Chem-Sketch kullanma klavuzu türk.e

ACD/ChemSketch Kullanm Klavuzu

i

ACD/ChemSketch Microsoft Windows iin Srm 5.0

Kullanm Klavuzu

Kimyasal Yaplarn ve Resimlerin Oluturulmas


ii

Advanced Chemistry Development Inc. Telif Hakk 1994-2001 Advanced Chemistry Development Inc. Her hakk sakldr. ACD/Labs Advanced Chemistry Development Inc.in tescilli markasdr. Microsoft tescil edilmi bir ad olup Windows Microsoft Corporationa ait tescilli bir markadr. PDF, Acrobat ve Portable Document Formats ve ilgili veri yaplar ile operatrler Adobe Corporationun olup her hakk sakldr. IBM International Business Machines Corporationun tescil edilmi markasdr. Bu Elkitabnda bahsedilen btn dier tescilli adlarn sahiplii ilgili kiilere aittir. Btn tescilli markalar onaylanmtr. Bu belgedeki bilgi nceden haber verilmeksizin deitirilebilir ve hibir garanti sz konusu olmadan, olduu gibi sunulmutur. Advanced Chemistry Development Inc. bu malzeme ile ilgili, zel bir ama iin uygunluk ve ima edilen garantiler ile snrl olmayp bunlar ierecek ekilde hibir surette garanti vermemektedir. Advanced Chemistry Development Inc. bu malzemenin kullanlmasyla balantl olarak ortaya kabilecek olan her trl dorudan, dolayl, zel, tesadfi veya sonuta kabilecek olan zararlar iin veya bu malzemede bulunabilecek hatalardan tr sorumlu tutulamaz. Blm numaras: G10_0308 Bu eviri stanbul Teknik niversitesi Kimya Blm Doktora rencisi Barbaros Akkurt tarafndan hazrlanmtr.

indekiler

1. Giri............................................................................................................................. 7 1.1 ACD/ChemSketch Nedir?................................................................................... 7 1.2 lave Birimler ...................................................................................................... 7 1.3 5.0 Srmndeki Yenilikler................................................................................ 8

1.3.1 Genel ACD/Labs levleri........................................................................... 8 1.3.2 ChemSketche zel levler ....................................................................... 9

1.4 4.5 Srmndeki Yenilikler................................................................................ 9 1.5 Bu Klavuz Hakknda........................................................................................ 11 1.6 Faydal Tanmlamalar ....................................................................................... 11 1.7 Gsteri Srmleri.............................................................................................. 12 1.8 Bedava Srm................................................................................................... 12 1.9 Daha Fazla Bilgi in .................................................................................... 13

1.9.1 Web Sitesi ................................................................................................. 13 1.9.2 Bize Ulamak in..................................................................................... 13 1.9.3 evrimii Gncellemeler5.0 in Yeni!................................................ 13

2. ACD/ChemSketchin Temelleri................................................................................ 14 2.1 Amalar............................................................................................................. 14 2.2 ACD/ChemSketchnin Balatlmas ................................................................. 14 2.3 Dosya likilendirme Ayarlar5.0 in Yeni! ................................................ 15

2.3.1 Dosya likilendirmenin Deitirilmesi .................................................... 15 2.4 Varsaylan Dizinlerin Deitirilmesi ................................................................ 15 2.5 Yap (Structure) ve izim (Draw) Kipleri ........................................................ 16

2.5.1 Yap Kipi Ekran Dzeni............................................................................ 17 2.5.2 izim Kipi Ekran Dzeni.......................................................................... 18

2.6 ChemSketchten k ...................................................................................... 18 3. Basit Yaplarn izilmesi.......................................................................................... 20

3.1 Amalar............................................................................................................. 20 3.2 Atomlarn, Balarn ve Etiketlerin Eklenmesi.................................................. 20

3.2.1 Normal izim Aracnn Kullanlmas ....................................................... 20 3.2.2 ift ve l Balar ................................................................................... 21 3.2.3 Atomlar Teker Teker Silme ..................................................................... 21 3.2.4 Geri Al Komutu ........................................................................................ 21 3.2.5 Atom Deitirme....................................................................................... 21 3.2.6 Srekli izim Aracnn Kullanlmas........................................................ 22 3.2.7 Fareyle Srkleme .................................................................................... 23 3.2.8 Yapnn Dzeltilmesi............................................................................. 23 3.2.9 Stereo, Koordine and Belirsiz Ba Aralarnn Kullanm ....................... 23 3.2.10 Atom Etiketlerinin Dzenlenmesi............................................................. 24 3.2.11 Zincir izme Arac ................................................................................... 24

3.3 Yaplarn evrilmesi......................................................................................... 25 3.4 Seme, Dndrme ve 3D Dndrme................................................................ 27 3.5 k .................................................................................................................. 27

3.5.1 ChemSketch (SK2) Dosyasnn Kaydedilmesi ......................................... 27 3.5.2 Bir Yapy MDL Molfile Biiminde Kaydetme........................................ 28


4

3.5.3 Yazdrma................................................................................................... 28 3.5.4 Yapnn Bir Belgeye Aktarlmas.............................................................. 29

3.6 Ekrann Temizlenmesi ...................................................................................... 29 4. ACD/I-Laba Balarken ............................................................................................ 30

4.1 Amalar............................................................................................................. 30 4.2 Genel Bak ....................................................................................................... 30 4.3 Balant Seenekleri ......................................................................................... 31 4.4 Misafir Eriimi .................................................................................................. 32 4.5 Hesaplamalarn Yaplmas ................................................................................ 32 4.6 Gsteri zinleri .................................................................................................. 34

4.6.1 Gsteri znini Elde Etme........................................................................... 35 4.7 Kayt.................................................................................................................. 35 4.8 I-Lab Hesabnz Aktifletirme ......................................................................... 37 4.9 Oturum Ama.................................................................................................... 37

5. Daha Karmak Yaplarn izilmesi ......................................................................... 38 5.1 Amalar............................................................................................................. 38 5.2 Radikal Tablosunun Kullanm........................................................................ 38 5.3 Halkal Yaplarn Kullanlmas ......................................................................... 39 5.4 Atomlarn ve Ksmlarn Silinmesi ................................................................... 40

5.4.1 Birok Atomu Ayn Anda Silme............................................................... 40 5.5 Atomlarn Bakas ile Deitirilmesi ................................................................ 40 5.6 ift ve l Balar Oluturma ........................................................................ 41 5.7 Ykleri Ayarlama ve Anyon-Katyonlar Tanmlama ....................................... 41 5.8 Atom zelliklerinin Deitirilmesi................................................................... 43

6. leri Yaplar, SMILES Gsterimi ve Reaksiyon emalar........................................ 44 6.1 Amalar............................................................................................................. 44 6.2 2D En iyiletirme .............................................................................................. 44

6.2.1 Halkal Alkan Yapsnn Oluturulmas.................................................... 44 6.2.2 Halkal bir Peptid Yapsnn Oluturulmas .............................................. 45

6.3 SMILES Gsterimi- 5.0 iin yeni!.................................................................... 46 6.3.1 SMILES Gsterimi ................................................................................... 46 6.3.2 SMILES Gsteriminden Yaplarn Oluturulmas.................................... 47

6.4 3D En yiletirme.............................................................................................. 48 6.4.1 Bisiklo[2.2.2]oktan Yapsnn Oluturulmas ........................................... 49 6.4.2 Triptisen Yapsnn Oluturulmas ............................................................ 50 6.4.3 Kuban Yapsnn Oluturulmas................................................................ 51 6.4.4 Dodekahedran Yapsnn Oluturulmas ([5]Fulleren-C20)....................... 52

6.5 Bir Reaksiyon emasnn izilmesi.................................................................. 54 7. leri izim: ablonlar................................................................................................ 56

7.1 Amalar............................................................................................................. 56 7.2 Genel Bak ....................................................................................................... 56 7.3 Radikal Tablosu ................................................................................................ 56

7.3.1 Fluoresamin Yapsnn Oluturulmas ...................................................... 57 7.4 Annda ablon Arac......................................................................................... 58

7.4.1 Halkal bir Oligomer Yapsnn Oluturulmas......................................... 59 7.5 ablon Penceresi ............................................................................................... 60


5

7.5.1 Bir DNA Molekl Parasnn Oluturulmas .......................................... 60 7.6 Karmak Biyomolekllerin izilmesi ............................................................. 62

7.6.1 -Maltoz Yapsnn Oluturulmas ........................................................... 62 7.7 Bir Kullanc ablonunun Tanmlanmas.......................................................... 65

7.7.1 ablon Penceresi Dzenleyici................................................................... 65 7.7.2 Template.cfg Dosyas ............................................................................... 66 7.7.3 Mevcut ablonlar ...................................................................................... 66

8. Grafik Nesnelerinin Oluturulmas ........................................................................... 71 8.1 Amalar............................................................................................................. 71 8.2 Reaksiyon Enerjisi Diyagramnn izilmesi..................................................... 71

8.2.1 Bir Erinin izilmesi ................................................................................ 72 8.2.2 Bir Erinin Dzenlenmesi......................................................................... 73 8.2.3 X ve Y eksenlerinin izilmesi .................................................................. 74

8.3 Farkl Trlerden Orbitallerin izilmesi ............................................................ 75 8.3.1 p-Orbitalinin izilmesi ............................................................................. 75 8.3.2 d-Orbitalinin izilmesi ............................................................................. 76 8.3.3 Pi-tipi bir orbitalin izilmesi ..................................................................... 77

8.4 Vakum Destilasyon Cihaznn izilmesi .......................................................... 77 8.4.1 Bir Diyagrama Aklama Eklenmesi ........................................................ 80

8.5 ki Zincirli DNA Sarmalnn izilmesi............................................................. 82 8.6 Lipidlerin ve Misellerin izilmesi .................................................................... 86

8.6.1 Lipidin izilmesi ...................................................................................... 86 8.7 Bir Posterin Oluturulmas................................................................................ 88 8.8 Adobe PDFye Dntrme - 5.0 iin Yeni! .................................................... 89

9. Yap Kipinde Biemlerle alma ............................................................................ 90 9.1 Amalar............................................................................................................. 90 9.2 Yaplarn Bieminin Deitirilmesi .................................................................. 90

9.2.1 Bir Dergi Bieminin Uygulanmas ........................................................... 91 9.2.2 Yayna Hazrlama ..................................................................................... 92

9.3 Kendi Bieminizi Oluturun ............................................................................. 92 9.3.1 Kullanc Tanml Biem: eker ............................................................... 93 9.3.2 Kullanc Tanml Biem: Fosfat .............................................................. 94 9.3.3 Kullanc Tanml Biem: Baz .................................................................. 94 9.3.4 Kullanc Tanml Biem: Vurgu .............................................................. 95

9.4 Varolan Biemleri Uygulama ........................................................................... 96 9.5 Bir Biemi Varsaylan Olarak Seme ............................................................... 97

10. izim Kipinde Biemlerle alma ...................................................................... 98 10.1 Amalar............................................................................................................. 98 10.2 Bir Nesnenin Biemini Deitirme................................................................... 98 10.3 Bir Biemi Kaydetme ....................................................................................... 98 10.4 Varolan Bir Biemi Uygulama ......................................................................... 99 10.5 Bir Biemi Varsaylan Olarak Atama ............................................................... 99 10.6 Biemleri Ynetme ........................................................................................... 99

11. Makroskopik zelliklerin Hesaplanmas............................................................ 101 11.1 Giri................................................................................................................. 101 11.2 Makroskopik zelliklerin Hesaplanmas........................................................ 101


6

11.2.1 Men Komutlar...................................................................................... 101 11.2.2 Durum ubuunda Otomatik Grntleme............................................ 102

11.3 Makroskopik zellikleri Hesaplama Algoritmalar........................................ 102 11.3.1 Molar Hacim, MV................................................................................... 103 11.3.2 Molar Refractivity, MR .......................................................................... 104 11.3.3 Parakor, Pr ............................................................................................... 104 11.3.4 Younluk, d............................................................................................. 104 11.3.5 Krlma ndisi, n ...................................................................................... 104 11.3.6 Yzey Gerilim, ..................................................................................... 104 11.3.7 Dielektrik Sabiti, (Geirgenlik)............................................................ 105 11.3.8 Kutuplanabilirlik ..................................................................................... 105 11.3.9 Tek izotoplu, En dk ve Ortalama Ktle............................................. 105

