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Méthode• 4 échantillons• CQ1 échantillon négatif• CQ2, CQ3 et CQ4 : Sensibilité/Spécificité• Le consensus
w Le consensus est établi avec l’ensemble des laboratoires qui participent au contrôle qualité, soit un total de 56: France (n=44), Suisse (n=4), PED (n=8)
w On dit qu’il y a consensus à une position donnée si au moins 75% des laboratoires trouvent le même acide aminé
w Si aucun acide aminé n’est trouvé par 75% des laboratoires, on prend tous les acides aminés qui sont trouvés par au moins 25% des laboratoires
• laboratoires ont séquencé l’intégrase: France (n=41), Suisse (n=4), PED (n=3)
• laboratoires ont réalisé le tropisme: France (n=44), Suisse (n=4), PED (n=1)laboratoires ont réalisé le sous-type: France (n=44), Suisse (n=4), PED
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Méthode• Amplification
w Pourcentage de laboratoires avec une amplification établie (gènes RT et protéase)
• Sensibilité et spécificité (avec CQ2, CQ3 et CQ4)w Sensibilité: proportion de positions étudiées trouvées mutées parmi
les positions réellement mutées§ Toutes les positions réellement mutées des échantillons positifs
non amplifiés sont comptés comme des faux négatifsw Spécificité: Proportion de positions étudiées trouvées sauvages parmi
les positions réellement sauvagesw Les Faux négatifs: On dit qu’il y a faux négatif à une position
donnée si le consensus dit qu’il y a présence de mutations et que ce résultat n’est pas trouvé par le laboratoire.
w Les Faux positifs: On dit qu’il y a faux positif à une position donnée si un acide aminé autre que le consensus est trouvé par le laboratoire.
• Résistance (Selon l’algorithme ANRS 2015 version 25)
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Méthode• Intégrase: Pourcentage de laboratoires ayant obtenu la même séquence que
la séquence consensus établi pour tous les échantillons évalués• Sous-type: Liste de laboratoires avec un résultat discordant avec le consensus
établi• Tropisme: Liste de laboratoires avec un résultat discordant avec le consensus
établi
• Score de performance C’est le nombre de positions trouvées correctes divisé par le nombre total de positions étudiées de l’ensemble des échantillons évalués (gènes RT et Protéase)w A chaque position et pour chaque échantillon, on attribut 1 au laboratoire
qui donne le bon résultat (ie. le consensus) et 0 sinonw Si un échantillon positif n’est pas amplifié, on attribut 0 à toutes les
positions étudiées de l’échantillonw Si un échantillon négatif est amplifié, on attribut 0 à toutes les positions
étudiées de l’échantillon• Un second score de performance est calculé sans tenir compte des échecs
d’amplification
5
Echantillons
Amplification Chargevirale
Soustype Tropisme
CQ1 NON
CQ2 OUI 15600 B X4
CQ3 OUI 39000 CRF02 R5
CQ4 OUI 19900 A1 X4
CONSENSUS
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Identificationdel'échantillon L10 V11 I13 I15 G16 K20 L24 D30 V32 L33 E34 E35 M36 K43 M46 I47 G48 I50 F53 I54 Q58 D60 I62 L63 I64 H69 A71 G73 T74 L76 V77 V82 N83 I84 I85 N88 L89 L90 I93CQ1CQ2 I V +F L L L E V P M V I A M LCQ3 I V I I K MCQ4 V E D I A K M
Identificationdel'échantillon M41 E44 A62 K65 D67 T69 K70 L74 V75 F77 V90 A98 L100 K101 K103 V106 V108 Y115 F116 V118 E138 Q151 V179 Y181 M184 Y188 G190 L210 T215 K219 H221 P225 M230 P236CQ1CQ2 N D R I V V QCQ3CQ4 N R N V Q
Identificationdel'échantillon T66 L74 E92 G118 F121 E138 G140 Y143 P145 S147 Q148 V151 S153 N155 E157 R263CQ1CQ2CQ3 QCQ4
PROTEASE
RT
INTEGRASE
+F = insertion
RESISTANCE
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R: Résistance RP: Résistance possible S: Sauvage
* Données insuffisantes pour virus de sous-type non-B
Consensus: Interprétation selon l’algorithme ANRS version 2015Echantillon IDV/r SQV/r NFV fAPV/r LPV/r ATV/r TPV/r DRV600/r DRV800/r RAL EVG DTG_BID DTG_QD
CQ1CQ2 R R R R R R RP R S S S S SCQ3 S S S S S S * S S R R R SCQ4 S S S S S R * S S S S S S
Echantillon AZT 3TC/FTC ddI d4T ABC TDF EFV NVP EVR RPVCQ1CQ2 R R S R R RP S S S SCQ3 S S S S S S S S S SCQ4 S S S S S S R R R R
Protéase-Integrase
ReverseTranscriptase
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AMPLIFICATION• Nombre de laboratoires pour lequel l’amplification
d’au moins un échantillon a échoué
w France (6/44) laboratoire)§ 1 Echantillon négatif amplifié Détails page suivante
• RT (n=1)• Prot (n=1)
§ 5 Echantillons positifs non amplifié Détails page suivante• Intégrase (n=3)• RT (n=3)• Prot (n=4)
w PED (1/8) laboratoire)§ Echantillon positif non amplifié: Détails page suivante
• Intégrase (n=1)
Performance globale des laboratoires sur les gènes de la RT et la protéase
11France (n=44) - Suisse (n=4) – PED (n=8)
% de Labos ayant obtenu la même séquence que la séquence consensus sur le gène de l’intégrase
15
France (n=41) - PED (n=3) - Suisse (n=4)
Proportion de labos ayant obtenu la bonne interprétation de la résistance du virus au traitement (France – Suisse – PED)
16
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SOUS-TYPE: (discordance par rapport aux consensus)
Consensus
Sous-type
CQ1CQ2 BCQ3 CR02_AGCQ4 A1
ATEWCRF01 CQ4
BGDRNON AMPLIFIE CQ1
PYPANON B CQ4
QRVYCRF02_AG CQ2
WJRMCRF01_AE OU A CQ4
France
XHJQB/CRF29 CQ2
YVJXCRF01_AE CQ4
ZUADCRF01_AE CQ4
PED
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TROPISME : (discordance par rapport aux consensus)
Consensus
TropismeCQ1CQ2 X4CQ3 R5CQ4 X4
FDUPR5 CQ2
LGCWEchec CQ4
QRVYEchec CQ4
VCVJX4/R5 CQ3Indeterminé CQ4
WJRMEchec CQ4
XCUMEchec CQ4
XTSVIndeterminé CQ4
ZLVQX4/R5 CQ3Indeterminé CQ4
France
ECVYX4 CQ3
RLAQIndeterminé CQ3
Suisse