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01/05/2014
1
Analyse cytogénétique en Onco-Hématologie
E. CALLET-BAUCHU
Laboratoire de cytogénétique et biologie moléculaireGroupement Hospitalier Sud – Hospices Civils de Lyon
CNRS-UMR 5239 – Faculté de médecine Lyon Sud - Université Lyon 1
PLAN
ONCOGENESE- Oncogènes- Anti-oncogènes ou gènes suppresseurs de tumeur- Gènes de réparation de l’ADN
ETAPES DE LA CANCERISATION
METHODES D’ETUDE DES ALTERATIONS GENETIQUES EN PATHOLOGIETUMORALE
APPORTS DES ETUDES CYTOGENETIQUE EN PATHOLOGIE TUMORALE
Du point de vue fondamental
En pratique quotidienne
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ONCOGENESE
ONCOGENES
Prix Nobel 1966
1941 : Théorie virale du cancer : « virus masqués »?
1909: Francis Peyton ROUS
Injection d’un filtrat d’une tumeur musculaire au poulet
développement d’un sarcome du poulet 35 jrs + tard
Description du premier virus oncogène à ARN ou oncovirus: v-src
A transmissible avian neoplasm (sarcoma of the common fowl). J. Exp. Med. Sept 1910, 12:696-705.
Virus du sarcome de Rous
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ONCOGENES
Arguments contre la théorie virale du cancer
Individus cancéreux non contagieux;
Innoculation d’extraits acellulaires à l’animal: échecs
Années 50: Renato DULBECCO
Infection par un oncovirus conduit à l’intégration du matériel génétiquedans l’ADN de la cellule: transcriptase inverse
Prix Nobel 1975
ONCOGENES
v-src: séquence d’ADN portée par un virus transformant
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ONCOGENESMichaël BISHOP & Harold VARMUS
1976 : DNA related to the transforming gene(s) of avian sarcoma virusesis present in normal avian DNA. Nature, 1976;260:170-173
Découverte de l’équivalent cellulaire du v-src : le c-src
1989:Définition des proto-oncogènes et des oncogènes:gènes normaux présents dans des cellules normales dont ladérégulation peut conférer un phénotype cancéreux
Effet dominant des oncogènes:1 seul allèle atteint est suffisant pour déclencher la cancérisation
Prix Nobel 1989
oncogène
proto-oncogène
oncogènes
N
KC
ONCOGENES
6 grandes classes d’oncogènes (selon les oncoprotéines pour lesquelles ils codent)
Toutes les voies de signalisation cellulaire peuvent être touchées
Facteurs de croissance: protéines de la famille FGF (fibroblast Growth Factor)
Récepteurs transmembranaires des facteurs de croissance: récepteurs à l’EGF(Epidermal Growth Factor)
G-Protéines = Protéines membranaires liant le GTP: oncogènes de la famille Ras
Tyrosine kinases membranaires
Tyrosine kinases cytosoliques
Protéines à activité nucléaire: oncogènes fos, Myc
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ANTI ONCOGENES OUGENES SUPPRESSEURS DE TUMEUR
1971: Knudson AG: Mutation and Cancer: statistical study of RetinoblastomaProc Nat Acad Sci USA 1971, 68: 820-3
Cancers héréditaires Prédisposition aux cancers
Formes familiales Formes sporadiques- enfants - adultes- lésions bilatérales - tumeur isolée
Etude statistique de 48 cas de rétinoblastomes
2 étapes nécessaires pour la cancérisation: hypothèse des 2 hits 2 évènements mutationnels
HYPOTHESE DE KNUDSON : “DOUBLE-HIT”
< 10%
Effet récessif des GST: 2 allèles obligatoirement atteints pour déclencher la perted’activité et donc la cancérisation
D’après Knudson, A. Two genetic hits (more or less) to cancer. Nature Reviews Cancer 1, 160 – 2011, Nature Publishing Group
Event 1germinal
Event 2somatic
Event 1somatic
Event 1somatic
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ANTI ONCOGENES OUGENES SUPPRESSEURS DE TUMEUR
1986: Identification et clonage du gène RB-1 dans les formes sporadiqueset familiales du rétinoblastome
Notion de prédisposition aux cancers Notion de cancers héréditaires
GENES DE REPARATION DE L’ADN
3ème catégorie de gènes intervenant dans la cancérogenèse
Mais intervention indirecte
