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1 Chimie Chimie Organique Organique COR 306 Yves Dory IPS bureau 2031 tel 564 5299 [email protected]

Chimie Organique - cours, examens

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Page 1: Chimie Organique - cours, examens

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ChimieChimie OrganiqueOrganique

COR 306

• Yves Dory

• IPS bureau 2031 tel 564 5299

[email protected]

Page 2: Chimie Organique - cours, examens

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Plan–– 1 Principes fondamentaux.1 Principes fondamentaux.– Diversité – Stéréochimie

–– 2 R2 Réévision de certains concepts importants de COR 200.vision de certains concepts importants de COR 200.– Électronégativité – Orbitales – Effets électroniques – Concept dur-mou – Équilibres acide-base

–– 3 R3 Rééactions et mactions et méécanismes de rcanismes de rééaction.action.– Types de bris de liaison – Diagrammes d’énergie

–– 4 R4 Rééactions de substitution sur les carbones hybridactions de substitution sur les carbones hybridéés sp3.s sp3.– Mécanismes SN2 SN1 – Facteurs d’influence – Compétition – Synthèse – Systèmes biologiques

– Exercices

–– 5 R5 Rééactions dactions d’é’élimination.limination.– Mécanismes E1 E1cb E2 – Compétition – Directions d’élimination – Stéréochimie – Synthèse - Systèmes biologiques

– Exercices

–– 6 Addition 6 Addition éélectrophile sur les carbones insaturlectrophile sur les carbones insaturéés.s.– Mécanisme AdE2 – Synthèse - Systèmes biologiques

– Exercices

–– 7 R7 Rééactions de substitution sur les carbones sp2.actions de substitution sur les carbones sp2.– Réactivité de la fonction acide et ses dérivés - Synthèse

– Exercices

–– 8 8 ÉÉnolsnols, , éénolatesnolates et leurs ret leurs rééactions.actions.– Mécanismes – Réaction d’alkylation – Condensation aldolique - Systèmes biologiques

– Exercices

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1 Principes fondamentaux

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1.1 Diversité moléculaire

Jusqu’à 7 liaisons

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1.2 La nature

Métabolites primaires

20 acides aminés2 types de sucres (aldoses et cétoses)5 bases aminées

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Deux modèles pour représenter un acide aminé

(a) Modèle en perspective de la sérine. Le carbone α est dans le plan du papier ; les pointes des flèches sont le plus loin de l’observateur, les flèches grasses en avant, les flèches striées en arrière du plan du papier.

(b) La sérine en modèle 3-D éclaté.

acides aminés et chiralité

CH3N H

COO

CH2OH

1

2

(a)

(b)

1.4 La stéréochimie

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Paire d’images dans un miroir. Les acides aminés isolés des protéines possèdent la configuration de l’image située à gauche du miroir.

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Assignation de la configuration par le système RS

(a) On assigne à chaque groupe un numéro de priorité basé sur le numéro atomique, 4 étant la priorité la plus basse.

(b) La molécule est orientée de façon à placer le groupe de priorité 4 derrière le carbone chiral. Si la séquence allant du groupe 1 vers le groupe 3 tourne dans le sens horaire, la configuration est R; si elle tourne dans le sens anti-horaire la configuration est S.

projection de Fischer

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Racémisation de l’Octahélicène

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- Chiralité- Molécule chirale- Centre chiral- Stéréoisomères- Énantiomères- Diastéréoisomères- Mélange racémique (+)-Thalidomide (-)-Thalidomide

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Acides aminés aliphatiques

leurs chaînes latérales sont hydrophobes (non-polaires)

Les acides aminés

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Acides aminés aromatiques Acides aminés soufrés

Les chaînes latérales sont hydrophobes (non-polaires), sauf Tyr

L Dopa : autre OH en ortho du phénol

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Acides aminés amides Acides aminés alcools

Les chaînes latérales sont hydrophiles (polaires) et neutres

C’est aussi le cas de la tyrosine

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Acides aminés basiques Acides aminés acides

Les chaînes latérales sont hydrophiles (polaires)

L Ornithine : un CH2 en moins

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Acides aminés amides

Relations entre les acides aminés

Acides aminés acides

GABA décarboxylation C1

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+

+

acide aminé 1

+

acide aminé 2

dipeptide 1-2

De nombreuses cibles des médicaments sont des peptides

Page 17: Chimie Organique - cours, examens

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+

+dipeptide 1-2

+

acide aminé 3

tripeptide 1-2-3

et ainsi de suite …jusqu’à des polypeptides

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Propriétés des polypeptides

1) Nature des chaînes latérales

6 aliphatiques

3 aromatiques

2 soufrés

2 alcools

2 amides

2 acides

3 bases

pola

rité

20 acides amin20 acides aminééss

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2) Conformation de la chaîne peptidique

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Site actif ou Récepteur

Substratou Ligand

Cible: Enzyme ou Récepteur

Polypeptide

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Chymotrypsinogène

Chymotrypsine Chymotrypsine α α α α α α α α : : 51 × 40 × 40 Å

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Les monosaccharides (sucres)

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Cyclisation du D-glucose → glucopyranoses

carbone anomère

36% 64%Dans l ’eau à pH 7 →

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Structures des oligosaccharides

Les chaînes de cellulose s’empilent par des liens hydrophobes

(a) la cellulose est un polymère linéaire de résidus glucoses liés par des liens glycosidiques β - (1 → 4).

