1

ÖDEV YAZIM KILAVUZU

GİRİŞ

Yozgat Bozok Üniversitesi Eğitim Fakültesi, Matematik ve Fen Bilimleri Bölümü

Fen Bilgisi Eğitimi Anabilim Dalı Öğretim Üyesi Murat Çavuş tarafından verilen

ödevler bu kılavuzda örneklerle belirtildiği kurallara göre yazılır. Belirtilen

kurallara uygun yazılmamış ödevler kabul edilmez.

GENEL YAZIM KURALLARI

Öğrenci ödevinin raporunun, slaytının (Bir sayfada 4 adet slayt yer almalıdır.) ve

sorularının çıktılarını lazer ya da mürekkep püskürtmeli yazıcıdan alır.

Hazırlanan ödevin hiç bir bölümünde el (veya daktilo) ile yapılan düzeltmeler,

silintiler, kazıntılar kabul edilmez. Çalışmada yer alan tablolar, şekiller ve

denklemleri ile diğer matematiksel anlatımlar bilgisayar ortamında oluşturulur.

Raporun dış kapağı ekte verilen formata uygun olarak hazırlanır. Bu kapağın

üzerine başkaca birşey yazılmaz. Dış kapaktan sonra onay sayfası mutlaka yer

almalıdır.

KULLANILACAK KAĞIT

Bitirme ödevi A4 standardında (21 x 29.7 cm) beyaz birinci hamur (70-100 g/m2)

kalitesindeki kağıda ve kağıdın bir yüzüne yazılacaktır. Standart A4 boyutuna

sığmayacak olan haritalar ve şekiller katlanarak çalışmanın arka iç kapağına

konacak bir şeffaf poşete yerleştirilecektir. Yazıda hiçbir düzeltme izi

görülmemelidir. Örneğin, fotokopi yoluyla çoğaltma yapıldığında en uygun

tonlama seçilmeli, lekeler önlenmelidir. Fotoğraf veya renkli şekillerin tarayıcı

(scanner) ile bilgisayar ortamına alınarak çoğaltılması önerilir.

2

YAZI KARAKTERİ VE NİTELİĞİ

Ödevde yazım boyunca tek tip yazı karakteri ve boyutu kullanılmalıdır. Önerilen

yazı tipi Cambria ve Times New Roman “12 pt (punto) yazı boyutunda”, yazı

karakteri kullanılmalıdır. Harf büyüklüğü, tablo ve şekil içinde zorunlu olunduğu

durumlarda 8 pt yazı boyutuna kadar küçültülebilir. Dipnotlar için 10 pt yazı

karakter boyutu kullanılır.

Yazım dik ve normal harflerle yazılır, koyu (bold) harfler sadece başlıklarda

kullanılır. Virgülden ve noktadan sonra bir karakter boşluk bırakılır. Kesme

işaretinden (’) sonra boşluk bırakılmaz. Ayrıca nokta, virgül, noktalı virgül,

üstüste iki nokta, ayırma işareti ilgili kelimenin hemen ardından boşluk

bırakılmadan konur. İki noktadan sonra bir açıklama beklenirken, noktalı virgül

ise iki ayrı fikri bağlar. Bu kuralların önemle izlenmesi gerekir. Cümle sonunda

eğer parantez içinde bir anlatım veriliyorsa, nokta parantezden sonra konur

(örneğin burada olduğu gibi). Cümleye sayısal karakter ile başlanmaz. Örneğin

“10 ile çarpılıp g/L cinsinden çamurun yoğunluğu belirlenir” yerine “çamurun

yoğunluğu 10 ile çarpılıp g/L cinsinden belirlenir” olarak yazılmalıdır.

SAYFA DÜZENİ

Bitirme ödevinde, sayfanın sol kenarından 4 cm, sağ kenarından 2,5 cm, üst ve alt

kenarlardan ise 3 cm boşluk bırakılmalıdır (Şekil 1’e bakınız). Dipnotlar, tablolar,

şekiller ile A4 boyutuna katlanan şekiller de bu sınırlar içinde kalmalıdır. Tüm

ilk sayfalarda (önsöz, içindekiler, özet, bölümler, kaynaklar, ekler v.b gibi)

başlıklar sayfanın üst kenarından 5 cm aşağıdan başlayacak şekilde yazılabilir.

