Upload
simeon
View
28
Download
1
Embed Size (px)
DESCRIPTION
A universal method for automated gene mapping Peder Zipperlen, Knud Nairz, Ivo Rimann, Konrad Basler, Ernst Hafen, Michael Hengartner and Alex Hajnal Genome Biology 2005, 6: R19. Bioinformatika Szakirodalmi Tanulmányok 2005 Csörgő Bálint. - PowerPoint PPT Presentation
Citation preview
A universal method for automated gene mapping
Peder Zipperlen, Knud Nairz, Ivo Rimann, Konrad Basler, Ernst Hafen, Michael Hengartner and Alex Hajnal
Genome Biology 2005, 6:R19
Bioinformatika Szakirodalmi Tanulmányok 2005Csörgő Bálint
Szekvencia polimorfizmusok alkalmazása a genotipizálásban
SNP (single-nucleotide polymorphism) detektálás
-SNP-t átfedő PCR amplifikátum szekvenálása
-5’ nukleáz próba
-DHPLC (denaturing high-performance liquid chromatography)
-RFLP (restriction fragment length polymorphism)
-Primer-extenzió alapú módszerek
-DNS chip technológia
STR (short tandem repeat) detektálás
-fragmens hossz különbségek detektálása
InDel (small insertions and deletions) detektálás-FLP (fragment length polymorphism)
Az FLP nehézségei
C. elegans és Drosophila FLP térképei
Mire jó a térkép? (Proof of principle kísérletek)
3 jól leírt mutációnak a térképezése:
-let-23(sy1): vulva nélküli fenotípus
-rol-1(e91): testtengely körüli forgás
-unc-52(e444): bénulást okozó mutáció
FLP alkalmazása ismeretlen pozíciójú mutáció térképezésére I.
FLP alkalmazása ismeretlen pozíciójú mutáció térképezésére II.
Összefoglalás
FLP térképezéssel napok alatt térképezhető ~200 lehetséges génre egy ismeretlenmutáció; a módszer nagy része automatizálható
Köszönöm a figyelmet!