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Concepts de calcul des ÉPDConcepts de calcul des ÉPDetet
principes de fonctionnementprincipes de fonctionnement
Par : Roger Bergeron, agr., M.Sc.
2001.11.06
Direction des services technologiques - MAPAQ
Éléments couvertsÉléments couverts
1. Définition
2. Interrelation entre les données
3. Validation des données
4. Divergence avec les indices
5. Dimension du groupe contemporain
6. Concept de calcul
7. Structure et fonctionnement (PATBQ)
DST - MAPAQ
Éléments couverts ( suite )Éléments couverts ( suite )8. Priorité d’impression au PAR12
9. Variation dans les ÉPD
10.Liens génétiques
11.Interrelations sujets / troupeaux
12.Évolution des évaluations
13.Orientations futures
14.Conclusion
DST - MAPAQ
1. Définitions d’un ÉPD1. Définitions d’un ÉPD
P = G + E
Phénotype = Génotype + Environnement
EBV = Estimating breeding value
(EVG) = (estimation de la valeur génétique)
ÉPD = Écarts prévus chez les descendants
DST - MAPAQ
1. Définitions d’un ÉPD (suite)1. Définitions d’un ÉPD (suite)
ÉPD = EBV
2
EBV = P ou G de l ’animal ?
DST - MAPAQ
1. Définitions d’un ÉPD ( suite)1. Définitions d’un ÉPD ( suite)EBV = G de l’animal
en théorie si le travail est bien fait
le G = P
car les EBV sont toujours par comparaison
entre individus et on vise une uniformité du E
( annulation de l’effet du E entre individus )
en pratique presque jamais on obtiendra en
terme de performances la valeur de l’EBV
DST - MAPAQ
1. Définitions d’un ÉPD ( suite)1. Définitions d’un ÉPD ( suite)
Pour vulgarisation un ÉPD :
est l’estimation de la valeur génétique qu’un
animal transmet à ses descendants, soit la
moitié de sa propre valeur génétique est exprimé dans l’unité où le caractère est
mesuré
DST - MAPAQ
1. Définitions d’un ÉPD ( suite)1. Définitions d’un ÉPD ( suite)
Pour vulgarisation un ÉPD :
indique de combien on peut s’attendre à ce que les descendants d’un sujet déterminé soient différents à ceux d’un autre sujet quand ces descendants sont placés dans les même condition de milieu
DST - MAPAQ
1. Définitions d’un ÉPD ( suite)1. Définitions d’un ÉPD ( suite)
Ex pour l ’ÉPD du poids naissance :
Si taureau A est à +1 kg et taureau B à -0,5 kg les descendants du A seront en moyenne plus lourds de 1,5 kg que ceux du B lorsque utilisé sur des vaches de niveau génétique comparable
Ça n’indique pas le poids naissance des veaux issus de ces 2 taureaux
DST - MAPAQ
1. Définitions d’un ÉPD ( suite)1. Définitions d’un ÉPD ( suite)
Ex pour l ’ÉPD du poids naissance :
Ça indique seulement que les descendants du A seront plus lourds que ceux du B s’ils sont élevés dans les mêmes conditions et sont issus de mères de niveau génétique comparable
Référence : Jacques Chesnais Centre canadien du porc
DST - MAPAQ
Calcul d’ÉPD sur ascendanceCalcul d’ÉPD sur ascendance
+ 2,5 kg + 0,5 kg
EBV = + 3,0 kg
ÉPD = + 1,5 kg
Père Mère
Sujet
Interrelation des données brutesdans le calcul des ÉPD d’un sujet
MèreDate denaissance
Poids nais-sance
Groupe ausevrage
Facilité ànaître(vêlage)
Date desevrage
Poids sevrage
Sexe
Date enpostsevrage
Poids dupostsevrage
Groupe enpostsevrage
Père
ÉPD
Corrélation entre les caractèresCorrélation entre les caractères PN FV FV Gain Apt.
