Upload
others
View
29
Download
0
Embed Size (px)
Citation preview
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK
DELAPAN AKSESI SORGUM (Sorghum bicolor (L.) Moench)
DAERAH JAWA TIMUR MENGGUNAKAN PENANDA RAPD
SKRIPSI
Diajukan untuk Memenuhi Sebagian Persyaratan
Mencapai Derajat Sarjana S-1
Jurusan Agronomi
Diajukan Oleh:
Dian Abdillah
NIM. 201310200311070
PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI
JURUSAN AGRONOMI
FAKULTAS PERTANIAN-PETERNAKAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH MALANG
2018
HALAMAN PERSETUJUAN
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK
DELAPAN AKSESI SORGUM (Sorghum bicolor (L.) Moench)
DAERAH JAWA TIMUR MENGGUNAKAN PENANDA RAPD
Oleh:
DIAN ABDILLAH
NIM: 201310200311070
Disetujui oleh:
Pembimbing Utama Tanggal 1 Februari 2018
Dr. Ir. Agus Zainudin, M.P.
NIP. 10591090238
Pembimbing Pendamping Tanggal 1 Februari 2018
Dr. Ir. Maftuchah, M.P.
NIP. 196803121992121002
Malang, 23 Februari 2018
Menyetujui:
An. Dekan,
Wakil Dekan I, Ketua Jurusan,
Dr. Ir. Aris Winaya, M.M, M.Si. Dr. Ir. Ali Ikhwan, M.P.
NIP. 196405141990031002 NIP. 196410201991011001
SKRIPSI
ANALISIS KERAGAMAN GENETIK
DELAPAN AKSESI SORGUM (Sorghum bicolor (L.) Moench)
DAERAH JAWA TIMUR MENGGUNAKAN PENANDA RAPD
Oleh:
DIAN ABDILLAH
NIM: 201310200311070
Disusun berdasarkan Surat Keputusan Dekan
Fakultas Pertanian Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang
Nomor: E.6.I/186.a/FPP-UMM/II/2018 dan rekomendasi Komisi Skripsi
Fakultas Pertanian Peternakan UMM pada tanggal: 7 Februari 2018
dan keputusan Ujian Sidang yang dilaksanakan pada tanggal 1 Februari 2018
Dewan Penguji:
Dr. Ir. Agus Zainudin, M.P. Dr. Ir. Maftuchah, M.P.
Ketua/Pembimbing Utama Anggota/Pembimbing Pendamping
Dr. Ir. Ali Ikhwan, M.P. Dr. Ir. Fatimah Nursandi, M.Si.
Anggota Anggota
Malang, 23 Februari 2018
Mengesahkan:
Dekan, Ketua Jurusan,
Dr. Ir. David Hermawan, M.P., IPM. Dr. Ir. Ali Ikhwan, M.P.
NIP. 19640526199003 NIP. 196410201991011001
SURAT PERNYATAAN
Saya yang bertanda tangan di bawah ini:
Nama : Dian Abdillah
NIM : 201310200311070
Jurusan/Prodi : Agronomi/Agroteknologi
Fakultas : Pertanian Peternakan
Menyatakan bahwa karya ilmiah yang berjudul: “Analisis Keragaman Genetik
Delapan Aksesi Sorgum (Sorghum bicolor (L.) Moench) Daerah Jawa Timur
Menggunakan Penanda RAPD” adalah bukan karya orang lain, baik sebagian
maupun keseluruhan kecuali dalam bentuk kutipan yang diacu dalam naskah ini
dan telah disebut sumbernya.
Demikian pernyataan ini saya buat dengan sebenar-benarnya dan apabila
pernyataan ini tidak benar maka saya bersedia mendapatkan sanksi akademik.
Malang, 30 Januari 2018
Mengetahui, Yang Menyatakan,
Pembimbing Utama,
Dr. Ir. Agus Zainudin, M.P. Dian Abdillah
RIWAYAT HIDUP
Dian Abdillah, dilahirkan di desa Tulaan, Gunung Meriah,
Aceh Singkil pada 16 Agustus 1995 sebagai anak ketiga
dari tiga bersaudara. Penulis lahir dari orang tua Suratman
(Alm.) dan Evi Susanti. Menyelesaikan pendidikan dasar di
kompleks pendidikan Muhammadiyah Gunung Meriah
pada tahun 2007, penulis melanjutkan pendidikan tingkat
menengah pertama di SMPN 1 Gunung Meriah dan pada
tahun 2013 selesai menempuh pendidikan sekolah menengah atas jurusan IPA di
SMAN 1 Gunung Meriah. Selama duduk di bangku sekolah menengah atas, penulis
aktif di berbagai organisasi di antaranya Organisasi Siswa Intra Sekolah (OSIS)
sebagai Ketua Bidang Kerohanian, ekskul Kerohanian Islam (ROHIS) sebagai
Ketua Umum, Kelompok Ilmiah Remaja (KIR), English Club, Paduan Suara
Sekolah, Ikatan Pelajar Muhammadiyah (IPM), dan Forum Rohis Aceh Singkil
(FORIS) sebagai Ketua Umum dan salah satu pendiri organisasi tersebut. Meskipun
mengikuti berbagai kegiatan organisasi, penulis tetap berusaha menjaga prestasi
akademik sehingga dua kali terpilih menjadi juara umum akademik se SMAN 1
Gunung Meriah pada kelas X dan tiga besar siswa terbaik di kelas XII. Selain itu
penulis juga mengikuti Olimpiade Geografi dan Bahasa Inggris serta lomba Cerdas
Cermat Empat Pilar MPR Provinsi Aceh pada tahun 2011.
