DNA BARCODING DAN ANALISIS FILOGENETIK IKAN HIU … · sudah pesat yang telah berdampak pada penurunan populasi beberapa jenis ... diantaranya ialah berevolusi lebih cepat dibandingkan

DNA BARCODING DAN ANALISIS FILOGENETIK IKAN

HIU YANG DIDARATKAN DI PELABUHAN

PERIKANAN SAMUDERA CILACAP

EKA MAYA KURNIASIH

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2013

PERNYATAAN MENGENAI SKRIPSI DAN

SUMBER INFORMASI SERTA PELIMPAHAN HAK CIPTA

Dengan ini saya menyatakan bahwa skripsi yang berjudul DNA Barcoding

dan Analisis Filogenetik Ikan Hiu yang Didaratkan di Pelabuhan Perikanan

Samudera Cilacap adalah benar karya saya dengan arahan dari komisi

pembimbing dan belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi

mana pun. Sumber informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan

maupun tidak diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan

dicantumkan dalam Daftar Pustaka di bagian akhir skripsi ini.

Dengan ini saya melimpahkan hak cipta dari karya tulis saya kepada Institut

Pertanian Bogor.

Bogor, September 2013

Eka Maya Kurniasih

NIM C54090040

ABSTRAK

EKA MAYA KURNIASIH. DNA Barcoding dan Analisis Filogenetik Ikan Hiu

yang Didaratkan di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap. Dibimbing oleh

HAWIS MADDUPPA dan BEGINER SUBHAN.

Perairan Indonesia diketahui lebih dari 75 spesies hiu yang ada, yang saat

ini banyak tertangkap dan diperdagangkan bagian-bagian tubuh tertentu seperti

sirip, minyak hati, daging, tulang, kulit dan mata. Status konservasi CITES dan

IUCN telah menyatakan bahwa sebagian besar spesies hiu terancam dan

menghadapi kepunahan. Mengidentifikasi spesies dari potongan tubuh organisme

tidak dapat dilakukan, oleh karena itu DNA Barcoding dan filogenetik dapat

digunakan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi hiu spesies

yang diperdagangkan di pelabuhan perikanan Cilacap dan menentukan hubungan

filogenetiknya. Hasil yang telah berhasil diamplifikasi dari lokus COI

(Cytochrome Oxidase I) sebagai barcoding dalam pembuatan pohon filogeni yang

menunjukkan kekerabatan terdapat 6 kelompok famili hiu yang berbeda yang

diperdagangkan di Cilacap. Hasil ini juga menunjukkan tiga status konservasi

spesies hiu yang tertangkap, yaitu status rawan (Sphyrna zygaena, Alopias

superciliosus, Carcharhinus obscurus, Isurus paucus, dan Isurus oxyrinchus),

status hampir terancam (Pseudocarcharias kamoharai, Carcharhinus falciformis,

Prionace glauca, dan Squalus hemipinnis) dan dalam status terancam (Sphyrna

lewini). Hasil identifikasi ini penting membantu pemerintah untuk membentuk

perlindungan hiu dan kebijakan perdagangan.

Kata kunci: DNA Barcoding, filogenetik, hiu, identifikasi spesies, konservasi,

PPS Cilacap

ABSTRACT

EKA MAYA KURNIASIH. DNA Barcoding and Phylogenetic Analysis of Shark

Landed in Fisheries Port Cilacap. Under Supervision of HAWIS MADDUPPA

and BEGINER SUBHAN.

Indonesian waters are known to be lived by more than 75 species of shark.

Most shark species are now being caught and traded for their body parts,

including their fins, liver oil, meat, bones, skin, and eyes. However, trade data on

shark in Indonesia is very lack. The identification of a shark fin to species level is

very problematic, as morphologically similar species and specimens, which are

poorly preserved or have had key diagnostic features removed, can be difficult to

identify. Therefore this research was conducted to identify shark species being

traded in Cilacap fisheries port, to confirm their conservation status with IUCN

redlist and to determine their phylogenetic relationship. The PCR using COI

(Cytochrome Oxidase I) was successfully amplified for 32 samples. A total of 10

spesies was identified and 6 clusters of different shark family was revealed. These

identified shark were categorized in three IUCN conservation status : vulnerable

status (Sphyrna zygaena, Alopias superciliosus, Carcharhinus obscurus, Isurus

paucus, and Isurus oxyrinchus), near threatened status (Pseudocarcharias

kamoharai, Carcharhinus falciformis, Prionace glauca, and Squalus hemipinnis)

and one species in endangered status (Sphyrna lewini). The identification result is

important to help government to build shark conservation and trading policy.

Keywords: DNA Barcoding, phylogenetic, shark, species identification,

conservation, PPS Cilacap

DNA BARCODING DAN ANALISIS FILOGENETIK IKAN

HIU YANG DIDARATKAN DI PELABUHAN

PERIKANAN SAMUDERA CILACAP

EKA MAYA KURNIASIH

Skripsi

Sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar

Sarjana Ilmu Kelautan pada

Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan

DEPARTEMEN ILMU DAN TEKNOLOGI KELAUTAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN

INSTITUT PERTANIAN BOGOR

2013

Judul Skripsi : DNA Barcoding dan Analisis Filogenetik Ikan Hiu yang

Didaratkan di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap

Nama : Eka Maya Kurniasih

NIM : C54090040

Disetujui oleh

Diketahui oleh

Dr Ir I Wayan Nurjaya MSc

Ketua Departemen

Tanggal Lulus: 26 September 2013

Dr Hawis Madduppa SPi, MSi

Pembimbing I

Beginer Subhan SPi, MSi

Pembimbing II

PRAKATA

Puji dan syukur penulis panjatkan kepada Allah SWT atas segala karunia-

Nya sehingga karya ilmiah ini berhasil diselesaikan. Tema yang dipilih dalam

penelitian yang dilaksanakan sejak bulan September 2012 ini ialah genetika hiu

dengan judul DNA Barcoding dan Analisis Filogenetik Ikan Hiu yang Didaratkan

di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap.

Terima kasih penulis ucapkan kepada Bapak Dr Hawis Madduppa SPi,

MSi dan Bapak Beginer Subhan SPi, MSi selaku pembimbing, serta Bapak Prof

Dr Drh G Ngurah Mahardika yang telah mendukung penelitian ini. Di samping

itu, penghargaan penulis sampaikan kepada Laboratorium Indonesian Biodiversity

Research Center, Bali beserta seluruh staff dan pegawai yang telah banyak

memberi saran dan membantu dalam pelaksanaan penelitian ini. Ungkapan terima

kasih juga disampaikan angkatan Ilmu dan Teknologi Kelautan tahun 2009 atas

dukungannya dan kepada ayah, ibu, serta seluruh keluarga, atas segala doa dan

kasih sayangnya.

Semoga karya ilmiah ini bermanfaat.

Bogor, September 2013

Eka Maya Kurniasih

DAFTAR ISI

DAFTAR TABEL………………………………………………………………. ix

DAFTAR GAMBAR……………………………………………………………. ix

DAFTAR LAMPIRAN………………………………………………………….. ix

PENDAHULUAN…………………………………………………………………1

Latar Belakang…………………………………………………………………..1

Tujuan Penelitian………………………………………………………………. 2

METODE………………………………………………………………………… 2

Waktu dan Tempat………………………………………………………......... 2

Bahan…………………………………………………………………………… 2

Alat……………………………………………………………………………... 2

Koleksi Sampel………………………………………………………………… 2

Ekstraksi dan Amplifikasi DNA ……………………………………………… 3

Elektroforesis…………………………………………………………………... 3

Sekuensing DNA……………………………………………………………… 3

Analisis Data…………………………………………………………………… 4

Identifikasi Spesies dan Status Konservasi……………………………….. 4

Analisis Filogenetik……………………………………………………….. 4

HASIL DAN PEMBAHASAN…………………………………………………… 4

Identifikasi Spesies dan Status Konservasi…………………………………….. 4

Hubungan Filogenetik………………………………………………………….. 8

SIMPULAN DAN SARAN……………………………………………………... 12

Simpulan……………………………………………………………………… 11

Saran………………………………………………………………………….. 12

DAFTAR PUSTAKA…………………………………………………………… 12

LAMPIRAN…………………………………………………………………….. 14

RIWAYAT HIDUP……………………………………………………………… 21

DAFTAR TABEL

1. Hasil identifikasi spesies hiu dan status konservasinya…………. 5

2. Hasil tangkapan ikan hiu di PPS Cilacap…...…………………… 8

3. Matriks jarak genetik spesies ikan hiu di PPS Cilacap.................. 11

DAFTAR GAMBAR

1. Konstruksi pohon filogeni berdasarkan DNA Barcoding hiu yang

didaratkan di PPS Cilacap………………………………….…… 11

DAFTAR LAMPIRAN

1. Prosedur kerja PCR………………………………………………. 15

2. Komposisi Master Mix pada PCR………………………………… 15

3. Hasil analisis BLAST dalam NCBI……………………………….. 16

4. Hasil pengurutan basa nukleotida………………………………..... 17

5. Spesies hiu yang teridentifikasi dari PPS Cilacap………………… 20

1

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Kegiatan penangkapan sumber daya perikanan yang cenderung bersifat

eksploitatif dan pengelolaan dengan menggunakan pendekatan produksi saat ini

sudah pesat yang telah berdampak pada penurunan populasi beberapa jenis

komoditas perikanan yang tergolong andalan komoditas ekspor seperti ikan hiu.

