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AXIMA-Performance
簡易説明書
MS/MSイオンサーチ
（MS/MS測定）
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この説明書について
弊社MALDIアプリケーション担当者の経験に
基づいた測定解析の推奨パラメータが記載されて
います。弊社装置を初めて測定される方が迅速に
測定解析ができるように配慮したものです。そのため、Getting Started Guideなどの正式
なマニュアルとはパラメータの値が多少異なるこ
とがありますのでご了承ください。詳細な操作説明やメンテナンスに関しては正式
なマニュアルをご参照ください。
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ペプチドのMS/MS測定
（MIS;MS/MS Ion Search）
標準物質と試料のサンプルプレートへの滴下
サンプルプレートの挿入
キャリブレーション
試料の測定
キャリブレーション用試料の測定
測定・解析手順
データベース検索に用いるピークの選択（MIS）
Mascotデータベース検索（MIS）
試料の前処理（電気泳動した試料のインゲル消化、脱塩など）
測定条件の設定M
S
測
定
Ｍ
Ｉ
Ｓ
プリカーサーの選択
MS/MS測定
M
S
M
S
測
定
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１．標準試料と試料のサンプル
プレートへの滴下
1
測定試料をサンプルプレートに滴下、乾燥させます。２
較正に用いる標準物質をサンプルプレートに滴下、乾燥させます。出来る
だけ試料を滴下したウェルの近くに滴下します。３
較正は測定毎に行います。
以下、標準試料を用いて外部較正を行います
Bradykinin
fragment 1-7(Sigma B1651)
ACTH fragment 18-39
(Sigma A0673)
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２．サンプルプレートの挿入
1 52
3
１
Standbyをクリックします。（すでに押されている場合は
２
へ）
２
Open Door をクリックします。
３
Warning画面が表示されるので
Yes をクリックします。
４
プレートを挿入します。
５
プレート挿入後，Close Door を
クリックします。
Instrument Statusウィンドウ上でGauge1の表示圧力が
ポジティブモードで
1.0E-3Pa，ネガティブモードで8.0E-4Paより低くなると測定可能です。
プレートの切り口が右奥に
なるようにして，奥まで差
込みます。
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３．測定条件の設定
1 AcquisitionウィンドウのExp TechタブでTuning mode:を
reflectron
に変更します。
設定を変更される場合は，Standby状態で行ってください。
2
Mass Range:
には測定したい質量の範囲を入力します。PMFを行うときは「1-
4000」に設定します。
3 Operate ボタンをクリックします。
3
1
2
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1
2
5
3
4
7 8
910
1 Acquisition ウィンドウのFiringタブをクリックします。
2 プレート画面上で右クリックすると、以下画面が現れます。Well codeに試料ウェルの数
字を入力し、OKをクリックすると目的のウェルに移動します。
3 レーザーパワーを設定します。
スペクトルに応じて値を上下させます。
4 Profile：200を入力
、shots：
5 を選択します。
5 Blankを選択して700を入力します。
6 P.Extをチェックします。Optimize forに2500 を入力します。
7 Fireをクリックすると分析が始まります。
8
ここでレーザーの照射位置を微調整しながらピークが検出できる位置を探します。
9 測定を中止したい場合はAbort、一時停止したい場合はSuspend、再度測定を開始したい
場合はResumeをクリックします。
10測定が終了したら、Storeをクリックしてデータを保存します。
6
４．キャリブレーション用試料の測定
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５．キャリブレーションに用いるピークの
選択
1 メイン画面にて
Processingをクリックし、
Peak Processingを選択します。
をクリッ
クし、Spectrum Contentsウィンドウの
Processを選択しておきます。
2 Monoisotopic
Peak Picking タブをクリックし、左図のように
パラメーターの設定を行います。
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4 Apply toをクリックすると、設定した条件に基づいてピークが選択されます。
3
