Primer Examen de Biologia Molecular – Medicina UCSM

Apellidos y Nombres: REYES LOAIZA, Yara Marley Abril 7 del 2014

Coloque el nombre y código de acceso del Gen a Analizar:

RTN2 reticulon 2 [Homo sapiens (human)]

ID: 6253

CONTESTE LAS SIGUIENTES PREGUNTAS, TODAS SON REFERENTE AL GEN QUE

USTED HA ELEGIDO (1. puntos c/u):

1. Localización en el genoma (cromosoma, brazo, etc)

Cromosoma 19, q13.32

NC_000019.10 (45485288..45497055, complement)

2. Tamaño del gen en pares de bases: 11768 bp

3. Cuantos exones presenta: 11 exones.

4. Escriba el nombre de una Patología relacionada con SNP del gen: Usando la base de

datos, encontramos que el SNP rs140494585  codifica para la paraplejia espástica 12.

c.1100C>T (p.Ser367Phe) AND Spastic paraplegia 12

5. Tamaño del RNAm ya procesado: Solo área codificante (exones) 2288bp.

6. Cuantos aminoácidos codifica: 54 aminoácidos

SI QUIERO AMPLIFICAR EL FRAGMENTO QUE SE TRADUCE, Y QUE ESTA

PRESENTE EN EL PRIMER EXÓN, LOS PRIMER SERIAN: SI sólo amplificamos la

región codificante del exón 1 (de sólo 31 aminoácidos), el primer necesariamente tendría que

ser menor que 18bp, por lo cual no cumpliría con el requisito primigenio del diseño de

primers (entorpeciendo la investigación). Por ello, se ha usado el exón 1 en su totalidad (aun

la región que no codifica para proteína alguna).

7. La secuencia del primer Forward: CGCGCGCTGCAGTGCCTTCC Tm: 70

8. La secuencia del Primer reverse: TGCAGTGGGCGAAGACCGGC Tm: 68

9. Cuáles son las condiciones de PCR para su amplificación:

a) Activacion: 95°C x 5 Min

b) Desnaturalizacion: 94°C x 1 min

c) Annealing: 68°C (obtenido del promedio de las Tm de los primers- ver pregunta

8-) x 1 min

d) Extensión: 72°C x 20s (de acuerdo al cálculo de 1000bp/min, correspondería

aprox. 16s.; sin embargo, nos aseguraremos con 4 segundos más).

10. El tamaño del DNA amplificado por PCR: SOLO EL AMPLICON: 0.34nm * 264bp

89.76 M

0.08976 Micras

AMPLICON+PRIMERS (forward+reverse): 0.34nm * 304bp

103.36 nm

0.10336 Micras

11. Si se ignora el primer “start codón”, ¿cuáles serían los primeros cinco aminoácidos de la

nueva proteína?.

Glicina-Glutamina-Valina-Leucina-Prolina

12. Si deseo usar la tecnología del Fish para su diagnóstico, ¿cuál sería la secuencia

coloreada con Fitocianina?.

La secuencia más adecuada sería cualquiera de los primers, ya que la

Fitocianina es un pigmento con alta afinidad por segmentos de DNA de entre 18 a

45 nucleotidos, tiñiendolos de un tono azul. Además, la técnica de Fish se basa en

la creación de una cadena complementaria de 50 a 100 nucleótidos que se pegara a

cualquier lugar donde se requiera.