Kecintaan penulis terhadap ilmu alam dan dunia agrikultur menuntun
penulis memilih melanjutkan pendidikan di Program Studi Agroteknologi, Jurusan
Agronomi, Fakultas Pertanian Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang
pada tahun 2013. Semasa perkuliahan penulis aktif di UKM Kerohanian Jamaah
AR. Fachruddin UMM serta Himpunan Mahasiswa Jurusan Agronomi Tahun 2014-
2015 dan bertanggung jawab di Divisi Iptek. Selain itu, penulis juga aktif sebagai
asisten praktikum Dasar-Dasar Agronomi dan Pengenalan Jasad Pengganggu
Tanaman di Laboratorium Agronomi UMM. Penulis pernah lolos pendanaan Dikti
dalam penulisan Program Kreativitas Mahasiswa (PKM) bidang Penelitian-Eksakta
pada tahun 2014 dengan judul “Pengaruh Teknik Pematahan Dormansi dengan
Vernalisasi dan Perendaman Giberelin Terhadap Pembungaan Subang Gladiol
(Gladiolus hybridus L.)”.
Bacalah dengan menyebut nama Tuhanmu,
Dia telah menciptakan manusia dari segumpal darah.
Bacalah, dan Tuhanmulah Yang Maha Pemurah,
Yang mengajar manusia dengan perantaraan kalam,
Dia mengajarkan manusia apa yang tidak diketahuinya.
[QS. Al-‘Alaq: 1-5]
O Ever Living One, O Eternal One, by Your mercy I call on You
to set right all my affairs. Do not place me in charge of my
soul even for the blinking of an eye
[Shahih Al-Hakim 1/545]
رب إنه صلتى ونسكى ومحياى ومماتى لله
لمين ٱلع
i
KATA PENGANTAR
Puji syukur ke hadirat Allah SWT, atas berkat rahmat dan karunia-Nya
penulis dapat menyelesaikan penelitian hingga penyusunan laporan skripsi tepat
pada waktunya tanpa halangan yang berarti. Penelitian yang dilakukan membahas
mengenai “Analisis Keragaman Genetik Delapan Aksesi Sorgum (Sorghum bicolor
(L.) Moench) Daerah Jawa Timur Menggunakan Penanda RAPD”. Laporan ini
disusun untuk memenuhi persyaratan kelengkapan tugas skripsi Strata Satu (S1)
pada Program Studi Agroteknologi Jurusan Agronomi Fakultas Pertanian-
Peternakan Universitas Muhammadiyah Malang.
Penelitian dan penulisan laporan skripsi ini tidak terlepas dari berbagai
bimbingan dan arahan, bantuan, serta motivasi dari berbagai pihak. Oleh karena itu,
penulis ingin menyampaikan rasa terima kasih sebanyak-banyaknya kepada seluruh
pihak yang telah terlibat. Secara khusus penulis menyampaikan rasa hormat dan
terima kasih kepada:
1. Bapak Dr. Ir. Agus Zainudin, M.P., selaku pembimbing utama yang telah
meluangkan waktunya untuk memberikan arahan serta bimbingan selama
penelitian hingga penulisan laporan ini.
2. Ibu Dr. Ir. Maftuchah, M.P., selaku pembimbing pendamping yang juga
telah memberikan berbagai bimbingan dan arahan kepada penulis.
3. Ibu Sulistyawati, yang telah memberikan banyak bantuan dan wawasan
mengenai penelitian yang dilakukan oleh penulis.
4. Bapak Kholis M., yang telah membantu dan memberi arahan dalam
berbagai kegiatan di Laboratorium.
5. Serta semua pihak yang telah membantu dan tidak dapat saya sebutkan satu-
persatu.
Penulis menyadari bahwa laporan penelitian ini masih terdapat banyak
kekurangan, oleh karena itu penulis menerima segala kritik dan saran yang
membangun dari semua pihak. Pada akhirnya, semoga tulisan ini dapat bermanfaat
bagi penulis dan pembaca serta dapat menjadi sumbangsih bagi ilmu pengetahuan.