Ikan hiu merupakan ikan bertulang rawan yang termasuk ke dalam kelas

Chondrichthyes yang dapat dijumpai hampir diseluruh wilayah perairan

Indonesia, baik di perairan territorial, perairan samudera maupun Zona Ekonomi

Eksklusif Indonesia (ZEE). Spesies hiu yang ditemukan lebih dari 75 jenis hiu di

perairan Indonesia dan sebagian besar dari jenis tersebut sudah banyak

dimanfaatkan dan diperdagangkan (Wibowo dan Susanto 1995). Hampir seluruh

bagian tubuh ikan hiu dapat dimanfaatkan, mulai dari sirip, minyak hati sampai

daging, tulang, kulit dan mata. Indonesia memasok sekitar 15% dari total

kebutuhan sirip hiu dunia, sedangkan negara-negara lainnya hanya sekitar 1%

(Stevens et al. 2000); (Traffic 2002). Badan Pusat Statistik (BPS) mencatat sekitar

434 ton sirip ikan hiu diekspor sepanjang tahun 2012. Nilai perdagangan tersebut

mencapai US$ 6 juta atau mencapai Rp 57 miliar.

Perkembangan perdagangan ikan hiu yang telah meningkat serta semakin

intensifnya penangkapan ikan hiu menyebabkan ikan hiu rentan terhadap jumlah

populasinya di perairan Indonesia terutama di perairan selatan Indonesia. Hampir

sebagian besar spesies hiu yang ada termasuk ke dalam daftar merah (IUCN)

sebagai spesies yang terancam punah seperti Sphyrna lewini, Alopias

superciliosus, Carcharhinus obscurus, dan Isurus oxyrinchus.

Perdagangan ikan hiu umumnya hanya dalam bentuk sirip sehingga sulit

untuk diidentifikasi secara konvensional Hebert et al. (2003) memperkenalkan

DNA barcode sebagai sarana untuk mengidentifikasi semua spesies hewan.

Kemampuan barcode DNA untuk mengidentifikasi spesies bergantung pada

degenerasi kode genetik. Taksonomi molekuler DNA barcoding dapat membantu

proses identifikasi ini karena hanya membutuhkan sedikit jaringan tubuh dari ikan

hiu tersebut. Pengkajian keragaman genetik melalui penandaan molekuler

menggunakan DNA (Deoxyribo Nucleid Acid) baik pada DNA inti dan DNA

mitokondria (mtDNA) akan didapatkan hasil yang dapat mengungkapkan

perbedaan dengan lebih teliti dalam membedakan intra dan interspesies yang

menyangkut tentang struktur, komposisi dan organisasi genom pada tingkat DNA.

Penggunaan mtDNA sebagai gen target semakin banyak di lakukan untuk

identifikasi suatu spesies (Kyle dan Wilson 2007). Kelebihan yang dimiliki oleh

mtDNA sebagai target dalam identifikasi spesies, diantaranya ialah berevolusi

lebih cepat dibandingkan DNA inti, berukuran lebih kecil dibandingkan DNA inti,

terdapat beberapa salinan di dalam sel dan sekuen lengkap mtDNA beberapa

organisme perairan telah diketahui. Oleh karena itu, penggunaan mtDNA sangat

efektif untuk penentuan dan pengidentifikasian keragaman genetik suatu makhluk

hidup. Hal yang mendukung penggunaan mtDNA sebagai penanda genetik salah

satunya adalah karena mtDNA terdapat dalam jumlah copy yang tinggi, sehingga

memudahkan dalam pengisolasian dan purifikasi untuk berbagai keperluan analisa

(Duryadi 1994).

2

Pengetahuan struktur genetik ini penting untuk konservasi dan proteksi

ikan hiu sebagai spesies langka dan terancam serta menduga pengaruh perubahan

terhadap populasi alami. Kondisi yang seperti telah dijelaskan sebelumnya yang

membuat analisis keanekaragaman genetik ikan hiu dengan penentuan marka

mitokondria dalam mengukur kekerabatan spesies ikan hiu dalam populasi dengan

hasil yang ingin dicapai dapat mengidentifikasi spesies ikan hiu yang banyak

ditangkap atau diperdagangkan serta keanekaragaman genetik ikan hiu di perairan

selatan Indonesia, khususnya yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan Samudera

Cilacap, Jawa Tengah.

Tujuan Penelitian

1. Mengidentifikasi spesies ikan hiu secara molekuler dan status

konservasinya dari ikan hiu yang didaratkan di Pelabuhan Perikanan

Samudera Cilacap, Jawa Tengah.

2. Menentukan hubungan filogenetik antar spesies ikan hiu yang didaratkan

di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap, Jawa Tengah.

METODE

Waktu dan Tempat

Pengambilan sampel hiu dilakukan pada Bulan November 2012 bertempat

di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap, Jawa Tengah. Pengolahan data sampel

hiu dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Indonesian Biodiversity

Research Center, Bali dan Laboratorium Biodiversitas dan Biosistematika

Kelautan, Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan, Fakultas Perikanan dan Ilmu

Kelautan, Institut Pertanian Bogor.

Alat

Alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah vortex, mikrosentrifus,

heating block, forceps, mikropipet, tip pipet, thermo cyler, kalkulator, alat tulis,

timbangan, tabung erlemenyer, gelas ukur, microwave, serta Perangkat Lunak

Mega 5.2.

Bahan

Bahan yang digunakan dalam penelitian adalah sampel daging hiu, larutan

ekstraksi Chelex 10%, sarung tangan, etanol, ddH2O, buffer PCR, dNTP, enzim

taq polymerase, MgCl2, primer, Agarosa, EtBr, loading dye, serta low mass

leader.

Koleksi Sampel

Pengambilan sampel dilakukan pada Bulan November 2012 di Pelabuhan

Perikanan Samudera Cilacap, Jawa Tengah. Sampel yang didapat sebanyak 35

3

sampel yang dimasukkan kedalam tabung reaksi yang telah diisi etanol 96%

sebanyak 1 ml, dan diberi label menurut masing-masing sampel individu. Tabung

yang telah berisi sampel dan ethanol disimpan rapi di Laboratorium.

Ekstraksi dan Amplifikasi DNA

Ekstraksi DNA bertujuan untuk menghancurkan sel dan mengambil

jaringan pada sampel. Metode ekstraksi yang digunakan adalah metode Chelex

10% (Walsh et al. 1991). Proses amplifikasi DNA menggunakan metode

Polymerase Chain Reaction (PCR) Hotstart merupakan suatu teknik atau metode

perbanyakan (replikasi) DNA secara enzimatik. Komponen utama dalam PCR

adalah DNA template, dNTPs, buffer PCR, MgCl2, primer, dan enzimpolymerase.

Primer yang digunakan untuk hiu adalah primer modifikasi yang dipakai menggu-

nakan "Matt Craig, Pers. Comm" untuk lokus COI fish BCH: 5'-TAA ACT TCA

GGG TGA CCA AAA AAT CA-3' atau fish BCL: 5'-TCA ACY AAT CAY AAA

GAT ATY GGC AC3' (Baldwin et al. 2009)

Proses PCR pada penelitian ini dilakukan sebanyak 38 kali siklus setiap

siklus terdiri atas tiga tahap. PCR dilakukan dengan menggunakan mesin PCR

(thermo cyler) yang terdiri dari beberapa proses yaitu pemisahan DNA utas ganda

(denaturation) pada suhu 94 oC selama 30 detik, penempelan primer (anneling)

pada suhu 48 oC selama 30 detik dan pemanjangan segmen DNA (ekstention) pada

suhu 72 oC selama 45 detik.

