Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System User Bulletin

ð›³

Â4

12, 2

007

1:23

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm

用户通告Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System

2007年 3月

主题： StepOne™ 系统更新

本公告包括安装更新 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2

联网更新 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3

维护更新 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

文档更新 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7

入门指南 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7

安装指南 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

如何获取支持 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11

概述本公告包括 Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System 安装、维护和联网的重要更新信息。如果您负责安装或维护 StepOne™ 系统，请在使用仪器之前阅读本公告。

访问 StepOne™

系统网站Applied Biosystems 现在提供专用于 StepOne™ 系统的网站。有关 StepOne™ 扩增仪的最新服务和支持信息，请访问：

info.appliedbiosystems.com/stepone

本网站上提供 StepOne™ 扩增仪及其分析软件的最新软件和说明文档更新。

在 StepOne™ 系统支持页上，您可以：

• 直接向 Technical Support（技术支持）人员提交问题进行咨询

• 订购 Applied Biosystems 用户文档、MSDS、分析证书及其它相关文档

• 下载说明文档的 Adobe 可移植文档格式（PDF）版本

• 获取有关客户培训的信息

• 下载 StepOne™ 扩增仪的软件更新和补丁程序

Ap

plie

dB

iosy

stem

s S

tep

One

™ R

eal-

Tim

eP

CR

Sys

tem

”Ð

ªßÕ

®³Ê

http://info.appliedbiosystems.com/stepone

2 Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System 用户通告

ð›³

Â4

12, 2

007

1:23

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm

StepOne™ 系统更新

安装更新

在您安装 StepOne™ 扩增仪之前，请阅读本部分的内容。

补充指导和最佳做法

有关震动和仪器放置

避免将 StepOne™ 扩增仪放置在会经常或间歇性震动的表面上。桌上离心机、试管振荡器和其它实验室设备在运行期间会对本仪器产生震动，并可能导致数据采集错误。

取出包装材料

当从样品加热块中取出包装材料时，您必须打开 StepOne™ 扩增仪电源以便降低扩增仪抽屉。运输期间抽屉处于“升高”位置，若不打开仪器电源便不能打开抽屉。

仪器启动时间

当您首次打开仪器电源时，仪器可能需要五分钟以上时间完成启动。当触摸屏上显示主屏幕并指示 StepOne™ 扩增仪已完成启动时，继续执行安装。

注意：如果您更新了 StepOne™ 扩增仪固件，在完成启动之前仪器可能会暂停长达20 分钟。

PCMCIA 卡安装

如果您随 StepOne™ 扩增仪同时订购了笔记本电脑，在安装 PCMCIA 网卡后请等待几分钟，让电脑启用此设备。在您可以使用电脑之前，电脑可能需要一些时间以初始化驱动程序并向操作系统注册网卡。

注意：如果您正在并置布局中安装您的 StepOne™ 系统，请不要将 StepOne™ 系统线缆连接到 PCMCIA 卡的以太网端口上。如果您已通过网卡连接好仪器，请拔下线缆，并将 StepOne™ 系统线缆连接到适当端口上。

3Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System 用户通告

ð›³

Â4

12, 2

007

1:23

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm

联网更新

联网更新

在将 StepOne™ 系统连接到网络之前，请阅读本部分。

补充指导和最佳做法

咨询网络管理员

Applied Biosystems 建议您在将 StepOne™ 系统连接到实验室网络之前先咨询网络管理员。

确认仪器连接

确认 StepOne™ 扩增仪通过蓝色 LAN Port（局域网端口）（）连接到网络。如果 StepOne™ 系统安装于并置布局中，则确认将仪器通过黄色 Computer Port（计算机端口）（）连接到并置计算机上。

将远程监视限制在一台计算机上

避免使用一台以上的计算机同时对仪器进行远程监视。尽管 StepOne™ 系统支持从多台计算机上实施监视，但每一连接都会消耗仪器的微处理器资源。过多的连接会使

StepOne™ 扩增仪超负荷运行，并导致仪器错误。

注意：运行期间，可通过 Temperature Plot（温度曲线）发现 StepOne™ 扩增仪超负荷运行的迹象。症状可能包括暂停或间隔时间延长，仪器温度曲线上出现非预期的水平段。

mDNS 和自动恢复限制的说明

StepOne™ 扩增仪支持多址广播域名服务（mDNS），但前提是仪器和计算机必须共享直接网络连接并在同一子网内。因此，网络上通过路由器、集线器或其它网络设备与 StepOne™ 扩增仪分开的计算机可能无法使用其主机名访问仪器。

