Actualizacion en cuanto a la infeccion por SARS-CoV-2

causante de la enfermedadCOVID-19

Dr. José Arturo Martínez Orozco

Jefe Infectología y Microbiología Clínica

Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias

JAMA.2020

SARS-CoV MERS-CoV

Género Beta-CoVs, linaje B Beta-CoVs, linaje C

Posible reservorio natural Murciélago Murciélago

Posible hospedero intermedio Civeta de Palma ( gato salvaje) Camello Dromedario

Origen Provincia de Guangdong, China Península Arábica

Epidemiología Clínica

No. total global reportado en OMS

Más de 8098 personas 2465 (desde el 2012 – 2019)

Países afectados 29 27

No. de muertes 774 al 2004 850 al 2019

Mortalidad 9.6% 34.4%

Región de transmisión

Global Regional

Patrón de transmisión

Animal – Humano; Humano – Humano (AMBOS)

Receptor predominante Enzima convertidora-angiotensina 2 (ECA 2)

Dipeptidil-peptidasa 4 (DPP 4)

Distribución en el receptor Endotelio arterial y venoso; músculo lisoarterial; intestino delgado; epitelio del

tracto respiratorio; monocitos y macrófagos alveolares

Epitelio del tracto respiratorio; riñón; intestino delgado; hígado y próstata;

Leucocitos activados

Susceptibilidad celularTracto respiratorio, riñón, hígado

Tracto respiratorio, intestino, tracto genitourinario, hígado, riñón, neuronas,

monocitos,

Eficiencia de replicación viral Alta Muy alta

Habilidad para inhibir la producción de IFN

Reconocimiento retrasado y respuesta proinflamatoria

Reconocimiento retrasado y respuesta proinflamatoria

MERS vs SARS

Enfermedad por Coronavirus: 6 de 7 coronavirus humanos circulando HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-OC43 , HCoV-HKU1,

MERS-CoV y SARS-CoV-2

SARS-CoV y MERS-CoV

Co

VC

oV

emer

gen

tes

1983 1985 1987 1989 1991 1993 1995 1997 1999 2001 2003 2005 2007 2009 2011 2013 20151950 -1960 1961-1970 1971-1980 1981-1990 1991-2000 2001-2010 2011-2020

HCoV-229E, HCoV-OC43Causa de resfriado común

SARS (nuevo coronavirus)Guangdong, China, Noviembre de

2002: Neumonia y SIRA

HCoV-NL63 Se aisló en los Países Bajos en 2004

Niños con Bronquiolitis. Resfriado comun, exacerbaciones de enfermedades cronicas

pulmonares, rara vez neumonia

HCoV-HKU1 en 2005En pacientes con neumonía de Hong Kong : Resfriado comun,

exacerbaciones de enfermedades cronicas pulmonares, rara vez

neumonia

2012, Respiratorio Medio Oriente (MERS) –CoV: Neumonia y SIRA en

Arabia Saudita2019: SRAS-CoV-2 Asintomaticos,

resfriado comun, Neumonia y SIRA.

Panorama actual.

HCoV-229E HCoV-NL63 HCoV-OC43 HCoV-HKU1

Las infecciones respiratorias por coronavirus son frecuentes en las epocas de otoño-inviernoMas común durante invierno

Representan menos del 10% de infecciones agudas de vías respiratorias en adultos (superiores e inferiores).

14% Enfermedad similar a influenza

15% de resfriados en adultos

Exacerbación de EPOC 4-6%

Exacerbación de asma en proporciones variables

• Gorse GJ, Connor TZO, Hall SL, Vitale JN, Nichol KL. Human Coronavirus and Acute Respiratory Illness in Older Adults with Chronic Obstructive Pulmonary Disease. J Infect Dis. 2009;199:847–57.

• Walsh EE, Shin JH, Falsey AR. Clinical Impact of Human Coronaviruses 229E and OC43 Infection in Diverse Adult Populations. J Infect Dis. 2013;208:1634–42. • Falsey AR, Mccann RM, Hall W, Criddle MM, Formica MA, Lpn DW, et al. The “Common Cold” in Frail Older Persons: Rhinovirus and Coronavirus in a Senior Daycare Center. J Am

Geriatr Soc. 1997;45:706–11.