Ödev baştan sona yazım boyunca yasla (iki yana yaslı) şeklinde yazılmalıdır. Ödev

yazımında satır sonuna sığmayan kelimede kesme yapılmaz.

3

SATIR ARALIKLARI VE DÜZENİ

Ödevde satırlar 1,5 pt aralıkla düzenlenmelidir. Ayrıca “Kaynaklar”, “Ek”

bölümlerindeki yazımlar, esas yazımdaki tablo başlıkları ile şekillerin alt

açıklamaları ve dipnotlar ise 1 pt aralıkta yazılır. Bir alt bölüm başlığı altında en

az bir satırlık yazı boşluğu bulunmalıdır. Bölüm başlığı sayfa sonuna gelirse yeni

sayfaya geçilmesi gerekir. Başlıklı ana bölümler mutlaka yeni bir sayfadan

başlamalıdır.

Tek cümle bir paragraf oluşturamaz. Paragraf olması için birbiri ile ilişkili en az

iki cümlenin ardarda gelmesi gerekir. İlişkili cümleler bir paragraf oluştururlar.

Çalışmada paragraflardan önce ve sonra en az bir satır boşluk bırakılmalıdır. İki

paragraf arasına bir satır aralık boşluk bırakılır. Paragraf başının içerlek

yazılması ise önerilmez.

Şekil 1.1. Sayfa yazım düzenin şematik gösterimi. Çalışmada kullanılacak yazım alanın kenarlardan olan uzaklıkları gösterilmektedir.

3 cm

4 cm 2,5 cm

3 cm

sayfa no

Cil

t K

enarı

Bölüm Girişi

YAZIM

ALANI

1,3 cm

4

SAYFA NUMARALANDIRILMASI VE SIRASI

Ödevin tüm sayfaları numaralandırılmalıdır. Kapaklar numaralanmaz.

Çalışmanın başlangıç kısmı önsöz, içindekiler, özetin bulunduğu sayfalar küçük

romen rakkamları ile (i, ii,…) numaralandırılır. Çalışmada yer alan ilk sayfa olan

başlık sayfasına (i) yazılmaz.

Çalışmanın esas yazım kısmı ise giriş ile diğer bölümler, sonuç (lar) ve/veya

tartışma bölümü, kaynaklar, ekler, özgeçmiş sayfalarından oluşur. Çalışmanın bu

kısmı ise sayılarla (1, 2, …) numaralandırılır. Sayfa numaraları kağıdın üst

kenarından 1,3 cm aşağıda kalacak şekilde konulması önerilir (Şekil 1.1).

TABLOLAR VE ŞEKİLLER

Ödeve konulacak çeşitli bilgilerin veya sayısal verilerin düzenli satır/sütün

şeklinde verilmesine “Tablo”adı verilir. Tablo yerine bazı durumlarda “Çizelge”

tercih edilebilir; öğrenci danışmanıyla bu adlandırmaya karar verebilir. Her

tabloya bir numara verilir (Tablo 2.1). Numaradan sonra 1 nokta konur ve 1

boşluk bırakılarak ilgili açıklayıcı başlık Tablo 2.1’de görüldüğü gibi tablonun

üstüne yazılır. Tablo başlığı sayfa yazım alanı içinde tablo ile birlikte

ortalanmalıdır.

Tablo 2.1. Dalga biçimi dönüşümlerinde kullanılan kaynak hız yapıları (Taymaz ve diğ., 1991).

Hız Yapıları Vp

(km/s) Vs

(km/s) Yoğunluk (kg/m3)

Kalınlık (km)

Olay

A 6.00 6.80

3.45 3.92

2780 2910

10 yarı-uzay

1,2,5

Çalışmada yer alan her türlü resim, fotoğraf, grafik, harita, plan “Şekil” olarak

adlandırılır. Her şeklin bir numarası ve bir adı olmalıdır (örneğin “Şekil 2.2”).

5

Öğrencinin çalışmaya ne kadar hakim olduğunun bir göstergesi olarak şekillerin

kullanımı önemlidir. Ödevde yer alan tüm tablo ve şekillere çalışma yazılımı

içerisinde “atıf” yapılması zorunludur. Buna göre dikkat edilmesi gereken

hususlar öğrenciye yardımcı olacak şekilde aşağıda sıralanmıştır:

Tablo ve şekiller yazım içerisinde ilk değinildikleri sayfa ya da ona en yakın

sayfada sayfa düzeni esaslarına uymak şartı ile yerleştirilmelidir.