Malang, Januari 2018
Penulis
ii
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR ....................................................................................... i
DAFTAR ISI ...................................................................................................... ii
DAFTAR TABEL ............................................................................................. iv
DAFTAR GAMBAR ......................................................................................... v
DAFTAR LAMPIRAN ..................................................................................... vii
RINGKASAN .................................................................................................... viii
SUMMARY ....................................................................................................... ix
I. PENDAHULUAN .......................................................................................... 1
1.1 Latar Belakang ........................................................................................ 1
1.2 Rumusan Masalah ................................................................................... 4
1.3 Tujuan Penelitian ..................................................................................... 4
1.4 Hipotesis .................................................................................................. 5
1.5 Manfaat .................................................................................................... 5
II. TINJAUAN PUSTAKA ............................................................................... 6
2.1 Taksonomi Tanaman Sorgum ................................................................. 6
2.2 Morfologi Sorgum ................................................................................... 9
2.3 Kandungan Nutrisi Sorgum ..................................................................... 12
2.4 Studi Keragaman Genetik Sorgum .......................................................... 14
2.5 Kekerabatan dan Variasi Genetik Tanaman Berdasarkan Penanda
RAPD ...................................................................................................... 18
III. METODE PENELITIAN .......................................................................... 23
3.1 Tempat dan Waktu .................................................................................. 23
3.2 Bahan dan Alat ........................................................................................ 23
3.3 Pelaksanaan Penelitian ............................................................................ 24
3.3.1 Penanaman Sampel ........................................................................ 25
3.3.2 Pengambilan Sampel untuk Isolasi DNA ...................................... 25
3.3.3 Isolasi DNA ................................................................................... 26
3.3.4 Analisis Kemurnian dan Konsentrasi Isolat DNA ......................... 29
3.3.5 Visualisasi DNA dengan Elektroforesis Gel Agarose ................... 30
3.3.6 Analisis DNA dengan PCR-RAPD ................................................ 31
3.4 Variabel Pengamatan ............................................................................... 33
3.5 Analisis Data ........................................................................................... 34
IV. HASIL DAN PEMBAHASAN ................................................................... 36
4.1 Hasil ........................................................................................................ 36
iii
4.1.1 Analisis Kualitatif DNA ................................................................ 36
4.1.2 Analisis Kuantitatif DNA .............................................................. 38
4.1.3 Analisis DNA dengan PCR-RAPD ................................................ 39
4.1.4 Analisis Keragaman Genetik Sorgum Berdasarkan RAPD ........... 47
4.2 Pembahasan ............................................................................................. 49
4.2.1 Kualitas Hasil Isolasi DNA Delapan Aksesi Sorgum .................... 49
4.2.2 Kemurnian dan Konsentrasi DNA Hasil Isolasi ............................ 52
4.2.3 Analisis DNA Delapan Aksesi Sorgum Berdasarkan Hasil PCR-
RAPD ............................................................................................. 54
4.2.4 Keragaman Delapan Aksesi Sorgum Daerah Jawa Timur
Berdasarkan RAPD ........................................................................ 58
V. KESIMPULAN DAN SARAN .................................................................... 62
5.1 Kesimpulan .............................................................................................. 62
5.2 Saran ........................................................................................................ 62
DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................ 63
LAMPIRAN ....................................................................................................... 69
iv
DAFTAR TABEL
Nomor Teks Halaman
Perbandingan nutrisi sorgum biji dengan beberapa tanaman sereal lain ..... 13
Keuntungan komparatif sorgum manis terhadap tebu dan jagung ............... 13
Varietas sorgum yang dilepas di Indonesia.................................................. 16
Koleksi plasma nutfah sorgum oleh Balitsereal, Maros, tahun 2010-2012 . 17
Aksesi sorgum yang digunakan dalam penelitian ........................................ 23
Komposisi larutan bufer 1 ............................................................................ 26
Komposisi larutan bufer 2 ............................................................................ 27
Komponen reaksi PCR ................................................................................. 31
Penentuan suhu dan waktu yang digunakan dalam reaksi PCR................... 32
Jenis dan urutan basa dari 11 primer RAPD yang diseleksi ........................ 32
Hasil pengukuran kemurnian dan konsentrasi DNA sampel hasil isolasi ... 38
Tingkat polimorfisme DNA sorgum berdasarkan primer RAPD yang
diujikan ........................................................................................................ 46
Nilai kemiripan 8 aksesi sorgum daerah Jawa Timur berdasarkan
gabungan lima primer RAPD (dalam persen) .............................................. 48