11.4 Deneysel Verilerin Ballam (Korelasyon) statistii .................................. 105 11.4.1 Molar Krclk Tahmin Hata Dalm ................................................... 105 11.4.2 Molar Hacim Tahmin Hata Dalm ...................................................... 106 11.4.3 Parakor Tahmin Hatas Dalm ............................................................ 106 11.4.4 Krlma ndisi Tahmin Hata Dalm..................................................... 107 11.4.5 Younluk Tahmin Hata Dalm ........................................................... 107 11.4.6 Yzey Gerilim Tahmin Hata Dalm ................................................... 108 11.4.7 Dielektrik Sabiti (Geirgenlik) Tahmin Hata Dalm .......................... 108

12. zel lev Tular ................................................................................................ 109 12.1 Amalar........................................................................................................... 109 12.2 Tautomerler..................................................................................................... 109

12.2.1 rnekler .................................................................................................. 110 12.2.2 Kimya Literatrndeki Hatalar ............................................................... 111

12.3 Szlk ............................................................................................................. 113 12.4 Bedava ACD/sim Eklentisi5.0 iin Yeni!.................................................. 114

12.4.1 Bedava ACD/simin Snrlamalar......................................................... 115 13. Hediyeler............................................................................................................. 116

13.1 Hediyeler Nedir? ......................................................................................... 116 13.2 Bunlar Nereden Bulabilirim?......................................................................... 116 13.3 Hediyeler......................................................................................................... 116

14. Sonu................................................................................................................... 120


7

1. Giri

1.1 ACD/ChemSketch Nedir?

ACD/ChemSketch Advanced Chemistry Development, Inc. tarafndan hizmete sunulan ve tek bana veya dier uygulamalar ile birleik biimde kullanlmas amacyla tasarlanm olan bir kimyasal yap izim programdr. Chemsketch kimyasal yaplar, tepkimeler ve grsel diyagramlarn izilmesi iin kullanlr. Bunun yannda kimya ile ilgili raporlar ve sunumlarn tasarlanmasnda da kullanlabilir. ACD/ChemSketchin aada bahsedilen stn yetenekleri bulunmaktadr:

Kimyasal yaplarn izilmesi ve zelliklerinin hesaplanmas iin Yap (Structure) Kipi. Dz metin ve grafiklerin ilenmesi iin izim (Draw) Kipi. Molekl zellikleri (Molecular Properties) hesaplamalar, aadakilerin otomatik olarak

hesaplanmas iin kullanlr: forml arl; yzde bileim; molar krclk; molar hacim; parakor; krlma indisi; yzey gerilimi; younluk; dielektrik sabiti; kutuplanabilirlik; tek izotoplu, en kk ve ortalama ktle.

ACD/ChemSketch tek bana bir izim paketi olarak kullanlabilecei gibi NMR Tahmin motorlar gibi dier ACD yazlmlarnn n Ucu olarak kullanlabilir.

1.2 lave Birimler ChemSketch arabiriminden tek tklama ile ulalabilecek ilave ACD yazlm birimleri mevcuttur. Bu birimlerin her ykseltme srmnde saylar artmakta olup ilave seenekler olarak mevcutturlar ve ayr birimler olarak dnlmeleri gerekir. Fiyatlandrma ve mevcutlar hakknda daha fazla ayrnt iin ltfen Web sitemize veya adresimize mracaat ediniz.

ChemBasic Kullancya ACD yazlmn zelletirebilmesi olanan tanyan zel

programlama dilidir (http://www.acdlabs.com adresinden indirilebilir). ChemBasic Web sitemizde mevcuttur. Ltfen Blm 13, Hediyeleri grerek ChemBasicin ChemSketch ile nasl kullanlabileceine ilikin baz rnekleri inceleyiniz.


8

ACD/I-LabKimyasal veritabanlarna ve zellik tahmin programlarna annda erimenizi salayan nternet tabanl bir hizmettir. Etkileimli Laboratuar hizmeti iin bir hesap http://www.acdlabs.com/ilab adresinden alnabilir. 2000 yl ilkbaharndan beri 2 haftalk gsteri dnemi I-Lab ile sunulmaktadr. ChemSketch 4.0 ve sonraki srmleri nternet eriimli bir kiisel bilgisayarda kullanld takdirde I-Laba otomatik olarak eriebilmektedir. Daha fazla bilgi iin Blm 4e bavurunuz.

ACD/TautomerlerOrganik yaplarn en uygun tautomer biimlerini kontrol edip oluturur (ChemSketchin cretsiz ve ticari srmlerinin ikisinde de bulunur). Daha fazla bilgi iin Blm 12.2ye baknz.

ACD/SzlkYaygn ila isimlerinin molekl yaplarn bulur. ACD/Szlk en yaygn olarak kullanlan kimyasal ve biyolojik aralara ait 85.000den fazla sistematik ve geleneksel ismini barndrmaktadr. Girdiler 200den fazla iyiletirme alann kapsamakta olup 500den fazla enzim iin drc (inhibitr) de mevcuttur (yalnzca ticari srmde). Daha fazla bilgi iin Blm 12.3 inceleyiniz.

Yeni! Bedava ACD/sim IUPACn Organik, Biyokimyasal ve Anorganik simlendirme kurallar zerinde yapt tavsiyeler dorultusunda bir isim oluturur. Bu ara ChemSketch iin bedava eklenti olarak datlmaktadr. Daha fazla bilgi iin 12.4e bavurunuz.

Aadaki dmeler ACD/Chemsketche ilaveten, kullanlabilmesi iin satn alnmas gereken zellikleri temsil etmektedir:

ACD/Kaynama Noktas ve Uuculuk0,001 mm Hgden 10 atmye kadar herhangi bir basnta, pek ok durumda 10 derece ve daha dk hata pay ile, ChemSketch penceresinde izilmi bir yap iin doru kaynama noktasn hesaplamaktadr. Bu zellik ACD/Kaynama Noktas & Buhar Basnc Hesaplayc Kullanm Klavuzu ad altnda ayr bir klavuzda tarif edilmitir.

ACD/SigmaChemSketch penceresinde izilmi farkl sbstitent gruplar iin Hammett tr veya ilgili parametreleri gsterir. Bu zellik ACD/Sigma Kullanm Klavuzu ad altnda ayr bir klavuzda anlatlmtr.

ACD/sim-Yap Dntrcs girilen hemen her tr kimyasal ad iin bir molekl yaps oluturur. ACD/sim-Yap Dntrcs pek ok genel organik bileiin ismini ve ok sayda doal rn trevlerini IUPACn Organik, Biyokimyasal ve Anorganik simlendirme kurallarna gore ilgili yaplara dntrr. Bu zellik, ACD/sim-Yap Dntrcs Kullanm Klavuzu ad altnda ayrca incelenmitir.

1.3 5.0 Srmndeki Yenilikler

Bu yazlmla yeni tanyorsanz, ileride tarif edilen rnekler zerinde almanz tavsiye ederiz. Eer, bu yazlm srm ykseltme amacyla satn aldysanz (veya satn almay dnyorsanz), ChemSketchin temel zellikleriyle nceden tank olmalsnz demektir. Bu blmde yalnzca en yeni zelliklere deineceiz.

1.3.1 Genel ACD/Labs levleri

Btn ACD yazlm programlar Windows 95/98/NT/Me/2000 iletim sistemleri ykl kiisel bilgisayarlarda 32 bit uygulamalar olarak alr, ancak ntranetler iin ACD/I-Lab, SGI iin Yn (Batch) ve Sun Solaris rnleri iin Yn bunlardan farkldr.

PClerde alan btn ACD yazlm programlar kullancya ykleme, zaman am ve otomatik yeniden ykleme parametrelerini ayarlamanz salayan ACD/Yardmc (Host) tarafndan kontrol edilmektedir.

ACD yazlmlarnn btn PC srmleri (PhysChem Yn, LC Simulator ve GC Simulator dndakiler) ACD yazlm iin zel olan baz dosya uzantlar iin (rnein, .sk2, .esp, .lud)


9

varsaylan ilikilendirme durumunu otomatik olarak kontrol eden yeni bir zellik iermektedir. 5.0 srm iin, pek ok ACD pencerelerinde artk Dosya likilendirme (File Associations) komutu bulunmaktadr (File-Dosya mensnde).

ACD yazlmnn btn PC srmleri Yardm (Help) mensnn altnda yeni bir komut bulundurmaktadr: Bug Report / Feature Request (Hata Bildirimi / zellik Talebi). nternet eriimli bir PCniz varsa, bu komutu semekle otomatik olarak ACD web sayfasna gelecek ve hatalar bildirme veya yeni zellikleri istemeniz mmkn olacaktr.

5.0 srmnn btn pencerelerinin hepsinin giri/k iletiim kutularnda kullanl yeni bir zellik bulunmaktadr. Bu zellik, Dosya Se (Select File) iletiim kutularnn boyutunun ayarlanabilmesidir (kutunun sa alt kesinden). Bunun yannda, yeni klasr oluturma, masastn temizleme ve dosya ayrntlarn grme gibi dosya ve klasr deitirme ilemleri, iletiim kutusunu terketmeden yaplabilmektedir.

ACD PC tabanl yazlmlarn hepsi Hemen Gncelletir (Online Update) birimi vastasyla nternetden gncelletirilebilir. Ltfen Blm 1.9.3e baknz.

1.3.2 ChemSketche zel levler

Artk ChemSketch dosyalarnz PDF biiminde, Adobe Acrobat Reader ve ilgili yazlmlarla kullanmak zere yazabilirsiniz.

Yaplar Kimyasal Biimleme Dili (CML) biiminde kaydedebilirsiniz. SMILES komutlarn yaplara, yaplar da SMILES kodlarna dntrebilirsiniz

(Stereokimyasal ayarlamalar devre ddr). Atom ktlesi hesaplanabilir, yalnzca ortalama ktle deil, bunun yannda en yaygn

bulunan izotopunun da ktlesi bulunabilir. En sevdiiniz dergilerden gelen son bilgiler nda, hazrda hizmet veren Yazarlar iin

Aklamalar (Instructions for Authors) blm geniletilip gncellenmitir. Baz yeni ablonlar konmu, ve var olan ablonlara baz yenilikler ilave edilmitir.

Bedava ACD/sim (ACD/Name Freeware) Birimi ara ubuu zerinde bir dme olarak mevcuttur. Blm 12.4 inceleyiniz.

3D dnmsel kurallar ACD/3D Grntleyicide (Viewer) kullanlan ile ayn hale getirilmitir.

1.4 4.5 Srmndeki Yenilikler

Tepkime Art ve Tepkime Oklar dmeleri Yap (Structure) Blmnde dorudan bulunmaktadr. Artk bu ekilleri izmek iin izim (Draw) ekranna gemek zorunda deilsiniz..

Tercihler (Preferences) iletiim kutusunda (Seenekler-Options mensnde) yeni konmu Tepkime (Reaction) sekmesi ile eitli Tepkime Arts ve Tepkime Oku biimlerini semeniz mmkndr.

Grafik nesneleri (izim blmnde yaplanlar) artk Yap blmnde de seilip hareket ettirilebilmektedir. Bu karmak bildirilerin izilmesini kolaylatrmaktadr. Bu zellii kullanmak iin, Tercihler iletiim kutusunda (Seenekler mensnde) bulunan Yap (Structure) sekmesinde Grafikleri Se (Select Graphics) zeliinin seili olduundan emin olunuz.

Stereo dizilimi Temizle (Clean) ve evir (Flip) zellikleri uyguland zaman kontrol edilebilmektedir. Seenekler mensnden TercihlerI setikten sonra Yap sekmesinin alt ksmna baknz.


10

Yeni yap dosya biimleri kabul edilebilir: ChemDraw CDX (*.cdx) dosyalar ile REACCS RXN (*.rxn) dosyalar artk geerlidir. RXN biimi ayn zamanda yeni bir Aktar (Export) biimidir.

Yeni bir birim, ChemSketch penceresi ile btnletirmek zere alnabilirACD/sim-Yap Dntrcs (daha fazla bilgi iin Blm 1.2ye baknz).