Tablo ve şekiller numaralanırken önce yer aldıkları bölüm numarasına daha

sonra da bölüm içerisindeki sırası yazılmalıdır. Örneğin, Tablo 2.1, Şekil 2.2;

Ekler içinde ise, Tablo A.1, Şekil A.1 gibi.

Çalışma içerisinde alıntı olan şekil ve tabloların tanımlayıcı yazılarında

kaynak belirtilerek atıfta bulunulur. Öğrenci çalışma sırasında alıntı bir şekil

veya tabloda değişiklik yapmışsa bu işlevi de belirtmelidir.

Her tablo (başlığı ile) ve şeklin (şekil alt yazısı ile) alt ve üstünden en az 2 satır

boşluk verilmesi metinden ayırdedilmesini kolaylaştırır.

Tablo başlığı istenirse ilk harf büyük şeklinde verilebilir (Tablo 2.2. Killerin

Fiziksel Özellikleri).

Birden fazla tablo veya şekil aynı sayfaya yerleştirilebilir. Çok sayıdaki tablo

veya şekiller gerektiğinde eklerde verilebilir.

MATEMATİKSEL ANLATIM: DENKLEMLER, BAĞINTILAR, FORMÜLLER

Tüm matematiksel anlatımlara ilgili bölüm içinde sıra ile numara verilir. Bu

numaralandırmada önce yer aldıkları bölüm numarası daha sonra da bölüm

içerisindeki sırası yazılmalıdır: (2.1), (2.2). Çalışmada verilen denklem veya

bağıntı bir satırdan uzun değilse, sayfa düzeni içinde ortalanarak yazılabilir;

numaralar sağa yaklaşık verilir. Ortalanmış kısa bir denklem örneği (2.1) ile

verilmektedir (Okay, 1995).

6

qs = qb1 − 4i2 erfc (𝑉√𝑡

2) (2.1)

Her türlü matematiksel anlatımla yazım arasında üstte ve altta birer boşluk

bırakılır.

İÇERİK BİLGİLERİ

Genel Bilgiler

Noktalama ve yazım için Türk Dil Kurumu Yazım Kılavuzuna ve Türkçe Sözlüğüne

uyulur. Tezde genellikle üçüncü şahıs kullanılmaya özen gösterilir. Tezde SI

birimleri kullanılır.

Bölümlerin İçerikleri

Kapak: Aşağıdaki örnekte olduğu gibi

Onay Sayfası: Aşağıdaki örnekte olduğu gibi

Özet: Ödevin hangi amaçla, nasıl yapıldığı, önemli ve özgün bulgularla

açıklanmalıdır. Ödev adı başlık olarak verilir.

Teşekkür: Ödevi destekleyen kişi, kurum vb.teşekkür edilir.

İçindekiler: Ödevde yer alan bölüm ve alt bölüm başlıklarının ve sayfa

numaralarının gösterildiği bölümdür.

Şekillerin Listesi: Aşağıdaki örnekte olduğu gibi

Çizelgelerin Listesi: Aşağıdaki örnekte olduğu gibi

Giriş: Ödevin tanıtımının yapıldığı bölümdür. Bu bölümde ödev konusu ve önemi

ile ödev bölümlerinin içerikleri hakkında bilgi verilir. Son paragrafta bu ödevde

yapılması düşünülen çalışmanın detayları belirtilir. En önemli bölümlerden bir

tanesidir.

Genel Kısımlar: Bu bölümde ödev konusu ile ilgili bugüne kadar yapılmış

çalışmalar geniş ve basit bir şekilde, kaynaklarda verilen kurallara uyularak

açıklanmalıdır.

7

Sonuç: Çalışma bulgularının değerlendirilmesi ile varılan sonuçlar mevcut

literatür bilgisi ile birlikte yorumlanır. Sonuçlar belirtilir. Çalışmanın

geliştirilmesi için ileride yapılcak araştırmalara yönelik önerilerde bulunulur.

Kaynaklar: Tezde kullanılan kaynaklar (kitap, makale, bildiri, vb.) belirtilir.