Manifestaciones clínicas

Familia Coronavirus.

Pródromo: fiebre >38.3°C, calofríos, cefalea, astenia, mialgias ydiarrea (6-20%)3 a 7 días posteriores se presenta síntomas respiratorios (tos). Enneumonía un 10-20% puede requerir ventilación mecánica

13 feb 16 feb 23 feb 01 mar 3 mar

2014 2015 2016 2017 2018 2019

0

20

40

60

80

100

120

Parainfluenza 1,2,3 and 4 Rinovirus/Enterovirus Enterovirus Metapneumovirus Adenovirus Coronavirus 229E

Coronavirus NL63 Coronavirus OC43 Respiratory Sincitial Virus Coronavirus HKU1 Bocavirus

Virus respiratorios INER 2014-2020

2020

Martinez-Orozco, Becerril- Vargas et al. INER . 2020. www.iner.gob.mx

2014 2015 2016 2017 2018

Comportamiento de otros virus respiratorios (2014-2020)

2019

Coronavirus 229E Coronavirus NL63 Coronavirus OC43Coronavirus

HKU1SARS-CoV-2/

COVID-1934 26 79 44 1

Total de CoV 184

0

2

4

6

8

10

12

14

16

Coronavirus 229E Coronavirus NL63 Coronavirus OC43 Coronavirus HKU1 COVID-2019

Martinez-Orozco, Becerril- Vargas et al. INER . 2020. www.iner.gob.mx

COVID-19

DEFINICION DE CASO Y MANIFESTACIONES

CLINICAS AL 4 marzo 2020

Caracteristicas Clinicas y Epidemiologicas en 99 casos de COVID-19 en Wuhan.

67% mayores a 50 años, 51% condicionesmedicas cronicas: enfermedad cardiovascular yendocrinologica (DM2) las mas importantes.

Fiebre, tos y disnea los sintomas mas frecuentes.3% sintomas gastrointestinales.

75% NEUMONIA BILATERAL POR TAC DE TORAX.17% SIRA.

En 41 hospitalizados: DM2, HAS y cardiopatia las comorbilidades mas

frecuentes

A partir del inicio de sintomas:

7 dias para hospitalizarse8 dias para iniciar con disnea9 dias para presenter SIRA10.5 dias para ser ingresados a UCI

Caracteristicas Clinicas y Epidemiologicas en 99 casos de COVID-19 en Wuhan.

Desenlaces :

11% muerte31% alta4% Coinfeccionesbacterias nosocomiales y hongos (Aspergillus spp)

Caracteristicas Clinicas en 138 casos hospitalizadospor COVID-19 en Wuhan.

41.3% con sospechade transmission

nosocomial: 12.3% pacientes y 29%

trabajadores de la salud

HAS, Enfermedadcardiovascular y DM las comorbilidades

mas frecuentes

Caracteristicas Clinicas en 138 casos hospitalizados porCOVID-19 en Wuhan.

Desenlaces:

• SIRA 20% y arritmia17%

• 16% ingreso a UCI

• 4.3% mortalidad

Caracteristicas Clinicas de 44672 casos confirmadospor COVID-19. CDC China

41.6% de los casos entre 50 y 69 años

81% casos leves: sin neumonia o neumonia leve.

13.8% casos severos: disnea, insuficiencia respiratoria , PaO/FiOmenor a 300 e infiltrados pulmonares mayoyes a 50% en 24-48hrs.

4.7% casos criticos: falla respiratoria, choque septico y fallaorganica multiple

JAMA.2020.

44672 casos confirmados

87% entre 30 y 79 años

1% menores a 10 años

JAMA.2020.

Enfermedad leve 81%

Severa 14%

Ingreso a terapia intensiva5%

2.3% de mortalidad

En pacientes criticos 49% de MUERTE

PERSONAL DE LA SALUD 3.8% DE INFECCION GRACIAS A EPP COMPARADO CON 30% EN WUHAN

Caracteristicas Clinicas en 138 casos hospitalizadospor COVID-19 en Wuhan.

100% De loshospitalizados conneumoniabilateral conpredominio depatron en vidriodeslustrado

Caracteristicas Clinicas de pacientes Hospitalizados por COVID-19 en Wuhan al 24 de Enero: Hallazgos

en TAC de torax.