StepOne™ 扩增仪也不支持 mDNS 自动恢复。但是，仪器支持名称解析，前提是仪器名必须在子网中是唯一的。

注意：手动确认仪器名的唯一性。设置仪器名时，StepOne™ 扩增仪并不测试仪器名的唯一性。

使用小写字母添加仪器

当您添加 StepOne™ 扩增仪以便进行远程监视时，请只使用小写字母输入仪器名。


ð›³

Â4

12, 2

007

1:23

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm


故障排除工作流程执行以下工作流程，在设置仪器进行远程监视时进行 StepOne™ 系统网络连接的故障排除。

否添加并监视使用局域网端口 IP 地址的仪器。

是否将仪器通过蓝色 LAN Port（局域网端口）

连接到网络？否

是

静态 IP

DHCP

仪器和计算机位于同一子网内吗？

是

将用于网络连接的以太网线缆连接到 StepOne™ 扩增仪背面的蓝色 LAN Port（局域网端口）上。

确定仪器 LAN Port（局域网端口）的 IP 地址和网络设置，请参阅第 5 页步骤 1。

StepOne™ 软件无法添加仪器以进行远程监视。

开始

否

与 Applied Biosystems 联系，请参阅第 11 页“如何获取支持”。

您可使用 StepOne™ 软件添加或监视仪器吗？

您通过网络上的一台计算机可以执行“ping”命令

并接通仪器吗？否

是

执行试通仪器的 ping 命令以确认网络连接，请参阅第 5 页“如何试通仪器”。

咨询您的网络管理员以确定网络连接失败的原因。

确定仪器的子网地址，请参阅第 6 页“如何确定子网地址”。

仪器的局域网端口是否设置为静态 IP 或 DHCP？

与您的网络管理员确认静态 IP 地址、子网掩码和默认网关设置。按照网络管理员的指导纠正网络设置。

从网络上断开扩增仪的连接，然后执行试通命令 ping 确定 IP 地址。如果您从网络上断开仪器连接之后仍可以通过试通命令 ping 找到地址，则说明另一设备正在使用同一 IP 地址，您必须重新指定其 IP 地址以解决地址冲突。

当您添加仪器以便进行远程监视时，请只使用小写字母输入仪器名。

如果您不能使用仪器名来添加要进行远程监视的扩增仪，请尝试使用扩增仪的 IP 地址。


ð›³

Â4

12, 2

007

1:23

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm

联网更新

如何试通仪器注意：以下步骤是对《Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System 安装、联网和维护指南》中“确认网络连接”操作步骤的修订。

您可通过从计算机上执行“试通”扩增仪名称或 IP 地址的“ping”命令，来确认网络计算机与 StepOne™ 扩增仪之间的连接是否正常。从 DOS 命令窗口中发出 ping（试通）命令，计算机将向扩增仪发送一系列 32 位数据包。若计算机与 StepOne™ 扩增仪之间的网络连接无阻碍，则扩增仪会发送回应数据包。

1. 确定 StepOne™ 扩增仪的 IP 地址：

a. 触摸 StepOne™ 扩增仪触摸屏以将其激活，然后触摸。

b. 在Main Menu（主菜单）中，依次触摸 Settings Menu（设置菜单） AdminMenu（管理菜单） Set IP Address（设置 IP 地址）。

c. 记录下“IP Address”（IP 地址）字段中显示的 IP 地址。

2. 试通 StepOne™ 扩增仪：

a. 打开 StepOne™ 扩增仪电源开关并等待扩增仪启动。

b. 在计算机桌面上，依次选择 Start（开始） Programs（程序） Accessories（附件） Command Prompt（命令提示符）。

c. 在 Command Prompt（命令提示符）窗口中，输入“ping <IP地址 >”，然后按 Enter 键。

解决 IP 地址冲突

如果您怀疑 StepOne™ 扩增仪两个端口中的任一个端口的 IP 地址可能与网络上的另一个设备冲突，可执行以下步骤测试冲突。

1. 从网络中断开扩增仪的连接。

2. 按上述方法执行试通扩增仪局域网端口 IP 地址的 ping 命令。

如果您可以试通 IP 地址，则说明网络上的另一设备已在使用该地址，您必须重新指定扩增仪的 IP 地址以解决地址冲突。

如果 DOS 提示符下显示 ... 则 ...

