BIOINFORMATIKA

PRAKTIKUM

1. Menemukan dan mencari keterangan suatu rangkaian (Nukleotida dan asam amino)

Tujuan: Menemukan dan mencari keterangan rangkain nukleotida Human neurofibromatosis type 1 (NF-1) mRNA dari NCBI.

Langkah-langkah :

a. Masuk ke laman http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank

b. Masukkan Accession Number dari rankaian nukleotida NF-1 (M38107.1), klik SEARCH

c. Pada hasil pencarian akan muncul seperti ini :

d. Klik “FASTA “ untuk melihat FASTA format dari rangkaian nukleotida NF-1e. Klik “Graphics” untuk melihat grafik dari rangkaian nukleotida NF-1

Hasil :1. FASTA FORMAT :

AATTGGGAAGATAACTCTGTCATTTTCCTACTTGTTCAGTCCATGGTGGTTGATCTTAAGAACCTGCTTTTTAATCCAAGTAAGCCATTCTCAAGAGGCAGTCAGCCTGCAGATGTGGATCTAATGATTGACTGCCTTGTTTCTTGCTTTCGTATAAGCCCTCACAACAACCAACACTTTAAGATCTGCCTGGCTCAGAATTCACCTTCTACATTTCACTATGTGCTGGTAAATTCACTCCATCGAATCATCACCAATTCCGCATTGGATTGGTGGCCTAAGATTGATGCTGTGTATTGTCACTCGGTTGAACTTCGAAATATGTTTGGTGAAACACTTCATAAAGCAGTGCAAGGTTGTGGAGCACACCCAGCAATACGAATGGCCCCGAGTCTTACATTTAAAGAAAAAGTAACAAGCCTTAAATTTAAAGAAAAACCTACAGACCTGGAGACAAGAAGCTATAAGTATCTTCTCTTGTCCATAGTGAAACTAATTCATGCAGATCCAAAGCTCTTGCTTTGTAATCCAAGAAAACAGGGGCCCGAAACCCAAGGCAGTACAGCAGAATTAATTACAGGGCTCGTCCAACTGGTCCCTCAGTCACACATGCCAGAGATTGCTCAGGAAGCAATGGAGGCTCTGCTGGTTCTTCATCAGTTAGATAGCATTGATTTGTGGAATCCTGATGCTCCTGTAGAAACATTTTGGGAGATTAGCTCACAAATGCTTTTTTACATCTGCAAGAAATTAACTAGTCATCAAATGCTTAGTAGCACAGAAATTCTCAAGTGGTTGCGGGAAATATTGATCTGCAGGAATAAATTTCTTCTTAAAAATAAGCAGGCAGATAGAAGTTCCTGTCACTTTCTCCTTTTTTACGGGGTAGGATGTGATATTCCTTCTAGTGGAAATACCAGTCAAATGTCCATGGATCATGAAGAATTACTACGTACTCCTGGAGCCTCTCTCCGGAAGGGAAAAGGGAACTCCTCTATGGATAGTGCAGCAGGATGCAGCGGAACCCCCCCRATTTGCCGACAAGCCCAGACCAAACTAGAAGTGGCCCTGTACATGTTTCTGTGGAACCCTGACACTGAAGCTGTTCTGGTTGCCATGTCCTGTTTCCGCCACCTCTGTGAGGAAGCAGATATCCGGTGTGGGGTGGATGAAGTGTCAGTGCATAACCTCTTGCCCAACTATAACACATTCATGGAGTTTGCCTCTGTCAGCAATATGATGTCAACAGGAAGAGCAGCACTTCAGAAAAGAGTGATGGCACTGCTGAGGCGCATTGAGCATCCCACTGCAGGAAACACTGAGGCTTGGGAAGATACACATGCAAAATGGGAACAAGCAACAAAGCTAATCCTTAACTATCCAAAAGCCAAAATGGAAGATGGCCAGGCTGCTGAAAGCCTTCACAAGACCATTGTTAAGAGGCGAATGTCCCATGTGAGTGGAGGAGGATCCATAGATTTGTCTGACACAGACTCCCTACAGGAATGGATCAACATGACTGGCTTCCTTTGTGCCCTTGGAGGAGTGTGCCTCCAGCAGAGAAGCAATTCTGGCCTGGCAACCTATAGCCCACCCATGGGTCCAGTCAGTGAACGTAAGGGTTCTATGATTTCAGTGATGTCTTCAGAGGGAAACGCAGATACACCTGTCAGCAAATTTATGGATCGGCTGTTGTCCTTAATGGTGTGTAACCATGAGAAAGTGGGACTTCAAATACGGACCAATGTTAAGGATCTGGTGGGTCTAGAATTGAGTCCTGCTCTGTATCCAATGCTATTTAACAAATTGAAGAATACCATCAGCAAGTTTTTTGACTCCCAAGGACAGGTTTTATTGACTGATACCAATACTCAATTTGTAGAACAAACCATAGCTATAATGAAGAACTTGCTAGATAATCATACTGAAGGCAGCTCTGAACATCTAGGGCAAGCTAGCATTGAAACAATGATGTTAAATCTGGTCAGGTATGTTCGTGTGCTTGGGAATATGGTCCATGCAATTCAAATAAAAACGAAACTGTGTCAATTAGTTGAAGTAATGATGGCAAGGAGAGATGACCTCTCATTTTGCCAAGAGATGAAATTTAGGAATAAGATGGTAGAATACCTGACAGACTGGGTTATGGGAACATCAAACCAAGCAGCAGATGATGATGTAAAATGTCTTACAAGAGATTTGGACCAGGCAAGCATGGAAGCAGTAGTTTCACTTCTAGCTGGTCTCCCTCTGCAGCCTGAAGAAGGAGATGGTGTGGAATTGATGGAAGCCAAATCACAGTTATTTCTTAAATACTTCACATTATTTATGAACCTTTTGAATGACTGCAGTGAAGTTGAAGATGAAAGTGCGCAAACAGGTGGCAGGAAACGTGGCATGTCTCGGAGGCTGGCATCACTGAGGCACTGTACGGTCCTTGCAATGTCAAACTTACTCAATGCCAACGTAGACAGTGGTCTCATGCACTCCATAGGCTTAGGTTACCACAAGGATCTCCAGACAAGAGCTACATTTATGGAAGTTCTCACAAAAATCCTTCAACAAGGCACAGAATTTGACACACTTGCAGAAACAGTATTGGCTGATCGGTTTGAGAGATTGGTGGAACTGGTCACAATGATGGGTGATCAAGGAGAACTCCCTATAGCGATGGCTCTGGCCAATGTGGTTCCTTGTTCTCAGTGGGATGAACTAGCTCGAGTTCTGGTTACTCTGTTTGATTCTCGGCATTTACTCTACCAACTGCTCTGGAACATGTTTTCTAAAGAAGTAGAATTGGCAGACTCCATGCAGACTCTCTTCCGAGGCAACAGCTTGGCCAGTAAAATAATGACATTCTGTTTCAAGGTATATGGTGCTACCTATCTACAAAAACTCCTGGATCCTTTATTACGAATTGTGATCACATCCTCTGATTGGCAACATGTTAGCTTTGAAGTGGATCCTACCAGGTTAGAACCATCAGAGAGCCTTGAGGAAAACCAGCGGAACCTCCTTCAGATGACTGAAAAGTTCTTCCATGCCATCATCAGTTCCTCCTCAGAATTCCCCCCTCAACTTCGAAGTGTGTGCCACTGTTTATACCAGGTGGTTAGCCAGCGTTTCCCTCAGAACAGCATCGGTGCAGTA