Ekler: Ödev çalışmasında kullanılan hesaplamalar, tablolar, şekiller metin içinde

akışı bölecek kadar çoksa bu bölümde yer alır. Ekler bölümü kendi içinde harflar

kullanılarak bölünebilir (Ek-A ve Ek-B şeklinde).

Özgeçmiş: Ödev yazar/yazarlarının özgeçmişi verilir.

Kaynaklar/Atıf

İyi ödevin bir özelliği de yazarın, okuyucuya kullanmış olduğu kaynakları veya

atıfta bulunduğu yazarları net bir şekilde gösterebilmesidir.

Metinde, Yazar adı cümlenin doğal bir parçası olarak kullanılmışsa yayın yılı parantez içinde belirtilir. Gürkaynak (2002) kimyasal çözeltiler üzerinde yapmış olduğu ... Yazar adı cümlenin doğal bir parçası olarak kullanılmamışsa yazar adı ve basım yılı parantez içinde verilir. En son çalışmalar (Pınar, 2003) uygulamanın ... İki yazarın bulunması durumunda her iki yazarın soyadı da kullanılır. Cinicioglu ve Keleşoğlu (1993) yumuşak dolgular üzerinde ... İkiden fazla yazar olması durumunda ilk yazarın soyadını “ve diğ.” ifadesi takip eder. Öztoprak ve diğ. (1999) tarafından öne sürülen ... Eğer aynı yazarın aynı yılda basılmış birden fazla yayını kullanılmışsa basım yıllarının sonuna alfabetik bir karakter ilave edilir. Bozbey ve diğ. (2003a) tarafından yapılan çalışmalar bu sonucu ... Eğer anonim bir kaynak kullanılmışsa “anon” ifadesi kullanılır. Son zamanlarda konuşulan gerçekler (Anon 1998, syf.153) ... Eğer yazarı belirsiz bir gazete yazısı kullanılacaksa gazete adı, basım yılı ve sayfa no belirtilir.

8

Bölgede görülen sel baskınları yapısal özellikleri etkilemektedir (Atlas 1998, syf.16) Kaynaklarda, Tez çalışmasında faydalanılan yayınlar yazar soyadlarına göre alfabetik

sırayla sıralanır. Yayının basıldığı derginin, kongre kitapçığının, kitabın vb. adı eğik (italik) olarak yazılır.

Kitap referansı için gösterim

Yazarın SOYADI, ADI., Yayın yılı, Kitap adı, Yayınevi, Basım Yeri, ISBN. MERCER, P.A. ve SMITH, G., 1993, Private viewdata in the UK, 2nd ed., Longman,

London, 123-4567-890.

Dergilerdeki makaleler için gösterim Yazarın SOYADI, ADI., Yayın yılı, Makalenin adı, Derginin Adı, Cilt no ve (bölüm

no), sayfa numaraları. EVANS, W.A., 1994, Approaches to intelligent information retrieval,

Information processing and management, 7 (2), 147-168.

Konferans bildirileri için gösterim Yazarın SOYADI, ADI., Yayın yılı, Bildiri Adı, Konferans Kitapçığının Adı, Tarih

ve Kongre Yeri, Basım Yeri: Yayınevi, sayfa numaraları. SILVER, K., 1991, Electronic mail: the new way to communicate, 9th

International Online Information Meeting, 3-5 December 1990 London, Oxford: Learned Information, 323-330.

Tezler için gösterim

Yazarın SOYADI, ADI., Yayın yılı, Tezin Adı, Yüksek Lisans/Doktora, Enstitü Adı.

AGUTTER, A.J., 1995, The linguistic significance of current British slang, Thesis (PhD), Edinburgh University.

Haritalar için gösterim

SOYADI, ADI., Yayın Yılı, Başlık, Ölçek, Basım Yeri:Yayınevi. MASON, James, 1832, Map of the countries lying between Spain and India, 1:8.000.000, London: Ordnance Survey.

Web sayfaları için gösterim

Yazarın SOYADI, ADI., Yıl, Başlık [online], (Edition), Yayın Yeri, Web adresi:URL [Ziyaret Tarihi].

HOLLAND, M., 2002, Guide to citing Internet sources [online], Poole, Bournemouth University, http://www.bournemouth.ac.uk/library/ using /

guide_to_citing_internet_sourc.html [Ziyaret Tarihi: 4 Kasım 2002].

