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張育銘 3 3 6 6 - 4 5 7 9

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BIOSIS PREVIEWS

生物學資料庫介紹

GOOGLE VS. LIBRARY/DATABASE?

搜尋引擎在很多技術方面都超越了傳統圖書館與資料

庫…

但“欄位”是一個搜尋引擎很難突破的關卡…

什麼是欄位？

什麼是欄位？

GOOGLE VS. LIBRARY/DATABASE?

今天介紹的資料庫就是以專門欄位著稱！！

收錄時間：本校訂購1985年迄今。

收錄內容：

涵蓋Biological Abstracts與Biological

Abstracts/RRM(Reports, Review, Meeting)兩種資料庫

內容包含5000餘種生物領域期刊，以及會議論文、專書、專利、評論等。

更新頻率：每週更新，每年約新增50萬筆資料。

BIOSIS PREVIEWS基本介紹

BIOSIS PREVIEWS涵蓋主題

生物學專門欄位深入分析

內容主題

化學物/藥物

基因/序列

儀器/方法

生物物種 疾病/器官

Turkey?

Sudan?

Cancer?

令人頭痛的同字異意也能解決!!!

生物物種欄位 Taxonomic Data

以類似界門綱目科屬種的階層方式，組織超過900個物種學名

最上層分四大界

Organisms(有機生物界)

Microorganisms(微生物界)

Plantae(植物界)

Animalia(動物界)

BP的生物學名詞典：TAXA TERMS

果蠅

Animalia(動物界)

Invertebrata(無脊椎動物)

Arthropoda(節肢動物)

Insecta(昆蟲)

Diptera(雙翅目)

蘋果

Plantae(植物界)

Spermatophyta(種子植物)

Angiospermae(被子植物)

Dicotyledones(雙子葉綱)

Rosaceae(薔薇科)

範例

TAXA TERMS用於TAXONOMIC DATA欄位中

參與BP建置的學者專家，會針對每篇研究中涉及到的生物物種，於Taxonomic Data中進行標註

共包含6個子欄位

Organism Classifier

Super Taxa

Taxa Notes

Organism Name

Variant

Details

該物種於Taxa Terms階層中，所對應到最細的款目

TAXONOMIC DATA─

(1) ORGANISM CLASSIFIER

該物種於Taxa Terms

中所對應款目的所有上層款目

Animalia(動物界)

Chordata(脊索動物)

Vertebrata(脊椎動物)

Mammalia(哺乳動物)

Artiodactyla (偶蹄目)

Bovidae(牛科)

TAXONOMIC DATA─

(2) SUPER TAXA

在Taxa Terms中，部份的物種名會被給定Related Terms，用來表達同義的不同學名。

Related Terms共有70餘種，為較通俗的學名。

Animalia(動物界)= Animals

Mammalia(哺乳動物)=Mammals

物種的Organism Classifier或Super Taxa中，所有款目的Related Terms都會統一標註於Taxa Notes欄位

部分物種會再從70餘種 terms 中找尋適合者添加於此欄位

TAXONOMIC DATA─

(3) TAXA NOTES

Animalia(動物界)

Chordata(脊索動物)

Vertebrata(脊椎動物)

Mammalia(哺乳動物)

Artiodactyla (偶蹄目)

Bovidae(牛科)

Animals

Chordates

Vertebrates

Mammals

Artiodactyls

TAXONOMIC DATA─(1)(2)(3)小複習

Super

Taxa

Organism

Classifier

Taxa

Notes

文章作者使用的物種名稱，非Taxa Terms

中定義的學名

可視為俗名，一般人較常用、熟知的名稱

較Organism Classifier更專指。以Bovidae

而言，在Organism Name中通常可更進一步看出是何種牛，例如Bos taurus、Dairy

cow、Domestic cattle等等

TAXONOMIC DATA─

(4) ORGANISM NAME

Variant

對應於Organism Name，為該物種的其他同義俗名、拼法(Spelling)、或更專指的名稱。

Details

其他該物種的附註細節，例如性別、品種、於實驗中的角色(屬於病原pathogen、病媒disease vector、或寄主host)等個別資訊。

TAXONOMIC DATA─

(5) VARIANT、(6) DETAILS

萊克多巴胺對牛隻內臟能量代謝影響…

TAXONOMIC DATA的好處─(1)詞彙一致

Cow ?

Ox ?

Bull ? Cattle ?

Steer ?

TAXONOMIC DATA的好處─(2)層級控制

TAXONOMIC DATA的好處─(3)有效排除

TAXONOMIC DATA的好處─(4)迅速理解

如何用TAXONOMIC DATA查文獻?