GGAAGTGCCATGTTCCTCAGATTTATCAATCCTGCCATTGTCTCACCGTATGAAGCAGGGATTTTAGATAAAAAGCCACCACCTAGAATCGAAAGGGGCTTGAAGTTAATGTCAAAGATACTTCAGAGTATTGCCAATCATGTTCTCTTCACAAAAGAAGAACATATGCGGCCTTTCAATGATTTTGTGAAAAGCAACTTTGATGCAGCACGCAGGTTTTTCCTTGATATAGCATCTGATTGTCCTACAAGTGATGCAGTAAATCATAGTCTTTCCTTCATAAGTGACGGCAATGTGCTTGCTTTACATCGTCTACTCTGGAACAATCAGGAGAAAATTGGGCAGTATCTTTCCAGCAACAGGGATCATAAAGCTGTTGGAAGACGACCTTTTGATAAGATGGCAACACTTCTTGCATACCTGGGTCCTCCAGAGCACAAACCTGTGGCAGATACACACTGGTCCAGCCTTAACCTTACCAGTTCAAAGTTTGAGGAATTTATGACTAGGCATCATCAGGTACATGAAAAAGAAGAATTCAAGGCTTTGAAAACGTTAAGTATTTTCTACCAAGCTGGGACTTCCAAAGCTGGGAATCCTATTTTTTATTATGTTGCACGGAGGTTCAAAACTGGTCAAATCAATGGTGATTTGCTGATATACCATGTCTTACTGACTTTAAAGCCATATTATGCAAAGCCATATGAAATTGTAGTGGACCTTACCCATACCGGGCCTAGCAATCGCTTTAAAACAGACTTTCTCTCTAAGTGGTTTGTTGTTTTTCCTGGCTTTGCTTACGACAACGTCTCCGCAGTCTATATCTATAACTGTAACTCCTGGGTCAGGGAGTACACCAAGTATCATGAGCGGCTGCTGACTGGCCTCAAAGGTAGCAAAAGGCTTGTTTTCATAGACTGTCCTGGGAAACTGGCTGAGCACATAGAGCATGAACAACAGAAACTACCTGCTGCCACCTTGGCTTTAGAAGAGGACCTGAAGGTATTCCACAATGCTCTCAAGCTAGCTCACAAAGACACCAAAGTTTCTATTAAAGTTGGTTCTACTGCTGTCCAAGTAACTTCAGCAGAGCGAACAAAAGTCCTAGGGCAATCAGTCTTTCTAAATGACATTTATTATGCTTCGGAAATTGAAGAAATCTGCCTAGTAGATGAGAACCAGTTCACCTTAACCATTGCAAACCAGGGCACGCCGCTCACCTTCATGCACCAGGAGTGTGAAGCCATTGTCCAGTCTATCATTCATATCCGGACCCGCTGGGAACTGTCACAGCCCGACTCTATCCCCCAACACACCAAGATTCGGCCAAAAGATGTCCCTGGGACACTGCTCAATATCGCATTACTTAATTTAGGCAGTTCTGACCCGAGTTTACGGTCAGCTGCCTATAATCTTCTGTGTGCCTTAACTTGTACCTTTAATTTAAAAATCGAGGGCCAGTTACTAGAGACATCAGGTTTATGTATCCCTGCCAACAACACCCTCTTTATTGTCTCTATTAGTAAGACACTGGCAGCCAATGAGCCACACCTCACGTTAGAATTTTTGGAAGAGTGTATTTCTGGATTTAGCAAATCTAGTATTGAATTGAAACACCTTTGTTTGGAATACATGACTCCATGGCTGTCAAATCTAGTTCGTTTTTGCAAGCATAATGATGATGCCAAACGACAAAGAGTTACTGCTATTCTTGACAAGCTGATAACAATGACCATCAATGAAAAACAGATGTACCCATCTATTCAAGCAAAAATATGGGGAAGCCTTGGGCAGATTACAGATCTGCTTGATGTTGTACTAGACAGTTTCATCAAAACCAGTGCAACAGGTGGCTTGGGATCAATAAAAGCTGAGGTGATGGCAGATACTGCTGTAGCTTTGGCTTCTGGAAATGTGAAATTGGTTTCAAGCAAGGTTATTGGAAGGATGTGCAAAATAATTGACAAGACATGCTTATCTCCAACTCCTACTTTAGAACAACATCTTATGTGGGATGATATTGCTATTTTAGCACGCTACATGCTGATGCTGTCCTTCAACAATTCCCTTGATGTGGCAGCTCATCTTCCCTACCTCTTCCACGTTGTTACTTTCTTAGTAGCCACAGGTCCGCTCTCCCTTAGAGCTTCCACACATGGACTGGTCATTAATATCATTCACTCTCTGTGTACTTGTTCACAGCTTCATTTTAGTGAAGAGACCAAGCAAGTTTTGAGACTCAGTCTGACAGAGTTCTCATTACCCAAATTTTACTTGCTGTTTGGCATTAGCAAAGTCAAGTCAGCTGCTGTCATTGCCTTCCGTTCCAGTTACCGGGACAGGTCATTCTCTCCTGGCTCCTATGAGAGAGAGACTTTTGCTTTGACATCCTTGGAAACAGTCACAGAAGCTTTGTTGGAGATCATGGAGGCATGCATGAGAGATATTCCAACGTGCAAGTGGCTGGACCAGTGGACAGAACTAGCTCAAAGATTTGCATTCCAATATAATCCATCCCTGCAACCAAGAGCTCTTGTTGTCTTTGGGTGTATTAGCAAACGAGTGTCTCATGGGCAGATAAAGCAGATAATCCGTATTCTTAGCAAGGCACTTGAGAGTTGCTTAAAAGGACCTGACACTTACAACAGTCAAGTTCTGATAGAAGCTACAGTAATAGCACTAACCAAATTACAGCCACTTCTTAATAAGGACTCGCCTCTGCACAAAGCCCTCTTTTGGGTAGCTGTGGCTGTGCTGCAGCTTGATGAGGTCAACTTGTATTCAGCAGGTACCGCACTTCTTGAACAAAACCTGCATACTTTAGATAGTCTCCGTATATTCAATGACAAGAGTCCAGAGGAAGTATTTATGGCAATCCGGAATCCTCTGGAGTGGCACTGCAAGCAAATGGATCATTTTGTTGGACTCAATTTCAACTCTAACTTTAACTTTGCATTGGTTGGACACCTTTTAAAAGGGTACAGGCATCCTTCACCTGCTATTGTTGCAAGAACAGTCAGAATTTTACATACACTACTAACTCTGGTTAACAAACACAGAAATTGTGACAAATTTGAAGTGAATACACAGAGCGTGGCCTACTTAGCAGCTTTACTTACAGTGTCTGAAGAAGTTCGAAGTCGCTGCAGCCTAAAACATAGAAAGTCACTTCTTCTTACTGATATTTCAATGGAAAATGTTCCTATGGATACATATCCCATTCATCATGGTGACCCTTCCTATAGGACACTAAAGGAGACTCAGCCATGGTCCTCTCCCAAAGGTTCTGAAGGATACCTTGCAGCCACCTATCCAACTGTCGGCCAGACCAGTCCCCGAGCCAGGAAATCCATGAGCCTGGACATGGGGCAACCTTCTCAGGCCAACACTAAGAAGTTGCTTGGAACAAGGAAAAGTTTTGATCACTTGA