ACD/I-Lab eklentisi zellik tahmin birimlerimize ve eitli kimyasal veritabanlarna nternet zerinden eriebilmenize olanak tanr. Yalnzca http://www.acdlabs.com/ilab adresinden Etkileimli Laboratuar iin bir hesap alabilir. 2001 baharndan itibaren, iki haftalk gsteri dnemi I-Lab iin ayarlanabilir. I-Laba eriim, eer bilgisayarnzda nternet eriimi mevcutsa, otomatik olarak salanacaktr. ChemSketch arabirimi zerinden I-Labn kullanmna ilikin bir rnei Blm 4te grebilirsiniz.


11

1.5 Bu Klavuz Hakknda

ACD/ChemSketchi btn zellikleriyle kullanmak iin bu klavuzu okumak zorunda deilsiniz, program son derece sezgisel ve kullanm basit bir yapya sahiptir. Bu yzden elinizdeki bu klavuz programdaki btn seeneklerin detayl tariflerini vermekten ziyade sizi kullanma hazrlayacaktr. Bu almalar yaptktan sonra, ACD/ChemSketchi baka hibir yardm olmakszn en hzl ve etkili ekilde kendiniz kullanabileceksiniz, Bu klavuzun canlandrmal biiminde okuduunuz blmlerin hemen hepsi LotusCam tabanl ve Web sitemizden indirilebilen filmler olarak bulunmaktadr (Bu filmler kurulum CDsi ve gsteri CDsinde de mevcuttur).

Bu Kullanm Klavuzu elektronik biimde elinize gemi olup yaygn olarak bulunan kelime ilemci programlarnda okunabilecek biimdedir. htiyacnz olan bir iindekiler konusunu bulamadysanz, ltfen kelime ilemci programda uygun kelime veya ifadeyi aratnz.

Bu klavuzda gsterilecek olan ekran grntleri nispeten dk pencere boyutunda alnmtr. Varsaylan grnt ekli ekran kaplayan pencere biimidir. Daha kk bir alma alan yaratmak iin Aa Geri Getir dmesini bir kere tklaynz (pencerenin sa st kesinde bulunur). Tam ekran grntye geri dnmek iin Ekran Kapla dmesini tklaynz.

Klavuzdaki ekran grntleri yazlmn en son srmlerinden biri kullanlarak alnmtr. Klavuzda gzken grntler ile ACD/ChemSketchte greceklerinizin birbirine uymas iin her trl aba gsterilmi olmakla beraber, baz kk orantszlklar yaanabilir.

Bu Klavuz, Microsoft Windowsta fare ve dosya deitirme zerine temel bilgiye sahip olduunuzu kabul etmektedir.

Kazann!!!

Fikriniz bizim iin

nemlidir.

Bu Klavuzu kullandnz iin, sizin grlerinizi bekliyoruz. Bu rn iin belgelemeyi nasl ilerletebiliriz? Tamamlamanz istediimiz kk bir anketimiz var. Btn seilebilir katlmclar ACD/ChemFolder dll (veya herhangi bir ACD yazlmnn satn alnmasnda edeeri bir indirim) bir ekilie katlacaktr Ltfen MS Word 6.0 veya daha st bir srmn kullanarak survey.doc dosyasn anz veya bu yazlmla gelen CDnin belgeleri arasndaki survey.pdfyi Adobe Acrobat Reader kullanarak anz, ya da Web sitemizdeki Feedback sayfasn, http://www.acdlabs.com/feedback/guides.html, ziyaret ediniz..

1.6 Faydal Tanmlamalar

Bu eitici dkmanda eitli olaylar tarif etmek iin aadaki terimler kullanlacaktr:

Ynelt fare imlecini bir e zerine hareket ettirmek anlamna gelmektedir. Tkla fare imlecini bir e zerine hareket ettirip farenin sol tuuna basmak demektir. Sa tkla fare imlecini bir e zerine hareket ettirip farenin sa tuuna basmak anlamna

gelir. ift tkla fare imlecini bir e zerine hareket ettirip abuk bir ekilde sol tua iki kere

basmaktr. Srkle teriminin anlam fareyi hareket ettirirken farenin sol tuunu basl tutmak

anlamndadr. Not Windowsta varsaylan fare dmesi soldakidir. Varsaylan dmeyi sadaki olarak

ayarlamak iin, Windowsta Denetim Masas (Kontrol Panel) zerinden Fare (Mouse)


12

seeneini seip istediiniz deiiklikleri yapnz (Bu ayn zamanda farenin hzn ve hareket deikenlerini de deitirmenizi salayacaktr).

1.7 Gsteri Srmleri

Gsteri srm ilk kez altrlmak zere yklendiinde, bu rnn ACD Gsteri yazlm olduunu bildiren bir mesaj greceksiniz. Gsteri srmnn normal sresi iinde zaman zaman bu mesaj karnza kabilir. ACD/Labs programlarnn gsteri srmleri Kaydet, Kopyala, Kes, Yaptr ve Yazdr zellikleri gibi baz komut snrlamalar vardr. Gsteri srmnn snrlanm bir komutunu altrmak istediiniz zaman, buna izin verilmediini gsteren bir iletiim kutusu karnza kacaktr Programn tam srmnde bulunan zel bir snrlama hakknda daha fazla bilgi isterseniz, ltfen bize ulanz. Yine de, bu klavuzda bulunan altrmalar ve rneklerin ou ACD/Labs programlarnn gsteri srmlerinde de alacak ekilde tasarlanmtr.

1.8 Bedava Srm

Nisan 1999dan beri, Advanced Chemistry Development ChemSketch programn Web sitemizde Free Stuff (Bedava Dosyalar) bedava olarak datmaktadr

nemli ACD/ChemSketch bedava srm yalnzca kendi dosyalarnn bulunduu bir

klasre kurulmaldr. Bu klasr ACD/Specviewer, ACD/CNMR Viever, ACD/HNMR Viewer gibi mevcut olan dier bedava ACD yazlmlar ierebilirse de, satn alnan hi bir ACD yazlmn iermemelidir.

ACD/ChemSketch Bedava 5.0 srm nceki srme gore pek ok ilerleme geirmitir. Program ticari 5.0 srmnn hepsi olmasa da ou zelliklerini barndrmaktadr. Aadaki tablo ChemSketch 5.0n bedava ve ticari srmleri arasndaki farklar zetlemektedir:

Seenek Bedava Ticari ACD/Tautomerler Bedava ACD/sim ACD/3D Grntleyici ACD/I-Lab eklentisi (ayrca kurulmaldr1) Yazarlar in Aklama (ayrca kurulmaldr) Adobe PDFye Aktarma ACD/Szlk Teknik Destek

1 Baz kullanclar iin hepsi bir arada indirme paketi salamak daha uygun olabilirse de, pek ok dier kullancnn ok byk boyutlu tek bir dosyay indirmekte zorlanacaklar da bir gerektir. Bu yzden dosyalar para para braklmtr.


13

Not ACD/ChemSketchin bedava srm size teknik destek olana vermiyor olsa da, teki blmde bahsedilen adresteki ChemSketch haber grubunu sorularnz sormak veya ipularn paylamak iin ziyaret etmenizi tavsiye ederiz.

1.9 Daha Fazla Bilgi in

1.9.1 Web Sitesi En son ACD yazlmlar ve hizmetlerinin grmek iin, ltfen http://www.acdlabs.com adresinden Web sitemize ulanz. Web sitemiz gnde on binlerce kez ziyaret edilme zelliine sahiptir. Bunun sebebi bellidir: Web sitemizde ie yarayacak ok ey var. 2001 baharndan beri, bedava ChemSketch 4.5, bedava ISIS 3D eklentisi, bedava ChemDraw uzantlar ve Java programcklar kullanlarak yazlm satn almakszn test hesaplamalarn yapabileceiniz Etkileimli Laboratuar iin bedava iki haftalk gsteri izni tarafmzdan sunulmaktadr. Pek ok yazlm paketinin (zellikle ChemSketch) tantld Lotus Cam tabanl filmler indirilebilir. Web sitemizdeki bilgiler srekli olarak gncellenmektedir. Web sitemizde, hangi bilimsel konferanslarda ACDnin standnn olduunu bulabilirsiniz. Web sayfamz kullanarak, Sk Sorulan Sorular (Frequently Asked Questions) sayfasn aabilir, veya haber grubumuza katlp canl sohbet edebilirsiniz. ACDdeki kimyasal yazlmlarda en son gelimelerin tarafnza ulamasn isterseniz, ltfen Web sayfamzdaki e-posta datm ksmna kaydnz yaptrn:

http://www.acdlabs.com/feedback/mailing.html ChemSketch haber grubuna katlmak isterseniz, ltfen aadaki sayfaya tklaynz:

news://news.acdlabs.com/acd.public.chemsketch

1.9.2 Bize Ulamak in Bize Web sitemizden, telefonla, faks ve normal posta ile ulaabilirsiniz, ancak en hzl temas kurma yolu elektronik postadr. cretlendirme, satlar, mevcutlar ve genel konular hakkndaki sorularnz

[email protected] adresine ynlendiriniz. Teknik ve bilimsel destek konularnda

[email protected] adresini kullannz. Bizimle temasa getiinizde, yazlm aldnz yerin adn, srm numarasn ve rnn piyasaya srlme tarihini belirtiniz (Bu son bilgiye Yardm/Hakknda Help/About seeneinden ulaabilirsiniz). Eer mmknse, yazlm datan kiinin ismini de verirseniz ilemleriniz daha hzl takip edilecektir.

1.9.3 evrimii Gncellemeler5.0 in Yeni! Btn PC tabanl ACD yazlmlarnn 5.0 srmleri evrimii olarak sunulan gncellemeleri alglama yeteneine sahiptir. Bunun iin yazlmn kayt numarasna ve programn kurulduu bilgisayarda mevcut bir nternet balantsna ihtiyacnz olacaktr. Gncellemeler kk yamalar eklinde olup rnein son srmn 5.00dan 5.01 haline getirilmesini salar. Bunun hakknda daha fazla bilgi iin, Belgeler dizininde rnle ilgili dier belgelerin yannda bulunan evrimii Gncelleme belgesini inceleyiniz, ya da teknik destek birimine e-posta yollaynz.


14

2. ACD/ChemSketchin Temelleri

2.1 Amalar

Bu blm sizin aadaki konularda bilgilenmenizi salayacaktr:

programn nasl balatld; dosya ilikilendirmenin nasl yaplaca ve deitirilecei; varsaylan dizinlerin nasl ayarlanaca; ChemSketch arabiriminin temelleri: Yap (Structure) ve izim (Draw) blmleri; ve

ChemSketchten k.

2.2 ACD/ChemSketchnin Balatlmas ACD/ChemSketch bilgisayarnza kurulduktan sonar, balatmak iin aadaki temel admlar izleyiniz:

1. Microsoft Windowsu balatnz. 2. ChemSketch simgesine ift tklaynz.

VEYA Windows 95/98/2000 veya NT grev ubuu zerinden Balat (Start/Run) mensnden ChemSketch simgesini seiniz. VEYA Btn ACD yazlmlarn kurmu olduunuz dizinde chemsk.exe program dosyasna ift tklaynz. Varsaylan dizin ACD50dir. VEYA alan dier ACD/Labs program var ise, ACD/Labs mensnden ChemSketchi seiniz.

3. Alta bir gsteri sayfasyla karlacaksnz. Bedava srm kullanyorsanz, ACD/Labs rnleri (Products) ekrann greceksiniz. Bunu kapatmak iin Tamam (OK) dmesine tklayn. Bundan sonraki balanglarda bu iletiim kutusunu grmek istemiyorsanz, Yardm > ACD/Labs rnleri (Help > ACD/Labs Products) ksmn seerek Balangta bu Ekran Gster (Show this Screen at Startup) onay kutusunu temizleyiniz.


15

2.3 Dosya likilendirme Ayarlar5.0 in Yeni! 1. Program ilk kez balatyorsanz, Dosya likilendirme (File Association) iletiim kutusu

karnza kabilir.

2. Burada dosya uzantlar ve dosya trlerinin seilebilir bir listesi bulunur CS ChemDraw

(*.CHM), REACCS RxnFiles (*.RXN), ISIS/Sketch (*.SKC) ve muhtemelen dierleri bundan sonra ACD yazlmlar ile otomatik olarak almasn istedikleriniz gzkecektir. Byle bir durumda, eklemek istediiniz dosya biimlerine ait onay kutularn iaretleyerek Evet (Yes) dmesini tklayn.

3. ChemSketchin listelenen dosya uzantlarn otomatik olarak altrmasn istemiyorsanz, veya emin deilseniz, onay kutularn bo brakp Hayr (No) dmesini tklaynz.