“replies to the pings”（对试通命令的回应）

计算机可与该 IP 地址通信。

“request timed out”（请求超时）

请等待数分钟，等网络更新扩增仪的 IP 地址后，重新执行试通扩增仪命令。

如果两次尝试后您仍无法试通 StepOne™ 扩增仪，请用 ping 命令尝试试通替用端口的 IP 地址。咨询您的网络管理员以确定网络连接失败的原因。


ð›³

Â4

12, 2

007

1:23

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm


如何确定子网地址 1. 触摸 StepOne™ 扩增仪触摸屏以将其激活，然后触摸。

2. 在Main Menu（主菜单）中，依次触摸 Settings Menu（设置菜单） AdminMenu（管理菜单） Set IP Address（设置 IP 地址）。

3. 记录下“IP Address”（IP 地址）字段中显示的 IP 地址。 IP 地址的前三个数字即是子网地址。

例如，下列 IP 地址中的斜体数字即是子网地址： 192.168.100.140

如果 StepOne™ 扩增仪的子网地址与用来进行远程监视的计算机的子网地址不同，您将无法使用扩增仪名来添加要远程监视的仪器。第 3 页“补充指导和最佳做法”中说明的 mDNS 局限性限制将仪器名用作同一子网上的网络设备的识别符。

注意：要确定您想要用来监视 StepOne™ 扩增仪的计算机的子网地址，请从计算机桌面上选择 Start（开始） Help and Support（帮助和支持），然后使用 MicrosoftWindows 帮助系统搜索针对相应操作系统的适当步骤。

维护更新

在您维护 StepOne™ 扩增仪之前，请阅读本部分的内容。

使用漂白剂溶液指导

Applied Biosystems建议使用 10% 漂白剂溶液溶解 StepOne™ 扩增仪样本块上的荧光污染物。但是，过度使用漂白剂溶液会腐蚀样本块材料。

为避免降解样本块材料，在使用漂白剂溶液时请遵照以下指导：

• 将使用漂白剂溶液清除样本块污染作为最后选择。仅当使用去离子水和 95% 乙醇溶液清除样本块污染未能达到理想效果时，再使用漂白剂溶液漂洗样本块。

• 使用漂白剂溶液清洁样本块后，应使用去离子水彻底冲洗样本块。用水彻底清除金属表面的残余漂白剂，以最大限度地减少漂白剂的长期腐蚀作用。


ð›³

Â4

16, 2

007

3:13

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm

文档更新

文档更新

StepOne™ 系统说明文档的此补充说明描述了对 StepOne™ 软件和 StepOne™ 扩增仪触摸屏用户界面的最新更新。

入门指南

以下更新适用于下列 StepOne™ 系统入门指南：

• 《Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System 基因分型实验入门指南》

• 《Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System 相对标准曲线和比较法 CT (DDCT) 实验入门指南》

• 《Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System 标准曲线实验入门指南》

第 1 章：使用入门

关于数据采集

StepOne™ 系统可为存在 /不存在实验采集实时数据。

TaqMan 试剂的优点

通过设计向导，存在 /不存在实验在 PCR 反应中使用 TaqMan® 试剂。如果您想使用其它试剂执行存在 /不存在实验以检测靶序列扩增，应使用高级设置来设计实验。

通过设计向导，在仪器运行中基因分型和存在 / 不存在实验使用标准升降温速率。如果您想使用快速升降温速率执行基因分型和存在 / 不存在实验，应使用高级设置来设计实验。

切记！ Applied Biosystems 不支持在存在 / 不存在或基因分型实验中使用 SYBRGreen® 或 TaqMan® Fast 试剂。

注意：如果您使用其它试剂，则 Reaction Setup（反应设置）屏幕不可用。

此注释旨在进一步说明用于定量实验的设计向导设置。

第 2 章：设计实验

设置靶序列（仅限定量 PCR 实验）

当您使用 Design Wizard（设计向导）设计定量实验（标准曲线、相对标准曲线或比较 CT）时，您可仅设置单一反应（扩增并检测一个靶序列）。要设置包括多重反应的定量实验（扩增并检测两个靶序列），应使用 Advanced Setup（高级设置）设计实验。

注意：有关使用 Advanced Setup（高级设置）的详情，请在 StepOne™ 软件中按F1 键访问 Help（帮助）、在工具栏中单击，或选择 Help（帮助） StepOne Help（StepOne 帮助）查阅。


ð›³

Â4

12, 2

007

1:23

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm


第 4 章：运行实验

关于 Run Method（运行方法）屏幕

Run Method（运行方法）屏幕在运行期间不会更新；而 Amplification（扩增）、Temperature（温度）和 Run Method（运行方法）屏幕中的 Run Status（运行状态）则会连续更新。

