Chem Sketch

  • View
    28

  • Download
    1

Embed Size (px)

Text of Chem Sketch

  • ChemSketch:Membuat Molekul di Windows

    Muhamad Martoprawiro

    2008

    Keterangan gambar sampul:Molekul dibuat dengan ChemSketch, tapi ketika dicetak,resolusi ditingkatkan dengan bantuan program Chimera.

    Keluaran ChemSketch bagus untuk di layar komputer, di web.

  • Daftar IsiDaftar Isi....................................................................................................................2

    Memulai ChemSketch...........................................................................................1Menggambar Molekul Alanin 2 Dimensi..............................................................3Menampilkan Struktur 3-Dimensi Alanin...........................................................11Menampilkan Molekul dalam MS-Word ............................................................20Menyimpan Molekul dalam Berbagai Format....................................................27

    2

  • Memulai ChemSketchJika ChemSketch belum terinstall di komputer Anda, silakan Anda membaca cara instalasi di dokumen lain.

    Memulai ChemSketch serupa dengan cara menjalankan program-program Windows yang lain. 1. Dari Menu Windows: Start > Program > ACDLABS 11.0 >

    ChemSketch

    2. Klik OK ketika muncul dialog pembuka (ACD/Labs Products). Klik OK juga ketika muncul Tip of the Day. (Klik No jika muncul dialog yang Yes-nya tak dapat diklik.)

    1

  • 2

  • Menggambar Molekul Alanin 2 DimensiSelanjutnya, kita akan menggambar molekul asam amino alanin, CH3CH(NH2)COOH, yaitu

    Untuk melakukannya, ikuti langkah-langkah berikut: 1. Pastikan atom C terpilih di bagian kiri layar; jika tidak, klik

    atom C tersebut. 2. Pindahkan kursor ke tengah layar, lalu klik di situ. Akan

    muncul molekul CH4.

    3

  • 3. Biarkan kursor di atas molekul CH4, klik 3 kali di situ, untuk membuat 3 gugus metil yang terikat pada atom C tersebut.

    4

  • Gugus metil di kiri atas adalah gugus metil pada molekul alanin, gugus metil di kiri bawah dibiarkan saja dulu, nanti kita ubah menjadi gugus amina (-NH2), sedangkan 2 gugus

    5

  • metil di kanan akan segera kita ubah menjadi gugus karboksilat (-COOH).

    4. Untuk membuat gugus karboksilat, pindahkan kursor ke metil di sebelah kanan, lalu klik 2 kali di situ. Akan muncul 2 cabang metil yang baru, yang nantinya akan kita ubah menjadi karbonil dan hidroksil.1

    5. Klik atom N di sebelah kiri layar, lalu klik gugus metil di kiri bawah molekul.

    1 Perhatikan bahwa ChemSketch secara otomatis menambahkan atom H setiap kali kita menambahkan atom pada molekul kita. Jadi, pada tahap awal kita membuat kerangka atom-atom penyusun molekul (selain atom H) dengan langkah-langkah di atas. Belakangan, beberapa atom C di atas akan kita ubah menjadi atom N dan O.

    6

  • 6. Klik atom O di kiri layar, lalu klik kedua gugus metil di bagian kanan molekul.

    7

  • 7. Untuk membuat ikatan rangkap C=O, pindahkan kursor hingga tepat di atas ikatan tunggal yang hendak diubah menjadi ikatan rangkap, lalu klik di situ.

    8

  • Akhirnya kita peroleh gambar molekul alanin dalam 2 dimensi. Selanjutnya kita akan membuat struktur 3-dimensinya.

    9

  • 8. Untuk menyimpan molekul alanin di atas, lakukan perintah dari menu ChemSketch: File > Save, lalu beri nama (misalnya: Alanin), lalu klik Save.

    10

  • Menampilkan Struktur 3-Dimensi AlaninKita akan mengubah molekul alanin 2 dimensi di atas menjadi tampilan 3 dimensi. Jika Anda telah menutup program Chem-Sketch, jalankan kembali, lalu ambil molekul Alanin yang telah disimpan sebelumnya dengan perintah: File > Open. Selanjutnya, lakukan langkah-langkah berikut: 1. Jalankan program 3D Viewer dengan melakukan perintah

    menu berikut: ACD/Labs > 1 3D Viewer (Freeware). Akan muncul program 3D Viewer dengan latar belakang layar berwarna hitam.

    11

  • 12

  • 2. Kita kembali dari 3D Viewer ke ChemSketch dengan meng-klik 1-ChemSketch di kiri bawah layar (atau menekan Alt-1). Kita akan kembali melihat tampilan alanin dalam 2 dimensi.

    13

  • 3. Salin (copy) molekul alanin dari ChemSketch ke 3D Viewer dengan mengklik 2-Copy to 3D di bagian bawah layar (atau dengan menekan Alt-2). Kita akan melihat molekul alanin dalam 3D Viewer, tapi masih dalam tampilan 2 dimensi.2

    4. Selanjutnya dengan menekan salah satu dari 6 tombal pada batang perkakas (Toolbar) di bagian atas layar (lihat bagian yang dilingkari pada gambar di atas), kita dapat mengubah tampilan molekul dari (mulai dari kiri): wire, stick, ball-and-stick, space-fill dan cloud. Silakan dicoba.