Peak Cleaupタブをクリックし、ピークの選択の設定を行います。以下の図を参考にパラメーターを入力します。Threshold offsetはスペクトルを見ながら任意の値を入力します・
任意
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1
Processingメニューから以下の
Calibrationウィンドウを開きます。
２ Massに最初の標準物質の[M+H]+の理論値を入力します。
3
Insert をクリックします。理論値が赤線で囲ったウインドウ内に表示されま
す。
４
各々の標準物質について２-３の作業を行います。
５
Toleranceを設定します。
メイン画面上で、較正前の標準物質の測定値と、２で入力した質量の理論値
との誤差を確認し、誤差より多少大きな値を入力します。
６
Calibrateボタンをクリックして質量を補正します。
７
Calibration file名を入力します。その都度新しいものを作成する必要はあり
ません。上書きでも可。
８
Calibration画面右上のSaveボタンをクリックします。
６．キャリブレーション
２
3 ５
通常はチェック
しません
６
８
注記
測定値と理論値の誤差が大きすぎて、ここで
示した方法では較正できないときは、AXIMA Performance スタートガイド
Software V2.8 第４章：MS分析
をご参照ください。
以下、２つの標準試料を用いてキャリブレーションします
Bradykinin1-7
；[M+H]+ monoisotopic
mass
757.40
ACTH fragment18-39
；[M+H]+ monoisotopic
mass
2465.20
７
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７．試料の測定
「４．キャリブレーション試料の測定」と同様に対象試料の測定とデータの
保存を行います。
８．プリカーサーイオンの選択
１
Exp. Tech.タブを選択し、CIDの
Enableをクリックします。
注記
PSD測定の場合はこのステップは必要
ありません。
２
「５．キャリブレーションに用いるピークの選択」と同様にPeak Processingのパラ
メーターを入力します 。目的のシグナルがピークとして検出されていることを確認します。
３
マウスのセンタークリックで２つの
カーソルを表示し、プリカーサーイ
オンとして指定するシグナルの前後
を囲みます。このとき図に示す
M/dMが100-200になるように設
定します。
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4
Ion Gate を
On にし、
をク
リックしてカーソルで選択した範囲
を読み込みます。プリカーサーイオンの値が表示され
ていることを確認します。
5
レーザーパワーをMS測定時より
1-2割程度高く設定します。
６
「４．キャリブレーション試料の測定」と同様に対象試料の測定とデータの保存を行
います。下図にBSAトリプシン消化物のm/z116４のMS/MSスペクトル例を示します。
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９．Mascotサーチに用いるピークの選択
1 メイン画面にて
Processingをクリックし、
Peak Processingを選択します。
をクリッ
クし、Spectrum Contentsウィンドウの
Processを選択しておきます。
2 Monoisotopic
Peak Picking タブをクリックし、左図のように
チェックをはずして無効にします。
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4 Apply toをクリックすると、設定した条件に基づいてピークが選択されます。
3
Peak Cleaupタブをクリックし、ピークの選択の設定を行います。以下の図を参考にパラメーターを入力します。Threshold offsetはスペクトルを見ながら任意の値を入力します・
任意
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１０．Mascotデータベース検索
1 メイン画面にて
をクリックし、
Internet search画面を表示させます。
2
左図に従って検索条件を入力
します。
＊実際のウインドウはスクロー
ルする必要があります。
＊特に赤矢印に注視してくださ
い
＊Database, Taxonomyの選択
は任意です。
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3
左図に従ってAdd parentを
選択します。“Add MS/MS MS list”の画面が開きます。
4
Fetch Peaksをクリックします。
表示されるピーク数が少ないとき
はMax. number of peaksを変更
します。
通常100で十分です。
必ずMonoisotopicを選択します。
Addをクリックします。
５
必要に応じて複数のMS/MSスペ
クトルに対して上記3,4を繰り返し、
複数のプリカーサーイオンを左図の
ように入力します。
８
searchをクリックすると、左の
表示が現れ、実行します。
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