TATCAGACACAAAGGCTCCTAAAAGGCAAGAAATGGAATCAGGGATCACAACACCCCCCAAAATGAGGAGAGTAGCAGAAACTGATTATGAAATGGAAACTCAGAGGATTTCCTCATCACAACAGCACCCACATTTACGTAAAGTTTCAGTGTCTGAATCAAATGTTCTCTTGGATGAAGAAGTACTTACTGATCCGAAGATCCAGGCGCTGCTTCTTACTGTTCTAGCTACACTGGTAAAATATACCACAGATGAGTTTGATCAACGAATTCTTTATGAATACTTAGCAGAGGCCAGTGTTGTGTTTCCCAAAGTCTTTCCTGTTGTGCATAATTTGTTGGACTCTAAGATCAACACCCTGTTATCATTGTGCCAAGATCCAAATTTGTTAAATCCAATCCATGGAATTGTGCAGAGTGTGGTGTACCATGAAGAATCCCCACCACAATACCAAACATCTTACCTGCAAAGTTTTGGTTTTAATGGCTTGTGGCGGTTTGCAGGACCGTTTTCAAAGCAAACACAAATTCCAGACTATGCTGAGCTTATTGTTAAGTTTCTTGATGCCTTGATTGACACGTACCTGCCTGGAATTGATGAAGAAACCAGTGAAGAATCCCTCCTGACTCCCACATCTCCTTACCCTCCTGCACTGCAGAGCCAGCTTAGTATCACTGCCAACCTTAACCTTTCTAATTCCATGACCTCACTTGCAACTTCCCAGCATTCCCCAGCTTCTCTGCCTTGCTCTAACTCAGCAGTTTTCATGCAGCTGTTCCCTCATCAAGGAATCGACAAGGAGAACGTTGAACTCTCCCCTACCACTGGCCACTGTAACAGTGGACGAACTCGCCACGGATCCGCAAGCCAAGTGCAGAAGCAAAGAAGCGCTGGCAGTTTCAAACGTAATAGCATTAAGAAGATCGTGTGAAGCTTGCTTGCTTTCTTTTTTAAAATCAACTTAACATGGGCTCTTCACTAGTGACCCCTTCCCTGTCCTTGCCCTTTCCCCCCATGTTGTAATGCTGCACTTCCTGTTTTATAATGAACCCATCCGGTTTGCCATGTTGCCAGATGATCAACTCTTCGAAGCCTTGCCTAAATTTAATGCTGCCTTTTCTTTAACTTTTTTTCTTCTACTTTTGGCGTGTATCTGGTATATGTAAGTGTTCAGAACAACTGCAAAGAAAGTGGGAGGTCAGGAAACTT