: Gènes intervenant dans la réparation de mutations- dues à des erreurs de réplication (mismatch repair)- dues à des carcinogènes environnementaux
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CANCERISATION
Oncogènes
Gènes suppresseursde Tumeur
Activation
Inhibition
cellule = voiture automatique
Emballement = Cancérisation
Accélérateur
=
Frein
=
GST Oncogène
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Principaux mécanismes d’activation des oncogènes
123
1- Réarrangement chromosomique: translocation, inversion
Gène de fusion Gain de fonction
t(X;1)(p11;p34)TSF-TFE3 et KC pap. Rein
t(9;22)(q34;q11)BCR-ABL et LMC
Effet de position Dérégulation
t(8;14)(q24;q32)MYC et LNH Burkitt
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9
1- Réarrangement chromosomique: translocation, inversion
Gène de fusion
ou
Effet de position
inv(2)(p22p21)EML4-ALK et KC poumon
1- Réarrangement chromosomique: translocation, inversion
Fusion
fonction
Fusionavec gain
defonction
ADN
ARN
Positionavec
dérégulation
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2- Amplification génique
. Augmentation du nombre de copies d’un gène dans la cellule
. 2 aspects possibles:
Copies intégrées dans 1 chromosome= homogeneously staining region (hsr)
Copies extra chromosomiques= chromosome double-minute (dm)
MG Alvarez
2- Amplification génique par hsr: Copies intégrées dans un chromosome
L’amplification est insérée dans un chromosome « porteur » qui peut être ou non le chromosomed’origine de la région amplifiée
Sandberg
effet de dosage génique:o Amplification de HER2/NEU (17q21) et Kc seino Amplification de MYCN (2p24) et Neuroblastome
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2- Amplification génique par dm: Copies extra chromosomiques
- hétérogénéité de taille
- hétérogénéité de coloration: gris pâle à noir- hétérogénéité de nombre: . variation d’une tumeur à l’autre
. variation d’une cellule à l’autre dans la même tumeur
effet de dosage génique:o Amplification de MDM4 (1q32) et Glioblastomeo Amplification de EGFR (7p12) et Kc poumon (non pt cel)
F. Pedeutour F. Pedeutour
2- Amplification génique
Protéine normale mais synthétisée en quantité trop élevée
ADN
ARN
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3- Mutation ponctuelle: exemple des gènes RAS dans tous les KC
RAS : - petite protéine « G »- rôle dans la voie de signalisation MP-Kinase contrôle l’entrée en mitose des cellules
Équilibre entre actifet inactif = contrôle du cycle cel
Déséquilibre au profit de la forme active
Division cellulaire non contrôlée
Normal
Mutation
3- Mutation ponctuelle:
Protéine normale maissynthétisée en quantité trop élevée
Protéine hyperactiveMais en quantité normale
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Principal mécanisme d’action des anti-oncogènes
Blocage du cycle cellulaire
cycle cellulaireComplexes protéiquesrégulateursCycline+CDK
Protéines inhibitricesp15,p16, p21, etc
gènes
Protéines P53, RB,etc…
Gènes RB, P53, etc…
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Exemple de GST p53 en situation physiologique
Lésion de l’ADNcellulaire
irréparable
réparable
Activation de P53
Poursuite des divisionscellulaires
Apoptose
Lésion de l’ADNcellulaire Inactivation de P53 Prolifération cellulaireAbsence de contrôle
X
Exemple de GST p53 en situation pathologique
X
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LES MECANISMES DE L’ONCOGENESE
ACTIVATION
INHIBITION
ETAPES DE LA CANCERISATION
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Rappel historique
1775 - Percivall Pott: description des cancers du scrotum chez les petits ramoneurs deLondres dus au contact cutané prolongé avec les goudrons de houillescontenus dans la suie
1866 – Paul-Pierre Broca: première description des cancers héréditaires (du sein)
: notions de tumeurs primaires et secondaires (métastases)
