GOMA:複雑な遺伝子オントロジーのわかりやすい表示

お茶の水女子大学大学院水谷　枝理子，瀬々　潤

遺伝子オントロジー（GO）とは？

結合 転写活性

タンパク質結合

転写因子活性

機能

核酸結合

CBS1

NGR1

AI1

HPR1

遺伝子の生物学的機能を

表す用語（GO Term）をDAG（ 非循環有向グラフ）によって階層的に表現

各Termにはその機能を持つことが知られている遺伝子が関連づけられている

近年，網羅的な実験データの解析に必須

AAC1

GOは膨大 Termの数が膨大

全てを一望するには無理がある

エッジの数が膨大DAG構造なのでこんがらがっている

CytoscapeによるGOの表示

一般的な表示例(1)

一般的な表示例(2) DAGではなく木構造で表示重複があって見づらい

GOMAとは？ユーザが入力した遺伝子群からそれらに最も関連のあるGOTermを抽出しわかりやすく表示するwebアプリケーション

わかりやすい(1)GOをDAGで表示する重複無くTermを表示できる

わかりやすい(2)表示するTermを入力遺伝子で制限しているオレンジ色は入力遺伝子に最も良く関連する注目度の高いTerm

わかりやすい(3)

エッジ同士の交叉を少なく,かつ注目Term同士を近くに配置DAGなので完全に交叉をとくのは無理

できるだけ交叉を少なくする

注目Term同士が離れないように，注目Termをできるだけ中央に配置

GOMAを使ってみる(1)

9

ブラウザから使える

遺伝子群を入力してp値を選択してGO!

GOMAを使ってみる(2)

３つのカテゴリそれぞれでの図の概略を表示詳しく見たい図をクリック

GOMAを使ってみる(3)拡大された図が表示される

p値の低い順に•GO ID•Term名•遺伝子名と個数

を表示

GO ID Term名 input genesP value

まとめ GOMAは遺伝子群の入力から注目すべきGO Termを抽出し，表示する事が出来る。

DAG上で注目Termを中央に配置し，余分なTermを排除する事で冗長な表示を避け，GOをわかりやすく表示する事が出来る。

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