注意： Run Method（运行方法）屏幕的操作方式与 StepOne™ 扩增仪界面中出现的独立监视屏幕不同。

并置数据传输

最后一行应改为：“The StepOne™ software automatically transfers the experimentdata from the StepOne instrument after the run.”（运行后，StepOne™ 软件将自动从 StepOne 扩增仪传输实验数据。）

装载扩增仪

2. 将反应载体放置在样本块中：

• 如果使用反应板：将反应板放入样本块，让 A1 反应孔位于样本块左后角。

• 如果使用反应管条带：将包含反应管条带的托盘放入样本块。

• 如果使用反应管：将包含反应管的托盘放入样本块。

切记！为取得最佳性能，应至少装载 4 个反应管。

第 5 章：分析实验

查看扩增曲线

“背景”并不是扩增曲线的一项特征，而基线、指数级增长（几何增长阶段）、线性和平台期则是扩增曲线的特征。 “背景”描述 StepOne™ 软件进行基线补偿后的噪音状况，贯穿扩增曲线呈现，而不只在一个区域。其它四个阶段（称为“期”）描述扩增曲线的不同区段。

查看Multicomponent Plot（多成分曲线）

Multicomponent Plot（多成分曲线）可同时显示多个反应孔的数据。

查看 Raw Data Plot（原始数据图谱）

Raw Data Plot（原始数据图谱）的图例标示了代表反应板每一行的彩色指定。

附录 A 导出 /导入工作流程

当导入设置数据后，使用从相似实验导出的数据可以很容易地设置一个新实验。


ð›³

Â4

12, 2

007

1:23

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm

文档更新

术语表基线校准后归一化报告荧光强度(baseline-corrected normalized reporter (∆Rn) / delta Rn (∆Rn))

对于存在 / 不存在实验，扩增前荧光信号读取与扩增后荧光信号读取的归一化报告荧光值 (Rn) 之间的差异按以下方式计算：

∆Rn = Rn (扩增后读取 ) – Rn (扩增前读取 )

IPC+

不再使用。参见“阴性对照 - IPC 反应孔”。

阈值

[1] 高于基线但处于扩增曲线的指数增长区范围之内的荧光水平。阈值可自动确定（参见“自动 CT”），也可手动设置（参见“手动 CT”）。 [2] 高于此荧光水平时，StepOne™ 软件将反应孔确定为阳性。

安装指南

以下更新适用于《Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System 安装、联网和维护指南》。

第 1 章：使用入门

计算机最低要求

若您未随 StepOne™ 购买计算机，则应自行准备一台符合以下要求的计算机：

‡ 符合所列最低要求的计算机可确保提供最佳软件性能，并受 Applied Biosystems 支持。§ 仅当您计划将计算机连接到 StepOne™ 扩增仪或连接到局域网时才需要。

组件最低要求 ‡

计算机 • 英特尔处理器，主频 1.0 GHz• 512 MB 内存• 20 GB 硬盘驱动器• 20/48X IDE CD-ROM 光驱• 以太网接口适配器（网卡）（10BASE-T） §

• 列入 UL 认证目录• CE 认证标志• FCC 标签

显示器 • 1280 x 1024 像素分辨率• 32 位彩色• 列入 UL 认证目录

操作系统 Microsoft Windows® XP Professional 操作系统，安装 Service Pack 2 或更高版本


ð›³

Â4

12, 2

007

1:23

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm


第 2 章：安装 StepOne™

扩增仪

定义设置

颠倒更改扩增仪日期和时间的步骤顺序。另请注意，触摸屏校准不再是安装的一部分。

扩增仪备用模式

当触摸电源按钮（）时，StepOne™ 扩增仪界面上显示 Confirmation（确认）屏幕，提示您进入 Standby（备用）模式。按 Yes（是）以进入备用模式。

第 5 章：将 StepOne™

系统连接到网络

定义局域网端口 IP 设置

步骤 2 应改为：“在Main Menu（主菜单）中，触摸 Settings Menu（设置菜单），触摸 Admin Menu（管理菜单），然后触摸 Set IP Address（设置 IP 地址）。”

（可选）定义 Computer Port（计算机端口） IP 设置

StepOne™ 扩增仪不再允许对 Computer Port（计算机端口）的 IP 设置进行更改。从 Admin Menu（管理菜单）的 Set IP Address（设置 IP 地址）命令访问的 IP 地址设置用于 LAN Port（局域网端口）。