Etapes de la cancérisation
Caractéristiques d’une cellule cancéreuse
Indépendance face aux signaux de prolifération
Insensibilité face aux signaux d’antiprolifération
Perte des mécanismes d’apoptose
Stimulation de l’angiogenèse
Acquisition d’un pouvoir invasif
Prolifération illimitée
D’après Hanahan D, Weinberg R.A, Cell, 2000
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Evolution d’une cellule normale vers une cellules cancéreuse
- processus multi-étapes
- dérégulation conjointe de plusieurs gènes nécessaire
- coopération des oncogènes
Evolution d’une cellule normale vers une cellules cancéreuse
Processus multi-étapes
Prolifération clonale
Indépendance de croissance
Formes frontièresPré-néoplasiques, « in
situ »
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Evolution d’une cellule normale vers une cellules cancéreuse
Processus multi-étapes +/- long dans le temps
La phase pré-clinique peut être jusqu’à 3 à 4 fois plus longue que la phase clinique
Evolution d’une cellule normale vers une cellules cancéreuseDérégulation conjointe de plusieurs gènes nécessaire exemple du cancer colo-rectal
initiation
promotion
progression
dissémination
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Evolution d’une cellule normale vers une cellules cancéreuse
Coopération des oncogènes
METHODES D’ETUDE DESALTERATIONS GENETIQUES EN
PATHOLOGIE TUMORALE
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Des précisions
TUMEURS ET ANOMALIESCHROMOSOMIQUES ACQUISES
TUMEURS HEREDITAIRES ETFACTEURS GENETIQUES DE
PREDISPOSITION
- 90% des cancers sont des maladies sporadiques somatiques
- Causes +/- connues: tabac, virus, radiations
-Conséquences:. Acquisition d’anomalies chomosomiques et/ou géniques restreintes et limitéesaux cellules tumorales = anomalie initiale ACQUISE. Dérégulation cellulaire, prolifération. Propagation des anomalies chromosomiques aux cellules filles. Apparition d’anomalies additionnelles au fur et à mesure des divisions cellulaires
Etude des anomalies génétiques ACQUISES (=SOMATIQUES)
- Anomalies chromosomiques techniques de cytogénétique conventionnelle et/oumoléculaire
- Anomalies génomiques (ADN, ARN) techniques de biologie moléculaire
TUMEURS ET ANOMALIESCHROMOSOMIQUES ACQUISES
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- 10% des cancers sont héréditaires
- Cause: altération de l’ADN (mutation le + svt) dans toutes les cellules de l’individu- Altération souvent héritée d’un des parents- = anomalie initiale GERMINALE OU CONSTITUTIONNELLE
- Conséquences:. L’anomalie initiale favorise l’apparition d’autres anomalies dans le génomedans la cellule somatique: facteur de prédisposition au cancer
Etude des anomalies génétiques de PREDISPOSITION
- Enquête génétique familiale : consultation d’oncogénétique, arbre généalogique- Recherche de mutation (altération initiale) à partir de prélèvement sanguin par
technique de biologie moléculaire
TUMEURS HEREDITAIRES ETFACTEURS GENETIQUES DE
PREDISPOSITION
ANOMALIES ACQUISES
PRELEVEMENT = TUMEUR
CYTOGENETIQUE
CYTOGENETIQUE MOLECULAIRE
BIOLOGIE MOLECULAIRE
FACTEURS DEPREDISPOSITION
PRELEVEMENT = SANG VEINEUX
BIOLOGIE MOLECULAIRE
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Rappel historique
-1956: Joe Tjio et Albert Levan
-1959: Peter Nowell et David Hungerford: description de la translocation t(9;22) au cours de la LeucémieMyéloïde Chronique (LMC)
-Années 90: techniques de cytogénétique moléculaire: FISH, CGH
-Années 2000: ère des puces à ADN, du transcriptome, du méthylome,du protéome, des NGS
Tjio, J. H., & Levan, A. The chromosome number of man, Hereditas 42, 1–6 (1956)
Cytogénétique conventionnelle(caryotype)
FISH
Biologie Moléculaire
Outils disponibles
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Cytogénétique conventionnelle = Caryotype
prélèvement
séparation cellulaire
culture
+/- TPA.,DSP30,Il2..