a) GI : 189171, LENGTH: 7790 bp b) GRAPHIC

c) Dari percobaan di atas, dapat dilihat rangkaian nukleotida yang didapatkan berupa rangkaian mRNA dengan panjang 7790 binding proteins. Pada keterangan dengan jelas dinyatakan bahwa rangkaian merupakan mRNA , namun terjadi kesalahan pada website karena ditemukannya Thymin pada rangkaian. Pada RNA seharusnya tidak ditemukan Thymin (T) melainkan Uracyl (U)

2. Mengidentifikasi gen pada gDNA manusiaTujuan : mengidentifikasi gen dengan rangkaian genom DNA menggunakan NCBI Genbank dan Genscan Prediction Tool

Langkah-langkah :

a. Masuk ke laman http://argonaute.mit.edu/GENSCAN.html

b. Salin fasta format pada kolom di bagian bawah laman , kemudian klik RUN GENSCAN :

c. Pada hasil akan muncul seperti ini :

Hasil :1) Pada hasil Genscan juga terlihat bahwa panjang rangkaian yang didapatkan adalah 7790 bp. Pada

hasil Genbank jumlah exon tidak dinyatakan secara jelas, namun pada hasil Genscan dinyatakan bahwa terdapat suboptimal exon dengan probabiltas >1000.

3. Mengidentifikasi persamaan rangkaian pada spesies lainTujuan : Untuk mengidentifikasi dan menemukan persamaan rangkaian antara NF-1 dengan spesies lain

Langkah-langkah :a. Masuk ke laman http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbankb. Pilih kategori “Chimp” pada listc. Salin Fasta Format pada kolom yang tersedia ,klik BLAST

Hasil :

1) Grafik

2) Dari hasil dan grafik yang didapatkan,bahwa rangkaian mRNA yang diidentifikasi memiliki kesamaan dengan spesies Pan Troglodytes.

4. Translasi suatu rangkaian nukleotida menjadi rangkaian asam aminoTujuan : menerjemahkan Human neurofibromatosis type 1 (NF-1) menjadi rangkaian asam amino

Langkah-langkah :a. Masuk ke laman http://web.expasy.org/translate/b. Masukkan rangkaian nukleotida NF-1 lalu klik “TRANSLATE SEQUENCE”c. Pada laman akan terlihat seperti ini :

d. Hasil translasi akan muncul seperti ini :

Hasil :1) Dari percobaan-percobaan yang telah dilakukan, telah didapatkan 3 rangkaian :a. NCBI GENBANK :