4. Bundan sonra, okuduktan sonra kapatabileceiniz Gnn pucu (Tip of the Day) kutusunu greceksiniz.

2.3.1 Dosya likilendirmenin Deitirilmesi Btn biimleri semediyseniz, varsaylan dosya ilikilendirmesi her an Dosya (File) mensnden Dosya likilendirme (File Association) seilerek grlebilir ve gerekiyorsa deitirilebilir. Btn biimleri setiyseniz, btn desteklenen dosya trleri zaten bu uygulamayla ilikilendirilmitir (all supported file types are already associated with the current application) mesajn alacaksnz. Bu durumda, dosya ilikilendirmeyi deitirmek iin Windows Gezgini (Explorer) kullanabilirsiniz.

1. Windows Gezginini an, ve ilikilendirmesini deitirmek istediiniz bir dosya uzants seiniz.

2. SHIFT tuunu basl tutarak dosyay sa tklaynz. Alan mende Birlikte A (Open With...) seeneini seiniz.

3. Dosyay amak iin kullanlacak uygulamay seerek Her zaman bu program kullan (Always use this program) onay kutusunu iaretleyiniz.

4. Tamam (OK) dmesine tklayarak Windows Gezginini kapatnz.

2.4 Varsaylan Dizinlerin Deitirilmesi ChemSketchin tek kullancl (stand-alone) kopyasn kullanyorsanz, varsaylan dizin ayarlar olduka kullanldr. A kopyasna sahipseniz, varsaylan dizin ayarlarn ACD/Labs yazlmlarndan, alma durumunun kaydedilmesi iin varsaylan src kullancnn yerel sabit disk srcs olacak


16

ekilde (uzak sunucu olarak deil) deitirmeniz nerilir. Snrl veya snrsz sayda konum iin yerel eriim oluturduktan sonra, her yerel kurulumda aadaki ilemleri uygulaynz: 1. ChemSketch penceresinde, Seenekler (Options) mensnde, Tercihler (Preferences)

komutunu seiniz. 2. Genel sekmesini tklaynz. Sekmenin altnda bulunan varsaylan kutusunda, ChemSketch

penceresinde bulunan Al (Import), A (Open), Kaydet (Save), Aktar (Export) iletiim kutular aldnda gidilecek olan dizini belirleyiniz:

Not zel (Private) kutusunda ChemSketch programnn ayarlarn kaydetmek iin kullanlacak

dizini belirleyebilirsiniz (rnein, template.cfg ve grsyles.stl dosyalar gibi). Tamam (OK) dmesini tklaynz.

2.5 Yap (Structure) ve izim (Draw) Kipleri

ACD/ChemSketch baladnda, pek ok men komutlarnn ve ara ubuu dmelerinin soluk grnml (seilemez) olduunu greceksiniz. Bir yap izer izmez, bunlar kullanlabilir hale gelecektir.

ChemSketch penceresinde, Yap (Structure) ve izim (Draw) kipi bulunmaktadr. Bunlar arasnda deimek iin ekrann sa stndeki dmeleri kullanabilirsiniz:

Yap kipinde kimyasal yaplar ve reaksiyon emalar izilebilirken, izim kipinde metin girme ve eitli grafik nesneleri izme olana sunulur.


17

2.5.1 Yap Kipi Ekran Dzeni

Aada Yap Kipindeki ekran grebilirsiniz. Ara ubuklarnn isimleri ve konumlar, btn Klavuz boyunca kullanlacak ve aada tantlacaktr.

Title barMenu bar

Status barColor Palette

Structure toolbar

ChemBasic toolbar

General toolbar

Workspace

Atomstoolbar

Referencetoolbar

Balk ubuu (Title Bar) programn ve o anda ak olan dosyann adn gsterir. Varsaylan dosya ad NONAMExx.SK2 olup xx saya numarasdr. Men ubuu (Menu Bar) bir sra szck ierir. Her szck Yap kipindeki ChemSketch penceresinde almak zere belirli komutlarn bulunduu bir listeye (men) baldr. Genel ubuk (General toolbar) men ubuunun altnda ve hem Yap, hem de izim kiplerinde bulunmakta olup eitli ablonlarn eklenmesi olduu kadar dosyalar kaydetme ve ykleme, ilemleri geriye alma/yineleme, kopyalama ve yaptrma ile grnty bytme ve kltme gibi her iki kipte de ihtiyacnz olacak grevlerde size yardmc olacak dmeler ierir. ChemBasic ara ubuu Genel ara ubuunun altnda istee bal olarak konabilir ve Hediyeler (Goodies) veya dier ChemBasic uygulamalarn ierir. Daha fazla bilgi iin Blm 13e baknz. Yap ara ubuu yalnzca Yap kipinde, alma alannn hemen stnde bulunur. Burada kimyasal yaplarn izilmesi ve deitirilmesi iin aralar mevcuttur. Atom ara ubuu ekrann solunda yatay olarak yerletirilmi olup atomlar temsil eden dmeleri olduu kadar, atom zelliklerini (yk, deerlik, numaralama gibi) deitiren aralar da ierir. Bavuru ara ubuu pencerenin sanda yerlemitir ve burada Radikal Tablosu ve buradan alm olduunuz hazr radikalleri temsil eden eitli dmeler bulunur. ACD/Szlke de bu ara ubuundan eriebilirsiniz. alma alan yaplarn izildii ortadaki ak alandr (rnek gsterilmitir). Renk Paleti seilen atomlar ve balar abucak renklendirmenize yardmc olur (renklerin zerine sol veya sa tklayarak). Durum ubuu u anda almakta olduunuz SK2 dosyasnn o anlk ismini, SK2 dosyasndaki sayfa numarasn, alma alanndaki ksmlarn (fragment) says, seilmi yapnn molekl forml ve bilinen kimyasal zelikleri yannda otomatik I-Lab eriimi iin bir dme de ieren faydal olabilecek bilgiler ierir.


18

2.5.2 izim Kipi Ekran Dzeni Aada izim Kipi seilmi durumdaki ekran grebilirsiniz. Btn klavuz boyunca kullanlacak olan ara ubuklarnn adlar ve konumlar aada tantlmtr.

Title barMenu bar

Status barColor Palette

Editing toolbar

ChemBasic toolbar

General toolbar

Workspace

Drawingtoolbar

Balk ubuu programn ve o anda ak dosyann adn gsterir. Varsaylan dosya ad NONAMExx.SK2 olup xx saya numarasdr. Men ubuu bir seri kelime ierir. Her kelime izim kipindeki ChemSketch penceresinde almak iin ilgili komutlarn bulunduu bir listeye (men) baldr. Genel ara ubuu menu ubuunun hemen altnda yer almakta olup hem Yap, hem de izim kiplerinde mevcut aralar ierir. Buradan eitli ablonlarn eklenmesi olduu kadar dosyalar kaydetme ve ykleme, ilemleri geriye alma/yineleme, kopyalama ve yaptrma ile grnty bytme ve kltme gibi her iki kipte de ihtiyacnz olacak grevlerde size yardmc olacak dmeler bulunur. ChemBasic ara ubuu Genel ara ubuunun altnda yer alr ve istee baldr. Hediye ve dier ChemBasic uygulamalar buradan altrlr. Daha fazla bilgi iin Blm 13e gz atnz. Dzenleme ara ubuu Genel ara ubuunun altnda ve yalnzca izim kipinde mevcut olup, izilmi grafik nesnelerinin dzenlenmesi ve deitirilmesi amacyla kullanlan aralar bulundurur. izim ara ubuu ekrann solunda dikey olarak yerletirilmi olup eitli grafik nesneleri oluturmanz ve metin girmenizi salayan dmeler ierir. alma alan grafik nesnelerinin izildii ve yaznn yazld, ortadaki bo alandr. Renk Paleti alma alannn altnda bulunur ve seilen nesnelerin hzlca renklendirilmesi iin kullanlr (seim iin renklerin zerine sol veya sa tula tklanr). Durum ubuu o anda faydal olabilecek bilgiler ierir: allan dosyann ismi, belgenin durumu ve sayfa numaras.

2.6 ChemSketchten k Programdan aadaki yollardan herhangi biriyle kabilirsiniz:

herhangi bir pencerede balk ubuunun sa st kesinde bulunan simgesine


19

tklayarak;

- VEYA -

ACD/Labs mensnden Tmn Kapat (Close All) seenei ile. Bu o anda ak btn ACD programlarn birbiri ardndan kapatmaya alacaktr.

- VEYA - Dosya mensnden k seiniz. Bu yalnzca o anda ak ACD programn kapatacaktr.

kmak istediiniz pencereye bal olarak, almanz uygun dosya trlerinde kaydetmenizi bildiren bir mesaj alacaksnz.


20

3. Basit Yaplarn izilmesi

3.1 Amalar

Bu blm yalnzca Yap Kipinde mevcut olan yap iziminin temellerini gz nne almaktadr. Bu blmn amac ChemSketchin kimyasal izim zelliklerine ksaca gz atmanz salamaktr. Bu blmde aada anlatlan konularn nasl yapldn reneceksiniz:

atomlarn, balarn (tek, ift, l; yakn-uzak2; koordinasyon, belirsiz) ve etiketlerin izilmesi;

izilmi bir molekl yapsnn evrilmesi; izilmi yaplarn seilmesi, dndrlmesi ve boyutlandrlmas; yapy bir dosyaya, belgeye veya yazcya gnderme; ve ekran temizleme.

ChemSketch alma alannn temel ilevi balarn ve atomlarn izilmesidir. Aada belirtilen ilemlerin yaplabilmesi iin Yap Kipinde olduunuzu denetleyin:

3.2 Atomlarn, Balarn ve Etiketlerin Eklenmesi

3.2.1 Normal izim Aracnn Kullanlmas

Program baladnda Normal izim arac varsaylan aratr. Bu kipte normal veya dallanm zincirler izebilir ve Elementlerin Periyodik Tablosundan seeceiniz dier atomlarla seili atomlar deitirebilirsiniz.

1. Yap ara ubuunda Normal izim aracnn ve Atom ara ubuunda da Karbon atomunun seili olduundan emin olunuz.

2. Bolua tklayarak CH4 yaznz. 3. CH4n zerine tklayarak bir CH3 grubu ekleyiniz, bylece standart ba uzunluunda CH3-

CH3 molekl meydana gelecektir. Ayn atom zerine iki kere daha tklayarak u molekl

elde ediniz: CH3CH3

CH3

4. Yap ara ubuundan Ba Dey Yap dmesine basnz ve yapdaki herhangi bir ba

zerine tklayarak yapnn u ekilde dnmesini salaynz: CH3CH3

CH3

5. Yap ara ubuundan Normal iz dmesine basnz..

6. En sadaki Karbon atomuna tklayarak u ekli oluturunuz: CH3

CH3

CH3

2 Stereokimyada kullanlan, gr eksenine yakn ve uzak ba terimleri ngilizce kimya literatrnde wedge olarak adlandrlmaktadr (.N.).


21

7. Yukardaki adm tekrarlayarak aadaki yaplar elde ediniz:

CH3

CH3

CH3

,

CH3

CH3

CH3

,

CH3

CH3

CH3

and CH3

CH3 CH3

3.2.2 ift ve l Balar

1. izilen son yapda ba zerine bir kere tklayarak buraya bir ifte ba oluturunuz:

CH3 CH2

CH3 2. Buraya bir kere daha tklayarak ba l ba haline getiriniz:

CH3 CH

CH3 3. l ban zerine bir kere daha tklayarak l ba tek ba haline dntrnz.

3.2.3 Atomlar Teker Teker Silme

ok fazla atom ilave ettiyseniz, her seferinde bir kere olmak zere bunlar silebilirsiniz.

1. Sil dmesine tklayn.

2. Molekllerinizin atomlarndan bir ka tanesine tklayarak bunlar zerinde silme altrmas yapn.

3.2.4 Geri Al Komutu

nemli bir baka ilem de, yapmam olmay istediiniz bir deiiklikten kendinizi kurtarmaktr. 1. Geri Al dmesini tklayn. Bu en son deiikliinizden nce ChemSketch ekrannda

olanlar aynen geriye getirir. Not Geri Al tuu baslr baslmaz, Yenile tuu (yanndaki) da aktif hale gelir. 2. Geri Al tuuna birka kere daha basarak aada gsterilen yapya tekrar ulanz:

CH3

CH3

CH3

Geri Al komutu 50 kereye kadar uygulanabilir. Daha karmak molekller veya grafik nesneler izmeye baladnzda, ok sayda deiiklik yapmadan nce almanz bir dosyaya kaydetme alkanln kazanmanz neririz.