Paciente de 53 años a los 8 dias de iniciados los sintomas y posteriormente a los 12dias. SE OBSERVAN PARCHES DE VIDRIO DESLUSTRADO/DESPULIDO. Patron intersticialfrecuente en coronavirus.

Hombre de 40 años a los 15 dias y mujer de 53 años

Se observa neumonia bilateral con broncograma aereo y vidrio deslustrado en focos multiples.

DETERIORO

MEJORIA

DETERIORO

Mujer de 33 años con neumonia bilateral con patron de vidriodeslustrado/despulido

METANALISIS (REVISION DE DIVERSAS PUBLICACIONES INTERNACIONALES) CON 50466 HOSPITALIZADOS: 14% SIRA, TAC

ANORMAL 96%, CASOS SEVEROS 18%. MORTALIDAD 4.3%.

1099 PACIENTES 5% EN UCI, 2.3% AMV, 1.4% MORTALIDAD. LINFOPENIA 83.2%

MAS DE 65 AÑOS DM2, HAS, EPOC CON INGRESO MAS FRECUENTE A TERAPIA INTENSIVA

MANEJO CON OSELTAMIVIR Y ALGUNOS CRITICOS CON ECMO (N 5)

MORTALIDAD 1.4%

N 262

MORTALIDAD 0.9%

N 18 EN SINGAPUR REPLICACION VIRAL EN TRACTO RESPIRATORIO DE 7 A 15 DIAS. NO

MUERTES. VIRUS EN HECES Y SANGRE DETECTABLE.

ALTAS EN INFECTADOS

CURSO CLINICO EN PACIENTES TRATADOS CON LOPINAVIR /RITONAVIR

N 34

POCOS REPORTES EN EMBARAZADAS

SINDROMES CLINICOS:

Gripe, neumonía leve,neumonía severa,SIRA, sepsis y choqueseptico

OMS 2020

ESI

DIAGNOSTICO POR LABORATORIO DE

SARS-CoV-2

DIAGNÓSTICO EN MICROBIOLOGIA CLINICA INER SARS-CoV-2

• Influenza, 35 patógenos respiratorios y SARS-CoV2 (4 hrs) MEDIANTE LA PRUEBA DE PCR

• 335 Pruebas de PCRs en 1 semana.

• 34 CASOS SOPECHOSOS 33 NEGATIVOS 1 COVID-19

• HAY MAS DE 31 UNIDADES EN EL PAIS HACIENDOLO. USMIs.

TIEMPO DE RESPUESTA 6 HRS TOTALES

LABORATORIO 24 HRS 7 DIAS DE LA SEMANA A PARTIR DEL 1 DE FEBRERO

Toma de muestra de exudado faríngeo

Toma de muestra de exudado faríngeo y nasofaringeo

Toma de muestra de exudado faríngeo

https://www.gob.mx/cms/uploads/attachment

Dar a conocer las características de la toma y tipo demuestra para el diagnóstico de casos sospechosos de SARS-CoV-2 (COVID-19).

Tipos de muestra de muestra para diagnóstico de SARS-CoV-2 (COVID-19).

M. En C. Gisela Barrera Badillo

Jefe de Laboratorio de Virus Respiratorios del InDRE

Q.F.B. Daniel J. Regalado Santiago

Coordinación de Laboratorio de Bioseguridad Nivel 3 el InDRE

Tipos de muestra

Tipo de muestra Material Temperatura de transporte

Almacenamiento Comentarios

Exudado faríngeo y nasofaríngeo

1.- Medio de transporte viral2.- Hisopos de dacrón o rayón con

mango de plástico (exudado faríngeo)

3.- Hisopos de dacrón o rayón con mango flexible (exudado

nasofaríngeo)

2-8 ºC≤ 5 días: 2-8 ºC> 5 días: -70ºC

El exudado faríngeo y nasofaríngeo se deben colocar en el mismo tubo para incrementar

la carga viral

Lavado Bronquioalveolar

Contenedor estéril con medio de transporte viral

2-8 ºC ≤ 48 horas: 2-8ºC

> 48 horas: -70ºC

Puede haber dilución del patógeno, pero aun así vale la

pena tomarla. Se requiere como mínimo 2ml (1 ml de lavado

bronquioalveolar más 1 ml de medio de transporte).