choc hypotonique
Kcl
fixation
carnoy
dénaturation+coloration (banding)
caryotype
colchicine
analyse - classement
DIFFICULTES DE L’ANALYSE CYTOGENETIQUE
EN ONCO HEMATOLOGIE:
comparaison avec la réalisation d’un caryotype sanguin constitutionnel
CONSTITUTIONNEL ACQUIS
Prélèvement Sang veineux Biopsie
Mitogènes PHA DSP30 / IL / TPA / etc…
Nb métaphases +++ + ou -/+ (re-étalements)
Résolution 550~850 bandes (HR) ~400 bandes (standard)
Anomalies Simples Complexes
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Cytogénétique conventionnelle = Contraintes, difficultés et limites
- Recueil du prélèvement: bloc opératoire, ambiance stérile, pièce opératoire oubiopsie non fixée, non congelée, déposée en milieu stérile (RPMI), transportrapide
- Taille et cellularité suffisantes de la tumeur: 20 millions minimum
- Index de prolifération des cellules tumorales parfois lent in vitro mitogènes utiles (IL, TPA,DSP30, etc..)
- Croissance prédominante « in vitro » des fibroblastes du stroma tumoral Quid d’un caryotype normal
- Techniques manuelles et longues: rendu entre 5 et 21 jours
- Morphologie chromosomique aléatoire, qualité du banding ++ dansl’interprétation
- Caryotypes complexes
- Seuil de détection: œil humain ; résolution technique: 5-10MB
Banding de mauvaise qualité
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Complexité des anomalies
Caryotype anormal 2n+/-: 47,XX, t(2;14)(p12;q32), +12,del(13)(q?31q?32),t(14;19)(q32;q13.1) [16] / 46,XX [5].
Caryotype complexe > 3 anomalies
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Caryotype très complexe 5n
114~117 <5n>,XXXYY, del(1)(p33) [12], +2 [12],add(2)(q33-34)x2 [12], +3 [12], add(3)(q11)x2 [12], +4 [10],-5 [10], -6 [12], del(6)(q16q25) [12],+8 [9],add(8)(q24)x2 [12], add(9)(q34) [11], -10 [7], add(10)(p11) [7],-11 [12], -12 [3], -13 [4], add(13)(q34) [12], ?inv(14)(q11q32) [10], -17 [6], add(17)(p11) [9], -19 [3],-20 [5], -22 [4], + 3-5 mar [cp 12] / 46,XY [9].
PARTICULARITES DES ANOMALIES CHROMOSOMIQUES
EN ONCO HEMATOLOGIE:
comparaison avec celles observées en prénatal/constitutionnel
PRENATAL/CONSTITUTIONNEL ACQUIS
Simples ( 1-2 chromosomes) Complexes (> 3 chromosomes)
Taille LIMITEE des fragments en excèsou en défaut (sinon non viable)
Taille variable, chromosomes marqueurs ++
Distribution homogène Hétérogène avec souvent plusieurs clonesdépendants et/ou indépendants
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MAIS UN BEMOL……..
Le nombre d’anomalies chromosomiques est-il en rapport avecl’agressivité de la tumeur ?
……………………pas toujours
• Certaines tumeurs de haut grade peuvent présenter desanomalies très simples
• Les tumeurs bénignes peuvent présentent des anomalieschromosomiques parfois nombreuses et complexes
• Certaines proliférations réactionnelles ou inflammatoires nontumorales peuvent présenter des anomalies (trisomie 7,trisomie 8…)
Trisomie 5 et trisomie 7 dans une synovite
ET UN EXEMPLE……..