TIPTA KULLANILAN GÖRÜNTÜLEME

TEKNİKLERİ

AD SOYAD1

AD SOYAD2

AD SOYAD3

AD SOYAD4

FİZİKTE ÖZEL KONULAR DERS RAPORU

YOZGAT BOZOK ÜNİVERSİTESİ

EĞİTİM FAKÜLTESİ

MATEMATİK VE FEN BİLİMLERİ BÖLÜMÜ

FEN BİLGİSİ EĞİTİMİ ANABİLİM DALI

EYLÜL 2018

YOZGAT

Ödev içindeki bütün bilgilerin etik davranış ve akademik kurallar çerçevesinde elde

edilerek sunulduğunu, ayrıca ödev yazım kurallarına uygun olarak hazırlanan bu

çalışmada orijinal olmayan her türlü kaynağa eksiksiz atıf yapıldığını

bildiririm/bildiririz.

Öğrenci Ad SOYAD1 ..……………………….

Öğrenci Ad SOYAD2 ..……………………….

Öğrenci Ad SOYAD3 ..……………………….

Öğrenci Ad SOYAD4 ..……………………….

Öğrenci Ad SOYAD1, Öğrenci Ad SOYAD2, Öğrenci Ad SOYAD3, Öğrenci Ad

SOYAD4 tarafından hazırlanan “TIPTA KULLANILAN GÖRÜNTÜLEME

TEKNİKLERİ” adlı bu ödevin uygunluğunu onaylarım.

Dr. Öğr. Üyesi Murat ÇAVUŞ ………………………….

Fen Bilgisi Eğitimi Anabilim Dalı, Yozgat Bozok Üniversitesi

Ödev Tarihi: ../../….

iii

ÖDEV BAŞLIĞI

AD SOYAD1

AD SOYAD2

AD SOYAD3

AD SOYAD4

YOZGAT BOZOK ÜNİVERSİTESİ

EĞİTİM FAKÜLTESİ

MATEMATİK VE FEN BİLİMLERİ BÖLÜMÜ

FEN BİLGİSİ EĞİTİMİ ANABİLİM DALI

Temmuz 2018

ÖZET

Bu çalışmada, 2-[(5-Metiloksazol-3-il)amino]-2-okso-etil metaktilat (IAOEMA) monomeri

70 oC’de faz transfer maddesi trietil benzilamonyumklorür yanında asetonitril çözeltisinde 2-

klor-N-(5-metilizoksazol) asetamit ile sodyummetakrilattan sentezlendi. Monomerin yapısı

1H-NMR ve 13C-NMR spektroskopik teknikleri kullanılarak karakterize edildi. IAOEMA’nın

homopolimeri 1,4-dioksan çözeltisinde azot atmosferi altında 70 oC’de %1 oranında AIBN

başlatıcısı kullanılarak hazırlandı. IAOEMA’nın glisidil metakrilat (GMA) ve etil metakrilat

(EMA) ile değişik oranlardaki kopolimerleri 1,4-dioksan çözeltisinde %1 oranında AIBN

başlatıcısı kullanılarak 70 oC’de %10’un altındaki dönüşümlerde hazırlandı.

Anahtar Kelimeler: 2-[(5-Metilizoksazol-3-il)amino]-2-okso-etil metaktilat, Kopolimeri-

zasyon, Monomer Reaktivite Oranı, Termal Özellikler, Antimikrobiyal Aktivite.

iv

TEŞEKKÜR

Çalışmalarım boyunca değerli yardım ve katkılarıyla beni yönlendiren, kıymetli

tecrübelerinden faydalandığım danışmanlarım Prof. Dr. Musa YILDIZ ve Doç. Dr.

