SEMINAR HASIL

Komisi Pembimbing:

Dr. Hawis Madduppa, M.Si

Prof. Dr. Dietriech G. Bengen, DEA

DISTRIBUSI SPASIAL ZOOPLANKTON BERDASARKAN DNA LINGKUNGAN (eDNA)

DI PERAIRAN PESISIR RAJA AMPAT

Sayyidah Fatchiyyah

C551170071

Jens M

artensso

n

Zooplankton

2

_

2

0

2

0

_

Pendahuluan

Worden et al. (2015)

Kemunculannya zooplankton berperan

penting dalam menunjang produktivitas

ikan (Richardson, 2015).

Sumberdaya perikanan Kabupaten Raja

Ampat, Provinsi Papua Barat sudah

terlihat tren penurunan dalam hal total

produksi ikan karang (Haryani & Fauzi,

2019).

>>>

Mempertahankan ketersediaan

makanan ikan karang dengan pendataan

zooplankton

Jens M

artensso

n

3

_

2

0

2

0

_

Morfologi

Kelebihan:

- Konvensional

- Spesifik, detail

(Ahli taksonom)

Kekurangan:

- Waktu

- Invasif

E-DNA (Environmental DNA)

- Menghasilkan informasi taksonomi dengan cepat

(Harvey et al. 2017)

- Lebih efisien dan murah untuk survei keanekaragaman

ekosistem

(Yang and Zhang, 2020)

- E-DNA dapat digunakan untuk mengetahui persentase

hingga tingkat spesies (Murakami et al. 2019)

Latar Belakang

Jens M

artensso

n

4

_

2

0

2

0

_

• Mengetahui jenis dan komposisi Zooplankton di Perairan Pesisir

Raja Ampat

• Membandingkan sebaran spasial Zooplankton berdasarkan zona di

Perairan Pesisir Raja Ampat

Tujuan Penelitian

Jens M

artensso

n

5

_

2

0

2

0

_

- Waktu pengambilan sampel,

15-22 Januari 2018

- Lokasi pengambilan sampel

(18 site)

- 7 site di Zona Inti

- 6 site di Kawasan Terbuka

- 5 site di Zona Pemanfaatan

Metode Penelitian

Jens M

artensso

n

01

02

03

04

05

Pengambilan Sampel

- Kedalaman 3-6 m

- Botol Air (4L)

Penyaringan Sampel

- Peristaltic pump

- Kertas saring 12µ

- Cryotube 2ml + DNA Shield

Ekstraksi dan AmplifikasiSampel

- Kit standar Microbial Community: soil extraction, ZymoBIOMICS

- PCR: Primer V9 (Plankton)

- Elektroforesis

Sekuen DNA

- Miseq Ilumina

- University of Rhode Island, U.S.A.

Analisis Data

- QIIME (Cutadapt, DADA2, MAFFT)

- SILVA (Database)

- R Program (ggplot, vegan, ANOSIM, PERMANOVA)

_

2

0

2

0

_

Jens M

artensso

n

7

_

2

0

2

0

_

Hasil Analisis

Komposisi Taksa (a) dan Kelimpahan Filum (b)

(a) (b)

0 20000 40000 60000 80000 100000 120000 140000 160000

Arthropoda

Annelida

Urochordata

Mollusca

Craniata

Cnidaria

Platyhelminthes

Chaetognatha

Ctenophora

Porifera

Bryozoa

Nemertea

Echinodermata

159901

11444

5590

1736

1527

454

202

168

106

88

45

11

8

Reads sequence

Jens M

artensso

n

8

Kelimpahan Zooplankton di Raja Ampat

berdasarkan Spesies

ANOSIM statistic R: 0.06136

Significance: 0.221

R < 0.25

Tidak ada perbedaan antar

zona

_

2

0

2

0

_

Jens M

artensso

n

9

_

2

0

2

0

_

Kategori rendah hingga sedang

Indeks Keanekaragaman

Jens M

artensso

n

10

_

2

0

2

0

_

Sebaran spasial zooplankton berdasarkan

Spesies

Jens M

artensso

n

11

Analisis statistik sebaran spasial zooplankton

berdasarkan zona di Perairan Pesisir Raja

Ampat

Jarak antar zona

Adonis Pr (>F) = 0.865

0.05

Tidak berbeda nyata

_

2

0

2

0

_

Jens M

artensso

n

12

Kesimpulan

- Kelompok yang banyak ditemukan adalah Unidentified pada setiap site

- Filum yang mendominasi pada kelimpahan zooplankton adalah

Arthropoda, spesies yang mendominasi di Zona inti adalah Acrocalanus

gracilis, Zona Pemanfaatan adalah Corycaeus speciosus dan di Zona

Kawasan Terbuka adalah Paracalanus parvus

- Sebaran spasial antar zona menunjukkan hasil yang tidak berbeda nyata

_

2

0

2

0

_

Jens M

artensso

n

13

_

2

0

2

0

_

Daftar Pustaka

Haryani, E. B. S., & Fauzi, A. (2019). Bioeconomic analysis on coral fish in Raja Ampat Regency , West Papua Province Bioeconomic

analysis on coral fish in Raja Ampat Regency , West Papua Province. IOP Conf. Series: Earth and Environmental Science 278 (2019)

012032. https://doi.org/10.1088/1755-1315/278/1/012032

Harvey, J. B. J., Johnson, S. B., Fisher, J. L., Peterson, W. T., & Vrijenhoek, R. C. (2017). Comparison of morphological and next

generation DNA sequencing methods for assessing zooplankton assemblages. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 487,

113 126. https://doi.org/10.1016/j.jembe.2016.12.002

Murakami, H., Yoon, S., Kasai, A., Minamoto, T., Yamamoto, S., Sakata, M. K., Horiuchi, T., Sawada, H., Kondoh, M., Richardson, E. R. & R.

W. (2015). Plankton 2015What is Plankton 2015 ? CSIRO Report, 1 20.

Yang, J., & Zhang, X. (2020). eDNA metabarcoding in zooplankton improves the ecological status assessment of aquatic ecosystems.

Environment International, 134(September 2019), 105230.https://doi.org/10.1016/j.envint.2019.105230

Worden, A. Z., Micahel, J. F., Stephen, J. G., Susanne, W., Amy, E. Z., & Patrick, J. K. (2017). Rethinking the marine carbon cycle:

Factoring in the multifarious lifestyles of microbes. Science, 347, 1257594. https://doi.org/10.1126/science.1257294

https://doi.org/10.1016/j.jembe.2016.12.002https://doi.org/10.1126/science.1257294