Aspirado traqueal, aspirado nasofaríngeo o

lavado nasal

Contenedor estéril con medio de transporte viral 2-8 ºC

≤ 48 horas: 2-8ºC

> 48 horas: -70ºC

Se requiere como mínimo 2ml (1 ml de aspirado más 1 ml de

medio de transporte).

Biopsia de pulmónContenedor estéril con medio de

transporte viral 2-8 ºC≤ 5 días: 2-8 ºC> 5 días: -70ºC

2cm3 de la parte visiblemente más afectada.

Material para la toma de muestras clínicas

La muestra deberá tomarse de manera obligatoria por personal capacitado y designado por launidad de salud. Las muestras deberán ser consideradas como altamente infecciosas, por lo que esindispensable portar el siguiente equipo de protección personal y usar el siguiente material paratoma y trasnporte:

• Respiradores NIOSH N95 o N100

• Lentes con protección lateral (gafas protectoras o goggles)

• Bata desechable de manga larga

• Doble par de guantes

• Tubos de medio de transporte viral, con 2.5 ml de medio de transporte viral (color rojo).

• Hisopos estériles con mango de plástico (con punta de rayón o dacrón) y abatelengua, tambiénestériles, para exudados faríngeos.

• Hisopos estériles con mango flexible (con punta de rayón o dacrón), para exudadosnasofaríngeos (HNF).

• Gradilla (para exudados faríngeos y nasofaríngeos).

• Hielera que contenga refrigerantes para mantener las muestras a temperatura de 2 a 8 °C.

Criterios de rechazo

❖Que no cumpla con la definición operacional de casosospechoso de enfermedad por SARS 2 (COVID-19).

❖Que no incluya estudio epidemiológico de caso sospechoso de enfermedad por SARS 2 (COVID-19)

❖Muestra en medio de trasporte viral virado (amarillo o rosa).

❖Muestra tomada con hisopo de algodón y punta de madera.

❖Muestra con temperatura mayor a 8°C.

PROTOCOLO BERLIN

SONDAS INER

PROTOCOLO BERLIN

Al 29 de Enero se suman : protocolo de Taiwan, protocolo de CDC China, Protocolo de Japon

PROTOCOLO HONG KONG

PROTOCOLO CDC

RT-PCR realizadas en INER casos sospechosos SARS-CoV-2

Control

Control

MANEJO Y PREVENCION PARA COVID-19

Suspect case (under investigation)

Suspect case according to WHO definition

Continue consultation

Send case by e-mail and call to aphone number designated for thiscases

Isolation at home in caseof not having criteria forhospitalization or referralto a second or tertiarycare center in case ofcriteria for admission!

Positive for SARS-CoV-2

Report to thereferral center

the positive diagnosis

COVID-19 contacts

Ends follow up after 14 days

No clinical criteriafor COVID-19: Follow rutineconsultaion

Contact withCOVID-19 symptoms.

Call the Call center and report

Isolation at home or refer to a

second or third level center

Report to thereferral center

the positive diagnosis

Suspect case with respiratory symptoms

Suspect case: medical mask, hand washing and droplet/air precautions

IS IT REALLY A SUSPECT CASE? Continue routine consultation

Physical exam in a separate room with contact isolation.

Refer to a second level centerCall center number to notify the case

NP Swab for SARS-CoV2 diagnosis will be taken at the clinic and send to one of the referral centers in the 32 states in Mexico (34

CENTERS TOTAL)

Suspect case with risk factors forsevere disease

Isolation at home with clinical information aboutdisease worsening symptoms

Isolation at home and new clinicalvisit suggested at 24 hours

Suspect case with respiratory symptoms

Requiere atencion inmediata/Immediate consultation is needed?

Suspect case: medical mask, hand washing and droplet/air precautions

Physical exam in a separate room with contact isolation.

IS IT REALLY A SUSPECT CASE?

Notify to the local ID and epidemiology team

Notify to the COVID-19 call center

NP Swab for SARS-CoV2 diagnosis will be taken at the clinic and send to one of the referral centers in the 32 states in Mexico (34

CENTERS TOTAL)

Requiere atencion inmediata/Immediate consultation is needed?