Data biner delapan aksesi sorgum berdasarkan primer OPA 02 .................. 72
Data biner delapan aksesi sorgum berdasarkan primer OPA 10 .................. 72
Data biner delapan aksesi sorgum berdasarkan primer OPA 13 .................. 72
Data biner delapan aksesi sorgum berdasarkan primer OPA 19 .................. 73
Data biner delapan aksesi sorgum berdasarkan primer OPA 20 .................. 73
v
DAFTAR GAMBAR
Nomor Teks Halaman
1. Panikel dan spikelet dari lima ras sorgum: (1) bicolor; (2) caudatum; (3)
durra; (4) guinea; (5) kafir (Sumber: Kumar, 2016). ................................... 8
2. Bentuk-bentuk malai sorgum (Sumber: Andriani dan Isnaini, 2013). ......... 11
3. Visualisasi elektroforesis hasil isolasi DNA 8 aksesi sorgum. .................... 37
4. Hasil amplifikasi DNA dengan menggunakan primer OPA 02:
(a) visualisasi dengan elektroforesis gel agarose; (b) Zymogram hasil
amplifikasi menggunakan software GelAnalyzer 2010. .............................. 40
5. Hasil amplifikasi DNA dengan menggunakan primer OPA 10:
(a) visualisasi dengan elektroforesis gel agarose; (b) Zymogram hasil
amplifikasi menggunakan software GelAnalyzer 2010. .............................. 41
6. Hasil amplifikasi DNA dengan menggunakan primer OPA 13:
(a) visualisasi dengan elektroforesis gel agarose; (b) Zymogram hasil
amplifikasi menggunakan software GelAnalyzer 2010. .............................. 42
7. Hasil amplifikasi DNA dengan menggunakan primer OPA 19:
(a) visualisasi dengan elektroforesis gel agarose; (b) Zymogram hasil
amplifikasi menggunakan software GelAnalyzer 2010. .............................. 43
8. Hasil amplifikasi DNA dengan menggunakan primer OPA 20:
(a) visualisasi dengan elektroforesis gel agarose; (b) Zymogram hasil
amplifikasi menggunakan software GelAnalyzer 2010. .............................. 45
9. Dendogram tingkat kemiripan delapan aksesi sorgum daerah Jawa Timur
berdasarkan koefisien Dice menggunakan data biner dari gabungan lima
primer RAPD. .............................................................................................. 47
10. Aplikasi GelAnalyzer 2010. ......................................................................... 74
11. Tampilan baris menu GelAnalyzer 2010 ..................................................... 74
12. Jendela direktori pemilihan file yang akan dianalisis .................................. 74
13. Tampilan jendela analisis gel ....................................................................... 75
14. Baris marker yang akan dikalibrasi. ............................................................. 75
15. Tampilan kurva berdasarkan intensitas pita pada gel. ................................. 76
16. Baris marker yang telah dikalibrasi. ............................................................ 76
17. Pita amplikon yang telah dianalisis dengan GelAalyzer 2010 ..................... 77
18. Jendela direktori penyimpanan hasil analisis. .............................................. 77
19. Susunan data hasil scoring pita DNA hasil amplifikasi di Ms. Excel ......... 78
20. Jendela dialog “Save As” di Ms. Excel........................................................ 78
vi
21. Ikon aplikasi ntedit dari NTSYSpc 2.02 ...................................................... 79
22. Cara mengimport data biner dari Excel ke ntedit. ....................................... 79
23. Data biner yang berhasil diimport ke ntedit. ................................................ 79
24. Ikon aplikasi NTSYS. .................................................................................. 80
25. Tampilan operasional SimQual pada NTSYSpc .......................................... 80
26. Tampilan jendela menu clustering SAHN pada NTSYSpc 2.02 ................. 81
27. Jendela “Tree Plot” yang menampilkan hasil dendogram pengelompokan
pada NTSYSpc 2.02. .................................................................................... 81
28. Tampilan jendela menu “Plot Options”. ...................................................... 82
29. Tabel nilai kemiripan pada NTSYSpc 2.02. ................................................ 82
30. Benih delapan aksesi sorgum yang digunakan dalam penelitian: (a) aksesi
Pasuruan; (b) aksesi Sampang-1; (c) aksesi Sampang-2; (d) aksesi
Jombang; (e) aksesi Lamongan-1; (f) aksesi Lamongan-2; (g) aksesi
Tuban; dan (h) aksesi Tulungagung. ............................................................ 83
31. Pengambilan sampel daun sorgum untuk isolasi DNA: (a) lahan
penanaman sorgum; (b) pemotongan daun yang dipilih; (c) penyimpanan
daun pada kantung plastik bersegel; (d) penyimpanan sampel di coolbox. . 84
32. Kegiatan isolasi DNA: (a) beberapa alat untuk ekstraksi DNA; (b) bufer
isolasi DNA; (c) beberapa larutan untuk isolasi DNA; (d) tube sampel
kapasitas 1500 µl; (e) daun sorgum yang telah digerus; (f) inkubasi sampel
yang telah diberi bufer ekstraksi; (g) sentrifugasi sampel; (h) sampel yang
telah disentrifus. ........................................................................................... 85
33. Proses analisis DNA hasil isolasi: (a) elektroforesis gel agarose; (b)
visualisasi hasil elektroforesis dengan UV-Transilluminator; (c) analisis
kemurnian dan konsentrasi DNA dengan spektrofotometer; (d) analisis
dengan PCR-RAPD. .................................................................................... 85
vii
DAFTAR LAMPIRAN
Nomor Teks Halaman
1. Protokol Pembuatan Larutan Stok ............................................................... 69
2. Data Biner Delapan Aksesi Sorgum Jawa Timur Berdasarkan Primer
OPA 02, OPA 10, OPA 13, OPA 19, dan OPA 20 ...................................... 72
3. Protokol Perhitungan Berat Molekul Fragmen DNA Berdasarkan Jarak
Migrasi Menggunakan GelAnalyzer 2010 ................................................... 74
4. Protokol Analisis Data Biner Menggunakan Software NTSYSpc Versi
2.02 ............................................................................................................... 78
5. Dokumentasi Pelaksanaan Kegiatan Penelitian ........................................... 83
63
DAFTAR PUSTAKA
Abdellatif, K. F., dan H. M. AbouZeid. 2011. “Assessment of genetic diversity of
Mediterranean bread wheat using Randomly Amplified Polymorphic DNA
(RAPD) markers.” Journal of Genetic Engineering and Biotechnology 9:
157 –163.