找TAXA TERMS方式─(1)瀏覽

找TAXA TERMS方式─(2)關鍵字查詢

點選ADD加入，可複選

範例：牛、豬科動物使用萊克多巴胺？

也可用你知道的生物俗名查詢

[隋棠測驗]

牛科動物感染

沙門氏菌的研究？

參考解答

內容主題欄位 Major Concepts與

Concept Codes

Major Concepts：包含168種生物學主題，用來標示文章所屬的廣泛學科領域。

Concept Codes：另一套具有複分概念的生物學分類。

所謂複分，是將涵蓋較廣Broad Concept Heading，依據其著重或應用，再切割為更精準的Concept Heading

共分為107種Broad Concept Heading與562種Concept Heading，且每種Concept Heading均有獨立的5字元號碼。

主題欄位：

MAJOR CONCEPTS與CONCEPT CODES

Major Concepts：

獸醫(Veterinary

Medicine)、

血液與淋巴(Blood and

Lymphatics)、

腫瘤生物學(Tumor Biology)

Concept Codes：

分屬於

血液(Blood)、腫瘤(Neoplasms)、獸醫(Veterinary science)

3大Broad Concept Heading下的7種Concept Heading

如何用MAJOR CONCEPTS查文獻?

點放大鏡展開MAJOR CONCEPTS一覽表

也可用關鍵字查詢

範例：臺灣與中國近5年來

有關族群遺傳學方面的研究

[隋棠測驗]

黑腹果蠅

生殖研究？

參考解答

如何用CONCEPT CODES查文獻?

範例：貓與狗的消化系統、器官比較

[隋棠測驗]

薔薇科植物的

殺蟲劑研究？

參考解答

化學物質/藥物欄位 Chemical Data

用於標示每篇文章中使用到的化學物質或藥物，包含5個子欄位：

Chemical Name：作者對該物質、或藥物所使用的名稱。如：「Diferuloylmethane」(薑黃素)。

Variant：該物質的其他別稱、簡稱。如：「Diferuloylmethane」又稱「Curcumin」。

CAS Registry No.：該物質於CAS的註冊號碼，為5~9碼的數字。如：薑黃素為「458-37-7」。

Drug Modifier：該物質於研究中的治療作用。例如薑黃素可能作為「Antineoplastic-Drug」(抗癌藥物)、「Immunologic-Drug」(免疫藥物)、 「Antiinflammatory-Drug」(抗炎藥物)等。

Details：描述該物質於研究中的化學作用或扮演的角色。例如某些物質在研究中是用於激發症狀(Activation)、或是對抗某種疾病以探測藥效(Efficacy)。

化學物質與藥物欄位： CHEMICAL DATA

薑黃素與相關物質對癌症的抑制研究…

範例：牛隻抗寄生蟲藥物研究

想更進一步限縮在特定藥物上…

[隋棠測驗]

ADHD常用藥物對用藥者的藥效與副作用研究？

Strattera、Ritalin、Concerta

Hominidae

Pharmacology

參考解答

其他欄位 Disease Data

Gene Name Data

Sequence Data

Geographic Data

Methods and Equipment Data

Parts and Structures Data

文章中探討的生物所罹患的各種疾病、障礙、病理徵狀：

Term：名稱，如：Lymphoma(淋巴癌)、Primary ovarian non-

Hodgkin’s lymphoma(原發性卵巢非霍奇金式淋巴癌)。

Variant：該疾病的其他別稱、簡稱。以前述Primary ovarian non-

Hodgkin’s lymphoma為例，其「Variant」為「PONHL」。

MeSH Term ：由美國醫學圖書館制定的醫學標題表(Medical Subject

Heading)，若該疾病在MeSH中有對應的主題詞，也會在此欄位標註。例如「Head and neck cancer」(頭頸部腫瘤)在MeSH中的用詞為「Head

and Neck Neoplasms」。

Disease Affiliation ：該疾病的廣義詞。例如「T cell lymphoma」(T細胞淋巴瘤)的「Disease Affiliation」包含：「Neoplastic disease」(腫瘤疾病)、 「Immune system disease」(免疫疾病)、「Blood and

lymphatic disease」(血液與淋巴疾病)。

Detail ：其他文中針對該疾病的細節描述。例如標註「Drug

therapy」、「Diagnosis」，代表研究該疾病的藥物治療與診斷方法。

疾病欄位：DISEASE DATA

標示文章中研究的基因名稱

Term：基因名稱，如：

Human CNT-3 gene、Caenorhabditis elegans M03C11.2 gene等。

Variant：該基因的其他別稱、簡稱。以前述Human CNT-3 gene為例，其「Variant」為「Human concentrative nucleoside transporter 3

gene」。

Detail: 研究中針對該基因探討的層面。例如標註「Expression」代表探討基因表現、「Mutation」則探討基因突變。

基因欄位： GENE NAME DATA

標示文章中研究的基因分子序列

Accession No.：該分子序列於基因資料庫(Data Bank)中註冊的序號，由字母與數字所構成。例如核甘酸序列NM001101.2、NM000435.2等。