Clinical criteria for hospital admission

Suspect case in an isolated room with contact precaution: start support treatment

Suspect case with risk factors

for severedisease

Isolation at home and new clinicalvisit suggested at 24 hours

Isolation at home with clinicalinformation about disease

worsening symptoms

Discharge with symptom relief med.

Admit to an isolated room in a clinical ward.

VMS is needed?.

Admit to ICU unit in an

isolated room.

TRIAGE INER

ABORDAJE DIAGNOSTICO INER CASO SOSPECHOSO CON O SIN

DATOS ATIPICOS DE ENFERMEDAD: Ej INMUNOCOMPROMETIDOS.

QUE HACER CON EL RESULTADO DE RT-PCR?

FLUJO HOSPITALARIO

INER

MANEJO DE VIA AEREA CON EPP: DOBLE GUANTE

EQUIPO DE PROTECCION AL INTUBAR.

VIREMIA FACTOR APARENTE DE MAL PRONOSTICO HOSPITALARIO

AISLAR CASOS Y CONTACTOS DETIENE LA CADENA DE TRANSMISION

PARA CONTROLAR 90% DE LOS BROTES: 80% DE LOS CONTACTOS NECESITAN SER RASTREADOS Y

AISLADOS PARA UN R0 de 2.5

EN MILAN NOTIFICACION TELEFONICA DE CASOS: IGUAL QUE MEXICO

LUCHAMOS UNA EPIDEMIA Y UNA

INFODEMIA

LAS REDES SOCIALES Y LOS

MEDIOS PONEN A LA SALUD

PUBLICA EN DESVENTAJA

INFORMACION VERIDICA LO

MEJOR CONTRA EL PANICO

RETIRO DE AISLAMIENTO EN CASOS SOSPECHOSOS

PCRs REACTIVAS DESPUES DE 5 A 13 DIAS DEL ALTA: SE SUGIEREN 2 PCRS NEGATIVAS Y

ASINTOMATICO PARA ALTA O QUITAR CUARENTENA

LA CONFIANZA ES UN FACTOR CLAVE EN EL DESEO DEL TRABAJADOR DE LA SALUD PARA

TRABAJAR EN EL BROTE DE COVID-19

ENSAYOS CLINICOS EN MARCHA CON LOPINAVIR/ RITONAVIR

QUE SON TX ANTIRETROVIRALES PARA VIH

ENSAYOS CLINICOS EN MARCHA CON

DARUNAVIR/COBICISTAT MEDICAMENTOS PARA

VIH Y REMDESIVIR PARA EBOLA

ENSAYOS CLINICOS EN MARCHA CON

BALOXAVIR NUEVO TX ANTINFLUENZA YA EN MEXICO Y TENOFOVIR ALEFENAMIDA/EMTRI

CITABINA CON LOPINAVIR/RITONAVIR QUE SON CONTRA VIH

ENSAYOS CLINICOS EN MARCHA CON CLOROQUINA

ANTIPALUDICO Y TX PARA ENFERMEDADES

REUMATOLOGICAS

BUSCANDO BLANCOS POTENCIALES DE VACUNA

ANTECEDENTES: Masculino 35 años sano

• NO se aplico vacuna influenza

• Exposición laboral negada

• Viajes recientes: 16-22 de febrero 2020 estancia en Italia• Contacto con caso positivo

sentado junto a el en la convención

• 23 feb ya en Mexico• 24-27 sintomático: tos, estornudo,

fiebre, dolor de cuerpo y cansancio.

• 27 Feb ACUDE AL INER POR NOTIFICACION DE EMPRESA

• APNP • APP

• Tabaquismo positivo desde los 17 años-actualidad a razón de 20 cigarrillos al día. 1 CAJETILLA DIARIA

32 CONTACTOS

Atencion y Diagnóstico• Se activa protocolo de atención de acuerdo a

flujograma. AISLAMIENTO, VALORACION MEDICA Y MEDIDAS DE PROTECCION PERSONAL PARA TRABAJADORES DE LA SALUD.

• Detección por PCR tiempo real influenza, 35 virus y bacterias respiratorias y la específica para SARS-CoV-2/COVID-19. RESULTADOS EN 4 HRS.