Adem TATAROĞLU’na ayrıca laboratuvar sorumluları Hakan ŞAHİN, Savaş

AKYIL ve Aslan ÜLKER’e ve laboratuvarda görevli tüm çalışma arkadaşlarıma,

manevi destekleriyle beni hiçbir zaman yalnız bırakmayan çok değerli aileme ve

arkadaşlarım Şinasi BECENE, Oğuz KELEŞ, Yıldız YILMAZ ve Duygu AKTAŞ’a

teşekkürü bir borç bilirim.

v

İÇİNDEKİLER

Sayfa

ÖZET........................................................................................................................... iii

TEŞEKKÜR ................................................................................................................ iv

İÇİNDEKİLER ............................................................................................................ v

ŞEKİLLERİN LİSTESİ ............................................................................................. vii

ÇİZELGELERİN LİSTESİ ....................................................................................... viii

SİMGELER VE KISALTMALAR .............................................................................. x

1. GİRİŞ ....................................................................................................................... 1

2. MEMBRAN PROTEİNLERİNİN MODELLENMESİ ........................................... 4

2.1. Proteinler .......................................................................................................... 4

2.1.1. Küresel (Globüler) proteinler ............................................................... 10

3. MOLEKÜLER DİNAMİK SİMÜLASYON YÖNTEMLERİ .............................. 14

3.1. Coarse Grained Simülasyon Yöntemi ............................................................ 15

3.2. Monte Carlo Simülasyon Yöntemi ................................................................. 17

4. SERBEST ENERJİ ................................................................................................ 37

4.1. Şemsiye Örnekleme (Umbrella Sampling-US) Metodu ................................. 39

4.2. Streed Moleküler Dinamik Metodu ................................................................ 41

5. LÖSİN TAŞIYICISI .............................................................................................. 49

5.1. LeuT’ un Yapısı .............................................................................................. 50

6. NAVAB KANALI ................................................................................................. 66

6.1. NavAb Kanalının Yapısı ve Seçici Filtresi .................................................... 67

vi

Sayfa

7. SONUÇ .................................................................................................................. 95

KAYNAKLAR .......................................................................................................... 98

ÖZGEÇMİŞ ............................................................................................................. 110

vii

ŞEKİLLERİN LİSTESİ

Şekil Sayfa

Şekil 2.1. Aminoasitlerin genel moleküler yapısının gösterimi ................................ 5

Şekil 2.2. Aminoasitlerin moleküler yapısının gösterimi. Aminoasitler,

bir polipeptit omurgası boyunca amin ve karboksil fonksiyonel

gruplarından oluşur. Ayrıca, varolan aminoasit türleri arasında

değişimin bileşimi olan yan zincirler vardır. Bir aminoasit,

karbon (cyan), azot (mavi), hidrojen (beyaz), oksijen (kırmızı)

ve kükürt (sarı) atomları içerebilir. Resim VMD kullanılarak

hazırlandı ................................................................................................ 6-7

Şekil 2.3. a) Alfa-heliks b) Beta-tabakalı gösterimi .................................................. 8

Şekil 2.4. PDB’de bulunan kristal yapıların hangi deneysel yöntemle

bulundukları gösterilmektedir ................................................................... 9

Şekil 2.5. PDB’de bulunan kristal yapıların hangi organizmaya ait

olduğu görülmektedir .............................................................................. 10

Şekil 3.1 KcsA potasyum kanal için atomistik modelin CG modeline

dönüşümünde atom sayısındaki azalma görülmektedir .......................... 16

Şekil 3.2. MD simülasyon algoritması .................................................................... 20

Şekil 3.3. Bağ gerilmesi gösterimi .......................................................................... 26

Şekil 3.4. Bağ gerilimi için morse ve harmonik potansiyelin kıyaslanması ........... 27

Şekil 3.5. Açı bükülmesi gösterimi ......................................................................... 27

Şekil 3.6. İmproper torsiyon açısı gösterimi ........................................................... 28

Şekil 3.7. Torsiyon açısı gösterimi .......................................................................... 29

Şekil 3.8 Lennard-Jones potensiyelinin şematik gösterimi .................................... 31

Şekil 3.9. Periyodik sınır şartının gösterimi ............................................................ 33

Şekil 3.10. Lennard-Jones potansiyeli için kesme uzaklığının belirlenmesi ............. 34

Şekil 4.1. US metodunun şematik gösterimi. Pencereler dikey çizgiler ile

ayırt edilir. Noktalı oklar her pencerenin ortasına gösterir.

