��8X#5�!�� ���������� ��������)����� �����)���������1�����5�

Page 69: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�EI�/�

��' ���-.5�+���3������������� �������1���,'����� ��1�3���������5�����4�����H������ ��������1���,'���

�����3����9����2 ������� ��������1���,'��������� ��������)������������������ �����)��5��m�������9�

�m�������)�i������������� �������LCCC5���35��'N5��

���H��������������������������������1���2����������3����9������ ��������1���,'���

��� ������� �� �1��� ��� ���� ? ������ 7 �� ������\�� ���� H������ �������5� ��� �,�

������?���� ��� ��������� ��� � ���� �)��� ��� �����2�� �)������������ �� ������� ��� � ����� ���

1���,'��� ����� ���� 3����� )� ���� ������� ���������� ��� ���� ���H�����5� %�3��� ��� ����2��

� ��������1���,'�������� �,������'�������7 �\������� ��������L?�' ���-.N5�

�*����� ����������� ��� ������������ ��?������� ��� ���� ����� ����J����� )�#���B5����

1��1�9� ��� ����3��� �������� -G������ ��� �������� ���� 3����� L� ����N� ��� ����� �?�������� L���

���� -� � ����� ��� 1���,'��� �������N5� ��� ���������� ���� 7 �� ��� ����3��� ?�����

������������ � ���X� ���� )� ��������X��������9� ���H�� ��� � ���X��������5� !��

��� ������������3���������7 ������������������3���������������������2���,��������3�����

�� ������������ ��� � ����� � ���� ��� 1���,'��9� ���� ����3��������� ��� �����5���' ���

������������������������������������H������ ���������������������A��'�����L;.DN�L��

?���������)� �������N�)� ����Z������ L?�' ���-;N5������[�����? ������ ���������#���B������

�*������������'������,������,��'��'�������)�����������������1���������������?�������

���� �� ������� H������ �������� L;.0N� L���������D5D5;N5��������� ��� � ������������ ��������

1���,'��9���������?������������������������������������5�

�����������������

��

��

A

AA

A

��

#AD

A

A

��

A

A

A

A ��

AA

HA

A

I

�����������������������

� �

AA

A�

#AD

� �

AA

A�

#AD

Page 70: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�F.�/�

���������������

A

�A

AA

��

A

A

A

��

A

A

A

A��

AH

A

A

���' ���-;5�����3�$������������������A��'�����������X%�)�8X#���������5�&����$�������������������X%����

�����J#���������)�A��'������������5��3�4�$�����������������Z������������X8�)�8X#�LA��'����N5��

����/���-� �!!��� ��� ������ � �������.���

���� 3����� ��3��� ����������� ����� ������ ���� ���������� �� *�����5� �� ����� ����� ���

������������ ���� 3����� ��� ������� ����*�������� ���������� �� ��3��� ��� ����� �� ��

��������� ������� �� D50� k9� �������� ��������� ���������H������ ���?�����3���� L��� ������

����������� ���������� ��� �������� �� 7 �� H����� ��� ��� ���� ���'�� ��� � �����'�N�

L;.E9;.FN5������������,���� *����������� ��? ������������������������,�����������

J���������������������������������������3�������r������������������H�����5�������9��

����� �� ����� ���� ��� ������� �?����� 1����?,3���9� ��������� �� ��� ������� �� ����,� ��� ����

���� ��������' ��������������2��������������������3����5�

���������� �������� �*����������9� ���� ��� ��������9� ��� ���������? '���,9� ���

�����������9� ��� ����� ����2���,� ������� )� ��� �&�9� ��� 1�� �������� �� ��� ���������,�

������H���� ��� ����� ����� ��� ������������ L;.>/;;.N9� ������ �� � � ��2� ��?������� ����

��� �������,������L;;;/;;DN5�!�'[����������������3������9����������������7 ������ ����

8� ��� ���� H�� ����3���9� ������ ���� ��� ���� ����3������� ���� 7 �� ������� %5� �*����� ��

���� ��,� ���'������� ��� ��� ����3������� �� ������ 7 �� ��� ��� ��� ��� ���\�� ��� ���� �������

���������5� ��� ����� ���9� � ���� ����3�������� ��� ��' ����� '������,$� � ���X� ���� h�

� ���X���������h���������X��������5�

��?����'��9��������3���2���,���3�������������������������� �������1���,'���� ����������

��� *�����5�!���3��'�9�������������������������' �9������������,����3���������� �����

���1���,'��� ������?�����3��9��������7 �� ��� ���������� ���1����H�� ?�����3�����3���� ���

�?�����1����?,3����������������������5�+��� �������9�������������7 ����� *������������

������������7 ����������������3���1�����9��������7 ������� ��������1���,'����,������

Page 71: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�F;�/�

���� �������1��������������' ��7 ���*���������������3����5������2�?������9������ �����

���1���,'��� ����3���2�� ���������� ��� ���� �� ����������9�������� ��� ��� ? ��2����������2�

7 ���*������������2�����������7 �����?���� �H����� �������L;;09;;EN5�

����/���,�� " ! ��� �����1 � �

��� ������ �� ���� 4 �'�� ���������������� �� ������� �� ��� ?������� ����H������ �������5�

������� ����������H�����������������������������������������������������������'� ����

?��?����� ���� ���9� � )�� ��� ���,� ���������H����� ������ �� ������� �� ���� ��� 1������ LG.N5�

+���������9� ��� ���� �� ��� 1���������� ��������� ���� ���� H������ �������� ������ ��

����� ����������������������������������� *���������������3�����)����������2���,����

������ ���,����������H����������'� ����?��?���5�

���� ���� ���� ��� �' �� ��� ���� �� ��� ���������� ���� ���� ?������ ���� ������ ���

1��������,5� �� ��� ����� H�� ������� ��� 3���� � �������� ��� ;;� �� -.� ���� ���� ����

���,����9�7 ����� ��������������������� ��������1���,'�����H�����������7 ������

�2[���/?��?���� �� ��� ���� 3����9� ?������ ������� ��� 1��������,� ��������� ���� �������

������ )���� �� ������� ������ ��� H������ �������� L;;FN5� ��� ��' ��� ����� ��� ����

���� �� ����� )� �� �1��� ��������� ������' �3��� ���� ������ ���� ����� �� ���� ���� ��� 7 ��

����������������3���������� �����)��������������' ��9�� 7 ��������������������3���2��� ���

���� �� ��5�

��� ���� ��� � ���������������� �� ���������� ?�����,'����� )� ���� ����� �������� ���H�

�������� ��� ���������� 7 �� � �����2�� ����������� � � ���'�5� ������ �������� � ���� ����

���'H�������1���������9��������3����������3����������������������������������H������

����������5���������� ���'H���������������������� �����������������������������

���&'-I9�#�-I9���I�)�KI9�)�������������1������������� �����������5�����������������

���'������?��?���9�� ���������� ��'�������� ���*�'���9�� 7 ����3���� �����������������

����3�����L;;>N5�&�������7 ����������������������������[���������������������?����

��� ��� ��� ����9� ���� ���������� ����2�� ���� �' ��� ����������� ����� ?��������� 2����

������?����������������,�������H����� ������5���������������������?������������� �����1����

7 �� ���� ����� ���������� �?����� ���)��������� �� ��� ���� �� ��� ��� ������� ��9� � ������

Page 72: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�F-�/�

���� ������3����������������������9�����)��������1�������������#�-I�)�&'-I�����' ���

����������L;;GN������ �����3����'��3�������������� �� ����������LGIN5�

������0�4� ����2 ��!���� ���

#��� 1���� �������� ����������9� ���� ���� ���,������ � ���� �������� ���� �� ����

��� ������� ��� 1�����9� ��� �)����� ��� ��3��� 1�3��9� 7 �� ��� � ���� ������3��� �������

���H������ '���������� 1�����������5� =����� ������ ��� ���� ��� ���� �� ������ ��� ������

����� ������)�������� ����������������?��� ���������������������5����������,������

������ �������� ��� ����������� �������� ?�4�� �� ������ ��� ���H������ �������� ��� ������3��� ���

1��������������'��3��5��

������/�0�4� ���� � � ��� ��� �!� ��

8������� ��� �� ����� ��� #�3���'�� L;;IN9� ��� ����3�������� ��� ������ ��� )� ' ���� �����

���� ���� ���� ���H������ 1������������ L?�' ��� --N5� �� ������� ��� ����� 1���� ����2���� ���

���������,� ���� ��7 ��� #�A!� L;-.N� �� ��� ���'���� �D���� L;-;N9� 7 �� ����2�� ���

�������� ���������� ��� ���� *��� *����� L&!%N� ����� ���' ������ 7 �� ���� ���H������

���� ������������������������������,������4������ ���5�

��

��' ���--5�������� �������������H��������������������3�����?��������������������������L����3�N�)������

������������L�3�4�N5�

Page 73: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�FD�/�

���������,����������������3����������?����������������� �� 9�7 ������������������'��������

������� ��� ��?������� ( )9 9� � �� � : � ����� ����� ��?���� ��� ��������,5� ��� ���'�� ( )�� � ��� ��� � ���

����������������7 ������������#G�������� ����������#F�����������������������������5�

���H��������'����3����������� ���������,���9�������������������������������4��:����

��������������������,�EO/hDO9���������4�������1���������������9�)���������4����1��������� ����

�)���L?�' ���-DN5�

��

��' ���-D5���7 ��������������������'��)����������������?�������������������������3����5�������������� ���

1�����? �����������7 ��������������1����������5�

�����'�������������?�����������H������������?�' ���--������������' ������������L;--N$�

/���#H�� �������H' ��������*��*� ( )à �)�����4�������*��* ( )�* $�

;��� � �: : +Γ = ⋅ � � � � � � � ]GI^�

;� ��* : : += × � � � � � � � ]I.^�

/� ������,���������� 9 ;� � + ���'[� � -9 � -+Γ −Γ ���3�������4�������*��*�������3���������4�� � *: 5�

���� ��� ��� � ������� ���� �������� ��� ���� ������ ����� ������ ��'[� � *: � ����� ��?���� ����

�4��� 9� * � *� � ���������������������3�����������L?�' ���-0N�

/� ��?����,����������������H������������������L?�' ���--N$�a a

;��� � �� � +Ω = ⋅ � � � � � � � ]I;^� �

����� ٠������� *Z� *� � L������3�����������,���'[�����4������ ���N9�7 �������?����������

��������� a a;9� �� � + ���������������������?�������������������� 9 ;� � + ����� �����������������'[����

�4�������*��*5������������������������H' ����������3������ �������������,������*��,'���5�

Page 74: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�F0�/�

+���� ��?���� ���� ���H������ ��� ����� ( )ρ � )� *��*� ( )τ � L������3�� ���� ���������� 1����� ����

�������������� ������������������N9�������������?�������H' ��� ( )φ ����������4�������

*��*� ( )�* �)� � *� �L?�' ���-0NJ�

��� � *�* �φ = ⋅ � � � � � � � ]I-^�

���ρ φ= Γ �� � � � � � � ]ID^�

��τ φ= Γ � � � � � � � � ]I0^�

�������������������������������� ��������3��������������������� �����)��9�)�����������

�������������*��*����� ��������������������������5�

/� ��?����,����������������H��������������������L?�' ���--N$�

( );� � : � � � *� � � � � �+� � = −� � � � � � � � ]IE^�

����� 9 9� � :� � � ���� 1�7*3� �����)��� �9��������������9�)� � *� �����������2�7 ���������

������������������7 ����?������&!%5��

��' ���-05����������,�����������������7 �������� )�����&!%9�s9�t�)�φ L;--N.�

��������0�4� ���� � � �!� ��!���� � � ����

��� �� ?���� �H��'�� �� �������H������ ��������������3����9� �������H������ �����3�����

������������� ��� ��?��� ��� ��� �) ��� ��� ��� ������ �� *����� L&�%N� ��?�������� �����

����������)������������������L?�' ���-EN�L;--N5�

Page 75: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�FE�/�

���' ���-E5�������� �������������H�����������3������������������?��������������������������

L����3�N�)������������������L�3�4�N5��

����������������'��)����������������?��������������������������3�����������������������

( )` 9 9% % % %� � � : ������������������� ( )` 9 9%% %% %% %%� � � : ������'��������� �����������?�' ���-F5�

�������������������'��������� ����������������������;/#0�������� �����)��D/#F�������

���������9������ �������?�������4�����������������������������1���������������5��

��

��' ���-F5���7 ��������������������'��)����������������?����������������3����5�������������� ���1�����

? �����������7 ��������������1����������5�

����������������� ��� ��������� �������� ��� ���� ��� ��� H' ���������������� 'γ) )� ��� �4��

������������� '��(9� ���� � ����� ������� �3����� ��� �4�� ��*� 9� )� ������������� �� ���

� ���������,���������������������������3����9����������������&�%�L?�' ���->N$�

��� % %%� �γ = ⋅ �� � � � � � � ]IF^�

Page 76: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�FF�/�

% %%�� � �= × � � � � � � � � ]I>^�

��

��' ���->5����������,�����������������7 �������� )�����&�%�)�φO L;--N.�

�������������� �����������������)�������������L?�' ���-EN$�a a��� % %%� �ω = ⋅ �� � � � � � � ]IG^�

�����ω �����������������*Z� *�)� a�� ������4������� ���������� ���������,5�

( )��� a ��*�� �φ = ⋅ � � � � � � � ]II^�

( )��� aκ γ φ= �� � � � � � � ];..^�

( )�� aσ γ φ= � � � � � � � � ];.;^�

�����κ ��������������)�σ �����������

( )� � : % %% ��*+ + + � � �� � = −� � � � � � � � ];.-^�

����� 9 9� � :+ + + ���� 1���3� *��*�1�)� *�����9��������������9�)� ��*� ��������2�7 ���������

���&�%5�

��������0�4� �������!� ��

�������H������'��3����� ����2��������������� ����� �������������������������������3�����

����� ������3��� ?��'����� ������� ��� H������ �������� L1����� ;.� ������ ��� 3����� �� �� � �����

�����N�L;-DN5���������������3������ ����2���������� ��������*���������������'�����D����

L;-;N���������� �������*Z� *9�����3�*��*�)� *��*�1��������������������?��'���$��

/� *Z� *�'��3��$�����3����������������,�������������������*Z� *������������������?������������5��

/� *��*�1$� ��� ��� � �� ��� ���� ���������� ����� ������ ��� 3����� ������� �� ��� ���'�� ��� ����� ���

?��'���5�

Page 77: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�F>�/�

/� �����)�*��*�'��3����$������' �� ������������� )����������������������)�*��*���������L?�' ���

-0N� ]I-/I0^5�!����?��� �� ������� ��������� �7 �������� �� ���&!%9������ ��� �4�� � *: � ���

����� )��'��������������4��� : ����������������3������������)�[����5�+���������4��� 9� * � *� � �

��� ����2�� ���� �������� ���� ���� ��� 3����� ������� ���� ?��'���� )� ��� ���)����� ��� �����

�������� ������� � *: 5�!�����[����������������������� ���������9�������������� 9� * � *� � ����

�3������������������������������������������5��

������'�,����� ��5��������������� )��

��� �������[���������������3���'������?��'�����������5�!���� ��7 �����������,����

�7 ���3���� ���� �������� ��� ��� ������ )� 7 �� ���� ��� �'�����,� ������� ����� �� ���������� ���

��3������ 7 �� ��� � ���?���� �� 3���� �� ��� ����������� ����1� ( )� � L;-0N5� ����� �������� ��� ���

��'�� �������� �������������������������,��������������,������������9�)������?�������������

H' ���Lθ N�?����������������'���������������������������,������)��� ������������$����� � ��θ −= � � � � � � � ];.D^�

���������� ����1���� ���������������������������?���������H' ����'��3�����L�����������)�

�Z���N� ��?������ �� ��� � ��� �������� �� ���������� '������� ��� ������1� �� ��������� ������ ��� ���

���� ��5�

�������� ��! ����!����!���

%���������������������?������������ �� ������,�����������'� ���9������?�������)������

�����5� ���� '� ���� ��� ��*��,'����� )� ���,'����5� ���� ?������� ��� �9� �� L��*��,'����N� )� U�

L���,'���N5�%���������?������������ �[��������9����*�����,���������7 ��� �������0������$�

�9�#9���)�%5�

�������� ��!��" # �������� �$��!�%�&�'�

!�����������2����7 �������3���1������'�������������1������5��������������� �����������

?������ �� )� �� ��� ��� ?������ �� ��� ��������� ��?������ L?�' ��� -GN5� ���� �����������

�������������������������?������������� ���������3���;5�

Page 78: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�FG�/�

��' ��� -G5� &������� ��� ��3��� 1������ ��,����5� !�� �3������ ��������� ��� � ���� �)��� )� ��� � ���� ����

?������� ���� ��� ��7 ������ ��� �2[���/?��?���5� ���� 3����� ����'������ �������� �� ��� �������� ��� ��� 1�����5� ���

?��������� ����������������4�9���������2 ��)����U��������5�

�������������� '����� ��1������H����1��������������H������� �������� ��������1�����5�

������������ ��?��4������� �Z�����7 ����������DF/DGl��� ��� ?����������DDl��� ��� ?�������5�

���������������������?�������������������������������2[�����9�7 �������?�����������#-O/����

L#DO/���N9�������� 7 �� �� ��� ?�������� ���#DO/���5� ����9� 4 ��� �� ��� �����,� ���������� ����

������'� ���������LMN9����������������������������?���������������7 �������2[���/?��?���5�

#��� ����� ����9� ��� �� ����� ��?�������� �� ���H������ ���� ��� ��������� ����� #;O�

��������������)�������H�����U�9�7 �����������)����,�����H�������?,�?����������4��(�������

&!%�L?�' ���-IN�L;>N5�%�3�������������3����������?����������������������������������������

� ����5��� ��� ?������������ �����)������H����1��)� ������H�����? ���7 ������ ����

���5� �� ��3��9� �� ��� ?������ �� ��� � ���� �)��� ��� �1�� H�� ���? ��� 7 �� ��� � ����

���9� ����� ��3��� H�� ������1�5� ��� ?������ �� ��� �����' �� ���� ���� ������ ��� 3�����

�������� ������ ��� �4����� ���1�����9� ��� ?����������2���� )����� ��� ��������7 �� ��� ����� �� � �

Page 79: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�FI�/�

�������5�+��������������9����?�������������� �1������������2���9�����������3��� �1 ����

�������������������1�����9�������������������,�����������������3���������������������4�����

���1������L?�' ���-GN5�

��

��' ���-I5��� ������,��������H�����U��������?�������)��5�=�������H�������������������������2����������

?,�?����? �������������*)�����&!%�������������������L;>N5�

!����'� !����%�

G/;.� ���,����������� ����� ;;� ���,����������� �����

3������������� ����������4��������1��������������

�������,�3��������������-.l�����������������4��������1������

��Z�������DDl�)���������.l� �Z�������DF/DGl�)���������El�

A����������������� ��������9����������.�k� �*����� �1 ����������������9����������/-�k��

��������������2[������2���!��

L#-O/����#DO/�*�N9�χ����-F.l�

��������������2[������2������

L#DO/���N9�χ����-..l�

�L#;O/#;ON����E�k�)�U��/.5E�k� �L#;O/#;ON����E5E�k�)�U��-5-�k�

� �����)���H����1��)���'��H�����? ���7 �����

� ��������

� �����)���H��������1��)����? ���7 ������ ����

����

%�3���;5�#����������������������?�������*��,'�����

Page 80: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�>.�/�

���?��������

��� ?������ �� ��� ��� ?���� H�� 1�3�� ��� ���� ���9� ��� )���� ���� ������ �9� #9� �� )� %�

L;;F9;-E9;-FN5� ���� ���������������� ������������� ���� �������� ��� ����� �/���9� 7 �� ��� ��� H��

1�3�� �����)�)��)����7 ��������������3���,'�������������5������������������������������

��� ��� ?������ �� ��� )� ��������5� ���� ���������������� ��?���������� ��� 7 �� ��� #/���� ���

��'�������H��������2����)����� �����H��������1��9�)�7 ������?�������)�%��������� �

� �����������? ��9������ )�������1�5�������?����������������������������9�������

�� ������������������������������1 ��������������L#/���N�)��������������?�'���L%/

���N5

���?��������

��� ?�������� ��� ��� ?����7 �� ������� �� � ��)����� � �[���*� ������5����H�9� ��� ���

��' ��� ?���� H�� ���������� �� ��� ���� ������������ �� ���������� ��� 3�4�� 1 �����

L�� ������ ���� ��������� ���?H������ ���� ��� ������ �� ���� �������� ������ ��� ? ��2�� �,���N�

L;G9;->9;-GN9� ��� ������ ������ �� 8X#� L;-IN9� )� ?������ �����4�� ��� ��������� L����

���������������������������������������������������L;>NN5�

�������� ��!� 1������ �$��!�*�

������������������H�� ��������� ���7 �� �����3���1������'������ ������� ���,'���5�+�������

�� ���� �� ��� H�� ���'�� )� ���'���� 7 �� ���� ���������5� ! � �������� ��� ���? ��3��� ���� ���

?���� ��� 2�'/2�'� ���� ��7 ������ ��� ?��?����� L?�' ��� -GN5� ���� ���������������� ����������� ���

�������������3���-�L;D.9;D;N5�

*6%+,�

;-� ���,����������� �����

;��������-� ���,�����������������3����������

��������������2[����#-O/����������L! �N��

)�#DO/���������L�����N�

! �������� )����? ���)�������1�5�

! �����)����������*������5�

Page 81: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�>;�/�

%�3���-5�#���������������������?�������,'���5�

���U/�������1��������������)�)������� ������� ���/��������������������89�#�����

��� ������ �� ���� 7 �� ��' �� 3���� ��� 1�� ���?������ ���� �������,� �� 3�����,9�

��������������������5����?����U/�������� ����������������������H��������?�����

�/������������������?H����������3������������5�+����4����9� �� ����������? ��2��

�,�������� ��� ���3����������3����������U/���5�

����-�)��$��!!��� �����!����!���

������������������9� ����H������ ����������������?������[���*��9�������������'���

������*�������������������������������9�� ��������������������������� ���������H����

��������������� �����9� )� 4 ��� �� ?��'����� �[���*��� ��� ���� ���H� ������ ���� �� ���� ��

� ����� ����� ��� ����H� ���� ������ ������ ��� ������������ ����� 3����� ���H�� ���� ���J#�

L��������� D5-5;5;N5�����3�����9� ��� ?�����,� ��� ���� �� ���� �� ��,����� �� ��� ���������

[�����������9�����7 �����������3�������� ����?�����L���������D5DN5�

A��7 ��������1��������

!������ �� ������������7 �������� )���[������������5����1��7 �������������� �

������ )� �3 ���5���� ������ ��� � ?��'���������3���1����������9��������7 �� ��� 3 ���� ���

��������������)���������������� ��������3�������������,�7 ��������� ��� ?�����,�����

?��'�����[���*������������� �������������L?�' ���D.N5�

���� �� ������ ��?������

!��?��������3����1��������������7 ������������������������������������5�#����

������?���� ��1��7 ����������������������������������������������4 ��� ������ �� ���

����� 2�L?�' ���D.N5�

+��� 3����������.������

!�� ?���� �� ���� �� ���� ������������ )������������� ����� �*����� � '� ��� ��� 3�����

7 ��������������������������������������)�������������������������� 3�����������

����������������������� �� ���'�����������[���*�L?�' ���D.N5�

Page 82: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�>-�/�

��

��' ���D.5�������������� �� ������������� � ������������H������ ��������L;D-N5��

��2������������������

!�� �� ���� ��,� ��� ���� .�����9� 7 �� ��� ���� ��� � ���� 1�)� ���� �������

��������������� ����� � � ��'�� ���*�������� ���7 �\�� ?��'���5�=����������������

�������� 3��������H������������������������[���*�L?�' ���D.N5��

#� ������/������5��

!�� ���� �� ���� ���� ������ � ���� �� ������ ��� ���� ��� ������������ �� �

?��'���� �� �,��� ��� � � ������ '����9� ���� ��3��� ��� ����� �����9� ����� � '��� ��

���� �� ������������7 ����� �����������?�' ���D.5�

Page 83: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�>D�/�

������������� ����

!�� ?���� �� ���� � ���� ��� ���� ��� ��� ?�����,� ��� � �[���*� ������������� ���

��?���������3����������������,�������������L?�' ���D;N5�!������ �� ���� )�����������

)�����������������������������?�������L������D5D5;5DN5�

�����������

���' ���D;5����� �� ������D���������������������L;D-N5�

��3���1��������������������������

+ ������������/����������� ����3��H������������������ ��������1���,'������������

�����A��'�����������)����/J#�L?�' ���D-N5�

%�������1��������

!�� ?���� � ���� �� � �[���*� J#� ��� ���� �� ��� ���� 1�3���� ��� ����� ���� )� ���

�������������� ������������������������ �����)����������� ��������1���,'���L?�' ���

D-N5������������������� ��������� ���������������)�� ������������������������������������

������J#����� ���5���'�����9�������������������������������������� ��������1���,'���

����������� ��� A��'����� )� ��� ���������,� ��� ��������5� +��� ��� ��������9� ��� ��� � ���� ����

� ��������1���,'��������)����/A��'�����)�������������,���������������5�

A����������0��������

!�� ?���� �� ������� ������� ��� ���� ������ ����� ���� ������� 8� ����� �����9� 7 �� ���

�������������������-�1��7 ����������������)����� ��� ������?��������������� �� ���L?�' ���

D-N5�� 7 ��������[�������\������1��������7 ���������3������������*��������������� ������

L;DDN9� ���� ��������*������8����H������������ ���� ���,�����)� ��� ����3���2��'��������� �����

���������� ������������������������������� �� ��5�

Page 84: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�>0�/�

����������������������������������������������������������������������������

������

���' ���D-5�&������������3���1���������������L�2 �N9�����������1������L��4������[���*�)�����������������*���� ����

���� �����)��N�)����1���������0��������L'���N�

Page 85: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�>E�/�

������ ��! ��� �!����&�$��!����!������!��

����H������ �������������2�� ��������3��������? ��������������'���������������� ���5�

c�� 7 �� � � ���� �� ��� ������������ ���H� �������� ��'���� �� � � ? ��,9� �� ����� ����� ���

������������������3�����������������������LIN5�

���������"��!�" ���!�����0�!�� !�����

� ���������\��;IED9������������,����������3���1���������� ���������J�����)�#���B������

������� �� �����������LEN�������,��*�����������������,��������?�����,�'����������������

��� �����������������7 �����5��� ���� ��' �������\��9� ���1�������1��,������ ��3����,�� ���

�?�����,�'�����������������?���3���������� ��9�)���;IEG�#���B�?�� �,������'��������

3����'������� ����L;D0N�L?�' ���DDN5��

��

��' ���DD5���'���������������3����'������� ����L1115�������*�������5��'N5�

Page 86: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�>F�/�

���1����'�� �� ����� ��������������� �������,� )� �*�����,���� ���1������� '�������

����� ��� ���� 3������� ��� ��� ����?�����,� ��� ����� �� ��� ��3��� 1������ �������5�+������ ��

����������������������*�����,��������?�����,���������������'������� ����� ��9����

�����9�7 �������������������������������4����)�7 �������������� ��������������9��������

7 �� ?������� �����2�� �������,���� ���5������'�� ��3������� ���7 ���,����������� ����

�����������)9���������9������� ������)��������������?�����,�'����������������������5��

�������� �� ���!!����

��� ��� ��������������� ��� � ��� ��� ���� ��� ����2� ��� � ��������� �� ��� ���� )� ���� ������

��������� ��� �?�����,� '������� �� ��� ��' ����� '������,5� ����� ��� ����' �� '������� �� ���

��������������� ��� 3����� �3������ ���� ���� ������������ J#5� ���9� ��� �?�����,�

���������������3���1������������������� ����9�� ���������������������������������,�

���������� ������������������)��3�������� ��������[���*���������L?�' ���DDN5�

�����������������������������������������������������3���1������)�������������������

������� ������������� �� ��� ������� EOuDO5� ��� ������ ���H� �� ��� ������� ��������9�

������� 7 �� ��� ����� �������� ��� ������� ��������5� ��� ��� ��� ��� ����� ����� ���3����

����2������7 �\���?��'�����������������������������������������������������������

� �����������������2���������' ����������������L?�' ���D0N5�=����9���������?��'�����

��� B�2�B�9�'����� ������ �� ������7 �����L�[���*���� ���������������)��������� �

���2��������� �����������������N9���3������� ����[�1�)���3������������������������� ��

���� �� ���������?������������L;DE9;DFN5�

��

��' ���D05���������������������������,5�!��� ������������?��'�������� B�2�B��LIN5�

��� ?��������� ��� ��� ���������,� �� ��� �����9� )�� 7 �� � ���� ��������� �������� ���������� ����

�4����������3������ ��������9��*��������� ���������3����7 ������������3����5���������

Page 87: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�>>�/�

����9� ��� ��� ��� 1�� ������������� �������� ��� ��������,9� 7 �� ��� )� ����3���� �� ���

��?�����,� ��� ��� ��3��� 1������ ������ �������� ��� ��������� � ��7 ���� ��������,� ������ 7 ��

� ���� ��\����� �� ��������,� �� ���� ������������J#� L;D>N5� ��� �3�����9� ������ ��������

�����������?���3���9����7 ��� ������� ��������3����?���������5��

�������� � ���!���!����

��� ��� ����������������� �*�����,���� � '�� )� �������� �� '������ �� �������������

�������������� ��������'������������L'���H����� ��[���*����X���`�?�' ���DDN5�

����� ���� L����������4���9� ���N� ��� ��� ����'���� ��� ������ ���� [����� ����� ���'��� ���

������������� ���9����������H�� '���������� ���,5��������������������������)��������

�� ���� �� ��� ������������ �����4�� ?������ ���������� ��,����� )� �� ��,����� ����

�����1�����������������������������5�L���������������D5-50N5�

�������� � �"�!!����

���������������������� ������������2�� ������������5���������������������� ����?�������

L����N�4 �'�� ������������9�)��7 ����������������7 �������������3���������� ����������

����L���,N���� ����H������������������������������,��'��'�������L?�' ���DEN5�

��������� �������� �������� ��� ���,�������� ������������J#��� ����������������

3����9� ������� 7 �� �� ��� �������� ��� �� ��� ��� ������������ ��� H�� ��*�� � ������ ������

���������������������Z�..�����A��'�����L���������D5-5;5;N5�

�����3�����������H7 ���7 ���������'���������'��� �����������������������7 ���������

?���� �������� ��� ���9� )� ���� ����� ��� ��� �������� ��� ��� ��� ����� ��������� ���

���H�����5� ����� �����4������ ���� ���H� ?������ �� ������� ��� �������� )����� ��3������

L����N9�?����������� 3 ���������� ������ �� ����������������4��L?�' ���DFN5��' ���

7 �� ��� ���9� ��� ����� )� ��� ����� �������� �� ���� �� ��� ���������� ?������ �� ������� ���

����������� ��������������,�������������,�����L���������D5-50N5�

Page 88: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�>G�/�

��

��' ���DE5�����,��'��'���������� ���7 ��������� �,��������������������

L1115�������*�������5��'N5�

��

��' ���DF5�! 3 �������7 �\��������3����5��27 �����$���7 ������������� �� ������ ���������� ������

L;DGN5������1�$����� �� ���������������L;DIN5�

Page 89: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�>I�/�

������-� ���� ��1�����

���� �������� �9� 7 �� �������� �?��������� ��� ���������� ���� ��� !���9� ? ���� ���

������ ������� ���� 3������ 7 �� ������ ��� ��'�� ��� ��� 3����'������� ���5� =����� ����� ���

'������?��������������������������)������������������ ���1 ������?���� ����3���

1������ �������7 �� ��� ���'��� �� � � '���� L?�' ��� D>N5� !�� ��������� ����� ��� ?� 4�� ��� ���

�?�����,9�)��������������������������3����������������'�5�&������������9������������

���������������������2�����������������������������������9�7 ���������2����'������ �

�[���*�������� ����� ���������������������L;0.N5�

��

��' ���D>5�#�������������������� �5���� ������������������������?���������3���1����������������� �

�����������������X����LIN5�

������ � ����� �� � �"���

A���������H�����-E��\��������,��������3��������������\������� ����������������1�3������

�*�����,���� �'��������?���9����������������?� 4������?�����,���� ����L;0;N5���������

�����������)������ ����'� ���,������������� ���7 ����� ����������������?����L'���������

���� ������������ J#N� �� � ���9� 7 �� ����?�7 �� ���� �� �������� � )�� ����,� �� ���

�����3�������� ������ ��5�����[���*� ��� ��������4�� ����������������� ��� ��9� ��� ����2���

Page 90: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�G.�/�

������A� ��� ������9� ��� ��'������5� ����� ������'��� )�� 1�� ����� ����2� ��� ��2��� ���� ��������

?H������ ��� ������� L;0-N� )� ��� ���� ���� �1��� ������ �� �� �3��� ����� ��� ���������� ���

�?�����������������H���9�����?�����,�)������?����������������L;0DN5�������� ����9�

��� ��?���� ��� ? � ��� ���������� ��� ����� ������9� ���� ���� � � '��� ������� ������ )�

�����,'���5��

���' ���DG5�#�������,������������������������'������������������������L;00N5�

����������9� ��� 1�� ���� 3������ ���������� ����������� ��� ����?������� �� �����

L;0E9;0FN� ���� ����� �������'��� ���������� ����������� L������ D5D5-50N9� 7 �� ��� ������

��3���������H�������'��������' �����?�����������������L;0>N5� ��������3����������

��� ��� ��� ���� ��3�2���� L������ D5D5-5EN9� 7 �� ������� ���� ������� �������� ��� ������ ��

����������������������?�����7 ���������� ���2������������L;0GN9����7 ����3����3���

����������� �������������������3�����'����������� ������L;0>N�L?�' ���DGN5��

+����������7 ��������������������������1��������������������������������?��������

��� ������� ��� ���� ������ �� ��� ��� ��� L;0I9;E.N5� +��� ����9� ��� ��7 ����� � ��4 ��� ���

��3� ��������� )�����,������'�������������������9�������� ��������� ������������7 ��

4 �����������������4����!#���'����������9��� ���������A�7 �����H����������2������

��������[���*������X���������'��������������� ������������������ ��L;E;N5�

Page 91: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�G;�/�

�������� �2,��3�

���������A��������2��������������� �����������������9�)��7 ��� ����������9�� 7 ����

���������3��9� � ���� ��� �?������� ��� ���� ���'� ���,������ ���������� ��� ��'������ �������

����� )� �������� ��� �������4�� ��� ������ ���� ���5� ��� �2��� ��� ������?���� ���� �[���*�

���X���9���������������?��������������)���� �������� ���������������3���������

L;DN5��������������� ���� �������� �����3��7 ������)������ �� �����*����������9�������2����

���� �� ������ ��� � � ������?������� �[� ���H� ��� ��������� L;D9;E-/;EIN� L?�' ��� DIN5� !�� 1��

����� ����� 7 �� ��� ��1 ��� ��������� ���� � ���� ���� ������� ���� �� ����� L;E-9;E09;EGN9�

� 7 ����������?�������� ������� ����������������������������������������)����,����

'� ����1��������� �������9������������������� �,��������2���L;EE9;EIN5��

���' ���DI5���������������������������� �� ��������)�����������������A� ����������X����L;EGN5�

������2���1������������?����������'����������������������1 ����)���� �9�����

��� ��� ����� ���� 4�A� L��� �� ��� ��� � ���?�������� 1 ��N5� & ���� �� ��� �2���� ���

����������������A�1�� ����� ����������� �� �����������9�������� 7 �� 1�� ����� ���������� ����

��������� ���������L;EEN5�� 7 �����������A������� )�� ��?�����������������������������

�������� ���9�������������� �����������)�������7 ������������� �������������������������

�����������������5�+����4����9�����������������A���� �������1����������� �����������������

������?����� ��� ��� ����� )� �������� �������� ���������� L&'-5� �� &-5N� ����� � � ����������

L;F.N5�+����������7 ��������������? ��,������������������?��'�������� B�2�B��� ��������

���������,9� � 7 �� ��� ������ 7 �� � ���� 1����� ������ ? �����9� ���� �����'��� ��� ��� ��� ���

Page 92: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�G-�/�

���7 ��� �������� �� ����������� �� ��� ���������,� ���� ��������������9� )�� 7 �� ��� 1�� ������ � �

�������������������[������������������������L;F;N5��

��������6������!� � �"���� �� � �"��" ��7�� � �!����

���������������'� ���,����������������L���N��������\�����������34���������� �����

����?������1������������)������������������������������� ������������������������� ��5����

���������9��������' �,� ���1�3���,�������������������� ���,�L?�' ���DGN5�����)��������

�������������������?�����������7 ���������������,�-O�L?�' ���0.N5�

��

��' ���0.5�����������3����H������������������;V�'������,�������'� ���,���������������5������

�����1��-O/ /&�����)�������27 ������-O/ /���*������L;F-N5�

��������������������'�����������2[����������?�����,������9����7 ���������� ��

������������'��2���,��������?�����,�������������������7 ���� ��� ������3���2���,���

����[���*����X����L;EI9;FDN5��

��������6������!� � �"���� �� � �"��" ��7�� � �!������

%���� ���� �34������������ ���� ������������ ��� ����3������� ��� ��� ������� '������,� )�

���H�� ��� ���� �� �� ?���� ��� 1�3����� � ������3��� ��� ���� ��'������� ���� ��� ������ A9��

� ������ ���� ��� '����� ��� �1�3���,� ��� ��'������ ��� ���� �,*���5� �4������ ���

���'� ���,���������-V�'������,���$�

����H���������3�� ��������

�������?����������������7 �������2[���/?��?�������������������� �������������������

1����� ���� �������� ��� �����9� ����� �� � ��� ��7 ���� ��3��� ��� � ������3������� 1����� ���

������ A5� !�� �3��'�9� ���� H������ ���3�� �������� ? ���� ���� �������� ��� ��������

Page 93: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�GD�/�

���� �� ������ ��3��� ��� �2[���� 7 �� �������� 3 ���� ������������ ����� ��� �������� ����������

L?�' ���0;N5�

���' ���0;5����� �� ����������27 �����$�H��������3�� �������L���N9������1�$�H�����-O�/���3�� ��������

L�/���N�

���� H���������3�� ������������'�?���� ���4������ �������3���������� ?�����,�����

���X���9� ���3�3������ ���� �� ���������,� �� ������ ���� '� ��� A� �� ��� � �����)��9�

� 7 ����� ����� ������ �� ���7 �������������������� ��������������������A�L;F0N5�+���

����� ����9� ���� ���������� -O�/���3��� L�/���N� ��� �4����� �� ��� ����3������� ���� 1�3����9�

���3�3������ ���7 �� ��� ���� ��� �� � H������7 �\���� ����� ��� ��� �������� � ���� ���

���)����������� �����)���L;F0N5�

����#E/�������������������

���?�����,���� ��������������������?�����,�������3����������������������� )��

����������������3�����������������������������������������*���������������������?�����

�����7 �������2[���/?��?����L?�' ���0-N5�������'� ����������)����������� �����)��9� ���7 ��

������� ���� � '��� �� � �������� �� ��� ���������5� ���� 1�3������ ��� ������� ���������

����������������������A�L;FEN5�

Page 94: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�G0�/�

���' ���0-5����� �� ���������#E/�������/����*���������L#�N�)����#E/�������/����*� ������L��N�L;FFN�

������-����%2,�" ��� �$ � �!��

��� ���� 3������� �������� ���� ������� ��� ����� 1�� ����� ������� ��� ������'���,�

3���,'���� L;0EN� )� �������� ���� �� �������� ��������� ����� ������� �� ������ ��������� ���

�?���������L;0>N5��������������������� ����?��'��������'���������������3���������

������������� ���)���������������������������4�����������������������������������������

������ L������ ����7�����N9� 7 �� ����� -;/-D� ���,������ ��� ���'�5� ������ ������ ���

��������������������4����!#9�7 ���������2��������������������������9� ��� �����������

����� ������������ )� ?������� ��'�������� L;F>N� L?�' ��� 0DN5� +��� ����9� ����?������

��������������������� �������������� ��������������������� ���� ���? ������������� �

'�5�

Page 95: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�GE�/�

��' ���0D5���7 ������������4��?����������������)���!#�L;F>N�

������8� ����!�4�!��

�����3�2������ ������ ���������������������������������5�����' ���7 �������2����

���������9������� ��������������7 ����� ��������?��������� �� �������)�7 ��?��������� �

�������,� �� � ���� ���5� ��� ���� 3������� ��� ������ ���� ���� ��� ������� � 2� ��3��� ���

���'�� ��� ��� ����� 3���,'���9� )�� 7 �� ������� ������ 7 �� ? ���� ���� ���� ��� ���9� ���

1�3������������� �������������9��������� �����������������5�!��1����������� ��'���������������

��3�2��������� ����� ��������9�3��������� )���� �5�#���������9� ��� ��3�2��������3�2�����

�������� L1�����1���� ��.�(���N� 1�� ����� ��� ������ ��� '��� �������� ����� ���������� ����

�'���� ���������� L;FGN� L?�' ��� 00N9� )�� 7 �� ���� �� ��� ���� ������� ��� ��� �����

�������7 �����������������������������3�2��9�� 7 ���������7 ��������3������������ �,�

� ��������������� �� �����������������������5�

��

��' ���005�#��H��������� �����'��������� ����3�2���L;F-N�

������)��1 ���&�$� #�!���""�" ��%+,��

���� �������� ���� �� ���� ��� ������ ���� ��)����� �������� 7 �� ��������������3�� �������

� ���� ��� �� ��' ��� ������ L;;FN5� A�)� ��3���� 7 �� � ���� ������ �������� � ������ )�

Page 96: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�GF�/�

��?�������������4������������������������7 ����' ���� ��*�����,�L;;G9;FIN�L?�' ���0E�

)� 0FN5� !�� 1�� ������ 7 �� ��� ���������� ��� ��?�����,� ������� ���� ����� ��� ���,������

L>9;>.9;>;N9����7 ��� '���������*����������� ��,��'��'���������� �������������� �,������

������������?����������� ������ ������������� �������������� ���� ����������������?�������

�������5��

��' ���0E5��4�������������4�����X�����������������������H�� �����5�!������������������������� �,������

��4��%�%��L9�9��.���.�����������9�%�+N�L��3�;c%�N5�

���' ���0F5����� �� ������ � �������9� �����? �������������7 �������5�L��3�;� �N5�

���H�9� ��� � ���� ��� ��� ������ ����� ��� ���������,� ���� ���� '����5� =���9� ��� �����

��'�� �������������������������� ���� �������9������7 ������������������������ �� ����,�

Page 97: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�G>�/�

� ������������ 3������������[�������� ���5���������������������������,��������' �����

��� �������9�7 ������������ �� ������������������;�� �����)�D�0�������������� ������4��

������������ ��������1������� L?�' ���0FN5���������� ��� ������ ������9� ���� ��������3������

������� � ��������� ��� ���7 �������� 7 �� �������H� ���� ������ ��� ���9� ����' ����� ���

�����H*���� ��������������,���� ���9���������?����H��������������L?�' ���0>N5�

��

��' ���0>5���������������7 ����������������'�����L1115�������*�������5��'N5�

��������+ � �" �!��" � � ��! ���&�$� #�!���""�!������ !� �!��

8������� �� � ��4 ��� ��� ��� ����� ������������ L>9;>.9;>;N9� ��� 1�� ������ 7 �� ���� ������

c���Lc����������9���� ����9�������������EOuDON������ 3�������������H��?��*�3���9�)��

7 �� ������� ����� ���� ��?��������$� �N� �Z���� ����9� ������ ��������� )� ����� 3�4�� ��������� �� ���

?�����9�)���N��Z����3�4�9��������'������)�����������1��������� �����)�����������������?�����5�

+��� ����� ����� ���� ��������c������ 3��� �� ���� ����H�� ��'����9� ��3�H����� 1����� ��� � ����

���9��������7 ����������������Lc�cN��������������L?�' ���0GN5�

Page 98: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�GG�/�

���' ���0G5�&�������������������������������������3�������'[� ��3�������������������� �� ����

�*����������5��,�������������������Z�����������������������������������L;>;N�

���������������������������

��� ������� �*�������,� ��� ���� ����������� ������?����� ��� ��� ����� �����,� �� ����

����������������������9�)��? ���������������������������,�����7 ���3������������� �������

?��*�3�������L;>;9;>-N5�������������9����1�2�� ���������������*����������3�����3��������������

������ c��9� ��� � ��� ��������� 7 �� ��3���� �� ��� ������,� ��� ������� ���������� �Z���� �����

� '������������������������ ��1�7 ��������������������� ����9�7 �������� �������$��N����

��?�����,�����������������������������������������)��������9�����N�������������������

�������� ������������� ��7 ����� � ������ H�� ��������� L?�' ��� 0IN� L;>-N5� ���H�9� ���

���� �,� ��� ���'��� ��� �������� ����� ������ ���� ������ ��� 3���� �� ? ��,� ���� ������ )� ��� �1�7���

�����H�����������������������������������,������)������*�����������������������c��9�

��c�)�����L;>D9;>0N5����9� ��������3,�7 �� ��� ��� ���,����������H�������3������������

�������� ��� ���� ��� ������8X#� L?�' ��� E.N� �) ��3�� �� ������ � �������� 3�����3������� L?�' ���

0GN5�

��

Page 99: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�GI�/�

��

��' ���0I5�����3�$��Z��������9����������������)������3�4����������������?�����5��3�4�$��Z����3�4�9��������'������

)�����������1��������� �����)�����������������?�����5�����3��������������������������Z���������� ��������

������������7 ����������������������������������������?���������L;>EN�

���' ���E.5���7 ������������ ���,����������H��������������8�#���3������� ��������������L;>;N�

���������������������������

!��1������ �����7 �������� ���,����������H�����������7 �������2[���/?��?����� ����4 '��� �

������������������� ��������������������?��������������5����9������?�������������������

��� ����� �� ���� � ����� ��� ���� ��������� ��� ������ ����������� � �������� '����� ���

������������������ �������'����'�������)9���������� ����9����������� ���� ���� L;>FN5�

#���������9���� �,������5������������%������� ���������������� ��������1 ���

��������L0N5���'�����9� ���� ?��'����������� ���������������� �������9��������

7 �� ���� ����8� ���� �� �� ��� � �����)��� L;>FN9� ��� 7 �� � ���� �*������� �� ������ ��� ��������

'������������������������ �����5�

�������� � ����!����':%�

#��� )�� ��� ����,� �� ��� ��������� D5-5D5;9� ��� �������,� 1����� ��� ?������ ��� 1�3�� ���

� �������������� ��������������������9������� ����������������� ����2���������

Page 100: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�I.�/�

��?�����)�� ������������L;>9;;G9;FIN�L?�' ���E;N5����H�9����?��������������' ���?����

H�� ��[� �� ��� ���9� )�� 7 �� ��� 1�� ������ �� ���������� ��� 3�4�� 1��������,� L�����

���������,��,������������������������������������N�)������������������ ������������

��8�L;G9;-G/;D.N5�+������������9�����������,��W��1��������34���������� ����������������9�

����� 1���� �������� ���������2����� ������ � � ��� ��� ������ ���� ���� �� ��?�������

��������������������' ��)��������' ��LGEo������ �N9� ���������3����� ������,�

'��3�����3������������H����)�������������������������,5��

��

��' ��� E;5� ��'�� ��� ��� ��?�����,� �u�� ���� ����� ���� ��� �������� ��� ������� �/+���� L��3� ;�>DN5�

�����1�$�������������?��'�������)�����4��������L;>N5���

����������,�������3���������'������

��;IG09����1�)�#��������L;>>N���4�� �����7 �������3�����?���������������3�����

�������7 ����������1���������������,�)�7 �9���������9�������������������? ��2����� �����5�

#���������9�����������������3�����3��������������������c���)����������� �����������������

��� ������ #X8� L������ ��������� �������N5� ���9� ������� ������� ��� �������,� ���� �

�������������7 ���� ��� ?������������\�����������������)�������������������3����� ���?������

L?�' ���E-N5�#���������������������' ����*��������������?������������������ ������8X#�1�����

���?�����9�� 7 ����7 ���3���������,�������������������3�4��1��������,��������3�����

�������,5��

Page 101: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�I;�/�

���

��' ���E-5���7 ����������������,��u����'[������?�����,��������3�����L;>GN�

����������,��������7 �������2[���/?��?����

�� ������ 7 �� ��� 1�� ���� �3������� ���� ���� �� ���� ��� �������� ���?��������� �� ���

��7 �������2[���/?��?����L��������������������������������;V�'������,`�L;EI9;FDNN9����1��

������ 7 �� ��� ��������� ������ ��� � ?������� ����� ��������� �� ?������ �������� ��� ���

�������� ���������� �� ���� ���H������ ��� ���� 3����5����H�9� � ��� ���� �����2���� �� ������

'� ��� �� ;III� ����,� 7 �� ��� ���������,� ��� ���� �������� ��� ��������� ���� � ?������� �����

�3����� ���������,����������W��L;>IN5� ������� ������,������� �,�7 ��������'��������

���?������� ��?��������� ����� ���� ?����� �� )� �� �� �' �� �� �������' �� ������� �� ���

��� ���,� ����� ?��?����� �������������9� ��� ��������,� ��� ���� �������� )� ��� ���������,�

L;G.N$� ���)��� ��������� ����� ?��?����� ?�������� ��� ?������ �������� ����������� ���

�������9� ������� 7 �� ���� ������������ ��� �������� ?�������� ��� ?���� �� ��3���� �� � �

���� �� ���H���������5�����3�����9���������������,�����������������������������?������

��� H�� �������� 7 �� �� ��� ?���� �5� +��� ����9� �� ���������� ��� 1��������,� ��� 3������

���'���������?�����3��������?�����9��������7 �������������������3�4��1��������,���� ���

�����������������������,9����������?���������H��?�����3��5�

����-��;!��!�� #� ��! � � ���

Page 102: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�I-�/�

����� 7 �� ���� ��� ������� ��,������ ������� ��� ����� 7 �� ���������� ��� ���� ������

�*����������9� ��� ��������� ����� �����7 �\������������� ��������������� ��������7 ��

������������?�����,��������������������H������ �������5�����������������1������ �����

����������������������3�������?�����,�����������������������*�����������)���������3����

���� ������7 ������ �����*�����5�+�������9����1����������������������������������������

���������*����������9���������� ������4����������������LGG9GI9;>EN5��

�������� ��������,���1�)������������������������������������ �� ������������������

������������� ��,$������?�����,������)�����)�����&�5�����3�����9��*����� ���4 ������

�������� ��� 3�4�� ����� ��,9� 7 �� ��� �� �?�����,� )� �������� ��3��� ��� ��?�����,�

'��3������������� ��9�����������������������������������������,���������������������?������5�

����-���<; �"���" �"�$�!!����" ��&���=�

������� �� ����������H������ ��������1���������� ��������������������������������������

��?�����,� ��� ��)��� �5� ������ ������� ����������� �?�����,� �� ��?������� �������

����������������������� ����)��������������'��2���,�������������9������������������

� �������� �� 3 ��� ����� ��,� � ���� ��� ����' �� ��������2��� ����������� ��� ��� ���5� !��

�3��'�9� ��� ��?�����,� ��� ���������� � ���/����������� � ���� ���� ��3��� �?�����,�

��������9�� 7 �������������� ��,5�

��?�����,����?�3����

��� [���� ����3������� ��� ������'��� ��� ���� �� ��� ��� ���� H������ �������� ��� '��� ��'�� ��

������� ��?�����,� ��� ��)����� ��� ���������� ?�3���9� 7 �� ��� ?���� �� ������� ��� ��� ������

�������� ����������� ����� ��� 1���� ����������� �� 3���� ��� �\����� ����1��5����9� ���� ���'���

��������� ��� ������������������� ?������1����� � ���/������������� ����7 ���,���1�)�

�������� ���������� �� ��� ���'�� ���� �4�� ���� ���5� �� ����� ����9� �� ��� � ���� �3�����

�?�����,����������,���9�����������3������H������1�������������������5�

������������������?�����,����?�3����? �� �������������������������\���E.��������B���)�

8��������3�����������3���������������������������������?�����,9�7 ��? ��������������

)���L;G;N�L?�' ���EDN5���������������3�������������������������1 ����9�)������' ���

�������� ���� ?�3���� 1[����5� ��� ����,� �9� 7 �� ���� ��� H�� ������ ��� ���� ���9� ? ��

Page 103: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�ID�/�

������������ ���� J����� )� #���B� �� � � ������ ��� ��3��� 1������ ���� ���9� 7 �� ����3�,� ���

�3�������/����LEN9��������7 ��H�������������7 ���,����?�������������������,5�������

�\��� G.9� ������ ��� ��5� ����' ����� �������� ��� ��?�����,� �� ��?������� ���������� 7 ��

���������������������������������������?�������������������������������D5-5D5;�L;G-N5�

���' ���ED5�+���,������?�����,�������?������L�27 �����N�)����?������L�����1�N���������L;GDN�

��?�����,��������������

�� ��� ���� �� ��� ���������9� ���� ���� ���� ���H� ���� ������ ��' ������� �� �� ����2�

�����������5� ��� ������ 3H����� ��� ��� ����� ���������9� ��� � ��� ������� ����������� ���

�������� ?���� ��� ������ ����5� ��� ��������,� ��� ��� ������ ����� �� ���� ����� ����������� ����

��������������7 ��?�������������������������L���������������N5��

�����?�����,����������������3���?��'��������;./;-����������3������ ����� �������� ��

����� ��,����-/D�k9� ������������� ��� ���� �� ��� ������������H�� �������� )��������5����

�3�����9�����3����,��������������������������)������� ��������������3��9��������������

�������������������������?�����,'���������������? ��2����,�����������1��������1���������5�

���� ���������� ��� 7 �� �,��� ��� � ���� ��������� ���� ���� 7 �� ��'�� �� �����

��?�����,����7 ���3����L�����������������������1�)�?��'�����?��*�3�������������� �����

��� �����3��� �3����� �� ���� �� ��N5� �������� �� ��� ����� ��� ���� H������ �������9� ����

?��'������������������������� ���������������������������?������ ����������?����9�

���7 ������� ����������������������������������������������������������L;G0N5�

Page 104: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�I0�/�

����-��� �� ����!��!��; �!���!� ���2<,��

#����� )��������������������2�������������?�����,����������� �� ������������������

����H������ ��������������������� ��,5�#����������������1������������'������7 ��

�������� ���� [������ ��� ��' ��� H����� L;A9� D;+9� ;D#� )� ;E�N� ��������� ��� ��� ��,� �� �

����� ��������'������ ���� ���5� +�����������9� ��� ������ ��� ���������� �� ��������

?��� ������������*������������[�����5��

���������2������7 �����

���� ��?������� H����� �3���3��H� �������,� ��� �������� ?��� ����� ��3���� ��� ������

7 ����� ������ ���� ��� ����� �9� �������� 7 �� ��� ����H� �����?����5����H�9� ��� �3����H�

�?�����,�������������������� �������1���,'���)����������

��������������6������������

��� �*������,� ��3���� ��� ������'������ �� ���� ��� � H���� ���H� �?� ������� ���� ����

������������ �'������� ��� � �� H����� �������� �� ��� �������5� ���9� ��� ����������� �����

�������� �?�����,���� ������������,������������� ����H����9�������������� ���� ��������5�

���4�������������������������2[���9������������������6������A;O�)�A-O����������������

��?�����,�! �9��������7 ��������������6������ADO�)�A0O����������������������L;GEN5��

����������������4���,�

�7 �������������� ���������� �����������[������ ����������������� �������������

�7 ���3�������� ������1�3���������*������5�������������������'�������������)��7 �����

�?�����,� ��3��� ��� ��������� 7 �� 1�)� ����� �������� H����� L� ��N9� ��� ����� 7 �� ���

3H������������������ ���������� �� ��������������5�

��� ��������� ����4�� ��� ��� �&�� ��� 7 �� ������� �3����� ��� ��?�����,� ��� ���� H������

�������� �� ����������H�� �������� �� ���� ?�����,'����9� �� ��� ��� ��� ����������?��H������

L���� �4����� ��������� ��� ? ��2�� �,���� �� � 3��� ��� ������� ��N5� ���H�9� � ���� ����

�?�����,� ��H���� )� ���� ��������� ��� �������,� �� ��� ��3����,� ��������� �����

��?,������L���������������7 ���3�����������������!W������ �������� ��������������������

������������ 6N5� !�� �3��'�9� � � ��������� �������,� ��� ��� ������ �� ��� ���\�� ��� ����

Page 105: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�IE�/�

���� ����L�������� ���������� ���;...�H����N���3��������������4���������������������9�

� ���� ������ ��,�� ������������� ���� ����,�����&�������'������������� ����3������5�

����-���<; �"���" �!6�� ����!����

A�3������������' ����4������7 ��1���������' ���?�����,������������������'�����

����� �����9� ���� ��� ��� �3�����,� ������������ L�4N9� ��� ��������� ���� ���� L#�N� )� ���

�������?������5����������������������������3���������� �� ���)����������������'��3�������� ��

���� ��9�� 7 ����������������?�����,����� �� �������������5��

�������������������3�����,������ ������������

����H������ ���������3���3����������������������,�'�����������������������H�������������

3����5�����3�����9����'���������3�����,���������? ��,�����'��������?�����,���������3���

1�����5����*�������� ���������� ���� 3����� ��� ������� ���������������������������

7 ��1�)���� E.o���� ������� ����� )� ��� E.o���� ������� ���������9� ���7 �� ��� ������ ����

������� ������? ��,�L������N�)����� ���� �������� ���������������3�������L?�' ���E0N5�

��

��

��' ���E05�# ���������������,������������5����������� ������? ��,�L%N����� �������E.o����

��������������H� �����)���������E.o�����������L;GFN�

���������������� ����

Page 106: acidos nucleicos

D5�����H������ ��������

/�IF�/�

#��������������������� ���������� 2�������2�������� ������*��,'����)����,'��������������

��� �3�����,� ��?�������9� 7 �� �,��� ���H� ��?������ ��� ����� ����� ���� ���� ���� 7 ������5� !��

����� 3����� ����2����������������� ������� �� ��� ��� ��������� ����3������ ���9� ����������

����� ��� ���� H������ �������� ��� � � ���� �� ��� ���������� 1���������5� ���� ��?������� ?�����

��,������������� ��������������3�����,���'���������������L?�' ���EEN�

��

��' ���EE5�������������� �������������?��������[���*��5�����)�-O�/���������?�������H������

���3�� ��������)�-O�/���3�� ����������������������L;G>N�

�������?�������

��� �������������������������,�������� ������'[�� ������������ ������������������

������� ��� �� ����2� ������9� ��� � ��� ?������� ���� ������� ���� ���\�� ���� ���9� ���'��

���������� �� ?���5� ��� ����� ����2���� ������� ���� )� �������� � ����� ���������9� ������ ���

����H� )� ��3��H� ��� ������� ���� ��� ����9� ���� ��� 7 �� ���� ��7 �\��� ��� ����H� �4��� )�

���2��H� H�9� ������� 7 �� ���� H�� '������ 7 ����H� ������ ���� � '��� ��� �������5� ��� ���

���� ����9� ���� ���� ���� �������� ���2��H� �4��� 7 �� ���� '��3 �����5� 8������� �� �����

��������9� ��� �3����,� ���� ������� ��2� ��� ?�,��� ���� ���� � ������ L;GGN� )� ��3��� ���

1��������*�����������H�����������������?��*�3�������L;;9;-N5�

Page 107: acidos nucleicos

05���� �������

/�I>�/�

05���!��%�� !��

Page 108: acidos nucleicos

05���� �������

/�IG�/�

Page 109: acidos nucleicos

05���� �������

/�II�/�

05;�������������*�3����)��?�����������$���&���� �����)�����!� �)��'�����)9���3�����+���29���������B��9��5�6������� 7 �9�&������� ��2���

>�������7�)�����������������L-..0N��-�9�F->/DG�

Page 110: acidos nucleicos

05���� �������

/�;..�/�

Page 111: acidos nucleicos

Relative Flexibility of DNA and RNA: a MolecularDynamics Study

Agnes Noy1, Alberto Perez1, Filip Lankas2, F. Javier Luque3 andModesto Orozco1,4*

1Molecular Modeling andBioinformatics Unit, Institut deRecerca Biomedica, ParcCientıfic de Barcelona, JosepSamitier 1-5, Barcelona 08028Spain

2Bernoulli Institute forMathematics, EPFL (SwissFederal Polytechnical Institute)1015 Lausanne, Switzerland

3Departament de FisicoquımicaFacultat de FarmaciaUniversitat de BarcelonaAvgda Diagonal 643, Barcelona08028, Spain

4Departament de Bioquımica iBiologia Molecular, Facultat deQuımica, Universitat deBarcelona, Martı i Franques 1Barcelona 08028, Spain

State of the art molecular dynamics simulations are used to study thestructure, dynamics, molecular interaction properties and flexibility ofDNA and RNA duplexes in aqueous solution. Special attention is paid tothe deformability of both types of structures, revisiting concepts on therelative flexibility of DNA and RNA duplexes. Our simulations stronglysuggest that the concepts of flexibility, rigidity and deformability are muchmore complex than usually believed, and that it is not always true thatDNA is more flexible than RNA.

q 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Keywords: DNA; RNA; flexibility; molecular dynamics; similarity indexes*Corresponding author

Introduction

Under physiological conditions DNA exists as anelongated helix known as B-form, while if possibleRNA forms a double helix more compact than thatof DNA,1–3 which is named the A-form. Thedifferent puckering of sugars in B (South to South-East) and A (North) forms alters the structure of thegrooves,1–4 which changes completely the ability ofthe nucleic acids to interact with other molecules,particularly with proteins.1–3 It seems the differenthelical structure of DNA and RNAmight determinetheir different role in the cell. However, structureitself is not able to explain the incredible ability ofproteins to distinguish between nucleic acid struc-tures. For example, only a fraction of very similarstructural distortions of DNA are recognized by the

UvABC excision repair mechanism.1–3,5 Indeed, it isknown that RNase H recognizes and degradesDNA–RNA hybrids, but it is inactive against RNA–RNA duplexes and other RNA-hybrid molecules,despite the fact that all these duplexes pertain to theA-family.6,7 More surprisingly, the complex mecha-nism involving gene silencing by small interferenceRNAs is activated by duplex RNA, but not by otherRNA hybrid duplexes of similar structure.8,9

Clearly, besides the general helical structure, otherproperties must be exploited by nature to dis-tinguish between helical structures.RNA adopts very unique conformations in the

cell, like those of ribozymes, transfer or ribosomalRNAs. However, it is believed that this is mostlydue to the fact that cellular RNA is single-strandedand intramolecular RNA duplexes containunpaired bases and mismatches which favourstrong twists and kinks in the helix. However, it isgenerally accepted in the scientific community thatthe DNA double helix is more flexible than the RNAone. This assumption is supported by indirect lowresolution experimental data10,11 like that derived

0022-2836/$ - see front matter q 2004 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Abbreviations used: MD, molecular dynamics; RMSD,root mean square deviations.E-mail address of the corresponding author:

[email protected]

doi:10.1016/j.jmb.2004.07.048 J. Mol. Biol. (2004) 343, 627–638

Page 112: acidos nucleicos

from electron micrography, gel electrophoresis,hydrodynamic measurements or fiber diffraction.1231P NMR experiments of highly oriented fibers alsosuggest thatB-DNA ismore flexible thanA-RNA.13,14

Protein NMR experiments also suggest that theRNA duplex is more rigid than the DNA one forequivalent sequences,13,14 a finding further sup-ported from the comparison of experimental NMRJ-coupling constants with the values derived frommolecular dynamics (MD) simulations.15 Cautionis, however, necessary, since we cannot ignore thatNMR data provide information about local fluctu-ations in DNA microenvironments, it being lesssuitable to ascertain global structural changes of theduplex.

Crystal data deposited in the Protein Data Bankhave been traditionally used to support the greaterflexibility of B-DNA compared to A-RNA. Thus,depending on sequence, solvent composition or thepresence of certain ions different B-like confor-mations (C-, D- or T-forms) can exist,1–3 an effectthat has not been detected for A-RNA. The largeroccurrence of lattice distortions in DNA crystals16,17

and the ability of a given DNA structure tocrystallize in different space groups15 have alsobeen used to support the higher flexibility ofB-DNA compared to A-RNA. However, we cannotignore that similar lattice-dependence effects aredetected for A forms.18,19 Furthermore, a recentextensive comparison of crystal structures ofB-DNA and A-RNA20 have raised doubts on thehypothesis that DNA is always more flexible thanRNA. Thus, not only the number of space groupsfound in RNA structures is very similar to thatfound in B-DNA, but no relevant differences arefound in both thermal factors and resolutionbetween B-DNA and A-RNA crystals. In summary,the analysis of the PDB structures does not supportthe view of B-DNA as an “intrinsically” moreflexible entity than A-RNA.

Different theoretical calculations have exploredthe structure and flexibility of DNA and RNAduplexes. The landmark work by Cheatham andKollman15 provided an exhaustive MD comparisonof DNA and RNA duplexes in aqueous solution.The analysis of the torsions around a, c and gdihedral angles and of sugar puckerings during2 ns trajectories led the authors to conclude thatA-RNAwas more rigid than B-DNA.15 The authorsdemonstrated the complex nature of the inter-actions rigidifying the RNA versus the DNA,suggesting that perhaps high ordered watermolecules around the RNA reduce the flexibilityof RNA. Similar calculations were later performedby Auffinger and Westhof,21,22 who comparedd(CG)6$d(CG)6 and d(TA)6$d(TA)6 DNAs with thecorresponding RNA duplexes, r(CG)6$r(CG)6 andr(UA)6$r(UA)6. From the analysis of dihedralchanges along the sequence and their time fluc-tuations, DNA was found to be more flexible thanRNA. Only one MD simulation, performed recentlyby MacKerell’s group has raised doubts on the

dominant hypothesis that DNA is more flexiblethan RNA.23

In summary, despite the lack of definitiveevidence, there is a general consensus that DNAduplex is more flexible than the RNA one under thesame conditions. However, what does flexibilitymean? Conceptually, it denotes the ability of a givenstructure to be deformed as a result of an externalperturbation. For highly anisotropic macro-molecules such as nucleic acids, such a definitionis perhaps too ambiguous, as it would encompass awide variety of structural deformations. Forexample, a molecule can be locally flexible butglobally rigid when flexibility motions in differentregions cancel. Here, we used state of art MDsimulations to reinvestigate the relative flexibility/rigidity of B-DNA and A-RNA using a rigorousdefinition of these two concepts. Our purpose isthen not only to obtain a qualitative picture of how“rigid” are DNA and RNA, but to describe for thefirst time the very complex scenario of the structuralflexibility of nucleic acids.

Results and Discussion

Global structural descriptors

As it has been largely discussed,24,25 currentforce-fields provide stable trajectories for both DNAand RNA duplexes. This trend is noted in the smallroot mean square deviations (RMSD) determinedwith regard to the MD-averaged structures (seeTable 1), indicating that despite local oscillations (inthe sub-nanosecond time scale) the two structuressample well defined regions of the conformationalspace centred on their respective averaged struc-tures. In turn, this supports the validity of simplepseudoharmonic approaches in the analysis offluctuations detected in MD simulations (seebelow).

The RMSD with respect to the correspondingcanonical fiber26 and crystal structures (PDB entries1BNA and 157D for DNA and RNA duplexes,respectively) are also reasonably small (see Table 1),which indicates that the sampled structures areclose to the experimental ones. Interestingly, theRMSD between RNA and the A-form fiber structureis clearly smaller (see Table 1) than that obtainedbetween DNA and the B-form fiber one. Thisfinding, which demonstrates the suitability ofParm99 to reproduce RNA duplexes, suggests thatthe structure of RNA in the fiber and solution doesnot change remarkably, while a larger change isexpected for DNA. However, care must taken toconclude that DNA is more flexible than RNA,because we must stress that the standard deviationof the RMSD between the sampled conformations inDNA and RNA trajectories and the correspondingMD-averaged structures are similar (see Table 1), aresult that does not support the assumption thatRNA is more rigid than DNA.

The distance (C1 0–C1 0) between contiguous

628 MD Studies of DNA and RNA Flexibility

Page 113: acidos nucleicos

nucleotides is a simple, yet accurate generaldescriptor of the helical structure.27 For eachcollected snapshot, the sequence-averaged C1 0–C1 0distance and its associated standard deviation werecomputed. This calculation was then repeatedalong the entire trajectory to obtain time-averagedmean C1 0–C1 0 distances, and the associatedstandard deviations. As suggested by Hunter andco-workers27 C1 0–C1 0 discriminates very wellbetween DNA and RNA (see Figure 1(top)), sinceRNA average distances are always larger than thoseof DNA, and no overlap exists between DNA andRNA C1 0–C1 0 distance distributions. The oscil-lations (see Figure 1(top)) of the mean C1 0–C1 0distance are slightly larger for RNA (0.07 A SD)than for DNA (0.05 A SD). This suggests that RNAis slightly more flexible than DNA. However, theoscillations in the standard deviations associatedwith the sequence-averaged C1–C1 0 distance ineach snapshot are larger in DNA (0.36 A SD) than inRNA (0.27 A SD), suggesting the opposite, i.e. thatDNA is more flexible than RNA (see Figure1(bottom)). Thus, the analysis of the C1 0–C1 0distances and their fluctuations do not provideconclusive evidence about the relative flexibility

between DNA and RNA. The same lack ofconclusions appears when the distribution of thegroove widths for DNA and RNA is examined (seeFigure 2), since the minor groove fluctuates more inDNA than in RNA; but the reverse trend is foundconcerning the fluctuations in the major groove.In summary, the analysis of the global structural

descriptors presented in this section does notconvincingly support the supposed higher flexi-bility of DNA compared to RNA. More preciseanalysis needs to be made to analyze the nature ofthe differences in flexibility of the nucleic acids.

Entropy calculations

The intramolecular entropy can be used as adirect estimate of the global flexibility of DNA andRNA. As noted above, MD-derived entropy esti-mates depend on the length of the trajectory.However, the values obtained for 10 ns trajectoriesand those extrapolated to infinite time28 are veryclose (see Table 2), which suggests a good conver-gence in the calculations, as expressed in the small

Table 1. Average root mean square deviation (RMSD; in A) between DNA/RNA trajectories and reference structures

B-forma A-forma Crystalb MD-averagedc

DNA 2.22(0.34) 4.43(0.44) 2.05(0.39) 1.16(0.29)RNA 5.16(0.55) 1.63(0.36) 3.54(0.22) 1.23(0.33)

Standard deviations (in A) are given in parentheses.a Canonical structures from Arnott’s data.26b Crystal structures of DNA (PDB 1BNA) and RNA (157D). Two mismatches of 157D were not considered to compute the RMSD.c Structures obtained by averaging the snapshots collected during the last ns of the corresponding MD simulations.

Figure 1. Top: Variation of the sequence averagedC1 0–C1 0 distance (in A) along DNA and RNA trajectories.Bottom: Variation of the standard deviations (in A)associated to the sequence-averaged C1 0–C1 0 distance(in A) along DNA and RNA trajectories.

Figure 2.Distributions (fitted to normalized Gaussians)of the width (in A) of the minor (top) and major (bottom)grooves of DNA and RNA in the MD simulations.

MD Studies of DNA and RNA Flexibility 629

Page 114: acidos nucleicos

standard error associated to SN. This finding, inconjunction with the excellent agreement betweenthe two methods used for the calculation of entropy,gives strong confidence on the quality of theconfigurational entropies determined for DNAand RNA.

The intramolecular entropy of DNA is 11–13%larger (around 0.24 kcal/mol K; see Table 2) thanthose of RNA. Therefore, DNA is globally moredisordered and flexible that RNA, which supportsthe generally accepted picture of the relative DNA/RNA flexibility. However, a partitioning analysis ofthe entropy contributions shows that the concept offlexibility is more complex than expected. Thus,when the entropy is computed considering only the

first ten principal components, the entropy of DNAis only around 1% larger than that of RNA, andwhen only the first three principal components areconsidered (see Table 2) the RNA appears 4% moredisordered than DNA. This finding suggests thatdisorder in RNA stems from a relatively smallnumber of “very soft” motions, while for DNA isthe result of many “soft” motions.

Diagonalization of mass-weighted covariancematrices built up by considering only certaingroups of atoms allows us to examine theircontribution to the global disorder in DNA andRNA. For our purposes here, we have analyzedseparately the contributions of atoms in the back-bone and in the nucleobases. The results in Table 2clearly demonstrate that the larger intramolecularentropy of DNA is due to the greater disorder in thebackbone. This finding is further supported frominspection of the distributions of selected backboneangles sampled along the trajectory (see Figure 3).However, the fluctuations in the backbone do notaffect the nucleobases, whose entropy in DNA andRNA is not very different. Finally, it is worth notingthat the addition of backbone and nucleobaseentropies approaches the total entropy, confirmingthe relatively small coupling between backbone andnucleobases movements.

Essential dynamics analysis

Similarity analysis (see equations (1) and (2))shows that, in general, the easiest essential motionsin DNA and RNA are similar, they being associatedwith twisting and bending of the polymers. Whensimilarity is computed using 500 essential move-ments, absolute all-atoms similarity indexesgDNA/DNA and gRNA/RNA are around 0.87, whichare close to similarity indexes obtained consideringonly the backbones (see Table 3). This demonstratesthe larger complexity of the essential movements ofbackbones compared to those of the nucleobases.Furthermore, the all-atom cross similarity indexgRNA/DNA is around 0.74 (yielding a relative

Table 2. Intramolecular entropies (in kcal/mol K) computed using Schlitter’s (roman font) and Andreocci-Karplus’smethods (italics) for DNA and RNA

S(tZ9 ns) S(tZN) S(3) S(10)

DNA (all atoms) 2.0067 2.14(0.05) 0.0328 0.09881.8321 1.93(0.05) 0.0327 0.0983

RNA (all atoms) 1.8228 1.90(0.03) 0.0342 0.09761.6516 1.71(0.03) 0.0340 0.0971

DNA (nucleobases) 0.8946 0.91(0.01) 0.0286 0.08490.8205 0.84(0.01) 0.0285 0.0845

RNA (nucleobases) 0.8893 0.91(0.02) 0.0300 0.08600.8145 0.83(0.01) 0.0299 0.0858

DNA (backbone) 1.3424 1.43(0.07) 0.0320 0.09621.2395 1.34(0.10) 0.0319 0.0956

RNA (backbone) 1.1429 1.18(0.03) 0.0333 0.09441.0950 1.09(0.03) 0.0331 0.0940

Total intramolecular entropies were determined considering all equivalent atoms. Partial entropies were computed considering onlynucleobases or backbone atoms. In all the cases, values were determined considering all the principal components, as well as only thefirst three and tenth ones. For the total entropy, not only the value directly obtained from the 10 ns trajectory, but also that extrapolated atinfinite simulation time is displayed (see Methods for details).

Figure 3.Distributions (fitted to normalized Gaussians)of selected backbone angles (g,c,d,3) in DNA and RNAtrajectories.

630 MD Studies of DNA and RNA Flexibility

Page 115: acidos nucleicos

kRNA/DNA of 0.85; see Table 3), reflecting thedifferent nature of the essential movements inDNA and RNA backbones (gRNA/DNAZ0.799 andkRNA/DNAZ0.87 in the backbone; see Table 3).

Absolute self-similarity indexes obtained con-sidering only the first ten eigenvectors are muchhigher for RNA than for DNA (see Table 3). Thisfinding demonstrates that more essential move-ments are necessary to explain the flexibility ofDNA than that of RNA, which reflects the highercomplexity of DNA flexibility compared to thatof RNA.

In summary, despite a general similarity differ-ences exist in the dynamics of DNA and RNA.These differences are mostly related to the highercomplexity of movements in DNA, and to thenature of the essential movements of DNA andRNA backbones.

Stiffness analysis

The stiffness analysis provides useful informationon the force necessary to deform a molecule along agiven geometrical variable. Thus, the analysisperformed using the eigenvectors obtained bydiagonalization of the covariance matrix as defor-mation variables can be used to measure thedeformability of DNA/RNA along the axis definedby their essential motions. Elastic force constantsassociated with the first five essential movements of

RNA are similar or even weaker than those of DNA,but the situation dramatically changes when furtheressential movements are considered (see Figure 4),and the RNA becomes stiffer than DNA. Therefore,RNA is very deformable along a small set ofessential motions, but very rigid along all theothers, whereas DNA has a more degeneratedpattern of deformability (see Figure 4). Note thatthis agrees with the picture of DNA as a moleculewith a much more complex flexibility pattern thanRNA.The stiffness analysis performed using essential

motions as deformation variables provides infor-mation on the natural deformability of nucleicacids. However, it is difficult to interpret in termof canonical motions (see Methods). Thus, weextended the stiffness analysis using helical para-meters as deformation variables. First, we used areduced set of global parameters (tilt, roll, twist andstretch) for the 10mer central portion of DNA andRNA duplexes. The global parameters are definedessentially,29 and also we describe the geometry ofthe fragment using the X3DNA analyzer to main-tain consistency with other parts of this study. Theglobal stretch is the sum of distances betweenneighbouring base-pairs along the fragment, globaltwist is the sum of base-pair step local twists. Wedefine a middle frame by taking its z-axis as theaverage of the normal vectors of the first and lastbase-pair in the fragment, and its x-axis as theprojection of the x-axis of the central base-pair ontothe plane perpendicular to the z-axis. The y-axiscomplements the set to form a right-handed triad.The global roll and tilt are then defined exactly asroll and tilt in the X3DNA algorithm, using themiddle frame just described. Since the x-axis of abase-pair (as defined by X3DNA) is close to thedyadic vector pointing to the major groove, ourglobal roll measures the bending of the fragmenttowards the major groove in its center, and globaltilt describes the bending in the perpendiculardirection. If the fragment has even number ofpairs, we first average the x-axes of the two centralbase-pairs.The stiffness at the global level can be described

by the stretch modulus and by twisting andbending persistence lengths. Since we measurebending in two perpendicular directions, we havetwo bending persistence lengths corresponding tothe global roll (bending towards the grooves) andglobal tilt. In this way, we can capture a possibleanisotropy in the elastic behaviour. For longerfragments (several helical turns) the anisotropy isin general supposed to disappear and the bendingstiffness is then fully described by one, “isotropic”bending persistence length, which can be estimatedas the harmonic average of the two anisotropicones.29

Table 4 indicates that deformation of the globaltwist of DNA is easier than that of RNA, but thestiffness of DNA and RNA with respect to roll issimilar, and quite surprisingly DNA is stiffer thanRNA in terms of global tilt and stretch. Caution is

Table 3. Absolute (g) and relative (k) similarity indexesfor DNA and RNA essential movements

All atoms Nucleobases Backbone

Ten eigenvectorsgRNA/DNA 0.564 0.616 0.566gRNA/RNA 0.860 0.926 0.865gDNA/DNA 0.794 0.829 0.770kRNA/DNA 0.682 0.701 0.692

500 eigenvectorsgRNA/DNA 0.744 0.938 0.799gRNA/RNA 0.873 0.967 0.919gDNA/DNA 0.878 0.967 0.916kRNA/DNA 0.850 0.970 0.870

Calculation is repeated considering the first ten and 500 essentialmovements.

Figure 4. Force constants (in cal/mol A2) associated todifferent essential movements of DNA and RNA. Essen-tial movements are labelled in decreasing order of impactin the explanation of trajectory variance.

MD Studies of DNA and RNA Flexibility 631

Page 116: acidos nucleicos

then necessary when general global concepts likeflexibility or rigidity are applied to DNA and RNA.

Stiffness analysis performed using local helicalparameters (tilt, roll, twist, shift, slide and rise)computed using X3DNA30 provides a directmeasure of the average local deformability ofeach base-pair in DNA and RNA. Fortunately forour purposes, the local helical values sampled inour MD simulations follow a normal distribution(r2O0.998 between the real distribution and theGaussian’s predicted one (equation (7)), whichsupports the goodness of the harmonic analysisdescribed below). RNA is around 190%, 75%, 35%and 12% stiffer than DNA regarding twist, slide,shift and rise deformations (see Table 5). On thecontrary, DNA is stiffer than RNA in terms ofroll and tilt deformations, but the differences aresmall (between 10% and 20% increment in force-constants; see Table 5). When cross-terms are

considered (equation (8)), qualitative results remainmostly unaltered (see Table 6), reflecting the factthat stiffness matrix is dominated by diagonalterms. The only significant difference betweenforce constants in Table 5 and diagonal force-constants in Table 6 appears for rise, as a conse-quence of the strong (especially for RNA) positivecoupling of rise with slide and the negative onewith twist and roll.

As a whole, results in Tables 5 and 6 show that formost local motions DNA is more flexible than RNA,but it is difficult to evaluate the implication of thedifferent force constants in the local deformability.To obtain additional information in this point wecomputed the local deformation energy (seeequation (9)) of DNA and RNA in front of randomperturbation of helical parameters (to obtain mean-ingful results random changes are limited to amaximum of two times the largest standard

Table 4. Elastic force constants for deformations along a reduced set of global helical parameters (angular force constantsin kcal/mol degree2 and displacement force constants in kcal/mol A2) computed for the central 10mer portion of DNAand RNA duplexes (top); RNA and DNA length independent persistence lengths for tilt, roll and twist deformations (innanometers) and stretch modulus (in picoNewtons) (bottom)

Global tilta Global rolla Global twista Global stretchb

TopDNA 0.0043 0.0059 0.0056 1.50RNA 0.0030 0.0058 0.0129 0.80

BottomDNA 73.85 101.85 96.15 3269RNA 56.01 107.80 242.00 1891

a In kcal/mol deg2.b In kcal/mol A2.

Table 5. Elastic force constants for deformations along local helical parameters of DNA and RNA

Tilta Rolla Twista Shiftb Slideb Riseb

DNA 0.031 0.016 0.016 1.094 1.564 5.174RNA 0.028 0.013 0.046 1.484 2.709 5.814

Couplings between different parameters are neglected.a In kcal/mol deg2.b In kcal/mol A2.

Table 6. Stiffness matrix for deformations along local helical parameters of DNA and RNA

Tilt Roll Twist Shift Slide Rise

DNATilt 0.031 0.001 0.000 K0.043 K0.001 0.004Roll 0.023 0.004 K0.016 K0.011 K0.021Twist 0.014 K0.003 K0.060 K0.186Shift 1.228 0.044 K0.001Slide 1.886 0.951Rise 7.217

RNATilt 0.026 0.000 K0.001 K0.180 K0.007 0.004Roll 0.015 0.001 0.001 K0.007 K0.111Twist 0.052 K0.020 K0.141 K0.156Shift 1.369 K0.030 K0.013Slide 3.193 1.077Rise 6.183

All couplings (in kcal/mol deg. A) are included. Since the Tables are symmetric, only the upper part is shown.

632 MD Studies of DNA and RNA Flexibility

Page 117: acidos nucleicos

deviation for each helical parameter). The elasticenergy profiles (see Figure 5) clearly demonstratethat in terms of local deformations RNA is stifferthan DNA, despite that for a few types of special

deformations the opposite situation is found (seealso Tables 5 and 6). On the contrary, when the sameanalysis is performed using global elastic constants,RNA is not found to be more rigid than DNA (seeFigure 5), in line with the results found in essentialdynamics and entropy analysis.In summary, stiffness analysis using either essen-

tial motions or helical coordinates demonstratesthat the concepts of flexibility/rigidity in DNA andRNA are complex, and that the ability of a polymerto be perturbed by an external force depends on thetype of deformation. Overall, DNA is more suscep-tible than RNA to local deformations, but theresulting local geometrical changes are moreefficiently propagated to the global level in RNA.

Analysis of interaction profiles

As noted by other authors,15,21,22 the relativeflexibility of DNA and RNA is probably not only adirect consequence of its covalent structure, but alsoof its solvent environment (water and counterions).Solvation maps (see Figure 6) are clearly differentfor DNA and RNA because of the different groovedistribution and the presence of an extra hydroxylgroup, which alters the electrostatic potentialaround the polymer (see Figure 7). The totalnumber of water molecules that solvate the RNAduplex is slightly larger (by around three per

Figure 5. Elastic energy (in kcal/mol) associated tolocal (top) or global (bottom) distortions of DNA andRNA. In order to reduce noise, values represented hereare averaged in blocks of 100 configurations.

Figure 6. Solvation maps for DNA (left) and RNA (right). Water density contours correspond to an apparent density of2 g/ml.

MD Studies of DNA and RNA Flexibility 633

Page 118: acidos nucleicos

base-pair in average; see Table 7) than for the DNA,the difference being mostly located in the backbone(see Table 7). However, longer residence times arefound in general for DNA than for RNA, includingthose in the backbone (see Table 8), which is moreflexible for DNA than for RNA (see above). Theseresults strongly suggest that polymer flexibility isnot closely related to specific solvation, and that theDNA/RNAmotions are slow enough to allow a fastreorganization of the solvent.

The different electrostatic potential around DNAand RNA generates a different pattern of interactionwith NaC (see Figure 7), thus justifying a differentcounterion distribution around DNA and RNA.Not only are NaC located closer to RNA than toDNA, but they have larger residence time for RNAwhen bound to the nucleic acid structure (up to 2 nsresidence times are found for RNA in our simu-lations; see Table 7). Most of these “extra” bound-

NaC are located in the major groove of the RNA,which seems to be a better cationic binding site thanthe minor groove of DNA. It is worth to note thatsimilar results were previously obtained byWesthofand co-workers21,22 and Cheatham & Kollman.15

Thus, though much caution is necessary in theanalysis of counterion distribution due to the slowNaC equilibration,25 MD simulations suggest thatthe ability of RNA to tightly capture NaC is largerthan that of DNA. However, we must emphasizethat, as shown in Figure 2, the major groove is moreflexible in RNA than in DNA, which indicates thatNaC binding has not a direct relationship withdifferential flexibility.

Conclusions

Essential dynamics analysis strongly suggests

Figure 7. Classical molecular interaction potentials (in kcal/mol) for DNA (left) and RNA (right). Contour plotscorrespond to K4 kcal/mol for RNA and K3 kcal/mol for DNA.

Table 7. Average number of water molecules located at each base-pair of DNA and RNA

Backbone m-groove M-groove Grooves (both) Total

DNA 10.4 6.5 8.4 14.9 25.3RNA 12.8 6.1 9.3 15.4 28.2

A contact is detected when there is a water oxygen at less than 3.5 A from a heteroatom of DNA or RNA.

634 MD Studies of DNA and RNA Flexibility

Page 119: acidos nucleicos

that the pattern of flexibility of DNA and RNAduplexes is different. In the first case there are manypossible deformations of low energetic cost, whilefor RNA there are a few very soft deformations, butthe others are very stiff.

Entropy and stiffness analysis suggest that over-all the DNA duplex is more disordered and canfluctuate more than the RNA one. However, thisgreater flexibility of DNA is mostly local and due tobackbone fluctuations that do not introduce largeglobal changes in the helix.

Stiffness analysis using local helical parametersshows that DNA is muchmore flexible than RNA interms of local twist, slide and shift and slightlymore flexible for local rise. RNA is slightly moreflexible in terms of local roll and tilt deformations.Considering global helical deformations the DNA ismore deformable in terms of global twist, but stifferfor global tilt and stretch.

Overall, molecular dynamics simulations demon-strate that the concept of flexibility needs to beapplied with caution to duplexes of RNA and DNA,since one duplex can be more flexible for someperturbations and more rigid for others. Clearly, anew, more complex view of nucleic acids dynamicsseems necessary.

Methods

Molecular dynamics simulations

Two dodecamers, d(CGCGAATTCGCG)2 andr(CGCGAAUUCGCG)2, were built up using standardhelical parameters26 for B-DNA and A-RNA confor-mations. The structures were surrounded by around4400 water molecules and 22 NaC placed in the regions ofmore electronegative potential. The hydrated systems

were then optimized, heated and pre-equilibrated usingour standard multistage protocol,31,32 followed by 1 nsunrestrained MD simulation for equilibration. Finally, a10 ns trajectory was collected for each structure. All MDsimulations were performed in the isothermic-isobaricensemble (1 atm, 298 K). Periodic boundary conditionsand the Particle Mesh Ewald (PME33) technique wereused to account for long-range effects. All bonds wereconstrained using SHAKE,34 which allowed us to use 2 fstime step for integration of Newton’s equations.Parm9924,35 and TIP3P36 force-fields were used todescribe molecular interactions. Global translationswere removed every 0.5 ns to remove erroneous par-titions of the kinetic energy of the system. The analysis(see below) was performed using the last 9 ns of eachtrajectory and removing the base-pairs at both 5 0 and 3 0ends. All the trajectories were obtained using theSANDER module of AMBER6.1 computer program.

Structural and energetic analysis

The helical parameters of the structures sampled alongthe 10 ns MD simulations were analyzed using theX3DNA program.30 Additional geometrical parameterswere derived with analysis modules in AMBER and within house software. Classical molecular interaction poten-tials were computed using the CMIP program37 with NaC

as probe particle, and the electrostatic potentials werecomputed by solving numerically the Poisson-Boltzmanequation.38. Water densities around DNA and RNAduplexes were determined by integrating water popu-lation around polar atoms in DNA/RNA (cutoff distanceof 3.5 A). Maximum water residence times were com-puted by tracing all water molecules around polar groupsof the nucleic acids.

Essential dynamics

This powerful analysis was used to determine whichtype of motions represents the most important structuralfluctuations in DNA and RNA.25,37,38 Essential motionswere determined from a principal component analysis. Tothis end, covariance matrices for common atoms of DNAand RNA (i.e., by excluding 5-methyl/H groups of T/Uand 2 0-OH/H groups in sugar moieties) were built anddiagonalized. The resulting eigenvectors define the typeof essential motions, and the associated eigenvaluesdetermine how much of variance in the trajectory isexplained by each eigenvector. Note that for twomolecules of the same size the number of eigenvectorsnecessary to explain a given positional variance indicatesthe complexity of the molecular motions: the larger thenumber of essential motions, the greater the complexity.The similarity between the essential motions of two

molecules (defined by covariance matrices of the samesize) can be computed using absolute (g) and relative (k)similarity indexes,25,41,42 as shown in equations (1) and(2):

gAB Z1

n

XnjZ1

XniZ1

ðnAi $nBj Þ2 (1)

where nAi stands for the unit eigenvector i of molecule A, nis the minimum number of essential motions that accountfor a given variance in the trajectory and the dot denotes ascalar product:

kAB Z 2gAB

ðgTAA CgT

BBÞ(2)

Table 8. Maximum residence times (in ps) for watermolecules (roman font) or sodium (in italics) bound topolar groups of DNA/RNA

Atom DNA RNA

O20 – 244O40 617 171O30 270 113O1P 518/668 234/723O2P 410/298 510/600O50 266 388

Cyt O2 600/353 200/273Gua N3 438 145Gua N2 534 244Thy/Ura O2 521 245Ade/Ura N3 571 175

Cyt N4 297 332Gua O6 537 544Gua N7 352/121 465/655Thy/Ura O4 402/351 374/449Ade N6 563 442Ade N7 558/415 500/2006

First block, backbone atoms; second block, atoms in the minorgroove; third block, atoms in the major groove.

MD Studies of DNA and RNA Flexibility 635

Page 120: acidos nucleicos

where the self-similarity indexes gTAA are calculated by

comparing eigenvectors obtained with the first andsecond parts of the same trajectory.

Entropy calculation

Since the intramolecular entropy is the best singleparameter to describe the intrinsic order of a molecule, itprovides a good estimate of the overall flexibility of DNAand RNA. The entropy of DNA and RNAwas determinedusing Schiltter’s43 andAndreocci-Karplus44 methods. Thetwo models are based on the diagonalization of the mass-weighted covariance matrix, and on the use of a simpleharmonic oscillator (hybrid classical-quantum (S) orpurely quantum (A–K)) to link eigenvalues and entropy(see equations (3) and (4)). As noted before, intra-molecular entropies were computed considering onlyatoms common to DNA and RNA:

Sz0:5kXi

ln 1Ce2

a2

� �(3)

SZ kXi

ai

eai K1K lnð1KeKai Þ (4)

where aiZZui=kT, u denotes the eigenvalues obtained bydiagonalization of the mass-weighted covariance matrix,and the sum extends to all the non-trivial vibrations.The entropy estimates obtained by equations (3) and (4)

depend on the length of the trajectory (the larger thesimulation, the greater the number of visited microstates),which generates uncertainties in the calculation. Toaccelerate convergence, we used the extrapolationmethod,28 which allows us to estimate the entropy atinfinite simulation times from the time-evolution of theentropy estimated along the trajectory.25,28

Stiffness analysis

The positional fluctuations of atoms along the trajectorywere used to derive force-constants to describe thestiffness of DNA or RNA with respect to certain typesof elastic deformations. This analysis provides then aunique tool for the description of the flexibility of nucleicacids.25,29,45–47

We first computed the stiffness associated with thedeformation of DNA and RNA along their essentialmodes. This analysis provides quantitative informationon the deformability of both helices along the easiestmotional pathways. Taking advantage of the orthogon-ality of eigenvectors and assuming a harmonic behaviour,force constants are easily determined from the eigen-values by using equation (5):

Ki Z kT=li (5)

where li is the eigenvalue (in A2) associated with theessential movement ni determined by diagonalization ofthe covariance matrix, T is the temperature (in Kelvin), k isthe Boltzman constant and Ki is a force constantassociated to the essential motion.Stiffness analysis applied to essential motions provides

useful 3-D information on the deformability of nucleicacids. Unfortunately, it is not always simple to interpretthe nature of eigenvectors, thus making it desirable tocompute stiffness in a helical coordinate system closer tochemical intuition.45,47 Under the assumptions that thedistribution of values adopted by a given variable X isfully Gaussian and that the deformation variables are

orthogonal (independent), harmonic (elastic) force con-stants KX can be easily derived from the variance of thevariable X during the trajectory using equation (6):

KX Z kT1

hðXKXoÞ2i(6)

where Xo is the equilibrium value of variable X and thebrackets mean that fluctuations are averaged overthermodynamic ensemble.An alternative way to compute force constants for a

given deformable variable can be obtained by fitting thenormalized histogram of values sampled for a givenparameter along the trajectory, =ðXÞ, to a Gaussianfunction (equation (7)). The exponent of the fittedGaussian provides directly the force constant, and thegoodness of the fitting (determined for example by the c2

test) gives an indication of the harmonicity of thedeformation:

=ðXÞK 1ffiffiffiffiffiffi2p

p expKX

2kTðXKX0Þ2

� �KerrorX Z 0 (7)

The non-orthogonality of the helical parameters can betaken specifically into account by means of couplingterms, which requires the inclusion of force constants, Kij,to account for contributions to the deformation energyarising from coupling interactions. After simple matrixalgebra, equation (7) can be generalized by defining thestiffness matrix K with entries Kij, which can be easilyderived by inverting the covariance matrix C with entriesCijZ hðXiKXi0ÞðXjKXj0Þi as shown in equation (8).Diagonal elements in K represent contributions todeformation arising from individual helical variables,while off-diagonal components account for couplingterms:

KZ kTCK1 (8)

Note that when the stiffness matrix is known, thedeformation energy of a given configuration can becalculated by equation (9), where the subindex 0 standsfor the equilibrium value:

Edef ZXi

Kii

2ðXi KXi0Þ2

CXisj

Kij

2ðXi KXi0ÞðXj KXj0Þ (9)

Acknowledgements

This work has been supported by the SpanishMinistry of Science and Technology (BIO2003-06848and SAF2002-04282), the Fundacion BBVA and theVIth Framework Program of the European Union(UE project QLG1-CT-1999-00008). The computerfacilities of the CIRI-CEPBA computer centre arealso acknowledged. F.L. thanks for support from theSwiss National Science Foundation.

636 MD Studies of DNA and RNA Flexibility

Page 121: acidos nucleicos

References

1. Bloomfield, V. A., Tinoco, I., Hearst, J. E. & Crothers,D. M. (2000). Nucleic Acids: Structures, Properties, andFunctions. University Science Books, Sausalito, Calif.

2. Gait, M. J. & Blackburn, G. M. (1990). Nucleic Acids inChemistry and Biology. IRL Press at Oxford UniversityPress, Oxford.

3. Saenger, W. (1984). Principles of Nucleic Acid Structure.Springer, New York.

4. Soliva, R., Luque, F. J., Alhambra, C. & Orozco, M.(1999). Role of sugar re-puckering in the transition ofA and B forms of DNA in solution. A moleculardynamics study. J. Biomol. Struct. Dynam. 17, 89–99.

5. Sancar, A. (1996). DNA excision repair. Annu. Rev.Biochem. 65, 43–81.

6. Pradeepkumar, P. I., Amirkhanov, N. V. &Chattopadhyaya, J. (2003). Antisense oligonuclotideswith oxetane-constrained cytidine enhance hetero-duplex stability, and elicit satisfactory RNase Hresponse as well as showing improved resistanceto both exo and endonucleases. Org. Biomol. Chem. 1,81–92.

7. Verbeure, B., Lescrinier, E., Wang, J. & Herdewijn, P.(2001). RNase H mediated cleavage of RNA bycyclohexene nucleic acid (CeNA). Nucl. Acids Res.29, 4941–4947.