Gain
Dir. Mat. N-S lait. N-1a
PN \ - - + + + - + +
FVDir. \ -
FVMat. \
G N-S \ - - +++
Apt. lait \ -
G N-1a \
Éléments conduisant à un non-calcul d’ÉPD
Mèreinconnue
Date naissanceincomplète Composition
génétique (<28/32)
Changement typed’allaitement (>30 j)
Type naissance(avorton)
Adoption
Âge au contrôle enprésevrage (<135 ou>335j)
Date d’entrée autroupeau (>30 j)
Hors groupe ouseul de son sexe
Multiplicationdes contrôles
(risque)
Nbre de sujetsde la race dans
le troupeau(<10)
Père inconnu
ÉPD
3. Validation des données3. Validation des données
- Tatouage du sujet et de ses parents
- Date de naissance et date d’entrée
- Données de naissance :- sexe et facilité de vêlage
- origine et type de naissance
- mère allaitante et type d ’allaitement
- poids réel à la naissance
DST - MAPAQ
3. Validation des données (suite)3. Validation des données (suite)- Composition génétique du sujet
- Unité de mesure ( kg vs lb )
- Données des contrôles de croissance:- sexe
- mère allaitante et type d ’allaitement
- lot
- date et le poids au contrôle
DST - MAPAQ
3. Validation des données (suite)3. Validation des données (suite)Ex. d’une erreur d’unité de mesure du
poids à la naissance sur les ÉPD du sujet,
le 4 ième d’une vache dont le père a une
évaluation partielle (*) et dans un groupe de
20 sujets au sevrage (unité kg saisie en lb)
FVd PN Gn-s Gn-1an AL FVm
- 5 3,1 7,1 11,0 -0,0 - 2
- 1 -2,2 e 9,6 12,5 -1,5 - 4
DST - MAPAQ
4. Divergence avec les indices ...4. Divergence avec les indices ...
Indices ÉPD
calcul individuel calcul familial
gain nais-sevrage naissance-sevrage
gain sevrage- 1 an ------------------------
------------------------ naissance-1an
DST - MAPAQ
4. Divergence avec les indices ...4. Divergence avec les indices ...Indices :
Nais Sev 1 an
!_________________!____________!
200 j 165 j
!___ I gain présev __! I gain postsev !
!______ 120 ______!______ 80 ___!
DST - MAPAQ
4. Divergence avec les indices …4. Divergence avec les indices …
ÉPD
Nais Sev 1 an
!_________________!____________!
200 j 165 j
!__ ÉPD naiss-sev __!
!______ ÉPD naissance-1 an _______!
DST - MAPAQ
4. Divergence avec les indices ... 4. Divergence avec les indices ... Indices :
Nais Sev 1 an
!_________________!____________!
200 j 165 j
!___ I gain présev __! I gain postsev !
!______ 120 ______!______ 80 ___!
!_______________102 ___________!
DST - MAPAQ
5. Dimension du groupe contemporain5. Dimension du groupe contemporain
Calcul par comparaison par rapport à la moyenne du groupe
Dimension minimal de 2 sujets par sexe Écart de 90 jours maximum
DST - MAPAQ
5. Dimension du groupe cont5. Dimension du groupe contEx. : Sevrage Écart Vs Sev Écart
1,40 kg + 0,20 1,40 +0,10
1,35 + 0,15 1,35 +0,05
1,30 + 0,10
1,25 + 0,05 1,25 - 0,05
1,20 0,00
1,20 0,00 1,20 - 0,10
1,15 - 0,05
1,10 - 0,10
1,05 - 0,15
1,00 - 0,20
DST - MAPAQ
6. Concept de calcul d ’ÉPD6. Concept de calcul d ’ÉPD
Frère-Soeur Frère-Sœur
Demi F - S Demi F - S
Descen- Descen- Descen-
dants dants dants
Père Mère
Sujet
Formule de calcul et précision max Formule de calcul et précision max pour 1 caractère selon l’évaluation pour 1 caractère selon l’évaluation
Type Formule Précision (rép) évaluation EBV théorique max
Individuelle h²P h( 1 mesure ) si h²=0,1 h=0,32
Ascendance h²Ppère+h²Pmère h .
