View
212
Download
0
Embed Size (px)
Hesaplamalı Kimya Biyomoleküllerde Modelleme
Dr. Fethiye Aylin Sungur
Date and Location
Title of the Presentation 13.06.2012
İÇERİK • UYBHM’de G03/G09 kullanımı • Görselleş?rme Araçları • G09’daki yenilikler • Biomoleküllerde G09 ile modelleme • Örnek proje
Title of the Presentation 13.06.2012
Mevcut Programlar
UYBHM’de G03/G09 kullanımı ve
Görselleş;rme Araçları
Title of the Presentation 13.06.2012
Kuyruk Sistemi • LSF HPC v7.0.3 KUYRUKLAR • vlong: Çok uzun işler kuyruğu. Bir haYadan daha uzun sürecek işler için ayrılmışZr. Tüm kullanıcılar bu kuyruğun üyesidirler. Kuyrukta iş çalışZrmanın alt zaman sınırı bir haYadır. Üst sınır bulunmamaktadır. • long: Uzun işler kuyruğu. Üç gün ila 1 haYa arası bir zaman aralığında çalışması beklenen işlerin teslim edilmesi gereken kuyruktur. Tüm kullanıcılar üyedir. İş çalışZrmanın alt zaman sınırı üç saat, üst zaman sınırı ise bir haYadır. • mid: Orta uzunlukta işlerin çalışZrılabilmesi için ayrılmışZr. 3 saat ila 3 gün arasında iş çalışZracak kullanıcıların kullanmasının beklendiği kuyruktur. • short: Kısa işler kuyruğu. En fazla üç saat çalışması beklenen işler için ayrılmış kuyruktur. Tüm kullanıcılar üyedir. Kuyrukta iş çalışZrmak için üst zaman sınırı üç saabr.
Title of the Presentation 13.06.2012
UYBHM’ye BAĞLANMA Terminalleri açmak için: -‐Login:konuk -‐Passwd:firefox UYBHM bağlanmak için: • Verilen kullanıcı adı ve sifreler kullanılacak ssh –x loginname@wsl-‐node02.uybhm.itu.edu.tr • Dosya transferi için scp kulanılmalı scp dosya.adı loginname@wslnode02.uybhm.itu.edu.tr:
VPN CLIENT KULLANIMI
Title of the Presentation 13.06.2012
VPN CLIENT KULLANIMI
Connec?on Entry ve Descrip?on kişiye özel ve opsiyoneldir. • Host: 160.75.120.250 • Name: uybhmcalistay • Şifre girilir ve kaydedilir.
Title of the Presentation 13.06.2012
VPN CLIENT KULLANIMI
• Gerekli bilgilerin kaydedildiği VPN bağlanZsına çiY Zklanır • Çıkan kutuya kullanıcı adı ve şifre girilir ve OK tuşuna basılır
G09’DAKİ YENİLİKLER İÇİN hGp://www.gaussian.com/g_prod/g09new.htm
Title of the Presentation 13.06.2012
QM/MM HESAPLAMALARI • TS op?mizasyonları • IRC hesaplamaları • Anali?k frekans hesapları • Çözücü içinde hesaplamalar • Gelişmiş MM kuvvet alanları • İyileş?rilmiş AM1, PM3, PM3MM, PM6 ve PDDG yöntemleri. • ONIOM hesaplamalarında kullanılan farklı katmanlar için kuvvetli ilk tahminler,
Title of the Presentation 13.06.2012
ÇÖZÜCÜ İÇİNDEKİ HESAPLAMALAR • Hızlı, güvenilir optimizasyon algoritmaları ve doğru frekans hesaplamaları (gaz fazı süresine yakın süren hesaplar) • IRC hesaplamaları • Truhlar ve ekibi tarafından geliştirilen SMD yöntemi
Title of the Presentation 13.06.2012
YENİ DFT FONKSİYONELLERİ • exchange functionals: TPSS, BRx, PKZB, wPBEh, PBEh • correlation functionals: KCIS, BRC, PKZB • Hibrit yöntemler:HSEh1PBE ve varyasyonları, O3LYP, TPSSh, BMK, M05 & M06 ve varyasyonları , X3LYP; • empirical dispersion: B97D • long range-corrected: LC-wPBE, CAMB3LYP, WB97XD ve varyasyonları, Hirao’s genel LC düzeltmesi
Title of the Presentation 13.06.2012
G03/G09 İŞ TESLİMİ -‐.lsf uzanZlı bir be?k ile işler teslim edilmektedir. Kuyrukları görmek için • bqueues İşlerinizi görmek için • bjobs Tüm işleri görmek için • bjobs –u all Çalışan işi durdurmak için • bkill –9 job id İş Göndermek için • bsub
13.06.2012
#!/bin/bash # -‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐ # Bu script UYBHM sisteminde Gaussian/Linda calis?rmak icin yara?lmis?r. # Version : v1.0 # -‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐ # #BSUB -‐P workshop # projenizle ilişkilendirilen isim #BSUB -‐a linda # bu kismi degis?rmeyin !!! #BSUB -‐J LINDA # LSF is ismi #BSUB -‐o %J.out # LSF stdout dosyasi ismi #BSUB -‐e %J.err # LSF stderr dosyasi ismi #BSUB -‐q mid # short, long, mid, vlong olabilecek kuyruk ismi #BSUB -‐n 16 # Kullanacaginiz core sayisi #BSUB -‐m karadeniz_temp1 # Kullanılacak kuyruğa göre sunucu sistemi adı # # Asagidaki sa?rlari degis?rmeyin! # -‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐ # gecici host dosyalarinin silinmesi rm -‐f tsnet.nodes .tmp.hos{ile # makina isimlerinin belirlenmesi np=`echo $LSB_HOSTS` #yeni makina dosyasinin olusturulmasi for i in $np do echo $i >> .tmp.hos{ile done uniq .tmp.hos{ile > tsnet.nodes ### Cevre degikenlerine ilk değerlerinin verilmesi g09root=/RS/progs GAUSS_SCRDIR=$PWD export g09root GAUSS_SCRDIR . $g09root/g09/bsd/g09.profile LINDA=/RS/progs/g09/g09 export GAUSS_FLAGS='-‐nodelist -‐opt "Tsnet.Node.lindasharg:ssh"' # -‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐-‐ # Asagidaki sa?rda ilgili girdi (*com/*gjf) dosyasinin adini yaziniz ${LINDA} $PWD/input.gjf
Title of the Presentation 13.06.2012
İyi Paralelleşen Yöntemler HF and DFT Enerji ve Frekans hesapları, MP2 Enerji MP2 yalnızca SMP için frekanslar Coupled Cluster enerjileri –SMP için CIS Enerji, frekans TD-‐DFT Enerjileri İyi Paralelleşmeyen Yöntemler – • CCSD – • CCSD(T) – • AM1 Doğru İşlemci Sayısı Seçimi Öneri: Maksimum 16 işlemci SMP Makineler için işlemci sayısı 64 e kadar çıkabiliyor. Doğrusal bir hızlanma görülüyor.
Title of the Presentation 13.06.2012
Input dosyası hazırlama Input dosyası; 1. % Kaynak yöne?mi 2. # Route card 3. Title sec?on 4. Koordinatlar 5. Geometrik değişkenler 6. Diğer değişkenler (isotope masses, basis sets, …) bölümlerinden oluşur
Title of the Presentation 13.06.2012
Kaynak İşlemci %nprocshared: bir düğümde kaç işlemci %nproclinda: kaç düğüm UYBHM kullanımı
Recommended
View more >