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Contraintes
Développements techniques
Cytogénétique moléculaire=
Fluorescent in situ hybridization=
FISH
Cytogénétique moléculaire = FISH
Technique basée sur l’appariement chimique entre bases complémentaires de 2séquences nucléotidiques
Cible(s)
Dénaturation
Hybridation
Révélation
Sonde(s)
Préparation
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LIBRAIRIES chrom. entier
SUBPAINTS 1/2 chrom.
q pSONDES SPECIFIQUES(séquences répétitives) centromériques
télomériques
SONDES SPECIFIQUES(1 locus) YAC (100kb-2Mb)
BAC, PAC (100-150 kb)cosmides (35-50 kb)plasmides (0.5 -5 kb)
FISH : sondes disponibles
FISH
Sondes centromèriques
Librairies
Bacs
Subpaints
Sondestélomèriques
FISH : sondes disponibles
Yacs Pacs
Sondes locus spécifique
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FISH
IgH
SC3
k
SC 3
PML/RARA
Cellules cytocentrifugées………………………….………………..et triées
ALK
Préparations cytogénétiques
Noyaux Métaphases
Appositions de tissus
IgH/CCND1 IgH
Tissu frais Tissu congelé
Coupe tissulaire incluse en paraffine Frottis médullaire ou sanguin
CBFB
FISH : supports analysables
Avantages
- Échantillons de petite taille- Indépendance vis-à-vis de la division cellulaire- Seuil de détection: 50kb à 5 MB- Compatible avec l’urgence: 24H
Contraintes et limites:
- Technique ciblée- Disponibilité des sondes- Coût élevé
Avantages et limites de la FISH:
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M-FISH
Hybridation simultanée de sondes marquées par des fluorochromes différents
Chaque paire chromosomique identifiable en couleurs différentes
chromosomes
fluorochromes
Captured’images
différentesChaque paire chromosomique identifiable en couleurs
Caryotype en couleurs
01/05/2014
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- Avantages:
vision globale des anomalies équilibrées et déséquilibrées du génome tumoral identification précise des remaniements complexes un seul temps technique
- Limites:
liées au tissu étudié:
• nécessité de métaphases
• anomalies équilibrées intrachromosomiques (délétions, inversions) non détectables
liées à la technique:
• anomalies impliquant les extrémités télomériques et dont la taille est < à 2-3 Mb non
détectables
- Indications:-> caryotypes complexes
M-Band
sous bande chromosomique sonde marquée par une combinaisonunique de 5 fluorochromes
Principe:
Chaque bande chromosomique identifiable en couleurs différentes
Code barrenoir et blanc
Code barrecouleur
01/05/2014
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DAPI FITC
SpO DEAC
TR Cy5
observation1
capture2
analyseinformatique
4
compilation3
Réalisation
1997: MC
Innovations technologiques en FISH: M-Band
01/05/2014
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- Avantages:
identification précise des remaniements intra chromosomiques: délétions,inversions
identification précise des remaniements interchromosomiques complexes:translocations impliquant plusieurs chromosomes partenaires
localisation précise des points de cassure chromosomique
un seul temps technique
- Limites:
• Nécessité de métaphases avec des chromosomes très étirés
CGH
ADN normalADN tumoral
+
Gains et pertes de matériel chromosomique
CGH
Chromosomesnormaux
Ratio d’intensité defluorescence V/R
01/05/2014
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CGHCGH-array
Puce: Bac ou Pac (clone bactérien dénaturé ayant intégréun fragment d’ADN humain de séquence connue caridentifiée par le séquençage du génome humain)
ADNnormal
ADNtumoral
Acquisition d’images par un scanner:mesure de l’intensité de fuorescencepour chaque spot présent sur la lame