第 6 章：维护 StepOne™

系统

对样本块清除污染

注意在使用漂白剂溶液清洁样本块后使用去离子水冲洗样本块的重要性（参阅本公告第 6 页“使用漂白剂溶液指导”部分）。

附录 A：如何排除安装故障

网络连接问题

将本公告的第 4 页“故障排除工作流程”部分添加到此部分，以帮助您解决设置StepOne™ 扩增仪远程监视时遇到的网络连接失败问题。

确认网络连接

用本公告第 5 页“如何试通仪器”替换此部分。


ð›³

Â4

12, 2

007

1:23

œ¬

ŒÁ

, 438

5922

A.fm

如何获取支持

如何获取支持

有关不同地区产品服务和技术支持的最新信息，请登录网站 www.appliedbiosystems.com并单击 Support（支持）链接查阅。

在 Support（支持）页面上，您可以：

• 搜索并查阅常见问题与解答（FAQ）

• 直接向 Technical Support（技术支持）人员提交问题进行咨询

• 订购 Applied Biosystems 用户文档、MSDS、分析证书及其它相关文档

• 下载 PDF 文档

• 获取有关客户培训的信息

• 下载软件更新和补丁程序

此外，在 Support（支持）网页上还提供全球各地 Applied Biosystems TechnicalSupport and Sales的电话和传真号码。

Applied Biosystems Customer Care Center

当按照本指南的指导，或需要安排维护您的 StepOne™ 扩增仪（如年度计划维护或温度验证 /校准）时，请与 Applied Biosystems Customer Care Center 联系。要联系Applied Biosystems Customer Care Center，请致电 1-800-762-4001，然后选择选项 1（仅限在美国）。对于所有其他国家，请联系您当地的 Applied Biosystems 维修代表。

http://www.appliedbiosystems.com

www.appliedbiosystems.com

Worldwide Sales and Support

Applied Biosystems vast distribution and service network, composed of highly trained support and applications personnel, reaches 150 countries on six continents. For sales office locations and technical support, please call our local office or refer to our Web site at www.appliedbiosystems.com.

Applera is committed to providing the world’s leading technology and information for life scientists. Applera Corporation consists of the Applied Biosystems and Celera Genomics businesses.

Headquarters850 Lincoln Centre DriveFoster City, CA 94404 USAPhone: +1 650.638.5800Toll Free (In North America): +1 800.345.5224Fax: +1 650.638.5884

01/2007

部件号 4385922 修订版 A存档号 117UB20-01

×Ê

»®…

•Ð˜/±

ŠÐ

Ê“Š© Copyright 2007, Applied Biosystems. All rights reserved.

Information in this document is subject to change without notice. Applied Biosystems assumes no responsibility for any errors that may appear in this document.

APPLIED BIOSYSTEMS DISCLAIMS ALL WARRANTIES WITH RESPECT TO THIS DOCUMENT, EXPRESSED OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THOSE OF MERCHANTABILITY OR FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. IN NO EVENT SHALL APPLIED BIOSYSTEMS BE LIABLE, WHETHER IN CONTRACT, TORT, WARRANTY, OR UNDER ANY STATUTE OR ON ANY OTHER BASIS FOR SPECIAL, INCIDENTAL, INDIRECT, PUNITIVE, MULTIPLE OR CONSEQUENTIAL DAMAGES IN CONNECTION WITH OR ARISING FROM THIS DOCUMENT, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE USE THEREOF.

NOTICE TO PURCHASER: Label License

The Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System is covered by one or more of US Patents Nos. 5,038,852, 5,333,675, 5,656,493, 5,475,610, 5,602,756, 6,703,236, 6,814,934, and corresponding claims in their non-US counterparts, owned by Applera Corporation. No right is conveyed expressly, by implication, or by estoppel under any other patent claim, such as claims to apparatus, reagents, kits, or methods such as 5’ nuclease methods. Further information on purchasing licenses may be obtained by contacting the Director of Licensing, Applied Biosystems, 850 Lincoln Centre Drive, Foster City, California 94404, USA.

TRADEMARKS:

Applera, Applied Biosystems, and AB (Design) are registered trademarks, and StepOne is a trademark of Applera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and/or certain other countries.

TaqMan is a registered trademark of Roche Molecular Systems, Inc.

SYBR is a registered trademark of Molecular Probes, Inc.

Microsoft and Windows are registered trademarks of Microsoft Corporation.

All other trademarks are the sole property of their respective owners.

Documents

Applied Biosystems StepOne™ Real-Time PCR System User Bulletin