Agisimanto, D., C. Martasari, dan A. Supriyanto. 2007. “ Perbedaan Primer RAPD
dan ISSR dalam identifikasi Hubungan Kekerabatan Genetik Jeruk Siam
(Citrus suhuniensis L. Tan) Indonesia.” Jurnal Hortikultura 17 (2): 101-
110.
Akhare, A. A., S. B. Sakhare, P. L. Kulwal, D. B. Dhumale, dan A. Kharkar. 2008.
“RAPD profile studies in sorghum for identification of hybrids and their
parents.” International Journal of Integrative Biology 3 (1): 18-24.
Andriani, A., dan M. Isnaini. 2013. “Morfologi dan Fase Pertumbuhan Sorgum.”
Dalam Sorgum: Inovasi Teknologi dan Pengembangan, oleh Kementerian
Pertanian Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian, disunting oleh
Sumarno, D. S. Damardjati, M. Syam dan Hermanto, 50-71. Jakarta:
IAARD Press.
Anggereini, E. 2008. “Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), Suatu
Metode Analisis DNA Dalam Menjelaskan Berbagai Fenomena Biologi.”
Biospecies 1 (2): 73-76.
Applied Maths. 2018. Difference between Jaccard and Dice coefficient. Diakses 30
Januari, 2018. http://www.applied-maths.com/knowledge-base/difference-
between-jaccard-and-dice-coefficient
Azrai, M., S. Human, dan S. Sunarti. 2013. “Pembentukan Varietas Unggul Sorgum
untuk Pangan.” Dalam Sorgum: Inovasi Teknologi dan Pengembangan,
oleh Kementerian Pertanian Badan Penelitian dan Pengembangan
Pertanian, disunting oleh Sumarno, D. S. Damardjati, M. Syam dan
Hermanto, 110-141. Jakarta, IAARD Press.
Bafeel, S. O. 2015. “Genetic diversity among different physiological traits of
Sorghum bicolor cultivars of subtropical origin.” Genetics and Molecular
Research 14 (3): 9974-9984.
Bhagyawant, S. S. 2016. “RAPD-SCAR Markers: An Interface Tool for
Authentication of Traits.” Journal of Biosciences and Medicines 4: 1-9.
Bustamam, M., dan Mahrup. 2003. Panduan Pengoperasian Program Numerical
Taxonomy System (NTSYS-pc) Versi 1.8 dan WinBoot untuk Analisis
Klaster. Bogor: Balai Penelitian Bioteknologi dan Sumberdaya Genetk
Pertanian.
Calderón-Cortés, N., M. Quesada, H. Cano-Camacho, dan G. Zavala-Páramo. 2010.
“A Simple and Rapid Method for DNA Isolation from Xylophagous
Insects.” International Journal of Molecular Sciences 11: 5056-5064.
Capriyati, R., Tohari, dan D. Kastono. 2014. “Pengaruh Jarak Tanam dalam
Tumpangsari Sorgum Manis (Sorghum bicolor L. Moench) dan Dua
64
Habitus Wijen (Sesamum indicum L.) Terhadap Pertumbuhan dan Hasil.”
Vegetalika 3 (3): 49-62.
Carsono, N., P. N. Lukman, F. Damayanti, U. Susanto, dan S. Sari. 2014.
“Identifikasi Polimorfis Marka-marka Molekuler Yang Diduga Berkaitan
Dengan Karakter Daya Hasil Tinggi Pada 30 Genotip Padi.” Chimica et
Natura Acta 2 (1): 91-95.
Carvalho, V. P., C. F. Ruas, J. M. Ferreira, R. M. P. Moreira, dan P. M. Ruas. 2004.