3.2.5 Atom Deitirme 1. Elementlerin Periyodik Tablosunu amak iin Atom ara ubuunda bulunan Periyodik

Tablo dmesine tklaynz:


22

2. Elementlerin Periyodik Tablosunda Fluor atomuna tklaynz. Fluor atomunun Atom ara

ubuunda ortaya ktna dikkat ediniz.

3. En soldaki Karbon zerine tklayarak Fluor atomu ile deitiriniz: CH3

F CH3

Not Elementlerin Periyodik Tablosundan yeni elementler setiinizde, karlk gelen elementler otomatik olarak Atom ara ubuuna yerleir. Bu dmeleri Atom ara ubuundan silmek iin, silmek istediiniz dme zerine ift tklayarak EvetI seiniz. Bu ekilde varsaylan atom dmeleri dndakiler istendii zaman silinebilir.

3.2.6 Srekli izim Aracnn Kullanlmas

Srekli izim arac aktifken, balar yalnzca seilmi olan atomdan izilebilir. Bir atomu semek iin zerine tklaynz. Bu kip, seilmi bir atomdan yeni atomlar kartmak iin ok uygundur.

1. Yap ara ubuundan Srekli izim dmesine tklaynz 2. Ya da, bu izim kipine gemek iin farenin sa tuuna basabilirsiniz.

3. Atom ara ubuunda Fluor atomunun seili olduundan emin olunuz.


23

4. En sadaki karbon zerine tklayarak onu seiniz. kinci kez tkladnzda setiiniz karbondan bir fluor atomu kacaktr. nc bir kez tklayarak, ikinci bir fluor atomunu yerletiriniz:

F

CH3

F

F

3.2.7 Fareyle Srkleme

ster Normal izim , ister Srekli izim aracn kullann, fareyi bir atomdan dierine srklediinizde ikisi arasnda tekli bir ba oluacaktr.Bo bir yere veya bo bir yerden tkladnz zaman ise, yeni bir atom izilmi ban bana veya sonuna eklenmi olur.

Normal izim veya Srekli izim aralarndan biri aktifken, fare imlecini terminal (utaki) karbon atomlarnn birine gtrdkten sonra dier u karbona srkleyerek aadaki yapy iziniz:

FF

F

3.2.8 Yapnn Dzeltilmesi

Yap ara ubuundaki Dzelt dmesine basarak izilmi yapdaki btn ba uzunluklarn ve alarn standartlatrp aadaki yapy elde ediniz:

F

F

F

Not Dzelt komutu btn ba uzunluklarn ve alarn yalnzca yapnn gzel grnmesi iin

standart hale getirmez izilmi yaplarn kimyasal olarak doru olmasn da salar. rnein asiklik (halkasz) ksmlarda, sp2 karbonunun yaknndaki balar 120 ayla, sp karbonunun yaknndaki balar da 180 ayla (izgisel) yerletirir. Geometrik veya stereo izomerler izerseniz, Dzelt komutu yapsal anlamlln korumak kaydyla ba uzunluk ve alarn standartlatracaktr.

3.2.9 Stereo, Koordine and Belirsiz Ba Aralarnn Kullanm

Sradan balarn yannda, geni bir ba eidini de kullanabilirsiniz:

sizden uzakta yerleen stereo balar ; size doru yerleen stereo balar ; koordinasyon balar ; ve belirsiz balar .

Bu aralardan herhangi birini seerek, izilmi yapnn herhangi bir ba zerine tklaynz. Stereo veya koordine balarn zerine tklayarak ynlerini deitirebilirsiniz.


24

3.2.10 Atom Etiketlerinin Dzenlenmesi

Atom Etiketi Dzenle arac u atomlar ksaltmalara dntrmenize olanak tanr. 1. Atom ara ubuu zerindeki Atom Etiketi Dzenle ara ubuuna tkladktan sonra izilen

yapda en sada bulunan fluor atomuna tklaynz. 2. Etiketi Dzenle iletiim kutusunda, (CH2)3Ph yazarak Gir (Insert) tuuna basnz. .Etiketin

istenilen konuma girildiini ve rakamlarn otomatik olarak alt indis haline geldiine dikkat ediniz:

F

F

(CH2)3Ph

3. Konum Deitir aracna tklayn ve etikete tklayarak onu evirin:

F

F

Ph(H2C)3

pucu Konum Deitir arac aktifken bir etiket zerine SHIFT tuuna basl tutarken

tklarsanz, etiketin balant noktas deitirilecektir

4. Atom Etiketi Dzenle arac aktifken elde edilen ksaltma etiketinin zerine tkladktan sonra alan Etiketi Dzenle diyalog kutusunu bir kere daha anz. Genilet (Expand) dmesine basarak, aadaki yapy elde ediniz:

F

F

3.2.11 Zincir izme Arac

Zincir iz aracyla, kolaylkla ksa veya uzun zincirleri tek bir tklama ve fare srkleme ile izebilirsiniz.

1. Yap ara ubuunda bulunan Zincir iz dmesine tklayp fare imlecini aada okla gsterilen atoma gtrnz:


25

FF

2. Farenin tuuna basarak sol tarafa srkleyiniz. Yapdan uzaklatnzda, karbonlu bir zincir

oluacaktr. Fare imlecinin yanndaki karbon sayacnn (C #) ilave olunan ya da kan her karbon zinciriyle artt veya azaldna dikkat ediniz. Saya C 8e ulaana dek devam ediniz, ardndan farenin tuunu brakarak zinciri bitiriniz:

FF

CH3

3. Zincir iz arac aktifken Atom ara ubuu zerinden Fluor dmesine basnz ve en soldaki CH3 grubu zerine kere tklayarak adet fluor atomu kartnz. Ardndan Yap ara ubuundaki Dzelt dmesine basarak aadaki yapy elde ediniz :

F

F F

F

F

3.3 Yaplarn evrilmesi

Btn yapy, tek bir dme tklamasyla dndrebilir veya evirebilirsiniz. Kafein moleklnde ember iine alnm ba zerinde, ilk ilemi deneyiniz:

N

N

N

NO

O

CH3

CH3

CH3

Son iki ilemi, molekl setikten sonra deneyiniz.


26

Dme levi Sonu

Bu dmeyi seiniz ve ba zerine tklayarak, ban yatay yerlemesini, dolaysyla geri kalan ksmlarn uygun olarak dnmesini salaynz.

N

N

N N

O

OCH3

CH3

CH3

Bu dme seildiinde ve ba zerine tklandnda, ba ve yapnn geri kalan ksm yatay olacak ekilde dner.

N

N

N

N

O

O

CH3

CH3

CH3

Yapy tklanan ba etrafnda evirir.

N

NN

N

O

O

CH3

CH3

CH3

ncelikle btn molekl (veya ksm) seiniz. Bu dme seilmi yap veya ksm (hibirey seilmemise, btn izilmi yaplar) stten alta doru evirir.

N

N

N

NO

O

CH3

CH3

CH3

nce btn yapy (veya ksm) seiniz. Bu dme seilmi yap veya ksm (hibirey seilmemise, btn izilmi yaplar) soldan saa doru evirir. N

N

N

N O

O

CH3

CH3

CH3

nemli evir arac stereo yaplandrmasn deitirebilir. Bunu kontrol etmek iin,

Seenekler mensnden Tercihler ksmn seerek Yap sekmesine geiniz. Panonun altnda Stereo Yaplandrmasna Devam Et alan bulunmaktadr:

Bu, programn molekln gerek 3D yerleimini hatrlayp hatrlamayacan kontrol eder. evirmelerin seili olmasn neririz. Byle bir durumda, nceki molekl ile evrilmeden sonraki molekl, gsterimi farkl olmakla beraber, birbirinin tamamen aynsdr:

Cl

CH3

BrH

Cl

CH3

BrH

Yes

Hayr setiyseniz, evrilmeden nceki ve sonraki molekller birbirinin enantiyomeri olurlar:

Cl

CH3

BrH

Cl

CH3

BrH

No


27

3.4 Seme, Dndrme ve 3D Dndrme

Atomlar, balar ve ksmlar, ikinci sra tularn kullanarak, iki farkl yolla seebilirsiniz, Biraz vakit ayrp u ana kadar izdiiniz molekller zerinde aadaki kipleri deneyiniz:

Kement Seici veya Dikdrtgen Seici .

Ksm(lar) seildikten sonra, bunlar ekilde hareket ettirebilirsiniz:

Ta , Dndr/Boyutlandr , 3D Dndr ,

ya da zerinde bir veya daha fazla ilem yrtebilirsiniz:

Sil , 3D En yiletirme , veya

2D En yiletirme (ya da Dzelt) .

3.5 k Bir veya daha fazla yap izer izmez, bunlar bir dosyaya kaydedebilir, yazdrabilir, ya da MS Word, Excel gibi dier uygulamalar iine ekleyebilirsiniz. izilmi yap(lar)nz I-Lab hizmetlerini denemek iin de kullanabilirsiniz (Blm 4e baknz).

3.5.1 ChemSketch (SK2) Dosyasnn Kaydedilmesi

nceki blmlerde oluturulan yaplar bulunan belgeyi bolum3.sk2 olarak adlandracamz varsaylan zel ACD biimi 3 eklinde kaydedelim.

1. Dosya mensnden KaydetI sein. 2. Gelen iletiim kutusunda, dosyann adn ve hangi dizine konacan belirleyin. Tamam

tklayn.

3 SK2 dosya biimine dair ayrntlar http://www.acdlabs.com/download/#misc adresinden bulunabilecek olan SK2 format belgesinde anlatlmtr.


28

3.5.2 Bir Yapy MDL Molfile Biiminde Kaydetme

Pek ok program tarafndan paylalan standart biimlerden biri de MDL, Inc. tarafndan gelitirilen molfile biimidir. Bu biimin yalnzca molekl yapsn kaydedeceini, grafikleri ve metinleri kaydetmeyeceini unutmaynz.

1. Molfile olarak kaydedilmesini istediiniz yapy seiniz. 2. Dosya mensnden Aktar komutunu seiniz. Alan iletiim kutusunun altnda MDL

Molfiles (*.mol) biiminin seili olduundan emin olunuz:

3. Dosya ad ve dizini belirleyip Tamam tuuna basnz. Not ACD/ChemSketchin 5.0 srm aadaki dosya biimlerine aktarma yapabilir:

ISIS/ Sketch (*.skc), REACCS Rxnfiles (*.rxn), CS ChemDraw CHM-file (*.chm), CML file (*.cml) - Yeni!, Adobe Acrobat (*.pdf) - Yeni!, Windows Metafiles (*.wmf), Windows Bitmap (*.bmp, *dib), Paintbrush (*.pcx), TIFF Bitmaps (*.tif), GIF Bitmaps (*.gif), MDL MOL-File (*.mol).

3.5.3 Yazdrma 1. Balamadan nce sayfa dzeni ayarlarn kontrol etmek isteyebilirsiniz. Dosya mensnden

Sayfa Yaps seeneiyle sayfa iin kat boyutu, hizalama ve kenar boluklarn ayarlayabileceiniz ve isterseniz poster gsterimi iin seenekler bulunan bir iletiim kutusu alr.


29

2. Tamama basarak ayarlar kaydediniz.

3. Tam Sayfa dmesine basarak sayfann yazdrlnca nasl gzkeceini grnz.

4. Gerekiyorsa sayfadaki nesneleri tayarak dzgn bir ekilde ayarlaynz.

5. Dosya mensnden Yazdr seerek veya simgesine tklayarak, ka kopyann yazdrlacan ayarlayabileceiniz Yazdr iletiim kutusunu grntleyiniz, Tamam a basarak yazdrma ilemini balatnz.

3.5.4 Yapnn Bir Belgeye Aktarlmas

Bazen ChemSketch dndaki uygulamalarda yazlm raporlarnza yaplar ilave etmek isteyebilirsiniz (rnein, Word belgesi, Excel izelgesi gibi).

1. stenen yapy veya yaplar seiniz.