2 2 V2
Descen- 2h²nb progénitu x moy P prog
dance 4+(nb prog-1)h² 1
Héritabilité (h2) et précision (rép) des carac-Héritabilité (h2) et précision (rép) des carac-tères basés sur une évaluation individuelle tères basés sur une évaluation individuelle
(avec mesures sevrage - postsevrage)(avec mesures sevrage - postsevrage) Carac- h² rép rép en
tères max pratique
FV d 0,05 à 0,15 32 22
PN d 0,25 à 0,40 57 53
GN-S 0,25 à 0,30 52 41
G Post 0,45 à 0,50 69 n d
GN-1an 42
Précision équivalente à l’ÉPD basé Précision équivalente à l’ÉPD basé sur la performance ( 1 mesure ) pour sur la performance ( 1 mesure ) pour un caractère ayant divers un caractère ayant divers h²h² h² répª Nb pro- Frère Demi-F
% génitures Soeur Demi-S
0,1 32 5 5 26
0,3 55 6 9 impossible
0,6 77 9 impossible impossible
ª précision maximum théorique
Source : Principes d ’améliorations… F. Minvielle
Impact de ne pas avoir les performan-Impact de ne pas avoir les performan-ces du sujet dans ses ÉPD pour un ces du sujet dans ses ÉPD pour un reproducteurreproducteur
- pour un taureau
si 10 à 15 descendants c’est supérieur à ses performances individuelles seules
- pour une vache
5 à 6 veaux et plus correspond à autant de vêlages donc difficile à récupérer dans la vie de l ’animal
DST - MAPAQ
Exemple d’évolution de la Rép (en %) Exemple d’évolution de la Rép (en %) au PATBQ selon le nombre de au PATBQ selon le nombre de descendants ( sans postsevrage )descendants ( sans postsevrage )Nbre PN FVd Gn-sev AL FVm
desc
1 13 5 8 1 1
3 31 14 22 1 1
5 43 21 32 2 1
8 55 29 42 3 1
Perfor53 22 36 9 5
Structure etStructure et fonctionnement au fonctionnement au
PATBQ PATBQ
DST - MAPAQ
Structure évaluation base de la Structure évaluation base de la descendance - BIOdescendance - BIO
Données de station
Données brutes
ÉPD D. B. ÉPD
Télécom.
Papier
BIO
PATBQ central
Sites PATBQ
Autres pro-grammes
Structure évaluation base de Structure évaluation base de la descendance - PATBQ la descendance - PATBQ
IntermédiaireÉPD-BIO (***,*)
ou
-Performances P. -Performances M.
-Descendants -Descendants de
1990 à 2001 1990 à 2001
Performances
Père Mère
Veaux 01
Ex. de contribution des générations pour Ex. de contribution des générations pour un caractère direct tel ÉPD nais-sevun caractère direct tel ÉPD nais-sev
Génération Ordre de grandeur
Ascendants ( 2 parents ) 15 -20 %
Sujet ( performance ) 30 -40 %
Descendants 40 -55 %
DST - MAPAQ
DST - MAPAQ
Résumé évaluation PATBQRésumé évaluation PATBQ Fonctionnement uniforme entre races Base mobile ( moyenne = 0 ) pour tous
les caractères Même méthodologie de calcul Mêmes caractères publiés Nombre minimum de sujets dans un
groupe de contemporains
Priorité d ’impression sur PAR12Priorité d ’impression sur PAR12 Naissances naturelles :
– ÉPD du troupeausinon
– ÉPD de BIOsinon
– Raison de non calcul
– À noter que les taureaux avec *** et * que leurs ÉPD de troupeau = BIO = référence
Priorité d ’impression sur PAR12Priorité d ’impression sur PAR12 Embryons :
– ÉPD du troupeau ( sur descendance )sinon
– ÉPD de BIOsinon
– la moitié des ÉPD du troupeau des parentssinon
– la moitié des ÉPD de BIO des parentssinon
– Raison de non calcul
Distribution normaleDistribution normale
99 50 % 1
Moyenne TOP
Distribution au PATBQ des caractères Distribution au PATBQ des caractères ÉPD des veaux CH des 3 dernières années ÉPD des veaux CH des 3 dernières années (unité en kg)(unité en kg)
% PN FV FV Gain Apt. Gain
sup. Dir Mat. N-S lait. N-1a
1 -2,6 3 3 7,5 5,4 14,4
10 -1,1 1 1 4,4 2,3 8,7