NWEDNSVIFLLVQSMVVDLKNLLFNPSKPFSRGSQPADVDLMIDCLVSCFRISPHNNQHFKICLAQNSPSTFHYVLVNSLHRIITNSALDWWPKIDAVYCHSVELRNMFGETLHKAVQGCGAHPAIRMAPSLTFKEKVTSLKFKEKPTDLETRSYKYLLSIVKLIHADPKLLLCNPRKQGPETQGSTAELITGLVQLVPQSHMPEIAQEAMEALLVLHQLDSIDLWNPDAPVETFWEISSQMLFYICKKLTSHQMLSSTEILKWLREILICRNKFLLKNKQADRSSCHFLLFYGVGCDIPSSGNTSQMSMDHEELLRTPGASLRKGKGNSSMDSAAGCSGTPPICRQAQTKLEVALYMFLWNPDTEAVLVAMSCFRHLCEEADIRCGVDEVSVHNLLPNYNTFMEFASVSNMMSTGRAALQKRVMALLRRIEHPTAGNTEAWEDTHAKWEQATKLILNYPKAKMEDGQAAESLHKTIVKRRMSHVSGGGSIDLSDTDSLQEWINMTGFLCALGGVCLQQRSNSGLATYSPPMGPVSERKGSMISVMSSEGNADTPVSKFMDRLLSLMVCNHEKVGLQIRTNVKDLVGLELSPALYPMLFNKLKNTISKFFDSQGQVLLTDTNTQFVEQTIAIMKNLLDNHTEGSSEHLGQASIETMMLNLVRYVRVLGNMVHAIQIKTKLCQLVEVMMARRDDLSFCQEMKFRNKMVEYLTDWVMGTSNQAADDDVKCLTRDLDQASMEAVVSLLAGLPLQPEEGDGVELMEAKSQLFLKYFTLFMNLLNDCSEVEDESAQTGGRKRGMSRRLASLRHCTVLAMSNLLNANVDSGLMHSIGLGYHKDLQTRATFMEVLTKILQQGTEFDTLAETVLADRFERLVELVTMMGDQGELPIAMALANVVPCSQWDELARVLVTLFDSRHLLYQLLWNMFSKEVELADSMQTLFRGNSLASKIMTFCFKVYGATYLQKLLDPLLRIVITSSDWQHVSFEVDPTRLEPSESLEENQRNLLQMTEKFFHAIISSSSEFPPQLRSVCHCLYQVVSQRFPQNSIGAVGSAMFLRFINPAIVSPYEAGILDKKPPPRIERGLKLMSKILQSIANHVLFTKEEHMRPFNDFVKSNFDAARRFFLDIASDCPTSDAVNHSLSFISDGNVLALHRLLWNNQEKIGQYLSSNRDHKAVGRRPFDKMATLLAYLGPPEHKPVADTHWSSLNLTSSKFEEFMTRHHQVHEKEEFKALKTLSIFYQAGTSKAGNPIFYYVARRFKTGQINGDLLIYHVLLTLKPYYAKPYEIVVDLTHTGPSNRFKTDFLSKWFVVFPGFAYDNVSAVYIYNCNSWVREYTKYHERLLTGLKGSKRLVFIDCPGKLAEHIEHEQQKLPAATLALEEDLKVFHNALKLAHKDTKVSIKVGSTAVQVTSAERTKVLGQSVFLNDIYYASEIEEICLVDENQFTLTIANQGTPLTFMHQECEAIVQSIIHIRTRWELSQPDSIPQHTKIRPKDVPGTLLNIALLNLGSSDPSLRSAAYNLLCALTCTFNLKIEGQLLETSGLCIPANNTLFIVSISKTLAANEPHLTLEFLEECISGFSKSSIELKHLCLEYMTPWLSNLVRFCKHNDDAKRQRVTAILDKLITMTINEKQMYPSIQAKIWGSLGQITDLLDVVLDSFIKTSATGGLGSIKAEVMADTAVALASGNVKLVSSKVIGRMCKIIDKTCLSPTPTLEQHLMWDDIAILARYMLMLSFNNSLDVAAHLPYLFHVVTFLVATGPLSLRASTHGLVINIIHSLCTCSQLHFSEETKQVLRLSLTEFSLPKFYLLFGISKVKSAAVIAFRSSYRDRSFSPGSYERETFALTSLETVTEALLEIMEACMRDIPTCKWLDQWTELAQRFAFQYNPSLQPRALVVFGCISKRVSHGQIKQIIRILSKALESCLKGPDTYNSQVLIEATVIALTKLQPLLNKDSPLHKALFWVAVAVLQLDEVNLYSAGTALLEQNLHTLDSLRIFNDKSPEEVFMAIRNPLEWHCKQMDHFVGLNFNSNFNFALVGHLLKGYRHPSPAIVARTVRILHTLLTLVNKHRNCDKFEVNTQSVAYLAALLTVSEEVRSRCSLKHRKSLLLTDISMENVPMDTYPIHHGDPSYRTLKETQPWSSPKGSEGYLAATYPTVGQTSPRARKSMSLDMGQPSQANTKKLLG

TRKSFDHLISDTKAPKRQEMESGITTPPKMRRVAETDYEMETQRISSSQQHPHLRKVSVSESNVLLDEEVLTDPKIQALLLTVLATLVKYTTDEFDQRILYEYLAEASVVFPKVFPVVHNLLDSKINTLLSLCQDPNLLNPIHGIVQSVVYHEESPPQYQTSYLQSFGFNGLWRFAGPFSKQTQIPDYAELIVKFLDALIDTYLPGIDEETSEESLLTPTSPYPPALQSQLSITANLNLSNSMTSLATSQHSPASLPCSNSAVFMQLFPHQGIDKENVELSPTTGHCNSGRTRHGSASQVQKQRSAGSFKRNSIKKIV