2. Seimi Panoya kopyalamak iin, Kopyala tuunu tklaynz.

-VEYA- Dzen mensnden Kopyala komutunu seiniz. -VEYA- Klavyenizde CTRL+Cye basnz.

3. Yapnn veya yaplarn eklenecei uygulamaya geerek bu uygulamann Yaptr ilevini kullannz.

ChemSketchten kopyalanan yaplar Microsoft Excel gibi uygulamalara yaptrrken, yap rakamlar ve ekiller dizisi eklinde (MDL molfile gibi) grnebilir. Yapnn bir resmini koymak iin, yaptrma yapacanz uygulamann zel Yaptr (Paste Special) zelliini kullannz. Yaptrma seenekleri arasnda ACD ChemSketch 2.0 Nesnesi veya Resimi seiniz. Birincisi yapy, deitirmek istediinizde zerine ift tklayarak ChemSketchi aabileceiniz bir OLE nesnesi olarak ekler.

3.6 Ekrann Temizlenmesi

Ekran temizlemek iin, aadakilerden birini yapabilirsiniz:

Yeni bir belge amak iin, Dosya mensnden Yeni komutunu seiniz. st sol tarafta bulunan dmelerden Yeni Sayfa dmesini tklayarak yeni bir sayfa

ilave ediniz . Dzen mensnden Tmn Sei tklayarak Sil komutunu seiniz. Genel ara ubuundaki Sil dmesini tklayn. izilmi yaplardan uzakta bo bir yere

tklayarak btn yaplar setikten sonra herhangi bir yap zerine tklayarak btn ekran silin.

4. ACD/I-Laba Balarken

4.1 Amalar

ChemSketchte nasl molekl izeceinizi rendiinize gre, onlarla baka neler yapabileceinizi gstermek isteriz! Bu blm ChemSketch arabirimi zerinden I-Lab (Etkileimli Laboratuarn ksaltmasdr) ile almann temel zellikleri hakknda bilgi verecektir. Burada btn seenekler ve ilevler detayl olarak anlatlmayacak, yalnzca hazr olmanz salayacaktr. reneceiniz konular:

ACD/I-Labn tanm ve bu hizmeti kullanmak iin yapmanz gerekenler; Gvenlik duvar veya proxy ile nternete balandnzda seenekleri nasl ayarlamanz

gerektii; I-Laba misafir olarak nasl eriebileceiniz; Gsteri izninin ne olduu ve nasl elde edilecei; I-Laba nasl kayt yaplaca; Hesabnzn nasl aktifletirilecei; Nasl giri yaplaca, ve Bir zelliin nasl hesaplanacadr.

rnek hesaplama olarak Bedava IUPAC simlendirme hizmetini kullanacaz.

4.2 Genel Bak ACD/I-Lab ACDnin kimyasal veritabanlarna ve zellik tahmin programlarna ulamanz salayan nternet tabanl bir hizmettir. I-Lab cretli ve cretsiz hizmetler ierir. I-Laba kayt ve yelik cretsizdir. ACD/I-Lab kaynaklarn ChemSketch ile kullanmak iin, elinizde olmas gerekenler:

ChemSketch kurmu olduunuz bilgisayarda dorudan nternet balants (en azndan http://www.acdlabs.com ve http://www2.acdlabs.com adreslerine),

Bir e-posta adresi, I-Lab eklentisi yklenmi durumdaki ChemSketch srm 4.0 veya daha yksei.

I-Lab eklentisi zaten mevcutsa, ChemSketch baladnda, standart ChemSketch arabiriminde men ubuunda ilave olarak I-Lab mens bulunur:


31

bundan baka, durum ubuunun sol parasnda bulunan I-Lab Giri dmesi de mevcut olur (giri yapar yapmaz, bu dmenin yerini I-Lab dmesi alr):

ACD/ChemSketch 5.0 satn aldysanz, I-Lab eklentisi byk ihtimalle mevcuttur (yazlmn normal kurulumunda, I-Lab da kurulacak ekilde ayarlanmtr). I-Lab mensn gremiyorsanz, rnein ChemSketchin bedava srmn kullanyorsanz, ya da satn aldnz kopyada I-Labn kurulmamasn istediyseniz, eklentiyi http://www.acdlabs.com/download/ilab_addon.html adresinden bedava indirebilirsiniz. ndirdiiniz eklentiyi, ChemSketchin kurulmu olduu dizine kurmanz gereklidir.

4.3 Balant Seenekleri Bilgisayarnzn nternete snrsz eriimi varsa, ltfen bu blm atlayarak bir sonrakine geiniz. Bilgisayarnz gvenlik duvar veya proxy sunucusu ile korunan bir a zerinden balanyorsa, I-Laba erimek iin ChemSketchi kullanmadan nce baz ilave ayarlar yapmanz gerekecektir. 1. Aada gsterildii gibi, I-Lab mensnden Seenekler ksmna giriniz

2. Anz iin Host Name of HTTP Proxy: ve Port: kutularn doldurunuz. Bu bilgiler a

yneticinizden elde edilebilir. Request failed (403) veya Request failed (407) (stek reddedildi) biiminde hata mesaj aldysanz, I-Laba korunan proxy sunucusu ile balanamazsnz anlamna gelir. Proxy sunucusu kullanc kimlik dorulamas gerektirir (kullanc ad ve ifre girilmelidir). Ne yazk ki, u anda kullanmda olan ChemSketch iin I-Lab eklentisinde bu sorun iin bir zm bulunmamaktadr. Bu durumda I-Laba yalnzca bir Web taraycs kullanarak balanmanz gerekmektedir. Tarayclarn ou gerekli zellikleri iermektedir. Uygun proxy kimlik dorulama zelliinin daha sonra tasarlanacak Chemsketch srmnde bulunmasna allmaktadr.


32

4.4 Misafir Eriimi I-Labn nasl altn grmek iin en hzl yol Misafir Eriimini kullanmaktr. Bu durumda kayt olmanz gerekmez. Misafir Kullanc olarak, mevcut hizmetlerin adlarn grebilmekle beraber, yalnzca Bedava IUPAC simlendirme hizmetini kullanabilirsiniz.

1. I-Lab mensnden Oturum A komutunu seiniz. VEYA durum ubuunda I-Lab Oturumu A dmesine tklaynz (aaya baknz).

2. Alan iletiim kutusunda, Misafir Oturumu A dmesini tklaynz.. 3. Hogeldiniz mesaj grlene dek bir sre bekleyiniz (nternet balantnzn hzna gre

deiir). 4. letiim kutusunu kapatmak iin Tamam tuunu tklaynz (ya da, I-Labdan en son haberleri

grmek iin Haberler dmesini tklayabilirsiniz). Bylece mevcut hizmetleri grebilirsiniz (durum ubuundaki I-Lab dmesini tklayn veya I-Lab mensn sein). Bedava IUPAC simlendirme hizmetini kullannz.

4.5 Hesaplamalarn Yaplmas

Oturum aar amaz (kaytl veya misafir olarak), hesaplamalara balayabilirsiniz. Bu blmde sunduumuz Bedava IUPAC simlendirme hizmetinin nasl kullanlacan anlatacaz. ncelikle, isminin oluturulaca bir yap iziniz.

1. Yap kipinde olduunuzu kontrol ederek, Blm 3te tantlan ChemSketch aralarn kullanmak suretiyle ilgilenen yapy iziniz. rnein,

N

OO

OH

F

CH3 2. Bir sayfada birden fazla izilmi yap mevcutsa, isimlendirmek istediinizi seiniz. 3. Oturum atnzdan emin olunuz. Durum ubuunun sol tarafn kontrol ediniz: I-Lab dmesi

bulunmal ve trafik klar soluk gzkmelidir: Oturum amadan nce: Oturum atktan sonra:

Not Hesabnzda mevcut olan para miktarn gsteren kutu (siyah olarak gsteriliyorsa) veya

borcunuz olan miktar (saryla iaretlenmise), Site Lisans veya Misafir Kullanc olarak balysanz gsterilmez.

4. I-Lab dmesini tklayn ve alan men listesinde Naming > IUPAC Name Free seeneini iaretleyin:


33

5. Baka parametreye ihtiya olmadn bildiren bir iletiim kutusu grnecektir (Dier zellikler iin, bu iletiim kutusu dier bilgileri veya seenekleri ierebilir)

6. Tamam tkladktan sonra size talebinizi onaylamak ve creti gstermek iin yeni bir iletiim kutusu alr (u andaki rnekte bedava yazacaktr).

7. Eveti tklayn. Talebiniz ilem grr grmez, sonular ieren iletiim kutusu grnr:

Not ACD/I-Lab Seenekleri iletiim kutusunda (I-Lab mens > Seenekler) Geldiinde

sonular gster onay kutusu iaretli deilse sonularn olduu iletiim kutusu grntlenmez, ancak sonular Grev Yneticisi zerinden (I-Lab mens) grebilirsiniz..

8. Oluturulan isim zerine bir rapor oluturmak iin, Ekle dmesini tklayn. izilen yap, oluturulan isim, ve I-Lab hesaplama bilgileri ChemSketch penceresinde ayr bir sayfa halinde gsterilir:


34

Not I-Lab hesaplamasna bir makalede atfta bulunmak iin, kt sayfasnda bir cmle nerisi

bulunmaktadr. 9. nceki yap sayfasna dnmek iin, durum ubuunda (altta) bulunan ok tularn kullannz.

4.6 Gsteri zinleri Misafir eriimi ve IUPAC Bedava sim hesaplamas boyunca grdkleriniz hounuza gittiyse, bir adm daha atnz: gsteri izni. Gsteri izinleri I-Lab hizmetlerini snrl bir sre iin denemenize msaade eder. Bu gsteri dneminde, btn I-Lab hizmetlerinden cretsiz olarak yararlanabilirsiniz. Gsteri sresi sona erdiinde, yaplacak gezintiler ilem bana cretlendirilecektir Gsteri izinleri iki haftalk (14 gn) bir sre iin geerlidir. Datc veya sat temsilcisi, gsteri iznini mterisi adna daha uzun bir sre iin talep edebilir. Bu gibi durumlarda dorudan I-Lab yneticisine dannz. Gsteri izinlerinin I-Lab Yneticisi tarafndan oluturulma zorunluluu vardr. Bir gsteri izni istei geldiinde, devreye bir yetkilimizin girmesi gerekmektedir. Bu ilem, hesap aktifletirme izni oluturma gibi otomatik bir ilem deildir. Her hesap iin hesabn ald yl ve yalnzca bir kere gsteri izni hakk vardr. Doal olarak, gsteri izinleri yalnzca yeni alm hesaplara verilmektedir. Gsteri izinleri iin istekte bulunmak gerekmekte olup otomatik olarak uygulanmazlar. Gsteri izinlerinin yalnzca bir kere uygulanmas gereklidir! Gsteri eriiminin kazanlmas iin her defasnda girilmesi gerekmez. Hesaba baaryla uygulandktan sonra, kullancnn yalnzca normal olarak oturum amas gerekir. Bir I-Lab hesabna gsteri izni uygulamak konusunda sorunlar yaanyorsa, I-Lab yneticisi bizzat hesap iin gsteri dnemini balatabilir.


35

4.6.1 Gsteri znini Elde Etme 1. I-Labta oturum amadnzdan emin olun. Amsanz, I-Lab mensnden Oturumu Kapat

seeneini iaretleyiniz. 2. I-Lab mensnden Gsteri zni ste komutunu seiniz. Varsaylan posta ilemciniz

standart istek mesajn oluturmak zere devreye girecektir. Mesaj okuyunuz, gerekli bilgileri giriniz, ve gnderiniz.

Not Posta ilemcisi otomatik olarak balamazsa, kendiniz [email protected] adresine, konusu rnein Send me a Demo Key (Bana Gsteri zni Gnderin) olan bir ileti hazrlayarak, isminizi ve telefon numaranz yaznz. Ltfen, gsteri iznini isterken, I-Labn ticari bir hizmet olduunu ve gsteri sresi bitiminde yaplacak ilemlerin cretlendirileceini onayladnz unutmaynz..

3. Bir sre sonra, muhtemelen ertesi alma gnnde, iinde Gsteri zni Eriim Anahtar (Demo Access Key) bulunan bir ileti alacaksnz. Bu mesajda, anahtar nasl altracanza dair ynergeleri de bulacaksnz.

4.7 Kayt

I-Labn ticari hizmetleriyle alabilmek ve Gsteri znini kullanabilmek iin, ncelikle I-Laba kayt yaptrmal ve sonra da kendinize ait bir hesap amanz gerekmektedir.