• TODO NEGATIVO EXCEPTO COVID-19

• LLEGA 1 PM , DIAGNOSTICO 5PM

• TRATAMIENTO: OSELTAMIVIR Y SINTOMATICOS

Signos vitales

27.02.2020 12:00 14 18 23

T/A 110/70 116/80 128/80 106/70

FC 75 72 70 80

FR 15 19 16 19

T° 36.6° C 36.7°C 37°C 36.5°C

Sat 95% 93% 93% 94%

Glasgow 15 15 15 15

Laboratorios INGRESO

Biometría hemática

Leucocitos 6.5 - 10^3/mm3

Neutrófilos 3.0 #

Linfocitos 2.5 #

Eosinófilos 0.3 #

Hemoglobina 17.7 gr/dl

Hematocrito 51.8 %

Plaquetas 185 000

Química sanguínea

Glucosa 90.40 mg/dL

Creatinina sérica 0.73 mg/dL

BT 0.5 mg/dL

TGO 33 UI/L

TGP 57.1 UI/L

LDH 209.8 UI/L

CPK 189.2 UI/L

Electrolitos séricos

Sodio sérico 138.16 mmol/L

Potasio 4.05 mmol/L

Cloro sérico 107.05 mmol/L

Tiempos de coagulación

TP 14 segundos

TTP 53.4 segundos

INR 0.98

Inmunología

PCT 0.04

Prot C reactiva

0.235

Gasometría arterial

Ingreso 27.02.2020

• pH 7.38

• pCO2 36.3

• sO2 93%

• HCO3 21.2

• EB -3.0

• Lact 0.8

Control 28.02.2020

• pH 7.39

• pCO2 37.3

• sO2 94%

• HCO3 22

• EB -3.3

• Lact 0.8

TACAR 27.02.2020

TC tórax 02.03.2020

27.02.2020

02.03.2020

Exudado nasofarígeo

ESTUDIO INICIAL Y DE CONTROL CON LA

QUE SE VALORO ALTA Y AISLAMIENTO A 14

DIAS EN CASA

N Engl J Med. 2020 Jan 31

PRIMER CASO EN EUA:

Contribuciones del INER para la respuesta a COVID-19 en México

• Diagnostico a la par de InDRE

• Apoyo en diagnostico otras instituciones de ser necesario

• Lineamiento de atención medica y Guías de EPP (equipo de Proteccion) para manejo de pacientes con COVID-19 infectados por SARS-CoV-2

• Flujogramas de atención a primero , segundo y tercer nivel.

• Listo el laboratorio de virología molecular para caracterización del virus en población mexicana BSL-3 SECUENCIACION

• 3 CursoS Nacional COVID-19 : 21 de febrero 500 asistentes presenciales y en línea 1000. 3 Marzo y 11 de marzo PARA CAPACITADORES

• Neumología, Infectología, Enfermería e investigación parte del grupo Consejo Nacional de Seguridad y Salud. Subcomite de Enfermedades Emergentes. VOCEROS SECRETARIA DE SALUD.

Conclusiones• Tos, fiebre, disnea , fatiga y mialgas los sintomas mas frecuentes.

• Hasta 10% con sintomas gastrointestinales.

• DM2, enfermedad cardiovascular y enfermedad pulmonar cronica las comorbilidades mas Fc

• Linfopenia en enfermedad no grave el hallazgo mas frecuente

• Rx y TAC en hospitalizados con neumonias bilaterales de predominnio vidrio despulido.

• Mortalidad hospitalaria 4-15%

• Complicacionens mas frecuentes: SIRA, daño cardiaco y daño renal.

• Pacientes en UCI procalcitoninas positivas en mayor numero y mayor daño a organo blanco.

• 80% de los casos confirmados son leves y 4.3% criticos.

• RT-PCR metodo diagnostico recomendado en hisopado nasofaringeo o exudado faringeo.

• Se sugiere el uso de algoritmos de atencion para la pronta y adecuada identificacion del pacientepara disminuir mortalidad por retraso en atencion y evitar la transmision nosocomial

GRACIAS

Coordinación de Infectologia y Microbiologia Clinica/ Infectious Diseases and Clinical Microbiology Department

jarturoinfectologia@iner.gob.mx