b. GENSCAN :MVVDLKNLLFNPSKPFSRGSQPADVDLMIDCLVSCFRISPHNNQHFKICLAQNSPSTFHYVLVNSLHRIITNSALDWWPKIDAVYCHSVELRNMFGETLHKAVQGCGAHPAIRMAPSLTFKEKVTSLKFKEKPTDLETRSYKYLLLSIVKLIHADPKLLLCNPRKQGPETQGSTAELITGLVQLVPQSHMPEIAQEAMEALLVLHQLDSIDLWNPDAPVETFWEISSQMLFYICKKLTSHQMLSSTEILKWLREILICRNKFLLKNKQADRSSCHFLLFYGVGCDIPSSGNTSQMSMDHEELLRTPGASLRKGKGNSSMDSAAGCSGTPXICRQAQTKLEVALYMFLWNPDTEAVLVAMSCFRHLCEEADIRCGVDEVSVHNLLPNYNTFMEFASVSNMMSTGRAALQKRVMALLRRIEHPTAGNTEAWEDTHAKWEQATKLILNYPKAKMEDGQAAESLHKTIVKRRMSHVSGGGSIDLSDTDSLQEWINMTGFLCALGGVCLQQRSNSGLATYSPPMGPVSERKGSMISVMSSEGNADTPVSKFMDRLLSLMVCNHEKVGLQIRTNVKDLVGLELSPALYPMLFNKLKNTISKFFDSQGQVLLTDTNTQFVEQTIAIMKNLLDNHTEGSSEHLGQASIETMMLNLVRYVRVLGNMVHAIQIKTKLCQLVEVMMARRDDLSFCQEMKFRNKMVEYLTDWVMGTSNQAADDDVKCLTRDLDQASMEAVVSLLAGLPLQPEEGDGVELMEAKSQLFLKYFTLFMNLLNDCSEVEDESAQTGGRKRGMSRRLASLRHCTVLAMSNLLNANVDSGLMHSIGLGYHKDLQTRATFMEVLTKILQQGTEFDTLAETVLADRFERLVELVTMMGDQGELPIAMALANVVPCSQWDELARVLVTLFDSRHLLYQLLWNMFSKEVELADSMQTLFRGNSLASKIMTFCFKVYGATYLQKLLDPLLRIVITSSDWQHVSFEVDPTRLEPSESLEENQRNLLQMTEKFFHAIISSSSEFPPQLRSVCHCLYQVVSQRFPQNSIGAVGSAMFLRFINPAIVSPYEAGILDKKPPPRIERGLKLMSKILQSIANHVLFTKEEHMRPFNDFVKSNFDAARRFFLDIASDCPTSDAVNHSLSFISDGNVLALHRLLWNNQEKIGQYLSSNRDHKAVGRRPFDKMATLLAYLGPPEHKPVADTHWSSLNLTSSKFEEFMTRHHQVHEKEEFKALKTLSIFYQAGTSKAGNPIFYYVARRFKTGQINGDLLIYHVLLTLKPYYAKPYEIVVDLTHTGPSNRFKTDFLSKWFVVFPGFAYDNVSAVYIYNCNSWVREYTKYHERLLTGLKGSKRLVFIDCPGKLAEHIEHEQQKLPAATLALEEDLKVFHNALKLAHKDTKVSIKVGSTAVQVTSAERTKVLGQSVFLNDIYYASEIEEICLVDENQFTLTIANQGTPLTFMHQECEAIVQSIIHIRTRWELSQPDSIPQHTKIRPKDVPGTLLNIALLNLGSSDPSLRSAAYNLLCALTCTFNLKIEGQLLETSGLCIPANNTLFIVSISKTLAANEPHLTLEFLEECISGFSKSSIELKHLCLEYMTPWLSNLVRFCKHNDDAKRQRVTAILDKLITMTINEKQMYPSIQAKIWGSLGQITDLLDVVLDSFIKTSATGGLGSIKAEVMADTAVALASGNVKLVSSKVIGRMCKIIDKTCLSPTPTLEQHLMWDDIAILARYMLMLSFNNSLDVAAHLPYLFHVVTFLVATGPLSLRASTHGLVINIIHSLCTCSQLHFSEETKQVLRLSLTEFSLPKFYLLFGISKVKSAAVIAFRSSYRDRSFSPGSYERETFALTSLETVTEALLEIMEACMRDIPTCKWLDQWTELAQRFAFQYNPSLQPRALVVFGCISKRVSHGQIKQIIRILSKALESCLKGPDTYNSQVLIEATVIALTKLQPLLNKDSPLHKALFWVAVAVLQLDEVNLYSAGTALLEQNLHTLDSLRIFNDKSPEEVFMAIRNPLEWHCKQMDHFVGLNFNSNFNFALVGHLLKGYRHPSPAIVARTVRILHTLLTLVNKHRNCDKFEVNTQSVAYLAALLTVSEEVRSRCSLKHRKSLLLTDISMENVPMDTYPIHHGDPSYRTLKETQPWSSPKGSEGYLAATYPTVGQTSPRARKSMSLDMGQPSQANTKKLLGTRKSFDHLISDTKAPKRQEMESGITTPPKMRRVAETDYEMETQRISSSQQHPHLRKVSVSESNVLLDEEVLTDPKIQALLLTVLATLVKYTTDEFDQRILYEYLAEASVVFPKVFPVVHNLLDSKINTLLSLCQDPNLLNPIHGIVQSVVYHEESPPQYQTSYLQSFGFNGLWRFAGPFSKQTQIPDYAELIVKFLDALIDTYLPGIDEETSEESLLTPTSPYPPALQSQLSITANLNLSNSMTSLATSQHSPASLPCSNSAVFMQLFPHQGIDKENVELSPTTGHCNSGRTRHGSASQVQKQRSAGSFKRNSIKKIV

c. EXPASY :