Mavi bir daire her simülasyon penceresi içindeki atomu temsil

eder .......................................................................................................... 40

viii

ÇİZELGELERİN LİSTESİ

Çizelge Sayfa

Çizelge 5.1. 2A65 nolu protein yapının fatsa kodları ............................................. 51

Çizelge 5.2. LeuT sisteminin dengeye gelmesi işleminde uygulanan

kuvvet sabitleri ve kuvvet sabitlerinin uygulandığı süreler ................ 54

Çizelge 5.3. Na1’in koordinasyonda bulunduğu atomlarla mesafeleri................... 56

Çizelge 5.4. Na2’nin koordinasyonda bulunduğu atomlarla mesafeleri................. 57

Çizelge 5.5. LEU aminoasidinin koordinasyonda bulunduğu atomlarla

mesafeleri ........................................................................................... 59

Çizelge 5.6. LeuT taşıyıcısında TI yöntemiyle iyon ve ligand bağlanma

enerjileri .............................................................................................. 65

Çizelge 6.1. Sistemi denge haline getirme işleminde uygulanan kuvvet

sabitleri ve kuvvet sabitlerinin uygulandığı süreler ............................ 71

ix

SİMGELER VE KISALTMALAR

Bu çalışmada kullanılmış bazı kısaltmalar, açıklamaları ile birlikte aşağıda

sunulmuştur.

Kısaltmalar Açıklama

CG Coarse Grained

FEP Free Energy Pertürbation (Sesbest Enerji

Pertürbasyon)

LeuT Lösin Taşıyıcısı

MC Monte Carlo

MD Moleküler Dinamik

MM Moleküler Modelleme

NSS Nörotransporter Sodyum Simport

PDB Protein Data Bankası

PME Particle Mesh Ewald

PMF Potantial of Mean Force (Ortalama Kuvvet

Potansiyeli)

RMSD Root Mean Square Deviation

SMD Streed Moleküler Dinamik

SOP Self Organized Polymer

TI Termodinamik İntegrasyon

TM Transmembran

US Umbralla sampling

VDB Voltaj Duyarlı Bölge

WHAM Weighted Histogram Analysis Method (Ağırlıklı

Histogram Analiz Metodu)

98

KAYNAKLAR

1. Akhshi, P., 2013, Molecular Dynamics Simulation Studies of Ion Transport

Along G-Quadruplex Dna Channels, Doktara Tezi, Queen’s University

Department of Chemistry, Canada 18-40.

2. Barker, J. A. And Henderson, D., 1976, What is “Liquid”? Understanding the

States of Matter, Rev.Mod. Phys., 48: 587.

3. Chipot, C. and Pohorille, A., 2000, Free Energy Calculations Springer Series

in Chemical Physics, Vol. 86 Springer.

4. Eisenberg, D. and MeGlachlan, A. D., 1986, Solvation Energy In Protein

Folding And Binding, Nature, 319:199.

5. Frenkel, D. and Smit, B., 1996, “Understanding Molecular Simulation: From

Algorithms to Applications”, Elsevier, (formely published by Academic

Press).

6. Hodgkin, A. L. and Huxley, A. F., 1952, A Quantitative Description of

Membrane Current And Its Application To Conduction And Excitation In

Nerve, J. Physiol. (Lond.), 117: 500–544.

7. King, P. M.. 1993, Free Energy Via Molecular Simulation: A Primer, W. F.

Van Gunsteren, London, 123-4567-890.

8. Nelson, P., 2004, Biological Physics Freeman, Longman, New York, 123-4567-890.

9. Payandeh, J., Scheuer, T., Zheng, N. and Catterall W. A., 2011, The Crystal

Structure Of A Voltage-Gated Sodium Channel, Nature, 475: 353-359, 2011

10. Rahman, A., Correlations in the Motion of Atoms in Liquid, Argon A136

405, (1964).

11. Zhmurov A., Brown AEX., Litvinov RI., Dima RI., Weisel JW., Barsegov V.,

2011, Mechanism of Fibrin(ogen) Forced Unfolding, Structure, 19(11): 1615-

1624.

110

ÖZGEÇMİŞ

Kişisel Bilgiler

Soyadı, adı :

Doğum tarihi ve yeri :

Medeni hali :

Telefon :

e-mail :

Eğitim

Derece Eğitim Birimi Mezuniyet tarihi

Lisans Bozok Üniversitesi/ Fizik Bölümü 2013

Lise Cumhuriyet Lisesi 2009

Ortaokul Atatürk Ortaokulu 2005

İlkokul Atatürk İlkokulu 2005

İş Deneyimi

Yıl Yer Görev

2016-2017 Yozgat Novada Kasiyer