1. I-Laba Misafir olarak oturum atysanz, I-Lab mensnden Oturumu Kapat seiniz. 2. I-Lab mensnden I-Lab Kayt komutunu altrnz. Aadaki iletiim kutusu grnecektir:

3. Elinizde Gsteri izni mevcut deilse (daha fazla bilgi iin Blm 4.6ya baknz),

Gsteri iznimi kullanmak istiyorum (I want to use my Demo Key) onay kutusunu temizleyerek Tamam tuunu tklaynz.

Not Gsteri zninizi kullanmak istiyorsanz, ilgili onay kutusunu iaretleyiniz. Bu durumda aada tarif edilen kayt ilemi biraz deiecektir: Gsteri zninizi belirtmenizi belirten baz ilave iletiim kutular alacaktr.

4. Alan lisans anlamasn okuyunuz ve koullar kabul ediyorsanz Kabul seeneini tklaynz


36

5. Sonraki iletiim kutusu ACD Web sitesinde kaydnzn olup olmadn soracaktr. Ticari hizmetleri kullanacaksanz, Web sitesine salam olduunuz kiisel bilgiler yeterli olamayabilecei iin, kaytl dahi olsanz Hayr seeneini semeniz tavsiye edilir. Ardndan Tamam seeneini tklaynz

6. Kiisel bilgilerinizi gireceiniz ACD/I-Lab Hesap Kayt Formu ekrana gelir. Krmz nokta ile

iaretlenmi olan eler gerekli olan bilgilerdir:

7. Kiisel bilgilerinizi girdikten sonra Tamam tkladnzda, ifrenizi yeniden girmeniz istenecek

ve az nce girdiiniz bilgiler gsterilecektir. Yazlan bilgileri kontrol ederek, herey doru ise Tamam tuuna basnz.


37

8. Yazm olduunuz e-posta adresine, otomatik olarak bir e-posta mesaj gnderilecektir. Gelecek olan mesajn konusu Your ACD/I-Lab activation key (ACD/I-Lab aktifletirme izniniz) olacak ve iinde kullanc adnz ve ifreniz hatrlatlmak kaydyla aktifletirme izniniz bulunacaktr.

4.8 I-Lab Hesabnz Aktifletirme Kayt olduktan ve aktifletirme izninizi aldktan sonra, hesabnz aktifletirmeniz gereklidir.

1. I-Lab mensnden Hesab Aktifletir seenei ile aadaki iletiim kutusu gsterillir:

2. Kullanc adnz ve e-posta mesajnda bildirilen aktifletirme iznini giriniz. Aktifletirme iin

Tamama basnz. pucu Aktifletirme iznini e-posta mesajndan bu iletiim kutusuna dorudan doruya

CTRL+C ve CTRL+V kullanarak kopyalayp yaptrabilirsiniz.

3. Aktifletirme izninizin baaryla uygulandn belirten bir mesaj almanz gerekir. I-Lab hesabnz artk kullanlmaya hazrdr. Yalnzca burada, aktifletirme iznini kullanmanz gereklidir.

4.9 Oturum Ama

Hesabnz kayt edip aktifletirdikten sonra oturum aabilirsiniz.

1. I-Lab mensnden Oturum A komutunu seerek veya durum ubuu zerindeki I-Lab Oturum A dmesini tklaynz.

2. Alan iletiim kutusunda kullanc adnz ve ifrenizi giriniz. Not Misafir olarak oturum amak istiyorsanz, kullanc ad ve ifre girmenize gerek

kalmakszn, yalnzca ilgili dmeyi iaretleyiniz. 3. Tamam tklaynz. I-Laba baaryla oturum atnzda, onay iin bir iletiim kutusu

grnecektir. Not Balant kurulamamsa, iletiim kutusunda bir hata mesaj grnecektir. Tekrar

denemeniz gerekebilir. 4. Blm 4.5e giderek, isterseniz, baka bir Bedava IUPAC simlendirme hesaplamas

deneyiniz. 5. Mevcut olan herhangi bir hesaplamay semeye hazrsnz. I-Lab mensnden, istediiniz

hizmeti seiniz. Burada, devam etmek istemediinizde Hayr tuunu seebileceiniz steinizi Onaylaynz (Confirm your Request) yazl bir iletiim kutusunun kacan hatrlaynz.


38

5. Daha Karmak Yaplarn izilmesi

5.1 Amalar

Blm 3te bahsedilen yap iziminin temellerini altnza ve Blm 4te bir yapnn nasl web tabanl hesaplamalar iin girdi olarak kullanlabileceini grdnze gre, ChemSketchin ileri ilemlerini kullanarak daha karmak yaplar izmek isteyebilirsiniz. Bu blmde aadakilerin yapln reneceksiniz:

Yaygn kimyasal paralarn izilmesi iin Radikal Tablosunu kullanma; Hzlca halka yaplar izme; Atomlar silme ve bakasyla deitirme; ift ve l balar oluturma; Bir atomun ykn belirleme, katyon ve anyonlar izme; ve eitli atomik zelliklerini deitirme.

5.2 Radikal Tablosunun Kullanm

Radikal Tablosu nceden izilmi amino asit ve onlarn koruyucu gruplar olduu kadar nkleotidler ve dier sklkla kullanlan radikalleri de ierir.

1. nceki blmde verilen bilgileri kullanarak ekran temizleyiniz

2. Bavuru ara ubuu zerindeki Radikal Tablosu dmesine tklayarak radikalleri gsteriniz:

3. Radikal Tablosunda Sikloheksan dmesine tklaynz.


39

4. Ekrann sa tarafnda bulunan bavuru ara ubuunda, Sikloheksan dmesinin olutuunu ve seili durumda olduunu greceksiniz.

5. Bu admlar, Siklopentan dmesi iin tekrarlaynz. Not Radikal Tablosundan yeni radikaller setiinizde, karlk gelen dmeler otomatik olarak

Bavuru ara ubuuna eklenecektir. Bavuru ara ubuundan bu dmeleri yoketmek iin, bunlarn herhangi birine veya Bavuru ara ubuuna ift tklayarak Eveti seiniz.

5.3 Halkal Yaplarn Kullanlmas

1. Sa taraftaki Bavuru ara ubuunda bulunan siklopentan dmesini seiniz VEYA bu dmeyi Radikal Tablosundan seiniz.

2. Ekrana tklayarak be yeli bir halka oluturunuz.

3. Ayn ara ubuunda, sikloheksan dmesini seiniz. imdi, farenin imlecini ok ile

gsterilen ba zerine gtrerek, tklamak suretiyle u yapy oluturunuz:

4. Bu admlar tekrarlayarak yandaki yapy iziniz;

5. Dey Ba Ayarla dmesine tkladktan sonra okla gsterilen baa tklayp

yapnn u ekilde dnmesini salaynz:

6. Bavuru ara ubuunda bulunan Radikal Tablosunu tklaynz.

7. Radikal Tablosunda, karboksil radikal dmesine tklayarak karboksil grubunu OOH

seiniz.

8. Oklarla iaretlenen atomlara tklayarak,

bunlardan karboksil grubu

kartnz:

OH

OOH

OOH O

OH

O

OH

O

OH

O


40

5.4 Atomlarn ve Ksmlarn Silinmesi

Oklarla iaretli atomlar silerek

OOH

O

OHO

OHOOH

O

OHO

OH

u yapy oluturunuz:

O

CH3CH3

CH3

CH3

CH3

Bunu iki ekilde yapabilirsiniz: her atomu teker teker silebilir (Blm 3.2.3te anlatlmt) ya da pek ok atomu bir defada silebilirsiniz.

5.4.1 Birok Atomu Ayn Anda Silme 1. Yap ara ubuunda bulunan Kement Ak/Kapal dmesine basarak Kement seme

kipini aktifletiriniz. Se/Ta aracnn aktifletiine dikkat ediniz.

2. Srkleyerek, kapal Kement izgisinin iinde kalacak ekilde btn ilgili atomlar seiniz:

OOH

O

OHO

OHOOH

O

OHO

OH

Not Bu resimdeki noktal blge istenen gruplarn dahil olduu tavsiye edilen yolu gstermekte olup alma alannzda byle gzkmeyecektir. Yalnzca kement iine alnm atomlar seilecektir.

3. Genel ara ubuu zerindeki Sil dmesini tklaynz.

4. Ayn anda seilmi atomlardan herhangi birine tklayarak bunlarn hepsini bir kerede siliniz.

Not Atomlar, balar ve paralar iki farkl ekilde, Kement seicisini veya Dikdrtgen

seicisini kullanarak seebilirsiniz. Seilmi parann / paralarn seimini iptal etmek iin, bo bir yere tklaynz.

5.5 Atomlarn Bakas ile Deitirilmesi

Oklarla gsterilmi atomlar, OCH3

CH3

CH3

CH3

CH3

bu ekilde deitiriniz

NH

N

NH

NHN

NO

OH

OH

OH

NH2

NH2

1. Sol taraftaki Atom ara ubuundaki Azot dmesine tklayarak deimesi gereken btn karbonlara ( tane ak renkli ok) tklaynz.

2. Atom ara ubuundan Oksijen ubuuna tklayarak koyu renkli oklarn bulunduu yerlere tklaynz.

Not Srekli iz aracyla atom deiimi yapamazsnz (Blm 3.2.6ya baknz).


41

5.6 ift ve l Balar Oluturma

1. Normal iz , Srekli iz veya Zincir iz aralarndan birisi aktifken, oklarla

gsterilen balara

NH

N

NH

NHN

NO

OH

OH

OH

NH2

NH2

tklayarak ifte ba yapnz:

N

N+

NH

NN

NO

OH

OH

OH

NH2

NH2

2. ifte Ba Deitir veya Hidrojen Konumu dmesini kullanarak yapnn grnmnde ince ayar yaplabilir. Bu dmeyi seerek iaretlenmi hidrojenlere ve ifte balara tklaynz. Hidrojenin azot ve oksijen etrafndaki, ifte ban da tek ban etrafndaki hareketine dikkat ediniz:

N

N+ N

NHN NH2

NH2

OOH

OH

OH

5.7 Ykleri Ayarlama ve Anyon-Katyonlar Tanmlama

Bu blmde aadaki yaplar izeceiz:

NH2+

CH3

CH3

N-

CH3

CH3

N CH3

CH3

katyon anyon serbest radikal

NH+

CH3

CH3

NH CH3

CH3

N

CH3

N

CH3

pozitif radikal

iyon negatif radikal

iyon Singlet ift radikal triplet ift radikal

1. Atom ara ubuundaki Karbon dmesini seiniz ve Normal iz aracnn geerli olduundan emin olunuz. Ayn yere kere tklayarak aadaki yapy iziniz:

CH3

CH3

2. Azot dmesini seerek paradaki orta karbonun zerine tklayp onu azotla deitiriniz:

3. Soldaki Atom ara ubuunda bulunan (+) Yk Arttr dmesinin sa altndaki gene tklayarak aadaki gruplara geniletiniz:


42

(+) yk arttrma;

(-) yk azaltma;

Radikal;

Pozitif Radikal Iyon;

Negatif Radikal Iyon.

4. (-) Yk Azalt dmesini tklayp NH grubunu anyon haline getiriniz:

N-

CH3

CH3

5. Sa tklayarak (+) Yk Arttr aracna geiniz (ya da dme grubundan dmesini seiniz) ve iki kere tklayarak katyon haline getiriniz:

NH2+

CH3

CH3

Not Bir ametalin ykn deitirmek zere Yk dmelerini, veya kullandnzda, karlk gelen sayda hidrojen atomu uygun kimyasal deerlii salamak iin otomatik olarak ilave edilir ya da karlr. Bir metalin ykn deitirirseniz, yk karlk gelen iyonun bir sonraki kimyasal olarak geerli yk ile uyumlu olarak artma veya azalma eklinde deitirilir (Elementlerin Periyodik Tablosunda kullanlan yaygn deerlikleri grebilirsiniz).

