Curadoria da Anotação funcional de genomas

procariotos

Alex Ranieri J Lima

Graduando em Biomedicina

Laboratório de Tecnologia Biomolecular – UFPA

CIT - IEC

Anotação Funcional

Processo que adiciona informações a uma sequência bruta de DNA.

Automática (RAST, FgenesB_Annotator, MaGe)

Curadoria manual (Editores de sequências, Artemis)

Anotação Automática

Integra informações de diversos bancos

Algoritmos de comparação (BLASTn)

Evidência do gene (predito, confirmado)

Regiões de RNA

Anotação do genoma Mycoplasma genitalium

Visualizando os Resultados

Artemis

ORFs (Open Read Frame)

CDSs (CoDing Sequences)

OriC (Genes de origem da replicação do cromossomo)

Ocorrência de Erros

Anotação funcional automatizada se baseia em similaridade – atribuições errôneas de funções.

Erro do “melhor hit”.

Entradas errôneas nos bancos de dados.

Ocorrência de Frameshifts

Corrigindo Erros

Regiões não cobertas;

Erro na montagem;

Utilização do Artemis e um visualizador de alinhamentos (CLC Genomics Workbench)

Resultado do Blast

Frameshifts

Frameshifts

Realizar BLAST das duas CDSs

Verificar se possuem os mesmos identificadores, tamanho, produto, etc.

Verificar o alinhamento das leituras e tentar corrigir o problema – unir as CDSs

1ª CDS

2ª CDS

Tamanho total igual

Mesmo Produto e identificador

Visualizar Alinhamento

Conclusões

A curadoria manual da anotação permite corrigir:

Nomes de Genes e Produtos

Identificar se pseudogenes são verdadeiros ou falsos, neste último caso corrigi-los

Melhorar a qualidade da anotação