Proses amplifikasi ini dimulai dengan mengisi lembar kerja PCR dengan

tanggal, jumlah sampel, tipe ekstraksi dan catatan lainnya (Lampiran 1). Pengisian

lembar kerja ini dilakukan untuk menghitung berapa banyak master mix (MM)

yang dibutuhkan dan enzim taq Polimerase serta jumlah ekstrak yang digunakan

(Lampiran 2).

Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul

bermuatan berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik.

Elektroforesis bertujuan untuk mengetahui kualitas DNA dalam produk PCR.

Senyawa dengan muatan elektronnya akan berpindah tempat dalam satu bidang

elektrik sebanding dengan laju kerapatan muatan mereka. Fragmen DNA dengan

panjang yang berbeda divisualisasikan menggunakan pewarna fluorescent spesifik

untuk DNA, seperti bromida etidium. Jenis gel yang digunakan adalah agarosa

yang dapat menunjukkan band atau ukuran fragmen pasangan basa yang dapat

dilihat dengan sinar ultraviolet.

Sekuensing DNA

Sekuensing DNA adalah metode untuk menentukan urutan nukleotida yang

terdapat dalam DNA. Urutan DNA berhubungan dengan informasi genetik

turunan dalam nukleus (inti), plasmid, mitokondria, dan kloroplas yang

membentuk dasar pengembangan semua makhluk hidup. Sampel yang sudah

diamplifikasi dengan metode PCR, selanjutnya disekuensing untuk memperoleh

urutan nukleotidanya. Metode sekuen yang digunakan adalah metode Sanger.

http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Komponen&action=edit&redlink=1

http://id.wikipedia.org/wiki/Molekul

http://id.wikipedia.org/w/index.php?title=Muatan&action=edit&redlink=1

http://id.wikipedia.org/wiki/Migrasi

http://id.wikipedia.org/wiki/Medan_listrik

http://translate.googleusercontent.com/translate_c?hl=id&langpair=en%7Cid&u=http://en.wikipedia.org/wiki/Fluorescent_dye&rurl=translate.google.co.id&usg=ALkJrhh-Kz5u1IAcBtB7zZukOursVZZesA

http://translate.googleusercontent.com/translate_c?hl=id&langpair=en%7Cid&u=http://en.wikipedia.org/wiki/Ethidium_bromide&rurl=translate.google.co.id&usg=ALkJrhhlAYmlPdWYECIqOJ0oXbpIQ9JkNQ

4

Proses sekuen DNA dikirim ke Berkeley Sequencing Facility di Amerika untuk

disekuen.

Analisis Data

Identifikasi Spesies dan Status Konservasi

Analisis data dilakukan dengan menggunakan software Mega 5.2

(Molecular Evolutionary Genetic Analysis) untuk pembacaan urutan nukleotida

dan penjajaran (alignment) menggunakan ClustalW pada program tersebut untuk

melihat adanya keragaman nukleotida (Tamura et al 2007). Data hasil penjajaran

nukleotida yang diperoleh kemudian dicocokkan dengan data yang tersedia pada

GeneBank di NCBI (National Center for Biotechnology Information) dengan

menggunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).

Hasil yang diperoleh dari GeneBank dianalisis status konservasinya dengan

menggunakan IUCN (International Union for Conservation of Nature and

Natural Resources). Tujuan didirikannya IUCN adalah untuk membantu

komunitas di seluruh dunia dalam konservasi alam.Kategori status IUCN Red List

merupakan kategori yang digunakan oleh IUCN dalam melakukan klasifikasi

terhadap spesies-spesies berbagai makhuk hidup yang terancam

kepunahan.Menurut Camhi et al tahun 1998 ada beberapa kategori yang termasuk

kedalam daftar IUCN yaitu punah (Extinct), punah di alam (Extinct in the wild),

sangat terancam (Critically endangered), terancam (Endangered), rawan

(Vulnerable), hampir terancam (Near threatened), tidak mengkhawatirkan (Least

concern), minim informasi (Data deficient) dan belum di evaluasi (Not

evaluated).

Analisis Filogenetik

Filogenetik adalah salah satu sistem klasifikasi yang didasarkan pada

hubungan kekerabatan (evolusi) antara takson satu dengan lainnya (Purnomo dan

Pudjoarinto 1999). Oleh karena itu sistem klasifikasi ini sangat penting untuk

digunakan dalam penelusuran kekerabatan evolusioner diantara berbagai takson

yang ada (Mabrouk et al 2006). Pembuatan rekostruksi filogenetik pada

penelitian ini menggunakan metode maximum likelihood tree dengan

nilaiboostrap 1000, dan Tamura Nei (TN93) model. Outgroup yang digunakan

yaitu Rhinobatus penggali atau pari penggali muncar untuk mengetahui sejauh

mana keakuratan yang diperoleh dari bentukan cabang pohon filogenetik.

HASIL DAN PEMBAHASAN

DNA Barcoding dan Status Konservasi

Hasil pengurutan basa dianalisis dengan program BLAST (Basic Local

Alignment and Search Tool) yang diperoleh berkisar 99-100% yang

dikategorikan memiliki tingkat homologi yang tinggi yang menandakan bahwa

hasil dari identifikasi dengan forensik DNA sangat sesuai dalam membedakan

spesies terhadap urutan basa DNA yang didapatkan dari suatu urutan lain yang

ada dalam bank data gen. Sampel ikan hiu dari 35 individu berhasil

5

teramplifikasi sebanyak 32 individu, hal ini dapat disebabkan saat pengolahan

sampel pada proses ekstraksi atau PCR tidak berhati-hati sehingga didapatkan

data sekuen yang bukan merupakan jenis hiu tetapi spesies lain, yaitu bakteri,

sehingga dipastikan bahwa sampel ikan hiu mengalami kotaminasi.

Tabel 1. Hasil identifikasi spesies hiu yang didaratkan di PPS Cilacap

menggunakan BLAST dan status konservasi berdasarkan IUCN

Famili Analisis BLAST Nama umum Jumlah

(ekor)

Status

konservasi

Sphyrnidae Sphyrna zygaena Smooth

Hammerhead

2 Rawan

Sphyrna lewini Scalloped

Hammerhead

2 Terancam

Alopiidae Alopias

superciliosus

Bigeye Thresher

Shark

2 Rawan

Pseudocarchariidae Pseudocarcharias

kamoharai

Crocodile Shark 6 Hampir

terancam

Carcharhinidae Carcharhinus

falciformis

Silky Shark 4 Hampir

terancam

Carcharhinus

obscurus

Dusky Shark 2 Rawan

Prionace glauca Blue Shark 2 Hampir

terancam

Lamnidae Isurus paucus Longfin Mako 4 Rawan

Isurus oxyrinchus Shortfin Mako 5 Rawan

Squalidae Squalus hemipinnis Indonesian

Shortsnout

Spurdog

3 Hampir

terancam

Hasil BLAST (Tabel 1) memberikan informasi bahwa individu yang

terdapat di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap teridentifikasi sebagai 6

famili ikan hiu yang terdapat di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap yaitu

Sphyrnidae, Alopiidae, Pseudocarchariidae, Lamnidae, Squalidae dan

Carcharhinidae. Famili terbanyak yang ditemukan adalah famili Carcharhinidae

dalam status pada IUCN termasuk hampir teracam. Jenis hiu yang didaratkan di

Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap ada 10 spesies dari 32 individu.

Ada dua spesies dari Famili Sphyrnidae (hammerhead shark) yaitu Sphyrna

zygaena dan Sphyrna lewini (Lampiran 5). Pada penelitian ini hiu spesies Sphyrna

zygaena dan Sphyrna lewini memiliki tingkat kemiripan mencapai 100% dengan

jenis yang ada pada GeneBank (www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/) (Lampiran 2).

Hiu Sphyrna zygaena atau hiu caping atau martil yang hidup didaerah

dekat pantai sampai ke lepas pantai mulai dari lapisan permukaan hingga

kedalaman 20 m atau lebih. Ikan hiu spesies ini kadang tertangkap oleh pancing

rawai hiu banyak dimanfaatkan siripnya karena bernilai pada saat ukuran dewasa

(White et al. 1997). Menurut IUCN (IUCN-SSC 2001) spesies Sphyrna zygaena

(Smooth hammerhead) merupakan spesies ikan hiu dengan status rawan artinya

hiu spesies ini memiliki resiko yang tinggi terhadap kepunahan di alam sehingga

penangkapannya perlu diatur dengan baik dan juga dalam hal produksi jumlah

anak yang dilahirkan 20-50 ekor dalam masa kandungan 10-11 bulan.