(b) projection de Haworth de la cellulose

La celluloseLa cellulose

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Le glucose des animaux est mis en réserve dans le polysaccharide nommé glycogène. Il représente jusqu’à 10% du poids du foie et 1% de celui des muscles. Le glycogène ressemble àl’amylopectine (jusqu’à 6 × 105 résidus glucose) mais il est plus plus ramifié. Un homme adulte a besoin de 500g de glucides par jour.

(a) l’amylose, une forme d’amidon est un polymère linéaire de résidus glucoses liés par des liens glycosidiques α - (1 → 4).

LL’’amylose et lamylose et l’’amylopectineamylopectine

(b) l’amylopectine, une seconde forme d’amidon, est un polymère branché. Les portions linéaires de la chaîne principale et des chaînes latérales ont la structure de l’amylose. Les chaînes latérales sont reliées à la chaîne principale par des liens glycosidiques α - (1 → 6).

hydrosolublehydrosoluble

non hydrosolublenon hydrosoluble

Une chaîne latérale tous les ≈ 25 résidus

Page 26: Chimie Organique - cours, examens

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Cyclisation du D-ribose → ribofuranoses

Page 27: Chimie Organique - cours, examens

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Les acides nucléiques

Structure d ’un nucléotide d ’ADN.

Le chaînon fondamental de la chaîne d’ADN est un nucléotide comportant le 2’-désoxyribose, un groupe 5’-phosphate et l’une des 4 bases azotées hétérocycliques.

Structure polymérique de l’ADN

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Structure d’un brin d’ADN

Il y a 3 parties: 1) des sucres (désoxyribose),2) des phosphates3) des bases.

Les sucres et les phosphates forment une tige.

Les bases sont attachées sur la tige.

sucre

base

phosphate

+ =

basestige

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Composition en bases de l ’ADN (mole %) et rapport des paires de bases

L’ADN est une hélice double

2 brins d’ADN s’associent pour former la double hélice caractéristique

atomes d’azote en bleuatomes d ’oxygène en rougeatomes de carbone en gris

atomes de phosphore en brunatomes d ’hydrogène en blanc

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Structure d’un nucléotide d’ARN.

Le chaînon fondamental de la chaîne d’ARN est un nucléotide comportant le ribose, un groupe 5’-phosphate et l’une des 4 bases azotées hétérocycliques.

Structure polymérique de l’ARN

Thymine

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lipides

stéroïdes

vitamines

terpènes

Les lipides dérivés de l’isoprène

stéroïdes

isoprène

17 β estradiol

Les métabolites secondaires

Les terpLes terpèènesnes

β carotène

Page 32: Chimie Organique - cours, examens

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Squalène

Lanostérol

Squalène2,3-époxyde

Protostérol

SqualSqualèèneneéépoxydasepoxydase

CyclaseCyclase

plusieurs étapes

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Les métabolites secondaires

Les Les polyacpolyacéétatestates

Unité acétate

Acide gras

Érythromycine A

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Les métabolites secondaires

Les alcaloLes alcaloïïddeses

Etc.

Les métabolites secondaires sont produits par des machines moléculaires

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1.5 Les défis en chimie organique

18 centres chiraux

218 stéréoisomères possibles

Cad 262144 produits distincts

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Lettres Mots

Atomes Molécules

H O H H2O

Page 37: Chimie Organique - cours, examens

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(suite 1)

CH3–CH2–OH

H2O

CH2=CH2

addition

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(suite 2)

réarrangement

CH3–O–CH3CH3–CH2–OH

Page 39: Chimie Organique - cours, examens

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Structure de base de nombreuses molécules biologiques

Exemple : progestérone

A

DC

B

StratStratéégie de synthgie de synthèèse classiquese classique

Base des stéroides, diterpènes, triterpènes...

1

2

3

4

5

6

Page 40: Chimie Organique - cours, examens

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Le dogme central

Le flux d ’information biologique se propage de l’ADN, réservoir de l’information génétique, à l’ARN, et de là, à la protéine.

Page 41: Chimie Organique - cours, examens

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L’association des parties du ribosome est un phénomène d’auto-assemblage spontané.

50S 30S

70S

+ ARNm + ARNt

Page 42: Chimie Organique - cours, examens

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Les inhibiteurs suicides

Les inhibiteurs suicides sont des molécules stables qui ressemblent aux substrats (ce sont des pseudo-substrats) et qui possèdent une réactivité chimique latente Y (a).

Ils se lient au site actif de l’enzyme cible (b) et tout comme un substrat, subissent une transformation catalytique (c).

L’inhibiteur transformé va ensuite démasquer une fonction réactive qui devra réagir avec un résidu proximal du site actif de l’enzyme (d) en formant un lien covalent, le bloquant ainsi d’une manière permanente (e).

(b) (c)(a) (d) (e)

Page 44: Chimie Organique - cours, examens

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Cation CMe3+

LUMO

Géométrie

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Amine NMe3

HOMO

GéométriePEM

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Cyclooctane

chaise chaise

couronne- Trans et cis décalines- avec jeux de substituants

Trouver le conformère le plus stable

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Exercicessur lesconformations en 3D

Dessinez tous ces composés en représentation 3D (chaises)Indiquez toutes les conformations possibles et sélectionnez la plus stable dans chaque cas.Montrez que le camphre est un terpène.

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♥NOYAUNOYAU

(+)(+)ÉÉLECTRONSLECTRONS

((--))