50 0,1 0 0 0,9 0,2 2,5
90 1,4 -1 -1 -1,9 -1,3 -3,1
99 2,8 -4 -2 -5,2 -3,1 -9,2
Variation possible des ÉPD selon Variation possible des ÉPD selon la répétabilité (+ ou -) (unité en kg)la répétabilité (+ ou -) (unité en kg) % PN FV FV Gain Apt. Gain
Rép. Dir Mat. N-S lait. N-1a40 1,0 2,3 1,8 5,6 5,1 6,9
60 0,8 1,9 1,5 4,6 4,2 5,7
70 0,7 1,6 1,3 3,9 3,6 4,9
80 0,6 1,3 1,1 3,2 2,9 4,0
90 0,4 0,7 0,8 2,3 2,1 2,8
99 0,1 0,3 0,2 0,7 0,7 0,9
Exemple de variation d’un sujet Exemple de variation d’un sujet (unité en kg)(unité en kg)
PN FV FV Gain Apt. Gain
Dir Mat. N-S lait. N-1a
ÉPD -0,9 3,0 2,0 4,1 6,4 8,2
Rép. 92 60 44 68 37 58
Var. 0,4 1,9 1,8 4,0 5,1 5,7
Max. -1,3 4,9 3,8 8,1 11,5 13,9
Min. -0,5 1,1 0,2 0,1 1,3 2,5
RésuméRésumé pour sélectionner pour sélectionner
Rang centile par race Variation possible selon niveau
de répétabilité Corrélation entre les caractères
DST - MAPAQ
9.Liens génétiques entre troupeaux9.Liens génétiques entre troupeaux Avec liens- comparaison des animaux entre troupeau ayant des
liens
- à la fin du test en station on fournit les ÉPD du taureau
Sans liens- comparaison des animaux à l’intérieur du troupeau
seulement
- à la fin du test en station les ÉPD du taureau ne sont pas fournis
9.Liens génétiques entre troupeaux9.Liens génétiques entre troupeaux
Pour avoir des liens- un minimum de 15 veaux ou 25 % des veaux issus
de taureau avec évaluation partielle (*) ou complète (***) sur l’ensemble des cycles de production
Exigences pour évaluation Partielle Complète - rép du gain naiss-sev 40 % 60 %
- nbre de troupeaux min 1 3
- nbre de descendants min 1 5
Ex de l’évolution vers des liensEx de l’évolution vers des liens
An Nb veaux % Rap- Liens
total issus * cumul port
1 8 2 25 non ---
2 8 1 19 oui non
3 12 4 25 oui oui
4 12 2 23 oui non
5 16 7 29 oui oui
Interrelation entre les sujets
ÉPD
ÉPD
Groupe con-temporain
Évaluation
Père
Race
Troupeau
Exemple d’évolution des ÉPD de sujets Exemple d’évolution des ÉPD de sujets avec anomalie = évolution non prévisibleavec anomalie = évolution non prévisible
Éva- ÉPD Rép. Nb Nb Étoileluation (kg) (%) desc troup#
1998 +2,5 35 0 1
1999 -3,8 45 2 2 *
2000 +1,5 58 4 3 *
2001 +1,4 67 6 4 ***
# nombre de troupeaux impliqués
12. Évolution des ÉPD dans le temps 12. Évolution des ÉPD dans le temps pour un sujetpour un sujet
Vêlage des
descendants ÉPD
Naissance des
descendants Pur-sang
Performance domestique
Parents Fullblood
Intra Inter
(sans lien) (avec lien)
Troupeaux
Exemple d’évolution des ÉPD pour un Exemple d’évolution des ÉPD pour un nouveau participantnouveau participant
Nouv. An- Nb Éval Rép ÉPD
évalua- née de * ou veaux du
tion père *** % père
1 1 ~ idem ~ 0
2 1 ~ var. ~ 0
oui 2 1 * ~ var. Vari-
tion
13. Orientations futures13. Orientations futures
Dans le cadre de la refonte du PATBQ :
remplacement du module de calcul intérimaire par 3 ou 4 évaluations par année
13. Orientations futures13. Orientations futuresAvantages de 3 ou 4 évaluation / année
- simplicité de la façon de faire
- facilité de vêlage en %
- 1 seul ÉPD / sujet peu importe le troupeau
- évolution des ÉPD plus graduelle
- possibilité d’avoir de nouveaux caractères
Inconvénients de 3 ou 4 évaluation / année
- délai plus long pour que les données
soient incluses dans les valeurs d’ÉPD
14. Conclusion14. ConclusionLa précision des ÉPD est fonction de :
- la précision des données brutes
- la dimension du groupe contemporain
- le suivi au contrôle sur plusieurs années
- l’intégrité des données de tous les troupeaux contrôlés
Bon travail