Biyomoleküllerde Modelleme - .Hesaplamalı Kimya Biyomoleküllerde Modelleme Dr. Fethiye Aylin Sungur

  • View
    212

  • Download
    0

Embed Size (px)

Text of Biyomoleküllerde Modelleme - .Hesaplamalı Kimya Biyomoleküllerde Modelleme Dr. Fethiye Aylin...

  • Hesaplamalı Kimya Biyomoleküllerde Modelleme

    Dr. Fethiye Aylin Sungur

    Date and Location

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    İÇERİK • UYBHM’de  G03/G09  kullanımı   • Görselleş?rme  Araçları   •  G09’daki  yenilikler   •  Biomoleküllerde  G09  ile  modelleme   •  Örnek  proje  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    Mevcut  Programlar

  • UYBHM’de  G03/G09    kullanımı        ve  

    Görselleş;rme  Araçları  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    Kuyruk  Sistemi •  LSF  HPC  v7.0.3   KUYRUKLAR   •  vlong:  Çok  uzun  işler  kuyruğu.  Bir  haYadan  daha  uzun  sürecek  işler   için  ayrılmışZr.  Tüm  kullanıcılar  bu  kuyruğun  üyesidirler.  Kuyrukta   iş  çalışZrmanın  alt  zaman  sınırı  bir  haYadır.  Üst  sınır   bulunmamaktadır.   •  long:  Uzun  işler  kuyruğu.  Üç  gün  ila  1  haYa  arası  bir  zaman   aralığında  çalışması  beklenen  işlerin  teslim  edilmesi  gereken   kuyruktur.  Tüm  kullanıcılar  üyedir.  İş  çalışZrmanın  alt  zaman  sınırı   üç  saat,  üst  zaman  sınırı  ise  bir  haYadır.   •  mid:  Orta  uzunlukta  işlerin  çalışZrılabilmesi  için  ayrılmışZr.  3  saat   ila  3  gün  arasında  iş  çalışZracak  kullanıcıların  kullanmasının   beklendiği  kuyruktur.   •  short:  Kısa  işler  kuyruğu.  En  fazla  üç  saat  çalışması  beklenen  işler   için  ayrılmış  kuyruktur.  Tüm  kullanıcılar  üyedir.  Kuyrukta  iş   çalışZrmak  için  üst  zaman  sınırı  üç  saabr.  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    UYBHM’ye  BAĞLANMA Terminalleri  açmak  için:   -­‐Login:konuk   -­‐Passwd:firefox   UYBHM  bağlanmak  için:   •  Verilen  kullanıcı  adı  ve  sifreler  kullanılacak   ssh  –x  loginname@wsl-­‐node02.uybhm.itu.edu.tr     •  Dosya  transferi  için  scp  kulanılmalı     scp  dosya.adı  loginname@wslnode02.uybhm.itu.edu.tr:    

  • VPN  CLIENT  KULLANIMI  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    VPN  CLIENT  KULLANIMI

    Connec?on  Entry   ve  Descrip?on   kişiye  özel  ve   opsiyoneldir.   •  Host:   160.75.120.250   •  Name:  uybhmcalistay   •  Şifre  girilir  ve  kaydedilir.  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    VPN  CLIENT  KULLANIMI

    •     Gerekli  bilgilerin  kaydedildiği  VPN  bağlanZsına  çiY  Zklanır   •  Çıkan  kutuya  kullanıcı  adı  ve  şifre  girilir  ve  OK  tuşuna  basılır  