6

Spesies lain dari famili Sphyrnidae adalah spesies Sphyrna lewini

(Scalloped hammerhead). Hiu Sphyrna lewini atau hiu martil atau caping dijumpai

dari lapisan permukaan hingga kedalaman 275 m dan jumlah anak yang dilahirkan

12-41 ekor dengan masa kandungan 9-10 bulan (White et al. 1997). Menurut

IUCN (IUCN-SSC 2001) spesies ini termasuk terancam yaitu memiliki resiko

kepunahan di alam yang sangat tinggi dan hiu spesies ini sering tertangkap oleh

pancing rawai hiu dan jaring insang tuna.

Famili Alopiidae hanya teridentifikasi satu spesies yaitu Alopias

superciliosus (bigeye thresher shark ) (Lampiran 5) dengan jumlah 2 individu.

Hasil penelitian ini menunjukkan ikan hiu spesies dari Alopias superciliosus

dengan tingkat kemiripan mencapai 99-100% dengan spesies yang ada di

GeneBank (Lampiran 1). Menurut IUCN tahun 2001 hiu spesies Alopias

superciliosus juga termasuk kedalam kategori rawan sehingga pengelolaan

penangkapan sangat penting dilakukan untuk menjaga kelestarian hiu spesies ini.

Hiu spesies Alopias superciliosus atau dikenal didaerah cilacap sebagai hiu paitan

yang dapat tumbuh mencapai 461 cm dan sering dijumpai mulai dekat pantai

hingga laut lepas, dari permukaan hingga kedalaman 600 m. Makanannya berupa

ikan-ikan dasar dan pelagis serta kelompok cepalopoda. Hiu spesies ini

melahirkan 2-4 ekor anak dengan periode waktu memijah tidak diketahui dan

sering tertangkap oleh pancing rawai tuna dan rawai hiu (White et al. 1997).

Famili Pseudocarchariidae (Lampiran 5) juga teridentifikasi hanya satu

spesies yaitu Pseudocarcharias kamoharai atau hiu tongar dengan jumlah 6

individu. Hiu spesies ini dijumpai mulai dari permukaan hingga pada kedalaman

590 m dan melahirkan 4 ekor anak (White et al. 1997). Status pada IUCN

termasuk hampir teracam.

Famili Carcharhinidae (Lampiran 5) merupakan famili hiu yang

teridentifikasi memiliki jumlah spesies yang paling banyak yaitu 3 spesies hiu

dengan total 8 individu yaitu Carcharhinus falciformis (silky shark) sebanyak

4 individu, Carcharhinus obscurus (Dusky Shark) sebanyak 2 individu dan

Prionace glauca (Blue Shark) sebanyak 2 individu.

Famili dari Carcharhinidae yaitu Prionace glauca (Blue Shark). Status

pada IUCN termasuk hampir teracam artinya kategori ini diyakini akan terancam

keberadaannya di masa mendatang, apabila tidak ada usaha pengelolaan terhadap

spesies tersebut. Hiu ini jumlah anak yang dilahirkan 4-135 ekor dalam setahun

atau dua tahun dengan lama kandungan 9-12 bulan (White et al. 1997). Hiu ini

dapat dijumpai pada lapisan permukaan hingga kedalaman 800 m.

Hiu spesies Carcharhinus falciformis memiliki tingkat kemiripan spesies

dengan spesies GeneBank mencapai 99-100% (Lampiran 3). Menurut IUCN tahun

2001 hiu dengan jenis Carcharhinus falciformis termasuk kedalam kategori atau

hampir terancam artinya kategori ini diyakini akan terancam keberadaannya di

masa mendatang, apabila tidak ada usaha pengelolaan terhadap spesies tersebut.

Carcharhinus falciformis atau hiu lanyam biasanya dapat dijumpai dekat dengan

permukaan dijumpai hingga kedalaman 500 m (White et al. 1997).

Hiu spesies Carcharhinus obscurus memiliki urutan panjang basa

nukleotida dengan persentase kemiripan spesies dengan spesies yang ada di Gene

Bank mencapai 100% (Lampiran 2). Menurut IUCN (2001), hiu spesies

Carcharhinus obscurus termasuk kedalam kategori rawan. Charcharinus

obscurus hidup di daerah dekat pantai hingga laut ke laut lepas pantai, jumlah

7

anak yang dilahirkan 3-14 ekor dengan lama kandungan 16 bulan (White et al.

1997).

Famili Lamnidae (Lampiran 5) hanya teridentifikasi 2 spesies yaitu Isurus

paucus (longfin mako) dan Isurus oxyrinchus (Shortfin Mako) dengan total jumlah

individu paling banyak yaitu 9 individu. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa

hiu spesies Isurus paucus atau hiu tenggiri memiliki tingkat kemiripan spesies

dengan spesies yang ada pada Gene Bank sebesar 100 % (Lampiran 2). Menurut

IUCN tahun 2001 hiu dengan spesies Isurus paucus dengan jumlah 4 individu

termasuk kedalam kategori rawan. Hiu spesies ini melahirkan anak 2-8 ekor

dalam satu kali masa reproduksi dengan periode waktu yang belum diketahui

(White et al. 1997).

Hiu spesies Isurus oxyrinchus (Shortfin Mako) terdapat 5 individu dengan

bentuk tubuhnya langsing sehingga mampu berenang cepat. Hidup di laut terbuka

lepas pantai tetapi sering ditemukan di lapisan permukaan hingga kedalaman 600

m. IUCN tahun 2001 hiu dengan spesies Isurus oxyrinchus dengan jumlah 4

individu termasuk kedalam kategori rawan dapat dilihat dari jumlah melahirkan 4-

25 anak dalam satu kali masa memijah pada periode 15-18 bulan atau reproduksi

yang terjadi setiap 3 tahun (White et al. 1997).

Famili Squalidae (Lampiran 5) teridentifikasi satu spesies yaitu Squalus

hemipinnis (Indonesian Shortsnout Spurdog) dengan jumlah 3 individu. Pada

IUCN termasuk hampir teracam artinya kategori ini diyakini akan terancam

keberadaannya di masa mendatang, apabila tidak ada usaha pengelolaan terhadap

jenis tersebut. Hiu ini kemungkinan terdapat di perairan yang lebih dangkal

daripada jenis lain dari genus ini serta dapat melahirkan 3-10 ekor anak dalam

satu kali masa memijah dengan periode waktu yang belum diketahui (White et al.

1997).

Ditinjau dari segi ekonomis, ikan hiu memegang peranan penting.

Dagingnya dapat dijadikan olahan makanan atau dibuat tepung ikan, kulit dan

hatinya dibuat minyak ikan yang merupakan sumber vitamin A, dari kelenjar

pankreas dapat dibuat insulin untuk obat kencing manis, siripnya dikeringkan dan

dijual untuk dibuat sirip ikan hiu yang istimewa.

Berdasarkan dari informasi dari PPS Cilacap satu sirip hiu dapat mencapai

harga Rp 100.000. Dari harga tersebut terlihat bahwa sirip hiu sangat bernilai

ekonomis tinggi sehingga nelayan lebih tertarik dengan penangkapan hiu.

Investasi secara besar-besaran akan berdampak penangkapan ikan hiu secara

besar-besaran sehingga menyebabkan beberapa spesies hiu mengalami penurunan

jumlah populasi bahkan kepunahan sehingga dapat berpengaruh pada sistem

ekologi terutama rantai makanan.

Organisasi yang mengeluarkan status konservasi berasal dari organisasi

pemerintahan ataupun organisasi non pemerintahan.Organisasi non pemerintahan

yang saat ini menjadi acuan status konservasi di banyak negara adalah

International Union for Conservation of Nature (IUCN). Pemerintah Indonesia

melalui Kementrian Kehutanan RI menggunakan acuan status konservasi yang

dikeluarkan oleh IUCN. Lembaga lainnya yang mirip dengan IUCN dan sering

bekerjasama dalam menentukan status konservasi adalah CITES (The Convention

on International Trade in Endangered Species). Berdasarkan International Union

for Conservation of Nature (IUCN) tersebut hiu yang terdapat di Pelabuhan

Samudera Cilacap terdapat 3 kategori yaitu terancam (endangered), rawan

8

(vulnerable), dan hampir terancam (near threatened). Kondisi ini merupakan

kondisi dengan risiko tinggi kepunahan alaminya di habitat alaminya.

