Aminoacyl tRNA synthetase (aaRS)Oleh:

Ertanti Rizki P. 20512033Suci Rizki Nurul Aeni 20512044

KK Biokimia-Institut Teknologi Bandung

Outline

What is aa RS ?

How kinetics parameter of aa

RS ?

What the development?

What is aa RS ?

Terdapat dalam sel makhluk hidup, yaitu pada Ribosom

Pengikatan asam amino spesifik ke tRNA

Berperan dalam proses translasi RNA

PL

• Kesalaham Koding Asam amino

• Protein berubah jenis dan fungsi

Lokasi Fungsi defisiensi

Tahapan pengikatan tRNA dengan asam amino

1) Sisi aktif enzim mengikat asam amino dan molekul ATP. 2) ATP kehilangan dua gugus fosfat dan bergabung dengan asam amino sebagai AMP.3) tRNA berikatan kovalen dengan asam amino menggeser AMP di sisi aktif enzim. 4) Enzim melepaskan tRNA-aminoasil, disebut juga “asam amino teraktivasi”

Mekanisme

Perbedaan Kelas Asam Amino

Kinetika

kinetic of Enzyme

• Suhu• Konsentrasi enzim• Konsentrasi Substrat• Inhibitor• Jumlah Pyrophosfat

What the development?

• Inhibitor enzim ini dapat berguna bagi treatment untuk beberapa penyakit antara lain Malaria dan HIV 1

• Inhibitor enzim ini berpotensi untuk zat antibiotik

Spesific Enzyme Name of IUBMB• EC 6 : Class Ligase• EC 6.1 : Subclass Forming Carbon-Oxygen Bonds• EC 6.1.1 : Ligases forming aminoacyl-tRNA and related compounds• EC 6.1.1.11 : Serine-tRNA ligase• Nama lain : seryl-tRNA synthetase; SerRS; seryl-

transfer ribonucleate synthetase; • seryl-Transfer RNA synthetase; seryl-transfer ribonucleic acid

synthetase; serine translase• Nama Sistematik : L-serine:tRNASer ligase (AMP-forming)

Serine-tRNA ligase Fungtion

• Mengakatalisis pengikatan kovalen dari serin ke gugus 3’-OH dari nukleotida tRNA-nya dalam suatu proses yang digerakan oleh hidrolisis ATP.

Reaction of Serine-tRNA ligase

ATP + L-serine + tRNASer AMP + diphosphate + L-seryl-tRNASer

Characteristic of Serine-tRNA ligase• Terdapat dua domain yang terikat pada active

side dan pada antikodon• Domain N-terminal terdiri dari rantai yang

sangat panjang• Seryl-tRNA synthetase memiliki setidaknya

lima spesies yang berbeda yang secara kolektif mengakui enam kodon berbeda untuk asam amino

Kinetic of Serine-tRNA ligaseSuhu

pH

pI

Konsentrasi Enzim

Konsentrasi Substrat

Konsentrasi Pyrophosfat

Application of Serine-tRNA ligaseSintesis Seryl-Adenyl

ate

Sintesis Diadenosine Tetraphosphate (Ap4A)

Modification of Serine-tRNA ligase

Proses aminoasilasi

Sintesis Selenocystei

n