5’3 FRAME 1

 Met V V D L K N L L F N P S K P F S R G S Q P A D V D L Met I D C L V S C F R I S P H N N Q H F K I C L A Q N S P S T F H Y V L V N S L H R I I T N S

A L D W W P K I D A V Y C H S V E L R N Met F G E T L H K A V Q G C G A H P A I R Met A P S L T F K E K V T S L K F K E K P T D L E T R S Y K Y L L L S I V K L I H A D P K L L L C N P R K Q G P E T Q G S T A E L I T G L V Q L V P Q S H Met P E I A Q E A Met E A L L V L H Q L D S I D L W N P D A P V E T F W E I S S Q Met L F Y I C K K L T S H Q Met L S S T E I L K W L R E I L I C R N K F L L K N K Q A D R S S C H F L L F Y G V G C D I P S S G N T S Q Met S Met D H E E L L R T P G A S L R K G K G N S S Met D S A A G C S G T P X I C R Q A Q T K L E V A L Y Met F L W N P D T E A V L V A Met S C F R H L C E E A D I R C G V D E V S V H N L L P N Y N T F Met E F A S V S N Met Met S T G R A A L Q K R V Met A L L R R I E H P T A G N T E A W E D T H A K W E Q A T K L I L N Y P K A K Met E D G Q A A E S L H K T I V K R R Met S H V S G G G S I D L S D T D S L Q E W I N Met T G F L C A L G G V C L Q Q R S N S G L A T Y S P P Met G P V S E R K G S Met I S V Met S S E G N A D T P V S K F Met D R L L S L Met V C N H E K V G L Q I R T N V K D L V G L E L S P A L Y P Met L F N K L K N T I S K F F D S Q G Q V L L T D T N T Q F V E Q T I A I Met K N L L D N H T E G S S E H L G Q A S I E T Met Met L N L V R Y V R V L G N Met V H A I Q I K T K L C Q L V E V Met Met A R R D D L S F C Q E Met K F R N K Met V E Y L T D W V Met G T S N Q A A D D D V K C L T R D L D Q A S Met E A V V S L L A G L P L Q P E E G D G V E L Met E A K S Q L F L K Y F T L F Met N L L N D C S E V E D E S A Q T G G R K R G Met S R R L A S L R H C T V L A Met S N L L N A N V D S G LMet H S I G L G Y H K D L Q T R A T F Met E V L T K I L Q Q G T E F D T L A E T V L A D R F E R L V E L V T Met Met G D Q G E L P I AMet A L A N V V P C S Q W D E L A R V L V T L F D S R H L L Y Q L L W N Met F S K E V E L A D S Met Q T L F R G N S L A S K I Met T F C F K V Y G A T Y L Q K L L D P L L R I V I T S S D W Q H V S F E V D P T R L E P S E S L E E N Q R N L L Q Met T E K F F H A I I S S S S E F P P Q L R S V C H C L Y Q V V S Q R F P Q N S I G A V G S A Met F L R F I N P A I V S P Y E A G I L D K K P P P R I E R G L K LMet S K I L Q S I A N H V L F T K E E H Met R P F N D F V K S N F D A A R R F F L D I A S D C P T S D A V N H S L S F I S D G N V L A L H R L L W N N Q E K I G Q Y L S S N R D H K A V G R R P F D K Met A T L L A Y L G P P E H K P V A D T H W S S L N L T S S K F E E F Met T R H H Q V H E K E E F K A L K T L S I F Y Q A G T S K A G N P I F Y Y V A R R F K T G Q I N G D L L I Y H V L L T L K P Y Y A K P Y E I V V D L T H T G P S N R F K T D F L S K W F V V F P G F A Y D N V S A V Y I Y N C N S W V R E Y T K Y H E R L L T G L K G S K R L V F I D C P G K L A E H I E H E Q Q K L P A A T L A L E E D L K V F H N A L K L A H K D T K V S I K V G S T A V Q V T S A E R T K V L G Q S V F L N D I Y Y A S E I E E I C L V D E N Q F T L T I A N Q G T P L T F Met H Q E C E A I V Q S I I H I R T R W E L S Q P D S I P Q H T K I R P K D V P G T L L N I A L L N L G S S D P S L R S A A Y N L L C A L T C T F N L K I E G Q L L E T S G L C I P A N N T L F I V S I S K T L A A N E P H L T L E F L E E C I S G F S K S S I E L K H L C L E Y Met T P W L S N L V R F C K H N D D A K R Q R V T A I L D K L I T Met T I N E K Q Met Y P S I Q A K I W G S L G Q I T D L L D V V L D S F I K T S A T G G L G S I K A E V Met A D T A V A L A S G N V K L V S S K V I G R Met C K I I D K T C L S P T P T L E Q H L Met W D D I A I L A R Y Met L Met L S F N N S L D V A A H L P Y L F H V V T F L V A T G P L S L R A S T H G L V I N I I H S L C T C S Q L H F S E E T K Q V L R L S L T E F S L P K F Y L L F G I S K V K S A A V I A F R S S Y R D R S F S P G S Y E R E T F A L T S L E T V T E A L L E I Met E A C Met R D I P T C K W L D Q W T E L A Q R F A F Q Y N P S L Q P R A L V V F G C I S K R V S H G Q I K Q I I R I L S K A L E S C L K G P D T Y N S Q V L I E A T V I A L T K L Q P L L N K D S P L H K A L F W V A V A V L Q L D E V N L Y S A G T A L L E Q N L H T L D S L R I F N D K S P E E V F Met A I R N P L E W H C K Q Met D H F V G L N F N S N F N F A L V G H L L K G Y R H P S P A I V A R T V R I L H T L L T L V N K H R N C D K F E V N T Q S V A Y L A A L L T V S E E V R S R C S L K H R K S L L L T D I S Met E N V P Met D T Y P I H H G D P S Y R T L K E T Q P W S S P K G S E G Y L A A T Y P T V G Q T S P R A R K S Met S L D Met G Q P