Analyse d’image par un logiciel dédié:calcul des ratio de fluorescence,normalisation des intensités,éliminationdes spots aberrants
Interprétation
délétion
amplification
CGHCGH-array
Différents types de puces:
Pan génomiques Chromosomes dédiées
Exploration de l’ensembledu génome
Exploration d’une partieou
d’un chromosome
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- Avantages:
• Résolution technique: détection des remaniements non visibles sur lecaryotype ou même en FISH classique
•Vision globale: détection de plusieurs anomalies simultanément
- Limites:
• anomalies équilibrées (translocations, inversions) non détectables
• hétérogénéité intratumorale (clones et sous clones) non analysable
• cellules non tumorales contaminantes (~50% cel. tumorales )
APPORTS DES ETUDESCYTOGENETIQUES EN
PATHOLOGIE TUMORALE
01/05/2014
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DU POINT DE VUE FONDAMENTAL
Compréhension des mécanismes physiopathologiques à l’origine de la cancérisation
Identification des oncogènes et des GST
D’après « Fusion genes and rearranged genes as a linear function of chromosomes aberrations in cancer » Mitelman F, Johansson B, and Mertens F, NatureGenetics, 36: 331-334, 2004
nombre de caryotypes anormauxdécrits
nombre de gènesde fusion
leucémies etlymphomes
tumeursmésenchymateuses
tumeursépithéliales(carcinomes)
31 901 205
5011 38
6246 29
DU POINT DE VUE FONDAMENTAL
Compréhension des mécanismes physiopathologiques à l’origine de la cancérisation
Exemple de la t(9;22) et LMC gène de fusion et gain de fonction (1959)
Gène de fusion Bcr-Abl
Protéine de fusion Bcr-Abl
Région 9q34 3’5’Gène ASS Gène ABL
Région 22q113’5’
Région m-bcr Région M-bcr
TumeurActivité TK
01/05/2014
38
DU POINT DE VUE FONDAMENTAL
Compréhension des mécanismes physiopathologiques à l’origine de la cancérisation
Exemple de la t(8;14) et LNH de Burkitt effet de position et dérégulation
Chrom. 8
C-MYCIgH
14q32 8q24.1 pc
Sur expression de C-MYC
Proliférationcellulaire
DU POINT DE VUE FONDAMENTAL
Compréhension des mécanismes physiopathologiques à l’origine de la cancérisation
Identification des amplifications type dm et hsr
dm hsr
MYCN et NB
MDM2 et LipoS
01/05/2014
39
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE
AIDE AU DIAGNOSTIC
caractéristiquesmorphologiques
caractéristiquesimmunologiques
caractéristiquesgénétiques
CD22
CD19
Caryotype
FISH
macroscopie
microscopie
+ +
108
PCR
PLACE DE L’ANALYSE CYTOGENETIQUE DANS LE DIAGNOSTIC
01/05/2014
40
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (1)
Sur le caryotype conventionnel
AIDE AU DIAGNOSTIC par l’identification d’anomalies chromosomiques
clonales, récurrentes et spécifiques d’un type histologique de tumeur
Exemple de la t(9;22)(q34;q11.2) dans la LMC (1959)
Ch 9 Ch 22
22
9
Ch 22
q34
q11.2
Ch 9
Ph
3’5’Région m-bcr Région M-bcr
~ 300 kb
Gène ASS3’5’
Gène ABL
~ 650 kb
Anomalie identifiable en FISH
Normal (2R, 2V)
LMC (1F, 2R,1V)
01/05/2014
41
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (2)
AIDE AU DIAGNOSTIC par l’identification d’anomalies chromosomiques
clonales, récurrentes et spécifiques d’un type histologique de tumeur
Exemple de la t(11;22)(q24;q12) et Sarcome d’Ewing
Sur le caryotypeconventionnel (1983-84)A. Aurias (Curie)
Exemple de la t(11;22)(q24;q12) et Sarcome d’Ewing
Identification des gènes impliqués (1992): 11q24: FLI1 // 22q12: EWSOlivier Delattre (Curie)
Formation d’un gène chimériquede fusion EWS-FLI1sur le der(22)t(11;22)
activateur de la transcription
EWS FLI1
5’ 3’
Protéine de fusionEWS FLI1
01/05/2014
42
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (3)