8. Fire, A., Xu, S., Montgomery, M. K., Kostas, S. A.,Driver, S. E. & Mello, C. C. (1998). Potent and specificgenetic interference by double-stranded RNA inCaenorhabditis elegans. Nature, 391, 806–811.

9. Hammond, S. M., Caudy, A. A. & Hannon, G. J.(2001). Post-transcriptional gene silencing by double-stranded RNA. Nature Rev. Genet. 2, 110–119.

10. Hagerman, P. J. (1988). Flexibility of DNA. Annu. Rev.Biophys. Biophys. Chem. 17, 265–286.

11. Hagerman, P. J. (1997). Flexibility of RNA. Annu. Rev.Biophys. Biomol. Struct. 26, 139–156.

12. Thomas, G. J., Jr, Benevides, J. M., Overman, S. A.,Ueda, T., Ushizawa, K., Saitoh, M. & Tsuboi, M.(1995). Polarized Raman spectra of oriented fibers ofA DNA and B DNA: anisotropic and isotropic localRaman tensors of base and backbone vibrations.Biophys. J. 68, 1073–1088.

13. Fujiwara, T. & Shindo, H. (1985). Phosphorus-31nuclear magnetic resonance of highly oriented DNAfibers. 2. Molecular motions in hydrated DNA.Biochemistry, 24, 896–902.

14. Shindo, H., Fujiwara, T., Akutsu, H., Matsumoto, U. &Kyogoku, Y. (1985). Phosphorus-31 nuclear magneticresonance of highly oriented DNA fibers. 1. Staticgeometry of DNA double helices. Biochemistry, 24,887–895.

15. Cheatham, T. E. & Kollman, P. A. (1997). Moleculardynamics simulations highlight the structural differ-ences among DNA:DNA, RNA:RNA, and DNA:RNAhybrid duplexes. J. Am. Chem. Soc. 119, 4805–4825.

16. Dickerson, R. E., Goodsell, D. S. & Neidle, S. (1994).“.the tyranny of the lattice.”. Proc. Natl Acad. Sci.USA, 91, 3579–3583.

17. Lipanov, A., Kopka, M. L., Kaczor-Grzeskowiak, M.,Quintana, J. & Dickerson, R. E. (1993). Structure of theB-DNA decamer C-C-A-A-C-I-T-T-G-G in two dif-ferent space groups: conformational flexibility ofB-DNA. Biochemistry, 32, 1373–1389.

18. Portmann, S., Usman, N. & Egli, M. (1995). The crystalstructure of r(CCCCGGGG) in two distinct lattices.Biochemistry, 34, 7569–7575.

19. Shakked, Z., Guerstein-Guzikevich, G., Eisenstein, M.,

Frolow, F. & Rabinovich, D. (1989). The conformationof the DNA double helix in the crystal is dependenton its environment. Nature, 342, 456–460.

20. Perez, A., Noy, A., Lankas, F., Luque, F. J. & Orozco,M. (2004). The relative flexibiliy of DNA and RNA adatabase analysis. Nucl. Acid Res. In the press.

21. Auffinger, P. & Westhof, E. (2000). Water and ionbinding around RNA and DNA (C,G) oligomers.J. Mol. Biol. 300, 1113–1131.

22. Auffinger, P. & Westhof, E. (2001). Water and ionbinding around r(UpA)12 and d(TpA)12 oligomers—comparison with RNA and DNA (CpG)12 duplexes.J. Mol. Biol. 305, 1057–1072.

23. Pan, Y. & MacKerell, A. D., Jr (2003). Alteredstructural fluctuations in duplex RNA versus DNA:a conformational switch involving base pair opening.Nucl. Acids Res. 31, 7131–7140.

24. Cheatham, T. E., Cieplak, P. & Kollman, P. A. (1999).Amodified version of the Cornell et al. force field withimproved sugar pucker phases and helical repeat.J. Biomol. Struct. Dynam. 16, 845–862.

25. Orozco, M., Perez, A., Noy, A. & Luque, F. J. (2003).Theoretical methods for the simulation of nucleicacids. Chem. Soc. Rev. 32, 350–364.

26. Arnott, S., Bond, P. J., Selsing, E. & Smith, P. J. (1976).Models of triple-stranded polynucleotides with opti-mised stereochemistry. Nucl. Acids Res. 3, 2459–2470.

27. Packer, M. J. & Hunter, C. A. (1998). Sequence-dependent DNA structure: the role of the sugar-phosphate backbone. J. Mol. Biol. 280, 407–420.

28. Harris, S. A., Gavathiotis, E., Searle, M. S., Orozco, M.& Laughton, C. A. (2001). Cooperativity in drug-DNArecognition: a molecular dynamics study. J. Am. Chem.Soc. 123, 12658–12663.

29. Lankas, F., Sponer, J., Hobza, P. & Langowski, J.(2000). Sequence-dependent elastic properties ofDNA. J. Mol. Biol. 299, 695–709.

30. Lu, X. J., Shakked, Z. & Olson, W. K. (2000). A-formconformational motifs in ligand-bound DNA struc-tures. J. Mol. Biol. 300, 819–840.

31. Shields, G. C., Laughton, C. A. & Orozco, M. (1997).Molecular dynamics simulations of the d(T center dotA center dot T) triple helix. J. Am. Chem. Soc. 119,7463–7469.

32. Shields, G. C., Laughton, C. A. & Orozco, M. (1998).Molecular dynamics simulation of a PNA center dotDNA center dot PNA triple helix in aqueous solution.J. Am. Chem. Soc. 120, 5895–5904.

33. Darden, T., York, D. & Pedersen, L. (1993). ParticleMesh Ewald—an N.Log(N) method for Ewald sumsin large systems. J. Chem. Phys. 98, 10089–10092.

34. Ryckaert, J. P., Ciccotti, G. & Berendsen, H. J. C. (1977).Numerical-integration of cartesian equations ofmotion of a system with constraints—molecular-dynamics of N-alkanes. J. Comput. Phys. 23, 327–341.

35. Cornell, W. D., Cieplak, P., Bayly, C. I., Gould, I. R.,Merz, K. M. Ferguson, D. M. et al. (1995). A 2ndgeneration force-field for the simulation of proteins,nucleic-acids, and organic-molecules. J. Am. Chem.Soc. 117, 5179–5197.

36. Jorgensen, W. L., Chandrasekhar, J., Madura, J. D.,Impey, R. W. & Klein, M. L. (1983). Comparison ofsimple potential functions for simulating liquid water.J. Chem. Phys. 79, 926–935.

37. Gelpi, J. L., Kalko, S. G., Barril, X., Cirera, J., de LaCruz, X., Luque, F. J. & Orozco, M. (2001). Classicalmolecular interaction potentials: improved setupprocedure in molecular dynamics simulations ofproteins. Proteins: Struct. Funct. Genet. 45, 428–437.

MD Studies of DNA and RNA Flexibility 637

Page 122: acidos nucleicos

38. Orozco, M. & Luque, F. J. (2000). Theoretical methodsfor the description of the solvent effect in bio-molecular systems. Chem. Rev. 100, 4187–4226.

39. Sherer, E. C., Harris, S. A., Soliva, R., Orozco, H. &Laughton, C. A. (1999). Molecular dynamics studiesof DNA A-tract structure and flexibility. J. Am. Chem.Soc. 121, 5981–5991.

40. Wlodek, S. T., Clark, T. W., Scott, L. R. & McCammon,J. A. (1997). Molecular dynamics of acetylcholinester-ase dimer complexed with tacrine. J. Am. Chem. Soc.119, 9513–9522.

41. Cubero, E., Abrescia, N. G. A., Subirana, J. A., Luque,F. J. & Orozco, M. (2003). Theoretical study of a newDNA structure: the antiparallel Hoogsteen duplex.J. Am. Chem. Soc. 125, 14603–14612.

42. Rueda, M., Kalko, S. G., Luque, F. J. & Orozco, M.(2003). The structure and dynamics of DNA in the gasphase. J. Am. Chem. Soc. 125, 8007–8014.

43. Schlitter, J. (1993). Estimation of absolute and relativeentropies of macromolecules using the covariance-matrix. Chem. Phys. Letters, 215, 617–621.

44. Andricioaei, I. & Karplus, M. (2001). On the calcu-lation of entropy from covariance matrices of theatomic fluctuations. J. Chem. Phys. 115, 6289–6292.

45. Lankas, F., Sponer, J., Langowski, J. & Cheatham, T. E.(2003). DNA basepair step deformability inferredfrom molecular dynamics simulations. Biophys. J. 85,2872–2883.

46. Matsumoto, A. & Olson, W. K. (2002). Sequence-dependent motions of DNA: a normal mode analysisat the base-pair level. Biophys. J. 83, 22–41.

47. Olson, W. K., Gorin, A. A., Lu, X. J., Hock, L. M. &Zhurkin, V. B. (1998). DNA sequence-dependentdeformability deduced from protein-DNA crystalcomplexes. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 95, 11163–11168.

Edited by P. J. Hagerman

(Received 8 March 2004; received in revised form 30 June 2004; accepted 6 July 2004)

638 MD Studies of DNA and RNA Flexibility

Page 123: acidos nucleicos

05��� �������

/�;;D�/�

05-�!�� �� ��9�����'�����+���������9�������*�3����)��?��1���

���X����A)3�����'�����)9���3�����+���29�&� ���&H�7 �29��5�6������� 7 �9�&������� ��2���

>�������7����������1�������?�������L-..EN���@9�0I;./-.�

Page 124: acidos nucleicos

05���� �������

/�;;0�/�

Page 125: acidos nucleicos

Structure, Recognition Properties, and Flexibility of theDNA‚RNA Hybrid

Agnes Noy,†,‡ Alberto Perez,†,§ Manuel Marquez,¶ F. Javier Luque,*,§ andModesto Orozco*,†,‡

Contribution from the Molecular Modeling and Bioinformatics Unit, Parc Cientific deBarcelona, Josep Samitier 1-5, Barcelona 08028, Spain, Departament de Bioquımica i BiologıaMolecular, Facultat de Quımica, UniVersitat de Barcelona, Martı i Franques 1, Barcelona08028, Spain, Departament de Farmacia, Unitat de Fisicoquımica, Facultat de Farmacia,

UniVersitat de Barcelona, AVgda Diagnonal 643, Barcelona 08028, Spain, andLos Alamos National Laboratory, Chemistry DiVision, Los Alamos, New Mexico 87545

Received November 8, 2004; E-mail: [email protected]; [email protected]

Abstract: Molecular dynamics is used to investigate the properties of the DNA‚RNA hybrid in aqueoussolution at room temperature. The structure of the hybrid is intermediate between A and B forms but, ingeneral, closer to the canonical A-type helix. All the riboses exhibit North puckerings, while 2′-deoxyribosesexist in North, East, and South puckerings, the latter being the most populated one. The molecular recognitionpattern of the DNA‚RNA hybrid is a unique combination of those of normal DNA and RNA duplexes. Finally,the results obtained from essential dynamics and stiffness analysis demonstrate the large and veryasymmetric flexibility of the hybrid and the strong predilection that each strand (DNA or RNA) has on thenature of their intrinsic motions in the corresponding homoduplexes. The implications of the unique structuraland dynamic properties of the DNA‚RNA hybrid on the mechanism of cleavage by RNase H are discussed.

Introduction

There are two major types of heterogeneous nucleic acids:hybrids and chimeras. In the former, not all the strands are ofthe same type (DNA or RNA), while in the latter, both DNAand RNA coexist in at least one of the strands. Hybrids andchimeras are minor species but play a key role in the cell life.Thus, transient DNA‚RNA hybrids are formed as the RNAstrand is created using the DNA template. Moreover, DNAreplication relies on the existence of Okazaki’s fragments, whichare hybrid chimeras, where one strand is pure DNA and theother is an RNA-DNA chimera.1 Furthermore, RNA virusescreate DNA‚RNA hybrids during retrotranscription, and thestability of these hybrid sequences is crucial in the replicationcycle of these viruses.2The large research effort spent in the past decade on the study

of DNA‚RNA hybrids is due not only to its biological relevancebut also to its potential therapeutic application in antisensetherapy. This new pharmacological strategy fights diseases byinactivation of the pathological messenger RNA (mRNA)following three main possible mechanisms:3-8 (i) the degrada-

tion of the mRNA by means of the RISC-DICER mechanism,(ii) the sterical interference of translation or splicing by acomplementary oligonucleotide (typically a DNA derivative)bound to the target mRNA, and (iii) the degradation of themRNA bound to a complementary DNA analogue by RNaseH, which is a specific enzyme that recognizes in a catalyticallyactive manner only DNA‚RNA hybrids and degrades the RNAstrand of the hybrid. At the present time, most antisensetreatments in clinical trials are based on the activation of theRNase H mechanism,3-6 and then the design of stable andRNase H-susceptible hybrids is crucial.The structure of DNA‚RNA hybrids has been largely studied

by means of experimental techniques. Early fiber diffractiondata9,10 suggested that the structure of the hybrid was very closeto the A-form. This finding was also supported by many high-resolution X-ray data. Thus, the structure of an Okazaki’sfragment, r(gcg)‚d(TATACGC), solved by Rich’s group11showed that it was very close to a canonical A-helix, with allsugars in the North conformation. The same conclusions werefound by different crystallographers in other hybrid-chime-ras.12,13 Several pure DNA‚RNA hybrids solved by X-ray

† Parc Cientific de Barcelona.‡ Facultat de Quımica, Universitat de Barcelona.§ Facultat de Farmacia, Universitat de Barcelona.¶ Los Alamos National Laboratory.(1) Meselson, M.; Stahl, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1958, 44, 671.(2) Alberts, B.; Bray, D.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K.; Watson, J. D.

Molecular Biology of the Cell, 3rd ed.; Garland Publishing Inc.: New York,1994.

(3) Biroccio, A.; Leonetti, C.; Zupi, G. Oncogene 2003, 22, 6579.(4) Dean, N. M.; Bennett, C. F. Oncogene 2003, 22, 9087.(5) Wagner, W. R.; Matteucci, M. D.; Grant, D.; Huang, T.; Froehler, B. C.

Nat. Biotechnol. 1996, 20, 384.

(6) Taylor, M. F.; Wiederholt, K.; Sverdrup, F. Drug DiscoVery Today 1999,4, 562.

(7) Yelin, R.; Dahary, D.; Sorek, R.; Levanon, E. Y.; Goldstein, O.; Shoshan,A.; Diber, A.; Biton, S.; Tamir, Y.; Khosravi, R.; Nemzer, S.; Pinner, E.;Walach, S.; Bernstein, J.; Savitsky, K.; Rotman, G. Nat. Biotechnol 2003,21, 379.

(8) Carmichael, G. G. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 371.(9) Milman, G.; Langridge, R.; Chamberlin, M. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.

1967, 57, 1804.(10) O’Brien, E. J.; MacEwan, A. W. J. Mol. Biol. 1970, 48, 243.(11) Wang, A. H.; Fujii, S.; van Boom, J. H.; van der Marel, G. A.; van Boeckel,

S. A.; Rich, A. Nature 1982, 299, 601.

Published on Web 03/03/2005

4910 9 J. AM. CHEM. SOC. 2005, 127, 4910-4920 10.1021/ja043293v CCC: $30.25 © 2005 American Chemical Society

Page 126: acidos nucleicos

crystallography exhibit a typical A-form, with all riboses in theNorth conformation and all14 or almost all15-17 2′-deoxyriboseswith North puckerings. Surprisingly, data provided by low-resolution NMR, CD, and Raman18-21 spectroscopies raisedoubts on the X-ray structural picture of the hybrid; since allriboses are in the North conformation, a sizable portion of 2′-deoxyriboses exist in the South form, which is traditionallylinked to the B-DNA. The same is found in recent NMR studies,which suggest a general structure of the hybrid intermediatebetween A and B canonical helices, with many characteristicsof the A-form, but with important alterations in the groovesand with a large percentage of 2′-deoxyriboses in Southconformations.22-33

The discrepancy between high-resolution NMR and X-raystudies cannot be fully explained from the differences in basesequence between hybrids solved by X-ray (typically withpolypyrimidine in the DNA strand) and by NMR (generallymore heterogeneous), as demonstrated by Gyi et al. and Fedoroffet al.24,29,30 Clearly, experimental conditions are driving thestructure toward the A and A/B conformations, suggesting aunique intrinsic structural plasticity in the DNA‚RNA hybrid.Though the discrepancy between NMR and X-ray results

makes it difficult to define the major conformation of the hybridin physiological conditions, it seems that NMR data providean easier explanation of the fact that while DNA‚RNA hybridsare degraded by RNase H, pure RNA duplexes are inhibitors.34Thus, according to NMR results, the smaller width of the minorgroove in the hybrid compared to that in the pure RNA duplexhas been considered to be the main structural feature to explainthe different enzymatic susceptibility to RNase H.16,21,22,24,33,34However, recent studies have pointed out that factors other thanthe shape of the minor groove must also be involved,32,33 thusraising doubts on the structural determinants that justify thedegradation of the hybrid by RNase H.Compared with the large amount of high-level experimental

data, very few theoretical studies have examined the structureof the DNA‚RNA hybrid. In a seminal paper, Cheatham and

Kollman35 reported 2 ns molecular dynamics (MD) trajectoriesof a 10-mer DNA‚RNA duplex with Cornell’s force field.36 Theyfound that, irrespective of the starting structure (pure A- orB-forms), the hybrid adopts a mixed A/B conformation, whosegeneral conformation resembles that of the A-form, but with2′-deoxyribose puckerings in the South region, thus supportingNMR data and previous JUNMA results by Lavery’s group.37Identical conclusions were reached by Venkateswarlu et al. from1 ns MD samplings38 and more recently by Lane and co-workers30 in a 2 ns MD study.In this paper, we will present extended MD simulations of

DNA‚RNA hybrids starting from two different X-ray structures.Present trajectories (which expand to 10 times longer simulationtime than previous ones) analyzed with the help of a powerfulset of datamining algorithms allowed us to obtain a completepicture of the structure and dynamics of DNA‚RNA hybrids.Our trajectories clearly converge to a conformation close to thatsuggested by NMR techniques. The structure, molecular rec-ognition, and especially flexibility characteristics of the hybridare determined and compared with those obtained for pure DNAand RNA duplexes built up with the equivalent base sequence.Finally, a tentative explanation of the specificity of RNase Hfor the DNA‚RNA hybrid is provided.

Methods

Molecular Dynamics Simulations. Dodecamers of sequencer(cgcgaauucgcg)‚d(CGCGAATTCGCG) were built using as template(i) the PDB crystal structure 1FIX39 and (ii) an A-form conformationtaken from Arnott’s fiber diffraction data as implemented in theBiopolymer module of InsightII.40 Choice of the Dickerson’s sequenceallowed us to compare the hybrid trajectories with those recentlycollected for the same sequence in DNA and RNA duplexes41 and whichwill be used as reference for pure duplexes. Moreover, the selection ofthese two starting structures allows us to determine whether MDsimulations36,42 are consistent with crystal A-like structures or whetherthe trajectories spontaneously jump to the A/B NMR-like conformation.The structures were first partially optimized (2000 cycles with

restraints in the backbone) to avoid bad contacts emerging from changesin the sequence of the bases used in MD simulations with regard tothat present in the X-ray crystallographic structure. The hybrids weresurrounded by approximately 4400 water molecules and 22 Na+molecules placed in the regions of more electronegative potential (thisgenerates rectangular boxes, 62 × 62× 57 (in angstroms)), with greaterthan 12 Å of waters from the DNA to the faces of the box. The hydratedsystems were then optimized, heated, and equilibrated using ourstandard multistage protocol with length double than usual43,44 to preventany equilibration problem arising from the fact that we are studyinghybrids and not homoduplexes. Then, two (11 and 5 ns) unrestrainedMD simulations were run (the first nanosecond was considered extraequilibration in both cases). All MD simulations were performed in

(12) Egli, M.; Usman, N.; Zhang, S. G.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.1992, 89, 534.

(13) Egli, M.; Usman, N.; Rich, A. Biochemistry 1993, 32, 3221.(14) Xiong, Y.; Sundaralingam, M. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 2171.(15) Conn, G. L.; Brown, T.; Leonard, G. A. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 555.(16) Horton, N. C.; Finzel, B. C. J. Mol. Biol. 1996, 264, 521.(17) Katahira, M.; Lee, S. J.; Kobayashi, Y.; Sujeta, H.; Kyogoku, Y.; Iwai, S.;

Ohtsuka, E.; Benevides, J. M.; Thomas, G. J. J. Am. Chem. Soc. 1990,112, 4508.

(18) Chou, S. H.; Flynn, P.; Reid, B. Biochemistry 1989, 28, 2422.(19) Chou, S. H.; Flynn, P.; Reid, B. Biochemistry 1989, 28, 2435.(20) Hall, K. B.; McLaughlin, L. W. Biochemistry 1991, 30, 10606.(21) Fedoroff, O. Y.; Salazar, M.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1993, 233, 509.(22) Fedoroff, O. Y.; Ge, Y.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1997, 269, 225.(23) Lane, A. N.; Ebel, S.; Brown, T. Eur. J. Biochem. 1993, 215, 297.(24) Salazar, M.; Fedoroff, O. Y.; Miller, J. M.; Ribeiro, N. S.; Reid, B. R.

Biochemistry 1993, 32, 4297.(25) Gao, X.; Jeffs, P. W. J. Biomol. NMR 1994, 4, 367.(26) Gonzalez, C.; Stec, W.; Kobylanska, A.; Hogrefe, R. I.; Reynolds, M.;

James, T. L. Biochemistry 1994, 33, 1062.(27) Gonzalez, C.; Stec, W.; Reynolds, M.; James, T. L. Biochemistry 1995,

34, 4969.(28) Gyi, J. I.; Conn, G. L.; Lane, A. N.; Brown, T. Biochemistry 1996, 35,

12538.(29) Gyi, J. I.; Lane, A. N.; Conn, G. L.; Brown, T. Biochemistry 1998, 37, 73.(30) Gyi, J. I.; Gao, D.; Conn, G. L.; Trent, J. O.; Brown, T.; Lane, A. N. Nucleic

Acids Res. 2003, 31, 2683.(31) Cross, C. W.; Rice, J. S.; Gao, X. Biochemistry 1997, 36, 4096.(32) Nishizaki, T.; Iwai, S.; Ohkubo, T.; Kojima, C.; Nakamura, H.; Kyogoku,

Y.; Ohtsuka, E. Biochemistry 1996, 35, 4016.(33) Szyperski, T.; Gotte, M.; Billeter, M.; Perola, E.; Cellai, L.; Heumann, H.;

Wuthrich, K. J. Biomol. NMR 1999, 13, 343.(34) Salazar, M.; Fedoroff, O. Y.; Zhu, L.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1994, 241,

440.

(35) Cheatham, T. E.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 4805.(36) Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.;

Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P.A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.

(37) Sanghani, S. R.; Lavery, R. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 1444.(38) Venkateswarlu, D.; Lind, K. E.; Mohan, V.; Manoharan, M.; Fergurson,

D. M. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 2189.(39) Horton, N. C.; Finzel, B. C. J. Mol. Biol. 1996, 264, 521.(40) (a) Arnott, S.; Bond, P. J.; Selsung, E.; Smith, P. J. Nucleic Acids Res.

1976, 3, 2459. (b) Insight II; Accelrys Co.: San Diego, CA, 2004.(41) Noy, A.; Perez, A.; Lankas, F.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Mol. Biol.

2004, 343, 627.(42) Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999,

16, 845.(43) Shields, G. C.; Laughton, C. A.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119,

7463.(44) Shields, G. C.; Laughton, C. A.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120,

5895.

Characteristics of the DNA‚RNA Hybrid A R T I C L E S

J. AM. CHEM. SOC. 9 VOL. 127, NO. 13, 2005 4911

Page 127: acidos nucleicos

the isothermic-isobaric ensemble (1 atm, 298 K). Periodic boundaryconditions and the Particle Mesh Ewald (PME45) technique were usedto treat long-range effects. All bonds were constrained using SHAKE,46which allowed us to use an integration time step of 2 fs. Parm9936,42and TIP3P47 force fields were used to describe molecular interactions.Global translations were removed every 0.5 ns to remove erroneouspartitions of the kinetic energy of the system. Since both trajectoriesconverged to a similar region of the configurational space (see below),the structural and flexibility analyses were performed by using onlythe last 10 ns of the longest trajectory. Moreover, the base pairs atboth 5′ and 3′ ends were not considered in the analysis. All trajectorieswere obtained using the SANDER module of the AMBER6.1 computerprogram.48

Structural and Energetic Analysis. Geometrical parameters sampledalong the trajectories were studied using analysis modules in AMBER,the X3DNA program,49 and in house software. Classical molecularinteraction potentials were computed using the CMIP program50 withNa+ as a classical probe particle. Water densities around duplexes weredetermined by integrating the water population around polar atoms(cutoff distance of 3.5 Å) of the nucleic acids. Water residence timeswere computed by tracing all water molecules around polar groupsfollowing the standard procedure in the PTRAJ module of AMBER.Essential Dynamics. Essential motions41,51-53 were determined from

principal component analysis (PCA) using covariance matrixes forcommon atoms of DNA and RNA (i.e., by excluding 5-methyl/H groupsof T/U and 2′-OH/H groups in sugars). The diagonalization of thecovariance matrix provided eigenvectors, which describe the nature ofthe essential movements, and eigenvalues, which determine thecontribution of each essential movement to the positional variance ofthe trajectory. For two molecules of the same size, the number ofeigenvectors necessary to explain a given positional variance indicatesthe complexity of the molecular motions; the larger the number ofessential motions, the greater the complexity.Eigenvectors of the same dimension obtained from two trajectories

can be compared by means of the absolute and relative similarityindexes given in eqs 1 and 2,51,54,55 which measure the similarity betweenthe essential deformation pattern of the two systems.

where νiA is the unit eigenvector i of molecule A; n is the minimum

number of essential motions that account for a given variance in thetrajectory, and the dot denotes a scalar product.

where the self-similarity indexes, γAAT, are calculated by comparingeigenvectors obtained with the first and second parts of the sametrajectory.Entropy Calculation. Intramolecular entropies were determined

using Schlitter56 and Andreocci-Karplus57 methods (see eqs 3 and 4)and considering only atoms common to DNA and RNA (see above).The time dependence of the entropy estimates was corrected using thestandard exponential extrapolation method.51,58

where Ri ) pωi/kT; ω denotes the eigenvalues obtained by diagonal-ization of the mass-weighted covariance matrix, and the sum extendsto all nontrivial vibrations.Stiffness Analysis. The positional fluctuations of atoms along the

trajectory were used to derive force constants to describe the elasticdeformability of the hybrid and their constituent strands.51,59-63 Thestiffness associated with the essential movements was determined fromthe eigenvalues obtained by diagonalization of the Cartesian covariancematrix41 (see eq 5). Alternatively, the stiffness matrix K (with entriesKij) associated with deformability along helical parameters wasdetermined (see eq 6) by inverting the covariance matrix C (with entriesCij ) ⟨(Xi - Xi0)(Xj - Xj0)⟩). Diagonal elements in K representcontributions to deformation arising from individual helical variables,while off-diagonal components account for coupling terms. Note thanonce the force matrix is known, the deformation energy of a givenconfiguration can be calculated by eq 7, where the subindex 0 standsfor the equilibrium value.

where λi is the eigenvalue (in angstroms2) associated with the essentialmovement νi determined by diagonalization of the covariance matrix;T is the temperature (in kelvin); k is the Boltzmann constant, and Kλi

is a force constant associated with the essential motion.

Helical force constants were determined at the local (using localhelical parameters as determined by X3DNA) and global (using theparameters defined by Lankas et al.59,60) levels. The local analysis wasperformed by using all of the snapshots collected from the MDtrajectory.Once the stiffness constants for global or local parameters are

determined, the average deformation energy of the duplex can be

(45) Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089.(46) Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977,

23, 327.(47) Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein,

M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.(48) Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Ross,

W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. L.; Marz, K. M.; Stanton, R. V.;Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Radmer, R. J.; Duan,Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.;Kollman, P. A. AMBER6; University of California: San Francisco, CA,1999

(49) Lu, X. J.; Shakked, Z.; Olson, W. K. J. Mol. Biol. 2000, 300, 819.(50) Gelpi, J. L.; Kalko, S. G.; Barril, X.; Cirera, J.; de La Cruz, X.; Luque, F.

J.; Orozco, M. Proteins 2000, 45, 428.(51) Orozco, M.; Perez, A.; Noy, A.; Luque, F. J. Chem. Soc. ReV. 2003, 32,

350.(52) Wlodek, S. T.; Clark, T. W.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. J. Am. Chem.

Soc. 1997, 119, 9513.(53) Sherer, E. C.; Harris, S. A.; Soliva, R.; Orozco, M.; Laughton, C. A. J.

Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5981.(54) Cubero, E.; Abrescia, N. G. A.; Subirana, J. A.; Luque, F. J.; Orozco, M.

J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 14603.

(55) Rueda, M.; Kalko, S. G.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Am. Chem. Soc. 2003,125, 8007.

(56) Schlitter, J. Chem. Phys. Lett. 1993, 215, 617.(57) Andricioaei, I.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 6289.(58) Harris, S. A.; Gavathiotis, E.; Searle, M. S.; Orozco, M.; Laughton, C. A.

J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 12658.(59) Lankas, F.; Sponer, J.; Hobza, P.; Langowski, J. J. Mol. Biol. 2000, 299,

695.(60) Lankas, F.; Sponer, J.; Langowski, J.; Cheatham, T. E. Biophys. J. 2003,

85, 2872.(61) Olson, W. K.; Gorin, A. A.; Lu, X. J.; Hock, L. M.; Zhurkin, V. B. Proc.

Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 11163.(62) Matsumoto, A.; Olson, W. K. Biophys. J. 2000, 83, 22.(63) For comparison purposes with present Figure 9, note that Figure 4 of ref

46 has a typo error, and values in the y-axis need to be multiplied by afactor of 10.

γAB )1

n∑j)1n

∑i)1

n

(νiA‚νj

B)2 (1)

κAB ) 2γAB

(γAAT + γBB

T )(2)

S ≈ 0.5k∑iln(1 + e2

Ri2) (3)

S ) k∑i

Ri

eRi - 1- ln(1 - e-Ri) (4)

Kλi) kT/λi (5)

K ) kTC-1 (6)

Edef ) ∑i

Kii

2(Xi - Xio)

2 + ∑i*j

Kij

2(Xi - Xio)(Xj - Xjo) (7)

A R T I C L E S Noy et al.

4912 J. AM. CHEM. SOC. 9 VOL. 127, NO. 13, 2005

Page 128: acidos nucleicos

computed considering a common limit of deformation for each helicalcoordinate. This limit should (i) make all helical deformation equallyimportant in the definition of the distortion energy, and (ii) allow thecomparison between DNA2, RNA2, and DNA‚RNA stiffness. Thus, wedefined the consensus perturbation for each helical parameter as twicethe largest standard deviation found for this parameter in the threetrajectories. Conformations are then randomly generated by movingrandomly each individual helical parameter within these limits.

Results and Discussion

Convergence of the Trajectories. There is a clear displace-ment in the two trajectories (in less than 1 ns) from the A-formto an A/B conformation, closer to the A- than to the B-form,but clearly different from the canonical A-helix (see Figure 1).Both simulations sampled the same region of the configurationalspace, which is close to the conformation found in NMRexperiments (1EFS64 was used here for reference; see Figure1). Analysis of the trajectories clearly demonstrated that, asprevious MD simulations suggested,30,36,41 the fast repuckeringof the 2′-deoxyriboses from pure North to South/South-Eastconformations is responsible for the structural transitionsdetected in the simulations.Taking data from our longest trajectory (very similar results

can be obtained considering the 5 ns one starting from pureA-form), we can quantify deviations in the converged structurewith respect to reference conformations. The average RMSD(values taken for the central 10-mer backbone (including C1′)in the last 10 ns of the trajectory) with respect to the startingconformation is 2.9 ( 0.5 Å, a value which is slightly largerthan that found when RMSD is computed from a classical NMR

(1EFS 64) conformation (2.2 ( 0.3 Å). The RMSD with respectto the B-form is larger (5.1 ( 0.7 Å with respect to Arnott’svalues and 3.5 ( 0.6 Å with respect to the MD-averagedconformation of B-DNA) than that with respect to A-form (3.3( 0.4 Å from Arnott’s40 values and 2.8 ( 0.5 Å from the MD-averaged conformation of the A-RNA). In summary, MDsimulations drive the structure of the hybrid from fiber or crystalconformations to NMR-like conformation, which is not a pureA-form, but that, in general, is clearly closer to this conformationthan to the B-form.General Structural Characteristics. Helical analysis shows

that the average twist angle is∼31°, which is close to that foundfor the RNA duplex (∼30°) and smaller than that for the DNAone (∼33°) (see Figure 2). With regard to slide, the hybrid isalso closer to RNA than to DNA. For the rest of the local helicalparameters, the hybrid is either intermediate between DNA andRNA or does not change significantly between the three kindsof duplexes (see Figure 2). The intermediate A/B character ofthe hybrid becomes more evident when looking to more generaldescriptors, such as the shortest C1′-C1′ intrastrand distance41or the global (see Methods) helical parameters (see Figure 3).Interestingly, compared with the DNA duplex, both RNA andhybrid duplexes seem to be less sequence-dependent, as reflectedin a more normal distribution of some helical parameters, suchas twist (see Figure 2).There are several differences in the distribution of the

backbone dihedral angles (available upon request) with respectto pure DNA and RNA duplexes. In general, the differencesare due to a strong asymmetry between the two strands in thehybrid, which seems to retain some kind of predilection for the

(64) Hantz, E.; Larue, V.; Ladam, P.; Le Moyec, L.; Gouyette, C.; Huynh Dinh,T. Int. J. Biol. Macromol. 2001, 28, 273.

Figure 1. Root-mean-square deviations (RMSD for backbone atoms inangstroms) for the two hybrid trajectories; (top) starting 1FIX, and (bottom)from InsightII A-form, with respect to A (red), B (blue), and NMR (black;generated from 1EFS by (i) change of the sequence to the target one and(ii) restricted optimization of nucleobases to remove bad contacts) structures.Values displayed here correspond to the central 10-mer segment of theduplex.

Figure 2. Distributions of selected local helical parameters in DNA2, RNA2,and DNA‚RNA trajectories. Rotational values are in degrees, and thetranslational ones are in angstroms. DNA2 (blue), RNA2 (red), and hybrid(green).

Characteristics of the DNA‚RNA Hybrid A R T I C L E S

J. AM. CHEM. SOC. 9 VOL. 127, NO. 13, 2005 4913

Page 129: acidos nucleicos

distributions found in corresponding pure duplexes (see Figure4 for selected examples). Such a predilection is clearly reflectedin the sugar puckering since all riboses are found in the Northconformation (as expected for RNA), while 2′-deoxyribosesmainly populate South and South-East conformations (only8-9% is found in North conformations) (see Figure 5). Thechange between S T E T N puckerings of 2-deoxyriboses isvery fast (subnanosecond time scale), which indicates thatpresent results cannot be ascribed to limited sampling in ourMD simulations (see Figure 5). We must also notice that theamount of East conformers in the DNA strand of the hybrid isnot different than that detected in normal DNA duplexes, whichsupports suggestions by James and co-workers26,27 that theanomalous sugar spectra found for the DNA‚RNA hybrids arenot due to a displacement of the 2′-deoxyriboses to the Eastconformation, but to a fast interchange between North and Southpuckerings.The strand asymmetry in sugar puckering generates a unique

groove distribution in the hybrid. The major groove is clearlywider than that of pure RNA and only ∼2 Å narrower thanthat of pure DNA (see Figure 6). The minor groove of the hybridis ∼2 Å narrower than that of pure RNA and clearly wider thanthat of pure DNA. Very interestingly, the minor groove of thehybrid seems to be less sensitive to sequence effects (particularlyto A-tracks) than does that of the DNA duplex (see Figure 6),leading to a more normal distribution in the hybrid. Thisdifference is probably due to the geometrical restrictionsimposed by the fixed conformation of the riboses in the RNAstrand.Molecular Recognition Properties. The unique groove

geometry of the hybrid generates a special recognition pattern

compared to DNA and RNA duplexes of the same sequence.This is noted in the cMIP distribution (Figure 7), which hascharacteristics of both DNA and RNA duplexes and aninteresting asymmetry between strands in the major groove sincethe most favored region for interaction with small cations isnot centered in the middle of the groove but displaced towardthe RNA strand (see Figure 7). The hybrid is very well hydratedby an average number of 27.0 water molecules/nucleotide paircompared with values of 25.3 and 28.2 for DNA and RNA,respectively. In the minor groove, the amount of highlystructured water is slightly larger (see Figure 7) for DNA thanfor RNA, the hybrid being in an intermediate situation. Due tothe presence of the 2′-OH group, the backbone is better hydratedin RNA (12.8 waters/single strand) and in the RNA strand ofthe hybrid (12.4 waters) than in the DNA duplex (10.4 waters/single strand) or the DNA strand (10.6 waters) of the hybrid.The maximum water residence times around polar groups rangefrom 100 ps to 1 ns, and no systematic differences are detectedbetween DNA, RNA duplexes, and the hybrid.Entropy Calculations. Schlitter and Andreocci-Karplus

methods were used to estimate the intramolecular entropy of

Figure 3. Distributions of selected global helical parameters in DNA2,RNA2, and DNA‚RNA trajectories. Rotational values are in degrees, andthe translational ones are in angstroms. See color code in Figure 2.

Figure 4. Distributions of selected backbone dihedrals in DNA2, RNA2,and DNA‚RNA trajectories. Taking values for individual strands (the twoDNA strand in DNA2 (blue), the two RNA strands in RNA2 (red), the DNAstrand in the hybrid (magenta), and the RNA strand in the hybrid (orange).Values are in degrees.

A R T I C L E S Noy et al.

4914 J. AM. CHEM. SOC. 9 VOL. 127, NO. 13, 2005

Page 130: acidos nucleicos

the duplexes. Both methods suggest that DNA is the mostdisordered structure, followed by the hybrid and finally by theRNA (Table 1). The difference in total entropy between RNAand DNA is 0.24 kcal/mol‚K,41 and 0.16 kcal/mol‚K betweenRNA and the hybrid. Therefore, while structural parameterspoint out that the hybrid is closer to pure RNA, the hybrid iscloser to pure DNA in terms of structural disorder. As found ina previous analysis of homoduplexes,41 such an entropicdifference arises from the backbone (entropy estimates obtainedconsidering only the nucleobases are nearly identical for thethree duplexes; see Table 1). Interestingly, when entropies arecomputed considering only the first three essential movements,DNA is the most ordered helix, while RNA and DNA‚RNAshow the same level of structural disorder. When the calculationincludes the first 10 frequencies, the hybrid appears as the mostdisordered structure and RNA as the most ordered one. Clearly,entropy is not distributed uniformly in the three duplexes (seeFigure 8), a fact that was already recognized in a previous studyof DNA and RNA flexibility.41The two strands of the hybrid retain the intrinsic flexibility

in their respective homoduplexes. Thus, the DNA strand of thehybrid has an entropy 0.12 kcal/mol‚K larger than that of theRNA strand (see Table 2). Quite impressively, the entropyestimates for the DNA and RNA strands of the hybrid nearly

match the average values obtained for the same strands inhomopolymers of the same sequence (see Table 2). Finally, theentropy contributions associated with the first 10 essentialmovements of the DNA and RNA strands of the hybrid followvery closely those observed for the same strands in homopoly-mers (see Figure 8). In summary, the two strands of the hybridmaintain their intrinsic entropy in pure duplexes, which is notmuch altered by the counterpart, and the global entropyproperties of the hybrid should then be understood as acombination of the local entropies of the two strands.Essential Dynamics. As previously found in other studies,51,55

global twistings and bendings are the movements that explainmost variances in the three duplexes. The first modes in allnucleic acids are associated with very small stiffness constants

Figure 5. (Top panel) Distribution of phase angles (in degrees) in DNA2, RNA2, and DNA‚RNA trajectories. Values are obtained by taking the two strandsseparately (see color codes in Figure 4). (Bottom panels) Evolution of the phase angle along the 11 ns hybrid trajectory for selected nucleotides.

Figure 6. Distribution of minor and major groove widths in DNA2, RNA2,and DNA‚RNA trajectories. Distances (in angstroms) are computed as theshortest P-P distance along the groove minus 5.8 Å (van der Waals radiiof phosphates).

Table 1. Intramolecular Entropies (in kcal/mol‚K) Computed usingSchlitter’s (roman font) and Andreocci-Karplus’s Methods (italics)for DNA, RNA, and HYBRID Double Strand and Extrapolated toInfinite Simulation Time (see Methods)a

S (t ) ∞) S (3) S (10)

DNA 2.14(0.05) 0.0328 0.0988(all atoms) 1.93(0.05) 0.0327 0.0983RNA 1.90(0.03) 0.0342 0.0976(all atoms) 1.71(0.03) 0.0340 0.0971HYBRID 2.06(0.03) 0.0341 0.0997(all atoms) 1.85(0.03) 0.0339 0.0993DNA 0.91(0.01) 0.0286 0.0849(nucleobases) 0.84(0.01) 0.0285 0.0845RNA 0.91(0.02) 0.0300 0.0860(nucleobases) 0.83(0.02) 0.0299 0.0856HYBRID 0.91(0.01) 0.0299 0.0858(nucleobases) 0.84(0.02) 0.0298 0.0853DNA 1.43(0.07) 0.0320 0.0962(backbone) 1.34(0.10) 0.0319 0.0958RNA 1.18(0.03) 0.0333 0.0944(backbone) 1.09(0.03) 0.0331 0.0940HYBRID 1.34(0.04) 0.0332 0.0973(backbone) 1.24(0.04) 0.0331 0.0968

a Partial entropies were computed considering only nucleobases orbackbone atoms. In all cases, values were determined considering allfrequencies, as well as only the first 3 and 10 ones.

Characteristics of the DNA‚RNA Hybrid A R T I C L E S

J. AM. CHEM. SOC. 9 VOL. 127, NO. 13, 2005 4915

Page 131: acidos nucleicos

(below 10 cal/mol‚Å2; see Figure 9), reflecting the extremeplasticity of nucleic acids along their preferred deformationpathways.63 As suggested by entropy plots (Figure 8), the DNAappears to be very stiff for the first deformation modes, but thesituation changes for higher essential movements. The hybridshows stiffness constants similar to those of the RNA for thefirst five components, while for lower modes, they approachthose of the DNA homoduplex (see Figure 9).Similarity measurements for the 10 first essential modes

(those explaining more than 70% variance of all trajectories)reveal that the nature of these movements is quite common tothe three duplexes, especially in movements involving nucleo-bases (see Table 3). The essential deformation modes of thehybrid are slightly more similar to those of the RNA than tothose of the DNA (see Table 3). However, the hybrid is able to

capture characteristics of the essential dynamics of DNA whichwere not present in the RNA duplex and vice versa. Thus,similarity indexes between the hybrid and the two homoduplexesare larger than that obtained between pure DNA and RNAduplexes, the difference being especially clear when a largenumber (500) of eigenvectors are used in the comparison (seeTable 3).The essential dynamics of the RNA and DNA strands of the

hybrid is significantly different, creating a unique asymmetryin the essential deformation modes of the hybrid. Thus, therelative similarities, κ, between the DNA and RNA strands ofthe hybrid are ∼76% for 10 modes and 88% for 250 modes(see Table 3), while when the dynamics of the two comple-mentary strands of pure DNA and RNA duplexes is compared,similarity indexes very close to 1.0 are obtained. The essential

Figure 7. (Top) Classical Molecular Interaction Potential (in purple energy contour -3 kcal/mol), showing the best region for interaction of the differentduplexes with a classical Na+ probe. (Bottom) Solvation map (in purple density contour 2.5 g/cm3) density for the three duplexes.

A R T I C L E S Noy et al.

4916 J. AM. CHEM. SOC. 9 VOL. 127, NO. 13, 2005

Page 132: acidos nucleicos

movements of the RNA strand in the hybrid and in a pure RNAduplex are very similar (90% identity for 10 modes), while themaintenance of dynamics of the DNA strand is slightly worse(identity ∼77% for 10 deformation modes (95% for 250modes)). In summary, the two strands of the hybrid have asurprising tendency to maintain the essential dynamics of theDNA and RNA strands in pure homoduplexes. Such a predilec-tion is especially strong for the RNA strand, whose deformabilitypattern in the hybrid is almost identical to that found in pureRNA duplexes.

Helical Stiffness. As noted in previous papers,41,65 it is notclear whether DNA is more flexible than RNA in terms of globalhelical deformations. For the global twist, RNA is more rigidthan DNA, but for global stretch and tilt, the reverse situationis found (see Table 4). Thus, DNA is more or less flexible thanRNA depending on the type of global deformation. The hybridhas an intermediate behavior, though it is slightly closer to RNAthan to DNA (see Table 4). Thus, the global twist of the hybridis twice more difficult than for DNA and only 23% easier thanfor RNA. For the global stretch, the force constants in the hybridand in RNA are identical and nearly one-half of that found forDNA. Finally, the hybrid is∼20% more flexible than both DNAand RNA in terms of global roll deformation and more rigid(50 and 20% relative to RNA and DNA, respectively) forchanges in the global tilt (see Table 4). Considering a commonisotropic distortion (i.e., a common distortion for all the duplexesdefined to weight the same all the possible helical deforma-tion;41,63 see Figure 10), there are no clear differences betweenthe global flexibility of DNA, RNA, and DNA‚RNA duplexes(Figure 10).

(65) Perez, A.; Noy, A.; Lankas, F.; Luque, F. J.; Orozco, M. Nucleic AcidsRes. 2004, 32, 6144.

Figure 8. Entropies (in kcal/mol‚K) assigned to different deformationmodes of the three duplexes. (Top) Values for the two strands. (Bottom)Values for individual strands. Color code as in Figure 4.

Table 2. Same as Table 1, but Considering Each StrandIndependentlya

S (t ) ∞) S (3) S (10)

DNA 1.11(0.05) 0.0310 0.0928(all atoms) 1.03(0.07) 0.0308 0.0923RNA 0.99(0.02) 0.0321 0.0909(all atoms) 0.91(0.04) 0.0320 0.0905HYBRID DNA 1.12(0.02) 0.0324 0.0944(all atoms) 1.04(0.03) 0.0323 0.0940HYBRID RNA 1.00(0.02) 0.0318 0.0912(all atoms) 0.92(0.03) 0.0317 0.0908DNA 0.49(0.01) 0.0268 0.0786(nucleobases) 0.45(0.01) 0.0266 0.0782RNA 0.48(0.01) 0.0280 0.0793(nucleobases) 0.44(0.01) 0.0279 0.0789HYBRID DNA 0.49(0.01) 0.0281 0.0796(nucleobases) 0.45(0.01) 0.0280 0.0792HYBRID RNA 0.48(0.01) 0.0277 0.0787(nucleobases) 0.44(0.01) 0.0276 0.0783DNA 0.75(0.09) 0.0303 0.0906(backbone) 0.71(0.14) 0.0301 0.0901RNA 0.62(0.04) 0.0313 0.0877(backbone) 0.59(0.08) 0.0311 0.0873HYBRID DNA 0.75(0.03) 0.0317 0.0922(backbone) 0.70(0.04) 0.0316 0.0918HYBRID RNA 0.63(0.03) 0.0310 0.0882(backbone) 0.60(0.06) 0.0308 0.0877

a For pure duplexes, values are the averages of the two strands.

Figure 9. Force constants (in cal/mol‚Å2) assigned to the most essentialmovements of the three duplexes. Color code as in Figure 2.

Table 3. Relative (κ) Similarity Indexes between the EssentialMovements of DNA, RNA, and HYBRID at the Duplex (top) andSingle Strand (bottom) Levelsa

all atoms nucleobases backbone

DuplexκHYBRID/RNA 0.788/0.911 0.859/0.988 0.805/0.935κHYBRID/DNA 0.722/0.921 0.782/0.990 0.728/0.919κDNA/RNA 0.682/0.850 0.701/0.970 0.692/0.870

Single StrandκHYB_RNA/RNA 0.904/0.919 0.875/0.979 0.866/ 0.961κHYB_RNA/DNA 0.766/0.852 0.846/0.984 0.739/0.851κHYB_DNA/RNA 0.771/0.866 0.847/0.986 0.744/0.883κHYB_DNA/DNA 0.772/0.952 0.904/0.982 0.775/0.961κ HYB_RNA/HYB_DNA 0.763/0.878 0.842/0.993 0.769/0.880

a Values in roman correspond to the calculations using the first 10 modes,while values in italics are obtained considering the first 500 (duplex) or250 (single strand) modes.