  • G09’DAKİ  YENİLİKLER  İÇİN   hGp://www.gaussian.com/g_prod/g09new.htm  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    QM/MM  HESAPLAMALARI   •  TS  op?mizasyonları   •  IRC  hesaplamaları   •  Anali?k  frekans  hesapları   •  Çözücü  içinde  hesaplamalar   •  Gelişmiş  MM  kuvvet  alanları   •  İyileş?rilmiş  AM1,  PM3,  PM3MM,  PM6  ve   PDDG  yöntemleri.   •  ONIOM  hesaplamalarında  kullanılan  farklı   katmanlar  için  kuvvetli  ilk  tahminler,  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    ÇÖZÜCÜ İÇİNDEKİ HESAPLAMALAR • Hızlı, güvenilir optimizasyon algoritmaları ve doğru frekans hesaplamaları (gaz fazı süresine yakın süren hesaplar) • IRC hesaplamaları • Truhlar ve ekibi tarafından geliştirilen SMD yöntemi  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    YENİ DFT FONKSİYONELLERİ • exchange functionals: TPSS, BRx, PKZB, wPBEh, PBEh • correlation functionals: KCIS, BRC, PKZB • Hibrit yöntemler:HSEh1PBE ve varyasyonları, O3LYP, TPSSh, BMK, M05 & M06 ve varyasyonları , X3LYP; • empirical dispersion: B97D • long range-corrected: LC-wPBE, CAMB3LYP, WB97XD ve varyasyonları, Hirao’s genel LC düzeltmesi  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    G03/G09  İŞ  TESLİMİ   -­‐.lsf  uzanZlı  bir  be?k  ile  işler  teslim  edilmektedir.   Kuyrukları  görmek  için   •  bqueues   İşlerinizi  görmek  için   •  bjobs   Tüm  işleri  görmek  için   •  bjobs  –u  all   Çalışan  işi  durdurmak  için   •  bkill  –9  job  id   İş  Göndermek  için   •  bsub  

  • 13.06.2012

     #!/bin/bash   #  -­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐   #  Bu  script  UYBHM  sisteminde  Gaussian/Linda  calis?rmak  icin  yara?lmis?r.   #  Version  :  v1.0   #  -­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐   #   #BSUB  -­‐P  workshop  #  projenizle  ilişkilendirilen  isim   #BSUB  -­‐a  linda  #  bu  kismi  degis?rmeyin  !!!   #BSUB  -­‐J  LINDA  #  LSF  is  ismi   #BSUB  -­‐o  %J.out  #  LSF  stdout  dosyasi  ismi   #BSUB  -­‐e  %J.err  #  LSF  stderr  dosyasi  ismi   #BSUB  -­‐q  mid  #  short,  long,  mid,  vlong  olabilecek  kuyruk  ismi   #BSUB  -­‐n  16  #  Kullanacaginiz  core  sayisi   #BSUB  -­‐m  karadeniz_temp1    #  Kullanılacak  kuyruğa  göre  sunucu  sistemi  adı   #   #  Asagidaki  sa?rlari  degis?rmeyin!   #  -­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐   #  gecici  host  dosyalarinin  silinmesi   rm  -­‐f  tsnet.nodes  .tmp.hos{ile   #  makina  isimlerinin  belirlenmesi   np=`echo  $LSB_HOSTS`   #yeni  makina  dosyasinin  olusturulmasi   for  i  in  $np   do   echo  $i  >>  .tmp.hos{ile   done   uniq  .tmp.hos{ile  >  tsnet.nodes   ###  Cevre  degikenlerine  ilk  değerlerinin  verilmesi   g09root=/RS/progs   GAUSS_SCRDIR=$PWD   export  g09root  GAUSS_SCRDIR   .  $g09root/g09/bsd/g09.profile   LINDA=/RS/progs/g09/g09   export  GAUSS_FLAGS='-­‐nodelist  -­‐opt  "Tsnet.Node.lindasharg:ssh"'   #  -­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐-­‐   #  Asagidaki  sa?rda  ilgili  girdi  (*com/*gjf)  dosyasinin  adini  yaziniz   ${LINDA}  $PWD/input.gjf  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    İyi  Paralelleşen  Yöntemler     HF  and  DFT  Enerji  ve  Frekans  hesapları,   MP2  Enerji   MP2    yalnızca  SMP  için  frekanslar   Coupled  Cluster  enerjileri  –SMP  için   CIS  Enerji,  frekans   TD-­‐DFT  Enerjileri   İyi  Paralelleşmeyen  Yöntemler   –  •  CCSD   –  •  CCSD(T)   –  •  AM1     Doğru  İşlemci  Sayısı  Seçimi   Öneri:  Maksimum  16  işlemci   SMP  Makineler  için  işlemci  sayısı  64  e  kadar  çıkabiliyor.  Doğrusal   bir  hızlanma  görülüyor.    

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    Input  dosyası  hazırlama   Input  dosyası;   1.  %  Kaynak  yöne?mi   2.  #  Route  card   3.  Title  sec?on   4.  Koordinatlar   5.  Geometrik  değişkenler   6.  Diğer  değişkenler  (isotope  masses,  basis   sets,  …)   bölümlerinden  oluşur  

  • Title of the Presentation 13.06.2012

    Kaynak  İşlemci     %nprocshared:  bir  düğümde  kaç  işlemci   %nproclinda:  kaç  düğüm     UYBHM  kullanımı