“Genetic diversity among maize (Zea mays L.) landraces assessed by RAPD
markers.” Genetics and Molecular Biology 27 (2): 228-236.
Dalvi, U. S., U. D. Chavan, dan J. V. Patil. 2012. “Varietal Identification of
Sorghum (Sorghum bicolor (L.) Monech) Cultivars by RAPD Markers.”
Indian J Agric Biochem 25 (1): 48-51.
Dharmayanti, N. L. P. I. 2011. "Filogenetika Molekuler: Metode Taksonomi
Organisme Berdasarkan Sejarah Evolusi". WARTAZOA 21 (1): 1-10.
Dyahrini, W., dan Gusni. 2016. “Potensi sorgum sebagai alternatif pangan
pengganti beras di Bandung Raya untuk meningkatkan kesejahteraan
masyarakat dalam rangka mendukung ketahanan pangan nasional.”
Conference on Management and Behavioral Studies. Jakarta. 371-382.
Grewal, A., A. Sharma, S. Pahuja, dan S. Khatak. 2013. “Dna extraction
optimization in Sorghum (Sorghum bicolor l. Moench) for marker analysis.”
World Journal of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences 2 (6): 5046-5051.
Gusmiaty, M. Restu, dan I. Pontuluran. 2012. “Seleksi primer untuk analisis
keragaman genetik jenis Bitti (Vitex cofassus).” Jurnal Perennial 8 (1): 25-
29.
Hariprasanna, K., dan S. Rakshit. 2016. “Economic Importance of Sorghum.”
Dalam The Sorghum Genome, disunting oleh S. Rakshit dan Y. H. Wang,
1-25. Cham: Springer International Publishing.
Iqbal, A., B. Sadia, A. I. Khan, F. S. Awan, R. A. Kainth, dan H. A. Sadaqat. 2010.
“Biodiversity in the sorghum (Sorghum bicolor L. Moench) germplasm of
Pakistan.” Genetics and Molecular Research 9 (2): 756-764.
Iriany, R. N., dan A. T. Makkulawu. 2013. “Asal Usul dan Taksonomi Tanaman
Sorgum.” Dalam Sorgum: Inovasi Teknologi dan Pengembangan, oleh
Kementerian Pertanian Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian,
disunting oleh Sumarno, D. S. Damardjati, M. Syam dan Hermanto, 38-49.
Jakarta.
Irmawati. 2003. Perubahan Keragaman Genetik Ikan Kerapu Tikus Generasi
Pertama pada Stok Hatchery. Tesis, Bogor: Institut Pertanian Bogor.
Ishak, M., R. Sudirja, dan A. Ismail. 2012. “Zonasi kesesuaian lahan untuk
pengembangan tanaman sorgum manis (Sorgum bicolor (l) Moench) di
kabupaten Sumedang berdasar analisis geologi, penggunaan lahan, iklim,
dan topografi.” Bionatura-Jurnal Ilmu-ilmu Hayati dan Fisik 14 (3): 173 -
183.
65
Kawar, P. G., R. M. Devarumath, dan Y. Nerkar. 2009. “Use of RAPD markers for
assessment of genetic diversity in sugarcane cultivars.” 8: 67-71.
Krishna, R. B., S. R. R. Reddy, H. Javangula, D. Swapna, dan K. J. Reddy. 2012.
“An easy and simple method of isolation and purification of genomic DNA
from the leaves of Gymnema sylvestre-An anti-diabetic plant.”
International of Life Science & Pharma Research 2 (1): L15-L20.
Kumar, A. A. 2016. “Botany, Taxonomy and Breeding.” Dalam The Shorgum
Genome, disunting oleh S. Rakshit dan Y. H. Wang, 27-45. Cham: Springer
International Publishing.
Kumar, A. A., B. V. S. Reddy, H. C. Sarma, C. T. Hash, P. S. Rao, B. Ramaiah,
dan P. S. Reddy. 2011. “Recent Advances in Sorghum Genetic
Enhancement Research at ICRISAT.” American Journal of Plant Sciences
2: 589-600.
Kusumawati, A., N. E. Putri, dan I. Suliansyah. 2013. “Karakterisasi dan evaluasi
beberapa genotipe Sorgum (Sorghum bicolor L) di Sukarami Kabupaten
Solok.” Jurnal Agroteknologi 4 (1): 7-12.
Langga, I. F., M. Restu, dan T. Kuswinanti. 2012. “Optimalisasi suhu dan lama
inkubasi dalam ekstraksi tanaman Bitti (Vitex cofassus Reinw) serta analisis
keragaman genetik dengan teknik RAPD-PCR.” J. Sains & Teknologi 12
(3): 265 – 276.
Lekgari, A., dan I. Dweikat. 2014. “Assessment of Genetic Variability of 142 Sweet
Sorghum Germplasm of Diverse Origin with Molecular and Morphological
Markers.” Open Journal of Ecology 4: 371-393.