Tabel 2. Perbandingan hasil tangkapan ikan hiu di PPS Cilacap dengan hasil DNA

Barcoding

Spesies Ikan Hiu Nama Lokal

Tahun Hasil

DNA

Barcoding 2011 2012 2013

Alopias supercilossus Hiu lutung/paitan 0 128 707 √

Isurus oxyrinchus Hiu mako/cakilan 9358 16713 1654 √

Squalus hempinis Hiu botol/karil 1156 302 120 √

Carcharhinus

falciformis Hiu lanjam 7227 753 2177 √

Alopias Hiu monyet/tikus 84807 8350 8580 √

Carcharhinus sorrah Hiu sorah 7157 69055 9307 −

Sphyrna lewini Hiu martil/capingan 3830 149 245 √

Carcharinus longimanus Hiu koboi 130 79 604 −

Mustelus antarcticus Hiu Londer 260 45 1310 −

Prionace glauca Hiu selendang 1343 670 185 √

Pseudocarcharias

kamoharai Hiu buaya 3 0 0 √

Sumber : Pusat Informasi Produksi Pelabuhan Perikanan Cilacap

Berdasarkan data produksi ikan di PPS Cilacap pada tahun 2011, 2012 dan

2013 (Tabel 2) dari 10 spesies hiu yang teridentifikasi berdasarkan hasil analisis

BLAST terdapat kesamaan dari 11 spesies hiu yang tercatat di PPS Cilacap

seperti spesies Alopias supercilossus, Carcharhinus falciformis, Isurus oxyrinchus,

Squalus hempinis, Sphyrna lewini, Prionace glauca, dan Pseudocarcharias

kamoharai. Pada tahun 2011 hasil tangkapan ikan hiu paling banyak pada spesies

ikan hiu Alopias spp. (hiu monyet/tikus), pada tahun 2012 hasil tangkapan ikan

hiu paling banyak pada spesies ikan hiu Carcharhinus sorrah (hiu sorah) dan pada

tahun 2013 hasil tangkapan ikan hiu paling banyak pada spesies ikan hiu

Carcharhinus sorrah (hiu sorah). Hiu-hiu tersebut menjadi target penangkapan

karena harga jual (terutama siripnya) yang cukup tinggi dibanding dengan hiu

lainnya.

Pada tahun 2012 dan 2013 spesies Pseudocarcharias kamoharai tidak ada

yang didaratkan di PPS Cilacap. Hal ini dapat dijadikan indikasi bahwa spesies ini sudah

semakin terancam.Tren ukuran hiu hasil tangkapan nelayan juga menunjukan gejala

penurunan panjang ukuran ikan berdasarkan dari hasil observasi di pendaratan

ikan Cilacap terdapat banyak ditemukan hiu masih berukuran kecil anak (<0.5 kg

atau < 60 cm). Selain itu beberapa spesies hiu sudah jarang didaratkan di PPS

Cilacap seperti hiu buas (Galeocerdo cuvier) dan hiu martil (Sphyrna lewini) dan

bahkan hiu gergaji (Pristis microdon) sudah tidak pernah didaratkan di pelabuhan

ini (PPS Cilacap 2009).

Menurut Ayotte 2005 menerangkan bahwa beberapa jenis hiu melahirkan

di dasar lautan, namun sebagian besar jenis hiu melahirkan di kawasan terumbu

karang, di dangkalan perairan pantai, atau wilayah estuari dimana berlimpah

makanan. Daerah-daerah tersebut adalah daerah tangkapan utama bagi nelayan,

9

sehingga kegiatan penangkapan ikan sering tumpang tindih dengan daerah

berkembang biaknya hiu. Kegiatan penangkapan ikan dapat menyebabkan mereka

hilang dari lautan sebelum mencapai masa reproduksi. Demikian pula degradasi

lingkungan laut tersebut dapat mengancam daerah asuhan mereka (Camhi 1998).

Hal ini yang membuat ikan hiu terkadang mudah tertangkap yang merupakan hasil

sampingan dari jenis ikan lain yang menjadi tujuan utama penangkapan seperti

ikan tuna, tongkol dan udang. Walaupun demikian, hasil tangkapan hiu terus

meningkat setiap tahunnya (Compagno 1984). Penggunaan alat tangkap didaerah

Cilacap yang mengunakan jaring liong bun atau disebut dengan bottom gillnet

serta menggunakan rawai cucut yang banyak digunakan masyarakat sekitar

Cilacap. Walaupun sebagian besar produksi perikanan hiu di Indonesia dihasilkan

dari hasil tangkap sampingan, akan tetapi menurut data FAO sudah sangat cukup

menempatkan posisi Indonesia sebagai negara yang mempunyai produksi

perikanan hiu terbesar di dunia dengan menguasai 12,1% tangkapan ikan hiu di

dunia selama kurun waktu 1990-2004 (Lack dan Sant 2006).

Sebagian besar spesies hiu tumbuh dan berkembang sangat lambat serta

memerlukan waktu bertahun-tahun hingga mencapai usia dewasa (Hoeve 1988).

Pada hiu berukuran besar, biasanya memerlukan waktu enam hingga delapan

belas tahun atau lebih untuk mencapai usia dewasa (Last dan Stevens 1994). Para

ilmuwan kesulitan untuk menentukan umur hidup hiu. Spesies hiu tertentu yang

berukuran besar dapat hidup hingga umur 40 tahun lebih (White et al. 2002). Hiu

mempunyai daur reproduksi yang panjang (satu atau dua tahun untuk beberapa

jenis hiu) serta waktu pengeraman yang lama juga (Compagno 1984). Proses

pengeraman untuk hiu berukuran kecil mencapai tiga hingga empat bulan

sedangkan untuk hiu berukuran besar bisa mencapai dua tahun atau lebih. Hiu

mempunyai tingkat fekunditas (fecundity rate) yang rendah. Jumlah embrio yang

dilahirkan serta membutuhkan waktu lama mengakibatkan mudah terjadi

eksploitasi pada sumberdaya hiu karena kemampuan pulihnya yang rendah.

Upaya menjaga kualitas habitat dan ekosistem laut juga menjadi keharusan untuk

mempertahankan keseimbangan dan keberlangsungan ikan hiu.

Hubungan Filogenetik

Kekerabatan antar jenis dianalisis dengan topologi pohon filogenetik yang

menunjukkan ada 10 spesies yang termasuk dalam 6 famili yang berbeda yang

terdapat di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap. Tingkat kepercayaan dari

topologi pohon filogeni dilihat dari pengujian dengan metode bootstrapping yaitu

dengan melihat nilai bootstrap support yang muncul dari konstruksi percabangan

pohon suatu clade yang diulang sebanyak 1000 kali pengulangan. Hasil pengujian

dengan metode bootstraping ditampilkan dalam bentuk diagram kladogram

disertai nilai penghitungan boostrap di setiap percabangannya (Gambar 1).

Semakin tinggi nilai bootstrap (mencapai nilai 100%), maka akurasi dari

percabangan pohon filogeni yang terbentuk semakin tinggi.

Dalam pohon filogeni, penambahan outgroup perlu sebagai perbandingan

dalam menentukan spesies yang berbeda dalam ingroup. Perbandingan ini dapat

dilakukan dengan melihat jarak genetik antara ingroup dan outgroup, serta antar

ingroup itu sendiri. Outgroup merupakan satu atau sekelompok organisme atau

10

taksa yang berkerabat jauh dengan taksa ingroup; sementara ingroup merupakan

spesies atau organisme yang digunakan dalam penelitian ini.

Gambar 1. Konstruksi pohon filogeni berdasarkan DNA Barcoding hiu yang

didaratkan di PPS Cilacap

Pada topologi pohon filogenetik terdapat skala 0.1 yang menunjukkan

bahwa dari 10 urutan nukleotida ada 1 basa yang berubah di setiap percabangan.

Pada setiap percabangan yang membentuk clade atau kelompok yang didukung

oleh nilai boostrap juga didukung oleh nilai jarak genetik. Jarak genetik

digunakan dalam melihat kedekatan hubungan antara spesies ikan hiu di Cilacap. Matriks perbedaan jarak genetik dari spesies ikan hiu di PPS Cilacap dapat dilihat

pada Tabel 3.

