AFLP (Amplified Fragment Lenght Polymorphism)

Hazırlayan: Mehmet Emin DİKEN

• Zabeau ve Vos tarafından 1993 te bulunmuş Vos ve Kuiper tarafından geliştirilmiştir.

• Genoma ait rastgele DNA bölgelerinin aynı anda haritalanması olarak ifade edilebilir.

• Analiz etme, karşılaştırma,organizmalardaki genomun tamamında meydana gelen farklılıkların karşılaştırılması amaçlı kullanılır.

• Türlerin farklılıklarının tespiti ve filogenetik sınıflandırmada bir numaralı yöntem haline gelmiştir.

• Aynı zamanda bu teknik kısa sürede gerekli incelemeleri bize sağlar.

AFLP Tekniğinin Kullanım Alanları

• mikrobiyolojik tiplendirme

• popülasyon genetiği

• adli tıp

• bitki ve hayvan türlerinin ıslahı

• genetik haritaların oluşturulması

AFLP uygulama basamakları

1. DNA ekstraksiyonu işlemi yapılır.

2. DNA’nın uygun restriksiyon enzimleri ile kesilir. Küt uç ve yapışkan uç oluşturan enzimler kullanılır. Bunlar dört birimlik MseI ve altı birimlik EcoRI’dir.

3. Adaptör moleküllerin restriksiyon enzimleri ile kesilmiş DNA moleküllerine bağlanır. Adaptörler, enzimin tanıdığı baz dizilerini, birde 20 nükleotid kadar bildiğimiz dizilerden oluşur.

4. Restriksiyon enziminin kesim bölgelerine bağlanan adaptörler ile oluşan yeni DNA parçaları amonyum asetat ve saf alkolle ile çökertildikten sonra%70’lik alkol ile yıkanarak distile su içerisinde süpanse edilir.

• Ön seçici çoğaltma

• Seçici çoğaltma

Adaptör moleküllerinin bağlandığı DNA parçalarının çoğaltılması iki

aşamada gerçekleştirilir

Ön seçici çoğaltma

Seçici çoğaltma

5. Bu şekilde PCR için gerekli kalıp DNA hazırlanmış olur.

6. PCR ile çoğaltılan DNA fragmentleri agaroz jel elektrofezinde yürütülür.

7. Analiz için gerekli veriler şekildeki cihazdan elde edilen grafiklerdir. Bu grafikler “AFPL skorlama” programları ile elde edilir.

AFLP SKORLAMA

• Geliştirilen AFLP skorlama programları, oluşan DNA fragmentlerinin matematiksel olarak ifade edilmesini sağlamaktadır.

• Bu şekilde oluşturulan veri bankaları, hem verilerin yorumlanmasını kolaylaştırmakta hem de sonuçların global karşılaştırılmasını sağlamaktadır.

»ÖNEMİ• AFLP taksonomik çalışmaları

desteklemek için büyük ölçüde kabul edilmiştir. Çünkü AFLP aynı genomiğe sahip türlerin hangi birbirleri arasındaki ilişkileri net bir şekilde açıklar. Böylece tüm canlı grupların sınıflandırılmasında büyük önem taşımaktadır. Bunu bakteriler üzerinde yapılan bir örnekle şu şekilde analiz edebiliriz.