AIDE AU DIAGNOSTIC et A LA CLASSIFICATION dans les
cas de diagnostics histomorphologiques difficiles
3 12
WCP 12
t(3;12) lipome bénin Chromosome en anneau 12+ :liposarcome bien différencié
F. Peudeutour
exemple des tumeurs adipocytaires
F. Peudeutour
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (4)
AIDE AU DIAGNOSTIC dans les cas non visibles sur le caryotype
Cas de la t(12;21) (p13;q22) et LAL B de l’enfant
Tel
AML1
01/05/2014
43
t(12;21)(p13;q22) et LAL B de l’enfant
Ch 21
q22
Ch 12
p23
Ch 21Ch 12
TelAML1
TEL/AML1+21
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (5)
AIDE POUR LE PRONOSTIC
Cas Leucémies Aigües de l’enfant et le degré de ploïdie
Valeur pronostique des anomalies de nombre (ploïdie)
Bon pronostic• Hyperdiploïdie: 51-64 chromosomes (LAL B)
• +4, +6, +10, +14, +17, +18, +21, +22, +X, +Y
Pronostic péjoratif• Near-haploïdies: 25-29 chromosomes (LAL B)
• +10, +14, +18, +21, +X, +Y
• Sévères hypodiploïdies: 30-39 chromosomes (LAL B ou T)
• Near triploïdies: 60-78 chromosomes (LAL T)
01/05/2014
44
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (6)
Cas Leucémies Aigües avec amplification de MLL pronostic péjoratif
FISH utilisant la sonde MLL (11q23) - Sonde dual color break-apart
TD3
Exon
1
Exon
4
Exon
6
ARCN1
D11S614
Exon
15
350 kb
190 kb
Région 11q23Centromère Télomère
3’
D11S1341
Exon
8
Exon
37
5’
Normal
Réarrangé
AIDE POUR LE PRONOSTIC
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (7)
Cas Leucémies Aigües avec réarrangement de MLL (enfants et adultes) pronostic péjoratif
t(11;19)(q23;p13) [MLL/HRX1]
01/05/2014
45
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (8)
AIDE POUR LE PRONOSTIC
Cas Leucémies Aigües avec amplification de MLL (enfts et adultes) pronostic péjoratif
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (9)
AIDE POUR LE PRONOSTIC
Mélanomes de l’uvée et anomalies chromosomiques:
-3 : survie à 5 ans ~50% Taux de métastases ~57%
Gains 6pter-6p21
Association -3 et gains de 8q: pronostic très péjoratif
a-CGH
01/05/2014
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EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (10)
AIDE POUR LE PRONOSTIC
Délétion de p53 et LLC
del13qi Nl +12 del11q del17p
133 111 114 79 32
Intervalle libre sans TTT
Survie médiane (mois)
del13qi Nl +12 del11q del17p
92 49 33 13 9
Gène de fusion Bcr-Abl
Protéine de fusion Bcr-AblÀ Activité Tyrosine-Kinase
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (11)
AIDE DANS LA PRISE EN CHARGE THERAPEUTIQUE
Cas de la t(9;22)(q34;q11) et LMC
1980
STI 571 : IMATIMIB
GLIVEC ®
1998 -2002
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EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (12)
AIDE DANS LA PRISE EN CHARGE THERAPEUTIQUE
PLAN CANCER INCA (2009-2013)Cas des cancers du poumon non à petites cellules et oncogène EGFR
Le Récepteur au Facteur de CroissanceEpidermique (EGFR) est un oncogènea activité Tyrosine-Kinase
La présence de mutations de l’EGFR chez patients atteints d’un ADK pulmon (non à petitescellules) prédictive de la réponse à deux inhibiteurs de l’activité TK de l’EGFR:
GEFITINIB : IRESSATM (1ère ligne)ERLOTINIB: TARCEVATM (2ème ligne)
2006: INCA et Plan Cancer 28 plateformes hospitalières de génétique moléculaires implantées en France 2009: 1,7 millions € pour rechercher mutations de EGFR (10 000 tests)
Depuis: si mutations EGFR (biologie moléculaire) chez pt non opérables
indication d’IRESSA
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (13)
AIDE DANS LA PRISE EN CHARGE THERAPEUTIQUE
• Thérapeutique spécifique par ATRA (all Trans Rétinoïque Acid), dérivé de l’Arsenic• bon pronostic: RC 100%; survie 80%.