6. Yukarda, nc admda gsterilen dme gruplarndan Radikal dmesini seerek NH2 grubu zerine tklamak suretiyle bir serbest radikal oluturunuz:

N CH3

CH3

7. alma alannn bo bir ksmna sa tklayarak, ya da ilgili dmeye basarak, abucak Pozitif Radikal yon aracna geip pozitif radikal iyonu iziniz:

NH+

CH3

CH3

8. alma alannn bo bir ksmna sa tklayarak Negatif Radikal yonu aracn seiniz ve tklayarak negatif radikal iyonu oluturunuz:

NH CH3

CH3

9. stteki Genel ara ubuundan Sil dmesini seerek sadaki CH3 grubuna tklayp onu siliniz.

10. nc admda kullanlan dme gruplarndan Radikal aracn seerek NH grubu zerine singlet ift radikal elde edilene dek birka kere tklaynz:

N

CH3


43

11. Radikal aracyla tklamaya devam ederek, triplet ift radikal elde ediniz:

N

CH3

5.8 Atom zelliklerinin Deitirilmesi Bir ChemSketch yapsnda atomun deerliini veya izotopun ktlesini grntlemek ya da atomun yaztipini veya boyutunu bile deitirmek isterseniz zellikler panelini kullanmalsnz.

1. Se/Ta dmesini tklayn.

2. Gsterilen zelliklerini deitirmek istediiniz atomun zerine ift tklayn. Bylece zellikler iletiim kutusu grnecektir. Atom zellikleri sekmesine geiniz:

3. Dmelere tklamakla aadaki zelliklerin deimesi iin seenekler grntlenir:

C atom sembol, H ilikili hidrojenler, n ilikili hidrojenlerin indisi (says), q yk, V deerlik, I izotop ktlesi, N tm molekldeki atom numaralamas.

Deerleri deitirdiiniz iin, seilmi atomda deiikliklerin derhal gzlenmesi iin Uygula dmesine tklamanz gereklidir.


44

6. leri Yaplar, SMILES Gsterimi ve Reaksiyon emalar

6.1 Amalar

Bu blm, biraz daha karmak yaplar izmek iin atacamz sonraki admdr. ki tr en iyiletirmeden bahsedilecektir: (2D) ve basit bir g alan modeline gre en iyiletirme (3D). ChemSketchi ilk kez kullanyorsanz, burada tarif edilen altrmalar yalnzca nceki blmleri tamamladktan sonra yapmanz nerilir. Bu blmde aadakilerin nasl yaplacan reneceksiniz:

2D en iyiletirmesini (Yap Dzeltme) kullanarak halkal Alkanlarn ve Peptidlerin izimi; yaplar SMILES biimine dntrme ve tersini uygulama; Bisiklo[2.2.2]oktan, triptisen, kuban ve dodekahedran molekllerinin zel 3D yaplarnn

izilmesinde 3D En iyiletirme aracnn kullanlmas; Reaksiyon emalarnn izilmesi.

6.2 2D En iyiletirme Dzelt seenei izilen eklin 2D-en iyiletirmesi olarak dnlebilir, yani, btn ba uzunluklarnn ve alarnn standartlatrlmas iin yeniden izilmesi ve boyutlandrlmasdr. Bu seenei kullanarak herhangi bir yapy mkemmel bir ekilde izebilirsiniz. Baz rnekler:

6.2.1 Halkal Alkan Yapsnn Oluturulmas

&& Bu blm, Web sitemizden indirilebilecek olan veya Movies dizininde bulunan cycloalk.exe dosyasndan uyarlanmtr. Aadaki teknii kullanarak halkal alkanlar mkemmel bir ekilde hzlca izebilirsiniz. Aada Siklononan molekln nasl izeceiniz anlatlmtr.

1. Yap kipine geiniz ve btn yaplar CTRL+A ve sonra da DELETE tularna basarak siliniz.

2. Zincir iz aracn seerek alma alannda 9 yeli bir zincir iziniz. Zincirdeki atomlarn saysnn srkleme esnasnda imle yannda gsterildiine dikkat ediniz.

3. Sa tklayarak abucak Normal iz aracn seiniz ve bir utan dier uca bir ba iziniz.


45

4. Yapy Temizle dmesine basarak aadaki yapy elde ediniz:

Yukardaki teknii kullanarak C10- ve C8-halkalarn iziniz.

6.2.2 Halkal bir Peptid Yapsnn Oluturulmas

&& Bu blm Web sitemizden veya Movies dizininde bulunabilecek olan pept.exe isimli filmden uyarlanmtr.

Halkal Tyr-Ala-Trp yapsn izelim. Burada da Yapy Dzelt dmesinin faydal olduunu greceiz.

1. Yap kipine geerek btn yaplar CTRL+A ve sonra da DELETE ile siliniz.

2. ablon Penceresinden amino asitler sekmesini seiniz.

3. Amino asit grubu iinde, Tirozini (Tyrosine) ve sonra da alma alannda bo bir yere gelerek tklayp yapy kopyalayn.

4. Radikal Tablosundan , srasyla Alanin ve Triptofan dmelerine basarak karlk gelen radikalleri u srada ekleyiniz:

Not ablon glgesini alma alanna yaptrmadan nce, TAB tuuna basarak evirmeniz

gerekecektir.

5. Sa tklayarak abucak Se/Ta aracn seiniz ve NH2 grubunu OH grubuna ekilde gsterildii gibi srkleyiniz:


46

6. Aadaki yapy elde etmek zere, Yapy Dzelt dmesini tklaynz:

Baka bir halkal peptidi, rnein Gramisidin Syi izmeyi deneyiniz:

6.3 SMILES Gsterimi- 5.0 iin yeni!

ACD/ChemSketch srm 5.0, artk SMILES (Basitletirilmi Molekl Girdi Dizini Giri Tanmlamas- Simplified Molecular Input Line Entry Specification) dizgilerini kimyasal yaplara, yaplar da SMILESe dntrebilmektedir. Bu biim hakknda daha fazla bilgi Daylight Chemical Information Systems, Inc.in Web sitesinden aadaki www adresi kullanlarak alnabilir:

http://www.daylight.com/dayhtml/smiles/smiles-intro.html

6.3.1 SMILES Gsterimi

Blm 6.2.2de izilmi halkal peptid iin SMILES dizgisini oluturmaya alacaz.

1. Bir sayfada izilmi ok sayda yapnz var ise, SMILES dizgisini oluturmak istediinizi seiniz, u anda halkal peptidi seerek rneimizi anlatacaz.

2. Aralar mensnden SMILES Gsterimi Olutur komutunu seiniz. Oluturulan dizgi yapnn hemen altnda gsterilecektir:


47

3. Metin biimindeki dizgiyi seerek ve CTRL+Cye basarak Windows panosuna

kopyalayabilirsiniz. Daha sonra istediiniz bir programa kendi men komutuyla veya CTRL+V ile yaptrabilirsiniz.

Not Bir sayfada birden ok yapnz varsa ve hepsinin SMILES dizgilerini elde etmek

istiyorsanz, hepsini semeniz gerekmez hepsini seilmemi durumda brakmken SMILES Gsterimi Olutur komutunu ilettiinizde btn yaplarn SMILES gsterimi, arada nokta ile birbirinden ayrlan tek bir dizgi eklinde ekranda gzkr.

6.3.2 SMILES Gsteriminden Yaplarn Oluturulmas

imdi dier ilemi deneyeceiz SMILES dizgisinden yapnn oluturulmas. ncelikle nceki blmde oluturulan gsterimden yapy oluturacaz.

1. nceki blmde oluturulan metin dizgisini seiniz:

2. Aralar mensnden SMILESten Yapy Olutur komutunu seiniz. Metin dizgisinin altna

oluturulmu yap yerletirilir. Grdnz gibi, bu yap geen blmde SMILES gsterimi oluturulan yapdr:

C4(=O)C(Cc1ccc(cc1)O)NC(=O)C(NC(=O)C(Cc2cnc3c2cccc3)N4)C

O

OH

NHO

NH

O

NHNH

CH3


48

3. alma alanna girecek metin dizginiz yoksa veya dizgi seilmemi durumdaysa, SMILESten Yapy Olutur komutunun seilmesiyle dizgiyi el ile girebileceiniz u iletiim kutusu grntlenir:

4. OK tuuna tkladnzda oluturulmu yap imlete ablon glgesi olarak asl durur:

5. alma alanna tklayarak yapy yerletiriniz.

6.4 3D En yiletirme Bu blm gereki alar ve ba uzunluklar olan yaplarn nasl oluturulacan aklamaktadr. Byle moleklleri orantl olarak izmenin ne kadar zor olduunu belirtmeye gerek duymuyoruz. 3D-En iyiletirme ve 3D Dndrme seenekleri bu zorlukla hzla baetmenizi ve kolaylkla ACD/ChemSketchte karmak yaplar izmenizi salayacaktr. 3D en iyiletirme algoritmas bata CHARMM parametreletirmesine dayanan g alan ile molekl mekaniinin zel bir halidir4. Dzeltmeler iinde baz basitletirmeler bulunmakta olup hesaplamann kararlln ve hzn artrmak amacyla tasarlanmtr. 3D en iyiletirmenin btn molekllere uygulanacak bir molekl mekanii motoru OLMADIINI hatrlaynz. Tasarm, 3D yaplarnn hassas bir ekilde en iyiletirilmesinden ok, (muhtemelen ok mantksz olan) 2D izimlerden mantkl yerleimlerin gvenilir ekilde oluturulmasna olanak tanmaktadr. 3D en iyiletirici yapy beklediinizden farkl bir ekilde oluturmu ise, aknla dmeyiniz. Yerleimsel analizde molekllerin doal olarak ok sayda yerleimi olmas ok normaldir. En iyiletirici bunlardan yalnzca birini bulmakta olup, bu da beklediiniz olmayabilir. rnein, sikloheksan halkasnn yapsn muhtemelen bir koltuk olarak beklemekte iken, en iyiletirici size sandalye yerleimi sunabilir, bu da uygun yerleimlerden birisidir (aslnda, pek ok yapda bu ksm bklm bir ekilde mevcuttur). Byle bir durumda yerleimi dzeltmeyi deneyebilsiniz (mesela, atomlar el ile istediiniz konumlara yerletirip 3D -en iyiletirmeyi tekrarlayabilirsiniz). Moleklnzn gerek yerleimsel analizini zel molekl mekanii veya kuantum kimyas geometri en iyiletirme program kullanarak yapmak isteyebilirsiniz. ChemSketch 3D-yaps girdi verisi olarak iinize yarayabilir. Not Yaplar, standart deerlik ve ba durumlarnda olmak kaydyla, C (IV), H(I), F(I), CI(I), Br

(I), I (I), N (III, IV), O (II), S (II, IV, VI) atomlar bulunduu takdirde bu ekilde modellenebilir. Ykl atomlar ieren yaplar (azid ve nitro gruplar hari) en iyiletirilememektedir.

4 B. R. Brooks, R. E. Bruccoleri, B. D. Olafson, D. J. States, S. Swaminathan, and M. Karplus. CHARMM: A program for macromolecular energy, minimization, and dynamics calculations. J. Comput. Chem. 4 187-217 (1983).


49

6.4.1 Bisiklo[2.2.2]oktan Yapsnn Oluturulmas

&& Bu blm Web sitemizden indirilebilecek veya Movies dizininde bulunabilecek bicyc.exe film dosyasndan uyarlanmtr.

kipine geerek nceki btn yaplar siliniz veya yeni bir sayfa oluturunuz.

1. Seenekler mensnden, Tercihler ksmn seerek Yap sekmesine geiniz. 2. Hidrojen Ekle onay kutusunu temizleyip Tamam tuuna basnz.

3. Radikal Tablosundan Sikloheksan seiniz. alma alanna tklayarak bir sikloheksan halkas yerletiriniz.

4. Normal iz aracn tklayp aada gsterildii gibi srklemek suretiyle hidrokarbon kprs iziniz.

5. 3D En yiletirme dmesini tklayarak izilmi yapnn 3D modelini elde ediniz.

Not alma alannda bir taneden fazla yap varsa 3D en iyiletirmesi yapmak istediiniz yapy herhangi bir seme aracyla (Se/Ta , Se/Ta/Boyutlandr veya 3D

Dndr ) semeniz gereklidir. 6. Tercihler iletiim kutusunun Yap sekmesindeki 3D Dndrme kipine evir onay kutusu

(Seenekler mens) seilmise, 3D En yiletirmesinden sonra otomatik olarak 3D Dndrme kipine geilecektir. Sememiseniz, 3D-Dndr aracn seiniz. Fare imlecini yapdaki herhangi

Documents

Chem-Sketch kullanma klavuzu türk.e