Table 4. Diagonal Elastic Force Constants for Deformations alonga Reduced Set of Global Helical Parameters (angular forceconstants in cal/mol‚deg2 and displacement force constants inkcal/mol‚Å2) Computed for the Central 10-mer Portion of DNA,RNA, and HYBRID Duplexesa,b

global tilt global roll global twist global stretch

DNA 4.29(0.05) 5.92(0.07) 5.58(0.07) 1.51(0.039)RNA 2.98(0.05) 5.74(0.11) 12.89(0.21) 0.80(0.009)HYBRID 4.56(0.06) 4.76(0.12) 9.52(0.23) 0.79(0.018)

a Standard deviation values have been calculated by averages usingdifferent groups of snapshots taken every 5 ps. b The complete stiffnessmatrixes are available upon request.

Characteristics of the DNA‚RNA Hybrid A R T I C L E S

J. AM. CHEM. SOC. 9 VOL. 127, NO. 13, 2005 4917

Page 133: acidos nucleicos

For most local helical parameters, RNA is stiffer than DNA,and in general, random local deformation is easier for DNAthan for RNA41,65 (see Table 5 and Figure 10). Once again, thebehavior of the hybrid is intermediate between that of DNAand RNA (see Table 5), but the local pattern of deformabilityof the hybrid is unique, and not just a simple scaled average ofthat of DNA and RNA homoduplexes (Table 5). For example,deformation in rise and tilt is equally difficult for RNA2 andthe hybrid, but it is much easier to unwind or bend (twist androll stiffness) the hybrid than a pure RNA duplex. The isotropicdeformation energy of the hybrid is slightly closer to that ofDNA than to that of the RNA duplex (see Figure 10), but thissituation changes if the hybrid is deformed more along a helicalcoordinate than along the others (anisotropic perturbation). Onceagain,41,65 the flexibility in nucleic acids emerges as a verycomplex concept especially for a molecule such as DNA‚RNAwith a very asymmetric pattern of deformability.RNase H Susceptibility. RNase H has binding constants in

the micromolar range for several oligonucleotides with A-likeconformations, including RNA duplexes and DNA‚RNA hy-brids, but does not bind DNA duplexes66-71 or other B-formnucleic acids.70 The crystal structure of a RNase H suggeststhat the enzyme does not recognize a pure canonical A-formand that some distortion in the helix occurs.72-75 It is also knownthat the enzyme does not show any marked sequence specific-

ity14,21,76,77 and is inactive against single-stranded oligonucle-otides.69,70 Finally, in DNA‚RNA duplexes, only the RNA strandof the hybrid is degraded.69,70

All experimental data demonstrate that, despite the generalsimilarity between RNA2 and the hybrid, no appreciable amountof RNA duplex is degraded by the enzyme.66-70,76 The reasonsfor this extreme specificity have been obscure for decades sinceit is not easy to find structural determinants which are differentfor DNA‚RNA and RNA2. Thus, all crystal structures of theDNA‚RNA hybrid are nearly identical to those found for pureRNA duplexes (see Introduction). This fact could explain whyboth RNA duplexes and DNA‚RNA hybrids are recognized bythe enzyme, but does not justify why RNA duplexes areinhibitors and DNA‚RNA hybrids are substrates.Crystallization conditions might bias the conformation of the

DNA‚RNA hybrid, and both NMR and MD simulations suggestthat the hybrid adopts in physiological conditions an intermediateA/B-form. In fact, analysis of NMR or MD structures allowsthe determination of a few structural differences between DNA‚RNA and RNA2, such as the narrower minor groove in thehybrid compared with RNA duplex. On the basis of this finding,several authors have suggested that a minor groove with a widthof ∼8-9 Å is a necessary requisite for degradation by RNaseH.16,21-24 The cMIP profiles in Figure 7 confirm that the averagerecognition pattern of the minor groove of the hybrid is differentthan that of the RNA duplex, providing an apparent support tothe hypothesis that a narrow minor groove is the structuraldeterminant for RNase H specificity. However, a more detailedanalysis of the structures shows that there is large overlap inthe distribution of widths of DNA‚RNA and RNA duplexes,and∼20% of the time, the RNA duplex displays a minor groovewith an “ideal” width of 8-9 Å (see Figure 6), which wouldimply some susceptibility of RNA duplexes to degradation byRNase H. Furthermore, cMIP calculations on hybrid-chimeras,which are recognized and degraded by RNase H,32,33 show veryanomalous minor grooves, leading to cMIP distributions far fromthat expected for a normal DNA‚RNA hybrid (compare Figures7 and 11) and, in some cases, identical to that of a normal RNAduplex (Figures 7 and 11). In summary, equilibrium geometrycan easily explain why B-type helical structures do not bindthe enzyme, but it cannot explain the discriminative ability ofRNase H between RNA duplex and DNA‚RNA hybrid.Discarding sequence effects and the equilibrium geometry

as the unique determinants for the specificity of RNase H, wecan consider that the reduced stability of the DNA‚RNA hybridcompared to that of the RNA homoduplex78-81 can be a key(66) Altmann, K. H.; Fabbrot, D.; Dean, N. M.; Geiger, T.; Monia, B. P.; Muller,

M.; Nicklin, P. Biochem. Soc. Trans. 1996, 24, 630.(67) Agrawal, S.; Iyer, R. P. Pharmacol. Ther. 1997, 76, 151.(68) Crooke, S. T.; Bennett, C. F. Annu. ReV. Pharmacol. Toxicol. 1996, 36,

107.(69) Han, G. W.; Kopka, M. L.; Cascio, D.; Grzeskowiak, K.; Dickerson, R. E.

J. Mol. Biol. 1997, 269, 811.(70) Lima, W. F.; Crooke, S. T. Biochemistry 1997, 36, 390.(71) Stein, H.; Hausen, P. Science 1969, 166, 393.(72) Ding, J.; Hughes, S. H.; Arnold, E. Biopolymers 1997, 44, 125.(73) Ding, J.; Das, K.; Hsiou, Y.; Sarafianos, S. G.; Clark, A. D.; Jacobo-Molina,

A.; Tantillo, C.; Hughes, S. H.; Arnold, E. J. Mol. Biol. 1998, 284, 1095.

(74) Jacobo-Molina, A.; Ding, J.; Nanni, R. G.; Clark, A. D.; Lu, X.; Tantillo,C.; Williams, R. L.; Kamer, G.; Ferris, A. L.; Clark, P. Proc. Natl. Acad.Sci. U.S.A. 1993, 90, 6320.

(75) Sarafianos, S. G.; Das, K.; Tantillo, C.; Clark, A. D.; Ding, J.; Whitcomb,J. M.; Boyer, P. L.; Hughes, S. H.; Arnold, E. EMBO J. 2001, 20, 1449.

(76) Oda, Y.; Iwai, S.; Ohtsuka, E.; Ishikawa, M.; Ikehara, M.; Nakamura, H.Nucleic Acids Res. 1993, 21, 4690.

(77) Roberts, W. R.; Crothers, D. M. Science 1992, 258, 1463.(78) Riley, M.; Maling, B. J. Mol. Biol. 1966, 20, 359.

Table 5. Diagonal Elastic Force Constants for Deformations along Local Helical Parameters of DNA, RNA, and HYBRIDa,b

tiltc rollc twistc shiftd slided rised

DNA 31.16(0.31) 18.50(0.15) 14.92(0.12) 1.22(0.01) 1.90(0.02) 7.20(0.01)RNA 26.48(0.22) 15.06(0.08) 51.72(0.21) 1.37(0.01) 3.19(0.02) 6.18(0.06)HYBRID 27.04(0.17) 12.82(0.12) 33.12(0.17) 1.58(0.01) 2.42(0.01) 7.01(0.05)

a Standard deviations are determined as noted in Table 4. b The complete stiffness matrixes are available upon request. c In cal/mol‚deg2 d In kcal/mol‚Å2

Figure 10. Elastic energy associated with helical isotropic distortions forthe three nucleic acids. (Top) Perturbations in local helical parameters.(Bottom) Perturbations in global helical parameters. Perturbations alongeach helical variable are chosen as twice the largest standard deviation forthis helical parameter in DNA2, RNA2, and DNA‚RNA duplexes.

A R T I C L E S Noy et al.

4918 J. AM. CHEM. SOC. 9 VOL. 127, NO. 13, 2005

Page 134: acidos nucleicos

determinant of the different susceptibility of DNA‚RNA andRNA2 to the action of RNase H. This possibility is indirectlysupported by the fact that modified oligonucleotides designedto make more stable DNA‚RNA hybrids5,67,68,82 fail to produceRNase H-susceptible hybrids. However, a few modified oligo-nucleotides have been generated displaying simultaneously goodstability, specificity, and also RNase H susceptibility.30,83-86Thus, an intrinsic instability in the duplex does not appear tobe a requisite for RNase H susceptibility.In summary, to our understanding, and without rejecting a

possible role for structure and for specific interactions (forexample, those involving 2′-OH groups), flexibility emerges asthe major differential trend that can use RNase H to discriminatebetween both duplexes.32,33,87 Our MD simulations show thatthe pattern of deformability of the hybrid is quite different thanthat of a pure RNA duplex. Not only is the hybrid, in general,more flexible than the RNA duplex but also are there severalspecific local deformations which are much easier for the hybridthan for the RNA duplex, which provides more possibilities fordeformability in the helix during the catalysis. Interestingly, oursimulations strongly suggest that the RNA‚DNA hybrid has astrong asymmetry in terms of flexibility between both strands.It is suggested that this unique asymmetry might be used bythe enzyme to distinguish between the DNA and RNA strands,something that for a duplex showing a more symmetric patternof flexibility will be very difficult.

Our results support a complex mechanism of action for RNaseH. In a first step, the enzyme should bind any duplex showinga general conformation not far from the A-form and should rejectB-type structures. In a second step, the enzyme should distortthe duplex in a very asymmetric way, leaving the rigid RNAnear the cleavage site while the DNA strand is pointed to theexterior. It is expected that this type of deformation will be tooenergetically costly for the rigid RNA duplex. Overall, wesuggest the differential flexibility of RNA duplex and the hybrid,and especially, the asymmetry in the flexibility pattern of thelatter constitutes the basis for the selective mechanism of actionof RNase H. We propose that future designs of oligonucleotidesfor antisense purposes should explicitly consider these flexibilityissues to guarantee the enzymatic susceptibility of the resultinghybrid.

Conclusions

Extended state-of-the-art MD simulations are able to repro-duce with accuracy the structural properties of DNA‚RNAhybrids, even when the starting conformation is far from theequilibrium conformation in solution.The equilibrium geometry of the hybrid is closer to the

A-form than to the B-form. All riboses show North puckerings,but 2′-deoxyriboses are mostly in the South and South-Eastregions, which lead to the definition of grooves intermediate tothose typical of the A- and B-forms.The flexibility of the DNA‚RNA hybrid is unique and not a

simple average of that of pure DNA and RNA hybrids. Quitesurprisingly, each strand in the hybrid maintains well its essentialdynamics in pure duplexes, which generates a strong asymmetryin the pattern of deformability of the helix.Analysis of the different putative mechanisms that will allow

RNase H to distinguish between different duplexes stronglysuggests that while equilibrium structure can be enough for theenzyme to discard DNA2, only the differential flexibility patterncan justify the ability of RNase H to discriminate between DNA‚RNA and RNA2.

(79) Sugimoto, N.; Nakano, S.; Katoh, M.; Matsumura, A.; Nakamuta, H.;Ohmichi, T.; Yoneyama, M.; Sasaki, M. Biochemistry 1995, 34, 11211.

(80) Nakano, S.; Kanzaki, T.; Sugimoto, N. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1088.(81) Freier, S. M.; Altmann, K. H. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4429.(82) McKay, R. A.; Miraglia, L. J.; Cummins, L. L.; Owens, S. R.; Sasmor, H.;

Dean, N. M. J. Biol. Chem. 1999, 274, 1715.(83) Moulds, C.; Lewis, J. G.; Froehler, B. C.; Grant, D.; Huang, T.; Milligan,

J. F.; Matteucci, M. D.; Wagner, R. W. Biochemistry 1995, 34, 5044.(84) Barnes, T. W.; Turner, D. H. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4107.(85) Barnes, T. W.; Turner, D. H. Biochemistry 2001, 40, 12738.(86) Tonelli, M.; Ulyanov, N. B.; Billeci, T. M.; Karwowski, B.; Guga, P.; Stec,

W. J.; James, T. L. Biophys. J. 2003, 85, 2525.(87) Nakamura, H.; Oda, Y.; Iwai, S.; Inoue, H.; Ohtsuka, E.; Kanaya, S.;

Kimura, S.; Katsuda, C.; Katayanagi, K.; Morikawa, K.; Miyashiro, H.;Ikehara, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 11535.

Figure 11. Classical Molecular Interaction Potential (energy contours -3 kcal/mol) for two hybrid structures known to be the substrate of RNase H (1DRN,1DHH) and a reference RNA2 duplex which is not degraded by the enzyme.

Characteristics of the DNA‚RNA Hybrid A R T I C L E S

J. AM. CHEM. SOC. 9 VOL. 127, NO. 13, 2005 4919

Page 135: acidos nucleicos

Acknowledgment. We thank Dr. Chattopadhyaya for helpfuldiscussions, and the Centre de Supercomputacio de Catalunyafor computer resources. We also thank the financial support ofthe Spanish Ministry of Education and Science (SAF2002-

04282; BIO2003-06848), Fundacio La Caixa, and FundacionBBVA. A.N. is a fellow of the Spanish Ministry of Educationand Science, and A.P. is a DURSI fellow.JA043293V

A R T I C L E S Noy et al.

4920 J. AM. CHEM. SOC. 9 VOL. 127, NO. 13, 2005

Page 136: acidos nucleicos

05���� �������

/�;-F�/�

Page 137: acidos nucleicos

05��� �������

/�;->�/�

05D�%1�������������)�����?���������� ���*��$�

�����������?��1��������A�! ������3����)��'�����)9�6������� 7 �9�&������� ��2���

>�������7����������1�������?���������������

Page 138: acidos nucleicos

05���� �������

/�;-G�/�

Page 139: acidos nucleicos

%1�������������)�����?���������� ���*��$�

�����������?��1��������A�! ������3����)�

��������������������� � ��������������������������

#����3 ����?����1��6�������/�!#��������1�+��'�����#�� �������������')9������ �������������

���(�����+����#����?��������������9�6�����!�������;/E9����������.G.-G�������������

! ������ ����#����9�6�����8�����D;9����?����%�����8����9����������.G.-G9�!���9���������

����� ����?�����?�������9�+����#����?��������������9�6�����!�������;/E9����������.G.-G9�!���9�

�������������������7 ������������� ��������������9���� �����������H���9���������������

��������9���'������'����F0D9����������.G.-G9�!���9�����������������7 ����9���� ��������

�����'��9�����������������������9���'������'����F0>9����������.G.-G9�!���5�

������v35��35 35���

;�6�������/�!#��������1�+��'�����#�� �������������')5��

-�������������� ����?�����?�������5��

D��������������������7 ������������� ��������������5������������������������

0�����������������7 ����5�����������������������5��

�������%1����� �� �������)����������������?���??���������������������� ���*���L���X���9�-O /

&�/���X���9� -O�/���X���9� #ELcN/����))�/���X���9� ���X���� ��� ������� � ���*���

���X����������X���N�1����3������������3)������?� ��'����� �����)������� �������

L������'� ���� �1�� .5E� � �?� ? ��)/��������� ���������� &�� �� �����N5� %1�� ������� ���)����

Page 140: acidos nucleicos

���������1����������� ��������������1��� 3������??�������3�������1����??������ ���*��9��1��1�������

������ ������� ��� �1�� ���� ��� �� ���� ?���)5� %1��� ���)���� ��������� �?������� �� �1�� ���� ����

���������� �1���������������A��������'�2�������'����������?� �1����� ���*��9��1������1�������1�

��������)����������?���������������??�����5�! 3������� �� ���������?���3����)�?��� ������?����1��

B�)������������ ����3)�������A���������������3������� ���*��5��

� ��"�! ����

���������������X���� 1)3����� ���� ���3��� ��� �� ���� ?������1�� ���������)� ������� �?�����

�������3��� ?������'� ����'����� � ��������'� �� ��� �1�����?�1�����)������ ���*��� L�5�59� �1����

?�����3)�� �������L���-N�������� L���-N� ������N5��� ���'����������?���)������'���1����� ����;/F�

� ''�������1������1����)������1�����1�����X����1)3�������������� ����/�)������ �� ��9��1��1��1� �����

���������3������������1��1�����)���������� ���*5�A������9���������� ����#������&������>/I����

����������)�1�'1������ �����&���*�������;./;F��1������1����1����� �� ����?��1�����X����1)3����

�� ��� ���� ������� �����*9� ��� ��� �������� ��� 1�����)� �1�������������� �?� �� ���������/� ���*9�3 ��

���� ��� �� ���� ?��� ���� ����3��� �1���� �?� �� �/�)��� � ���*5� %1��� ����� 1��� ��������� � ������ 3)�

�������/���������� �����)�����L&�N��� ������;>9��1��1�� ''�����1����1��1)3������������������1��

�/�)���?����1������1���/�)�����9�3 ���1����� �� ������������������)�?����1�����������/��?�������

L��������1�����?�����������!�/?��N9��1���'��� �7 ���������������������)���)5�

%1��������B��� ����?����X����1)3�������������?����1)����������������������������?����������?�����

��?�� �)���� L?��� �*����9� �� �1�� ����� � ��'� ����������N9� 3 �� �� '������ �1�� ?������� �?� �1�� 1)3����

� ���*��������������������1�������������'���?����1���������B���������?�����;G9����''���'��1��� �������

����������1��1� ���� ����)� �������� 3)� �1�� �2)�� ������ A;I/-;5� %1��� �2)�� ��� �� ������� �1���

��'�������1�������������?��1��1)3�������1� ���??����'��1�����������)����������--9-D9��1��1����

�1 ��3������1������������)����������5�������A���������1��������������7 ���/�����?����)F9I9-0/

-F9� 3 �� �*1�3���� �� ������1�'� �3����)� ��� ����������� 3������ ���X���� 1)3����� ��� ��1��� ��������

��� �� ����� �1�������-9����-9������'�����������������������--9-D9-E9�->/D.5�

Page 141: acidos nucleicos

%1���3����)������'��������X����1���3����*��������?���3������������3�����1���'������ ���������

�1������������d�������e��1����)9��1��������'���������������L�5�59��������N��������� �������1�������

��� 1)3����2�����1� �� �������� L�5�59� ����N� ����'��� ���9��1��1� L�?� �*�������N� �� ��� ���''��� �� '����

���1���')5�%1��?��������������� '������������)����1����B��D;�����)���1������� �������������������

��� ������ �� ����� ��'�� �?� ���1���'���9� � �1� ��� �����9� �?������� ��� ������ �?������-I9D-9DD5�

�?��� ����)9� �1�� ��� ������ �*�������� ����������� �1��� �1�� ?����/'�������� �������� �� '�� ?����

�4��� ���������� ���3���9��1��1� 1��� ��� ������ �� ������ �������1� �??���� ��� ����'����?���� ������

������L���N$���N�����������������?���'� �������9������N��3������3������1�1�'1����3����)���������?����)�

����1�����'�����������D09DE5�%1���������)��*�������?�������1��1������'�������������������������

�������9����������??������)������1����������?������3�����������?������X����� ���*��9�3 ���1����

��? ���������������3)��1��?�����1����1������������'�1)3������������'������3)�������A-G5�K����'���

��� �1���1��������??�� �������?���������'����?���� �����������9� ����� ���3������1� ��� �����?)��1��

���� �������������� �1����������1� ��������?)� �������� ���3������'�2������� 3�������3)�������A�

������ ��������)�1����5��?��� ����)9��������� �1�����'���� ���?���� �� ��������������X����1)3�����

L;>���� �� ������+��N9��1�������3���1������B�����'�����1���������09I9;;9;09;E9--/D.�����1��������3����)�

�?�?������ �� �����?��1���2)�DF9D>9��1����� �� �����������������'��1���2)����������' ��1�3������

��??�����1)3�������������3���� �������5��

����������������?)��1������ ����3������?��1��������A�� ������3����)9�����������1�������������&��

�� �)�?�����������)��?����X����� ���*��9������?��1����'������3)��1���2)���1������1������5�%1��

���)���� �������� �1�� �*������� �?� ������ ��??������� �� �1�� ��� �� ��� ��� ��?���3����)� ������� 3������

� ���*���� ������3������ ��������� ����1���2)�5� ��1��3������?� �1����?���'�9����� ����������������

��������������� ���3�� ���������� ����1���1�������)�1������?� �1������������� ��������� ������3����)����

������A5�

< "�"��

# A� �! �� $ ! ���5��������������1��?����DG9DI9����B����O�����������L��0.N�������������������

�)��������7 ����L�!�L#8#8��%%#8#8N-N������ �)���??������)�����?����X����� ���*��5�A������9�

Page 142: acidos nucleicos

����B��� ������ ���������'�������������������?��������������7 ���/�����?�������?����9���������

���)2��� ���� ���������� ���������� ����'��� 3)� ��� ������ �?� ��� ����3����� � 34���� ��� �1��

?������'������������$��N����� �7 ���� ����������������1� ���3������������9� ��N����������+)�!+ ��������

�1� ����*���������1�����������������1�����������?� � ������ �� ���9�������N���)����������������

���������� ��� ������ ��7 ���/�� ���� ��)������� 3������ ����� ��� �������� ������5�J��1� �1����

�������9� �1�� �1���� ��7 ����� ����� ���������� �!�L#�%�88##%�%8N-� ���

�!�L#�#�8�%#%8%8N-5��

%&!��"�� !����" � "5� �������� �1�� �������� ���X���� 1)3���9� �� ������)� �?� � ���*��� ?����� ���

3���'� �1�� ��������� ������ ��� ��??����� ���������)������ ����'� ��� �������� ���������������

���������$� �N� ���3��/ ������ ������ L���X����� ���*N9� ��N� -O/�/���3��/ ������ ������ L�/���X����

� ���*N9����N�-O/ /&�/����L ���X����� ���*N9������N�#E/����))�/����Lc����X����� ���*N5�

J��1� �1���� ����9���� ��� ��� ���?�������� �� �1�� � '��� ��� �� �1�� ����3���9��1��1� '���� ����� ���

1)3������?���??��������3����)����������A�� ������3����)0;/005�%1������������'�1�����)����L���-�

������-N����������� ��� �����������?�����5��������'�)9��� �������?�>���� �� ������������)2���?���D�

��??�������7 ����9������'����-;���??��������������5��

# ��! �� �� '�(5�%1��'���������?��1��������'���� �� ��������?�������������� ��?����1�������7 ����9�

�1��1������ �1�� ���� ��� �������� ?��� �1�� ��1��� ��7 ����� L���� 3����N5� ���� 1�����)����� � ���*���

L���-� ��� ���-N� �1�� ����������'� �/��)� ��� �� ���� ����� �1���0E5� ���� �1�� 1)3����� ���� ������'�

��� �� ���������'�������$��N��������������'�����1��� ����/?��9������N��1����1�������1���&�/3�����

��� �� ��� �?� �1�����X���� 1)3���� L;��!;FN���� ������ ��� ������3��� �����1���;>5� ���� �1�� ��� �� ����

������ �����2���3)���)� ������� ������� �� �����' ���� L��� ��F.�*�F.�*�>.�kDN�3�*����?�%�+D+�

�������L?���0DGE����FFF;����� ���N9�����1����1����������������;-�k�?����)������?��1������� ���*�

����1����'����?��1��3�*5�%1���)�������������2��9��1�����2���L%m-IG�KN�����7 ���3������ ��'�� ��

�������� �7 ���3������ ��������0F� �� 3��'� �1�� ��'�1� �?� �1�� ������ ��� �������� ��� �� ��� �1�� ���B� �?�

�7 ���3����������?����5�

Page 143: acidos nucleicos

�������X�������c����X����3��1���� �� ���������'��7 ��B�)�L��������1��>..���N���������'��

������ ��� �1���&�/3�������� �� ���L������' ���!;���� ��������)��������������' ���;N5�������������

� �� �??����� �1�� ���3��/ ������ ������ L���X���� ��� �/���X���N� ?������ ��� )����� ���3��� ���4���������

������'�?����1���/?���� ������1�����)�3����������������� ���1��� '����1���1��� ����/?�������

������5� �������'�)9� ��)� ���4��������� ������'� ?��� �1�� �&�/3����� ��� �� �������� ?�������5� %1��

�������� ���3������� ?� �� ?��� ���X����� ���*��9��1���� �1����)� ���3��� ���4�������������� �1����

������'�?����1��� ����/?��5��

%1�� ������'� ��� �� ���� ?��� �1�� �� ����������1� �1�� ��1��� ���� ��7 ����� L�!�L#�%�88##%�%8N-�

����!�L#�#�8�%#%8%8N-N��������������3)���7 ����� 3���� �����?��1������1��������1��-.�1����?�

�1�� ���4��������� �3������ ?��� �1�� ��� ��7 ���5� ���� ��� �1�� ��??������� �� ��7 ���� ��)� ��������

�1�'����?���3)�8����%�3)�#9���������������������������1��������?��1�������������3)� ��'�

�1�� ���+� �� ��� �?� �1�� �&���G5.� ���'��0>� L�1���� �1�'��� �??������ #F� ��� #-� ��������� ?���

� ����9� ���#E9�#0� ���#D����� �� �)�������N5� �%1�� ���� �?� �� ������� ���?����� �� �1��� �� �)� ���

� ���2�����%�3���;5�

*!$ �����%������� ����������L���N��?��1����??��������4����������������������1����� �)�?�����??�����

� ���*���������'�?����/�����/?�������?����&�/3�������� �� ���L;��!N�935��

# A��� +,%�� -,%�� %./� '%,%� %,%� .(+,%� 60 ,%�

�&�/?��� //� //� E.� E.� E.� E.� ������3���

�/?��� //� E.� D�� ������3��� ������3��� D�� E.�

�/?��� E.� //� //� //� //� //� //�

# A��� +,%� -,%� %./� '%,%� %,%� .(+,%� 60 ,%�

�7 ��L;N�� -.� -.� -.� -.� -.� -.� -.�

# A��� +,%� -,%� %./� '%,%� %,%� .(+,%� 60 ,%�

�7 ��L;N�� -.� -.� -.� -.� -.� -.� -.�� �)���'��� �������L�5�5�E.����-.��N���������)2��5�3;9� -� ��� D� ����� ?��� �1�� �1���� ��7 ����� ���������� 1���$� �!�L#8#8��%%#8#8N-9�

�!�L#�%�88##%�%8N-�����!�L#�#�8�%#%8%8N-9������������)����?����D��������'�������1���&�/?��5�

Page 144: acidos nucleicos

��%��4���������������'�?����1������1�������-.�1���?�����7 ����;5�

��! '1� $"5� #������� ������� L���� ��� ���N������ ����������� ��'� �1�� ���3��.0.� �������� �?�

���II�?����/?����0G9��1��1�)�����������3������4���������?��������'��������)��?� ������������ �����L��������N�

�1�� ���������� ���� �����0I5� +��������2����� �?� �1�� #E/����)��� ����������� ���� ���� 3)� ��'�

��!+!F/D;8L�N��1��'��E.����'�??� ?����/?����E;����������� ?��� �1������))��'�� �5�+��������� ?����1��

-O/ /&�9� ���3������-O/�/���3�������������������� ��B�� ?���2�B�������� O�� �� �)E-5�#1��'��� ?���

���3��� ��� -O/�/���3��� ������������ ����� �3������ ?��� ��!+!F/D;8L�N� ���� ������E.5� %�� �������

� ���3����������������������?����1�����?����� '���9��1����� �������������?�����?��1)����� ���������

������'� ���1��� ���3��� ��� -O/�/���3��� � '�������� ��� ���� ��� �1��&+-!F/D;8L�N� ������ ��� ?������

��'� ��&���/#����������� ��� ���������3��������1���0.5�8�������������� ? ��)������2����*����� ?���

�1��3��B3�����1������ �'���� Lβ, γ, ε,χN9��1��1������ ?�*��� ��� ��������1)3������� ��� L�5�5���� ��� ?���

�&����� �� ���L;��!N`�;>>9�G.9� /;>.9� /;0.������������)N9���� �1�� ���� ���������1��������?� �1��� '����

��7 ����� ?�*�'� �1�� �1���� �'��� ��� �� '���� ��� �5� %1�� ?���� ���������� ������ ��� 7 ��������� �1���&�

���?����� L��' ���!-� �� � ��������)��������N9� ��� �1���� '������� ��� ? ��1��� � ��������3)� �1�� ��� ����

�3������ �� ��������� �������L-.������4������������7 �� ����� ���N��?���������3������-O/�/���3���

1������ED9��1��1�������1����� ������1��������3����)��?��&�������L%�3���!;���� ��������)��������N5�

%1�� �����2��� ���������� L��������3��� ��� 1���$!!35��35 35��!�������N� ����� ��� ��� �������������

���?����� ��'�?�����)� ��??����� ?��� �1���� �3������ ?��� -O/���*)��3���� L��' ��� !D� �� � ��������)�

�������N5�

#�0�$ ����" �$�5� %1�� �7 ���3������ ��� �� ���� �?��������� � 34���� ��� E.� �� �?� ����������&��

�� ������L;..��� ?��� �1�����X����� ���*0.N����������� ������� ���L-IG�KN��������� ���L;���N�

��'� ��������� 3� ���)� ��������� ��� ��������� ��1� �����E05� !A�K�EE����� ���� ��� �������� ����

3���� ������'� 1)���'�� ����9� �1��1� �������� �� ��� ��� �� ���'������ ����� �?� -� ?�5� ��?� ���

�&���G5.� ���������� ����� ���� ?��� �1�� �����'� �� ������ ��������0>5� ������ �� �1�� ����'�

���3����)��?� �1�����4����������3�������?�����/��7 ����9���)�-.����� ���������������?�����?����1��

��1���������7 �����L�1��1���?������������?���-.������/�7 ���3��������� �� ���`������3�������%�3���

Page 145: acidos nucleicos

;N5� ���� &�� �� ������� ����� ���?����� ��'� �1�� +&�&�� �� ��� �?� �1�� �&���G5.� ��� ����

���'��0>5�

%�$&���5�!�������'�������������)�����������?��������?������ �1�������� �� ����?��� �����?� �1��

� ���*��5� %1�� ����'����� ����������� ����� �*����� ?��� ���������� ���� ���� ���������� ����������

L#&�+EFN� ��'���)���������3�5�%1������������)������?��1��� ���*���������������3)����'����2�����

�?� �1�� ���������� ����*DG9E>9� �1��1� )������ �� ���� �?� ��'��������� wx�y� ������3�'� �1�� �� ��� �?� �1��

��������� ������� ��� �1�� ����������� ��'���� ��� wz�y9� �1��1� �������� �1�� �'�� ��� �?� �1��

����������� �*������� ���'� ���1� ���5� ����� �1��� �� �1�� 1������ ����� �1�� ���??���� ��������

�����������������1���?��������������3����������?���z������1������75�;�

934 λ= �� � � � � � � � � ��������L;N�

�1����B���������2�O������������%�����1���3��� ���������� ��5�

%����������1����������)����1�������?��������������������������4��������9���� �����3��� ���L�7�5�

-����0N�������������L�7�5�D����EN���������)����*��������� ��)�������3��DG9EG5�������1����1�����*�{���

L�75� 0N� ��� �7 ������� ��� P��� L�75� -N9� 3 �� ��������� �*�������)� �1�� ��������)� 3������ ���� �1�� �����������

��'���� ��� ��� ���� �� �1�� ���� �?� d�������e� ��'��������� L�5�59� �1���� ������ ��� �*����� �� '����

�������'���?��1����������� �� �����������N5�� ��1�����9������1��������������*������������1���������

�1���3��� ������*������'�?����1�����������'�1��?��� ������5�

-

;;NL; �

5

5�� �

ννγ •= ��==

� � � � � � � � ����������L-N�

�1���� � ��� �1�� 3��� �?� d�������e� ��'��������� L��� � ������ �������� ;.� ��'����������1��1�

�*�������������'����� ��>Eo��?��������N9����x���������?����1���/ ����)���'���������?����4�����)���

L�����1���P�����B������ ���?���.����;9��1��1���� �����������)�����������������������)����N5�

NL- 9

��9��

���� γγ

γκ+

= � � � � � � � � ����������LDN�

�1����P��%�����1���3��� ������?/��������)����*�L�����75�-N�?������4�����)����3������3)�������'��1��

?��������������1�������?��1�����4�����)5�

Page 146: acidos nucleicos

( )( ) ( )

( ) ( )

( )

( )

( )

( )� �

��

��� �

=

=

=

= =

=

=

=

=

=

=

= =

=

=

=

������

������

��

��

��

���

��

��� Δ−

��

���

��

��� Δ−

+

������

������

���

���

���

��� Δ−

���

��� Δ−

��

���

��

��� Δ−

���

��� Δ−

��

���

��

��� Δ−Δ−

=

�5

5 �5

5�5

�5

�5

5 �

�5

5�5

�5

��

5�

��

6

6

6

6

66

66

; ;

-

-

;

-

--

-

;

-

-

; ;

-

; ;

--

--

�*�

-�*�

�*�

-�*�

�*��*�

�*�

-

λ

λ

λ

λ

λλ

λλνν

ξ

� � � �����������L0N�

�1���� λ�� ��� �1�� ��'���� �� L�� k-N� ����������� ��� ��'�������� ν�9� 7*� ��� ���� ��� �������� ��� ��� ?���

� ���*��EG9�����1��� �����*����������1������d�������e������� �������75�-�L2m;.N5��

NL- 9

��9��

���� ξξ

ξδ+

= �� � � � � � � � �����������LEN�

!�������)����*���3�����������������4���������������� ����������� ���2���?������5�%���1�����9�

��� �����''���������1������1������� �����'9��1��1����������?�3 ����'� ���1�������?����������3)�

���'��������)���'�'��� �����5�%1 �9���?������� ����������?����3)��1����������������1��1�������������`�

�1�9���� ���?����1����� ����������������������������� ��������� �'������'������1�����������������

�1�����'�������B������� ���������������������5�%1���� �����'������� ����������?����� ��'���/

��������)������������?�������;/δ9����� ��������� ������? �?�����������������7 �������?�������������

L���m���`����m.`�����|.N5�J1��� ���*������1��1��������7 ����������������9��������������

��� ��'��1��������1�� ����3��������������������L�5�5��*�� ��'�E/A!��1)�!����))���?��)��������

���-O/A! A!�! /��1)�N5�A������9��1���������������������??�������7 �������)��1��3��B3���

���'����#;O����� ��� ���5� ������ ������ �1�����)�����������?����� ?��� �1��� ���*��������� ��� ?��� �1��

����������������5��

%1���3����)��?���'����� ���*����������������� �� �������1�����7 ���������1������ ������3���'����������

A��������)2���3)���� ��'��1������������d��������������e������������������1��d 3� �e�?������

�1�� d3� �e� ��?������� ��?���� 3)� �1�� ��� �� ��� �?� �� ������ A/3� �� ���X���� 1)3���� L;U���

��� �� ��D>N� ��� �1�� ����������� ���')5� %1��� �������� �� ��������� ������ ���� ��������� ��'�

Page 147: acidos nucleicos

&�1����3���������EI9��1��1�������������?��'�� �������������������'1����3)��1�����������?�����)�

��'���� �?� ?������ L�75� FN9��1��1��1�� ��� ���� ��'� ���1�'���� �������� L��� �1���� �������� ?���

����������������)���N����3�������������1������75�>5�

;!-;9�� 6 8 6−� �= � � � � � � � � � � � � LFN��

�1����*�����1��� �������������������������#�����1����������������*5��

-!;

;

-

-!; �

����

���

�= �

=

6�λ

� � � � � � � � � L>N�

�1����*�� ��� �1����������������'� ������ �����'��������9�z��������?��� �1������������'���'���� ��

L�� �����?��������-N9�����1��� ��*���������1���������?�������������������������Lm;.����1���

�����N5��

%1���� �&�1����3�����������3������������� �� ����������� ��'�3)��������'�����������)�

�������������������'��1����??�������'����������1���3��������� ����1���&!��?������'����������'���

��� �� ����1����B����'��75�>�������� 5�������������1��������������3�����������������1����������

��?������������������������������������� �'���1��������������1���3�����������������?���

�� � ��� ���')5������ �1��� �� �1�� 1������ ����� �1�� ���')� ����������� ��� �� ����������� ���'�

�������������3�������)����������?���&�1����3��������������1������75�G5�

-

- �� �939 = �� � � � � � � � � � LGN�

�� 3��1� ������ ������������� ���������� ����������1�� �1�� ���� �3��� d 3� �e� ����1��� �� � ��??�

��?���� 3)� �75� I� L��� �� .5G� ��� ;5D�k� ?��� �������� ��� ����� ������� �����������)N� �1��� ��B��� �� ���

���� �� �&!�� ��� �� �?� ���X���� ���4�����)� ���1� d3� �e� ��?������� �� ���� 3)� �1�����

?� �� �����5�

; ; ;L 9 N L 9 N - L 9 N:B ��; �� :�B �� �� :�B&�?� <�� 7C� &�?� 7C� 7C� &�?� 7C� 7C�≤ − �� LIN�

�1�������*�����'������������?��������'���������������������������������)5��

Page 148: acidos nucleicos

��������� ����� ��������� 3)� ���'����2����� �?� �1�� ���/���'1���� ���������� ����*� �3������

� ��'��1�����4�����)� ��'�!�1�����������F.�?����������������L�75�;.N5������)��������������?�����

�� ����������������3������ ��'�A�����O���*��������������1�7 �F;�L�75�;;N5�

� ���

���

�+≈

3? -

-

;�E5.α

� � � � � � � � � �L;.N�

�1��� 93� !ωα �= 9� ω� ������� �1�� ��'���� ��� �3������ 3)� ���'����2����� �?� �1�� ���/���'1����

��������������*9�����1��� ��*�������������1���/����������3�������L�����1����1����)3����1�����1��

���������1)���������'N5�

βα�

?�? −= ∞NL � � � � � � � � � � L;;N�

�1�����������?�������������������������1���� ���������5��

�����)9� �1���������� ?����/������������������� ���1���������?���������� �1��3���/���������� �����������

���������3)����������?��1����������������*���1������������9��1��1�)�����������??��������*�L�75�

;-N��1�������'��������������������1�����??��������������������������� �������������L�����9���������

����N����������������L����9�����������1�?�N���?��������?��1��;.� �7 ��3���/����������5�%1������������

����� �3������ ?��� ���� �1�� ��7 ����� ��� �����'��� �1�� ��� �������� ���� �����3��9� ��������

��������9����??��������������?����1����??����������5���'��3���������?�1���������?���3����)����3��

�3������ 3)� ? ��1��� �����'�'� �?� �1�� ��??����� ������ ��� 3)� ��?��'� '��3��� ���������� LK���N� ���

������������LK����N���?���3����)����*���L�7�5�;D����;0N�

;

�Z�� �Z �� �Z � �Z � �Z �� �Z �1

�Z �� ���� �� � �� � �� �� �� �1

�Z � �� � ��� � � � �� � �1� 1

�Z � �� � � � �� � �� � �1

�Z �� �� �� � �� � �� ��� �� �1

�Z �1 �� �1

3 3 3 3 3 33 3 3 3 3 33 3 3 3 3 3

3 9 83 3 3 3 3 33 3 3 3 3 33 3

− − − − −

− − − − −

− − − − −−

− − − − −

− − − − −

− −

Ξ = • =

� �1 � �1 �� �1 �1�3 3 3 3− − −

� � � �

� � � � L;-N�

�1����81�����1����������������*���1���������������� �����1�����??��������*��1��������������1��

���'��������������������??������������ ?��� ���������L�����9�������������N���������������L����9�������

����1�?�N��?�3��������������1����� ���?��1�����'��������� ���'�3������1����������������5�

Page 149: acidos nucleicos

�������Z����� 333=Κ � � � � � � � � � � �L;DN�

����17�������� 333=Κ � � � � � � � � � �L;0N�

%1��d�����'�e�1�����������������������3������?��������1������������1�����1�������'��������������

���������3��9��������� ������������ ��5�!�������������������������������1��1�������'��������

�3������3)������������'������?��������L�75�;EN5�

-���

�� ��= � � � � � � � � � � � L;EN�

�1�����������?���������� �������?�����������1���1������??�������7 ������� �����5�

!�������'����������������'��������)������������ ��'��D���F-9�+%��60>��������������1� ���

���'���5� %1�� ��������� �)����� ���� ���?����� ���1� �1�� +#�U�+� ���'��FD�

L1���$!!35��35 35��!��?�����!���� ���51��� }� 1���$!!���5���35��5 B!�����!���B�1���!������ �!�

���)���!N� ��� ��1��� ������ ���'���5� #� �����'� �?� � ���*��� �������'� ��� �1���� ��������� ��?�������

��������������� ��'��1�������������������'��F05�%1����??��������4�������������������3���������������

?����� LIEo��������� �1���1���N����1���$!!35��35 35��!�������!�������3�����������������1��1��

+#�U�+����'���L1���$!!35��35 35��!��?�����!���� ���51��N�FD5�

- ��$ ���"�+��!�������

= � �$�� ��! ��$�(��( � � ���&���� ������������������)����3������4���������L������' ���;N9��1����

�1��1���������� �� �������1����������?�J����/#���B�1)���'��3���'�������������������5�#��������

�?� �1�� ���� ��� ���4�����)� ��������� 1���� ���1� �� ��?������ ;5-� � �� ������ ���?����� �� � ��

��3������)0I��1�����1���� ������� �����������������'��� '1�������� ��������?� �1��B�)���� �� ����

���?��*�3����)�?��� �����?��1���7 ���3�� ���� �� ����?�;-/���� ���*�����B���1��������������1���5��

Page 150: acidos nucleicos

���� �����&!��L?����1���������;./����7 �������L����&��1���N�3��B3�������`���kN����1������������

��� ��7 ���� �������� �� L���N9� �� L3� �N� ��� �&�/3����� L;��!`� 3���BN� ��� �� ���� �?� �1�� ��??�����

� ���*������1� �1����� ��7 ����������'���� ������ ;����������5��7 ������������� ?��� �1����1��� ����

��7 �����L��'�5�!0����!EN9������������?����1������� ���*���L��'5�!FN�����������)������ ��������)�

�������5�

����������?��1����??��������4���������L������' ���;����!0/!F���� ��������)��������N�� ''�����1��

�*��������?� �1������� �� ����'�� ��$� �N� �1������� ���*9��1��1���������/��B����?�����������������

�1���� �*���������)� �1��������2��� �� ��)����� ��� ��� ���� �1����9� ��N� �1�� ���X���9� c����X���9�

���X���� ��� �/���X���� 1)3����9��1���� ��?������� ����3���� �1�� �&�/3����� ��� �� ��� ?���

���X����� ���*���L�5�59����������������1���/?���)9�3 �����1������/��B��?��� ���`��!�/��?������N9�

��� ���N����-���� ���X����� ���*��9��1��1�������)���� ����/��?������5�%1�����)�����?� �1��

1�����������������L%�3���-N��1�����1��������1��� ���*���3 �����-������������1���/?���)����1������'��

�������'������� ��D.���'����9�3 �����������������??����������������������3������� ����/� ���*������

�!�/��� �� ���5�%1����7 ���/�������������3����)�������)�����'������-9������?���� ����/?�������

�������� ?����!�/��� �� ���5� ��� �������1� ���'� �1��� ��7 ���/��������� � ���� ������ ?��� ��� �)��� �?�

Page 151: acidos nucleicos

� ���*��� ���� ��� ?��� �1�� ��1���9� �1���'� �1��� ��� ��)� ����3���/ ����3���� ����������� L����)�

����B�'N�3 ��������1���� ����?��1��3��B3����� ������1��������'�����)��?��1����??�������7 ����5�

*!$ ��5��������������� �����������3�1�����������������?��� �1����� �7 ���� ���������������?����1��

��??������ ���*����� �����1����9�5�

!���� ���-� ���-� ���� �/���� ���� c����� ����8#X8#� D05>~I5F�

/.5E~I5F�.50~>5E����>?�@�

�?��>��?��?��>����

D.5-~F5.�05>~G5E�/.5;~>5;����>?���

���A>?�B�?�?>?�B�

D;5G~>5;�D50~G5>�.5I~>5-����>?�@�

����>?�B�?��>��?�

-I5F~F5F�;5G~G5;�-5>~>5.����>?���

����>?�B��?��>?�B�

D.5G~>5F�D5-~G5>�D5G~>50����>?�@�

����>��?�?��>��?�

DD5>~F5D�.5I~>5>�-5D~F5G����>?���

���A>?�B�?��>?�C�

D.5.~E5G�E50~G5E�.50~>5.����>?���

���C>?�C�?��>?�C�

88X##� D-5.~>5E�05.~>50�.5;~F5-���@>?�@�

����>��?�?�?>��?�

-I5F~05G�G5D~>5;�.5.~E5G����>?���

���B>?�@�?�?>?�C�

-I5-~E5D�F5F~>5;�-5I~E5I����>?���

���C>?�A�?��>?�C�

-I5F~05I�E50~>5D�-5I~E5>����>?���

���C>?�@�?��>?�C�

->5G~E5E�F5G~>5;�D5D~E5G����>?���

���D>?�A�?��>?�D�

-G5I~05G�E5;~F5F�-5E~E5E����>?���

���C>?�@�?��>?�D�

-I50~05E�G5G~>5.�.5D~E5>����>?���

����>?���?�?>?�D�

8%X�#� D.5F~G5G�.5F~G5;�.5-~F5.����>?���

�?�@>?�D��?��>����

-I5.~E5;�G5>~G50�.5;~F5E����>?���

����>?�D�?�?>��?�

-I5I~E5>�E5;~>5I�.5.~F5.����>?���

���?>?�D�?�?>��?�

-I50~F5>�-5D~G5;�05.~I5I����>?�@�

����>��?��?��>����

-I50~E50�D5G~>50�-5G~F5-����>?���

����>?�C��?��>��?�

D.5-~E5E�05E~>5G�;5E~F5;����>?���

����>?�D�?��>����

-I5G~05F�>5-~>5.�/.5>~E5G����>?���

���@>?�D�?��>?�C�

8�X%#� DF5I~;;5>�;5G~;;5-�/.5D~I5.���@>?�A�

�?��>����?�?>����

D.5D~F5>�G5D~;-5G�.5.~I5F����>?�D�

���A>?�B�?�?>����

-I5>~G5;�>5I~;-5>�-5G~I5>����>?�D�

����>����?��>����

D.5I~>5D�E5G~;-5-�-5F~I5D����>?�D�

���@>��?�?��>����

D.5.~I5;�E5I~;-5.�-5F~I5E����>?�D�

���A>��?�?��>����

D.5D~>5-�E5-~;;5-�;5>~G5G����>?�D�

���@>?�B�?��>����

-I5G~F50�I5-~;-5.�;50~G5G����>?�A�

���B>?�C��?��>����

��X%%� DE5.~F50�-5;~>5.�/.5;~E5>����>?���

�?�A>?�C��?��>?�C�

-G5D~E5;�I5.~I5;�.5-~>5F����>?�@�

���A>?�A�?�?>��?�

-G5>~E5D�>5;~G5E�;5.~>5D����>?�@�

����>?�D�?��>?�B�

-G5I~E5;�E5.~G50�;5E~F5I����>?�@�

����>?�D�?��>?�B�

-G5-~05I�05G~G50�;5G~>5;����>?�@�

���A>?�D�?��>?�C�

-G5.~E5;�F5.~G5F�-5I~F5>����>?�@�

���A>?�A�?��>?�B�

-G5F~050�G5.~G5D�/.5D~F5G����>?�@�

���C>?�A��?��>?�C�

�8X#%� D.5-~;-5>�-5>~;;5F�.5D~G5>����>?�D�

�?�D>����?��>��@�

-G5D~F5>�;.5F~;-5.�.5;~I5-����>?�A�

���D>?�C�?�?>����

->5E~>5G�F5I~;;5F�;5F~I5D����>?�D�

���A>��?��?��>����

->5>~G5E�05G~;;5F�D5-~I5F����>?�D�

���A>?�B�?�?>��A�

-G5;~>5F�-5.~;;50�.5E~I5>���@>?�D�

���C>?�B��?��>����

->5E~>5-�F5G~;;5.�;5G~I5.����>?�A�

���A>?�C�?��>����

->5G~F5F�I5.~;.5G�/;5-~G5>����>?�A�

���B>?�D��?��>����

�%X�%� D.5I~>5G�/.5;~I5F�.5;~>5>����>?�A�

�?�B>?�B�

->5F~>5;�G5D~;-5F�.5.~;.5D����>?�A�

����>��?�

-G5D~>5E�05D~;;50�.5>~I50����>?�A�

����>��?�

-F5G~>5.�;5F~;.5D�D5;~I5;����>?�A�

����>��?�

->5E~F50�-5D~G5>�-5-~>5G����>?�@�

���D>��?�

->5E~F5E�-5D~I5E�-5-~>5G����>?�@�

���D>?�B�

->5G~F5G�E5G~;.5-�/.50~G5G����>?�@�

���B>��?�

Page 152: acidos nucleicos

?��>���� ?�?>��A� �?��>��@� �?��>���� �?��>���� �?��>���� ?��>����#8X#8� -F5.~;-5F�

>5D~G50�.5>~>50����>?�@�

�?��>?�C�?��>����

D;5.~05G�;05I~I5>�/.5;~F5G���A>?�A�

���A>?�A�?�?>��?�

D;5G~F5I�>5I~I5G�/;5;~G5.���C>?�A�

����>?�C��?��>��?�

D;5.~E50�I5G~I5D�-5I~F5G���@>?�A�

����>?�D�?��>?�B�

D.5;~F5E�G5>~I5F�-5>~>5;����>?�A�

����>?�C�?��>����

-F5D~G5.�;;5-~;.5-�050~>5D���C>?�D�

���C>��?�?��>����

D;5.~05>�;E50~I5-�/;5;~F5>���A>?�A�

���C>?�A��?��>��?�

#�X%8� D.5;~;-5F�G5E~I5G�/.50~>5D����>?�@�

�?��>��?��?��>����

D;5E~05>�;F5>~I5I�.5;~F5E���A>?�@�

���@>?�@�?�?>?�B�

-I5F~F50�;-5I~;.5E�D5.~>50����>?�D�

���?>?�B�?��>��?�

D.5F~05I�;.5F~I5.�;5-~F5E����>?�@�

����>?�A�?��>?�B�

D.5E~E50�;.5-~I5.�;5D~F5G����>?�@�

����>?�A�?��>?�B�

-I5E~E5D�;;5E~I5E�-50~F5E���@>?�A�

����>?�A��?��>��?�

D;50~050�;F5;~I5;�/.5D~F5D���@>?�@�

���A>?�@��?��>?�C�

%�X%�� D-5;~;.5>�G5;~;;5F�/.5E~>5D����>?�@�

�?��>�����?��>����

D;5D~05G�;>5E~;.5-�/.5;~>5;����>?�@�

����>?�@�?�?>?�C�

-I50~E5;�;F5E~I5G�;5F~>5D����>?�@�

����>?�@�?��>?�C�

D;5D~E5;�;;5I~I5;�/.5E~>5E����>?�@�

����>?�A�?��>?�D�

D.50~E5D�;.5E~I5I�.5-~>50����>?�@�

����>?�A�?��>?�C�

-I5G~E50�;05D~;.5;�-5.~>5G���@>?�D�

����>?�A�?��>?�B�

D;5G~05D�;F50~I5G�.5;~F5F����>?�@�

���@>?�@�?�?>?�D�

���� D-5;~>5;�-5I~F5F�.5.~05>����>?���

�?�@>?�D�?�?>?�C�

-I5E~D5>�;.5;~>5D�.5.~05G����>?���

���A>?�@�?�?>?�D�

-I50~050�>50~>50�;5E~E5-����>?���

����>?�A�?�?>?�D�

-I5D~05D�E5D~>5.�-5E~E5;����>?���

����>?�A�?��>?�D�

-I5-~05D�E5D~F5>�-5;~E5.����>?���

���@>?�A�?��>?�D�

-I5F~E5;�F5F~>5-�-5D~05>����>?���

���@>?�@�?��>?�D�

-I5E~D5E�I5>~>5.�/.5D~05E����>?���

���C>?���?�?>?�A�

��%����9�������������������������'����5�3�����9�����������1�?���������������k5��������/1�����)������ ���*�����������3������3)��1���������������5���!�����������������������3������3)� �����������'������?����������� �������'�������� �� ����

L����&��1���N5�

%1������1��?� �1������'������ ��?���������)�������)� �1����??������� ����?� �1�� �1������?���������

'�� ��� ������� �3���5� %1�� ���� � ���*� �1���� �� ������� ������3 ���� �?� ���� '������ ����1��

��?�����'� �1�� �������� ?��*�3����)��?� �1��� ���*���� �1������������?���?�����������7 ���� L����

��' ���-N5������'�'������?������������������7 �����)������������'����������1��7 ������F5-�k5�%1��

� ����/?��� � ���*��� L���-� ��� ���X���N� ������)������ L;;5-�kN9� ��7 ���/��������� ��'���

���� '������5� �����)9� �1�� �!�/1)3����� �1��� ����������� ���� '������� ��'�'� ?��� I5.� k�

L���X���N����I5I�k�L���X���N5�%1����'����)��?��1��������'����������������������������������

���� ���������/?���5�

Page 153: acidos nucleicos

��

���� � ��� +�� ������ L�� ?�������� �?� ;N� �?� ���� '������ ����1�� L�� kN� ?��� �1�� ��??����� � ���*���

���������� 1���5� ���B� 3� �$� ���-9� ���$� ���-9� '���$� ���X���9� 3���$� �/���X���9� ��'1�/3� �$�

���X���9� )�����$� c����X���9� �'���$� ���X���5� �2�� ��� �������� 3)� �����'� �1�� ��� ����

�3������?����1���1������7 ����5�

5� �

���� �����&�+�������� ���L/D�B���!��N�?����1���������������1�����)����3��?����1����??����������'��

� ���*������1��1�������7 ���5�

Page 154: acidos nucleicos

����*������9� �1����??�����'�����)��?� �1��'��������1�'�������������)� �1�� �������������?�����?� �1��

� ���*��� L������' ���D`� ?��� �1�� �1�B���?� ��������)� �1������)���� ��� �1�����)� ?��� �1�������7 ���N5�

%1 �9�� ����/?���� ���*������)������������1���������'�� ������'��1���4���'�����9��1�������-�

������)���1���������������?�������1�����'���������)�?���3���'�����������'��1��3������?��1��������

����'�����5����� �1���!�/� ���*���������)�����������������1��������?������'�����?�?�����3���

��������������������)��������)����1���4���'��������� ���1���1���1����'�� ����?��1������������5�

������1���1������������1��'���������������)����1��1���/?��9��1���!�/��B��1)3������1�����7 ������������

��������������������1��'������9��1��1��������??����?����1����?�� ����/����� ���*��5�

=$�!$�1$ #�!�$� &��"�� ��"��&00 �&������/���� ���������)����)����?����1��� ���*������1��1��

�����7 ����L�1����?����1��1���'������4�������������������3��N������������1������-��������?��*�3���

�1���)��?��1����1���� ���*����� �����1���9��1����� ����/?���9������� ����)��1�� ���X����� ���*9�

�����1��������'�������L������' ���0N������1���!�/1)3�����������)������)���� ��������������3������

�1���� �?� ���-� ��� ���-9� ���1� �1�� ���3��� ������������ ������� ��� ���-� ��� �1�� ���X���� ���

c����X����� ���*����������������-5��

���� �-5���������� L��B���!���KN��*�������������� �?������� ������ ����?������4������������?�����

?���� ���*������1��1�������7 ����L������1����?����������N5�

%1��1�'1���'��3���?��*�3����)��?����-�������������1)3���������1����������������� ����/� ���*���������

1��'��� �� ?��� ���� �1�� ��������� ��?�������9� ��� ����� 3)� �1�� ?����� �������� ����������� ��� �1��

�����������?�����������5�%1 �9�?��� �1�����)�?����������� ����/� ���*������3�����)���?�9�3 ���1��

��� ������������������?�����5�5��1��?�?�1�����L��' ���EN9��1 ����?���'FE��1����/� ���*�������' �����3)�

���������)������1������)������)������ 3����?�����������3 ������ �1��?��*�3����)9��1�����!�/

Page 155: acidos nucleicos

1)3����� ��� ��������)� ���-� �1��� �� ���� �����*� ��?���3����)� ������9� �1��1� �������� �� ���'���

3����?����������������5���������'�)9��1��������������?��!�/1)3������1�����7 ��������B�3���

��??������ �� �1����?���3����)���1��9�������3���������1�����??���������������������������1��?�����

��?�������������?��1����������������������L��' ���FN5�%1 �9�������������3�1��������������1����

�?�� ����/?����L���-���� ���X���N9��1�����1�����������������L�?��!�/1)3����N���������������

�1�����?����-� L��' ���FN5�%1����B��������� �1��� �1��� ���*���� �� ������������B�� �?����1�� ����

���������������?�?��*�3����)5�

���� �8����������������L�����!���k-N�����'�������1��?�����;.�����������������L?�������1�������N�

�?� �1��� ���*������1��1�������7 ����L���)��������������������3������?����1����1���������7 ����N5�

���B�3� �$����-9����$����-9�'���$����X���9�3���$��/���X���9���'1�/3� �$����X���9�)�����$�

c����X���9��'���$� ���X���5�

Page 156: acidos nucleicos

���� �D����������������L�����!���k-N��?��1��?�����;.�����������������L?�������1�������N��?��1��

�����L���N������������L���N���������?�� ���*������1��1�������7 ����L���)�������������������

�3������ ?��� �1�� ��1��� ���� ��7 ����N5� ���B� 3� �$� ���-9� ���$� ���-9� '���$� ���X���9� 3���$� �/

���X���9���'1�/3� �$����X���9�)�����$�c����X���9��'���$� ���X���5�

#�������� �?� �1�� �� ��� �?� �1�� ��������� ��?�������������� L����&��1���N� �1���� �� ��������

'������������)�3������ �1����??������ ���*��� L%�3���!-N5�A������9�������? ���� �����'��?���������)�

������1�����1���*��������?��������'�� ��$�������������������1���1�������-�����������1���9��1����

�1�� ��1��� ������� ���� �1�� ��1��� � ���*��� L��' ��� >N5� %1��� ������� �� ����� ������� ���� ��1��� �����

��??����������?������$��N��1��� ����/� ���*��������N��1���!�/1)3����5�������1����1����??�������3������

�1������������)������������������7 ������'1��3����2�3��9�3 ���������������1������'����?���� ���*�

������'������ ����9��1 ����?���'��1����������)��?��1����?�������3�1�������?��1��� ���*�������1��

�����3����)� ��� ������?)� � ���*��� 3����� �� �1�� ��?���3����)� ������5� J1�� �1�� ��������)� ���)���� ���

���?����� ?��� �1�� ������ ��� ������9� �1�� ��)���)� 3������ �1�� 3������ ������ L����%�3��� !-� ���

Page 157: acidos nucleicos

��' ��� >N5� %1���� �� ������ ������$� �N����9� ��N� ���� �1�� �������� ������� �?��!�� 1)3����� ��� ��N� ���-9�

���X������������1�������������5�%1���������������1�����������������?��1���� ����?��1��1)3����

���������������������������������?���3����)���������1�������3�����1����?������������������/

� ���*9��1��1���??����?����1����?���3����)���������?��1����������������5�

���� �@��#� �����'��?� �1����??��������� ���� L�����7 ����N�3���������������)���� ���� L��� ����

���������� ��� ;/δ� ��������� L�75� EN9� �1� '1� ������� ��� �������� �3������ ��'� �1�� κ� ���*N5� % +$�

��������'� �1�� �� ����� ���)������?�3��1� ������5�� %% &$���������'� �1���)������?����1�

���������������)5�!������������������������� ��'��1��;.�������������5�;9�-����D������?����1���1����

��7 ����� ���������� 1���$� �!�L#8#8��%%#8#8N-9� �!�L#�%�88##%�%8N-� ���

�!�L#�#�8�%#%8%8N-5�

Page 158: acidos nucleicos

!��??���� ���)���� ����������� ��� 1������� ��?�������� ��������� �?������� �� �1�� ?��*�3����)� �?� �1��

��??������ ���*�������1��3���/���������������5�%1����� �����1����1������-��������?��*�3����1�������1��

��1���� ���*���3��1���������?�������������������������?�3���/�����������L%�3���DN9��1��1�������)�

� ���������������1�?����?�������9�������������������??������??�����������?� ��?����1����1���1�������

��?�������5� %1�� ���X���� � ���*� ��� �1�� ���??���� ��� ��� �1�� 3���/����� ����� �����9� ?�������� 3)�

���-9��1������'����)�����1���������������1��������������1����3������?����!�/1)3����5�%1�����-�1����1��

���'���� ��7 ���/�������� �����3����)� �?� 1������� ���??���9� ��� � ��� �/� ���*��� L���-� ���

���X���N�������)��1���������9��1�����1���!�/1)3������������������3�����9�3 ��'������)�����������

�1��� ����/?���)��1������1�����-�L%�3���DN5�

*!$ �����������������������������3�1�������?��������������?��1����� �7 ���� ���������������?����1��

��??������ ���*���5��

!���� ���-� ���-� ���� �/���� ���� c���� ����8#X8#� D;5;�

->5;�D>5I�B�D�������D�

EI5D�->5;�DF5>����D���������

0>5D�-F5G�DF5.��������?�����

EE5;�-I5-�DG5G����@���������

0>5;�-F5.�DE5E��?�?���?���?�

E>5E�DF5.�0D5F����A���A���?�

FF50�->5.�DI5D����?���C���C�

88X##� D-5D�--5G�0D50�D�C���D���@�

F;5G�-E50�0I5>�B�@�@�������

EG5.�-05G�0E5;�C�B���A�����

F;5G�-D5>�0G5.�C�@�@�������

E-5D�-E5-�0F5I�B�?���B�����

F-5G�D.5I�E;5E�C�C�@�����C�

>.5G�-E5D�E.5>�B�B�D�?���C�

8%X�#� -;50�-D5;�DF5F�C�����@�����

E.5I�-.5.�-I5-��?�����������

0;5-�-05F�DF5I�C�����������

FD5-�-G5E�0;50�B�A���D���@�

ED5.�-05D�D05E�B�@���C�����

005I�--5I�D05E��?�A�������?�

F05E�->5G�0-5-��?�?���@���B�

8�X%#� DD5G�-;5G�0;5I�C�A�������A�

FD5I�;I5G�0.5-�C�B���?���@�

E.5I�;I50�D>5.�C�����B���@�

E>5>�-.5F�DI5I�C�?���A���C�

0>5D�-.5G�DI5;�C�?���@���A�

EI5>�-05I�0-5-�C�����?���B�

F>5-�;I5I�0D5D�B���@�����C�

��X%%� 0I5F�-E50�0D5E�

E>50�;I5-�D.5;�

E05.�-;5G�D-5I�

F;5;�--5F�DE5>�

FE5-�-;5E�DD5;�

F.5-�--5;�DF5;�

>.5.�-;50�DG50�

Page 159: acidos nucleicos

C�����������

C�����C�����

D�B���B���D�

D�C���A���C�

D�?���A���?�

C�����B���B�

C�C���A���?�

�8X#%� -05I�-.5-�DI5I�D�����D���@�

F-5I�;I5F�D05E�D�C���@�����

EF5D�-;5;�DF5F�A�B���D���@�

FD5D�-;5>�D>5I�A�B���@���D�

F;5F�-;5F�DE5>�A�@���C���C�

F-5;�-D5E�DG5;�D�����A���A�

FI5>�--5G�0;5F�C���A�?���A�

�%X�%� 0>5G�-I5-�0.50�C�@���B���A�

E05I�;I5E�--5I��?���������?�

E;5G�--5G�D;5>�B�@���������

F;5F�-E5G�D05D��?�?���B�����

EG50�-F5E�DD5G�B�����?�����

E-5F�-05I�D05-�B�����������

F-5D�-F5E�D05G��?�C���@���@�

#8X#8� ;;5G�;I5E�->5>�D�����������

EI5;�;05E�-I5D���B���A�����

0E5>�;05F�-E5F���D�������@�

EE5I�;05>�-I5G���D���A���D�

0-50�;E5;�-F50���B���B�����

DG50�;E5D�-I5E�������C�����

F-50�;F5;�D;5.�������������

#�X%8� ;D5E�;E5I�-E5;�@�@���������

EI5.�;E5D�-G5I���D���D���A�

DI5G�;050�-05>���D���������

EF5.�;>5E�-I5.���C�������B�

E;5-�;F5G�->5;���A���D���C�

0G5D�;F5G�-I5D���@���C���A�

FF5>�;>50�D.5G�@���@�����?�

%�X%�� ;G5I�;E5-�-D5D�A�����@�?�B�

EE5-�;D5F�-050�@�����B�����

E.5E�;E5E�-05D�@�����������

ED5G�;E5I�-E5>�@�����@���D�

E.5;�;05G�-05.�@�����������

0F5-�;05-�--5F���D���?���C�

F>5.�;E5D�-G5F�@�@�@�D���D�

�����'�� -G5E�--5.�DF5.�D�D���������

EG50�;I50�D-5F�C���������A�

0I5F�-.5F�DD5;�D���������D�

EI5.�--5.�DF5;�D�A���B���B�

E-5I�-;5D�DD5F�D�����A���C�

E-5D�-D5-�DF5-�D�A���B���C�

FF5>�--5.�DG5;�C�@���B�����

����L��N�������L��N�

-D�;.D�-F�

D>�;.D�ED�

D0�;.D�0;�

0F�;.D�E>�

DG�;.D�0>�

0E�;.D�ED�

EG�;.D�G0�

��%����9��������������������������!��X��'-�

3�����9�����������1�?���������������B���!��Xk-�

�������/1�����)������ ���*�����������3������3)��1������������������ 2�� ��� �� �1�� ����� ����� ���������� ��� �����'�� '��3��� ������������ ��� ���������� �������� L��

B���D!��DXkF�������D!��DX��'FN5�

Page 160: acidos nucleicos

��������'�)9� �������1��1��������)����??� ?������ �)����?�1���������?��������'1��3����?�� ?�����1����

� ���*���L?����*������1��#8�������1��1�����1���������������?��� ����'������-����7 �������??�?����1��

������?������������-N9�� ''����'��1������������ �1����d�������?���3����)������'����)e��'1��3��

�������1��� ���9�����1��� ���������� ������1�'������3����?9���������������1��3��B3�������??���� ��

��??�������)����������3���������9��1�'�'��1����7 ���/� ����?������??����L%�3���DN5�%1����?���'�9���

��4 ��������1� �1�� '���������� ����� ?��� ������ L���� �3���� ��� %�3��� -N9� ���������� �1��� �1���� ��� ��

� 3���� ��� �����*� �� ���'� 3������ ��7 ���/�������� 1������� '�����)!��?���3����)� ��� �1��

3��B3��9��1��1� ������3���'����5�

���� �E5�+�� ������L��?���������?�;N��?�'�)���������������LM�����'����N�����1�����'���L� �B�����

��'����N�?����1��������������������������?��1����??������ ���*�������������1���5��� �$����-9����$�

���-9� '���$� ���X���9� 3���$� �/���X���9� ��'1�/3� �$� ���X���9� )�����$� c����X���9�

�'���$� ���X���5��2�� ����1��������3������3)������'���� ����?����1���1������7 ����5�

%1��?��*�3����)��?� �1��3��B3��� �������)������������ �1������������� ������3)$� �N������������� ��

'�)�������� �'��� LχN9� ��N� � '���� �B���'9� ���N� �1�� ���������α/γ� �������� ��� ��N�ε/ζ� �� ����� ��������5�

���-��1���� �1�� ���'���� ?��*�3����)� �� ������?�χ� ��������L��' ���GN9��1��1���������������1��1�����'����

?��*�3����)���������?������5�%1��� ����/� ���*����1��������)��1����χ/������3 ����L��' ���GN9��1�����1��

Page 161: acidos nucleicos

��� �����?����1���!�/1)3���������������1��������L����3����N����1��1�������������������������� ���

��������1��������������������������5�! '���� �B���'������)���������������1��!� �1����!� �1/�����

��'���?������-9��1����������?�*������1������1���?�������?����/� ���*��5��'����1��������������?�

�!�/� ���*��� �1��� ������ �������� �����$� ����� � '���� ?�*��� �� �1�� ����1� ��?������� L�� ����� ���

��� �������?�!� �1�� �B���'����?� �������X����1)3����N9��1���������������3 ������?��1�����'����

���1��!� �1/!� �1��������'������� �����1���������������5��

%1�� ��� �?� �1�� ��� ���3��.� ?����/?����� �������� �� ��� ���� ���� �1�� ���������α/γ� ���ε/ζ� �� �����

��������9��1��1������� �������� ��������3��B3���?��*�3����)5���������� ��)���������0.9����-�������)��

�������3���α/γ�������������1�� ���/�����������9����1���������� ������Ln�;��oN��?�����α/γ���������

�/�������� ��'���� L%�3���0N5�%1����� �������?��/����������?��������3����������)�2����

?���� ����/� ���*��9�3 �� �����������'�?�����)�?������� �1���!�/1)3������ �� ����1�������)����������)�

� ���α/γ� ��?������ �� �1�� �������� �����9��1��1� ����� ��� �'�������1� �1�� ?���� �1��� � ���α/γ�

��?����������?� �����1�����X���/������A������*���1)3������'��������������1���2)���������

����� D>5� %1�� ���'���� ?��*�3����)����1� �������� ��� ε/ζ� �������� ��� ?� �� ?������-9� � �� ��� �1������� B���

L��!���N� ��������� L��� �� -.o� �?� ���� ε/ζ� �������� ���� �� �1�� �/�������� ��?������N5� ! �1�

�����������������*����?���� ����/?�������������������������?����1��1)3����9��1�����1����������������

�����������1���������������5�

*!$ �-��+������'���?��/��������α/γ�����ε/ζ������������1����??������ ���*���5��

α/γ ���-� ���-� Ac�� �/���� ���� c����� ����� ���*� .5F;� .5.F� -5;0� >5-F� ;5D;� F5-0� .5.-�!���� //� //� .5-E� .5F0� .5I0� ;-5DI� .5.0�

�������� //� //� 05.0� ;D5G>� ;5F>� .5;� .5.;�ε/ζ� ���� ���� Ac�� �/���� ���� c����� ����

� ���*� -.5;0� .5.;� -5->� .5.>� 05DD� .5IG� .5..�!���� //� //� ;5>-� .5.0� .5.D� .5GG� .5..�

�������� //� //� -5G-� .5;.� G5FD� ;5.G� .5..���� �� ��� �1������������'�����?� �α/γ ������9���� ��������1�����)�?��� �1��� ���*������1� �1�����

��7 ���5�

Page 162: acidos nucleicos

��� ��)9�� �����)�����1�����1����1��?��*�3����)��?��!�/1)3�����������'����1���1����?�� ����/?���

� ���*��� ��� ������� �1�� �1��� �?����-5�%1��3��B3����?� �����!�/1)3�����1��� �� �7 ����?�������

������9����1�������'���)���)�3����������������������������������'�������)��?����1�������

�?�����3�1���������1������������'�1�����)��5��

/��$���!$$&�� $ 1� �" 1��0 ������ ���?� �1����������������� ?��� �����?� �1���!�/1)3����� ��� �1��

�7 �� ��� �� ��� �?� �1�� '������5� A������9� ��������'� �1�� ?��*�3����)� �?� ������ �����9� �1��� ��� �� ����

?��� ��� ����� ��� ��� �*������� ��� 3�� �� '1� ��� ��� ����������� 3������������A� � 3�������� ��� �/

� 3�������;09;E5� %1���?���9� �1�� �2)�� �1� ��� �*������ ���������� ������������� ����������5� �� ��� ����

� ''�����1�����?���3����)����3����B�)���??��������?��� ��9������1)3������ ������3������������A�1������

��?���3����)� ������� ������)� ��??����� ��� �1��� �?� �/� 3������� 1)3����5� %1 �9� �1�� 1�'1��� ?��*�3����)� �?�

�!�/1)3������������������/?�����1� ���?�����������1��3���'�����1���2)������� ���3�����?�������

��� �1�� ����'� ������ ��)���)� �1� ��� 1���� �1�� �2)�� ����'�2��� ��� �������� �1�� ����� �����9�

B����'��������1������������5�

%1����?��������?�� ����/�)���1)3�����������-�������������1��)����1����������������������������

���1� 1�'1� ���')� ��7 ������� L%�3��� EN9� � �� ����)� ��� �1�� ��??�� ��)� �� ��?���'� �1�� ���)� ��'���

��������L�������N�������L������' ���IN5��������� ��9������� ������3���'��?��/�)���� ���*�������1��

�2)�� ��� ���'�������)� ���)� �����'5� � � �1�� ������)9� ��?������� �?� �!�/1)3����� ��� ��1������

���1� �� �� ��'�?����� ���')� ����5� �����)9� ��� �������1� ���'� �1��� �1�� ���� ������ 3���'� �?����-� ���

����)� 1���������� 3)� �1�� ���')� ����� �?� ��?���'� �1�� ����� ������ ?��� �� � ��� �� ��� �� � ��� �/

��?������9�����1����������1��������?��1�'�'�����'�������1��������1��'�������/?����*�������3)�

�1�� �2)�5� ��� �������1� ���'� �1��� �1���� ?���'�� ���� ��� �������� �� �1�� ��7 ���� ��� �1� ��� 3��

����������d �������e�?�����'����� ���*��)��5��

*!$ �85�&�� �&�1����3������������ �������������?�������������3�������1����� �� ����?��1��

��������L���N9������L�������N��������������*���?����������1��������A/3� ����?��������L����

&��1���N�939�5�

Page 163: acidos nucleicos

!�7 ���� !�75�;� !�75�-� !�75�D� ����������� ���')����L�/����N� D50;� ;5IF� -5E0� -5FI� -5;>����L����N� D�@B� A�?�� D��A� A�BA� ���@�����L�/����N� >5G-� G5F.� G5D0� G5-E� -.5D����L����N� ?�??� ?�??� ?�??� ?�??� ?�??�Ac�L�/����N� ;5I-� ;5DE� ;50I� ;5EI� .5>E�Ac�L����N� ���?� ��C�� ����� ��D�� ?�CB�

�/���L�/����N� ;5FG� -5;F� ;5IF� ;5I.� ;5;��/���L����N� ��?B� ���@� ��B�� ��?B� ��������L�/����N� ;5G.� ;5D0� ;5F-� ;5EI� .5>E����L����N� ��@�� ��C?� ���?� ��C�� �����

c����L�/����N� ;5EE� ;5GE� ;5F-� ;5F>� .5GD�c����L����N� ��?�� ���D� ��D@� ��BC� ���C� ���L�/����N� G5>0� I5G0� >5-D� G5F.� --5;� ���L����N� ?�??� ?�??� ?�??� ?�??� ?�??��� %1�� ����� ���� ��� �� ���������� ��� �1�� �����'�� �������� ��� ��� ��� �1�� ����������� 1������

��?����������')�L��B���!��N�3������1����� �������������������������'��1���������F/����������L�5�59��1����'���������������1�

�1��������N��;9� -� ��� D� ����� ?��� �1�� �1���� ��7 ����� ���������� 1���$� �!�L#8#8��%%#8#8N-9�

�!�L#�%�88##%�%8N-�����!�L#�#�8�%#%8%8N-9������������)5�

���� �F���&!��L��kN��?� �1�� ����������������������� ��� �1��d������A/3� �e���� �� �������1���

�1������������������������'����������'�L?���;����;.N� 3����?���'���������L�5�5��������'�

����������)� ����� ��������� ����� ��'��������� ��� ��� ��� ��� �1� ��� ����3��� �&!�� �1���� B����'�

Page 164: acidos nucleicos

&�1����3����������������������������')�������� `������7��>����G`�����&��1���N5����'���� ���

�?� �&!�� ���� ���� 3)� �1����� ?� �� ������ ?��� ���X���� ���4�����)� ��� ��?�����9� �� ��������� ���

���������������1���&!�L����Nn�;5D�k�����&!�L�������Nn�.5G�k�L����&��1���N5�%1����??�����

��������1� �1���������� ������������ ��� �1��D���7 ��������������5��� �$����-9����$����-9�'���$�

���X���9� 3���$� �/���X���9� ��'1�/3� �$� ���X���9� )�����$� c����X���9� �'���$�

���X���5�

��� ��)9�� ����� ��������������������� 3��������$��1��'�������1���9��1��1������ �����1��3���'�

�?��/��B����� �� �������1��?��*�3����)���������1��1���������1������ ������3���'��?���'���� ����/?���9�

�1����'��������� �� ������������?���?����1����*�������3)��1���2)�5� ����� ���������)���������2��

�1����������)�������*�����3�1���� ���?��1���2)�9�3 �������� �����������������������'�2��������A�

� 3������5� %1��� ������� -./E.� �� &�� �� ������� ?��� �1��1� '�����)� ��� ?��*�3����)� ����� 3��

��������5����������1����)�1)3�������3��'�� �������1����� ������3�������1���2)������1�����1��1�

������3������'�2����������� ��������)9�����'��1���1�������3����)�?��������??����������'��?����/

������� '�5�

%!���8$ "�0 � ���J���������3�������+��?5�#5�5�� '1���?���� ''���������������5�%1������B�

1��� 3��� � �������� 3)� !����1� &�����)� �?� !������ �� -..F/.;F.-N� ��� �1�� �������� ����� ��� �?�

����?�������� L!�� �� ���� ����?�������� ����N5� #��� ������� ����� ���?����� ��� �1���������� ��

� ������ ��������1�����������! ������ ����#����5�

#�((�� ���� �1��0 ����%1�$!$ 5�#���������?5�0>9�?�' ����!;/!F������3���!;9�!-5�%1�����������

���������3���?�����?��1��'�������1������������1���$!!� 3�5���5��'�

L;N�J�'9��5�A5`�� 4��9�!5`�������9�65�A5`��������&����985��5`��������B��9�!5��5`����19��5���� �5��FE�9��BB9�F.;5�

L-N�K���1���9�&5`����9�!5�65`�K�3�)��1�9�c5`�! 4���9�A5`�K)�'�B 9�c5`�����9�!5`� 1�� B�9��5`���������9�65�&5`�%1���985�65��������81���?��5��FFG9����9�0E.G5��

LDN�L�N��'��9�&5`����9��5`�U1�'9�!5�85`����19��5�E�����������������?���F?����FF�9�CB9�ED05�L3N��'��9�&5`����9��5`����19�������1�����5��FF�9���9�D--;�

Page 165: acidos nucleicos

L0N�A����9��5�#5`���2��9��5�#5������������5��FFD9��A�9�E-;5�

LEN�#�9�85��5`�����9�%5`�������9�85��5�� ���������&�5��FFF9��D9�EEE5�

LFN����'9�c5`�! ������'�9�&5�� ���������&�5��GGG9��C9�-;>;5�

L>N�L�N�#1� 9�!5�A5`���)9�+5`�����9��5����1�����5��FEF6��C9�-0--5�L3N�#1� 9�!5�A5`���)9�+5`�����9��5����1�����5��FEF9��C9�-0DE5�

LGN�A���9�K5��5`�&��� '1��9��5�J5����1�����5��FF�9��?��;.F.F5�

LIN�������??9� 5�c5`�!���2��9�&5`�����9��5��5������������5��FF�9����9�E.I5�

L;.N�L�N����9��5��5`��3��9�!5`�����9�%5�9 ���������1�5��FF�9���@9�-I>5�L3N�8)�9�65��5`�#�9�85��5`����9��5��5`� ����9� %5����1�����5� �FFD9� �@9� ;-EDG5� L�N�8)�9� 65� �5`� ���9��5��5`�#�9�85� �5`�����9�%�����1�����5��FFE9��D9�>D5�L�N�8)�9�65��5`�8��9��5`�#�9�85��5`�%���9�65� 5`�����9�%5`����9��5��5�� ���������&�5��GG�9���9�-FGD5�

L;;N�L�N�!���2��9�&5`�������??9� 5�c5`�&�����9�65�&5`���3����9��5�!5`�����9��5��5����1�����5��FF�9���9�0-I>5�L3N�������??9� 5�c5`�8�9�c5`�����9��5��5������������5��FF@9��AB9�--E5�

L;-N� L�N�8��9��5`� 6�??�9� +5�J5� ������������&5��FF-9��9� DF>5� L3N�#����9�#5�J5`�����9� 65� !5`�8��9��5����1��������FF@9��A9�0.IF5�

L;DN� L�N� 8�2���29� #5`� !���9� J5`� K�3)���B�9� �5`� A�'��?�9� �5� �5`� ��)����9� &5`� 6���9� %5� ������1�����5� �FF-9� ��9� ;.F-5� L3N� 8�2���29� #5`� !���9� J5`� ��)����9� &5`� 6���9� %5� �5����1�����5�FF86���9�0IFI5�

L;0N� ���1�2�B�9� %5`� ����9� !5`� 1B 3�9� %5`� K�4��9� #5`� ��B� ��9� A5`� K)�'�B 9� c5`� 1�� B�9� �5����1�����5��FFD9��@��0.;F5�

L;EN�!2)����B�9�%5`�8����9�&5`���������9�&5`�+�����9��5`�#�����9��5`�A� �9�A5`�J �1���19�K5�������������&5��FFF9���9�D0D5�

L;FN� A��29� �5`� ��� �9� 25`� ����9� +5`� ��� &�)��9� �5`� 8� )����9� #5`� A )1� ��19� %5� B���� ��� ����������������GG�9��C9�->D5�

L;>N���)9��5`�+���29��5`�&H�7 �29�&5`�� 7 �9��5�65`� ��2��9�&5��������81���?��5��GG89���D9�0I;.�

L;GN���3����9��5`����)9��5`������9�65`���??9�&5`���3����9�K5`�J����9�65��5����� ��������;���7��1�8��5�D���������5�8������+ 3���1�'���5��c9�;II05�

L;IN�+����B�9�65��5`���B����9�!5�65�?�����FF����@C��;;;-�

L-.N�� 3� '19�65��5`�& ����9��5�!5`�!1�9�!5`���3���9��5��5���������81�5��FF@9��D�9�--EI;�

L-;N�#�� �19��5�65`�%� ��9�65�65�L���5N5���!��&$�+������FFE�

L--N�A�9�85�J5`�K��B�9�&5��5`�#�����9��5`�8�2��B����B9�K5`����B����9��5��5������������5��FF@9��AB9�G;;5�

L-DN����9�J5��5`�#���B�9�!5�%5����1�����5��FF@9��A9�DI.5�

L-0N���3����9�J5��59�#���1���9��5�&5�?���5��FF�9��@C9�;0FD5�

L-EN� ��9�c5`�����9�!5`� 1�� B�9��5`���1�B���9�&5`��B�1���9�&5`���B� ��9�A5�� ���������&����FF�9���9�0FI.5�

Page 166: acidos nucleicos

L-FN�A�9�!5�+5`�������9��5�A5� 5`�!���9��5��5`���1���9��5��5`���??��9��5�&5`�A�33�9��5�J5`�&�����9�65��`�%������85��5�� ���������&����FF�9���9�0FI.5��

L->N�!���9�A5`�A� ��9�+5�?�����FDF9��AA��DID5�

L-GN� ����9� K5� A5`� ��33���9� �5`� ���9� �5� &5`� 8��'��9� %5`� &���9� �5� +5`� & ����9� &5`� ���B��9� +5����1���?����9�������FFD���9�FD.5�

L-IN�#���B�9�!5�%5���� ��&��������GG-9�@@9�F;5�

LD.N��'�����9�!5`��)��9��5�+5�E1���������91����FF@9�DA9�;E;5�

LD;N�%1��2��������!� �)�8�� �5����������1��������GG�9����9�0F>5�

LD-N�K ����B9�65�9 ���������1����GG�9��D?9�;F-G5�

LDDN�8�����9�&5��5`�&���9��5+5������&���8������GG89�@9�0FG5�

LD0N�&�'��9�&5�&5`���1�9�&5�65�8 ����9��������81�5��GG�9��9�;;0>5�

LDEN�#1�9�65�A5�+5`���9�!5`�J�'9�J5�!5��5�8����96���E1���������E1�������GGD9���9�EDD5�

LDFN� !���?����9� !5�85`����9�K5`� %������9�#5`�#���B9��5��59���'9� 65`�J1����39� 65�&5`���)��9� +5� �5`�A '1��9�!5�A5`������9��5�9�.���5��GG�9��?9�;00I5�

LD>N������)9�&5`�8�����B���!5��5`�#�� �19�565`�c�'9�J5�8����GG89����9�;..E5�

LDGN� ��2��9�&5`�+���29��5`���)9��5`�� 7 �9��5�65�81���?����&����GG�9���9�DE.5�

LDIN�#1���1�9�%5�5D��5�8 ���������?�� �������5��GG-9���9�DF.5�

L0.N�+���29��5`�&���1�9� �5`�!��2��9��5`�!����9�65`�#1���1�9�%5��5�D��`��� '1��9�#5��5`� ��2��9�&5����1�����5��GG@9�B�9�DG;>5�

L0;N�J�'��9��5�J5`�&���� ���9�&5��5`�8���9��5`�A �'9�%5`�����1���9��5�#5����������1������FFD9���9�G0.5�

L0-N����1�2�B�9�%5`�����9�!5`� 1�� B�9��5`���B� ��9�A5����1�������FF@9��A9�-E>>5��

L0DN�L�N�J����9�#5�65`���1�9�&5�65�� ���������&����GGG9��C9�DF-E5�L3N�����1�9��5�&5`�J����9�#5�65`���B9#5��5`�2��2��B��9�K5`�����9��5`�+����B9�&5��5`���1�9�&5�65����1�������GGG9��B9�>.E.5�L�N���1�9�&5�65`�����1�9��5�&5`�J����9�#5�65`�%����9�65��5`�������9��5`�+�9��5�%5`�8�1��'9�K5�� �������� �������� ����������GG�9��?9�0-I5�

L00N�L�N������9�%5�J5`�% ���9��5�A5����1�������GG�9��?9�;->DG5�L3N������9�%5�J5`�% ���9��5�A5��������81���?�����GG�9����9�0;.>5�

L0EN����B����9��5��5`�����9�A5��5`�#���9��5��5`�J�'9��5�&5`�������9��5�25�?�����FE�9���A9�0>E5�

L0FN�!1�����9�85�#5`��� '1��9�#5��5`� ��2��9�&5��������81���?�����FFF9���B9�>0FD5�

L0>N�#���9��5�5�����5�����9&C9�!����������9�-..05�

L0GN� L�N� #�����9� J5� �5`� #�����B9� +5`� ��)�)9� #5� �5`� 8� ��9� �5� �5`� &��29� K5� &5`� ���' ��9� �5� &5`�!�����)��9��5�#5`���*9�%5`�#�������9�65�J5`�K����9�+5��5��������81���?�����FF89���D9�E;>I5�L3N�#1���1�9�%5��5�D��`�#�����B9�+5`�K����9�+5��5�����������?�� ����������FFF9��A9�G0E5��

Page 167: acidos nucleicos

L0IN�+���29��5`�� 7 �9��5�65`� ��2��9�&5��������81���?�����GG@9���B9�;0>DI/0E5���

LE.N���)�)9�#5��5`�#�����B9�+5`�#�����9�J5��5`�K����9�+5��5����E1���81�5��FF�9�BD9�;.-FI5��

LE;N�J�'9� 659�J��?9��5�&5`�#�������9� 65�J5`�K����9�+5��5`�#���9��5��5����8�����81����GG-9��@9�;;E>5�

LE-N�L�N�2�B�������� 9��5`����9�K5��5`�&�1�9�25`�&��1���9�&5`����' ��9��5�&5�� ���������&����FFF9��D9�-;GI5�L3N�2�B�������� 9��5`����' ��9��5�&5��������81���?�����FFF9����9�EE.I5�

LEDN�L�N�%����9�65`�J����9�#5�65`�������9��5�c5`�+�9��5�%5`���1�9�&5�65`�8�1��'9�K5��������81���?�����GG�9����9� 0GIF5� L3N�������9��5�c5`�����1�9��5�&5`�J����9�#5� 65`�%����9� 65`�+�9��5�%5`�8�1��'9�K5`���1�9�&5�65�� ���������&����GG�9��B��0-G05�

LE0N������9�%5`�c��B9��5`�+������9��5����81���E1�����FF�9�BC��;..GI5�

LEEN��)�B����9�65�+5`�#�������9�85`��������9�A5�65�#5����8�����E1�����F@@9���9�D->5�

LEFN�8����9�65��5`�K��B�9�!5�85`�������9��5`�#�����9�65`�������#� 29��5`�� 7 �9��5�65`� ��2��9�&5�E�������GGG9��@9�0-G5�

LE>N������9��5`������9��5��5�&5`��������9�A5�65�#5�E�������FF�9��D9�0;-5�

LEGN� L�N�# 3���9��5`��3������9��5�85��5`�! 3����9�65��5`�� 7 �9��5�65`� ��2��9�&5��������81���?�����GG�9���@9�;0F.D5�L3N�� ���9�&5`�K��B�9�!5�85`�� 7 �9��5�65`� ��2��9�&5��������81���?�����GG�9����@9�G..>5� L�N�+���29��5`�����9� 65��5`�� ���9�&5`�����2/���9�65�&5`���� ���#� 29��5`� ��2��9�&5����81���91����8������GG89�;9�LEN9�>I./G..5�

LEIN� L�N� ��)9� �5`� +���29� �5`� �� '1��9� #5� �5`� ��2��9� &5� � ���� ����� &��� �GG@9� �@�� DDD.5� L3N�&�1����3��9�+5�#5�E����������B�����?���B�����F�D9��9�0I5�

LF.N�!�1������9�65�81���E1������������FF�9���@9�F;>/-;�

LF;N�A�����9�!5��5`�8����1�����9��5`�!�����9�&5�!5`� ��2��9�&5`��� '1��9�#5��5��������81���?�����GG�9����9�;-FEG5�

LF-N�� 9��5�65`�!1�BB��9�U5`� ���9�J5�K5�������������GGG9��??9�G;I5�

LFDN�&�)��9�%5`�������/#����9�#5`�+���29��5`�� ���9�&5`�����/#1���9��5`�� 7 �9��5�6`��� '1��9�#5��5`� ��2���&5����81���91����8������GGD9��9�-E;5�

LF0N��1�B�9��5`�8�����9��5����8������H���1��?������FFD9�@9�-II5�

LFEN���)9��5`�+���29��5`���B��9��5`�� 7 �9��5�65`� ��2��9�&5���������������GG-9����9�F->5�

Page 168: acidos nucleicos

#�((�� ���� �1��0 ����

*" �� �!$�%�$&�����1�%� �� �� �+�($ # �I�+ �0��� ���1� " �-,� �%�#��! ( �!�$� &�

�;������������������� � ��������������������������

������v35��35 35���

;�6�������/�!#��������1�+��'�����#�� �������������')5��

-�������������� ����?�����?�������5��

D��������������������7 ������������� ��������������5������������������������

0�����������������7 ����5�����������������������5��

Page 169: acidos nucleicos

#���������?������0>5�

L0>N��5�5�#���9�%5�5������9�%5�5�#1���1�9����9�#5�5�!�����'9�65�J�'9��5�5�� B�9��5�� �9�K5&5�

&��29��5�J�'9��5�5�+�����9�&5�#�����)9�!5����2���9�25�%� �9�A5�8�1�B�9�65�&�'�9�25�A���B9�

85�# �9�+5�����2�9�#5�!�1�?������9�65J5�#�������9�J5!5�����9����+5�5�K�����L-..0N9��&����

G9���������)��?�#���?����9�!����������5�

���� �#����&!��L?����1���������;./����7 �������L����&��1���N�3��B3�������`���kN����1���������

��������7 ��������������L���N9���L3� �N�����&�/3�����L;��!`�3���BN���� �� �����?��1�����X����

���c����X����� ���*������1��1�������7 ����������'�?����/?��5�

Page 170: acidos nucleicos

���� � #��� + �B���'� ���?���� L�1���� �'��� ��� ���')N� �?� ���3��� ��� -O�/���3��� � '���� �� �1��

����������'� �1)����� ���������?���&+-�������3��.����1������2����������������� ������5�

%��'����������������?��1���� ������/!/����'����1�����'���*� ����J���'������������5�

���� �#���#���������?��1��� �B���'����?�����L�1�����'���������')N��?�-O���*)��3���9����3������

-O�/���3��� � '���� �� �1�� ����������'� �1)����� ��������� ?��� ���3��.� ���1� �����2���

�������������� ������5�%��'����������������?��1���� ������/!/����'����1�����'���*� ����J���'���

���������5�

Page 171: acidos nucleicos

���� �#-���&!��L?����1���������;./����7 �������L����&��1���N�3��B3����������kN����1���������

��������7 ��������������L���N9���L3� �N�?��������1���&����� �� ���;��!�L3���BN��?��1����??�����

��75�-�� ���*���L������'����������;����������N5�

Page 172: acidos nucleicos

���� �#8���&!��L?����1���������;./����7 �������L����&��1���N�3��B3����������kN����1���������

��������7 ��������������L���N9���L3� �N�?��������1���&����� �� ���;��!�L3���BN��?��1����??�����

��75�D�� ���*���L������'����������;����������N5�

���� �#D���&!��L?����1���������;./����7 �������L����&��1���N�3��B3����������kN����1���������

��������7 ��������������L���N9���L3� �N�?��������1���&����� �� ���;��!�L3���BN��?��1����??�����

���-�� ���*�������������1���5��

Page 173: acidos nucleicos

*!$ �#���+������'���?�!� �1�L+nI.N�� �B���'����1�������EO/�L88�#N��L%%#8N����L8�##N/DO����

EO/�L88�#N��L%%#8N�-O/�/���L8%##N/DO�������������1�������;.����?�-.���&���� �������L��������

� �����1� ���3��.� ��� ���3��� ���������� ?��� � '���N� �������� ��� �1�� ��� ��� �3������ ?��� �1�� ����

1�������?����&���*��������5��

� ��������� o�!� �1�L&�N� o�!� �1�L�&�N�8I�!��8I� II� >E� G-/;..� G./;..��;.�!��%;.� >I� E-� G./;..� >-/;..�#;;�!��#;;� I.� G.� G>/;..� GF/;..�#;-�!��#;-� GF� F.� 0F/F0� 0-/ED�

�����������������1�������?����1���������������������� ���?������3���L+������)�;A FN����-O/�/���3���L+������)�;�#GN������������5�

*!$ � #�%5� ��������� ��������)� ���*���� 3������ �1�� ��'��������� ����������� ��� �1�� ������� ;./���

3��B3����?��1����??������ ���*������1��1��D���7 ���������������1���5�

���� ���� Ac�� �/���� ���� c����� �������� ;� -� D� ;� -� D� ;� -� D� ;� -� D� ;� -� D� ;� -� D� ;� -� D�

;� �� .5I>� .5II� .5>D� .5>D� .5>-� .5G-� .5>>� .5G.� .5>I� .5>I� .5G.� .5G-� .5G.� .5>I� .5>>� .5>F� .5>I� .5FI� .5FG� .5FG�-� ?�BA� � ;5.-� .5G;� .5G;� .5G;� .5I.� .5G>� .5GE� .5GE� .5GF� .5G>� .5G0� .5GE� .5GI� .5GF� .5GD� .5G>� .5>>� .5>F� .5>F�

������

D� ?�BA� ��??� �� .5>E� .5>F� .5>E� .5GE� .5G0� .5G>� .5G;� .5G0� .5GD� .5G.� .5G0� .5G-� .5G;� .5G-� .5GD� .5>-� .5>;� .5>;�;� ?�AA� ?�DC� ?�D?� �� .5II� ;5.;� .5ID� .5IE� .5I;� .5I-� .5I.� .5I;� .5I.� .5I.� .5I-� .5IE� .5I-� .5IF� .5I>� .5IG� .5IG�-� ?�AD� ?�D@� ?�D�� ?�B�� � ;5..� .5ID� .5IF� .5I;� .5I-� .5I;� .5I;� .5GI� .5I-� .5ID� .5I-� .5ID� .5IF� .5I0� .5IG� .5IG�

������

D� ?�AA� ?�DB� ?�D�� ��?C� ?�BC� �� .5ID� .5ID� .5I.� .5I-� .5I.� .5I;� .5GI� .5I.� .5ID� .5ID� .5I;� .5IE� .5IF� .5II� .5II�;� ?�DD� ?�CA� ?�C�� ?�CC� ?�CC� ?�B?� �� .5IE� .5I;� .5IF� .5I-� .5ID� .5IF� .5I-� .5ID� .5IE� .5I-� .5IF� .5I.� .5GG� .5GI�-� ?�AB� ?�C�� ?�DB� ?�CB� ?�B?� ?�CC� ?�B�� � .5IG� .5I-� .5I0� .5ID� .5I-� .5IE� .5I0� .5IE� .5IG� .5II� .5GG� .5I;� .5I.�

Ac����

D� ?�D@� ?�C?� ?�C@� ?�CB� ?�CC� ?�CD� ?�CA� ?�B@� �� .5ID� .5ID� .5I0� .5I;� .5I>� .5I0� .5ID� .5II� .5I>� .5GE� .5GG� .5G>�;� ?�D�� ?�DD� ?�D�� ?�C�� ?�CA� ?�C@� ?�B�� ?�C�� ?�C@� �� .5IF� .5I>� .5IE� .5I0� .5I0� .5IE� .5I-� .5IF� .5I.� .5I.� .5GI�-� ?�D�� ?�C�� ?�C�� ?�C�� ?�C�� ?�C�� ?�CD� ?�B�� ?�CC� ?�B�� � .5IG� .5I-� .5IE� .5I0� .5I-� .5I-� .5I0� .5GF� .5GG� .5GG�

�/������

D� ?�D@� ?�C@� ?�DD� ?�C@� ?�C@� ?�CA� ?�CB� ?�CA� ?�CB� ?�B�� ?�B�� �� .5ID� .5ID� .5ID� .5I-� .5I-� .5IF� .5G>� .5GI� .5GI�;� ?�DA� ?�DC� ?�D@� ?�C�� ?�C�� ?�C�� ?�B@� ?�CA� ?�C�� ?�B�� ?�CD� ?�CB� �� .5I-� .5I0� .5ID� .5I.� .5I0� .5G>� .5GF� .5GF�-� ?�DC� ?�C�� ?�C�� ?�C@� ?�CD� ?�CD� ?�CB� ?�B�� ?�BA� ?�CD� ?�B�� ?�C@� ?�CB� � .5I0� .5I;� .5IF� .5I0� .5GF� .5GG� .5GG�

������

D� ?�D�� ?�CD� ?�C?� ?�C�� ?�CA� ?�C�� ?�CD� ?�CC� ?�B�� ?�C@� ?�B?� ?�C@� ?�CC� ?�B�� �� .5IF� .5ID� .5I>� .5I.� .5I;� .5I;�;� ?�D�� ?�C�� ?�DB� ?�B�� ?�C@� ?�CC� ?�B?� ?�B�� ?�CC� ?�CB� ?�CA� ?�C�� ?�CD� ?�CA� ?�B�� �� .5ID� .5IF� .5I-� .5I;� .5I;�-� ?�D�� ?�DC� ?�DD� ?�B�� ?�B@� ?�B�� ?�CC� ?�B�� ?�BB� ?�CB� ?�CA� ?�CD� ?�CD� ?�B@� ?�B?� ?�B?� � .5II� .5G>� .5GI� .5GG�

c�������

D� ?�D�� ?�C�� ?�DB� ?�B�� ?�BD� ?�B�� ?�B�� ?�B�� ?�BA� ?�B�� ?�CB� ?�B�� ?�B�� ?�CB� ?�BD� ?�B�� ��??� �� .5I-� .5ID� .5I-�;� ?�A?� ?�D?� ?�AD� ?�BB� ?�C@� ?�BD� ?�C�� ?�DC� ?�C?� ?�DB� ?�D@� ?�D@� ?�D@� ?�DC� ?�DB� ?�C�� ?�C�� ?�C�� �� .5IE� .5IF�-� ?�A�� ?�D�� ?�AC� ?�B@� ?�BD� ?�B@� ?�C?� ?�C@� ?�CC� ?�C�� ?�C?� ?�C?� ?�DA� ?�C�� ?�C�� ?�C@� ?�CB� ?�B�� ?�CD� � ;5..�

������

D� ?�A@� ?�D@� ?�D�� ?�B@� ?�B�� ?�BD� ?�C�� ?�C�� ?�CA� ?�DD� ?�C�� ?�C�� ?�DA� ?�C�� ?�CA� ?�C�� ?�C@� ?�B?� ?�CB� ?�B�� ����3�����1�����'����������?��������3�������B������

*!$ � #�/5� ��������� ��������)� ���*���� 3������ �1�� ��'��������� ����������� ��� �1�� ������� ;./���

3��B3����?��1����??������������?����1�������7 ���35�

Page 174: acidos nucleicos

���� ���� Ac�� �/���� ���� c����� ������ � ���� ����� ���� ����� ���� ����� ���� ����� ���� �����

���� � � .5FD� .5GF� .5FI� .5>>� .5FF� .5GF� .5FG� .5>D� .5>D� .5F0� .5F;����� � ?�A�� � .5GD� .5ID� .5G0� .5II� .5>G� .5I>� .5I.� .5I.� .5IE� ;5..�

���� ?�C?� ?�D@� � .5GI� .5IE� .5GE� ;5..� .5G>� .5I0� .5GI� .5>I� .5G.�Ac������� ?�AD� ?�C@� ?�C�� � .5I.� .5IF� .5GD� .5IF� .5ID� .5I-� .5GG� .5I-����� ?�AC� ?�AB� ?�C�� ?�D�� � .5GF� .5I-� .5G>� .5IE� .5G>� .5G.� .5G-��/����

� ����� ?�A�� ?�B�� ?�DC� ?�CB� ?�D?� � .5>I� ;5..� .5I;� .5I;� .5ID� .5I>����� ?�C@� ?�D�� ?�B@� ?�DC� ?�CA� ?�D�� � .5G;� .5I;� .5G0� .5>E� .5>F�����

� ����� ?�A�� ?�BA� ?�DD� ?�CC� ?�D�� ��??� ?�D�� � .5I;� .5IE� .5I-� .5I>����� ?�D�� ?�D@� ?�B?� ?�DB� ?�DC� ?�DD� ?�CB� ?�DA� � .5I;� .5GE� .5I.�c�����

� ����� ?�A?� ?�DD� ?�D�� ?�DD� ?�AD� ?�C?� ?�AB� ?�C�� ?�D�� � .5I;� .5I.����� ?�A�� ?�B?� ?�D�� ?�C�� ?�AA� ?�CD� ?�D�� ?�CA� ?�D�� ?�CD� � .5IE� ����

� ����� ?�A�� ��??� ?�D@� ?�CA� ?�AB� ?�BA� ?�D�� ?�B@� ?�D@� ?�C�� ?�BA� ���3�����1�����'����������?��������3�������B������3��7 ���������� ����?����1����1���������7 ���������������3��� �����7 ����

Page 175: acidos nucleicos

05��� �������

/�;FE�/�

050�%1����������!� �)��?����'��#�?���������%��������������$�

�1���W��#�?���������#1�'����J����������1���!�������'�����)9���3�����+���29�#1�������5��� '1��9�&������� ��2���

� ���������&����1�L-..>N�DE9�DDD./G�

Page 176: acidos nucleicos

05���� �������

/�;FF�/�

Page 177: acidos nucleicos

3330–3338 Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 10 Published online 25 April 2007doi:10.1093/nar/gkl1135

Theoretical study of large conformational transitionsin DNA: the B$A conformational change in waterand ethanol/waterAgnes Noy1, Alberto Perez1, Charles A. Laughton2 and Modesto Orozco1,3,4,*

1Molecular Modeling and Bioinformatics Unit, Institut de Recerca Biomedica & Instituto Nacional deBioinformatica, Parc Cientıfic de Barcelona, Josep Samitier 1-5, Barcelona 08028, Spain, 2School of Pharmacyand Centre for Biomolecular Sciences, University of Nottingham, Nottingham NG7 2RD, UK, 3Departament deBioquımica i Biologia Molecular. Facultat de Biologıa. Universitat de Barcelona. Avgda Diagonal 645, Barcelona08028, Spain and 4Computational Biology Program, Barcelona Supercomputer Centre, Jordi Girona 31,Edifici Torre Girona, Barcelona 08028, Spain

ABSTRACT

We explore here the possibility of determiningtheoretically the free energy change associatedwith large conformational transitions in DNA, likethe solvent-induced B$A conformational change.We find that a combination of targeted moleculardynamics (tMD) and the weighted histogramanalysis method (WHAM) can be used to trace thistransition in both water and ethanol/water mixture.The pathway of the transition in the A!B directionmirrors the B!A pathway, and is dominated by twoprocesses that occur somewhat independently:local changes in sugar puckering and globalrearrangements (particularly twist and roll) in thestructure. The B!A transition is found to be aquasi-harmonic process, which follows closely thefirst spontaneous deformation mode of B-DNA,showing that a physiologically-relevant deformationis in coded in the flexibility pattern of DNA.

INTRODUCTION

DNA is a flexible and polymorphic structure, whoseconformation changes as a response to the presenceof ligands, variations in the temperature or modificationsin the solvent (1–3). Such flexibility is implicitly coded inthe structure of the DNA (4–8) and is crucial to itsbiological functionality, since, for example, bindingof DNA-regulatory proteins can require dramatic changesin the structure of nucleic acid. Understanding DNA’sflexibility and conformational transition is thus a neces-sary step in transforming structural data into biologicallyimportant information.In general, the determination of DNA structure is no

longer the challenge for experimental techniques hadit used to be, both NMR and X-ray techniques are nowable to provide accurate structures for most sequences

(more than 2500 (experimentally-solved) DNA structuresare deposited in the Protein Data Bank in June 2006).Unfortunately, these experimental techniques are lesseffective at discovering flexibility or tracing conforma-tional transitions, and so for this we currently make majoruse of simulation techniques like molecular dynamics(MD) to study these transitions at the atomic level.However, many conformational transitions in DNA occuron the micro or millisecond time scale, while timescalescurrently accessible by atomistic MD are in the 5–50 nsrange. To overcome this problem, it is common to usebiasing techniques to move simulations along a reactioncoordinate at an ‘artificially’ high rate, but many of thetransitions we wish to study involve large conformationalchanges, where many internal degrees of freedom movein a coordinated way. In this situation, it is difficult toapply standard biasing techniques based on the regularchange of internal degrees of freedom along the reactioncoordinate.

In summary, the analysis of large conformationalchanges is still a major challenge for both experimentaland theoretical techniques. A clear example is the B$Atransition of DNA duplexes (9–12). It has been knownsince 1953 that physiological DNA is mostly B-form,while physiological RNA is always in the A-conformation(1,2,9–12). However, the binding of some proteins toDNA can induce local B!A changes, which are neededto form some protein-DNA complexes crucial for thecontrol of gene functionality (13–15). The B!A transi-tion can also be brought about by other stress conditions,like crystal lattice restrictions (16 and references therein),or the addition of a large proportion of ethanol, which isbelieved to displace water molecules hydrating the helix,leading to a pseudo-anhydrous environment where themost compact A-form is more stable (1,12,17,18).The B$A conformational transition has been also thesubject of numerous theoretical studies, aimed at under-standing the mechanism of the transition and theatomic reasons for the A/B preference in water and

*To whom Correspondence should be addressed: Tel: þ34 934037155; Fax: þ34 934037157; Email: [email protected]

� 2007 The Author(s)

This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/

by-nc/2.0/uk/) which permits unrestricted non-commercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

Page 178: acidos nucleicos

other solvents. The latest generations of both CHARMMand AMBER force-fields (the ones most used in simula-tions of nucleic acids) recognize the A-form as the onlystable conformation of duplex RNA, and the B-form asthe most important conformation of DNA duplex inaqueous solution (18–28). In fact, MD trajectories ofDNA duplexes started in the A-form convert very rapidlyto the B-conformation (23), showing that MD simulationsare able to drive the DNA from an incorrect conformationto a correct one. Unfortunately, MD simulations areunable to detect reversible transitions due to the limitedlength of current trajectories, which makes very unlikelyto sample unstable regions of the conformational space.This lack of reversibility in the transition precludesthe determination of the free energy associated withthe conformational change and the determination of theatomic mechanism of the transition. For this reason,these simulations need to be biased to force them tosample reversibly the B$A transition.

In this article, we re-visit the B$A transition for aduplex DNA dodecamer using the techniques of essentialdynamics, unbiased molecular dynamics simulations and acombination of targeted MD (tMD (29–31)) and theweighted histogram analysis method (WHAM (32))in both water and a mixture of 85:15 ethanol/water.Using these techniques, we were able to trace the B$Atransition in a smooth reversible way providing estimatesof the associated free energy and of the molecularmechanism of this conformational change.

METHODS

Model selection

We felt that in order to obtain reliable conclusions onB/A preference, a DNA duplex containing at least onehelix turn should be used as the model system (i.e. at least10–12 base pairs); smaller duplexes might not providea good model of interactions along the major andminor grooves and would maximize the effect ofartifactual end-effects. Unfortunately, the increase in thesize of the duplex leads to a parallel increase in thecomputational difficulty of the simulation. Thus, as acompromise, we decided to use Dickerson’s dodecamer(dGCGCAATTGCGC)2 a B-type 12-mer oligo (33)for which several experimental structures are available(see http://ndbserver.rutgers.edu) and for which dozensof simulations have been published (4,34–37).

Systems setup for aqueous simulations

Input coordinates for trajectories started in the B-formwere generated by taking Dickerson’s crystal geometries(33). The experimental structure was neutralized byadding Naþ in the best regions according to classicalmolecular interaction potential (CMIP) calculations (38)and immersed in a rectangular box of water (aroubnd4454 TIP3P molecules). As described elsewhere (38), MIPneutralization protocol allows the definition of a reason-able ionic atmosphere around DNA based on Poisson–Boltzman potentials, reducing then the time needed forcounterion equilibration. The solvated systems were then

optimized, thermalized and pre-equilibrated using ourstandard protocol (39–41). The final conformations werethen re-equilibrated (constant pressure and temperature:1 atm, 298K) for 1 ns more to ensure the stability of thetrajectories. Simulations starting in the A-conformationwere generated by first building a standard A-type DNAduplex of the desired sequence, which was then neutralizedand hydrated as below. Optimization, thermalization andpre-equilibration was carried out following the sameprocedure than for B-DNA but adding an harmonicrestraint (K¼ 160 kcal/mol.rad2) that restrained all thed angles to 808. The same restraints were used inequilibration (4 ns) and in production runs; when theyare removed the structure changes quickly to the B-form.Ten different structures obtained during the equilibra-

tion of the A-form (with d angles restrained to 808) wereused to perform 10 parallel un-restrained 3 ns MDsimulations. Within this short simulation time the A!Btransition was completed in all replicas, which allowed usto obtain reasonable statistics on the microscopic mecha-nism of the ‘unbiased’ transition.

Systems setup for ethanol/water simulations

Equilibrated boxes containing 85% ethanol: 15% waterwere generated from Monte Carlo simulations (300million configurations) at constant pressure (1 atm) andtemperature (300K). These boxes were then usedto solvate neutralized B and A-DNAs (starting conforma-tions of B and A-DNAs were those obtained at the endthe respective MD equilibrations in water (see above)).The solvated systems were thermalized (T¼ 298K) andpre-equilibrated using 2 ns of MD where only thesolvent was free to move. Finally, all the systems wereequilibrated for 4 ns in both A and B-conformations.The d angles were restrained to 808 in A-simulationsand 1208 in B-simulations. Fifteen structures obtainedduring the last 1 ns of the restrained B-type simulationswere used to start 3 ns unbiased MD simulationsintended to capture spontaneous B!A transitions in(85:15) ethanol/water. Mirror calculations with unbiasedtrajectories started in the A-form were used to confirmthat the A-form is a stable minimum in the ethanol/watermixture considered here.

TargetedMD simulations

These simulations drive a transition by introducinga harmonic penalty that forces the sampled structure tobe at a given RMSd from a reference(s) structure(s).By changing smoothly the target RMSd, we can thenapproach or separate the molecule from referencegeometries. Several formalisms can be introduced tointroduce the harmonic restraints (25), but in our handssmoother and more reliable A$B transitions wereobtained by using eq. (1) (see results). As describedbelow, a selected group, rather than all the atoms (25)were used to compute the RMSd.

E�rest ¼ KrestðRMSdðX,XfinalÞ �RMSdð�ÞÞ2 ð1Þ

Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 10 3331

Page 179: acidos nucleicos

where RMSd(�) is the desired RMSd to final structureat point � of the transition path.After several preliminary tests, simulations were

performing using windows of 0.25 A with Krest¼ 0.1 kcal/mol A2� atom for all windows except the terminal ones,where we used spacing 0.1 A and Krest¼ 8 (water) or2 (ethanol/water) kcal/mol A2� atom. Unless otherwisenoted, each window was simulated for 1.2 ns, the first0.2 being considered as equilibration. To make transitionsas smooth as possible, the end point of each window wasused in general as starting point for the next. Using theseconditions smooth transitions and good overlap betweenwindows was obtained.The biased samplings obtained were used to derive

potentials of mean force (PMF) for the transition usingthe WHAM method (32). Free energies were recoveredby integrating the PMF using suitable boundaries(see below).

Essential dynamics

Unbiased B-DNA and A-RNA 10ns trajectorieswere used to derive the essential dynamics of relaxedB and A-forms (4,7,8,42,43). The first eigenvector(that describing the most important deformation mode)of the relaxed B-DNA (or A-RNA) trajectory wascompared with the B!A transition vector (see eq. (2))to obtain an estimate of the overlap between normalB-DNA fluctuations and B!A transitions.

� ¼ �relaxj�relaxj �

�transj�transj ð2Þ

where �relax stands for the first eigenvector describing theessential dynamics in A or B-forms and �trans representsthe transition vector A!B or B!A.As described in Results, the first eigenvector of

the essential dynamics of B-DNA correlates well withthe B!A transition vector. We then explored theharmonic energy needed to animate this eigenvector(from the B-form) to reach conformations close to theA-form. For this purpose, we add vibrational energy tothe mode obtaining the associated displacement througheq. (3) from which perturbed geometries were determined.Pursuing this approach, we performed calculations of thedimension-less Mahalanobis distance (dM; see eq. (4))between B and A forms. The Mahalanobis distanceis a unit-less metric, directly related to the deformationenergy (see eq. (5)) which defines the minimum pathwayin essential space between two conformations. Thus,using dM calculations, we can trace the B!A transitionby activating many different essential modes of theB-equilibrium trajectories computing then the energyneeded to reach structures closer (to a certain threshold)to the A-form.

�x ¼ � 2E�

kbT

� �1=2

ð3Þ

where E is the vibrational energy, kb is Boltzman’sconstant, T is absolute temperature, � is the eigenvalue(in distance2 units).

dM ¼Xni¼1

xi

�1=2i

!224

35

1=2

ð4Þ

where xi is the displacement along individual eigenvectorsand �i stands for the corresponding eigenvalue(in distance2 units). The sum extends of n-importantessential movements, in this article we consider the first10th ones, which accounts for more than 85% of the DNAvariance.

E ¼ kBT

2d2M ð5Þ

Technical details

All simulations were carried in the isothermal–isobaricensemble (P¼ 1 atm, T¼ 300K). Monte Carlo simula-tions (for preparing the hybrid solvent box) wereperformed using the BOSS3.4 computer program (44)allowing internal rotations in the solvent molecules,but no other internal changes. A non-bonded cutoff of12 A was used in conjunction with periodic boundaryconditions to reduce the number of non-bonded interac-tions in these Monte Carlo simulations. Moleculardynamics (MD) calculations were carried out using theAMBER8 computer programs (45) and long-rangeelectrostatic effects were taken into account by means ofthe Particle Mesh Ewald method (46). PARM99 was usedto represent DNA interactions (47,48), while TIP3P (49)and all-atoms OPLS (50) parameters were used forthe solvents. The use of SHAKE (51) to maintain all thebonds at equilibrium distance allowed us to use 2 fsas the integration step size.

Analysis of trajectories was carried out using PTRAJmodule included with the AMBER8 release as well assoftware developed in house. All simulations wereperformed using the Mare Nostrum supercomputer atthe Barcelona Supercomputer Center.

RESULTS AND DISCUSSION

Unbiased A!B trajectories

As reported by others (19–24), MD simulations of DNAusing the PARM99 force-field produces a spontaneousA!B conformational change in water in short simulationtimes, which makes possible the study of the atomicmechanism of such an unforced transition. Ten differenttrajectories starting from well-equilibrated A-formconformations move to the B-conformation within the3 ns simulation times. Extension of five of these trajec-tories to 10 ns did not shown any back-transition to theA-form (data not shown, but available upon request).The analysis of the RMSd plots from canonical A andB-forms show that the transition starts very quickly,and after around 500 ps, the lines of RMSd(versus A) andRMSd(versus B) cross for the first time (see Figure 1).After this period, the structures fluctuate around

3332 Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 10

Page 180: acidos nucleicos

a conformation with B-like properties (see Figure 1;individual plots for trajectories are shown at http://mmb.pcb.ub.es/A-B), but still not far from the A-formin terms of RMSd. For all 10 trajectories, the transition inRMSd only happens after major changes in sugarpuckering, supporting the idea that sugar re-puckering isthe driving force for A!B transition (24). Once deltachange, helical parameters like roll and twist are adjustedto the standard B values. Thus, in just 100 ps half of thesugars which were originally in the N-conformation(d below 958 have moved into the E and S regions(d greater than 958) and after 500 ps only four sugars are(in average) in the N-region. Slow re-puckering of theseresidual North sugars occur along the 1–3 ns simulationperiod. Analysis of individual sugars shows that ingeneral, sugars in purine nucleotides change faster thanthose in pyrimidines. Within purines G shows fastertransitions than A and within pyrimidines C is that withthe slower rate of N!S transitions.

Very interestingly, the transition vector correlates verywell (see Table 1) with the first deformation mode of bothrelaxed B and A-forms (taken from ref. (7)). This indicatesthat the deformation pattern needed to perform thebiologically relevant B$A transition is implicitly codedin the polymeric structure of these nucleic acids and that ina rough approximation, the A-form can be interpreted asa vibrational-activated state of B-DNA. This hypothesisis supported by analyzing the structures obtainedby moving the B-DNA along the first essential mode(see Figure 2). Thus, a simple deformation along the firstmode yields structures with RMSd(A)¼RMSd(B) forvibrational energies around 4 kcal/mol, and for deforma-tion energy around 12 kcal/mol to structures that areat only 2 A from the A-form (see Figure 2). The activationof additional deformation modes (up to 10) usingthe Mahalanobis metric allowed us to slightly reduce theRMSd from target A-form (to 1.7 A), but at theexpense of a very large vibrational energy (19 kcal/mol).Clearly, B!A transitions follows closely the firstmode, and local rearrangement from a distorted to thereal A-conformation requires some local, probablynon-harmonic deformations.

TargetedMD transitions in water

Unbiased simulations provide an intuitive picture ofthe A!B transition in water, but they are not able toprovide any estimate of the thermodynamics, or kineticsof the process. Essential dynamics allows us to obtainonly a rough qualitative picture of the B!A transition,making necessary the use of more accurate non-harmonictechniques like the tMD/WHAM one.Our previous work (24) and the unbiased simulations

discussed above suggested that sugar puckering could bea good variable to discriminate between B and A-form.Accordingly, we undertook a study of the B!A transitionby means of restrained MD simulations, slowly changingthe d angles of all sugars from 140 to 708. As shownin Figure 3, and in data from equilibrium simulations inFigure 4, the B!A transition happens for d values around908. Note that such a transition is clear not only in theRMSd from A and B-conformations, but also in thewidth of the minor groove (mGw) and in Olson’s (52)Zp parameter (see Figure 3). Thus, a structure can beassigned to the A-family if RMSd(A)5RMSd(B),

Figure 1. TOP: Average variation with time of the RMSd (from Aand B canonical structures) of 10 unbiased trajectories starting fromA-form in water. Standard deviations are shown. MIDDLE: averagevariations of d and number of sugars in North conformation for thesame trajectories. BOTTOM: Variations in the average minor groovewidth (mGw) and Zp.

Table 1. Dot products between the unit vectors representing the first

essential movement of different trajectories. A value of 1 (or �1)

indicates a perfect match between essential deformation movements.

Note that the first essential movement obtained in the unbiased A!B

simulation or in the tMD B!A one should correspond to the B!A

transition vector. The non-optimum overlap between them (around

90%) gives an indication of the uncertainties in the definition of this

transition vector

DNA RNA B!A (Unbiased) B!A (tMD)

DNA 1.00 �0.81 0.94 0.87RNA 1.00 �0.81 �0.90B!A (unbiased) 1.00 0.86

Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 10 3333

Page 181: acidos nucleicos

‹Zp›41.0; ‹d›5958 and ‘mGw’414 A. When only theRMSd criteria is fulfilled, the structure should be labeledas distorted B-form. These threshold need to be considerto validate when a tMD simulation is really driving thestructure to the target conformation and not to a distortedgeometry, which might have small RMSd to targetconformation but very poor internal geometry.While the use of restraints on delta permitted the

required transition, and was extremely useful to defineclear threshold values to classify structures as A or B, itdoes not allow us to easily recover the free energyassociated to the conformational change. Thus,we decided to follow the A$B transition by defining theRMSd function considering only heavy atoms in the sugarring (Reference set 1, see Figure 5). Additional calcula-tions were performed considering an extended set ofrestraint atoms which include all ring atoms plusO5’ (Reference set 2) and an alternative set of restraintatoms formed by the phosphate group and O4’ (Referenceset 3). Using any of these three RMSd definitions andthe restraint function shown in eq. (1), we were ableto reproduce correct B!A transitions (see Figure 6 andFigure S1 in Supplementary material), where both startingand end structures fits the canonical B and A-forms.It is worth noting that such smooth transitions cannotbe so easily obtained with other choices of theRMSd function. Caution is then necessary againsta un-supervised pure-force use of the targeted MDtechnique to follow complex conformational transitions.It is worth to note that the transition pathway closely

follows the direction of the first essential mode of relaxedDNAs and RNAs (see Table 1), confirming the resultsobtained for unbiased A!B transitions. This findingdemonstrates that the ability to change between the B andA-conformers is implicitly coded in the structure of nucleicacid duplexes. Interestingly, irrespective of the set ofatoms used to define the RMSd with respect to targetstructures the transition is similar: for RMSd(�)� 2.0 A,the RMSd(A) and RMSd(B) lines cross, but until verylate in the reaction coordinate (RMSd(�)� 1.0 A) fulltransition is not achieved (see Figure 6 and SupplementaryFigure S1).The PMF associated to the B!A transitions in water

are well converged and seems robust to the selection of the

set of restrained atoms and to changes in the ‘forward’or ‘reverse’ direction of the transition (see Figure 7).As predicted, the A!B PMF takes the form of a downhilllandscape, where the A-form is not defined as a minimum.Integration of the PMF profiles provides a directestimate of the free energy associated with conformationaltransitions. Inspection of Figure 6 (see text) allowed us to

Figure 2. Representation of the energy (black), and RMSd with respectto A (in red) and B (in blue), when a relaxed DNA structure isperturbed along its first essential mode. RMSds were computed withreference to the MD-averaged A and B-conformations. Blue line is notsmooth because perturbation along first essential mode is made usingMD-averaged B-conformation.

Figure 3. TOP: Profile of RMSds (from A in red and B in blue)obtained from MD trajectories where the target d (dt) was varied from140 to 708 (see text). Profiles corresponding the average d are shown inthe MIDDLE panel and those for the average mGw (black) andZp (pink) are shown BOTTOM.

Figure 4. Distribution of TOP: d angle, BOTTOM-left: mGwand BOTTOM-right: Zp for equilibrium trajectories of B-DNA blueand A-RNA (red). Trajectories were taken from ref.(7).

3334 Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 10

Page 182: acidos nucleicos

classify the PMF into three regions: (i) pure A-form(RMSd(�)� 1.0 A), pure B-form (RMSd(�)� 2.0 A),and distorted B-forms (2.0 A4RMSd(�)41.0 A)Using these values, the deformation of B-DNA to achievestructures with RMSd(A)RMSd(B) requires around3 kcal/mol (see Table 2), while a full B!A transition isassociated with a free energy penalty of 11.4 kcal/mol.After sending the first version of this manuscript forpublication, a colleague addressed us to the work byZhurkin’s group (53) who reported empirical scales for thefree energy of B!A transition in water. ApplyingZhurkin’s data in our duplex, we obtain an ‘empirical’estimate of 11 kcal/mol for the B!A transition, a valuethat matches perfectly our estimate. It is also worth noting

the very good agreement between rigorous tMD/WHAMestimates and rough values obtained by essential dynamicsin Figure 2, something that confirms that the B!Atransition is a pure ‘up-hill’ process which canbe simplified as a vibrational activation of the firstdeformation mode of B-DNA. A small amount ofenergy is enough to distort the DNA to conformationsthat are not far in terms of RMSd from the A-form,however, a full transition is very unlikely and requiresmajor changes in the environment, such as the introduc-tion of proteins or co-solvents.In summary, all our simulations suggest that in water

the A!B transition is a downhill process, and that theA-form is not a stable conformation of Dickerson’sdodecamer in water. This result is in full agreement withall previous MD simulations irrespective of the force-field,sequence or simulation conditions used (18–22,24,25),which argues against force-field or simulation protocols.Special agreement is found with data by Banavali andRoux (25), who using other force-field a shorter oligo,and a different functional for the restrain energy obtainedquite similar results, demonstrating that the method, whenapplied with common sense is robust. However, thesetheoretical results have been severely criticized by Jose andPorschke (54,55), who found that experimentally thetransition time for the A$B change (around 70:30ethanol/water) is in the range 100–101ms, which shouldindicate the existence of a sizeable transition barrierand the presence of two well-characterized canonicalforms. We will show below that the criticism is notjustified since the shape of the free-energy curve in purewater or ethanol-rich solutions is completely different, andconclusions obtained in rich ethanol mixtures cannot besimply extrapolated to water solution (see next sections).

Figure 5. Representation of different sets of atoms used to restrain thesystem in tMD simulations of the B$A transition in water and 85:15ethanol/water mixture.

Figure 6. Variation of TOP: RMSds (from A in red and B in blue),MIDDLE: d angle; BOTTOM: Zp (pink) and mGW (black), obtainedin targeted MD trajectories in pure water using Reference set 1.

Figure 7. Potential of mean force (PMF) obtained from tMD–WHAMcalculations of the B!A transition in water. Profiles were obtainedusing different sets of atoms to define the target RMSd in each window(see insert and text) and using both forward and reverse directions.

Table 2. Free energy (in kcal/mol) difference for B!A conformational

transition in water and 85:15 ethanol/water obtained by integration of

the PMF curves. For definition of the states, see text

Solvent B!B(dist) B(dist)!A B!A(all) A!A(dist)

Water 3.2 8.1 11.4 –(EtOH/water) – – �0.8 0.4

Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 10 3335

Page 183: acidos nucleicos

Study of B!A transitions in 85:15 ethanol/waterby unbiasedMD simulations

It is experimentally known that in the presence oflarge concentration of ethanol, the DNA changes from aB to an A-type conformation (1,12,17,18,54,55). Up to 15MD simulations of Dickerson’s dodecamer starting fromthe A-conformation remain in this region, as previouslyfound by McConnell and Beveridge (21). Extension of oneof this simulation to 10 ns does not show any dramaticchange from the shorter ones (see SupplementaryFigure S2), suggesting that the force-field recognize theA-form as a stable conformation of DNA in ethanol/water solution. However, 10 unbiased 3 ns trajectoriesstarting in the B-conformation remains within thisconformational family (see Figure 8), confirming againprevious results by other authors (20,21,55). Overall,unbiased MD simulations suggest that in the presence ofhigh concentration of ethanol, the free-energy landscapeis different to that in pure water, since at least two minima(close to the B and A-forms) exist, separated by a sizeableenergy barrier.

TargetedMD transitions in ethanol/water (85:15)

Targeted MD simulations (using restraint set 1) are able todrive a smooth and complete A!B transition(see Figure 9) in the presence of a high concentrationof ethanol. Analysis of RMSd and internal geometrychanges along the transition pathway demonstrate thatthe A!B transition in 85:15 ethanol/water starts witha fast change (RMSd(�)� 3.3 A) of sugar puckering fromN to S which leads to an immediate change in the Zpparameter, and later (RMSd(�)� 2.0 A) to the crossingof the RMSd(A/B) lines and to the reduction of the minorgroove width to canonical B-values. In summary, we seein ethanol/water a mirror copy of the transition foundin pure water. Combining results in ethanol/waterand pure water, we can obtain a quite complete pictureof the nature of the A$B conformational change.Accordingly, when the DNA moves from the A to theB-form, the driving force is a change in the sugarpuckering that is soon followed by a global arrangementof the structure. On the contrary, for the B!A transitiona global change of shape and reduction of the widthof the minor groove happens first, and only when theglobal structure is close to the A-form do the sugarsadopt a North puckering, defining at that point a trueA-type structure.As suggested by unbiased simulations, PMF profile for

the A!B transition in ethanol/water shows the existenceof two minima regions separated by wide region of higherfree energy (see Figure 10). Current tMD simulationscannot be used to determine precisely the free energybarrier, but a rough estimate of 2 kcal/mol (A!B) and1 kcal/mol (B!A) can be derived from the PMF curvein Figure 10. Clearly, the shape of the free-energy profileassociated with the A$B transition is strongly dependenton the solvent, the barrier-less A!B transition foundin water is changed to a barrier-limited B!A transitionin 85:15 ethanol/water. The apparent discrepancy betweenMD simulations (in water) and experimental studies

(in high ethanol concentration) of the B$A transitioncan then be easily understood, and illustrates thatcaution is always necessary when MD simulation resultsare interpreted in the light of experimental measuresperformed under different conditions.

Analysis of geometrical variation along the tMDsimulation pathway allows us to define boundaries forintegration of the PMF curve. Thus, the pure A-form isobtained just in a narrow valley (4 A�RMSd(�)� 3.3 A),an intermediate distorted A-conformation is obtained inthe region: 3.3 A�RMSd(�)� 2.0 A. Finally, a canonicalB-form is defined in the region: 2.0 A�RMSd(�). Notethat these partitions agree well with the position-ing of maxima and minima in the PMF curve (seeFigure 10). Using these definitions, we conclude thatin 85:15 ethanol/water the A-form (considering bothcanonical and distorted species) is 0.8 kcal/mol morestable than the B-one, while the distortion of the canonicalA-form is disfavored by only 0.4 kcal/mol.

Figure 8. TOP: Average variation along the time of the RMSds (fromA and B canonical structures, in A) of 10 unbiased trajectories startingfrom B-form in 85:15 ethanol/water mixture. Standard deviations areshown. MIDDLE: average variations in d and number of sugars inNorth conformation for the same trajectories. BOTTOM: variations ofthe average minor groove width (mGw) and Zp.

3336 Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 10

Page 184: acidos nucleicos

In summary, tMD simulations show that the presenceof large amounts of ethanol produces a dramaticchange in the A/B conformational equilibrium, in goodagreement with experimental data (see Introduction).The A-form, which is negligibly populated (ratioB/A¼ 109) in water, is the favored conformer in 85%ethanol (ratio B/A¼ 0.2). Clearly, as discussed elsewhere,the differential screening of water and ethanol/waterexplains this dramatic solvent effect (19–21,56).However, the important point to emphasize here is thatdespite the different and numerous sources of errors,force-field simulations coupled to tMD and WHAMare able to reproduce a dramatic solvent-inducedconformational transition.

ACKNOWLEDGEMENT

This work was supported by the Spanish Ministry ofEducation and Science (BIO2006-01602), Fundacion LaCaixa and the Barcelona Supercomputer Center(Computational Biology Program). AN and AP arefellows of the Spanish and Catalan Ministries of Science.Funding to pay the Open Access publication charge wasprovided by Institut de Recerca Biomedica.

Conflict of interest statement. None declared.

REFERENCES

1. Saenger,W. (1984) Principles of nucleic acid structure.Springer-Verlag, New York, p.556.

2. Bloomfield,V.A., Crothers,D.M. and Tinoco,I. (2000) Nucleic acids:structures, properties, and functions. University Science Books,Sausalito, Calif., p. 794, [15] of plates.

3. Ghosh,A. and Bansal,M. (2003) A glossary of DNA structures fromA to Z. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr., 59, 620–626.

4. Orozco,M., Perez,A., Noy,A. and Luque,F.J. (2003) Theoreticalmethods for the simulation of nucleic acids. Chem. Soc. Rev., 32,350–364.

5. Ohyama,T. (2005) DNA conformation and transcription. LandesBioscience, Springer Science Business Media, Georgetown, Tex,New York, NY, p.211.

6. Olson,W.K., Gorin,A.A., Lu,X.J., Hock,L.M. and Zhurkin,V.B.(1998) DNA sequence-dependent deformability deduced fromprotein-DNA crystal complexes. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A, 95,11163–11168.

7. Noy,A., Perez,A., Lankas,F., Luque,F.J. and Orozco,M. (2004)Relative flexibility of DNA and RNA: a molecular dynamics study.J. Mol. Biol., 343, 627–638.

8. Perez,A., Noy,A., Lankas,F., Luque,F.J. and Orozco,M. (2004)The relative flexibility of B-DNA and A-RNA duplexes: databaseanalysis. Nucleic Acids Res., 32, 6144–6151.

9. Watson,J.D. and Crick,F.H. (1953) Molecular structure of nucleicacids; a structure for deoxyribose nucleic acid. Nature, 171,737–738.

10. Wilkins,M.H., Stokes,A.R. and Wilson,H.R. (1953) Molecularstructure of deoxypentose nucleic acids. Nature, 171, 738–740.

11. Klug,A. (2004) The discovery of the DNA double helix. J. Mol.Biol., 335, 3–26.

12. Franklin,R.E. and Gosling,R.G. (1953) Evidence for 2-chain helixin crystalline structure of sodium deoxyribonucleate. Nature, 172,156–157.

13. Jones,S., van Heyningen,P., Berman,H.M. and Thornton,J.M.(1999) Protein-DNA interactions: a structural analysis. J. Mol.Biol., 287, 877–896.

14. Lu,X.J., Shakked,Z. and Olson,W.K. (2000) A-form conforma-tional motifs in ligand-bound DNA structures. J. Mol. Biol., 300,819–840.

15. Cheetham,G.M. and Steitz,T.A. (1999) Structure of a transcribingT7 RNA polymerase initiation complex. Science, 286, 2305–2309.

16. Ng,H.L., Kopka,M.L. and Dickerson,R.E. (2000) The structure ofa stable intermediate in the A5–4B DNA helix transition. Proc.Natl. Acad. Sci. U.S.A., 97, 2035–2039.

17. Ivanov,V.I., Minchenkova,L.E., Minyat,E.E., Frank-Kamenetskii,M.D. and Schyolkina,A.K. (1974) The B toA transition of DNA in solution. J. Mol. Biol., 87, 817–833.

18. Basham,B., Schroth,G.P. and Ho,P.S. (1995) An A-DNA tripletcode: thermodynamic rules for predicting A- and B-DNA. Proc.Natl. Acad. Sci. U.S.A., 92, 6464–6468.

19. Srinivasan,J., Cheatham,T.E., Cieplak,P., Kollman,P.A. andCase,D.A. (1998) Continuum solvent studies of the stability ofDNA, RNA, and phosphoramidate-DNA helices. J. Am. Chem.Soc., 120, 9401–9409.

20. Cheatham,T.E., Crowley,M.F., Fox,T. and Kollman,P.A. (1997)A molecular level picture of the stabilization of A-DNA in mixedethanol-water solutions. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 94,9626–9630.

Figure 9. Variation of TOP: RMSds (from A in red and B in blue);MIDDLE: d angle; BOTTOM: Zp (pink) and mGW (black); obtainedin targeted MD trajectories in 85:15 ethanol/water mixture usingReference set 1.

Figure 10. Potential of mean force (PMF) obtained fromtMD–WHAM calculations of the A!B transition in a mixture ofethanol (85%) and water (15%).

Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 10 3337

Page 185: acidos nucleicos

21. McConnell,K.J. and Beveridge,D.L. (2000) DNA structure: what’sin charge? J. Mol. Biol., 304, 803–820.

22. Sprous,D., Young,M.A. and Beveridge,D.L. (1998) Moleculardynamics studies of the conformational preferences of a DNAdouble helix in water and an ethanol/water mixture: theoreticalconsiderations of the A double left right arrow B transition. J. Phy.Chem. B., 102, 4658–4667.

23. Cheatham,T.E. and Kollman,P.A. (1996) Observation of theA-DNA to B-DNA transition during unrestrained moleculardynamics in aqueous solution. J. Mol. Biol., 259, 434–444.

24. Soliva,R., Luque,F.J., Alhambra,C. and Orozco,M. (1999) Role ofsugar re-puckering in the transition of A and B forms of DNA insolution. A molecular dynamics study. J. Biomol. Struct. Dyn., 17,89–99.

25. Banavali,N.K. and Roux,B. (2005) Free energy landscape ofA-DNA to B-DNA conversion in aqueous solution. J. Am. Chem.Soc., 127, 6866–6876.

26. Foloppe,N. and MacKerell,A.D. (2000) All-atom empirical forcefield for nucleic acids: I. Parameter optimization based on smallmolecule and condensed phase macromolecular target data.J. Com. Chem., 21, 86–104.

27. MacKerell,A.D. and Banavali,N.K. (2000) All-atom empirical forcefield for nucleic acids: II. Application to molecular dynamicssimulations of DNA and RNA in solution. J. Com. Chem., 21,105–120.

28. Pastor,N. (2005) The B- to A-DNA transition and the reorgani-zation of solvent at the DNA surface. Biophys. J., 88, 3262–3275.

29. Schlitter,J., Engels,M., Kruger,P., Jacoby,E. and Wollmer,A.(1993) Targeted molecular-dynamics simulation of conformationalchange—application to the T[–]R transition in insulin. Mol. Sim.,10, 291–297.

30. Schlitter,J., Engels,M. and Kruger,P. (1990) Targeted moleculardynamics: a new approach for searching pathways of conforma-tional transitions. J. Mol. Graph., 12, 84–90.

31. Ma,J. and Karplus,M. (1997) Molecular switch in signal trans-duction: reaction paths of the conformational changes in ras p21.Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 94, 11905–11910.

32. Kumar,S., Rosenberg,J.M., Bouzida,D., Swendsen,R.H. andKollman,P.A. (1995) Multidimensional free-energy calculationsusing the weighted histogram analysis method. J. Com. Chem., 16,1339–1350.

33. Dickerson,R.E. and Ng,H.L. (2001) DNA structure from A to B.Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 98, 6986–6988.

34. Beveridge,D.L. and Ravishanker,G. (1994) Molecular-dynamicsstudies of DNA. Curr. Opin. Struct. Biol., 4, 246–255.

35. Auffinger,P. and Westhof,E. (1998) Simulations of themolecular dynamics of nucleic acids. Curr. Opin. Struct. Biol., 8,227–236.

36. Cheatham,T.E. and Kollman,P.A. (2000) Molecular dynamicssimulation of nucleic acids. Annu. Rev. Phys. Chem., 51, 435–471.

37. Cheatham,T.E. and Young,M.A. (2000) Molecular dynamicssimulation of nucleic acids: successes, limitations, and promise.Biopolymers, 56, 232–256.

38. Gelpi,J.L., Kalko,S.G., Barril,X., Cirera,J., de la Cruz,X.,Luque,F.J. and Orozco,M. (2001) Classical molecular interactionpotentials: improved setup procedure in molecular dynamicssimulations of proteins. Proteins, 45, 428–437.

39. Shields,G.C., Laughton,C.A. and Orozco,M. (1997) Moleculardynamics simulations of the d(T center dot A center dot T) triplehelix. J. Am. Chem. Soc., 119, 7463–7469.

40. Soliva,R., Laughton,C.A., Luque,F.J. and Orozco,M. (1998)Molecular dynamics simulations in aqueous solution of triplehelices containing d(G center dot C center dot C) trios. J. Am.Chem. Soc., 120, 11226–11233.

41. Shields,G.C., Laughton,C.A. and Orozco,M. (1998) Moleculardynamics simulation of a PNA center dot DNA center dot PNAtriple helix in aqueous solution. J. Am. Chem. Soc., 120, 5895–5904.

42. Perez,A., Blas,J.R., Rueda,M., Lopez-Bes,J.M., de la Cruz,X. andOrozco,M. (2005) Exploring the essential dynamics of B-DNA.J. Chem. Theor. Comp., 1, 790–800.

43. Sherer,E.C., Harris,S.A., Soliva,R., Orozco,M. and Laughton,C.A.(1999) Molecular dynamics studies of DNA A-tract structure andflexibility. J. Am. Chem. Soc., 121, 5981–5991.

44. Jorgensen,W.L. (2000) BOSS 3.4 computer program.45. Case,D.A., Darden,T.E., Cheatham,T.E., Simmerling,C.L.,

Wang,J., Duke,R.E., Luo,R., Merz,K.M., Wang,B. et al. (2004)AMBER8. University of California, San Francisco.

46. Darden,T., York,D. and Pedersen,L. (1993) Particle Mesh Ewald—an N.Log(N) method for Ewald sums in large systems. J. Chem.Phys., 98, 10089–10092.

47. Cornell,W.D., Cieplak,P., Bayly,C.I., Gould,I.R., Merz,K.M.,Ferguson,D.M., Spellmeyer,D.C., Fox,T., Caldwell,J.W. andKollman,P.A. (1995) A 2nd generation force-field for the simula-tion of proteins, nucleic-acids, and organic-molecules. J. Am.Chem. Soc., 117, 5179–5197.

48. Cheatham,T.E., Cieplak,P. and Kollman,P.A. (1999) A modifiedversion of the Cornell et al. force field with improved sugar puckerphases and helical repeat. J. Biomol. Struct. Dynam., 16, 845–862.

49. Jorgensen,W.L., Chandrasekhar,J., Madura,J.D., Impey,R.W. andKlein,M.L. (1983) Comparison of simple potential functions forsimulating liquid water. J. Chem. Phys., 79, 926–935.

50. Kaminski,G.A., Friesner,R.A., Tirado-Rives,J. and Jorgensen,W.L.(2001) Evaluation and reparametrization of the OPLS-AA forcefield for proteins via comparison with accurate quantum chemicalcalculations on peptides. J. Phys. Chem. B., 105, 6474–6487.

51. Ryckaert,J.P., Ciccotti,G. and Berendsen,H.J.C. (1977) Numerical-integration of Cartesian equations of motion of a system withconstraints—molecular-dynamics of N-alkanes. J. Comp. Phys., 23,327–341.

52. Lu,X.J. and Olson,W.K. (2003) 3DNA: a software package for theanalysis, rebuilding and visualization of three-dimensional nucleicacid structures. Nucleic Acids Res., 31, 5108–5121.

53. Tolstorukov,M.Y., Ivanov,V.I., Malenkov,G.G., Jernigan,R. andZhurkin,V.B. (2001) Sequence dependent B$A transitions in DNAevaluated with dimeric and trimeric scales. Biophys. J., 81,3409–3421.

54. Jose,D. and Porschke,D. (2004) Dynamics of the B-A transition ofDNA double helices. Nucleic Acids Res., 32, 2251–2258.

55. Jose,D. and Porschke,D. (2005) The dynamics of the B-Atransition of natural DNA double helices. J. Am. Chem. Soc., 127,16120–16128.

56. Jayaram,B., Sprous,D., Young,M.A. and Beveridge,D.L. (1998)Free energy analysis of the conformational preferences of A and Bforms of DNA in solution. J. Am. Chem. Soc., 120, 10629–10633.