11

Tabel 3. Matriks jarak genetik antar spesies ikan hiu yang didaratkan di PPS

Cilacap

Spesies

Spesies 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

1

2 0,088

3 0,100 0,083

4 0,246 0,234 0,253

5 0,243 0,252 0,251 0,284

6 0,245 0,260 0,231 0,269 0,148

7 0,183 0,187 0,195 0,221 0,191 0,169

8 0,176 0,193 0,187 0,198 0,202 0,218 0,131

9 0,044 0,095 0,100 0,235 0,222 0,235 0,184 0,156

10 0,038 0,089 0,097 0,235 0,254 0,261 0,190 0,174 0,040

11 0,258 0,270 0,275 0,284 0,257 0,276 0,271 0,261 0,240 0,251

Keterangan

Spesies 1 : Carcharhinus falciformis Spesies 7 : Alopias superciliosus

Spesies 2 : Sphyrna zygaena Spesies 8 : Pseudocarcharias kamoharai

Spesies 3 : Sphyrna lewini Spesies 9 : Prionace glauca

Spesies 4 : Squalus hemipinnis Spesies 10: Carcharhinus obscurus

Spesies 5 : Isurus oxyrinchus Spesies 11: Rhinobatus penggali

Spesies 6 : Isurus paucus

Semakin dekat jarak genetik, maka semakin dekat hubungan kekerabatan

antar clade dalam pohon filogeni. Pada matrik jarak genetik dalam Tabel 3, nilai

jarak genetik terjauh adalah antara Rhinobatus penggali dan Squalus hemipinnis

dengan nilai 0.284 yang dijadikan sebagai pembanding antara jarak genetik

outgroup dan ingroup. Sementara jarak genetik antar ingroup dalam masing-

masing clade berkisar antara 0.040 – 0.284 %.

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

DNA Barcoding dapat digunakan hanya berdasarkan sampel daging atau

morfologi individu yang tidak utuh sebagai teknik identifikasi hiu yang akurat,

sampai tingkat spesies. Hasil konstruksi pohon filogeni dari urutan basa

nukleotida menunjukkan kekerabatan hiu yang didaratkan terbagi kedalam 10

spesies dengan 6 famili berbeda yang juga memperlihatkan kedekatan dan jarak

genetik yang berbeda. Hasil dari DNA Barcoding ikan hiu yang diidentifikasi di

PPS Cilacap sebanyak 10 spesies yang masuk dalam 3 kategori status konservasi,

yaitu status rawan (Sphyrna zygaena, Alopias superciliosus, Carcharhinus

obscurus, Isurus paucus, dan Isurus oxyrinchus), status hampir terancam

(Pseudocarcharias kamoharai, Carcharhinus falciformis, Prionace glauca, dan

Squalus hemipinnis) dan dalam status terancam (Sphyrna lewini).

12

Saran

Perlu dilakukan penelitian dalam bidang genetika yang lebih lanjut untuk

membuat database yang lebih luas mengenai jumlah, tempat, serta spesies hiu

yang ditangkap di seluruh wilayah Indonesia. Selain itu, perlu juga dilakukan

penelitian mengenai perdagangan hiu dalam segi ekonomi dan sosial untuk

mengetahui peranan perdagangan hiu bagi sentra ekonomi dan sosial masyarakat

pesisir. Dimana database dan hasil sosial ekonomi ini dapat digunakan sebagai

dasar dalam penentuan kebijakan konservasi dan perdagangan hasil laut,

khususnya hiu di kawasan Indonesia.

DAFTAR PUSTAKA

Ayotte, L. 2005. Sharks-Educator’s Guide. 3D Entertaintment ltd. And United

Nations Environtment Program.

Baldwin CC, Mounts JH, Smith DG, Weigt LA. 2009. Genetic identification and

color descriptions of early life-history stages of Belizean Phaeoptyx and

Astrapogon (Teleostei: Apogonidae) with comments on identification of

adult Phaeoptyx. Zootaxa 2008: 1–22.

Camhi M, Fowler, J. Musick, A. Brautigam and S. Fordham 1998. Sharks and

their relatives, ecology and conservation.Occasional Paper of the IUCN

Species Survival Commission No.20.IUCN, Gland, Switzerland and

Cambridge, UK. 39p.

Compagno.I.J. 1984. “FAO species catalogue.Vol 4.Sharks of the world. An

annoted and illustrate catalogue of shark species known to date Part 2.

Carcharniformes”.FAO ful, Synop.(125) vol 4. 655p.

Duryadi D. 1994. Peranan DNA Mitokondria (mtDNA) dalam Studi Keragaman

Genetik dan Biologi Populasi pada Hean hayati 1(1) : 1-4 Hoeve, U. W. 1988. Ensiklopedi Indonesia Serial Ikan. P.T. Dai Nippon Printing

Indonesia. Jakarta. 252. International Union for Conservation of Nature and Natural Resources [IUCN].

2001. IUCN Red list categories and criteria IUCN-The World

Conservation Union. Gland. Swizerland and Cambridge, UK.34p

Kyle CJ, Wilson CC. 2007. Mitochondrial DNA identification of game and

harvested freshwater fish spesies.Forensic Sciece Internasional 166(1):

68-76. Lack, M. & Sant, G. 2006. Confronting Shark Conservation Head On!. Cambridge:

TRAFFIC International. iv+29 hal.

Last, P. R. & J. D. Stevens. 1994. Sharks and Rays of Australia. Fisheries Research

and Development Corporation. 513 p.

Mabrouk, M.S., M. Hamdy, M. Mamdouh, M. Aboelfotoh, and Y.M. Kadah.

2006. BIOINFTool: Bioinformatics and sequence data analysis in

molecular biology using Matlab. Proc. Cairo International Biomedical

Engineering Conference.

Purnomo dan A. Pudjoarinto. 1999. Struktur Perkembangan I (Morfologi

Tumbuhan). Fakultas Biologi UGM. Yogyakarta, hal.1-3.

13

Stevens J.D., Bonfil, R, Dulvy, and Walker, P.A. 2000. The effects of fishing on

sharks, rays and chiemaeras (chondrinhtyans), and the implications for

marine ecosistem. ICES Journal of Marine Science, 57:476-494.

Tamura K, Dudley J, Nei M, Kumar S. 2007. Mega 4: Molecular Evolutionary

Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. Mol Biol Evol.24:1596-

1599.

Traffic. (2002). A CITES priorities: Sharks and the twelfth meeting of the

conference of the parties to CITES. Retrieved 6 February, 2004, from

(http://www.traffic.org/news/Sharks_CoP12.pdf)

Walsh PS, Mezger DA, Higuchi R. 1991. Chelex 100 as a medium for simple

extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material.

Biotecniques. 1991 Apr 10(4):506.

Wibowo S. dan H. Susanto. 1995. Sumberdaya dan Pemanfaatan Hiu. Penebar

Swadaya. Jakarta. 156 hal. White, W. T., N. G. Hall and I. C. Potter. 2002. Reproductive biology and growth

during pre and postanal life of T. personata and T. mucosa. Marine Biology

140: 699-712. White, W.T Last PR, Stevens JD, Yearsley GK, Fahmi, Dharmadi. 1997.

Economically important sharks and rays of Indonesia. National Library of

Australia Catalouguing in Publication entry. ACIAR monograph series ;

no.124:1-338

http://www.traffic.org/news/Sharks_CoP12.pdf

14

LAMPIRAN

15

Lampiran 1. Prosedur Kerja PCR

1. Gunakan Gloves(sarung tangan) kemudian keluarkan reagen: Air, dNTP,

buffer PCR, MgCl2, Primer 1 dan Primer 2 dari freezer untuk mencairkan.

2. Isi lembar kerja PCR dengan tanggal, jumlah sampel, tipe ekstraksi dan

catatan lainnya.

3. Tandai dan nomori tabung PCR dalam rack

4. Setelah bahan cair, jentikkan setiap tabung dengan jari untuk mencampur,

kocok isi hingga dasar tabung.

5. Buat campuran MM 1 : gunakan pipet NO DNA, tambahkan bahan sesuai

dengan volume yang telah dihitung dalam daftar di lembar PCR di tabung

1,5mL. Gunakan tip berbeda untuk setiap penambahan reagen. Pipet naik

turun untuk mencampur reagen sepenuhnya.

6. Gunakan pipet NO DNA, buat MM 2 dalam tabung 1,5mL terpisah, tetapi

jangan menambahkan taq.Gunakan tip berbeda untuk setiap penambahan

reagen. Pipet naik turun untuk mencampur reagen sepenuhnya.

7. Gunakan pipet NO DNA, bagi 14 μL MM1 ke dalam setiap tabung PCR.

8. Pindahkan DNA ekstra Chelex dari ruang pendingin dan jika perlu,

sentrifugasi singkat untuk menghilangkan kondensasi. Gunakan pipet

DNA rendah, tambahkan 1 μL DNA ekstrak untuk setiap tabung.