Li, J. J., G. L. Pei, H. X. Pang, A. Bilderbeck, S. S. Chen, dan S. H. Tao. 2006. “A
new method for RAPD primers selection based on primer bias in nucleotide
sequence data.” Journal of Biotechnology 126: 415–423.
Lin, J., X. C. Wang, Y. H. Chang, dan J. G. Fang. 2011. “Development of a novel
and efficient strategy for practical identification of Pyrus spp (Rosaceae)
cultivar using RAPD fingerprints.” Genetic and Molecular Research 10 (2):
932-942.
Maftuchah, dan A. Zainudin. 2006. “Pengembangan metode isolasi DNA genom
pada tanaman Jarak Pagar (Jatropha curcas L.).” Humanity 2 (1): 63-69.
Martin, V., P. Lenka, B. Zelmira, dan G. Zdenka. 2017. “Assessment of RAPD
Polymorphism in Maize (Zea mays L.) Genotypes.” Agrobiodiversity 514–
518.
Mofokeng, M. A., G. Watson, H. Shimelis, dan P. Tongoona. 2012. “Comparison
between random amplified polymorphic DNA (RAPD) and simple
sequence repeat (SSR) markers with high resolution melt analyses in genetic
variation analysis among selected sorghum genotypes.” African Journal of
Biotechnology 11 (102): 16697-16707.
Motlhaodi, T., M. Geleta, T. Bryngelsson, M. Fatih, S. Chite, dan R. Ortiz. 2014.
“Genetic diversity in ex-situ conserved sorghum accessions of Botswana as
66
estimated by microsatellite markers.” Australian Journal of Crop Science 8
(1): 35-43.
Nagaral, M. S., V. C. Patil, dan D. P. Biradar. 2009. “RAPD Based assessment of
genetic diversity in pop sorghum.” Karnataka J. Agric. Sci. 22 (2): 261-263.
Nasir, M. 2002. Bioteknologi: Potensi dan keberhasilannya dalam Bidang
Pertanian. Jakarta: Raja Grafindo Persada.
Nei, M., dan W. Li. 1979. “Mathematical model for studying genetic variation in
terms of restriction endonucleases.” Proc. Natl. Acad. Sct. 76 (10): 5269-
5273
Nugroho, K., R. T. Terryana, dan P. Lestari. 2015. “Optimasi Metode Isolasi DNA
pada Jatropha spp.” Jurnal Agroteknologi 5 (2): 15-22.
Pabendon, M. B., S. B. Santoso, dan N. Argosubekti. 2013. “Prospek Sorgum
Manis sebagai Bahan Baku Bioetanol.” Dalam Sorgum: Inovasi Tenknologi
dan Pengembangan, oleh Kementerian Pertanian Badan Penelitian dan
Pengembangan Pertanian, disunting oleh Sumarno, D. S. Damardjati, M.
Syam dan Hermanto, 138-152. Jakarta: IAARD Press.
Palan, B. V., A. A. Kale, B. D. Pawar, A. S. Jadhav, S. R. Gadakh, dan V. P.
Chimote. 2014. “Molecular Analysis of Cytoplasmic Male Sterile System
of Sorghum (Sorghum bicolour (L.) Moench) By RAPD and ISSR
Markers.” Vegetos 27 (2): 207-212.
Poespadarsono, S. 1998. Dasar-Dasar Pemuliaan Tanaman. Bogor: PAU Institut
Pertanian Bogor.
Porebski, S., L. G. Bailey, dan B. R. Baum. 1997. “Modification of a CTAB DNA
Extraction Protocol for Plants Containing High Polysaccharide and
Polyphenol Components.” Plant Molecular Biology Reporter 15 (1): 8-15.
Prakash, S. P. J., K. R. Biji, M. Gomez, K. G. Murthy, dan R. C. Babu. 2006.
“Genetic diversity analysis of sorghum (Sorghum bicolor L. Moench)
accessions using RAPD markers.” Indian J. Crop Science 1 (1-2): 109-112.
Rajput, C. B., S. P. Mehtre, D. N. Dames, dan B. P. Kadam. 2012. “Assessment of
genetic diversity of sorghum [Sorghum bicolor (L.) Moench] using SSR.”
Adv. Plant Sci 25 (1): 95-102.
Randriani, E., C. Tresniawati, dan Syafaruddin. 2012. “Pemanfaatan teknik random
amplified polymorphic dna (RAPD) untuk pengelompokan secara genetik
plasma nutfah jambu mete (Anacardium occidentale l.).” Buletin RISTRI 3
(1): 1-6.
Reddy, B. V. S., S. Ramesh, S. P. Reddy, A. A. Kumar, K. K. Sharma, K. S. M.
Chetty, dan A. R. Palaniswamy. 2006. “Sweet sorghum: food, feed, fodder
and fuel crop.” The International Crops Research Institute for the SemiArid
Tropics (ICRISAT). Patancheru, Andhra-Pradesh, India. 8.