Cas de la t(15;17)(q22;q21) et LAM promyélocytaire de l’adulte
PML RARA
Exon
1
Exon
2
Exon
3
Exon
4
Exon
5
Exon
6
Exon
7
Exon
8
Exon
9
breakpointregionRARA (17q21)
Sonde break-apart RARA (17q21)
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EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (14)
AIDE DANS LA PRISE EN CHARGE THERAPEUTIQUE
Chr. 5
Cas des MDS avec del(5)(q31q33)
- rôle protecteur de del5q (moins d’évolution leucémique)
- bon pronostic: survie médiane ~ 145 mois
- Novembre 2011: thérapeutique ciblée: Lenalidomide = Revlimid ®
EN PRATIQUE QUOTIDIENNE (15)
AIDE DANS LA PRISE EN CHARGE THERAPEUTIQUE
Cas cancers du sein et AC monoclonaux (Trastuzumab - Herceptin™)
HER2/Neu = récepteur Tyrosine kinase qui favorise la croissance cellulaire
surexprimé chez 20 – 30% KC du sein
Corrélation sur-expression et survie + courte (métastases ganglionnaires)
TTT anti-HER2/Neu (AC humanisé) = HerceptinTM
. Cher
. Effets indésirables cardiaques
RECHERCHE SUR EXPRESSION HER2/Neu PAR FISH
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RECHERCHE AMPLIFICATION DE HER2/Neu PAR FISH(chromosome 17q21)
HA Lehr
LA SUITE……………..c’est quoi ?
2013 - Programme de recherche INCa AcSe: « accès sécurisé aux thérapies ciblées »
= identification de cibles moléculaires oncogéniques pouvant répondre aux TTT parCRIZOTINIB (XALKORITM) ou VEMURAFENIB (ZELBORAFTM) ds 17 types de cancer
Anomalies d’ALK: translocations, amplifications, mutations
Anomalies de MET: amplifications, mutations
Anomalies de ROS1:translocations, amplifications
Anomalies de BRAF: mutations
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LA SUITE……………..c’est chez qui ?
2013 - Programme de recherche INCa AcSe: « accès sécurisé aux thérapies ciblées »
17 types de cancers:
LA SUITE……………..c’est où et comment ?
2013 - Programme de recherche INCa AcSe: « accès sécurisé aux thérapies ciblées »
01/05/2014
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LA Fin……………..c’est pour quand?
2013 - Programme de recherche INCa AcSe: « accès sécurisé aux thérapies ciblées »
200 – 250 centres recruteurs200 – 250 centres recruteurs420 patients inclus
2015 – Analyse des données
COMPILATION DES RESULTATS DES ANOMALIESCHROMOSOMIQUES EN ONCO-HEMATOLOGIE
Catalog of chromosomes aberrations in cancer (Mitelman)plus de 30 000 caryotypes tumoraux anormaux répertoriéshttp://cgap.nci.nih.gov/Chromosomes/Mitelman
Cancer genome anatomy project (CGAP)diffusion de l’information sur “l’anatomie moléculaire” des tumeurshttp://cgap.nci.nih.gov/
Atlas of genetics and cytogenetics in oncology and haematology(université de Poitiers) informations par gènes et par type de tumeurhttp://www.infobiogen.fr/services/chromcancer
Resources for molecular cytogenetics(usondes correspondant à des oncogènes disponibles – Université de Bari, Italie)http://www.biologia.uniba.it/rmc/