Axl homology modeling

Mgr. Juraj Dobiaš

Mollard, A.; Warner, S. L.; Call, L. T.; Wade, M. L.; Bearss, J. J.; Verma, A.; Sharma, S.; Vankayalapati, H.; Bearss, D. J. ACS Med. Chem. Lett. 2, 2011, 907 – 912.

Modelovanie proteínov• štrukúra určuje vlastnosti proteínu, predikcie medzimolekulových

interakcii• najdostupnejšia experimentálna informácia – primárna sekvencia• náročný výpočet energie systému – aproximácie• stupne voľnosti, energetická hyperplocha• Východisko: využitie vyriešených štruktúr ako templátov

Sekvencia a hľadanie templátov

• Local enviroment• Planarita peptidovej väzby• Väzbové dĺžky, uhly• Dokovaním známych inhibítorov

Validatácia

Ramachandran plot

Design, Synthesis, and Biological Evaluation of a Series of Novel AXL Kinase Inhibitors

• Hologický model – Mer, c-Met, • Dokovanie knižnice vlastných látok a biologické testovanie: Lead skelet

• metylén – 0.75 µM• morfolín > 10 µM – “lack of desolvation”• metylamín + N-metylpiperidín – 0.42 µM – stabilita, toxicita

33, 44 µM 2 - 6 µM

N

N

NH

F

NO

FCl

N

N

NH

N

N

FCl

Prvotné SAR na pyrimidíne

• Kľúčová pozícia• Skúšali rôzne elektrón akceptorné skupiny – malý progres• Preto SAR 5 pozície – bez úspechu – málo miesta

Sulfón amidove inhibítory• „Scafold hopping“• Chelatácia Mg2+

• Validácia modelu – korelácia• Väčšia in vivo aktivita – iný cieľ

Selektivita• Pokusy o vynútenie selektivity voči aurorám:

• Zavedenie lipofilných skupín do blízkosti gatekeeper-u (Axl Pro, Aurora Glu) - málo miesta – strata Axl inhibičnej aktivity• Zámena N-dimetyl za lipofilnejší pyrolidinyl alebo N-cyklopropyl – slabé zvýšenie Axl aktivity, Aurora bez zmeny• Priame spojenie - bez zmeny selektivity• Metylácia amínového linkeru – strata aktivity – konformácia• Meta substitúcia – strata aktivity

N

NCl

NH

NN

HN

SO

O

R

NNH

R:

Záver• Vytvorili funkčný homologický model.• Našli novú lead štruktúru.• Zavedením sulfónamidovej skupiny získali nanomolárne inhibítory.• Inhibítory vykazujú značnú neselektivitu, najmä voči Aurore TK.• Pracujú na vývoji nových selektívnejších inhibítorov.

N

NCl

NH

NN

HN

SO

O

N

27 nM