    Bisa dilihat di halaman-halaman berikut, berbagai tampilan molekul tersebut tidaklah menunjukkan struktur 3 dimensinya, karena molekul tersebut hasil copy dari gambar 2 dimensi. Kita harus melakukan optimasi geometri dengan mekanika molekul sederhana, yang akan kita lakukan di bawah ini.

    2 Tampilan molekul dalam 3D Viewer di halaman ini dan beberapa halaman berikutnya sebetulnya di atas latar belakang warna hitam, tapi untuk kejelasan dalam panduan tercetak ini, latarnya diganti putih.

    14

  • Tampilan molekul stick

    Tampilan molekul ball-and-stick

    15

  • Tampilan molekul space-fill

    Tampilan molekul cloud

    16

  • 5. Satu tombol lagi tepat di sebelah kanan dari 6 tombol di atas merupakan tombol untuk menampilkan awan elektron yang dapat dikombinasikan dengan salah satu dari ke-6 tombol di sebelah kirinya, seperti dapat dilihat pada gambar di bawah

    6. Selanjutnya, lakukan optimasi geometri dengan perintah menu: Tools > 3D Optimization. Akan dihasilkan tampilan 3 dimensi, yang juga memunculkan atom-atom hidrogen.

    17

  • 7. Kita dapat mengubah tampilan menjadi ball-and-stick dengan mengklik tombol yang sesuai.

    18

  • 8. Kita dapat memutar-mutar molekul dengan menggerak-gerakkan kursor atas-bawah kiri-kanan sambil terus mengklik layar hitam.

    19

  • Menampilkan Molekul dalam MS-Word Kita ingin agar diktat yang kita buat dapat memuat molekul dalam tampilan 3 dimensi. Berikut langkah-langkahnya: 1. Jalankan Microsoft Word, dan mulailah mengetikkan

    beberapa kalimat sebelum tampilan molekul. 2. Kembali ke program 3D Viewer, putar molekul agar

    tampilannya sesuai dengan yang akan dimunculkan dalam MS-Word. Salin (copy) molekul tersebut dengan perintah menu: Edit > Copy, atau tekan Ctrl-C.

    20

  • 3. Kembali ke MS-Word, lalu lakukan perintah: Edit > Paste, atau tekan Ctrl-V.

    21

  • Ternyata latar belakang hitam turut ter-copy, yang membuat hasilnya agak mengecewakan. Kita menginginkan agar latar belakangnya putih, agar sesuai dengan latar belakang tulisan kita di MS-Word. Jadi, kita klik gambar di atas, lalu tekan Del untuk menghapusnya dari MS-Word, agar kita dapat mengulang perintah meng-copy molekul setelah latar belakangnya dibuat putih. Program 3D Viewer menyediakan perintah untuk meng-ubah warna latar belakang. 4. Jika Anda belum melakukannya, silakan klik gambar molekul

    berlatar hitam pada MS-Word, lalu tekan Del. Setelah itu berpindahlah kembali ke program 3D Viewer.

    5. Lakukan perintah menu di 3D Viewer: Options > Colors..., lalu di kotak dialog yang muncul, ubah warna latar belakang (background) menjadi putih, lalu klik OK.

    22

  • 23

  • 6. Ulangi rangkaian perintah untuk meng-copy molekul dari 3D Viewer ke MS-Word, tapi sekarang dengan latar belakang molekul berwarna putih.

    24

  • 7. Setelah itu, Anda bisa menyimpan diktat MS-Word Anda: File > Save atau File > Save As, tikkan nama file, lalu klik Save.

    25

  • 26

  • Menyimpan Molekul dalam Berbagai FormatDi bawah ini kita akan menyimpan molekul 3 dimensi di atas dengan nama Alanin.s3d (extension s3d otomatis diberikan oleh ChemSketch ketika kita menyimpan file). Tetapi, file yang disimpan dengan nama Alanin.s3d seringkali tidak dapat dibuka oleh program-program yang lain. Karena setelah ini kita akan mencoba menampilkan molekul tersebut di web, maka kita akan simpan file pula tersebut dalam format yang lain juga.1. Simpan molekul 3 dimensi ini, dengan melakukan perintah

    menu ChemSketch: File > Save, lalu beri nama (Alanin), dan klik Save.

    27

  • 2. Simpan pula molekul yang sama dalam format yang lain, dalam hal ini format MDL Molfiles (*.mol), dengan melakukan perintah: File > Save As, lalu pada bagian Save as type, pilih MDL Molfiles (*.mol). Beri nama sama, yaitu Alanin, lalu klik Save.

    28

  • 29

  • 30

    2008Daftar IsiMemulai ChemSketchMenggambar Molekul Alanin 2 DimensiMenampilkan Struktur 3-Dimensi AlaninMenampilkan Molekul dalam MS-Word Menyimpan Molekul dalam Berbagai Format