S Q A N T K K L L G T R K S F D H L I S D T K A P K R Q E Met E S G I T T P P K Met R R V A E T D Y E Met E T Q R I S S S Q Q H P H L R K V S V S E S N V L L D E E V L T D P K I Q A L L L T V L A T L V K Y T T D E F D Q R I L Y E Y L A E A S V V F P K V F P V V H N L L D S K I N T L L S L C Q D P N L L N P I H G I V Q S V V Y H E E S P P Q Y Q T S Y L Q S F G F N G L W R F A G P F S K Q T Q I P D Y A E L I V K F L D A L I D T Y L P G I D E E T S E E S L L T P T S P Y P P A L Q S Q L S I T A N L N L S N S Met T S L A T S Q H S P A S L P C S N S A V F Met Q L F P H Q G I D K E N V E L S P T T G H C N S G R T R H G S A S Q V Q K Q R S A G S F K R N S I K K I V 

2) Gunakan NCBI Blastp untuk melihat kesamaan dari ketiga rangkaianLangkah-langkah :

a. masuk ke laman https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

b. klik Blast, hasil akan terlihat seperti ini :

Hasil :1) Dot Matrix

2) Dari grafik dan deskripsi hasil dapat dilihat bahwa ketiga hasil translasi dari RNA yang didapatkan melalui Genbank,Genscan dan Expasy memiliki kecocokan 100%.

5. Memprediksi fungsi proteinTujuan : memprediksi fungsi domain rangkaian asam amino dari Human neurofibromatosis Type I (NF-1) mRNA

Langkah-langkah :a. Masuk ke laman http://prosite.expasy.orgb. Masukkan rangkaian asam amino pada kolom tersedia

c. Pada hasil didapatkan :

Hasil : 1) Didapatkan 2 prediksi hasil ;

a.

b.

KEYWORDS

1. DNA analysis : sebuah metode yang dapat membuktikan identitas individuaal atau hubungan genetik.

2. BLAST : Basic Local Alignment Search Tool merupakan algoritme penyusunan/perbandingan sekuens yang dioptimalkan untuk menjawab rangkaian data dan kebutuhan tertentu

3. Nucleotides : molekul yang tersusun dari gugus basa heterosiklik, gula, dan satu atau lebih gugus fosfat.Basa penyusun nukleotida biasanya adalah berupa purina atau pirimidina sementara gulanya adalah pentosa (ribosa), baik berupa deoksiribosa maupun ribosa.

4. DNA sequences : urutan nukleotida dalam sebuah DNA , disebut rangkaian DNA5. Gene (s) :unit pewarisan sifat bagi organisme hidup dalam bentuk urutan basa DNA atau

RNA6. Polypeptide : merupakan polimer yang tersusun dari beberapa peptida hasil pengikatan

gugus karboksil (COOH) dengan gugus amino. 7. RNA genes (non coding RNA genes : molekul fungsional RNA yang tidak diterjemahkan menjadi

protein8. Regulatory sequence : sebuah segmen pada molekul asam nukleat yang mampu menaikkan

atau menurunkan ekspresi gen tertentu pada organism.9. Repetitive sequence : pola yang ditemukan pada asam nukleat (DNA atau RNA) yang muncul

dalam salinan berganda pada genom.10. Gene finding : mendeteksi region koding dan struktur gen dimulai dari genom

rangkaian DNA11. Protein coding genes : terdiri dari promoter (rangkaian di mana transkripsi dimulai), rangkaian

koding (informasi koding bagi rantai polipeptida yang spesifik untuk gen),dan terminator (rangkaian di mana mRNA berhenti ditranskipsi)

12. Genome : keseluruhan informasi genetik yang dimiliki suatu sel atau organisme, atau khususnya keseluruhan asam nukleat yang memuat informasi tersebut

13. Junk DNA : komponen DNA yang tidak ditranslasi menjadi protein dan fungsinya belum diketahui

14. Proteome : kumpulan semua protein yang diekspresikan oleh sebuah sel pada waktu tertentu

15. Gene prediction : proses identifikasi region pada genom DNA yang mengkode gen.16. Start and stop regions : start region adalah region yang terikat pada ujung 5’ oleh start kodon,

stop region adalah region yang terikat pada ujung 3’ oleh stop kodon.