Data Bank：收錄該分子序列的基因資料庫。如NM001101.2收錄於GenBank、EMBL(The European Molecular Biology Laboratory)、以及DDBJ(DNA DataBank of Japan)；NM000435.2收錄於NCBI。

CAS Registry No.：該序列於CAS的註冊號碼，為5~9碼的數字。

Details：記載該序列所屬類型。如：NM000988.2屬於核甘酸序列(Nucleotide sequence)、XP002757358.1屬於氨基酸序列(Amino acid

sequence)。

序列欄位： SEQUENCE DATA

標示研究涉及的地域範圍

Term：作者文中使用的地域名稱。如：

China(中國)、Brazil(巴西)。

可能會是更細的單位，如：Yunnan(雲南)、Ohio(俄亥俄州)。

Variant：該地名的其他別稱、簡稱。如：

Pacific Northwest(西北太平洋)又稱「PNW」。

Geopolitical Terms：該地名所在的洲別名稱。如：

「Term」若為「China」，則「Geopolitical Term」會標註「Asia」(亞洲)；「Term」若為「Brazil」，則標註「South America」(南美洲)；

若「Term」為較細的單位，如Ohio(俄亥俄州)，則「Geopolitical Term」會同時標註其上層的國別(USA)與洲別(North America)。

Zoogeographical Region：生物地理分布區，或稱動物地理區，是依動物物種而作的地理區分，分為新北區、古北區、衣索比亞區、東洋區、澳新區、新熱帶區等。

例如同為亞洲，China與Taiwan屬於「Palearctic region」(古北區)、India與Thailand屬於「Oriental region」(東洋區)。

和Address不同，Address是指作者所屬的地域

地理位置欄位： GEOGRAPHIC DATA

標示研究中使用的研究方法、儀器、或科學技術

Term：該方法或儀器的名稱。如：

「X-ray crystallographic analysis」(X射線晶體分析)、「Chemotherapy」(化療)、「Glucose Biosensor」(葡萄糖生物傳感器)。

Variant：其他名稱或簡稱。如：

「High resolution electron spray ionisation mass spectroscopy」(高分辨率電噴霧質譜)又稱「HRESI-MS」。

Details：該方法或儀器於研究中的角色，或其他附加資訊。如：

「X-ray crystallographic analysis」屬於「laboratory techniques」(實驗室技術)、「crystallographic techniques」(結晶技術)；

「Chemotherapy」屬於「therapeutic and prophylactic techniques」(治療和預防技術)、「clinical techniques」(臨床技術)；

「Glucose Biosensor」屬於「laboratory equipment」(實驗室器材)。

方法與儀器欄位：

METHODS AND EQUIPMENT DATA

標示研究中主要探討的生物體器官或生理系統，可用於查詢某些特定器官病變或治療的文獻

Term：文中探討的大分子級(macromolecular level)以上的器官。如：

「bone marrow」(骨髓)、「lung」(肺)。

Variant：其他名稱或簡稱。如：

「cancer stem cell」(癌症幹細胞)又稱「CSC」。

Organ Systems：該器官所屬生理系統，如：

「bone marrow」屬於「immune system」(免疫系統)和「blood and

lymphatics」血液淋巴系統；

「lung」屬於「respiratory system」(呼吸系統)。

Details：其他附註資訊。

器官欄位：

PARTS AND STRUCTURES DATA

如何用以上這些欄位查詢文獻？

狗

化療 淋巴癌

範例：狗罹患淋巴癌的化療研究？

Taxanomic Data ：Canidae

Methods and

Equipment Data：

Chemotherapy

Disease Data：

Lymphoma OR

Lymphosarcoma OR

Lymph Tumor OR

Lymph Cancer

葡萄糖

感測器 糖尿病

範例：用葡萄糖感測器檢測糖尿病的研究？

Disease Data：Diabetes Mellitus Methods and

Equipment Data：

Glucose Biosensor

[隋棠測驗]

亞洲各國的

禽流感研究？

H5N1、H5N2、bird

flu、Avian influenza

Asia

參考解答

[隋棠測驗]

P53基因突變或缺乏對肝臟與乳房影響

的研究？

mutation OR deletion

Liver

Breast

參考解答

基本介紹： http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/3752

生物體分類： http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/3765

內容主題： http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/3807

化學與藥物： http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/4510

其他欄位： http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/4599

BIOSIS PREVIEWS延伸閱讀…

X6新功能速覽： http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/6101

Synce同步： http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/6033

自訂版型： http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/6036

Open & Email PDF： http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/6045

閱讀狀態(Read/Unread)與評分(Rating)標記：

http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/6060

Change/Move/Copy Fields：

http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/6089

PubMed匯入更省力： http://tul.blog.ntu.edu.tw/archives/6096

ENDNOTE X6插播

問題總在實作後發現…

實際用了之後又發現很多疑問 這個人是跑不掉的