3338 Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 10

Page 186: acidos nucleicos

#J00 �<�,*%-.�<%*�- % �

���� �#�%��2���������?�% +$��&!���L?������������������3� �N`�� %% &/��?�$���� �'��`� � %% &/��'1�$� U�� L��BN� ��� 8J� L3���BN`� �3������ �� ���'����� &�����4������������ ��������� ��'���?����������-5��

Page 187: acidos nucleicos

���� �#�/��2���������?�% +$��&!���L?������������������3� �N`�� %% &/��?�$���� �'��`� � %% &/��'1�$� U�� L��BN� ��� 8J� L3���BN`� �3������ �� ���'����� &�����4������������ ��������� ��'���?����������D5���

�� ���� �#�5�2�����������'��1�������?��1���&!���L?��������������������� �� ���9���kN��?��� 3���������4�����)�������'�?����/?�����GE$;E���1���!�������*� ��5��

Page 188: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;>G�/�

Page 189: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;>I�/�

E5���!#�!�<���

Page 190: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;G.�/�

Page 191: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;G;�/�

8����� �"���)�0(� �1��" �$� $ #�!�$�""� ��$��<�$G!�$��" �

%+,�&�%-,��

8�����<� �1!�H��

�������� �����������)��������? ������������������������� ���9����3�����������

? ������ ��������� ��?���������5� &������� ��� ���� ��� �������3��� ��� �������� )�

�������������?�����,�'������9��������������\�� ��������3��������? �����9�����

���� ���������� ���� �������� ��� �*�����,� ��� � '�� L����� )� ����N� �� ��� ��' ����,� ��� ���

�*�����,� '����� L����� )� ��3�2���N9� � 7 �� ����3������ �*����� H�� ? ������ ����

���� 3����L;GIN5��

������������ ���?�������������������� ��9�������?��������7 ���������������)��������

�������� ��7 �\��9� �?������� [������� �� ��� ��������� ��� � '� ��� ������ )� � '� ���

1����*���5����������?����������������� ������ �� ������ ��������?������� �������������

��� ����3���1��������,����L?���������������)�����������N9�7 ��������������������

������ ���� ���������' ����3������� ���5�����3�����9�������� �� ��������� ?������������

������*����������������?������������������7 ������������' ����2�����������������������

�3������������H������ �������9������������������������7 ����' ����2������������

��� ���� ?��2���� � ��3��� ��?��������� 1����� ��� ?�����5� +��� ��� ����9� ��� ��2��3���

������ 7 ���������� ��������������� 3������� �� ��� ���� �� ��� ��� ���� ������������

��� ������ ������������ ��� ����3���� ��?�������� �� ��� ��?���3������� ����� �3��� H������

�������5� ������ ��?��*����� ��� 1�� �������� �� ��� ����� ��� ?��*�3������� ��������� ���� ���� )�

���9� ����� ��������� 1����� 7 �� � ��� ��� ��� ��� � ���� ����2��� ����� ������� �����

��?����������5�

����������9������ ����������?�����������7 ������������H��?��*�3���7 ��������9������

����� �?�����,� '������ ��� 3���� �� ������ �*����������� ���������5� ���9� �*���������

�������?��������������������,��������������;�1������� ����������E.�����������)����

G.� � ����� ���� L;;9;-N9� � 7 �� ������ ������ ����� � ��'�� ��� ������ ������� �� �����

��?������5� +��� ����� �����9� ��� ��?�����,� ��� ?�3���� 1�� ���������� 7 �� ��� ?������ �� ��������

�������������������� �� ����L�9�#9���)�%N���'[���������������)���� ����9��������7 �����

Page 192: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;G-�/�

?������ �� ��� �1�� H�� 1��'���� L;G-N5� ������9� �*��������� ��� �&�� ����� ���

��' �� ���� ������������ 6� L;I.9;I;N� � '����� 7 �� ��� ���� ��� H�� ?��*�3��� 7 �� ��� ���9�

� 7 ����3�����������7 �������������������������������������3�������������������������5�

�������9������?�����,��������������1��� ������������������������������������������������2���

�� ��������� ������� ����������� L;I-N9� ������ ����H�� ����3��� 7 �� ��������� ������������

�������������������������������L;G09;IDN��� 7 ���*���������H�����������1����������

�� �' ��� �����3������� ����� ��� ���� L;I09;IEN5� ���H�9� � �H������ �������� ��� ������

��������'�H?����� ���� E���������� ���3� L+��N� ����4�� � ���� ��3��� ���� �?�����,9� � ��� ��

�*�������?����������'�?������������������?����������������)����[�������'� ����������������

������3���H������ ��������L;IFN5�

��� ��� ���� ��� ��� ?��*�3������� ���� ���� )� ���� 1�� ����� ��� �34������ ��� ������'�������

��,������ �������5� !�� ����,� 7 �� ��� ���� ��� H�� ?��*�3��� 7 �� ��� ���� ��3���� �� � �)���

[�����������������������������������7 �������2[���/?��?���9���' ������7 �������������

��3���� ��� ��?������ [���� ��� �' ��� ���� �� ������ L;I-N5� ���9� ��� ���� ����� H�� �' ���

���������9� 7 �� ���H�� ?���� � ����� ����� ���� H����� ��� ���� ��������� ����� ���

�������������9����7 ����� ���������?��*�3�������'��3������������� ���L;I-9;I>N5�����3�����9�

���������2������?�������������3������� ��������������2����������������3��� ������������

���3����9�����3����,�7 ��������������,������3����� �1��H��?��� �����������L;IGN9����

� ������������ ����������������,��� �����)�������������7 ������������H��?��*�3���7 �����

���5�

����� �9���������������?�����������������9������ ��7 ������������H��?��*�3���7 �����

���5�����3�����9����������?��*�3���������� �����3�' ��� ���������?������������ ����

��� �����4��� ���� ���� H������ �������9� � ��� ����� �� ���� �� ��� '������ ��� ��3������

����������������������������,�����5��

8�����0$��" � �!6��

����������3�4��L���������05;N����1��������������������2���)�������3��������������� ������

������� ��� ?��*�3������� �����2���� ���� �� �������� ��� �&� ��� ;.� �� �� ������� ��� ����

���� �� ������,�������������� ��������������H����������B�����L��N�)���������������

Page 193: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;GD�/�

? ��2��� �&���/���II5� �� �������9� ��� 1�� ����2���� ��?������� ������������� '��3�����

�������������������� ����� ���� ���� �� ������,����5����H�9� ���1�� �������� ��� ?��*�3�������

������ ������� �H�� ���� ��� �������� ��?�' �������9� 4 ������ ��� �H������ ��� ��H����

�������9�7 �����������������������������3������������������������������������3������

���������'��3����5�+�����3����� ������,� �� ��������������,����?��*�3�����������3���

���� ���9� ��� 1�� ��� ������ ��� ��?���3������� ��������� �� ���� ���H������ 1�����������5�

�������9� ��� 1�� ������'���� ��� ������ ��� ���� �' ��� ���� �� ������ )� ��� ���� ����� ��3��� ���

��?�����������������������������H������ �������5�

8�����+��!���H��" �$���� ��$ "���(���!�($ ��

��� �H������ ��� ���� ������������� '��3����� �� ��� �� ���� ����� ������ ��3��� ��� ?��*�3�������

�������������3������� ���5�����&!������������������'������������)��������)�� ���������,�

���H���� �� ������,� �� ��� ���� �� ��� �������� ��� � ��� ������ �7 �������� �� ���� ���� ������

L��3��� ;N5� !�������� ��� ��������� #;O/#;O9� ��� ���� ���������)��� �����3������� �������9�

� 7 �����H������������������� ����9��������7 ������������������)�������3�������

��������,���� �����������������������'���������� ����,9��������3����)����������,���

������,� �� ���� ��������� ������ L?�' ��� ;N5� �������9� ��� ��1 ��� ���� � ���� ���� ��������

�)���?� �� ���,������������9��������7 �������1 �������� �����)���?� ��[��H����������

����L?�' ���-N5�

���

��

Page 194: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;G0�/�

��' ���-5�������3 ������L�4 ���������'� ������������2����N���������1 ���L��kN������ ��������L����3�N�

)��)���L�3�4�N�����������)�������������&��������)�����L���������05;N�

��������������������L�*�������������������?����9� ?∞ N���� �;;o��)������������7 ��

��������5���� �3�����9� ��� ����������� �,��� ���� ;.� �������� ��������� ����������9� ���

��?�������������3������� ���������� ������;o9�)�������������,�������D����������������

��� �0o�H��?��*�3���7 ��������5�+�������9����� �������� ���7 ������������H��?��*�3���

'������� �� �� ���� �� ������������ ��?���3���9� �� ����� 7 �� ��� ?��*�3������� ���� ����

������ �� � ��7 �\�� [���� ��� ��������� )� ��?���3���� L��3��� -N5� ��� ����2��� ���

�����3 ��,��������������������7 �������2[���/?��?����)��������3���������'�����9�����3������

7 ������������������������������������?���������������������H������ �������5����H�9����

�����,� ��� �������� ��� ���� ������� ��� ����*��� ���3������ ��� ������ '��3��� ��� ������� ��9�

��?��H���������������������������������������������������3�����)���7 �����5���������

����9��������������7 ������������H����H������7 �����������3����������)�����������

��������������������������7 �����5�

�� �I JF���K� �I J�K� �I�K� �I�GK�

9���������L����������� -5..F>� -5;0L.5.EN� .5.D-G� .5.IGG�

����� ;5G--G� ;5I.L.5.DN� .5.D0-� .5.I>F�

� ���.��������� .5GI0F� .5I;L.5.;N� .5.-GF� .5.G0I�

���� .5GGID� .5I;L.5.-N� .5.D..� .5.GF.�

9�� �������� ;5D0-0� ;50DL.5.>N� .5.D-.� .5.IF-�

���� ;5;0-I� ;5;GL.5.DN� .5.DDD� .5.I00�

%�3���-5������������������ ������LB���!��KN����� ���������������������!�1������5�!��1�������������������

�����������������������9������������������)����2���������)�����*���������,����������?������

L���������05;N5�

������H�����������H���������������1������ ������������������������� �� ����������

����;.���������E..�����������������������5�!����������� �����,�������;.��������9����

��� )�� ���� � 3��������� �������� ���� �7 ������ ��������� H�� '��3����5� �� ��3��9� ���

Page 195: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;GE�/�

��������������E..��������9����������������� �1��H�������������� )�� �'���[����

�����7 �\��� ����������� �������5���������������� � �������� �� ���;.�����������������

H��3�4���7 �������������9��������7 �����������������������E..�����9����� ���������7 ��

����������� ��)���[�����������������������3����������������?��*�3��������������9�

��?��4������������)��������4�������H�����������������������������������L��3���DN5��

��M��6�� N%-, %+,� N%-, %-,� N%+, %+,� O%-, %+,�

;.� .5EF0� .5GF.� .5>I0� .5FG-�

E..� .5>00� .5G>D� .5G>G� .5GE.�

%�3���D5�:��������������� ���3��� ����LPN�)�����������L�N�������������������������������������)�����

L���������05;N5�

��� �H�� ��� ��� ���� ��������� ��� ������������ ����� ������������� ���������� ��?���� ���

�)��� �����4�������H�����������5��� ��� ?�' ���0� ����3������7 �� ��������������� ����

���������H�� 3�4��� ����� ���� D� ������������9�������� 7 �� �� ��� 0l����� ���� ������ ���

�� 2�9� ������ �������H�� ��?���3��� �� ������� ��� ����� � ��5� �� ����� ����9� ��� � ����

�?�����7 �����������������H����?������������� ����������������9�������7 ���������

������� � ����,� ��� ������������ H�� ��'������9� ����� ��� ��H���� ��������� ����

����������������������� ����������������5�

��

��' ���05�#�����������? ��2��L�����!��KN��������������������������������������������L�2 �N�)�����

L��4�N��L������7 �����?�' ���0��������������05;�������� �����������'�H?���$�����4������������7 �� ��������������

�?���������;.�L���������05-NN5�

������ ������ ���������9� ��� ��H���� �������� ��� 1�3��� ����2���� ����� ������� ���

��� ������ ��� ���� '������ ��� ��3������ 7 �� ���?���� ��� �������� ��?��������� ��� ����

Page 196: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;GF�/�

3������ ���5� ��� ����� ����9� ��� ��?��� ��� � 3�������� �������� ����� ��� ������ �����

�*������ ��� �)��� ������ ��� ��� �����3������� LDD9>F/G.N5� ��� �3�����9� �� ����� ��� ���� ���1��

�H����������������1������1��������������������3����������,����?��*�3������9�����������

����������3�������������,������������3��������������������������?����3�����'���������3���

4��H�7 ���5�+����������9�����������3�4����� ������'� ��9��������H���������1��������������

��� ��������������� �� �����*����������������������������+���L;IFN9������������� �������

�� �������������������,�7 ����������������7 �5�

+���� �3����� �� ����,� �� ������ ���� ����,� ��� ?��*�3������� ��� �3������� ���9� ��� 1��

���� ����� ���� ��������� ��H������� ���������� �� ���� ��?��������� ��������� �� ���� ���H������

1������������ '��3����� )� �������5� ���� ��� ������� ������ ��� ����� ����������� ��� �3���

���� ����)9�������� ����9���������4��������������� ���?���3������5�����������������

������������ '��3����� ������ 7 �� ��� �Z��� �� ���� ��� H�� ?��*�3��� 7 �� �� ���9� ��� ����� ���

������� �� �3������� ���9� )� 7 �� ������� ���H�� ?��*�3��� 7 �� ������� �� � ���� �� ���� )�

�����1�L��3���0N5�������������������������������������������������9�������������3���;I.o9�

>Eo9�DEo�)�;-o�H����'����7 ���������������Z����������17��)���9��������������5�+������

��������9� ��� ���� ��� H�� ��'���� 7 �� ��� ���� �� ������� ��� ����� )� ���� �� ;.o� )� -.o�

�������������5� # ���� ��� ����� �� � ���� ���� ������� �� 2����9� ���� �������� ������

��3���L��3����E�)�FN9�� ����������2�����������2������H���'�?�������������������������

���'���5��

�H��.��� ����� ����� ����� ���� �� � �

���� .5..0D��� .5..EI� .5..EF� ;5E.� � �

���� .5..D.� .5..EG� .5.;-I� .5G.� � �

������ ����� ����� ����� ����� ����� ����

���� .5.D;� .5.;F� .5.;F� ;5.I0� ;5EF0� E5;>0�

���� .5.-G� .5.;D� .5.0F� ;50G0� -5>.I� E5G;0�

%�3���0�)�E5�#����������H�����������������������H������1������������'��3�����)���������L����������' ��������

B�������'����-�)��������������������������B�������k-N�L���������05;N5�

�� ������� '�������9� ��� ���� ������ �� ���� � ����� H�� ��H������ �� ���� ���H������

'��3����9�������� 7 �� ������� ��� ���H�� ����� ���� ���H������ �������5� +���� ��?����� �����

��� �����9��������� �3��������2����������H������1������������������������'��]�������� ± �

Page 197: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;G>�/�

-i� ��������,� ���H���^� ��� ��� �����,� ��� ���� ��� ��� ������������ ���� ���5� ��� ���'���

��H������ ��������� ���� ��?��������� '�������� ��� ���������H�� ������������� ������9� ��

�����7 ����1�)���?�����������������������'���'��3���L?�' ���EN5�����3�����9�7 ����������

7 �� ��� �������� '������ ��� ?��*�3������� ����� ����� ������� )� 7 �� 1�)� 7 �� ���������� ��

� ��7 ���� ����� ��� ���H����� 1���������� �� � ����,5� ���9� ���� �4����9� ��� ���� ��� H��

��?���3��� ��'[���� �Z��� � 7 ������� ����'��3��9��������7 ������������H����?���3���

��'[��������9�� 7 ����������������5��

����

��

��' ���E5����'�����H������L��B������N��������������������������������������H������1������������'��3�����)�

�������5�#�����?�������� �������� ���9��������������������������������������;..���?�' ��������L���������

05;N5�

���� ��?������� ������������ ��� 1��������,� �� ��������,� ��� ����� �� �3������� ���� 1��

����������2,������������?�������� ������������*�������������?������������������?��*�3�������

L;I-9;I>N5� ���H�9� ������� ��� ������� ������ 7 �� ���� ��?�������� ������ �� ��� ��7 ������

�2[���/?��?����)�7 ���������1�)����������������� �������������������7 ������)��������

3����5� ����� � '����� 7 �� ��� �������� ��� �� ��������,� �� ����������� �� ������� ���

?��*�3������9��������7 ���������������������������H��������3������� ����������������5�+���

��� ����9� ��� ������ ����������� ���� �������� ��3�� ���� ������ ����� ���?����� � �� ������������ ���

�����������5��

Page 198: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;GG�/�

���������������������,�������������� ������������������������� ����L?�' ���FN5�

������ �����������������*����� ��)���[��������' ������� �� �����9������3��������

������������1��������,�������������*��������������?�����,������)�����L;;FN5����[����

����' ���������������������������������1��������,������������;.50����� ���,����9��������

7 ��������������;-5G9�� ����������3 ��������1����?����������'� ���1����*�����������������

��7 �������2[���/?��?������������L��3���>N5�#�3��������7 �����1��������������������������

�3���������������������������������'�H?�����L;;FN�)������ �������,��������������L;I-9;I>N5����

����2��� ���� ���������� ����������H*������� �����' ��9� ����� � �������� ����H�� ���'���

����������� ��� ���9� ������� 7 �� �� ��� � ���� �)��� ��� ����� ��� ���9� ��� 3��� �� ���

�3������ ��?�������� ��'�?��������� ����� �3��� H������ �������� �� � �H������ ���������� ��

����������������H����L��3���GN5�

� ���� $ �� #��!��� ���� #��!������� #��!���������� *� $����� ;.50� F5E� G50� ;05I� -E5D����� ;-5G� F5;� I5D� ;E50� -G5-�

%�3���>5��[��������' �����������������2�������������������3������������)����5�!�������������������� ��������*�'��������' �����H����������D5E�k�����1�����H������� ����,�L���������05;N�

9�� ���� � !� �"!� �#!� �$%� � %� �&!�

���� /� F;>� ->.� E;G�''(� 0;.��)(� -FF�

���� -00� ;>;� ;;D� -D0�*��� E;.�'++� DGG�

? ��������� ,�� � -�.#� -�. � * /�� � 0�.#� �

���� F..��@�� 0DG� ED0� E-;� E>;� �

���� -..��*�� ;0E� -00� -0E� ;>E� �

? ���������� ,�."� -��D� -�.@� * /��"� 0�.D� 0�.@�

���� -I>� ED>� DE-����� 0.-��@�� EFD� EEG���@�

���� DD-� E0� 0FE�FEE� D>0���)� 00-� E..��++'�

%�3���G5�%�������������������H*����L����N���������� ��������' ��)���������L��H����N� �������'� �������������������)�����L���������05;N5�

� ������ ���� ��,� ��� 7 �� �� 1�)� �� ���������,� �3���� ����� ��� [���� ��� �' ���

���� �� ������)�� ����������������������������'��������?��*�3������5����1��1�9� ��H������

�������������������������������������� ���������������� ��,5����1��1�9������������

Page 199: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;GI�/�

���� �����9� ����������� ��� [���� ��� �' ����������� )� � �� ������� ��� ���������� ���

��������)�������������� ����H��?��*�3��$��������������)�����)���������L��3���>9�G�

)�?�' ���-N5�� 7 ����������������������2����� ��������H�����'��9�������� �������� '�����

7 �� �3��� ���� ���� ����� �� ���������� �������� ��� ��������� ��1� )� �' ��5� ��� �����

����9� ��� �������� ��� � ���� ����'��2��� �H�������� ������� ��� ���� �����������

��?����������9� )�� 7 �� ������ ��� � ?���������� �����5� +��� ����9� ��� ������� 7 �� ���

�������������������������������'����������'��2���,������������)�����'���25�

&2$2"�,��!$���3��

���� ��� ������� ������7 �� ��� ����,���� ?��*�3���������� �����[���*����������)��������

�������������4����3���������������[�������'�����������3�����9�7 ������� ��� �������

����������9� ��� 3��� �*����� �� ��?���3������� ��?�������� ���������� ��� ��� �����3��� ��

� ����,5�����[���*�����������'��3������H��?��*�3���7 ��������������3��������� ���� ��

������������ ���3������ ��?���3���� ���� ��7 �����5���� �3�����9� �� �������������

'��3����9����������3����������������� ��9�����������������)���?��*�3������5�������9�

���������H������1�������������������9�����������H����?���3������������Z��4�����)��17�9�

��'�������H����?���3����������9�)���'�������H����'��������������)����5�+������������9�

���������H������'��3����9�����������H����H���������������)������19������H����'���������

�Z��5�������� ��,������������9�� ��9�7 ���������������������� ����������1������� ����2������

����3��� ?��*�3������� �� ������� �3��� ���� ����� �������� ��� �����4��� ���� ���� H������

�������5�

Page 200: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;I.�/�

&2 ��� ��! ��9�%��5� "" ��" �- !���!��� � ����6$ 7���$�""�

" $�89���"��0:.;0-.��

&2 2$�<� �=!�3��

����[���*�1�����'�������X�������?����������������� ��������������������� ��������

������������,9��������������,�)�������������������,5�������������������?�������7 ����9�

������������)��������*�������������������9�����������������������?��'��������

B�2�B�5����H�9�������� �������������������A9��2���������������������������������9�7 ��

��� �������?������� ��� ����������7 ����� ���� ��� ��� ��3��� �����[���*���� �����������)�

���5��

�����������������?�����,9���������?�3��������������������9�1�����������������[���*�

1�3����� ��?�����9���������������2[����������?�����,�������L;II/-.0N5�!���3��'�9�

���� �������� ��� #�� )� �&�� � '����� �� ���� �� ��� ��������� ���9� ��� �1���

����������������������9���������������������������� �����7 �����1����������������?������

��3�������� ������! ������������������L;E-/;E09-.E/-.IN5�����������������������1�������

��?������� ���� ��������� ��� ����� ��,������ L;FD9;FE9;I-N9� ���� ���� ���� �� ���� �� ���

�������������������4��������A$���X����L;EGN5�#���������9������1 ����������������

� ��������������[���*�1�3�����1�������� '����������������������*����������������?�������

��� ���������A� L;E-9;E09;EGN9� � 7 ����������� ���� �� ����7 ����� � ������3���� ��������A�

1�� ��?��4���� ������������ ��������� �� ����� � ���� L;DE9;DFN� � '������� 7 �� �*����� ������

?��������������*�������� ����������5�

�������� ����L���������05-N9�� ��9������' �������?������������������������������������)�

?��*�3������������[���*����X���9������H��������������������1������������������)�

���9� ��� ��� ?�� ��� �����' ��� 7 �� ?�������9� ������� ��� ��� ���� �� ��� �������9� �*������ ���

������?�������������������A5��

&2 2 �%$��" � ��>��

Page 201: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;I;�/�

!��1���� ��������)������������������ �����������9� ������������� �� ������������N����

���� �� ��������?�����,������������;����L-.-N9�)���N�������� �� ��������?�����,����?�3����L-;.N5�

!��1����� ������ ��� �����'���������3��� ���)��������9� )�������������� ���1������2���� ���

������3 ��,�����������H������1������������)��������H' �����������9�������������������������

������������������� ���5�%�3������1��������'�����������,����?��*�3������������[���*�

1�3��������������H���� �������9� ���� ���� ��� ������������ ����������� ��� �������H������

1�����������5����1��� ��� �������1������� ������������������� ?������3����� ���*�������,�

�����������������������������?�������������������A5�

&2 2#�:��!���3��" �$���� ��$ "���5���!�5$ ��

�3������)�������������2����� ����?�����,��������)����������;��������������

�� �������,� 1����� �� ���� �� ��� ��������� ���9� H�� ������ ��� �� 7 �� ��� �9� ����� ���

�*�����������'�,���?�' ������������������������ �� �������&��;��!�L-.IN�L?�' ���;N5����9�

� ��9� ���� �� �������� ���H� ������������ ��� �� ����� ��� ���� ���� �� ���� ��� �&�9�

�����H��������������� ���������������'�H?����5�

��' ���;5��&!��L��kN�����3������)�������������1�3����9����;����L����3�N�)���?�����,����?�3����L�3�4�N��������� �� ������������9���������������?������L��4�N9��������L�2 �N�)���������������&��L;��!9��'��N��L���������05-N�

Page 202: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;I-�/�

���� ���H����� ��������� ���� ���� 1�3����� 7 ���� ������� �� ���� ���H������ 1������������

'��3�����L?�' ���DN5�������������������H�������������9��*����� ��������3 ��,���������������

����� ���� ����9� ������� 7 �� ����� ��� ���� )� �Z��� ��� H�� ��������� ��� ���9� ��� �3���������

��?����������'�?������������������������H������L?�' ���-N5��

����������� ���� H' ������������������7 �����9� ����3������ ���������������� �����������

�����[���*9�������������� ��� ��� ����2�����������L?�' ���0N5����9����� ������������

������ ��� ���� ���� 1�3����� ������ � ������������ )� ��������� �� ���� �������

������ ����� ���� �[���*� ������� L?�' ��� EN9� ���������� ��� ��?�����,� ! �9� � 7 �� ���

�������� ����3����,������ ��������?,�����������5���

��

��' ���E5�����3�$�������3 ��,������ ������L��'�����N����������������������������������������������)������������������L�2 �N9�������L��4�N���1�3�����L���������������������)����4��������������N5��3�4�$�

���� ��,������ ��������������'���������� ����,�����1�3����������' ��� ���,�����������������������

L���������05-N5��

������?���������?�' ���������������7 �����������������������������[���*��������� ��

��1 ��� ��������� ��� ���� � ����� ���� )� �)��� L?�' ��� FN9� �?������� ������� �� ����

������������ ��� �����������5� �� ��� ����� ��� ��19� ��� �,� ���?������ ��� �� �����

������3 ����������������������������������������������������� �����)��5��������'������

1��������,������� ��������������������9�1�3���������������������1��������,9��������

�������������������������L?�' ���>N5����[��������' ������� �� ��������������������

Page 203: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;ID�/�

����1�3��������������?���������������������������������������1����������9�;-5F�������

�������)�;.5E�������������5�

��

��' ���F5�������3 ���������������1 ��������� ��������)��)���L��kN�������������)���������������L�2 �N9�������L��4�N���1�3�����L�����N�L���������05-N5�

��

��

��' ���>5�����3�$���������������������,���H��������� �����������1�L�������������2�������������/D�B������N5��3�4�$�����������������,�L��������������� �������H�������������-5E�'��DN�L���������05-N5�

Page 204: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;I0�/�

��� �������� ���� �[���*� ���X���� ��� ��������� ����� ��� ��� ���� )� ��� ���� L��3��;N9�

� 7 �� ���� �������� ��� ���� ���������������� ���������� ������ � ����,� ��� ?��*�3�������

[�������������[���*�1�3����5������������������������������[���*����������)����X����

��� H�� ��?���3���9� �*�������� � �� 2������ �� ������� ��� ���� � ��9� )� ��� 1��1�� ����

�[���*��� ��� ���� )� ���X���� ��� H�� ��?���3���� 1����� ��� ������ ���� L?�' ��� GN5�

# ���� ��� ��������� ���� ������� ���� ��������9� ��� �3������ 7 �� ����� ������ ������ � �

��?���3������� ��������5����9� ���� ������� ������� )��������� 1�3����� ����� � ������ ���

;5;;�)�;5..�B������K9��������������9�7 ������������������������������������������

������������1�����������L��3���-N5������������?������������������������? �������

��� ������ ������9�������� 7 �� ��� ������ �������������� ��'�������H�� �?� ����3��9�

����������� �� ���� ����� �������� ����9� ����� ������� �������� ���,������ ��������� �� ���

������������������L?�' ���GN5�

��?��6�� 0:."�� 0-."�� 89���"�� �

%���������H����� -5;0L.5.EN� ;5I.L.5.DN� -5.FL.5.DN� �� ����3����� .5I;L.5.;N� .5I;L.5.-N� .5I;L.5.;N� �

��7 ������ ;50DL.5.>N� ;5;GL.5.DN� ;5D0L.5.0N� �8������ 0:."�� 0-."�� 0:.�"9���"�� 0-.�"9���"��

%���������H����� ;5;;L.5.EN� .5IIL.5.-N� ;5;-L.5.-N� ;5..L.5.-N�

� ����3����� .50IL.5.;N� .50GL.5.;N� .50IL.5.;N� .50GL.5.;N�

��7 ������ .5>EL.5.IN� .5F-L.5.0N� .5>EL.5.DN� .5FDL.5.DN�

%�3���;�)�-5������������������ �������*��������������������?�����LB������KN����� ���������������������!�1�������L���������05-N5�

��

��

Page 205: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;IE�/�

��' ���G5�����3�$������������������ ������LB������KN����� ���������������������!�1�������������������������������������������[���*��5��3�4�$�����������������������������������5��������2 �9�������

��4����1�3�������������L�����������������������)�������������������4�N��L���������05-N5�

������9� ���� ������� ��� ������ �� ������ 7 �� ��� ���� ��� 1�3����� ����� � ���H�����

��������9�)�7 ������H*������?�����������1��������������1����������5����������������

������� ������ ����9� ��������1�3���������������H���� ���������������������� �����[���*���

7 �����������������9�7 ����������������������������������� ������ �������������

��H���5� +���� ��� �������������� 1�3����9� ����� �?����� ��� ������� ����������� ����� ���� ;.�

��������-E.��������������L��3���DN5�!���3��'�9������������������9�������3������ ��

������ ��?������� �� ���� ;.� ������������� ��������� �� ���� ��� ���� �[���*��� ������9�������

1�3����9������������H�����������������������������[���*����������������������-E.���������

����5������ ��� ��������?���� ����)��� ������3���������� ��� ��������������1�3����� �� � �

����4�������������H��'��3����5����9�� ��9�����������������������������H�������?��4��

���� ���� ��������� �� ����2��� ��� ���� 1�3���� 7 �������� ��������� L���N��� �����������

L���N��������������������������������������������������������1���[���*��5�

�?��6�� κκκκ8@A-B: -.0� κκκκ8@A-B: :.0� κκκκ:.0 -.0� � �

;.� .5>GG� .5>--� .5FG-� � �

E..� .5I;;� .5I-;� .5GE.� � �

8������ κκκκ8@A�-.0 -.0� κκκκ8@A�-.0 :.0� κκκκ8@A�:.0 -.0� κκκκ8@A�:.0 :.0� κκκκ�8@A�-.0� 8@A�:.0�

;.� .5I.0� .5>FF� .5>>;� .5>>-� .5>FD�

-E.� .5I;I� .5GE-� .5GFF� .5IE-� .5G>G�

%�3���D5�:��������������� ������������L�N����������������;.�)�E..���������������������������������[���*���)�

����;.�)�-E.��������������L���������05-N5�

Page 206: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;IF�/�

�������,��������������������������� �������H������1����������������1�3��������[����)���

�������������������������1����������5����9����1�3����������������������'���������

���9����������������Z��9��' ������?��*�3���7 ����������������1�)�������������?��*�3�����

��������L��3���0N5����?� �� ���,�����2������������������1������������'��3�����������������'��

]�������± � -i� ��������,� ���H���^� ������ �� ���� ��?���3������� L?�' ��� ;.N5� ��

��3��� ��� ���� �3���� ��� �2��� ���� ���H������ �������9� ��� ���?��� ���'������ ��� ���������

���?������������������[���*��5��

&2 2"�,��!$���3��

!�� 1�� � '������ ���������� L;E-9;E09;EGN� 7 �� ��� ��1 ��� ��������� ���� � ���� ����

�3�������� �� ���� �� ���� �*����������� � 3)���� �� ��� ������?������� ���� �2��5� !�'[�

������� ��� ������9� �*����� � ����������� ��'�?�������� ����� ���X���� )� ��� �[���*� ���

���9����7 ������4��� ������3��������1��,�����5����H�9�����3��������������� �� �������&��

��� ���� 7 ������ � �������� ��� ��� �2��9� ��� �3������ ��?�������� �3����� �� ����

��������������� � ����������� L;DE9;DFN� L?�' ��� ;;N5����9� ��� ���� �� ��� �������� �*������

���7 ������2������ ���� �������[���*�������9������������ ?����������������������7 ��

�����[����3�������[���*�������5�

��

��' ���;;5�+�������������������,���H��������� �����������1�L�������������2�������������/D�B������N������������ �� ����7 ������� ������3���������������A�L;DE9;DFN�L���������05-N5�

Page 207: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;I>�/�

� ������ ���� ����� ��� 7 �� ��� ��������� ��?������� ����� ���X���� )� ��� �[���*� ��� ����

������������?��*�3������9�������������������� �����5�8��������� ������ �� ���'��3�����������

�9�������A�������� ������1����[���*��9�����������������5�+����������H�����9����������������

�� ������ ��� ������������ �������� ����3���� ����� ��� ������ ��� ���� ���� 1�3����9� ����� )�

��������� ����� �� ������ ��� ���9� � ������ ��?�������� ����� ��� �[���*� ��� ���� )�

���X���5�������� ����9��������������������?�������1��������������'����������������

�� ��� ���?��� ��� ?��*�3������� � ������ ������ ����� ������� ��� � ������3������� ���� 1�3�����

���X���������������A5��

Page 208: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;IG�/�

&2#�0�C$�����* 3��!��" �:K5$ 7 ��0� �� � �"�D�: ����� ��" �

$�#��! 5 ���$�""�" �$�-.��8��

&2#2$�<� �=!�3��

��������������������������������)�������������� ��� ����'� ���,���������2���� �����

������?��������� �����������?�����3��7 ����� ��*�����,5�������7 ��������,�1����-E�

�\���L;0;N�1����������� ������9����1��������������3�� ��������������'���,�������4���������

����������������������'� ���,����������������L���N9������� '�����������������?H������

3������� �� ����� ������'��� L;0-N� )� �� ������ �1��� �� ?���� ��� ���)��� �������� ����� �������

������'���������H�������?����������������L;0D9;0>N5��

������������������'������,������' �������4 '����������3���������� �,��������)�

���������������� �������9�� 7 ������)����������������� ������3�������1��������������A5�

=���9� ��� ������ ��'������ ��� ������ ��� ���� �� � �[���*� 1�3����� L���X���N9� 1���� H��

�?���������������������������9�)��7 �������������������4���������5����9��������������' ���

'������,�1�����������\�����������������������������?�������������A5�!���3��'�9����

������� ��� ������?������� ��� ����� �2��� � � ���H� ��� ��������9� ��� 7 �� 1���� �����4�� ���

����\�����? � ����?H����������������L;D9;E-/;EIN5�

� ������ 1��,������ L���� ��������� �������N� ��� 7 �� ��� ?��*�3������� ���������� ���� �[���*� ����

�� ����� ����� ��� ������?������� ��� ��� �2��5� �� ����� ����9� ����� ��� ���� L��������� 05DN�

�����' �������3���1�����7 ��� ���������?�����,��*���������� ������3���������� ���4 ���

����[���*������X���������������������*����������������'������������5��

&2#2 �%$��" � ��>��

������������ ���1��������������$�

-O/ /&����/����L� ��X���N5��

��� ����������������������������������'������,9���������� ������3��������������

A5�!�'[� �� ���� �� �������&�9� ��� ��?�����,�'��3��� � ���� �[���*�� ��X����������

Page 209: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�;II�/�

������9����������������������2[��������� ������������L-;;N5����1������ �������1�������

��?������������� ������������&�L;FDN5�

"���������3�� ��������L���X����)��/���X���N5��

!�� ����� ��� ��' ��� '������,9� ����� ��� 1�� ��������� ��� 7 ��������� ���� #-O�

�����������'� ���1����*����L���N���� ���� )���������� �?� ���L�/���N����������' ���

H�� ����3������5� ��� ����� ��� #�� L;G>9-;-N� )� ��� �&�� L-;D9-;0N� ������ ���� �� ����

���������� ���� ���������� ��� �[���*� ���X���9� �����' ����� ���� ��?�' �������� ���

� ������������������3���2[�����9� �������)������! �5������ ���������������&�� '����� ��

��?�����,�! �������������������9���3������ �� �������1���,'��������#-O/ A�)�#EO/

9� )� ����?�����,����������� ��� �������/����L-;EN5����� ��������4�����������������

��?������������ ��� ���3����9� ���1����������2���� � �� ������ �� �����&+-�F/D;8L�N� )�

���� ������1���4 �������������H��������������,����������������&���/#�����LDGN�L?�' ���

!-�������������� ���������N5�������������������������2[�����������'����������������������

������������������*����3���9�������2H������������1����� ����'�,������)����� )�������

3������� ����� ����� )� ��� ��?�' ����,� ������ L?�' ��� !DN5� ���� ����� ���H������ 1�� �����

��������������� �����������-.����������������������� �� ��������&��L-;D9-;0N9��3�������

���������3 ���������� ������ )�������������������������*�����������L��3���!;N5�

���' ���!D5�#�������,�����������?��������� ����������������*����3����L���N9����3�����L���N�)�-O�/

���3�����L-O�/���N������������������ � ���,������������� ����2����������/3��.�����������H������

�����2����5�+��������H����������������2��������������/����/! �9����2��� ����9����� ���������� �H*��9�1��

�������������L���������05DN�

#E/�������/c/����Lc����X���N5��

��� ����� ��� ��' ��� '������,� ��� 3����� ���?������9� ����� ��� ����� ��,� ��� ��

���� �� ��� ��� �&�� ������ �� ��?�����,� ��� ����� ���� ��� ��4��� ������ ��� � ������ ����

Page 210: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-..�/�

�2[���� L;FEN5� ���� ���H������ ����� ��� '� ��� �������� ��� 1�� �3������ ���� ����� ��� ? ��2��

8�����4 ���������'�����������������������!+�F/D;8L�N5�

!�� 1�� �� ����� 0� �[���*��� ���������� L���X���N� ��� ��� ��� ����� ������� )� ��� ���

��������? ��2���&���/���/3��.9����2������������������������ �� ����������������������

������?�������� ������ ����������������������'����$��N����?�����9�)���N�������� �� ���3������

�� ��[���*����X��������&��L;��!N5�+��������[���*�� ��X���9�1������������3���

�3����� ���� ����,�����3������2�������������� �� ���������&�9��������7 �����������

���� �������X����)��/���X������1�����������3������2��������� ?�����5���������

�����9� ��� �����3��������������1��������� ������������ �����3���������������2��� ��� �������,�

��?����������������2[�����9���3���������� ���������'� ����� ���� ����������#-O5�����

���)���������������X����)�c����X�������2����������?������1�������'������ ��

��?�����,����������&��L?�' ���!;N5����������������������1����?������������� �������

�*����������5������� ������������3����1�����������'�����1������3��������)������������E.�

�5����H�9����1�������2�����H�� ��������&��������������[���*����������L�����9������9�

���X���N�������������'�� ��)���� ����5�

#�����?�����'�����2����������� �����9����1���� ������������ ������H�����������������

��?�' ����,� �3������ �� ��� ��'����� ����' ��� ��� ��� ���)�������� ��� E.� �9� ����

��� ����,� ��� ��� ��� ����9� �� ?�� ��� '�����2��� 7 �� ������ ���� ������� ��� ������ ��� 3�����

7 ����������������5������� ���)��������� �����-.��������'�� �5����H�9����1�������2����

�� ���������������������[���*����������L�����9������9����X���N5�+����������9�1����

��� ������ ������ �[���*��� ��������� �� ����� ��� ������ ��?������� L#8#8��%%#8#89�

#�%�88##%�%89�#�#�8�%#%8%8N9����7 ��1����������2�����������3���;$�

� 0:."�� 0-."�� 8@A� 6E00.� 00.� @50:.� 0�� .�

�������?����

�&�� //� //� E.� E.� E.� E.� �������3���

������� //� E.� D� �������3��� �������3��� D� E.�

������� E.� //� //� //� //� //� //�

�������?����

Page 211: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-.;�/�

�7 ��L;N� -.� -.� -.� -.� -.� -.� -.�

�����?����

�7 ��L;N� -.� -.� -.� -.� -.� -.� -.�

%�3���;5���'�� �����������?����������)������������������������������� ����4 ������ ����� �� ���������5��7 ���

������������� �� ����7 ���3�������������7�;��������'�������L���������05DN�

��?������*����������������������������� �� ������)���H�����7 �� ����2�����������A9����

1����� ������������������������� ���4 �������[���*������������9���' ���� ������3������

��� �2��9� ������� 7 �� ������ �5� !�� 1�� ����2���� ���� ������������ ��� �����������9�

?��*�3������� )� ���'��� '��3����� ��� ���� �[���*��9� ���� ���� ��� � �� ������� ���� ��������5� ���

������3��� ������� 7 �� ������������� �� ��� � 3������,� ���� �������� ����� ��9� �������,� ���

���� �� ��� �������� ���� ���X���� ���� �� ��� �������� ������ A� L;EGN9� ��� 7 �� �7 �� ��� 1��

�����������������������H�� ������������'�������������������?����������1�3�����1����������

��?�����,5�

&2#2#�:��!���3��" �$���5���!�5$ ��� ��$ "���

����'�H?���������&!������������)�����������������,�������?�����9���)��&������1�3�����

L;��!N� L?�' ���� ;� )�!0/!FN� ������� �����?����� ���� �[���*��� �� ����� '� ���� ���� �� ������ ���

������������������������ ����$�

/� %�����$�& ��������������������?��������� )�������������?������)���4����������9�

������������������������[���*������9�7 ����� ���� ����������������A5�

/� %���� �$� +�,*���� �� ��� ��?�����,� �9� �� )� ��4��� ��� ��� ���� �� ��� ���� 1�3�����

���������������&��L;��!N9��������4������ ����`� �����[���*���������)�� ��X���9�

7 ���������������� �����������2���������������'�������9�����������������'� ��5�

E� %�������$�#���������������� �� ��������;��!9��� )����4������������)���4����������`����

������� ������ ���� �[���*��� � ������3���� �� ������ A$� ���X���9� �/���X���9�

c����X����)����X���5�

Page 212: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-.-�/�

�� �*�����,� ���������9� ���� ���H������ 1������������ ������ 7 �� ��� ������ ��� �[���*���

����� ������������������������������9���3������������������� �Z���)�����)����

�*�����,����� ����� L��3���;N5���� �?�������� ���������H������ �� ������,� �� �������������������

����������� ���������[���*5����9� �����[���*����������)����������������)�3�4�������3������9�

�������������9�������������������������������5�+������������9������[���*���7 ��������

����������������������A������� ����1 ���)� ?��*�3���������������������� �������9�)�

�� ��'�,�,�������� ��������,� �����1� ���������� �� ��� � �����)��� ��������� ��� ������

���� L?�' ��� -� )� DN9� ������� 7 �� ��� �[���*� � ��X������?������ � ������������

�����������������5����9�������� �� �������� ������������������� ����������������������

���������?����������������A5�

�� 3���� �� ���� �H�� ���� ��� �������� L?�' ��� 0N� )� �� ���� ��������� ��H������� ��3��� ����

���H������1������������ L��3���-N9� ����3������7 �� ��� �[���*�� ��X������� ���H�� ��'���9�

��' ������������9������[���*������������)�?������������5������[��������H��?��*�3���

�� ������� ��� �Z��4� ���� )� ��9� ������� 7 �� �� 1�)� ��?�������� ��'�?��������� �� ������

������� L����4� ���� )� �17�N5� ���� ������ c��� ��� ���� H�� ?��*�3���� �� ������ ���� �[���*��9�

�������7 ������������������������� ��������������������c�)����5�+����4����9���������

����� 8�#� ��� ������ �������� �� �������� ��� �Z��� ��'���� �� ������,� �� � � �������9�

�������7 �������[���*������� ���������������������������?��*�3���5�������� ����9�

�����?���3������������������������� �������������������,�����������������������������

����������9�����7 �������?�' ����,�������7 ��������3�����������������5��

Page 213: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-.D�/�

��' ���>�5��H����������� �������������?��������[���*���)���� ������3���������������������������� ��

����������L���������������������������;/δ9��������������05DN5�

��� �H�� ��� ��� ���� ��������� ��H������� ���������� �� ��������� ���������� ������ � ���?���

4����7 �2��������������[���*���������9�������H����'��������������������9���������������

������ L?�' ���EN5���� �H�������� ���� ��� ���� ���������� ������ �� ���������� ��?���� ���� �����

'� ���� ���� �� ������ ������������ �� ���� ��?������� ��� ������ �*������� L?�' ��� >N5� ��

�������9����������������' ������'� ����'�������9� ����������[���*����������)���������

��� �����9� )� ������������9� ��� ��' ��� '� ��� ��� ������� �� �[���*��� ������� )����5����9� ����

�[���*����������������A��������� �����,����?��*�3����������������������7 �������������

�'� ������ ������� ���� ������� ��� ������ �� ���������5� ������9� �������� �� ��������

'��3������������)� �����,������?���3�������3���������'������5�

��' ���>�5��H����������� �������������?��������������)���� ������3���������������������������� ��

����������L���������������������������;/δ9��������������05DN�

������������������?���3�������������������������������������������������� ������

� ������������ ��������� �� ������ ������ L��� ������N9� �*������ �,'������� �� ��� ������

����L?�' ���FN5�����3��9��������������������������9��������,���������[���*�����������

��'������9� ������� 7 �� ��� ��� ���� �[���*��� �� ����� ��� 4����7 �2���9� ������������ ��

� ��X���5� ������ ������������ ��H����� ��� ��?��4�� �� ��� �� �����9� 7 �� ���� � �����

�'� ��������������������������������[���*�������9�)����������������������������������)�

Page 214: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-.0�/�

������������������[���*���������5��������������������[���*�������7 ���������������

�� ��������'� ���L?�' ���>N5������������7 �������[���*���� ������3������������A���������

�� ��������� ��H���� ��������������9� ��� � ��� ��� ��?���� ��� ���� ������3 ������ ��� ����

H' ���� �������� ���� �2[���� )� '� ��������� L?�' ��� GN5����9� ���� ���3���2[������ �������� ����

�����������?������9������)�! �9�����)������� ��3���������� �� �����&�5����H�9��������

7 �������[���*������������� ����������������������������������������H' ������������α/γ )�

ε/ζ9� �*����� � [���� ��������3��� �� ���� �[���*��� ���9� ������������ �� ���� �������

����������L��3���DN5�

��

��' ���G5�������3 ����������� ������)���������,�'�����������LχN�L��'�����N������������������������������)������������������������������������)���������������L�2 �N9�������L��4�N9����X����L�����N9��/���X����

L���,N9����X����L�2 �������N9�c����X����L�������N�)�� ��X����L�������N�L���������05DN5��

�������9� ����2�������� 3��������������������� �����������;.�����������������1��

�������� ����2��� ��� ��?�����,� ��� ������� ��� 1�3����� ���� ��������A9� ���� ����� ���

����������������&�1����3������� ������������������'�����H������L��3���0�)�?�' ���IN5�

���� �[���*��� ����� �� ��7 ����� ��� ���� �� ��� ������� ��� ��� ������ ������9� ����� �� ���

���������9� )�� 7 �� � � ��'���2� 1���� )� �������� ��� ��?�����,� ������ ��� ����� ������ �����

�3����� �� �,����� ���������������A5�+���������[���*��������������3������������ ������

�� ����9���������7 ���7 ��������������2�������?�����,�����������3�������������

��������3�4���������'��������?�����,5��

Page 215: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-.E�/�

�������������1�����.�� # �2�$� # �2� � # �2�#� 0=�"�� �! � �� ����

��������� D50;� ;5IF� -5E0� -5FI� -5;>�����

������ *�@)� '�+�� *��'� '�)'� ���@��

��������� >5G-� G5F.� G5D0� G5-E� -.5D�����

������ +�++� +�++� +�++� +�++� +�++�

��������� ;5I-� ;5DE� ;50I� ;5EI� .5>E�Ac��

������ ���+� ��(�� ����� ��*�� +�()�

��������� ;5FG� -5;F� ;5IF� ;5I.� ;5;��/����

������ ��+)� ���@� ��)�� ��+)� �����

��������� ;5G.� ;5D0� ;5F-� ;5EI� .5>E�����

������ ��@�� ��(+� ���+� ��(�� �����

��������� ;5EE� ;5GE� ;5F-� ;5F>� .5GD�c�����

������ ��+�� ���*� ��*@� ��)(� ���(�

��������� G5>0� I5G0� >5-D� G5F.� --5;�� ���

������ +�++� +�++� +�++� +�++� +�++�

%�3���05��������������&�1����3���L��kN������������������������)�������L��H����N�������������� �� ����

����4�����)����� ����������������A������������ 3��������������������� �����������;.��������������L����

���������05DN5��

���' ���I5��&!��L��kN������������������������L�2 �N9�������L��4�N9����X����L�����N9��/���X����

L���,N9����X����L�2 �������N9�c����X����L�������N�)�� ��X����L�������N������������������ �� ���

������������A9�����2������������7 ����������������[������������������������L����;����;.N5����� ��77�

Page 216: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-.F�/�

�����?�����'[�����?� �� �������������������������)������������X���5�����������������������������������

�����������������D���� ������������������L�������������05DN5��

&2#2"�,��!$���3��

�������� ������������3��������� ���,�����3���������������������� ��9������������������

����������������������������?���������[���*���� ������3������������A�����7 ������7 �������

��5����9����������A�� ���� ����[���*���������9��������� ������� �����3������7 ����������

���4 �������������������������������������������������������������5�

��

Page 217: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-.>�/�

&2"��� �"���* 3��!��" �-��" ��*����!��� ��,��1���!���$ ��

�� $�0:.D��$�,�����AF0� ��0������ ��$ 0����

&2"2$�<� �=!�3��

���������� ������ ��� ?��*�3��� )�����,�?���5�� 7 �� � � ���� �� ���H�� ����3��� ��� ���

?�����9����������������������?�����������1��������� �� ������,����9��������?����

����U9�)�����,����9�����1�������������������?������� ��?����5��������?���3����������

��������������� �? ��,9�)��7 ������������ ����������������7 ��� ����?��2��� ���3���

���� �� ���� ���H����� L;;G9;FIN� �� ���7 ������� �� ��������� L-;FN5� +��� ����9� ���

?��*�3�������������������������?���������?�����,����� �� ������3���,'���5�

� 7 �� ��� [���� ��� ���� �� ���� �*����������� 1�� � ������ ���3������ �� ����

[�������\��9����������������3������?�����,�����������3��������������������H��������

3������ ���5� ���H�9� ��� 3��� ��� �&�� ����������� ������� �?�����,� ��H���9� ���H�

���������� ������������������9� ���7 ��1������� ��3������ ��������'���������,�������������

�&9� 7 �� ������� �3������� ��������� �� ��� ������� ���� � 3/������' ��5� ��� �3�����9� ����

'������ ����������� ��?����������� ��7 ����� �� ������� �������� H�� �������9� ������

��������� �H�� ���� H�� �*������ �� ��� ��� ��� ������� ��� ���'�5� ���H�9� �� ��� � ����

���������2��� ��� �� ������ ���������� '��������� �����' ���5� +��� ����9� ��� �H������ ��� ����

'��������3������?�������������� ������������������ �������,�����5��

&������� ��� ?���� �� ��� ��� H�� ����3��� �� � ������ �� ���9� ��� ?���� �� ��� �������

���������� �� ���������� ��� 3�4�� 1��������,� L;G9;->9;-GNN� �� ���� ��� �,� �� ��������

���������L;>N9����H������*������������[���*�������5������3�����?����������W��1��

������34���������������� ���������� ������������,�����������*����������5����9��������

7 �������������������3 ��,�������������,���������� ���,����������H������������?��?�����L;G.N5�

������9�������������,���������������2[��������3��7 ����������?�����,�! ������������9�

���?������������� �� ����������� ����9�? ��� ?�������������3�����������������,��W��L;>IN5�

+��� ����� ����9� ��� �3����,� 7 �� ��� ��� ���,� ���� [���� ��� ���� ���� ��� �' �� �� ��

�� ����,��������������������2������?�����9��������,��������� ���� ����������������

����������� �����)���L-;>N5���������� ������������3����7 ��������� �� ����������� ����9�)�

Page 218: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-.G�/�

����������������������'����'������9�����������������������������?�����,���,����H��

����3��9�)���?����7 ��������1��������,�L�� �����������������,���������N��������������

�������,���������5�

#1���1��)�K������3��������7 ������&��� ��������� ������� ���� ��[���*����

����������?���������������������������������' ����������� ��������������������

LF0N9���������7 �����?����������� ������ �� �������3������������������L-;GN5�%�3������

�����3,�7 �� ����� ��,��������' �����GEo������ �����?��������������3��9��������

7 ��� ����������2�3�������� �������������?�����������������������3�������������

1����� ��� ?�����9� ���7 ��� '����� ��������������� ��3������������������,� L-;I9--.N5�������

��� ������� ? ���� ��?������� ������� #�� �� >.o� �������' �9� ����� ��� �3����,� ���

�������,��������'������������' ���L--;N5�

���� ��� ����� ���������� � '����� 7 �� ��� ��������,� ���� �������� ���?���� ��� �����4�� ���

���'�����3������������5������������� ������1�� ����2���������������������'�����F�.�����

?������� L�!N� L;0N� )�G�1���7������������������1���� LJA�&N� L;EN� ��������������

���������29����������� ���������������9��� �����������9���������� ������������

L%&�N�L;FN9�������?�����������3��������������)���������������������,����������� �� ���)�

���� ���������?�������������'�����3��5��

&2"2 �%$��" � ��>��

!�� 1�� �����2���� �� �������� ��� ���� �� �' �9� 7 �� �������� ;.� ���)��������� ��

���'������u�9� ���� ���� �H�� �����!� ��������� �� ������ ���� �2[������ �u�� )� �� ��������

%&�� ����� ��� �������,� �u�5� +��� ����� ����9� ��� 1�� �����2���� �� �������� �� ��� ��,�

�������' �����GEo������ �9���� )����;E����)��������������'���������������3����u�9�

;.� ���)��������� �� ���'����� ����� ��� �������,� �u�9� )� ?������� �H�� ���� %&�� ����� ���

��3����u�5�

&2"2#�:��!���3��" �$���5���!�5$ ��� ��$ "���

Page 219: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-.I�/�

#��� �����3�� ��� ����� ���������� LF0N9� ��� �������,� �u�� �� ���� �� �������� ��

���'��������' ������3��������������D���L?�' ���;N5�!���������� ���3������� ������

��� ������ �� ! �� �� ���� �������� E..� ��� )� ������������� � �4 ���� ��?��������� '��3��5�

# ������������������������������������������������,����������������������������

�� ���������������)����9�����3������ ����������������,�L��3���;N9����� ���� '�����7 �����

�������,� �u�� �������1����� ��� ���� ��� ��?�����,� H�� ��������� ���� ���5� ��

����� ����9����?������������������������������� ����?�' ����,������������� ��������

��3���������� ���������[���*�������5��

�� ���� ���� �u��L����'���N� �u��L%&�N�

���� ;5..� /.5G;� .5I0� .5G>�

���� � ;5..� /.5G;� /.5I.�

�u��L�����'���N� � � ;5..� .5GF�

�%�3���;5�+��� ����������������������������������������� ����������������������������������������������

���)���������L���������050N5�

+������?����������1��,�����9�����3� ������������������� �� ������������'����������������

�������� ��������� ��� ��� ���)�������� ������� �� �7 ���3���9� 7 �� ��� ������3�� �� �� ?������

1����� ��&!�����-�k�L?�' ���-N5��� ����� ������*����,�� ���/1��,���9����� ������

�� ����������������������&!�����������������?�������)���������������� ����������'������

��� 0� B������9� 7 �� ����2����� �� ���'��� ��� ;-� B������� ����� � �&!�� ��� -� k5�

#��������������;.�������������9�����3����� ��&!�����;5>�k9���������*��������� ��

���'�����3��������H�������L;I�B������N5������� '�����7 ������������,������' ������������

���������������?�����,��������9�� 7 ����7 ����� ���4 ���������������������������

����� ����2����1��,�������������2��� ��?����������5�

��

��' ���-5������������,����������'���L�'��N�)�����&!��������������?������L��4�N�)������L�2 �N�� �������

���� �� ������7 ���3������������������� �3����������'������ �����������������������L���������050N5�

Page 220: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-;.�/�

��� ��?�����,����� �2[���� ��� �3 �����H���������������� ����� ���� ?�������)���

L;>IN5�+����������2,9�1����?��2���� ���������,��u������������!�������������H' �����

L������������������� ���������� �2[���N5���� �������,��� ���� �������������δ �������������

I.l9� 4 ��� ��� � ��3��� �� ��� ��1 ��� ���� � �������� )� �� ��� ���H����� U�9� ���� � �����

��3��� ��� ������������ L ;5.` IElH� δ> < )�8�h;0�k`� ?�' ���� D� )� 0N5� �� ��3��9�

��������� �������� �������&!���������������?�������)��9�������3������ ������ �� �����

��������9����� ����������������9����7 ����\�����������'����������������&!������������

����������,5��

��

��' ���D5�����3�$��&!��L��kN���������������?������L����4�N�)��������L���2 �N�����������)����������3�������

����������!���������δ ���������������;0.l���>.l. &����$�H' ���δ (��'�����N5��3�4�$���1 �������� ����

����L8�9���k9��'��N�)�U��L��k9��������N��L���������050N5�

��3������7 ������� ����,�������������� )��-.��������������L����������H' ����δN9������

����3��� ���� ���� ��� ��������� ��� ? ��2������� L+&�N9������ ��� 7 �� ����������� ����� �� �����

���������� ��� ������,� 7 �� ��� 2��� ��� �������,� ��� ����� �������3��5� +��� ����9� 1����

���������%&�� ���������&!������������� ���4 ������ ��������H����5����������9����

1�����'�����������3�����������H�����������7 ������L?�' ���EN9�7 ������ ��������������

���������� )����?��������+&�����4����� )� �������3���� L?�' ����F9�>� )�!;N5�# ��������&!��

1��������?���������������'���� ����������-�k9����� �������� ���������������� ��?������

Page 221: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-;;�/�

������������9���������� ��������������� ������ �� �����������5�!���3��'�9������1�����

����������;�k�7 ������������,�����������9�������H����������3����������?�����,����

���� �2[������ L?�' ���� F9� >� )� !;N5� !�� ���'����� ���� � ����� ��� +&�� ����� ������ ������9� ���

?���������H��?�����3���7 ������������������������D5-�B�������)�H��?�����3���7 �������

����;;50�B�������L��3���-N9�7 ����� �������������3���������������H��������������������

�������5� ������9� �*����� �� ����� ���������,� ����� ��� ������ ���� ��� ��� �������,�

�������3��� �u�� ��� ���� �������� ����� ��� ���� ��H����� �� ������'����� )� ��� �������,�

���������3��� �u�� L��3��� ;N5� �������9� ��3��� ��3�� ��������� ��� ����������� ��� ���

�������,��3�������������������������*�����������L;;�B������`�---N5�

��

��' ���F5�����3�$��&!��L��kN���������������?������L����4�N�)��������L���2 �N�����������)����������3�������

���������%&���u�����' �. &����$�H' ���δ (��'�����N5��3�4�$���1 �������� ��������L8�9���k9�

�'��N�)�U��L��k9��������N��L���������050N5�

��

Page 222: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-;-�/�

��' ���>5�+&���������������,��u�����' ������ ������������������%&�/JA�&5��������������� ��������

�3������������D���4 �������H����� ����2������������?��������&!�������)���3��������������������������

��������L���������050N5�

�9���P�� AIA�"�� �� A�"�� �I0� AI0� 0I0�"�� ��

�' �� D5-� G5;� ;;50� ///�

�������' �� ///� ///� /.5G� .50�

%�3���-5���?��������������'�����3���L��B������N����������������,���?����������W�����' ��)�

�������' ��GE$;E��3�������������'��������� ��������+&�5������5���������������������������L���������050N5�

������ �������������'�������GEo��������' �����2���������������?������������

��� ?���� �� �� �������� �' �� �������,9� ���� ��� 1�3��� �3�������� ��,����� L-;I9--.N� )�

�*������������ L;G9--;N� L?�' ���� G� )� !-N5� �� 3���� ��� +&�� �3������ �� ������� ���

�� ��������%&�����������������,��u��L?�' ���;.N9����?������������H������3��9�������

����� ����������9� ��� ��3������������������,����������-�B��������������������)�;�

B�������������������5�!���3����������������������������,��u�� ���?��4�������������

�������������,��u��L?�' ���F�)�IN5�# �������������'������&!����������������?��������

D5D� k9� ��� ��������� � �� ������ ��� ������ �� ! �� ����2���� ���� �� ���� �� ��� ��

������������5� ��� �������,� �� ��� �������� 1����� ����2��� ��� ������ ��� �&!�� ��� -� k9�

�����3����� ��� ��3��� '��3��� �� ��� � ���� ���� ��������������� ��� ��� ?���� �5� #�3�9� � ��9�

�����?����� ��� ���� �� ��� �� ������������� ���� ��� ������� ���� ������� ��� �������,9� ��� �

� ������! ��� 7 �� �� ����������1��L?�' ���IN5�!��������'������� ������������������

����3�������9����?��������������H������3���7 ������������������������.50�B�������)�7 �����

������.5G�B������5�

��

��' ���;.5�+&���������������,��u�����������' ��GE$;E����� ������������������%&�/JA�&�L���������

050N5�

Page 223: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-;D�/�

���' ���I5�����3�$��&!��L��kN���������������?������L����4�N�)��������L���2 �N�����������)����������3�������

���������%&���u�����������' ��GE$;E. &����$�H' ���δ (��'�����N5��3�4�$���1 �������� ��������

L8�9���k9��'��N�)�U��L��k9��������N��L���������050N5�

#�3����� ���� ��� ������� ��� �3��� ����������� �������3���9� ������� �3����� ��

��'�� �������� ����������� ���� ��3��� �W�5� �������� �� ��� �������,� �u�� ��� �

���4 ���������'������������� �������9��������� '������� ��������3�����?������������

! �����������������2[�����5�������������9��������� ������ �� ������������L���� �� �����

������������N�7 �������������� ����������1��)������2[��������?����! �5�����3��9���

����������,��u�9��������� ���������������,������u! ����������2[������)��������������

���������1����������� �������9�'������� ������ �� ������������������ )�������������

��������������5�������� ����9����� �������� ���7 ������������,���?����������W��

���H�' �������������������������������$������3����������?�����,���������2[������)����

���?�����,������ �������5�

&2"2"�,��!$���3��

���� �� �������� ��� �&� ���'����� ������ 7 �� �� �' �� ��� ?���� �� ��� �)���������IL � ;. N� � = 9��������7 ����GEo��������' �����?������������H���3 ����� L � .5-N� � = 9�

�� ����������� ��� ���� ��� ������� �*����������5� �� ��� ��,� �� ���9� ��� ��?�� ����� ��� ���

������,� �u�� ������ �� ��� ��������� ��� ��3���� ��� ��?�����,� ��� ���� �2[�����5� ���

Page 224: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-;0�/�

�����������3�������7 �������)����������������'����������' ���������*���\���3�������

��2[���������� ����� ����?�����,������5�!���3��'�9���3������7 �������������������

��3��� ��� �� ��� ����������� ������' ��9� ������3�3���������� �������� ������ ���� �2[������ ��

����� � ������ ��� )� 3�4�5� # ���� ��� �������� ��� ���?������ �� GEo� �������' �9� ���

��?�����,��������������3���2����������,������! �9�?����������������?�����,�'������

�������L-;IN5�

Page 225: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-;E�/�

F5�# �#��!� ��!��

Page 226: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-;F�/�

Page 227: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-;>�/�

��� ����,� ��� ?��*�3������� ��?�������� ����� ���� ���� ���� ��� ���� )� ���� ��� ��������

�����4��)������������ '�������� ��3����������������5���'�����9� ����������H�� ?��*�3���

'������� �� ��� '��� �������� ��� ��������� �������� �������� ���� ��7 ������ �2[���/?��?���9�

�������7 ��������������������������'��3�����H����?���3���5�

���� �� ������������&������� ��� ���� ���� �� ���� �*���������������&������1�3�����

���X���9� ���� ���� ���� �������� ���� ��4 ��� ��� �[���*��� ���������� ��� ������9�

������������������������ �� ���������5��������� ����� ������3������������A���������

��?���� ��������9�H����������� ��� ?������7 ����� ����9����������������[������� ����

� ����5�

&�������7 ��������� �� ������������ ����4 ���?�������������������������������A���� ���

����[���*�������9������� ?�����������������������������X����)�����[���*�������9�����

����������[���*�������������� ������3����)���� ������3���5���������������?���������� ���

��������� ��H���� ����� ������9� ��� 7 �� �������� 7 �� ��� ��?�����,� ������ ��� ��� ������

����������������[���*����������������������������������������' ��� �� �,����� ������

��������A5�

� 7 �� ���%&��� �������� ? ������� ���������������� ������� ������ ��'��9��������

�����?����� ��� ��3��� �� ��� �����4�� ��� ���'��� ��3��� ���� ���� ������� ��� ��� ��������,� ����

�������5����9� �� �' �� ��� ?����������)���������)� ��� ?������� ����������3����� ���� ��

��?�' ����,���3��������������������������������������5�����3��9���GEo��������' �9�

���?������������H������3��9�� 7 �����?������������ )�� ����������5�

��� �������,� ��?��������� �W�� ���H� ������ ���� ���� ���� ��������� ����������$� ���

��3��� ! �W������ ��� ���� �2[������ )� ��� ��� ��� ��1 ��� ���� � ���� ���5� ����� '����� ��

���� �� ��������������� �� ����������1�����������)� �� ����'�! ����������5��

Page 228: acidos nucleicos

E5����� ��,�

/�-;G�/�

Page 229: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�-;I�/�

����������������

>5������ 8���:���

Page 230: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�--.�/�

Page 231: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�--;�/�

;5� !�1���B�%�L-..FN����� ���������������?� ���������5�!���'���

-5� !�3���� �Kc9�6����1�!9�% '�#!�L-..>N�E��������������?��F?��$G 9;EGE0/I�

D5� �������69�J�����'1��%��L;IE>N�J�81��E1��� @9�;-.G/I�

05� +���2��9�� 7 ���69� ��2���&�L-..>N�J����81��?���$ F9�;0>DI/0E�

E5� J�����6�9�#���B��A�L;IEDN���� ��$@$9�IF0/>�

F5� J�'��9������A9�%�B���%9����B��#9�%��B�� !9� ���B ���K9����B�������5� L;IG.N�

��� �� E@9�>EE/G�

>5� ����JK9�8������9�� ��9�A��B��&9�U1 �B��K��L;IIGN�E��������������?��F?��

F&9�;;;FD/G�

G5� 6���3��9�&����6�L;IF;N�J���������#9�D;G/EF�

I5� ��3������9����)��9�6�1����9�������69���??�&9���3�����K9�J������+�L;IIIN������P��

���� ���������8L� ��5�D�����9���������� �'�9����������

;.5� ��2���&9�+���2��9���)��9�� 7 ���6�L-..DN�81��?���&��# 9�DE./F0�

;;5� A�'����+6�L;IGGN���� �&�����1������1���81��$@9�-FE/GF�

;-5� A�'����+6�L;II>N���� �&�����1���������?�� ��� D9�;DI/EF�

;D5� ����J�9�#���B��!%�L;II>N����1������#D9�DI./G�

;05� %������8&9�K����� 9�6+�L;I>>N�J�8��� ��E1��� #9�;G>/II�

;E5� K ���!9��� 2�����9�!�������A9�K�����+�9�����3��'�6&�L;II-N�J�8��� ��

81��$#9�;.;;/-;�

;F5� !�1�������69��'����&9�K�j'���+9�6���3)��9�J��������L;IIDN�����?� ��$G9�-I;/D.G�

;>5� � ��69�!1�BB���U9� ����JK�L-...N�J���������#GG9�G;I/0.�

;G5� ������K�9� &��1�B���� ��9�&�)��� ��9� ���B/K�����B��� &�9� !�1)��B��� �K�

L;I>0N�J���������E@9�G;>/DD�

;I5� ����&9� ���1�������L;I->N�����������E1����#EF9�0E>/G0�

-.5� !2�3���9� ��� ���!�L;IG-N�������M ��� ��81�����9�B����� ����������������

9��������?�� �� ��91���5�&�8���/A���9�����c��B5�

-;5� ����1���� L-..;N����� �������������E���������������������4�����9�5�����*9�

+�������� �����L+�������A���N�

--5� #����� #6#� L-..-N� 9�������� �7�8��� ��������81�����9� 91���� �����������

#1��1�����9�J���)���

-D5� ����1���##�L;IE;N�&������E1��� #9�FI/GI�

-05� !������6#�L;ID.N�E1���&��#D9�E>/F0�

Page 232: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�---�/�

-E5� A�1���J69�!���������9�+�����6��L;IFIN�J�81��E1���&$9�-FE>/F0�

-F5� ���������L;IF;N�M ��� ��91���5���������+���9�����c��B�

->5� &C�����#9�+�������&!�L;ID0N�E1���&��"D9�F;G/--�

-G5� J�����!69�K�����+�9��' )���%9�#�������L;IGFN�J�8��� ��81��@9�-D./E-�

-I5� K��� ��&�L;IGDN�J�8��� ��81��"9�;G>/-;>�

D.5� #1���1��%��D���L-..0N�8 �������?�� ������$"9�DF./>�

D;5� �������'����9���*���!�9����������89�%1�)���K&5�L-..0N�����������@#9�DG./0.D�

D-5�� ���8 ������J�9���B�������9�������9�#1������B1��� �9�#1������&9��� ����9�

8��� +9� 8���B�� �+9� 8������� �9� A �3��'��� +A9� K����1��2� &�9� ����3��B� #9�

!�1�B�&9�%�2����B��9� ��� ����K�'����9�c �A�� L-..FN����Z�81�� B���9��"&9�

0.F0/I-�

DD5� # 3�����9�� 7 ���69� ��2���&5�L-..;N�J����81��?���$ #9�;-.;G/-E�

D05� # 3�����9��3��������89�! 3�����6�9�� 7 ���69� ��2���&5�L-..DN�J����81��?����

$ &9�;0F.D/;-�

DE5� # 3�����9�� 7 ���69� ��2���&5�L-..FN����1���J�FG9�;.../G�

DF5� #������J�9�#�����B�+9���)�)�#�9�8� ��� ��9�&��2�K&9����' ����&9�!�����)���

�#9���*�%9�#��������6J9�K�����+�5�L;IIEN�J����81��?���$$@9�E;>I/I>�

D>5� J�'�69�#�����B�+�K�����+��L-...N�J�8��� ��81�� $9�;.0I/>0�

DG5� +���2��9�&���1H��9�!��2����9�!�����69�#1���1��%��D��9��� '1���#�9� ��2���&�

L-..>N����1���J�F 9�DG;>/-I�

DI5� J�'� 69�J��?��&9�#�������� 6J9�K�����+�9�#������� L-..0N� J�8����81�� &9�

;;E>/FG5�

0.5�������J�����!69�K�����+�9�#������9�!�'1��#9�81���#9����'���89�+��?����!9�J�����

+�L;IG0N�J����81��?���$GD9�>FE/G0�

0;5���������)�)�#�9�#�����B�+9�#������J�9�K�����+��L;IIDN�J�E1���81��F@9�;.-FI/G.�

0-5�������#�����B�+9�#��������69�K�����+��L-..;N�J�8��� ��81�� 9�;.0G/E>�

0D5������������7 ����69�#����69�� '�K�L;I>-N�J����81��?���F"9�-IE-/F.�

005� ��3��K9��� ���69�������%�9�!�' ��#�L-..FN�J�E1���81����$$G9�;;E>;/G;�

0E5� #1����9�+��� ��K�L-..>N�J�E1���81����$$$9�;;GG0/>�

0F5� 6��'����J�9�#1������B1��� 69�&�� ��� 6�9� ���)��J9�K����&��L;IGDN�J�81��

E1���@F9�I-F/DE�

Page 233: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�--D�/�

0>5� ��������A6#9�+�����6+&9����8 ������J�9�A�����6� L;IG;N� B������� ����

��������5�+ ����L��N5�������5��������1�5�DD;/E�

0G5� J���1�����L;I>FN���� �� DG9�F>I/GD�

0I5� &�#���6��L;I>>N���� �� D@9�EGE/G�

E.5� %�������L;IGDN�J�������?�� �������$9�-D;/0.�

E;5�������A��B�)��J�L;I>.N���1�8��� ��E1���F9�;DE/-;;�

E-5� K��������L;IF>N�E1���&��$&F9�IG/;.D�

ED5��������)�B�����6+9�#�������89���������A6#�L;I>>N�J�8��� ��E1��� #9�D->/0;�

E05�� #1���1��%��D��9�c� '�&��L-..;N�����������&D9�-D-/EF�

EE5� ������++�L;I-;N�����E1���D"9�-ED/>�

EF5�������������%�9�c��B��&9�+��������8�L;IIDN�J�81��E1���FE9�;..GI/I-�

E>5�������K����1��2�&K9�Aj�3��'���+A�L-..0N�J�E1���81����$GE9�>>0/GG�

EG5���������������A6#9�+�����6+&9����8 ������J�9���������9�A��B�6��L;IG0N�J�81��

E1���E$9�DFG0/I.�

EI5� A�32��+9�K�3�����&9�!����� 69�&�42��B�+9�K������B�6� L;II>N�J�8��� ��81��$E9�

;;DF/E.�

F.5�������#1���1��%��D��9�#�����B�+9�K�����+��L;IIIN�J�������?�� �������$D9�G0E/EE�

F;5����������������9�&��B���������L-...N�J�8��� ��81�� $9�GF/;.0�

F-5�������&��B��������9����������K�L-...N�J�8��� ��81�� $9�;.E/-.�

FD5� ��'��)����L;IIGN�J�������?�� ���������$D9�0G>/I>�

F05�������#1���1��%��D��9�K�����+��L;IIFN�J��������� &F9�0D0/00�

FE5�������!1������8#9��� '1���#�9� ��2���&�L;II>N�J����81��?���$$F9�>0FD/FI�

FF5� ��1�����A9�&�#�����K69���'����9�c� '�&�9��������'����9�������+A�L-..DN�

����������DE9�D/;E�

F>5� ��*���!�9��������'����9�#������9�#1���1��%��D��9�8� ������9���B����9������)��9�

&�����B��6A9� ����9�!B�����A9�%1�)���K&9�K�����+�L-..EN����1���J�EF9�D;0>/

E>�

FG5� �� *���L;IIEN�8��� ��E1���8��� ��F$9�->E/G-�

FI5� K ���!9��� 2�����9�!�������A9�K�����+�9�����3��'�6&�L;IIEN�J�8��� ��

81��$D9�;DDI/E.�

>.5� ��������B���69���������+9�#�?����1���L;IIIN�J�81��E1���$$G9�-.II/;.G�

Page 234: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�--0�/�

>;5� ���B����9�!��1���L;IIFN�F��������������� ����?� ������9�7����������1������

����������5���������+����9���59�!�����'��

>-5� &�����������9�����3� �1��J9�����3� �1�&�9�%�������A9�%��������L;IEDN�J�81��

E1��� $9�;.G>/I-�

>D5� ���8 ������J�9�&��B����L;IIGN�J�81��E1���$GE9�F;.I/;F�

>05� 8����� 6�9�K��B��!89���������9�#������ 69� ��� ���#� 2��9� � 7 �� �69� ��2���&� L-..;N�

E������"&9�0-G/D>�

>E5� ��2���&9�� 7 ���6�L-...N�81��&��$GG9�0;G>/--E�

>F5� K������9�8����L;IIIN�8 �������?�� �������F9�;F0/I�

>>5� 8���9�!�1���'��A��L;I>FN���������� ���F9�EDE/0.�

>G5� !1������#9�A������!�9�!�������9� ��2���&9���'1���#��L;IIIN�J����81��?���$ $9�

EIG;/I;�

>I5� �������9���������&9���������A6#�L;IIDN�E������$"9�0;-/-0�

G.5� � ����&9�K��B��!89�� 7 ���69� ��2���&�L-..DN�J����81��?���$ &9�G..>/;0�

G;5� A������L-...N�E1������&�Z�9�D 9�G0DG/0G�

G-5� &�1����3���+#�L;IDFN�E��������B����?��B���� 9�0I/EE�

GD5� K���� ��&9�K �1��B�6��L;IG;N���������� ���$"9�D-E/D-�

G05� +���2��9������6�9�� ����&9�����2/����6&9�������#� 29��9� ��2���&�L-..EN�J�81��

91���8����-..E�$9�>I./G..�

GE5� !�1�������6�L;IIDN�81��E1������ $&9�F;>/-;�

GF5�������������������9�K���� �9�&�L-..;N�J�81��E1���$$&9�F-GI/I-�

G>5� A������!9�8����1�������9�!������&!9� ��2���&9��� '1���#��L-..;N�J����81��?���

$ #9�;-FEG/FD�

GG5� !��'���J�L;IG0N�E��������7�� ��������?�� �� �9�!���'��/K����'9�����c��B�

GI5� ����?�����K�9�#���1�����&9�%�������L-...N�� ����������?�� �� ��4�E�������

����� ������9���������)�!���������B�9�!� �������

I.5� ����B3 ��8&9�8����&6�L;II.N�� ��������� ��81����������������9� ����+����9�

����c��B�

I;5� �������!�L;IIEN�����?�� �� ������&������5� *?������������)�+����9�������

I-5� ������#9�! ������'��&�L;I>-N�J����81��?���F"9�G-.E/;.�

ID5� ������ ��A+&9�A�������#�89�������#�L;IG.N�B���J�81�� G9�;.G/-.�

I05� ! ������'��&�L;I>FN���� ��C������?�� &&9�D/;.�

Page 235: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�--E�/�

IE5� A� �B����9�!��1���9�������68�L;I>;N�J����81��?���F#9�0DD0/0E�

IF5� K�����+9��4 ��������9������)��9�A�������L-..-N�� �������&��#G9�EDIG/0.F�

I>5� ��������A 9� A�/� �'� %9� �����4��� !9�A������� L;IIGN�� �������&�� D9�

;-F;/>�

IG5� �� '�����B���1��K9� ��B�1����)����K9� !�����B1����K� L;I>;N�����������

$G9�;;EI/F>�

II5� + �����9�+ ������L;I>;N�����7�������81��$#9�>>/GE�

;..5� +� ��'���L;I>GN�91���� ���7��1�81���������5�#��������������)�+����9���1���9�

����c��B�

;.;5� ����B�&69�!2�������B�K9�����B���9�!1 '�����L;I>GN�H���� �7����1�8�##9�G>F/GE�

;.-5� %�����&�9��������6��L;I>FN���� �� D#9�-GE/G�

;.D5� A��'�����K�L;IFDN������8�����������$D9�I.>/;E�

;.05� #���B��A�L;IFFN�J���������$F9�E0G/EG�

;.E5� A����!�L;IFFN����1�����1���&��8��� �� #9�GF;/>.�

;.F5� � ���9�8�����A!�9�+������&69�8�����&K�L-..;N����1���J�EG9�;0./E.�

;.>5� %�O�� + +� L;I>0N� �� ����� E������� �� � ���� ���� 81�����5� K�� �� ;5�

�������9�����c��B�

;.G5� !�����%�9�!1�����6��L;IFGN�J���������##9�F;/>.�

;.I5� %��3������9�!�'���A�L;IG>N����1���81�� @9�;;I/D.�

;;.5� 8 �B���K&9�!�1����2�����9�������9�!1�����#69�+�����+�9�%�1����3���#9�K����

�%�L;IIFN�J����81��?���$$E9�G;G-/I.�

;;;5� #�����B�+9�K�����+��L;IGGN�J����81��?���$$F9�D>D0/0E�

;;-5� ��1�3���#9�� 7 ���69�8�'���9� ��2���&�L;II>N�J�E1���81����$G$9�DG0F/E0�

;;D5� A�32��+9�!�����6�L;IIIN�81��&��FF9�D-0>/EE�

;;05� ������6#9�!����689�&�����6!9�J��)���+8�L;II>N�?���� @@9�;>ID/E�

;;E5� ��2��� &9� # 3���� �9� ������� �9� #������� #9� � 7 �� �6� L;IIIN� 8��� ���������

���� ���� �������� 91������� 8��� �������� 81�����5� K�� �� G5� ���������

!�����9���������

;;F5� �����A�9����B��������L;IG;N�J���������$&$9�EDE/0D�

;;>5� &�����/�����9�!1 ���9�J����������L;IIGN����1������#@9�;>;.E/;0�

;;G5� ���B��������L;IIGN�� �������&�� D9�;I.F/-F�

Page 236: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�--F�/�

;;I5� ���B�������9�������&9�#��������#�9����B��!9�A ����J�9� �K����9����

K��2�'��9������)��9�������A#&9� ����JK9�!��'���J9�!1�BB���U9�!B�����A9�

!� �������&9�% '�#!9�J�'��A69�U1 �B��K��L;IGIN�9����J�E9�;q0�

;-.5� ���A�����&�9�#��������#��L;IIEN�J��������� &$9�F0G/F0�

;-;5� � ��9� ����JK�L-..DN�� �������&��#$9�E;.G/-;�

;--5� � ��9����A�����&�9�A ����#��L;II>N�J��������� @#9�FFG/G.�

;-D5� ��B����9�!�����69�A�32��+9���'���B��6�L-...N�J��������� FF9�FIE/>.I�

;-05� K���B)� 9�+�����8�L;I0IN�&��9����81��E��������DE9�;;.F/-D��

;-E5� ������!9�A B����J��L;I>-N����1�����1���&��8��� ��"@9�;E.0/;D��

;-F5� �����A�9�J�'��&9�%�B���%9����B��#9�%��B��!9����B ���K9����B��������L;IG;N�

E�������������?��F?��@E9�-;>I/G0��

;->5� � �����J9�J��B���&A�9�J�����A�9�A��������9�������!�L;IFEN�J���������$ 9�

F./>.�

;-G5� ������K�9�&��1�B������9�!�1)��B����K9�+�����)������ L;I>DN�����������$ 9�

IG/;;.�

;-I5� J�1��&#9�! ������'��&�L;IIIN��67����7���.�����7�� ��������?�� �� �9����

�������L *?���9�!��N�;;>/00�

;D.5� ������!9�#1������B�����9������������9���������8J�L;IG.N���� �� E#9�>0D/E�

;D;5� J����'��9����3���%9����1���L;II;N�E��������������?��F?��EE9�--EI/F-�

;D-5� #1������&9�%�����6��L;II;N�E����� ������&����������"$9�;D;/>>�

;DD5� ��)�&�L-..>N������������$ 9�0DDF/E;�

;D05� #���B��A�L;IEGN�?����?���96������NBB9�;DI/FD�

;DE5� ���1�2�B��%9�!1�'������9� 1B 3��%9�K�4���#9���B� ���A9�K)�'�B �c9� 1�� B����

L;IIFN����1������#&9�0.;F/-E�

;DF5� !)����B��%9�8�����&9����������&9�+��������9�#�������9�A� ��A9�Jj�1���1�K�L;IIIN�

J���������&�$#9�D0D/EE5�

;D>5� !�������L;IIFN���� �&�����1��D&9�0D/G;�

;DG5� ��3���� �9� c��1�2���� !9� !��1��� ��9� 8 ������ �9� �� �1������ !9��� �)� �� L-..DN�

9����J� 9�;GDqI-�

;DI5� �������B�)��&�9��!1�4��!9��A�����6&9���������B�K9��#����6A�L-..>N�����81�������

9�E0E/E-��

Page 237: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�-->�/�

;0.5� %�������B)��9�8�??�!+�L;II>N�&���������������������1����������7����������

�������#�??��6&9�A '1���!A9�K�� ��A�5�L���N9��������� ���5�#����!���'�A��3���

��3������)�+����9�#����!���'�A��3��9��c�

;0;5� U����B�+#9�!���1����&��L;I>GN�E��������������?��F?�9�@&9�-G./E�

;0-5� %1��K��������!� �)�8�� ��L-..-N����J���1�������$##9�0F>/>.�

;0D5� 8������&�9�&�����+�L-..EN�����&��8�����&9�0FG/>I�

;005� K ����B�6�L-..DN�9 ��J����1�� @G9�;F-G/D>�

;0E5� ������9�� �!9�&��'���)�&K9�K������!�9��������!�9�&�����##�L;IIGN���� ��#F$9�

G.F/;-�

;0F5� �����'��89���1��)��9���1����9�!���B��9�!�������#&9�#�����85�L-..0N�9�����

���1��?�� F9�GG/;..�

;0>5� ! ���'��� ��9� &�����1� �9� 6���� ���� 6+� H�� ���� 8��� 91����4� 91��� ���

��1����������?�����������9�����L-..0N�%��������!���`�&��������BB��9����

����c��B9�DDD/0E�

;0G5� ��1���)���9��� ���6�5�L-..;N���� �&�����1���������?�� ���#G9�0>E/IG�

;0I5� &�����'�K9�&���B����1��9� 6 '� 6!� L-..FN�8���� ?�����7��� ?����M �������� @$9�

DFE/G�

;E.5� #�� ����A9�#����/&������6��L-..FN�8 ���H��&G9�G;/II� �

;E;5� J�������6��9�� �������L-..>N�8 �������?�� �������$@9�;-G/D>�

;E-5� ������??� c9�!���2���&9���������L;IIDN�J��������� ##9�E.I/-D�

;ED5� ������??� c9�8��c9���������L;II>N�J��������� DF9�--E/DE�

;E05� 8)��6�9�������9�#��8�9������%�L;IIGN����1������#@9�>D/G-5�

;EE5� #���B��!%�L-..0N���� �&�����&&9�F;/IE�

;EF5� !����A9�A� ���+�L;IFIN�?����$DD4�DID/>�

;E>5� !���?����� !89� ���� K9� %������� #9� #���B� ��9� ��'� 69� J1����3� 6&9� ��)��� +�9�

A '1���!A9���������L-..;N�9����J� G9�;00I/EG�

;EG5� �����)�&9�8�����B���!�9�#�� �1�69�c�'�J�L-..EN�8���$ $9�;..E/;F�

;EI5� &�'���&&9���1��&6�L-..-N�8 ���9������81�� 9�;;0>/>;�

;F.5� #�� �1� �69� ���B���&�� L;IG-N�� ������ ��� !&9� ��3����� �69� ���5� #���� !���'�

A��3�����3������)�+����9�+�������9��c5�-;;/0;�

;F;5� #���������!&9����������89���'�#9�8��3��'��9������+�9�#�� �1��6�L-..DN�����8���

$$9�G.>/;E�

Page 238: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�--G�/�

;F-5� �3� �/�����%�L-..EN�8 ������81��$ 9�-;ID/-;�

;FD5� K�B�������� ��9�����K�9�&�1��K9�&��1����&9����' ����&�L;IIIN�� �������

&�� @9�-;GI/IE�

;F05� ��1��&69� ����1�� �&9�J����� #69� %����� 6�9� ������� �9� +�� �%9� 8�1��'� K�

L-..;N�� �������� �������� G9�0-I/0.�

;FE5� 8)�� 6�9�8����9�#��8�9�%���� 6 9������%9�������� L-..DN�� �������&��#$9�

-FGD/ID�

;FF5� U��B�� �&9� ������ %J� D��9� K� '1� %�9� % ���� �A� L-..-N� J����81�� ?��� $ &9�

F.I./>�

;F>5� A���86�L-..-N���� ��"$E9�-00/-E;�

;FG5� #1��������6�9�A ��9�J�'/!�������L-..0N��� ������9���9����#9�;./>�

;FI5� � ���3���&9�� ����!�9������A&9�%1�����6&�L-...N�H��������$9�;/D>�

;>.5� ��B����9�!�����69���'���B��69�#1���1��%��D���L-..DN����1���J�E&9�-G>-/GD�

;>;5� ���A�����&�9�#��������#��L;II>N�E1��9�����&�?����������#&&9�0D/;..

;>-5� #��������#��L;IG-N�J���������$D$9�D0D/E-�

;>D5� A ����#��L;IIDN�J��������� #G9�;.-E/E0�

;>0� A ����#�9�� ���L;II>N�J��������� D&9�F.D/;I�

;>E5� #��������#�9������A��L;II-N�F�����������������������+�����

;>F5� A ���K9�+������6�L-..DN�����������DF9�;00/EI�

;>>5� #��������#�9������A��L;IG0N�J���������$@E9�>>D/G-�

;>G5� �'�A9�K��B��&�9����B��������L-...N�E��������������?��F?��F@9�-.DE/DI�

;>I5� !�������9�� 7 ���69���1�3���#9� ��2���&�L;IIIN�J�������?�� �������$@9�GI/II�

;G.5� 6�)�����9�!��� ���9�c� '�&�9��������'�����L;IIGN�J����81��?���$ G9�;.F-I/

DD�

;G;5� ���B�����9�8����'��8�L;IEDN���� ��$@ 9�;EF/>�

;G-5� ������!9�#1������B1�����9�+ �'4�����A9������������9������??����L;IGDN�� �������

&��$$9�;0E>/>0�

;GD5� ������!�L-..FN�9��������1��?��$D9�D0I/E05�

;G05� ���B�������9�8���������!9��������!�L;II0N�E��������������?��F?��F$9�DE>I/GD�

;GE5� ����������L;I>GN�E������&�?��������$ 9�;DE/--�

;GF5� A�����69�+��B�A�L;IIGN��������������1����������+�������� �������������

;G>5� J�����#69���1��&6�L-...N�� �������&�� E9�DF-E/DE�

Page 239: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�--I�/�

;GG5� &�����6#9�������!�9�#���1�����&9��'� ��+%�L;IG-N�E��������������?��F?��@F9�

>FF0/FG�

;GI5� K��'���� �K+9�!����������L-..>N�8����?�����7���?����M �������� $9�;;/0-�

;I.5� � 4������%9�!1����A�L;IGEN����1������ "9�GIF/I.-�

;I;5� !1����A9�� 4������%9��B �� �A9�&��� �����9�K)�'�B �c�L;IGEN����1������ "9�

GG>/IE��

;I-5� #1���1��%�9�K�����+��L;II>N�J����81��?���$$F9�0G.E/-E�

;ID5� ��������9� K��B��&�9� K��2��/8�2��B����B�&9� � ����� 69� ���B����� ��� L;IIDN�

���1������# 9�;D>D/GI�

;I05� +�����!9������9��'���&�L;IIEN����1������#"9�>EFIq>>�

;IE5� !1�BB���U9�8 ������/8 2�B����1�89����������&9���������9���3�����1��� L;IGIN�

��� ��#" 9�0EFqF.�

;IF5� +���2��9���)��9���B����9�� 7 ���69� ��2���&�L-..0N�� �������&��# 9�F;00/E;�

;I>5� � ??�'���+9�J���1�?���L-..;N�J���������#G&9�;.E>/>-�

;IG5� +��c9�&��K���������L-..DN�� �������&��#$9�>;D;/0.�

;II5� &����89���'���'���9�#1�3�����&6�L;IF>N�E��������������?��F?��&@9�;G.0/G�

-..5� O������69�&�������J�L;I>.N�J���������"E9�-0D/0;�

-.;5� K���1���� &9� ���� !69� K�3�)��1�� c9� ! 4���� A9� K)�'�B � c9� ����� !9� 1�� B�� ��

���������6&9�%1����86�L;II.N�J����81��?���$$ 9�0E.G/;0�

-.-5� A������#9���2����#�L;IIFN�J��������� D"9�E-;/D.�

-.D5� #��8�9������%9��������8��L;IIIN�� ���������&�5� @9�EEE/F0�

-.05� ���'�c9�! ������'��&�L-...N�� ��������&�� E9�-;>;/G.�

-.E5� #1� �!A9���)�+9��������L;IGIN����1������ E9�-0--/D0�

-.F5� A����K�9�&��� '1����J�L;II;N����1������#G4�;.F.F/;-�

-.>5� #�����#J9������6!9�8�����L;II>N����1������#D9�0.IF/;.0�

-.G5� 8�2���2�#9�!����J9���)�����&9�6����%��L;IIEN����1������#"9�0IFI/>G�

-.I5� A��2��9���� ��K9������+9����&�)����9�8� )�����#9�A )1���1�%� L-..;N� B���J�

������������� E9�->D/G.�

-;.5� ������!9�����+69�!��� '��9�!��1�+6�L;I>F(�� �������&��#9�-0EI/F>�

-;;5� ���1�2�B��%9������!9� 1�� B���9���B� ���A�L;II>N�#D9�-E>>/GE�

-;-5� ����1���&9�J�����#69���B�#�9�K��2��B���K9�������9�+����B�&�9���1��&6�

L-...N����1������#F9�>.E./F-�

Page 240: acidos nucleicos

>5���3���'��?���

/�-D.�/�

-;D5� %�����69�J�����#69���������c9�+���%9���1��&69�8�1��'�K�L-..;N�J����81��

?���$ #9�0GIF/I.D�

-;05� ������� �c9� ����1�� �&9�J����� #69� %����� 69� +�� �%9� 8�1��'� K9� ��1��&6��

L-..;N�� �������&�� F9�0-G0/ID�

-;E5� K�B�������� ��9����' ����&�L;IIIN�J����81��?���$ $9�EG.I/;.�

-;F5� !�'����9���� ?�/&�������?�c9�#1���9�%1�������9�������c9�&�����cK9�J�7�6+9�

J����6�L-..FN���� ��"" 9�>>-/G�

-;>5� &�2 ���K�L-..DN�J����81��?���$ &9�>G0I/EI�

-;G5� ���������K9��� *���L-..EN�J����81��?���$ @�FGFF/>F�

-;I5� #1���1��%�9�#�����)�&�9���*�%9�K�����+��L;II>N�E��������������?��F?��F"9�

IF-F/D.�

--.5� !��� ���9�c� '�&�9��������'�����L;IIGN�J�E1���81����$G 9�0FEG/F>�

--;5� 6�����9�+����1B����L-..EN�J����81��?���$ @9�;F;-./G�

---5� %������ B���&c9�������K�9�&���B���889�6���'����9�U1 �B��K��L-..;N����1���

J�E$9�D0.I/-;�

���

��

��

Page 241: acidos nucleicos

G5����������

/�-D;�/�

����������������

G5��+=���#�!��

Page 242: acidos nucleicos

G5����������

/�-D-�/�

Page 243: acidos nucleicos

G5����������

/�-DD�/�

02�0�� =� �����

�� � ������

���� � "��������3�� �������

�#+� � �H���������#��������+����������

���� � "���������*����3� �������

������ ������ .���������

�&���� ������������� �����Z�1�9�����&7�����

���� � "�������3� �������

������ ������ .���������

����� � �����������?�������

����� �������4����

����� � ������3������

������� �������������7����

����� � �����������?�������

�D�c+� ��������������1�.����O���C����E��������������

� � � ���/ ���1�����

#� � #�������

#�� � 8�� ������1�����

#�A!� 8��.����F�������9����������������7�6����� ������?�1��

#A��&&� 81������7����������� ������1�����

#&�+� � 8������������ ����B���������E�������

��� � �����H����������B�����

�&� � ��H����&���� ����

�!+� � 9�����������E�������

�/���� "�����-O�/���3�� �������

��+� � � ��,����������3 ��,�+�������

��%� � ������� ���9����7����

?�� � ?�����' ����

8� � 8 ����

8���� � H�������.�����������

8% � � H ������9�����.���

Page 244: acidos nucleicos

G5����������

/�-D0�/�

A�� � A������/���B�

��� � B�7�����

�!�� � :��������!����� ���3��� ���

�!�� � :��������!����� �����������

�#� �� �����8��.�������7���������.�����

&�%� � �������9����

&#� � &����#�����

&+� � &C����/+�������

&!%� � ���?���9����

� �� � � ��������1� ���977���

� �!c� � ��������1� ���9�1�������?�����������

�� � ����' ���

���I0� ���H����������;II0�

���II� ���H���������;III�

���/3��.� ���H������.��������� ������� ���.�

+�#� � E������� ������8��������

+��� � E���������������

+&�� � E��������1�9Z����

+&��� � E��������7����������

��� � ������' ���

�� � � �����

��!+��� &�������9�����������E�������

��!#� � &����� ���������������6�

�&�� � ���������&�'������� ������

�&!��� &��������?� ������������

������� ��3� �������

!�+� � ! ���?�����������'���+��������

!���� � !���������� ���?����������7 ������

!+#���� 96�����?����E����81����

!% � � ?�����9�����.����

%� � %����

%�+D+� � 9����7��.��B������� ����E���������E����

Page 245: acidos nucleicos

G5����������

/�-DE�/�

%� � ������9����� ��

%&�� � 9���������� ������������

�� � �������

�!�� � F�.�����?�������

�K� � �������������

��J� � �������J�����

K�A� � K�� ��������� ���?��������A ���

J#� � J����/#���B�

J�#� � G�������81���

JA�&� G�1���7������������������1�����

c�� � +���������

��������������������������������

Page 246: acidos nucleicos

G5����������

/�-DF�/�

Page 247: acidos nucleicos

G5����������

/�-D>�/�

A2�� ���5��$�!!��� ���

;���� ��2���&9�+���2��9���)��9�� 7 ���6�

�d%1������������1����?����1���� �������?� �����������5e��

��81�����?�����&�Z��-..D9�D-�LFN$�DE./DF0�

- +���2��9���)��9���B����9�� 7 ���69� ��2���&����d%1�����������?��*�3����)��?��/��������/����� ���*��$�����3�������)���5e�

� ���������&����1�-..09�D-L-.N$�F;00/E;�

D�����)��9�&�)���%9�� ����&9��������#9�K��������9�+���2��9�������#� 2��9�����2/����

6&9��+� ������9�������2/������69�� 7 ���69� ��2���&�

�d�������'��?����� �����)��������4����������?� �����������5e�

�J� ������7������� ����?�� �� ��O���������-..F9�-DL0N$�00>/EF�

05� ��2���&9���)��9�&�)���%9�� ����&9��������#9�K�������9�+���2��9�#�������� 9�

������2/������69�������#� 2�69�� 7 �9���6�

d�������'��?����� �����)�������4����������?� �����������5e�

8��� ��������?� ����7�&����������5��E�;-;/;0E5���5�!���'���-..F�

E� ��2���&9���)��9�+���2���

d�����������������1���� �)��?� �����������?��*�3����)�3)����� �����)����5e��8 �������������?�� �� �����������-..G���+�����

�������

Page 248: acidos nucleicos

G5����������

/�-DG�/�

Page 249: acidos nucleicos

G5����������

/�-DI�/�

,2�0��" !��� � ����

���������������������������J���������7�����.��4��������������� ���������������������:������

�P�����6P��������� ����������������������.��91��������?���14�&��������81����7���

��� �����������Z��������7����1�6����������� ������

��� � � ��� � � L�� ����4� ���� � �� ����� ���� ������ ����P ���4� �� ��� ���� 7��P��4� ����

���� ���4� M98���4� .����4� .�� P���4� ��� � ���� ��4� �1� ����� B� ��� �� ?177��4�

�1����� ?���1� ����H�77� 7��� Z�������� Z������ ��� �1�� 1� �4� ���� � � 1�� ���������

�� ����?�����������Q����� ���������1���� ��Q1������������������

��������������4�������������