9. Ambil taq sesuai yang di inginkan dari freezer kemudian tambahkan

kedalam MM2 dan pipet naik turun untuk mencampur.

10. Pilih dan mulai program hot-star PCR. Biarkan penutup panas dan tahan

sebentar sampai suhu mencapai 800 C. Kemudian tempatkan strip tabung

ke dalam mesin PCR.

11. Atur hingga 10μL pipetman, pipet naik turun MM2 untuk mencampur,

kemudian tambahkan MM2 ke dalam masing-masing tabung dan ganti tip

untuk setiap sampel.

12. Unpause program dan lihat layar mesin PCR untuk menjamin bahwa

mesin PCR sedang bekerja.

13. Bersihkan tempat kerja, letakkan reagen ke dalam freezer dan ekstrak

DNA ke dalam lemari pendingin.

Lampiran 2. Komposisi Master Mix pada PCR

Master mix ..... tabung

STANDAR PROTOCOL ( 1μL DNA template)

MM 1 MM 2

ddH2O 5,5 9

10x Buffer PCR (PE-II) 1,5 1

dNTPs (8 mM) 2,5 ....

MgCl2 (25 mM) 2 ....

Primer 1 (10 mM) 1,25 ....

Primer 2 (10 mM) 1,25 ....

Amplitaq polymerase ( 5 unit/ µL) ..... 0,125

Total 14 10,125

16

Lampiran 3.Tabel hasil identifikasi ikan hiu yang didaratkan di Pelabuhan

Perikanan Cilacap dengan menggunakan BLAST. No Sample

Code

BLAST analysis Geberal Name IUCN red list Simililarity (%) GeneBank

Accession

1 IBRC.03.42.

01

Pseudocarcharias

kamoharai

Crocodile Shark Near

Threatened

99 FJ519579.1

2 IBRC.03.44.

01

Carcharhinus falciformis Silky Shark Near

Threatened

100 EU398611.1

3 IBRC.03.46.

01

Isurus paucus Longfin Mako Vulnerable 100 FJ519011.1

4 IBRC.03.47.

01

Isurus oxyrinchus Shortfin Mako Vulnerable 100 FJ518947.1

5 IBRC.03.48.

01

Isurus oxyrinchus Shortfin Mako Vulnerable 99 JQ654705.1

6 IBRC.03.49.01

Sphyrna lewini Scalloped Hammerhead

Endangered 100 FJ519428.1

7 IBRC.03.50.

01

Carcharhinus obscurus Dusky Shark Vulnerable 100 KC470543.1

8 IBRC.03.52.01


9 IBRC.03.53.

01

Sphyrna lewini Scalloped

Hammerhead

Endangered 100 FJ519428.1

10 IBRC.03.54.

01

Pseudocarcharias

kamoharai


Threatened

99 JQ654709.1

11 IBRC.03.57.01

Prionace glauca Blue Shark Near Threatened

100 JQ654713.1

12 IBRC.03.58.

01

Pseudocarcharias

kamoharai


Threatened

99 FJ519579.1

13 IBRC.03.59.01


14 IBRC.03.60.

01

Alopias superciliosus Crocodile Shark Near

Threatened

99 FJ519579.1

15 IBRC.03.61.01


16 IBRC.03.62.

01


17 IBRC.03.64.01

Alopias superciliosus Bigeye Thresher Shark

Vulnerable 99 DQ108329.1

18 IBRC.03.66.

01


Threatened

100 EU398611.1

19 IBRC.03.67.

01


Threatened

100 EU398611.1

20 IBRC.03.68.01

Prionace glauca Blue Shark Near Threatened

100 JQ654713.1

21 IBRC.03.69.

01

Carcharhinus obscurus Dusky Shark Vulnerable 100 KC470543.1

22 IBRC.03.70.01

Sphyrna zygaena Smooth Hammerhead

Vulnerable 100 EU399018.1

23 IBRC.03.72.

01

Squalus hemipinnis Indonesian

Shortsnout Spurdog

Near

Threatened

100 EF539308.1

24 IBRC.03.73.01

Squalus hemipinnis Indonesian Shortsnout

Spurdog

Vulnerable 100 EF539308.1

25 IBRC.03.74.

01

Sphyrna zygaena Smooth

Hammerhead

Vulnerable 100 EU399018.1

26 IBRC.03.76.

01

Squalus hemipinnis Indonesian

Shortsnout Spurdog

Near

Threatened

100 EF539308.1

27 IBRC.03.78.

01

Pseudocarcharias

kamoharai

Crocodile Shark Crocodile

Shark

100 FJ519579.1

28 IBRC.03.79.

01

Alopias superciliosus Bigeye Thresher

Shark

Vulnerable 100 DQ108329.1

29 IBRC.03.80.

01


30 IBRC.03.82.

01

Carcharhinus

falciformis

Silky Shark Near

Threatened

100 EU398611.1

31 IBRC.03.83.

01


32 IBRC.03.10

1.01


http://www.boldsystems.org/index.php/Taxbrowser_Taxonpage?taxon=Carcharhinus%20falciformis

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/261873991?report=genbank&log$=nucltop&blast_rank=1&RID=HGNGVNS7013






17

Lampiran 4.Hasil pengurutan basa nukleotida (sequencing) pada sampel ikan hiu

di Pelabuhan Perikanan Samudera Cilacap, Jawa Tengah.

#IBRC034401_Carcharhinus falciformis658

ACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGTAATTCGAGCTGAACTTGGACAACCAG

GATCTGTAATTGTAACCGCCCACGCTTTCGTAATAATTGGTGGTTTTGGGAATTGGCT

AGTTCCTTTAACCACGAATAAATAACATAAGCTTCTGGCTTCTTCCGCT………………


AAAGATATTGGCACCCTTTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGGATAGTAGGTACCG

CCCTTAGCTTACTTATTCGAGCAGAATTAAGCCAACCTGGTTCTCTTCTGGGAGATGA

TCAAATCTATAATGTTATCGTAACTGCTCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATAGTAA

TGCCTGTAATAATCGGTGGATTCGGAAACTGATTAGTACC………………………………..


GGCACCCTTTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGGATAGTAGGTACCGCCCTTAGCT

TACTTATTCGAGCAGAATTAAGCCAACCTGGTTCTCTTCTGGGAGATGATCAAATCTA

TAATGTTATCGTAACTGCTCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTAT….…………………….


ACCCTTTACCTGATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTCC

TAATTCGAGCTGAACTTGGGCAACCTGGATCACTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAA

TGTAATCGTAAC……………………

#IBRC037401_Sphyrna zygaena670

GGCACCTTGTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATGGTAGGGACAGCCCTAAGCC

TTTTAATTCGTGCCGAACTGGGTCAGCCTGGTTCCCTCCTAGGGGATGATCAGATTTAT

AATGTTATTGTAACCGCCCATGCATTTGTAATAATTTTCT……………………………….

#IBRC037001_Sphyrna zygaena676

GATATTGGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCC

TAAGTCTTCTAATTCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCA

GATTTATAATGTAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATG…………..

#IBRC035301_Sphyrna lewini670

GGCACCCTTTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATAGTGGGAACAGCCCTAAGCC

TTTTAATTCGAGCTGAACTGGGACAACCTGGATCACTTTTAGGAGATGACCAAATCTA

TAATGTAATTGTAACCGCCCATGCATTCGTAATAATCT…………….

#IBRC034901_Sphyrna lewini670

GGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTC

TTCTAATTCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTA

TAATGTAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTT……………………………….

#IBRC037601_Squalus hemipinnis676

GATATTGGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGGACAGCCC

TAAGCCTCCTAATTCGAGCTGAACTTGGGCAACCTGGATCTCTTTTAGGAGATGATCA

GATTTATAATGTAATTGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAAT……………………………..


GGCACCTTGTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATGGTAGGGACAGCCCTAAGCC

TTTTAATTCGTGCCGAACTGGGTCAGCCTGGTTCCCTCCTAGGGGATGATCAGATTTAT

AATGTTATTGTAACCGCCCATGCATTTGTAATAATTTTCTTTAT………………………….






18

ACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCT

AATTCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAAT

GTAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTA……………………………….

#IBRC035901_Isurus oxyrinchus 664

CCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTA

ATTCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAATG

TAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGG…………………………….


CCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTA


TAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGGT……………………………


CACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTT

CTAATTCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATA

ATGTAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTT…..………………………………


ACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCT

AATTCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGATCAGATTTATAAT

GTAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTTATGG……………………………


AGATATTGGCACCTTGTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATGGTAGGGACAGCC

CTAAGCCTTTTAATTCGTGCCGAACTGGGTCAGCCTGGTTCCCTCCTAGGGGATGATC

AGATTTATAATGTTATTGTAACCGCCCATGCATTTGTAATA………………………………

#IBRC036201_Isurus paucus 585

TGGGTCAGCCAGGTTCTCTTCTAGGGGACGATCAGATTTATAATGTTATTGTAACCGC

CCATGCATTTGTAATGATTTTCTTCATGGTAATGCCCGTGATAATTGGGGGCTTTGGGA

ACTGACTGGTGCCTTTAATGATCGGTGCACCCGATATGGCC………………………….


TTCGCGCCGAACTGGGTCAGCCAGGTTCTCTTCTAGGGGACGATCAGATTTATAATGT

TATTGTAACCGCCCATGCATTTGTAATGATTTTCTTCATGGTAATGCCCGTGATAATTG

GGGGCTTTGGGAACTGACTGGTGCCTTTAATGATCGGTGCA…………………………….


ACCCTTTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATAGTGGGAACAGCCTTAAGCCTTT

TAATTCGAGCTGAACTGGGACAACCTGGATCACTTTTAGGAGATGACCAAATCTATAA

TGTAATTGTAACCGCCCATGCATTTGTAATAATCTTCTTCATGGT………………………


TGTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATGGTAGGGACAGCCCTAAGCCTTTTAAT

TCGTGCCGAACTGGGTCAGCCTGGTTCCCTCCTAGGGGATGATCAGATTTATAATGTT

ATTGTAACCGCCCATGCATTTGTAATAATTTTCTTTATG………………………………….

#IBRC037901_Alopias superciliosus 667

ACCCTTTACCTGATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTCC

TAATTCGAGCTGAACTTGGGCAACCTGGATCACTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAA

TGTAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTCATG…………………………..

#IBRC036401_Alopias superciliosus 668

CACCCTGTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGGATAGTGGGAACAGCCCTAAGCCTT

CTAATTCGCGCCGAACTGGGTCAGCCAGGTTCTCTTCTAGGGGACGATCAGATTTATA

ATGTTATTGTAACCGCCCATGCATTTGTAATGATTTTCTTCATG………………………….

19

#IBRC036001_Pseudocarcharias kamoharai 666

CACCCTTTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATAGTGGGAACAGCCCTAAGCCTT

TTAATTCGAGCTGAACTGGGTCAACCTGGATCACTTTTAGGAGATGACCAAATCTATA

ATGTGATTGTAACCGCCCATGCATTCGTAATAATCTTCTTCATGGT…………………….


CACCCTTTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATAGTGGGAACAGCCCTAAGCCTT

TTAATTCGAGCTGAACTGGGTCAACCTGGATCACTTTTAGGAGATGACCAAATCTATA

ATGTAATTGTAACCGCCCATGCATTCGTAATAATC………………………………………..


CCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTCCTA

ATTCGAGCTGAACTTGGGCAACCTGGATCACTTTTAGGAGATGATCAGATTTATAATG

TAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTTCA………………………………….


TAGGAGATGACCAGATTTATAATGTAATTGTAACCGCCCACGCTTTCGTAATAATCTT

TTTTATAGTTATGCCAATCATAATTGGTGGCTTCGGGAATTGATTAGTTCCTTTAATAA

TTGGTGCACCAGACATGGCCTTCCCACGAATA……………………………………………..


GGCACCCTTTACCTGATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTC

TCCTAATTCGAGCTGAACTTGGGCAACCTGGATCACTTTTAGGAGATGATCAGATTTA

TAATGTAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCT……………………………………


CCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGCCCTAAGTCTTCTA


TAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGTAATAATCTTTTT……………………………………

#IBRC035701_Prionace glauca 662

GCCCTAAGCCTTCTAATTCGCGCCGAACTGGGTCAGCCAGGTTCTCTTCTAGGGGACG

ATCAGATTTATAATGTTATTGTAACCGCCCATGCATTTGTAATGATTT………………….

#IBRC036801_Prionace glauca 406

CCACCATCATTTCTTCTTCTCCTCGCCTCTGCTGGAGTAGAAGCTGGAGCAGGTACTG

GTTGAACAGTTTATCCTCCATTAGCTAGTAACCTAGCACATGCTGGACCATCTGTTGA

TTTAGCTATTTTCTCTCTTCACTTAGCCGGTGTGTC………………………………………..

#IBRC036901_Carcharhinus obscurus 689

AAGATATTGGCACCCTTTACCTAATTTTTGGTGCATGAGCAGGTATAGTTGGAACAGC

CCTAAGTCTTCTAATTCGAGCTGAGCTTGGACAACCTGGATCACTTTTAGGGGATGAT

CAGATTTATAATGTAATCGTAACCGCCCACGCTTTTGT……………………………………

#IBRC035001_Carcharhinus obscurus 671

ACCCTTTATTTAATCTTTGGTGCATGAGCAGGAATAGTGGGAACAGCCCTAAGCCTTT

TAATTCGAGCTGAACTGGGACAACCTGGATCACTTTTAGGAGATGACCAAATCTATAA

TGTAATTGTAACCGCCCATGCATTCGTAATAATC…………………………………………..

#R. penggali muncar 682

AAAGATATTGGCACCCTATACTTGATCTTTGGTGCTTGAGCAGGGATAGTTGGTACTG

GCCTTAGTCTGCTTATTCGAACAGAACTTAGTCAACCAGGCTCACTCATAGGGGATGA

CCAAATCTACAATGTCATCGTAACAGCTCATG……………………………………………

20

Lampiran 5. Spesies hiu yang teridentifikasi di Pelabuhan Perikanan

Samudera Cilacap,JawaTengah.

Sumber : White et al 1997(Economically important sharks and rays

of Indonesia

Alopias superciliosus

(Hiu Paitan/Lutung)

Sphyrna lewini

( Hiu Caping/ Martil)

Sphyrna zygaena

( Hiu Caping/Martil)

Squalus hempinis

(HiuBotol/Karil)

Pseudocarcharias kamoharai

(Hiu Buaya/Tongar)

Isurus paucus

(Hiu Tenggiri)

Isurus oxyrinchus

(Hiu Mako/Cakilan Air)

Carcharhinus falciformis

(Hiu Lanjam)

Carcharhinus obscurus

(Hiu Lanyam)

Prionace glauca

(Hiu Selendang)

21

RIWAYAT HIDUP

Penulis dilahirkan di Jambi pada tanggal 23 Mei 1991

dari ayah yang bernama Desuryawarman dan ibu Yeni

Hartinah. Penulis merupakan anak pertama dari dua bersaudara.

Lulus dari Sekolah Menengah Atas (SMA) Negeri 6 Jambipada

tahun 2009, penulis diterima sebagai mahasiswa Institut

Pertanian Bogor, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan,

Departemen Ilmu dan Teknologi Kelautan melalui jalur

Undangan Seleksi Masuk IPB (USMI).

Selama kuliah di Institut Pertanian Bogor penulis pernah menjadi asisten

mata kuliah Biologi Laut periode 2011-2012 dan periode 2012-2013 dan asisten

mata kuliah Keanekaragaman Hayati Laut periode 2012-2013. Penulis juga

pernah mengikuti Program Kreatifitas Mahasiswa yang didanai oleh DIKTI tahun

2012. Penulis aktif dalam organisasi Badan Eksekutif Mahasiswa FPIK sebagai

anggota Biro Corporation periode 2011-2012 dan sebagai sekretaris Advokasi

dan Kesejahteraan Mahasiswa periode 2012-2013. Selain itu, penulis juga aktif

sebagai sekretaris dalam organisasi Marine Biologi Club periode 2011-2012 dan

periode 2012-2013 dan Organisasi Mahasiswa Daerah Himpunan Mahasiswa

Jambi (HIMAJA) pada periode 2011-2012. Sejak awal tahun 2013 penulis juga

bergabung di Indonesian Biodiversity Research Center (IBRC) Bali sebagai

Junior Research Fellow.

Dalam rangka penyelesaian studi di Fakultas Perikanan dan Ilmu

Kelautan, penulis melaksanakan penelitian dengan judul “DNA Barcoding dan

Analisis Filogenetik Ikan Hiu yang didaratkan Di Pelabuhan Perikanan Samudera

Cilacap”

Documents

DNA BARCODING DAN ANALISIS FILOGENETIK IKAN HIU … · sudah pesat yang telah berdampak pada penurunan populasi beberapa jenis ... diantaranya ialah berevolusi lebih cepat dibandingkan