Reddy, D. C., S. Audilakshmi, R. Madhusudhana, dan N. Seetharama. 2012.
“Comparative analysis of genetic similarity among sorghum (Sorghum
bicolor (L.) Moench) lines as revealed by morphological and molecular
markers.” Plant Genet. Resour 10 (1): 49-58.
67
Rismunandar. 2006. Sorgum Tanaman Serba Guna. Bandung: Sinar Baru.
Rohlf, F. J. 2000. NTSYSpc: Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis
System. New York: Applied Biostatistics Inc.
Ruwaida, I. P. 2009. Analisis keragaman dna tanaman durian sukun (Durio
zibethinus Murr.) Berdasarkan penanda RAPD. Tesis, Program Studi
Agronomi, Program Pascasarjana, Universitas Sebelas Maret, Surakarta:
Universitas Sebelas Maret.
Sambrook, J., E. F. Fritsch, dan T. Maniatis. 1989. Molecular Cloning: a
Laboratory Manual. New York: Cold Spring Harbour Laboratory Press.
Santoso, S. B., M. S. Pabbage, dan M. B. Pabendon. 2013. “Plasma Nutfah
Sorgum.” Dalam Sorgum: Inovasi Teknologi dan Pengembangan, oleh
Kementerian Pertanian Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian,
disunting oleh Sumarno, D. S. Damardjati, M. Syam dan Hermanto, 72-97.
Jakarta: IAARD Press.
Sathelly, K., R. Govindannagari, S. Pandey, S. K. Kompelli, Viasarada, dan T.
Kaul. 2014. “A Simple and Efficient Method for High Quality DNA
Extraction from Sweet Sorghum [Sorghum bicolor (L.) Moench].” Annals
of Plant Sciences 3 (7): 761-764.
Sembiring, H., dan N. A. Subekti. 2013. “Produsen Utama Sorgum Dunia.” Dalam
Sorgum: Inovasi Teknologi dan Pengembangan, 1-6. Jakarta: IAARD
Press.
Subagio, H., dan M. Aqil. 2014. “Perakitan dan Pengembangan Varietas Unggul
Sorgum untuk Pangan, Pakan, dan Bioenergi.” Iptek Tanaman Pangan 9
(1): 39-50.
Subagio, H., dan Suryawati. 2013. “Wilayah Penghasil dan Ragam Penggunaan
Sorgum di Indonesia.” Dalam Sorgum: Inovasi Teknologi dan
Pengembangan, oleh Kementerian Pertanian Badan Penelitian dan
Pengembangan Pertanian, disunting oleh Sumarno, D. S. Damardjati, M.
Syam dan Hermanto, 24-37. Jakarta: IAARD Press.
Sukartini. 2008. “Analisis Jarak Genetik dan Kekerabatan Aksesi-aksesi Pisang
berdasarkan Primer Random Amplified Polymorphic DNA.” J. Hort 18 (3):
261-266.
Susilowati, S. H., dan H. P. Saliem. 2013. “Perdagangan Sorgum di Pasar Dunia
dan Asia serta Prospek Pengembangannya di Indonesia.” Dalam Sorgum:
Inovasi Teknologi dan Pengembangan, oleh Kementerian Pertanian Badan
Penelitian dan Pengembangan Pertanian, disunting oleh Sumarno, D. S.
Damardjati, M. Syam dan Hermanto, 7-23. Jakarta: IAARD Press.
Tenda, E., M. Tulalo, dan Miftahorrachman. 2009. “Hubungan kekerabatan genetik
antar sembilan aksesi kelapa asal Provinsi Sulawesi Utara.” Jurnal Littri 15
(3): 139-144.
Teshale, E. T., S. Bansal, A. Mishra, Vijaipal, dan V. K. Khanna. 2003. “DNA
fingerprinting of wheat genotypes by RAPD markers.” Wheat Information
Service (96): 23-27.
68
USDA. 2017. Classification for Kingdom Plantae Down to Species Sorghum
bicolor (L.) Moench. Diakses 23 Desember, 2017.
https://plants.usda.gov/java/ClassificationServlet?source=display&classid
=SOBI2.
Waugh, R. 1997. “RAPD Analysis: Use for Genome Characterization, Tagging
Traits and Mapping.” Dalam Plant Molecular Biology-A Laboratory
Manual, oleh G. Kallen, C. K. Iddings dan M. Mizushima, 305-328. Berlin:
Springer.
Williams, J. G. K., A. R. Kubelik, K. J. Livak, J. A. Rafalski, dan S. V. Tingey.
1990. “DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as
genetic markers.” Nucleic Acids Res 18: 6531 -6535.
Zainudin, A., Maftuchah, C. Martasari, dan T. J Santoso. 2010. “Keragaman
genetik beberapa kultivar tanaman mangga berdasarkan penanda molekuler
Mikrosatelit.” Kongres Ketiga Komisi Daerah Sumber Daya Genetik 1-15.